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1.
目的 基于网络药理学与分子对接的方法探讨淫羊藿治疗阿尔茨海默病(AD)的潜在作用机制.方法 通过中医药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索和筛选淫羊藿的相关成分和作用靶点,从GeneCards数据库获取AD相关靶点,取两者共同靶点,运用Cytoscape 3.82对共同靶点进行拓扑学分析得到核心靶点,利用DAV...  相似文献   

2.
[目的] 基于网络药理学和分子对接方法,探讨二藤汤的有效成分治疗慢性盆腔炎的机制。[方法] 利用TCMSP和TCMID数据库筛选出二藤汤有效成分及其靶点,运用Uniprot数据库获取标准化的靶点名称,同时,利用Cytoscape3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点”网络。通过GeneCards、OMIM数据库收集慢性盆腔炎靶点,同时,利用Venny 2.1.0获取“药物-疾病”的交集靶点并绘制韦恩图,通过STRING平台构建PPI网络图,并运用Cytoscape 3.7.2软件中CytoNCA插件筛选关键靶点。利用Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路的富集分析。最后,利用AutoDock Vina 1.1.2对关键靶点和活性成分进行分子对接。[结果] 通过筛选共获得231个活性成分,211个“药物-疾病”交集靶点;GO分析获得2538个条目,分别为2174个BP,233个MF及131个CC条目。KEGG分析得到209条信号通路;分子对接结果显示关键靶点与核心活性成分具有较好的结合活性。[结论]二藤汤通过多成分、多靶点、多通路治疗慢性盆腔炎。  相似文献   

3.
目的:利用网络药理学和分子对接技术对艾迪注射液治疗鼻咽癌的作用机制进行初步探讨。方法:从TCMSP 及TCM Database@Taiwan 数据库中收集和分析艾迪注射液的有效化学成分,在TCMSP 和Swiss Target Prediction 网站预测作用靶点,在GeneCards、DisGeNET、OMIM 和TTD 数据库中检索鼻咽癌的相关靶点。绘制艾迪注射液治疗鼻咽癌的活性成分—靶点网络图,运用拓扑学方法筛选其核心化学成分。将二者交集靶点在STRING 数据库和Metascape 数据库分别进行蛋白质互作分析、GO 富集及KEGG 富集分析。最后运用Auto Dock软件对核心活性成分和关键靶点进行分子对接验证。结果:经筛选整理得到艾迪注射液有63 种活性成分和对应的852 个靶点,鼻咽癌有1989 个潜在靶点,其中二者共同靶点有308 个。应用GO 数据库功能富集分析得到310 个GO条目,应用KEGG 数据库富集筛选得到198 条有关通路,其中包含PI3K/AKT 信号通路、HIF-1α信号通路、TNF 信号通路等已报道与鼻咽癌相关的通路。分子对接结果显示,艾迪注射液的核心化学成分(quercetin、kaempferol、isorhamnetin、7-O-methylisomucronulatol 及Jaranol)对SRC、STAT3、MAPK1、PIK3R1 及RELA 蛋白具有良好的亲和力。结论:对艾迪注射液治疗鼻咽癌的作用机制进行了初步探索,并对其药效物质基础进行了预测,为进一步明确艾迪注射液治疗鼻咽癌的有效成分和作用机制提供依据。  相似文献   

4.
目的 借助网络药理学研究方法,初步探索知葛通脉颗粒治疗2型糖尿病下肢动脉粥样硬化性病变的靶点和机制,为进一步研究提供相关理论支持和线索。方法 通过TCMSP数据库检索、文献补充,筛选知葛通脉颗粒有效成分及效用靶点,通过GeneCards、OMIM等数据库挖掘2型糖尿病LEAD靶点,取药物与疾病的交集靶点;利用STRING11.5制作PPI网络图,并通过PPI网络拓扑关系分析知葛通脉颗粒治疗2型糖尿病LEAD的关键靶点;构建“药物-成分-靶点”关系图,筛选中药颗粒核心成分。在Metascape平台进行GO、KEGG富集分析,探索药物治疗疾病的潜在机制,构建“成分-靶点-通路”图。最后,通过AutoDockTools 1.5.6进行分子对接,验证药物活性成分与疾病靶点之间的反应活性。结果 研究获得知葛通脉颗粒有效成分71种,潜在靶点261个,与DLEAD交集靶点107个,筛选出核心成分槲皮素、木犀草素、山柰酚、芒柄花黄素、异鼠李素、去水淫羊藿黄素、薯蓣皂苷元、β-谷甾醇、金圣草素、豆甾醇,关键靶点AKT1、IL-6、TNF、TP53、VEGFA、IL-1B。相关作用通路有183条,作用通路...  相似文献   

