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相似文献
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1.
目的 运用网络药理学和分子对接技术,探讨黄芪桂枝五物汤治疗强直性脊柱炎(AS)的分子机制.方法 按照黄芪桂枝五物汤的组成,在TCMSP数据库上搜索其化学成分和作用靶点,并对药物靶点进行基因注释;分别从Gene Cards、OMIM、PharmGkb、TTD和DrugBank五个数据库中搜索AS疾病相关靶点.然后利用Cy...  相似文献   

2.
目的 利用网络药理学-分子对接技术探究黄芪桂枝五物汤治疗心力衰竭的作用机制。 方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获得黄芪桂枝五物汤药物成分,通过Uniprot 数据库获得药物成分对应靶点,通过GeneCard、OMIM、pharmgkb、TTD、DrugBank数据库获得心衰的相关靶点,利用R软件获取黄芪桂枝五物汤与心衰的共同靶点。利用R、Cytoscape、Autodock、pymol软件进行蛋白相互作用(PPI)、基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)、分子对接等分析。 结果 获得黄芪桂枝五物汤靶点84个,心衰差异基因1 430个,共同靶点118个。共同靶点的通路富集分析显示主要与丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、白细胞介素-17(IL-17)等信号通路相关,分子对接结果显示,心衰核心靶点与黄芪桂枝五物汤主要成分亲和力较好,能够有效自由结合。 结论 黄芪桂枝五物汤中的槲皮素、异鼠李素、刺芒柄花素等成分能够通过抗氧化应激、抗纤维化等作用发挥治疗心衰的作用。黄芪桂枝五物汤可通过多层次、多途径、多靶点发挥对心衰的治疗作用。  相似文献   

3.
目的: 通过网络药理学方法系统化探究紫草素治疗乙型病毒性肝炎的功效网络,并用分子对接技术进行验证。方法: 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和药物靶标分析网站(Pharm Mapper)获取紫草素的有效化合物及作用靶点,利用在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、人类基因数据库(GeneCards)、基因疾病关联数据库(DisGeNET)、毒性与基因比较数据库(CTD)获取乙型病毒性肝炎的疾病靶点,经靶点映射获取紫草素与乙肝的共同作用靶点,通过STRING数据库获取靶点之间的关系信息,应用Cytoscape 3.8.2做可视化处理,并通过R语言进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。运用AutoDockTools完成分子对接。结果: 共获得AKT丝氨酸/苏氨酸激酶 1 (AKT1)、血清白蛋白(ALB)以及非受体酪氨酸激酶(原癌基因SRC),丝裂原活化蛋白激酶1 (MAPK1)、表皮生长因子受体(EGFR)等63个作用靶点,经GO富集分析得到1 779个生物学过程、41个细胞组分、108个分子功能,经KEGG富集分析得到79条相关通路,其中主要与PI3K/Akt通路密切相关。分子对接显示靶蛋白与主要化学成分结合能较强,结合力好。结论: 紫草素以多靶点、多通路的特点实现抗乙肝的作用,为后期实验验证提供依据。  相似文献   

4.
目的:基于网络药理学探究刺山柑治疗系统性硬化症(SSC)的分子机制.方法:使用GEO、GeneCards、PharmGkb、TTD以及DrugBank数据库获取SSC靶点,查阅相关文献及SwissTargetPrediction数据库获取刺山柑主要成分及其所对应靶点,取交集获取预测靶点.登录String数据库对预测靶点...  相似文献   

5.
目的 运用网络药理学方法及分子对接技术探讨敦煌医方大补肾汤治疗糖尿病肾病(DN)的潜在作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、Batman-TCM数据库检索大补肾汤中的活性成分及对应靶点,通过DrugBank、在线人类孟德尔遗传(OMIM)、GeneCards、PharmGkb和TTD数据库检索DN相关靶点;借助Cytoscape 3.7.2构建“中药-成分-靶点”网络图;运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;使用DAVID数据库将获取的核心靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;采用PyMol和AutoDock软件进行分子对接验证。结果 大补肾汤共筛选出活性成分124个,对应靶点238个;DN相关靶点740个,大补肾汤与DN疾病靶点映射共获取83个交集靶点,拓扑分析得到关键靶点24个。富集分析结果显示,涉及74个生物功能,46个细胞功能,92个分子功能;干预流体剪切应力和动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)、脂质和动脉粥样硬化、癌症等...  相似文献   

