滇西亚种树鼩微卫星分子标记的筛选和研究

目的 筛选出适用于滇西亚种树鼩种群遗传质量控制的特异性微卫星分子标记。方法 首先从树鼩全基因组序列中筛选出约700个微卫星位点,择优选出约100个位点设计引物,去除有不良因素的,最后保留33对和文献报道的13对引物对滇西亚种树鼩DNA进行 PCR扩增,根据琼脂糖电泳和聚丙烯酰胺电泳结果筛选保留,进行STR扫描再次筛选适于树鼩遗传检测的微卫星位点组合。结果 筛选出树鼩微卫星位点22个,STR基因扫描有明显Stutter峰。比较备选位点和最终筛选出的位点,普通树鼩位点中选取5个,2个可用,与滇西亚种的重合率是40%;印度小树鼩位点中选取5个,2个可用,重合率是40%;中缅树鼩的位点中选取3个,2个可用,重合率约70% 。结论 筛选出的22个微卫星位点适用于滇西亚种树鼩的遗传检测,为树鼩种群的遗传质量监测提供科学依据。     

封闭群树鼩的微卫星遗传特性分析

目的比较分析远交繁殖的I~IV代次的滇西亚种树鼩群体的遗传差异和分化程度,为培育封闭群树鼩种群提供遗传学依据。方法提取I~IV四个代次共49只滇西亚种树鼩的全血基因组DNA,选取树鼩的18个微卫星位点,结合荧光标记(FAM)PCR扩增技术,通过毛细管电泳技术检测扩增产物,并利用POPGENE、FSTAT等软件比较各代次树鼩的遗传相关指标。结果四个代次的树鼩群体共检测到等位基因(Na)89个,平均有效等位基因数(Ne)为3.779,平均观察杂合度(Ho)为0.523,平均期望杂合度(He)为0.613,平均多态信息含量(PIC)为0.558,平均Shannon信息指数(I)为1.277,平均等位基因丰富度(AR)为2.938,遗传分化系数(Fst)平均值为0.046;其遗传距离及无偏遗传距离分别为0.049~0.159和0.022~0.109。结论培育的树鼩群体的遗传多样性较丰富,且不存在较大的遗传差异和分化程度。     

广西和云南树鼩群体遗传多样性的比较分析

目的 比较分析我国广西、云南两个树鼩群体的遗传差异和分化程度，推动树鼩优良品系的培育和优化实验动物模型。方法 提取广西和云南各32只树鼩的全血基因组DNA，分别采用9对荧光标记微卫星引物进行PCR扩增，通过毛细管电泳技术检测扩增片段，并利用POPGENE等软件比较两个树鼩群体的遗传相关指标。结果 广西和云南两个树鼩群体平均期望杂合度（He）为0.703，平均多态信息含量（PIC）为0.725，Fis均值>0。CCBL1B、CCDC61、EDA1和OPA3四个位点表现为极显著偏离哈迪-温伯格平衡。两群体的遗传距离及无偏遗传距离分别为1.277和1.268，遗传相似系数约为0.28。遗传结构变异的分布情况显示61.57%的微卫星遗传变异来自于群体内部，38.43%存在于群体之间。STRUCTURE分析发现广西和云南树鼩为中缅树鼩群体的两个不同的亚种。结论 广西和云南树鼩两个群体的遗传多样性都较丰富，两个群体间具有较大的遗传差异和分化程度，遗传变异主要来源于群体内部。     

党参微卫星引物筛选及群体遗传多样性研究

目的 利用筛选的党参多态性微卫星引物进行党参群体遗传多样性研究。方法 利用磁珠富集法分离党参核基因组微卫星引物,并选取党参4个野生居群48个样品进行遗传多样性分析。结果 筛选出了10个能成功扩增党参样品的微卫星引物;这些引物扩增产物的等位基因数目为5～14个,观察杂合度范围为0.446～0.833,期望杂合度范围为0.697～0.895;使用4个党参近缘物种（轮叶党参、球花党参、鸡蛋参和长叶党参）进行引物通用性检测,发现有5对引物（Cpi01、Cpi04、Cpi06、Cpi07和Cpi08）能同时在4个物种中成功扩增。结论 筛选出的多态性微卫星引物能用于党参的遗传多样性和群体遗传结构研究,同时也能够用于党参属其他近缘物种的群体遗传学研究。     