5.
目的 采用网络药理学和分子对接的方法探讨解毒通利方治疗肝纤维化(HF)的可能作用机制。方法 借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、本草组鉴(HERB)获得解毒通利方所有有效活性成分,通过TCMSP数据库将这些有效活性成分进行成分靶点预测,并与GeneCards数据库、PharmGkb数据库、TTD数据库、OMIM数据库和DrugBank数据库中HF疾病基因相关靶点使用R语言软件取交集,从而获得解毒通利方治疗HF的靶点;通过STRING绘制交集靶点的蛋白互作(PPI)网络,筛选核心蛋白;利用Cytoscape 3.8.0软件构建“中药—关键化合物—核心靶点”网络;运用R语言软件进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测核心靶点的作用机制。最后,应用分子对接技术,将关键有效活性成分和PPI中核心蛋白进行分子对接。结果 共筛选解毒通利方药物活性化合物172种,作用靶点4 068个,构建PPI网络,运用“CytoNCA”插件筛选出IL6、AKT1、STAT1、RELA、MYC、FOS、STAT3、MAPK1、CCND1等19个核心蛋白...  相似文献   

6.
【目的】应用网络药理学及分子对接技术探讨独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎(KOA)的作用机制,并通过体外实验进行验证。【方法】检索TCMSP、中国药典、BATMAN-TCM数据库获取独活、牛膝的活性成分,筛选去重后应用TCMSP数据库确定作用靶点,运用GeneCards和OMIM数据库筛选KOA相关的靶点。采用Cytoscape构建药物活性成分-KOA-靶点网络模型并进行分析;运用STRING数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络,通过R 4.0.2软件对交集靶点进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集;运用AutoDockTools对前5位的核心靶点进行分子对接。进而通过体外细胞实验验证有效成分槲皮素对核心靶点的调控作用。【结果】通过筛选得到14个有效活性成分、171个活性成分靶点、2 040个KOA靶点和99个交集靶点。GO分析结果显示独活-牛膝药对治疗KOA关键靶点的生物功能主要涉及炎症反应、细胞代谢、调节蛋白激酶及磷酸酶活性等。KEGG通路主要富集到肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、白细胞介素17(IL-17)信号通路、癌症通路等。分子对接结果显示独活...  相似文献   

7.
[目的]通过网络药理学及分子对接的方法,探究瓜蒌皮注射液治疗冠心病的分子机制。[方法]首先通过查阅文献汇总瓜蒌皮注射液中的主要化学成分,通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、SwissADME数据库筛选其活性成分并预测其作用靶点,与在GeneCards数据库、OMIM数据库中获取的冠心病的相关靶点交集获得核心靶点;其次通过String数据库构建靶点蛋白互作网络,转换格式导入Cytoscape3.7.2软件构建蛋白互作网络和“相关活性成分-潜在作用靶点”网络并分析关键靶点蛋白与活性成分;然后通过Metascape数据库对靶点基因进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;最后通过AutoDock Vina软件将活性成分与核心靶点进行分子对接来对网络药理学预测的准确性进行虚拟验证。[结果]研究获得瓜蒌皮注射液治疗冠心病的可能相关活性成分10个,核心靶点7个。瓜蒌皮注射液的活性成分可能通过调控蛋白激酶B抗体(AKT1)、表皮生长因子受体(EGFR)、非受体酪氨酸激酶(SRC)、热休克蛋白90AA1(HSP90AA1)、半胱氨酸蛋白酶3(CA...  相似文献   