6.
目的: 采用网络药理学和分子对接技术探讨蒺藜皂苷D治疗肺纤维化可能的分子机制。方法: 采用SwissTargetPrediction数据库收集蒺藜皂苷D靶点,通过UniProt数据库将相应靶点蛋白名称进行标准化;通过DrugBank数据库、GeneCards数据库和OMIM数据库检索“pulmonary fibrosis”,获取肺纤维化疾病靶点;通过韦恩图获取蒺藜皂苷D和肺纤维化的共同靶点,并进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析、基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。利用分子对接技术验证蒺藜皂苷D与核心靶点的结合能力。结果: 获取蒺藜皂苷D 43个潜在靶点,肺纤维化疾病1 492个相关靶点,蒺藜皂苷D与肺纤维化共同靶点17个,PPI网络中自由度排名前8个靶点分别为MAPK3、PPARG、IL6、TNF、VEGFA、TGFβ1、FGF2和STAT3;GO功能富集注释得到生物学过程(BP)条目418条,细胞组成(CC)条目22条,分子功能(MF)条目29条;KEGG通路分析得到69条信号通路;分子对接提示MAPK3、FGF2、STAT3、IL6、PPARG与蒺藜皂苷D的结合能均≤-5.0 kcal/mol。结论: 蒺藜皂苷D通过多靶点、多途径的效应发挥治疗肺纤维化的生物活性,其可能通过MAPK3、FGF2、STAT3、IL6和PPARG等靶点调控MAPK信号通路和PI3K-Akt信号通路治疗肺纤维化。  相似文献   

7.
目的 基于网络药理学、分子对接验证补阳还五汤治疗脊髓损伤的作用机制。方法 通过TCMSP、SymMap、PubChem、Swiss Target Prediction数据库筛选补阳还五汤的活性成分和靶点。从OMIM、GeneCards、TTD、DrugBank数据库检索脊髓损伤的靶点。通过venny软件获取补阳还五汤与脊髓损伤的交集靶点。用Cytoscape软件构建补阳还五汤治疗脊髓损伤的活性成分-靶点网络。通过DAVID数据库对共同靶点进行基因本体论和京都基因与基因组百科全书富集分析,分子对接技术分析药物与靶点的结合能力。结果 共得到补阳还五汤中活性成分106个,作用靶点225个,脊髓损伤靶点1315个,药物-疾病交集靶点112个。补阳还五汤主要通过槲皮素、山柰酚、鞣花酸、木樨草素、常春藤皂苷元等药物活性成分治疗脊髓损伤。结论 补阳还五汤可通过多种信号通路达到治疗脊髓损伤的目的。  相似文献   

8.
目的 利用网络药理学及分子对接技术分析抵当芪桂汤治疗糖尿病周围神经病变的作用机制。方法通过TCMSP、HERB数据库筛选出抵当芪桂汤的有效成分;使用UniProt数据库下载相关基因靶点。通过GeneCards、OMIM、TTD、PharmGKB、DrugBank数据库筛选出糖尿病周围神经病变的基因靶点;取抵当芪桂汤药物成分与糖尿病周围神经病变的交集靶点,根据交集靶点进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)代谢通路分析;通过分子对接实验进行验证。结果 筛选得到抵当芪桂汤有效化合物123个,药物与疾病的交集靶点214个,通过网络图分析得到抵当芪桂汤治疗糖尿病周围神经病变有效药物成分为槲皮素(quercetin)、熊果酸(ursolic acid)、D-甘露醇(D-mannitol)、山柰酚(kaempferol)等,有效基因靶点为SRC、STAT3、MAPK3、PIK3CA、MAPK1和AKT1等,主要涉及通路为PI3K-AKT信号通路、脂质和动脉粥样硬化、MAPK信号通路、AGE-RAGE信号通路在糖尿病并发症、内分泌抵抗、HIF-1信号通路等;分子对接结果表明:槲...  相似文献   