树鼩5个生化位点与11个微卫星标记位点的初步研究

目的初步建立树鼩生化与微卫星标记检测法.方法参考近交系小鼠、大鼠生化遗传标记检测方法,对树鼩某些同工酶进行活性测定.根据树鼩特异DNA序列,合成引物,扩增树鼩基因组DNA.结果树鼩Es-1,Trf,Akp-1,Ce-2四个生化位点呈遗传多态性,而Es-3生化位点无遗传多态性;所选的11个微卫星DNA位点中,有9个具有高度多态性,2个微卫星DNA多态性较差.结论初步建立了树鼩生化及微卫星标记的方法,为深入研究树鼩的遗传背景积累了基础资料.     

中缅树鼩微卫星分子标记的筛选

目的筛选中缅树鼩微卫星分子标记,逐步填补中缅树鼩特异性遗传标记的空白。方法建立中缅树鼩基因小片段插入文库,利用5’端地高辛标记的(CA)15探针从约1500个菌落中选出36个阳性克隆。对这些克隆进行测序,发现其中15个含有重复序列,其中1个为重复克隆,1个因两端序列太短而不能设计引物。结果用Primer3软件设计13对引物。PCR结果,13对均有条带。退火温度分布在44～52℃之间。阳性克隆率为2.4%,微卫星克隆率为1%。结论利用地高辛标记探针筛选树鼩微卫星分子标记所得的微卫星克隆率,可达到传统放射性核素标记探针同等的效果,并可避免放射性危害。树鼩微卫星分子标记的筛选将为下一步进行基因组结构的分析、树鼩遗传连锁图谱的构建、分子进化和标记辅助选择等提供大量的微卫星标记。     

树鼩微卫星DNA的多态性研究

目的 探索并建立一种检测树鼩群体遗传多样性的方法.方法 利用聚合酶链反应(PCR)扩增技术对30只树鼩个体的11个微卫星位点进行了遗传检测.结果 所选的11个微卫星DNA位点中,有9个具有高度多态性,2个微卫星DNA位点多态性较差.结论 所研究的树鼩微卫星位点中,有9个符合遗传标记特点,可用于检测树鼩群体的遗传多样性.     

应用RAPD标记技术对树鼩遗传多样性的分析

目的建立树鼩RAPD(random amplified polymorphic DNA)遗传标记分析方法,了解中缅树鼩种群的遗传多样性。方法采用PCR技术对40条随机引物进行优化,筛选出能有效用于树鼩群体遗传分析的RAPD位点,对48只树鼩个体的基因组DNA进行PCR扩增,并应用Popgene 1.32与RAPDistance Package Version 1.04等软件进行数据处理,分析树鼩的群体遗传特性。结果20个RAPD引物共检测到113个位点,平均每个引物可扩增出5.65个位点,其中多态位点数为69个(占61.1%)。个体间的遗传相似系数平均为0.8307,个体间遗传距离在0.09~0.27之间,平均遗传距离为0.1693。雄性群体的遗传多态度(H0)(0.1864)略高于雌性群体(0.1470),平均遗传多态度(Hpop)为0.1667;树鼩遗传多态度所占的比例在群体内为48.29%,而雌、雄群体间为51.71%。NJ法进行聚类分析得出T15、T33和T47号树鼩个体聚类成一大类,其余45只树鼩个体聚成另一大类,雌、雄个体呈相互交叉现象。结论实验所筛选的随机引物可有效用于中缅树鼩种群的遗传结构分析。本树鼩群体具有较好的遗传多样性。     