8.
目的运用网络药理学方法及分子对接技术对雷公藤治疗肝癌的主要活性成分及其潜在作用机制进行探讨。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选雷公藤主要活性成分及其预测靶点;在DrugBank、GeneCards、OMIM、TTD数据库中筛选肝癌相关靶点;通过R语言软件映射得到雷公藤治疗肝癌靶点,并绘制韦恩图;在STRING网站构建治疗靶点PPI网络图;应用Cytoscape 软件构建"雷公藤-活性成分-靶点-肝癌"互作网络图;通过R语言软件对治疗靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析;应用PubChem、RCSB PDB数据库,AutoDock、PyMOL软件对药物潜在活性成分与关键靶点进行分子对接。结果 共筛选出活性成分51个和潜在治疗靶点120个,靶点主要涉及酰胺结合、肽结合、DNA结合转录因子结合等生物学过程,并主要富集于卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、乙型肝炎、流体剪切应力和动脉粥样硬化等信号通路中。分子对接验证显示对接得分大于-5kcal/mol占100%,即所有靶点与成分的结合活性较好。结论 通过网络药理学方法及分子对接技术证实了雷公藤多成分、多靶点、多途径的作用特点,预测了雷公藤治疗肝癌的潜在作用机制,为后续进一步开发和应用提供理论依据。  相似文献   

9.
目的:采用网络药理学探讨桑枝治疗高血压的作用机制.方法:通过TCMSP、Batman-TCM、化学专业数据库和CNKI收集桑枝的化学成分,并通过Swiss Target Prediction数据库收集成分相关靶点;通过GeneCards、OMIM等数据库得到与高血压有关的疾病靶点.取成分靶点与疾病靶点的交集,得到交集靶点;利用String数据库和Cytoscape3.7.1软件,筛选并构建交集靶点相互作用网络;并利用String数据库对交集靶点进行PPI分析、GO分析和KEGG通路分析,并通过Cytoscape软件对结果进行可视化;最后对活性成分与关键靶点进行分子对接验证.结果:通过筛选得到桑枝活性成分18个,潜在作用靶点336个,其中与高血压有关的交集靶点87个;共获得545条GO分析条目和160条KEGG信号通路,分别主要涉及血压调节、调节血管大小等生物过程以及cGMP-PKG信号通路、Rap1信号通路、PI3K/Akt信号通路 、Ras信号通路等信号通路;分子对接结果显示18个活性成分与14个关键靶点相结合,其中16个活性成分与其相应关键靶点具有较好结合活性.结论:桑枝可能通过作用于与舒张血管、细胞凋亡等相关的靶点和通路,发挥治疗高血压的作用.  相似文献   

10.
目的基于网络药理学研究丹栀逍遥散治疗便秘的作用机制。 方法利用TCMSP、BATMAN-TCM、Uniprot、GeneCards等数据库检索筛选丹栀逍遥散关键成分及相关靶点、疾病靶点和相关通路。通过STRING数据库和Cytoscape软件绘制PPI网络图,寻找核心基因。利用Metascape和BioGPS数据库通过微生信平台进行基因富集分析。利用SwissDock平台进行分子对接分析。 结果丹栀逍遥散药物靶点746个,便秘靶点1 620个。关键靶点为VEGFA、CASP3、TNF、JUN,关键成分为槲皮素、β-谷甾醇、山奈酚、豆甾醇。关键靶点主要作用于淋巴细胞、平滑肌、结肠、结直肠腺癌、小肠,主要富集于炎性肠病、NF-κB信号通路等。分子对接结果显示活性成分与靶点蛋白结合稳定。 结论丹栀逍遥散治疗便秘的作用机制,可能是通过其4个关键成分作用于4个关键靶点,调节多通路,起到抑制炎症、保护肠黏膜屏障、调节肠道菌群等作用。  相似文献   