9.
目的:利用网络药理学和分子对接技术对湿润烧伤膏治疗糖尿病溃疡的主要活性成分和潜在作用机制进行探讨。方法:基于TCMSP数据库筛选湿润烧伤膏主要活性成分和作用靶点,从GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank数据库中查找糖尿病溃疡相关靶点,使用STRING 11.5数据库构建蛋白互作(PPI)网络筛选核心靶点,在Cytoscape 3.8.2软件中制作“药物-靶点-疾病”网络图筛选核心活性成分,使用R语言软件进行基因GO功能和KEGG通路富集分析,最后应用分子对接对筛选结果进行初步验证。结果:筛选出湿润烧伤膏37个活性成分映射100个作用靶点,糖尿病溃疡疾病靶点5 527个,交集靶点77个,PPI网络拓扑分析提示TP53、TNF、HSP90AA1等为关键靶点;“药物-靶点-疾病”网络图显示刺槐素、汉黄芩素、槲皮素、吴茱萸次碱等为核心活性成分;GO功能分析主要涉及血管生成、离子转运、管径调节、细胞因子受体结合等过程,KEGG富集分析主要包括PI3K-Akt、AGE-RAGE等信号通路;分子对接显示核心活性成分和关键靶点均具有较好的对接活性。结论:湿润烧伤膏治疗...  相似文献   

10.
目的 采用网络药理学和分子对接的方法探讨解毒通利方治疗肝纤维化(HF)的可能作用机制。方法 借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、本草组鉴(HERB)获得解毒通利方所有有效活性成分,通过TCMSP数据库将这些有效活性成分进行成分靶点预测,并与GeneCards数据库、PharmGkb数据库、TTD数据库、OMIM数据库和DrugBank数据库中HF疾病基因相关靶点使用R语言软件取交集,从而获得解毒通利方治疗HF的靶点;通过STRING绘制交集靶点的蛋白互作(PPI)网络,筛选核心蛋白;利用Cytoscape 3.8.0软件构建“中药—关键化合物—核心靶点”网络;运用R语言软件进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测核心靶点的作用机制。最后,应用分子对接技术,将关键有效活性成分和PPI中核心蛋白进行分子对接。结果 共筛选解毒通利方药物活性化合物172种,作用靶点4 068个,构建PPI网络,运用“CytoNCA”插件筛选出IL6、AKT1、STAT1、RELA、MYC、FOS、STAT3、MAPK1、CCND1等19个核心蛋白...  相似文献   

11.
Objective To explore the potential regulatory mechanism of Xuebijing injection in the treatment of COVID-19 by using network pharmacology and molecular docking methods. Methods Corresponding target genes of all the active ingredients of Xuebijing injection were obtained by using the pharmacological database and analysis platform of TCM System (TCMSP). And intersections with the COVID-19 gene-related targets in GeneCards database, OMIM database, PharmGkb database, TTD database and DrugBank database using the R programming language. Thus, the core target of Xubijing injection in COVID-19 treatment was obtained; Cytoscape 3.7.2 software was used to construct TCM - compound - target network; PPI network of intersection target was obtained by STRING; Utilized data packets to perform gene ontology (GO) functional enrichment analysis and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway enrichment analysis to predict the mechanism of overlapping targets. Finally, molecular docking technology was implemented to dock key active ingredients with PPI core protein. Results GO functional enrichment analysis included 1 818 biological processes (BP), 20 cellular components (CC) and 89 molecular functions (MF). The first 30 KEGG related pathways involved inflammation and immune response, such as rheumatoid arthritis signaling pathway, IL-17 signaling pathway, Th17 cell differentiation pathway, hypoxia-inducible factor (HIF-1) signaling pathway, JAK-Stat signaling pathway, inflammatory bowel disease signaling pathway, NF-κB signaling pathway, etc. Quercetin, cryptotanshinone, luteolin, β -carotene can affect IL1B, STAT3, AKT1, VEGFA and other overlapping targets. Meanwhile, quercetin may exert anti-inflammatory, antiviral and immune responses through IL1B binding to treat COVID-19. Conclusion This study reveals that chemical components in Xuebijing injection are involved in multiple biological processes and pathways in COVID-19 treatment through binding to key target proteins. © 2022. China Tropical Medicine. All rights reserved.  相似文献   