筛选适用于小型猪遗传检测的微卫星位点

目的 筛选用于封闭群小型猪遗传检测的微卫星位点.方法 从资料和GenBank中选取扩增效果好、等位基因多、均匀分布于小型猪18条常染色体和X染色体上的100个微卫星位点,合成引物,对封闭群小型猪基因组进行PCR扩增及条件优化.PCR产物采用琼脂糖凝胶电泳、聚丙烯酰胺凝胶电泳和STR扫描技术进行分析和比较,选择多态性好的位点.结果 筛选出32个分布于不同染色体且等位基因多的微卫星位点.结论 筛选出了应用于封闭群小型猪遗传检测的微卫星位点.     

人工饲养树鼩皮肤真菌携带的调查

目的 调查人工饲养条件下树鼩皮肤真菌携带情况,为实验树鼩的微生物质量控制提供依据。方法 刮取79只树鼩皮肤表皮碎屑,包括野生来源的51只和人工繁殖的F1代28只,采用沙氏青霉素瓶斜面法和沙氏平皿培养法分别进行培养,对长出的每株真菌进行取样涂片染色,显微镜镜检观察真菌形态,用酚氯仿法提取真菌DNA,PCR扩增ITS基因,测序后经BLAST进行核酸同源性比对,进一步鉴定分析。结果 野生来源树鼩有9份样长出真菌,F1代有3份样长出真菌菌落,携带率分别15.69%和10.71%。所有真菌DNA最后进行BLAST比对鉴定后发现为7个种属的真菌,但均无致病性。结论 人工饲养的树鼩种群中皮肤真菌携带率较低,并且随繁殖代次增加而下降,未检测到皮肤病原真菌。     

不同来源高度免疫缺陷小鼠微卫星DNA遗传检测的分析

目的对不同来源的高度免疫缺陷小鼠进行遗传背景的检测分析,旨在发现经遗传修饰的小鼠遗传背景是否符合近交系遗传特征。方法对收集到的4种不同来源以NOD为背景的高度免疫缺陷小鼠,选取30个微卫星DNA位点进行PCR检测,通过凝胶电泳结果和STR扫描确定基因型,进行遗传分析。结果 4组20个样本中共有17个位点呈现多态性,A、B两组小鼠30个微卫星位点表现为纯和,其他两组小鼠中不同位点均出现杂合个体;A、B两组遗传距离最小,保持着较高的遗传相似度。结论研究表明,不同来源高度免疫缺陷小鼠遗传背景有差异。     

微卫星DNA分析国内24个近交系小鼠遗传状况

目的利用微卫星位点对国内24种近交系小鼠进行遗传状况分析。方法用前期筛选的富含多态性和等位基因数多的30个小鼠微卫星位点,合成荧光标记引物,对近交系小鼠基因组DNA进行PCR的扩增,经STR扫描对各近交系小鼠品系进行基因分型。结果在24个近交系小鼠品系中,有16个品系在品系内在30个位点上均具有相同基因型。而在不同品系间同一位点具有多态性,可初步对不同品系进行鉴别区分。其余品系内个别动物存在多态性。结论所选位点可以参考用于近交系小鼠遗传质量检测分析,并进行初步品系检测鉴定。     

金黄地鼠与白化地鼠遗传生化基因位点概貌

目的 建立金黄地鼠和白化地鼠遗传生化基因位点.方法 选用小鼠和大鼠的遗传生化基因位点,采用蛋白质和同工酶醋酸纤维电泳的方法,对金黄地鼠和白化地鼠进行生化基因位点检测.结果 建立了金黄地鼠和白化地鼠25个生化基因位点,分析金黄地鼠和白化地鼠遗传生化基因位点的多态性,为进一步研究金黄地鼠白化突变系的遗传机理奠定基础.结论 金黄地鼠生化基因位点存在多态性,白化地鼠与金黄地鼠生化基因位点存在差异.     