11.
  目的  结合网络药理学和实验验证研究石丹颗粒治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制。  方法  通过TCMSP数据库筛选石丹颗粒的活性成分, 并预测其作用靶点; 通过GeneCards、OMIM数据库筛选整合慢性萎缩性胃炎相关靶点; 将活性成分靶点与慢性萎缩性胃炎靶点取交集后, 通过String11.0数据库构建蛋白互作网络, 并运用Cytoscape 3.9.0软件筛选核心靶点; 通过DAVID数据库对核心靶点进行GO和KEGG富集分析以预测作用机制; 通过AutoDock平台进行分子对接验证。构建慢性萎缩性胃炎细胞模型, 通过ELISA、qPCR以及Western blot检测验证网络药理学分析结果。  结果  共筛选得到石丹颗粒活性成分靶点268个, CAG相关靶点484个, 取交集后共得到石丹颗粒治疗慢性萎缩性胃炎靶点82个, 其中核心靶点是IL-6、Akt1和TNF等。GO和KEGG富集分析提示石丹颗粒主要通过IL-17信号通路、TNF信号通路和PI3K-Akt等信号通路发挥作用。分子对接显示, 大部分核心靶点与活性成分有较高的结合活性。细胞实验表明, 石丹颗粒能通过调节IL-6、Akt1和TNF-α改善慢性萎缩性胃炎。  结论  石丹颗粒中的多种有效成分可通过多靶点、多信号通路抑制慢性萎缩性胃炎向胃癌进展而逆转胃萎缩, 为后续研究提供参考依据。   相似文献   

12.
目的 基于网络药理学方法,以及实验研究探讨乳香-没药治疗慢性前列腺炎(Chronic prostatitis,CP)的作用机制.方法 应用中药系统药理学分析平台(TCMSP)并结合文献检索,筛选乳香-没药中的活性成分和相关靶点,利用Uniprot数据库对靶点进行校正;应用GeneCards、TTD、Drugbank等数...  相似文献   

13.
目的 借助网络药理学联合分子对接技术探讨高良姜治疗抑郁症的作用机制。方法 通过TCMSP数据库 检索高良姜有效成分及靶点,使用GeneCards数据库获取抑郁症疾病靶点基因,利用STRING数据库和Cytoscape 3.9.1 软 件构建PPI网络图并获取蛋白互作关系,筛选出高良姜治疗抑郁症的核心靶点;借助David数据库对相交靶点进行GO功 能分析以及KEGG通路富集分析,得到高良姜治疗抑郁症的潜在作用通路。结果 筛选出高良姜 13 种活性成分和 169 个高良姜治疗抑郁症的潜在作用靶点,包括JUN、MAPK1、AKT1、RELA、ESR1、IL6、MAPK14、MAPK8、RXRA等核心 靶点;GO功能解析得到 654 个生物相关过程、85 个细胞组分及 147 个分子功能;KEGG富集解析获得 171 条相关通路, 分子对接验证了核心靶点与高良姜主要成分具有较强结合力。结论 高良姜可通过多个靶点、多条通路治疗抑郁症。  相似文献   

14.
目的 通过网络药理学方法研究复方积雪草主要活性成分治疗肾纤维化的作用机制。方法 在TCMSP数据库中筛选与复方积雪草主要组分相关的活性成分和靶点,利用GeneCards数据库检索与肾纤维化相关靶点并与活性成分靶点取交集。采用Cytoscape软件构建蛋白与蛋白相互作用(PPI)网络、化合物-靶点网络图、中药-化合物-靶点网络图,筛选核心靶点,分子对接验证化合物与靶点的结合能力;将获得的核心靶点利用STRING进行基因通路的富集分析,进而分析网络和作用机制。结果 得到复方积雪草活性成分靶点203个,获得肾纤维化靶点5219个,共同靶点177个。筛选出核心靶点36个。分子对接验证结果化合物与靶点具有较好的结合能力。GO富集分析分别获得可靠性排名TOP10的主要分子功能(MF)、主要细胞组分(CC)和主要生物学过程(BP)。得到核心靶点之间的PPI网络图、化合物-核心靶点网络图和草药-化合物-核心靶点网络图。肿瘤相关通路显著性最高。结论 初步系统分析了复方积雪草治疗肾纤维化的科学性及分子机制。  相似文献   