12.
目的:通过网络药理学和分子对接技术探讨雷公藤卵巢毒性的作用机制。方法:通过中药系统药理数据库及分析平台(TCMSP)和比较毒理基因组学数据库(CTD)收集雷公藤的候选毒性化合物和靶点,从CTD中获得雷公藤潜在的卵巢毒性靶点,并利用STRING数据库对雷公藤卵巢毒性的靶点基因进行分析。用Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,用cytoHubba插件鉴定核心基因。此外,利用R软件对雷公藤卵巢毒性的靶点基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。最后,使用Discovery Studio软件对核心毒性化合物和核心基因进行分子对接验证。结果:共获得9个雷公藤候选毒性化合物和56个潜在的卵巢毒性靶点。网络分析结果,雷公藤甲素、山柰酚和雷公藤红素是雷公藤的关键卵巢毒性化合物,核心卵巢毒性基因包括TP53MYCPTENMAPK3MTORSTAT3EGFRKRASCDH1AKT1。GO和KEGG分析显示,雷公藤通过氧化应激、生殖系统发育和功能、细胞周期调节、对内源性激素和外源性刺激的反应、细胞凋亡调节、衰老等途径引起卵巢毒性。分子对接研究显示,雷公藤的3个关键卵巢毒性化合物可与10个核心基因的对接口袋相匹配。结论:雷公藤可能通过作用于10个核心基因和140条信号通路而导致卵巢毒性。  相似文献   

13.
目的:通过网络药理学预测赤芍防治肝癌的作用机制。方法:通过 TCMSP 数据库(https://tcmspw. com/tcmspsearch.php)检索赤芍的化学成分,通过 STD 数据库以及 SEA 数据库预测赤芍的作用靶点。通过 OMIM 数据库(http://www.omim.org/)、DrugBank 数据库(https://www.drugbank.ca/)以及 TTD 数据库(http:// d b . i d r b l a b . n e t / t t d / ) 搜 集 肝 癌 疾 病 相 关 靶 点 ,筛 选 获 得 赤 芍 成 分 作 用 靶 点 与 肝 癌 疾 病 相 关 靶 点 交 集 ,利 用 S t r i n g 平台搜集相关靶点蛋白,借助 DAVID 数据库进行 Gene Ontology 注释分析,并通过 Cytoscape 3.2.1 软件构建蛋 白 - 蛋白相互作用网络,拓扑分析得到核心靶点,进一步分析赤芍防治肝癌作用机制。结果:从中药赤芍中筛选 得到 28 个化合物成分以及 442 个作用靶点,与 148 个肝癌相关靶点取交集得到 23 个共同靶点,靶点映射获得 22 个活性成分,蛋白 - 蛋白相互作用网络有 193 个节点,722 条边,经拓扑学指标筛选得到 95 个节点,439 条边, 核心靶点有 21 个。GO 注释得到 561 条生物过程,85 条细胞组分以及 130 条分子功能的信息。结论:网络药理 学直观地显示了赤芍防治肝癌具有多成分、多靶点、多通路的特点,为后续开发治疗肝癌的药物提供了理论基础。  相似文献   

