采用多重连接依赖式探针扩增技术对先天性心脏病患儿进行基因拷贝数变异分析

目的 探讨多重连接依赖式探针扩增(multiplex ligation-dependent probe amplification,MLPA)技术在临床上检测先天性心脏病(congenital heart disease,CHD)患者基因拷贝数变异(copy number variation,CNV)的可行性,了解中国未挑选的先天性心脏病患儿中基因拷贝数变异的发生情况.方法 收集未挑选的125例先天性心脏病患儿,以100例年龄、性别匹配的健康儿童为正常对照组,采用MLPA技术(MLPA-kit P311试剂盒)对病例组和对照组的基因组DNA进行分析. 结果 在125例先天性心脏病患儿中,发现5个22q11.2微缺失,阳性检出率为4％(5/125).在100例正常对照中均未检出拷贝数变异. 结论 CNV是CHD的重要致病机制,而22q11微缺失是CHD患者中常见的CNV的类型之一.MLPA技术具有高通量、快捷及成本较低等特点,可应用于先天性心脏病基因拷贝数异常的检测.     

多重连接探针扩增及全基因组芯片分析孤独症患者SHANK3及UBE3A等热点基因拷贝数变异初步研究

目的 研究SHANK3,UBE3A等热点基因拷贝数变异(CNV)与孤独症的相关性.方法 对75名孤独症患儿及112名健康父母和30名正常对照进行研究,利用多重连接探针扩增(MLPA)及全基因组芯片重点对22q13区域(SHANK3基因)、15q11-13 (UBE3A,GABRB3基因)、15q13微缺失区域及CHRNA7基因、16p11微缺失区域等区域进行基因组DNA拷贝数变异检测.结果 ① MLPA分析显示,75名孤独症患儿有6名存在22q13区域的SHANK3基因第15外显子杂合缺失(8.0%,6/75),正常组缺失率为1.4%(2/142),两组间差异有统计学意义(P<0.05);②对6名SHANK3杂合缺失的患儿及6名正常对照进行全基因组芯片分析显示,孤独症患儿CNV变异总数和所涉及的染色体长度都远远高于对照组,在第1,9,15,16,21,22号染色体CNV变化较大.结论 高通量全基因拷贝数变异研究有助于孤独症研究,22q13及SHANK3基因可作为孤独症热点区域重点研究.     

利用微阵列比较基因组杂交技术检测多发性骨髓瘤的遗传学异常

目的:利用微阵列比较基因组杂交技术分析初诊多发性骨髓瘤(MM)患者的遗传学异常,探讨其在MM遗传学异常检测中的应用价值。方法:对20例初发MM患者,利用CytoScan 750K芯片对其骨髓细胞进行全基因组拷贝数变异分析;另外通过骨髓细胞染色体核型分析及利用多个荧光探针(D13S319、RB1、p53、1q21、IgH、IgH/CCND1、IgH/FGFR3、IgH/MAF、IgH/MAFB)FISH检测骨髓细胞的染色体异常。结果:20例MM患者中,染色体核型异常者3例(15%);FISH检测染色体异常13例(65%),而芯片检出18例(90%)患者具有染色体拷贝数异常(CNV),包括拷贝数增加(106个)、拷贝数缺失(156个)以及单亲二倍体(23个),除了5号、9号、18号、21号以及Y染色体未发现CNV外,其余染色体上均包含不同数量的拷贝数增加和/或缺失。FISH和芯片检测比较显示,13号染色体缺失(D13S319、RB1)发生率分别为35%(7/20)和40%(8/20);1q21扩增分别为40%(8/20)和50%(10/20);P53缺失均为15%(3/20);FISH检出IgH重排阳性8例,芯片检出4例11q13(CCND1基因)扩增,3例16q23(MAF基因)扩增,1例4p16(FGFR3基因)扩增,2例20q12(MAFB基因)扩增。另外,芯片还可以发现了新的如7号、8号、12号、X等染色体异常。结论:半数以上MM患者都存在染色体改变,而且大部分均为复杂异常,利用微阵列芯片可以提高染色体异常的检出率,为MM预后判断提供更多的分子遗传学信息。     

MLPA技术联合染色体核型分析检测儿童发育异常的临床研究

目的探讨多重链接依赖性探针扩增(MLPA)技术联合染色体核型分析在检测儿童发育异常中的临床应用价值。方法收集87例生长发育异常的儿童,抽取外周血进行传统G显带核型分析,并运用MLPA技术进行染色体微缺失等检测,分析发育异常儿童的染色体情况。结果 87例患儿中检出异常核型22例,异常率为25.3%,包括46,XY,小Y染色体核型10例、45,X核型2例、45,X/46,XY核型1例、46,XY/45,XX核型1例、47,XXY核型1例等。在65例正常核型中MLPA仍检测出8例存在微缺失或微重复。结论 MLPA技术联合染色体核型分析为临床诊断儿童发育异常提供了一条有效、准确的检测流程,有利于提高染色体异常的检出率和准确率。     