15.
目的采用网络药理学及分子对接技术探讨新伤湿敷液治疗软组织损伤的成分、靶点、通路三者之间的相互作用机制。方法通过文献查找及TCMSP数据库获取新伤湿敷液活性成分,利用TCMSP及SWISS数据库获取对应靶标并与Gene Cards、OMIM数据库所获疾病靶标交集以得到核心靶点,基于STRING平台构建靶点相互作用网络并通过Cytoscape软件可视化复方-药物-成分-靶点-通路网络,Metascape数据库对核心靶点进行GO及KEGG可视化分析,最后将所得结果导入Sybyl软件进行分子对接。结果分析得到新伤湿敷液中活性成分作用于56个核心靶点;且分子对接结果显示新伤湿敷液中emodin、baicalin、baicalein等成分与PIK3CA等靶点亲和力强。结论新伤湿敷液中的活性成分可能通过作用于PIK3CA等靶点以调节Th17细胞分化、TNF、IL-17等通路以治疗软组织损伤。  相似文献   

16.
Objective To explore the potential regulatory mechanism of Xuebijing injection in the treatment of COVID-19 by using network pharmacology and molecular docking methods. Methods Corresponding target genes of all the active ingredients of Xuebijing injection were obtained by using the pharmacological database and analysis platform of TCM System (TCMSP). And intersections with the COVID-19 gene-related targets in GeneCards database, OMIM database, PharmGkb database, TTD database and DrugBank database using the R programming language. Thus, the core target of Xubijing injection in COVID-19 treatment was obtained; Cytoscape 3.7.2 software was used to construct TCM - compound - target network; PPI network of intersection target was obtained by STRING; Utilized data packets to perform gene ontology (GO) functional enrichment analysis and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway enrichment analysis to predict the mechanism of overlapping targets. Finally, molecular docking technology was implemented to dock key active ingredients with PPI core protein. Results GO functional enrichment analysis included 1 818 biological processes (BP), 20 cellular components (CC) and 89 molecular functions (MF). The first 30 KEGG related pathways involved inflammation and immune response, such as rheumatoid arthritis signaling pathway, IL-17 signaling pathway, Th17 cell differentiation pathway, hypoxia-inducible factor (HIF-1) signaling pathway, JAK-Stat signaling pathway, inflammatory bowel disease signaling pathway, NF-κB signaling pathway, etc. Quercetin, cryptotanshinone, luteolin, β -carotene can affect IL1B, STAT3, AKT1, VEGFA and other overlapping targets. Meanwhile, quercetin may exert anti-inflammatory, antiviral and immune responses through IL1B binding to treat COVID-19. Conclusion This study reveals that chemical components in Xuebijing injection are involved in multiple biological processes and pathways in COVID-19 treatment through binding to key target proteins. © 2022. China Tropical Medicine. All rights reserved.  相似文献   

17.
目的 运用网络药理学探讨龙藤通络方治疗化疗致周围神经病变(Chemotherapy-induced Peripheral Neuropathy,CIPN)的作用机制.方法 运用TCMSP和UniProt数据库获取药物的活性成分和作用靶点,借助人类基因数据库(GeneCards)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、T...  相似文献   