14.
目的:基于网络药理学探讨香青兰提取物治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法:利用数据库收集香青兰提取物和溃疡性结肠炎的靶基因,通过蛋白质互作网络(Protein-Protein Interaction Networks, PPI)网络分析以及中心网络拓扑筛选,对靶基因进行基因本体论(GO)功能富集分析、《京都基因与基因组百科全书》(KEGG)通路富集分析。结果:通过检索数据库共获得172个香青兰提取物活性成分治疗溃疡性结肠炎的潜在靶点,同时,利用PPI网络分析筛选出了关键治疗基因,并对蛋白质群进行了生物学功能注释,此外,KEGG通路富集分析表明香青兰提取物治疗溃疡性结肠炎时涉及消化、免疫系统反应和炎症反应的多条相关通路。结论:香青兰提取物中的活性成分具有多种生物学功能,可作用于多条炎症、免疫及癌症相关通路,具有多成分、多靶点协同作用的特点。  相似文献   

15.
目的:采用网络药理学和分子对接的方法探讨颐脑解郁方治疗抑郁症的作用机制。方法:通过检索TCMSP、Symmap数据库获取颐脑解郁方的活性成分,利用 TCMSP、Uniport和Symmap预测活性成分的靶点,并通过GeneCards、OMIM、pharmgkb、TTD、DrugBank数据库检索抑郁症疾病靶点,将其疾病靶点取交集,进而将颐脑解郁方的活性成分靶点与抑郁症的疾病靶点取交集,利用Cytoscape构建药物成分-靶点网络,并使用STRING数据库构建蛋白相互作用网络(PPI),进行核心基因的GO和KEGG富集分析,并使用Pymol、AutoDock Tools软件制作分子对接。结果:共获取颐脑解郁方组方中6味植物药的活性成分72个,对应1363个目标靶点;通过CytoNCA筛选出9个关键靶点;GO富集分析得到生物学过程2624条、分子功能243条以及细胞组分116条,主要与炎症反应、以及氧化应激过程相关;KEGG富集分析得出194条显著富集的通路,主要为 IL-17 信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等,其功能主要涉及免疫系统调控、信号传导、内分泌系统、细胞生长与凋亡等。结论:颐脑解郁方可通过多个化合物作用于多个分子靶点发挥其对抑郁症的治疗作用,其分子机制主要涉及抑制炎症反应,减弱氧化应激等方面。  相似文献   

16.
目的利用网络药理学方法预测“黄芪-水蛭”药对治疗气虚血瘀型冠心病的主要活性成分、作用靶点、信号通路与作用机制。方法通过检索TCMSP、Pub Chem、Swiss Target Prediction、Uni Prot等数据库获得药物活性成分和靶点;在Gene Cards数据库获取冠心病相关靶点;借助Cytoscape软件构建药物—疾病靶点网络和PPI网络;利用R语言对“黄芪—水蛭”治疗冠心病的靶点进行GO和KEGG富集分析;使用Auto Dock Tools和Pymol软件绘制蛋白-药物分子对接模型。结果共获得“黄芪-水蛭”药对79个活性成分、425个药物基因靶点、630个疾病靶点,药物-疾病共同靶点101个,PPI核心网络包含靶点76个,并得出前20位GO和KEGG富集结果,所得药物成分与靶点蛋白可成功对接。结论“黄芪-水蛭”药对起效的主要活性物质包括常春藤皂苷元、联苯双酯、熊竹素、毛蕊异黄酮、异鼠李素、芒柄花黄素、12-甲基十四烷酸甲酯、Hirudinoidine A、10-十九烯酸甲酯、11-十六碳烯酸甲酯、Hirudinoidine B等成分,可能通过HIF-1信号通路、TNF信号通路、内分泌抵抗信号通路、松弛素信号通路、IL-17信号通路、PI3K-Akt信号通路等调控NPM1、HSPA5、YWHAZ、EGFR、ESR1、VCAM1、MYC等基因表达,进而对气虚血瘀型冠心病起到治疗作用。  相似文献   