国家上海KM小鼠种子群体遗传状况分析

目的 对国家啮齿类实验动物种子中心上海分中心KM小鼠种子群体进行群体遗传质量分析与评价。方法 利用筛选出的30个微卫星位点设计引物,对种群中随机抽取的30只KM小鼠样本进行PCR扩增,扩增产物利用STR扫描技术进行测定,用Popgen1.32软件对所得结果进行处理分析。结果 KM小鼠种子群体共得到123个等位基因型,平均有效等位基因数为2.3989,平均杂合度为0.5342,平均多态性信息含量(PIC)为0.4735。结论 上海分中心KM小鼠种子群体具有良好的遗传稳定性和多样性,符合封闭群动物的群体遗传概貌特征。     

野生树鼩肠道蠕虫感染调查及分析

目的调查野生树鼩(Tupaia belangeri Chinensis)感染肠道蠕虫的主要种类并进行鉴定,为今后树鼩寄生虫检测提供形态学参考,为实验树鼩寄生虫控制提供依据。方法采集203只野外来源的树鼩新鲜粪便,虫卵采用常规粪便直接涂片以及孵化后显微镜观察;绦虫采用压片、固定染色,以及线虫经透明后体视镜观察,虫卵与成虫相对应鉴定。结果野生树鼩肠道蠕虫的总感染率为75.86%,主要感染种类有3种,经鉴定为长膜壳绦虫、奇口线虫和粪类圆线虫,感染率分别为27.67%,30.06%和51.52%。三种蠕虫的混合感染率为4.55%。两种线虫虫卵在树鼩粪便中多为含胚胎形态。结论野生树鼩肠道蠕虫的感染率较高。对野外引入的新种源必须隔离检疫,进行针对性的药物治疗,才能有效地控制肠道寄生虫病的传播。     

广东汉族人群8个短串联重复序列基因座的遗传多态性研究

目的:对广东汉族人群8个(D2S1360、D3S1545、D7S1517、D16S3253、D18S1270、D19S253、D20S470、D21S1437)短串联重复序列(STR)基因座的等位基因频率进行研究并获得群体遗传参数,探讨其法医学应用价值。方法:对216份广东汉族无关个体EDTA抗凝血样用Chexlex-100法提取DNA,应用多重聚合酶链反应结合聚丙烯酰胺凝胶电泳对以上8个基因座在广东汉族人群中的基因型分布进行分析。结果:此8个基因座分别检出12、9、13、9、10、10、13、10个等位基因和42、27、45、33、31、36、44、31种基因型,且基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡定律。各基因座的观察杂合度分别为0.851、0.782、0.885、0.756、0.784、0.812、0.917、0.725。8个基因座的累积个体识别机率为0.999 999 7,累计非父排除概率为0.998 15。40个家系样品调查证实上述基因座均遵循孟德尔遗传规律,未观察到突变。结论:8个STR基因座在广东汉族人群中具有较高的遗传多态性,在法医学应用和群体遗传学研究中具有应用价值。     

微卫星技术在NIH小鼠群体遗传结构分析中的应用

目的应用微卫星DNA技术对A单位NIH小鼠和B单位NIH小鼠的遗传结构进行对比分析。方法利用30个微卫星位点对2个NIH小鼠种群进行PCR扩增和STR扫描,借助统计软件Popgene 1.32进行群体遗传结构分析。结果 A单位NIH群体获得74个等位基因型,平均杂合度为0.3108,多态性信息含量为0.2637;B单位NIH群体获得76个等位基因型,平均杂合度为0.3257,多态性信息含量为0.2777。群体间比较显示,群体间分化系数为0.3932,遗传一致性指数0.3971,遗传距离为0.9235,群体差异显著。结论两个NIH小鼠群体间存在严重的遗传分化,形成了两个不同的封闭群群体。