18.
目的 采用网络药理学以及分子对接技术分析续断促进骨折愈合的机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索续断有效成分,设定口服药物生物利用度(oral drug bioavailability,OB)≥30%和类药性指数(drug like index, DL)≥0.18作为筛选标准,并获得续断有效活性成分的作用基因靶点。在TTD、OMIM、GeneCards、DrugBank、PharmGkb等数据库进行搜索,获取骨折的相关基因靶点。将续断作用靶点与骨折相关基因靶点进行匹配,获取交集得到主要靶点基因。通过EVenn将结果可视化。通过DAVID、STRING数据库等对主要靶点基因进行基因本体(gene ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析以及构建蛋白相互作用网络。通过不同算法获得主要靶点基因中的关键基因。最后通过Pymol、Autoduck等软件进行分子对接,并计算最低结合能、结合位点以及确定定活性口袋。结果 通过TCMSP数据库筛选得到续断有效成分8个,作用靶点63个,删除重复靶点,最终得到作用靶点53个。通过TTD、OMIM、GeneCards、DrugBank、PharmGkb等数据库查询骨折相关作用靶点,得到5 115个相关靶点。通过匹配以及交集分析,获得续断促进骨折愈合的34个作用基因靶点。通过DAVID数据库,分析得到续断治疗骨折的作用基因靶点参与的生物学过程76个、细胞成分20个、分子功能20个。通过STRING数据库,构建续断治疗骨折的蛋白互作网络,共纳入34个基因,79个连接。平均degree参数为4.65。导入Cytoscape软件,通过计算degree以及betweenness,获取续断治疗骨折的关键基因为PTGS2、HSP90AA1、MAPK14。采用对子对接分析发现续断中生物利用度最优的有效成分(E,E)-3,5-Di-O-caffeoylquinic acid、Gentisin、Sylvestroside Ⅲ_qt与关键基因PTGS2、HSP90AA1、MAPK14最低结合能均小于0,并得到结合位点。结论 通过网络药理学及分子对接技术,阐明续断促进骨折愈合的可能的潜在靶点,预测了其发挥药理作用的有效成分以及关键基因。  相似文献   

19.
目的 基于网络药理学、分子对接验证补阳还五汤治疗脊髓损伤的作用机制。方法 通过TCMSP、SymMap、PubChem、Swiss Target Prediction数据库筛选补阳还五汤的活性成分和靶点。从OMIM、GeneCards、TTD、DrugBank数据库检索脊髓损伤的靶点。通过venny软件获取补阳还五汤与脊髓损伤的交集靶点。用Cytoscape软件构建补阳还五汤治疗脊髓损伤的活性成分-靶点网络。通过DAVID数据库对共同靶点进行基因本体论和京都基因与基因组百科全书富集分析,分子对接技术分析药物与靶点的结合能力。结果 共得到补阳还五汤中活性成分106个,作用靶点225个,脊髓损伤靶点1315个,药物-疾病交集靶点112个。补阳还五汤主要通过槲皮素、山柰酚、鞣花酸、木樨草素、常春藤皂苷元等药物活性成分治疗脊髓损伤。结论 补阳还五汤可通过多种信号通路达到治疗脊髓损伤的目的。  相似文献   

20.
目的 基于网络药理学与分子对接技术探讨参芪地黄汤治疗膜性肾病(MN)的作用,并阐明其机制。 方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选参芪地黄汤中7味中药所含有效成分及相应的靶蛋白,采用GeneCards数据库、孟德尔OMIM数据库和Drugbank数据库获取MN的相关基因靶点,采用Cytoscape软件构建“药物-化合物-靶点”网络,采用STRING 数据库和 Cytoscape 软件制作蛋白相互作用(PPI)网络,并进行拓扑学分析寻找核心靶点,采用分子对接软件对核心靶点与作用于核心靶点的活性成分进行分子对接,筛选出参芪地黄汤治疗MN的核心成分,采用 Bioconductor R 软件进行靶点基因本体论(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。 结果 经筛选后获得参芪地黄汤的有效活性成分55个,药物作用靶点214个,MN相关靶点3 655个,获得药物疾病共同靶点144个,其中核心靶点5个,分别为蛋白激酶B1(AKT1)、表皮生长因子(EGF)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、肿瘤蛋白P53(TP53)和表皮生长因子受体(EGFR);基于分子对接技术筛选出3个潜在核心成分,包括槲皮素、木犀草素和薯蓣皂素;GO富集分析得出2 268个生物学过程、53 个细胞组成、175个分子功能;KEGG通路富集分析发现169条相关信号通路。 结论 参芪地黄汤可能通过降低炎症水平、抑制肾脏纤维化和维持肾小球滤过屏障的完整性等机制发挥对MN的治疗作用。  相似文献   

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