17.
目的 基于网络药理学探讨锦灯笼(PCF)在白血病发生发展过程的作用,阐明其生物活性成分主要作用靶点和信号通路相关机制。 方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库以“锦灯笼”为关键词检索其生物活性成分及对应的潜在靶点,并采用蛋白质数据库(PDB)和小分子药物靶点预测在线平台(Swiss Target Prediction)网站对其潜在靶点进行评估预测。采用GeneCards、OMIM和DrugBank数据库以“Leukemia”为关键词对相关靶点进行检索。利用Draw Veen Diagram在线软件将PCF生物活性成分靶点与白血病靶点交集,得到的交集靶点即为PCF作用于白血病的靶点;利用基因/蛋白相互作用检索搜查工具(STRING)数据库获取交集靶点蛋白的蛋白-蛋白互作(PPI)网络信息并进行可视化处理;采用注释可视化和集成发现数据库(DAVID)对交集基因进行基因本体(GO)生物功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,并利用Cytoscape 3.7.2软件对PPI网络进行拓扑分析筛选核心靶点和核心活性成分,采用 AutoDock 和PyMol软件进行分子对接验证。 结果 对TCMSP数据库检索结果进行筛选后得到6个PCF活性成分,收集PCF与白血病的共同靶点29个。GO富集分析主要涉及造血或淋巴器官的发育、蛋白代谢调控和细胞凋亡等生物进程;KEGG信号通路富集分析主要包括癌症通路、肿瘤坏死因子 (TNF)和T细胞受体 (TCR) 等信号通路。拓扑网络分析得到蛋白激酶B1 (AKT1)、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3 (Caspase-3) 等10个核心靶点,结合KEGG信号通路筛选出核心活性成分谷甾醇和禾本甾醇。分子对接,PCF活性成分谷甾醇与原癌基因 JUN及禾本甾醇与AKT1和Caspase-3对接能均<-6.0 kcal·mol-1,表明对接较好。 结论 PCF的主要活性成分谷甾醇和禾本甾醇可能通过调控JUN、AKT1和Caspase-3等基因参与癌症通路和TCR等信号通路,进而影响白血病的发生发展。  相似文献   

18.
目的 运用网络药理学研究方法探讨哮喘宁颗粒防治心理应激哮喘的作用网络与潜在机制。方法 在中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、中药分子机制的生物信息学分析网络(Bioinformatics Analysis Tool for Molecular Mechanism of Traditional Chinese Medicine,BATMAN-TCM)等数据平台筛选哮喘宁颗粒的主要有效成分与靶点;并通过相关疾病靶点数据库检索心理应激哮喘的相关靶点;通过韦恩图得到哮喘宁颗粒与心理应激哮喘之共同靶点,利用Cytoscape 3.7.2建立"药物-成分-靶点"作用网络,然后使用STRING数据库进行化合物-疾病共同靶点的蛋白互作分析(protein-protein interaction,PPI),运用Cytoscape 3.7.2的插件MCODE、cytohubba及拓扑运算后筛选关键靶点;利用David数据库进行基因本体(Gene Ontology,GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析。结果 筛选出哮喘宁颗粒39个主要有效成分和121个交集预测靶点,心理应激哮喘靶点1 063个;通过韦恩图得到共同靶点72个,继用cytohubba插件及拓扑运算得到重要基因,通过MCODE筛选出基因互作模块,从而得到MAPK1、MAPK8、TNF、VEGFA、EGF、PTGS2、JUN、IL-6等交集靶点;通过GO和KEGG富集分析得知这些靶点涉及信号转导、细胞增生正调控、MAPK信号通路激活等生物学过程,神经活性配体受体相互作用、TNF、NOD样受体、Toll样受体、钙离子、T细胞受体、PI3K-Akt等信号通路。结论 哮喘宁颗粒可能通过多种有效成分作用于神经机制、免疫炎性反应、细胞增生等方面以综合调节"神经-内分泌-免疫"网络,从而防治心理应激哮喘。  相似文献   

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