MLPA技术在DMD基因外显子拷贝数变异家庭基因诊断及产前诊断中的应用

目的分析多重连接依赖探针扩增(MLPA)技术在DXD基因外显子拷贝数变异家庭基因诊断及产前诊断中的应用价值。方法选取2018年1月至2019年1月就诊于该院产前诊断门诊,基因检测结果明确为DMD基因缺失或重复突变的14例杜氏肌营养不良症患儿(先证者)作为研究对象,通过使用MLPA技术针对DMD基因全部79个外显子进行缺失和重复突变检测,对先证者、先证者母亲及其再次妊娠所怀胎儿进行基因诊断及产前诊断。结果 DMD基因MLPA检测结果显示,先证者拷贝数缺失突变13例,重复突变1例;家系1～8先证者拷贝数缺失或重复片段遗传自其母亲;胎儿拷贝数杂合缺失突变3例,杂合重复突变1例,其余10例胎儿未检测到外显子缺失或重复。结论 MLPA技术是一种灵敏、准确、高效的分子诊断方法,该方法能对DMD基因外显子拷贝数进行相对定量,从而明确致病因素,更好地为杜氏肌营养不良症家庭优生优育提供指导意义。     

染色体18p部分缺失综合征导致发育迟缓的临床及遗传学分析

目的分析1例发育迟缓患儿的遗传学原因,探讨其染色体DNA拷贝数变异与表型的相关性。方法发育迟缓患儿1例,应用常规G显带核型分析患儿及其父母的染色体核型,应用微阵列比较基因组杂交技术分析患儿及其父母DNA拷贝数变异,并对核型分析结果进行精确定位。结果常规G显带核型分析示该患儿父母染色体核型正常,患儿为46,XX,del(18)(p11.2);微阵列比较基因组分析示患儿父母基因芯片检测结果正常,患儿18号染色体部分缺失,缺失区域为18p11.32-p11.21,片段大小为11.49 Mb。结论微阵列比较基因组杂交技术分辨率和准确性高,可对染色体微变异进行精确定位;18号染色体短臂部分缺失可能与患儿发育迟缓有关。     

染色体11q中间缺失致发育迟缓1例遗传学分析

目的探讨1例11号染色体长臂新发中间缺失患儿的临床表型和相关遗传学病因。方法 1例中度发育迟缓患儿,采用染色体核型分析G显带技术分析患儿及其父母的染色体核型,提取患儿及其父母全基因组DNA,采用染色体微阵列分析技术分析患儿及其父母的全基因组DNA拷贝数变异;查阅Decipher、OMIM、DGV等数据库,分析其遗传学检查结果。结果该例患儿父母外周血染色体核型分析和染色体微阵列分析结果均未见异常,患儿核型分析结果为46,XY,del(11)(q13.5q21),染色体微阵列分析结果为arr[hg19]11q13.5q21(76752340_93065447)×1,缺失片段大小为16.313Mb;查阅数据库未发现该缺失片段。结论该患儿11号染色体长臂中间缺失为新发缺失,可能与患儿中度发育迟缓的临床表型相关,从而导致其发育受限。     

应用微阵列比较基因组杂交技术检测乳腺癌患者共有拷贝数变异的初步研究

目的 探讨乳腺癌患者基因组中共有的拷贝数变异与乳腺癌发生发展的关系,为乳腺癌的预防、治疗和预后提供基本依据. 方法 使用微阵列比较基因组杂交技术检测样本基因组DNA的拷贝数变异.将得到的拷贝数变异在人类基因组变异数据库和孟德尔遗传数据库进行变异分析,寻找样本共有的拷贝数变异并分析其与乳腺癌的关系.结果 发现1q21、8p11、8p12、8q11、14q32、14q32.33(其中包含2个片段),20q13和22q11共9个共有拷贝数变异,其中4个拷贝数变异通过人类基因组变异数据库证实为正常多态性拷贝数变异.有5个拷贝数变异在人类基因组变异数据库中不存在相似片段并且在孟德尔遗传数据库中有致病基因,包括4个扩增片段和1个缺失片段. 结论 1q21.1q42.2、8q21.12q23.3和20q13.2q13.31 3个片段的扩增及8p12p11.23的缺失与乳腺癌的发生和发展有一定联系,但8q11.22q11.23的扩增与乳腺癌的发生、发展的相关性尚有待于进一步验证.     

多重探针连接依赖式扩增技术在常见非整倍体染色体异常快速产前诊断中的应用研究——附407例检测报告

目的:评估现有多重探针连接依赖式扩增技术(MLPA)方案作为常见非整倍体染色体异常的快速产前诊断方法的有效性.方法:对407例羊水样本进行MLPA试验及羊水细胞染色体G显带核型分析,所有样本进行MLPA获得的扩增产物信息经GenemarkerV l.80软件进行定量分析,观察样本DNA拷贝数的变化,并将所得结果与染色体核型分析结果进行比较,计算其检测的敏感度、特异度及阳性预测值.结果:407例样本中,应用MLPA技术发现正常样本397例及染色体非整倍体异常样本9例.异常结果包括21三体6例、18三体l例、X三体1例及X-单体1例,与羊水细胞培养染色体G显带核型分析结果一致.MLPA检测出的1例X单体疑似样本,经核型分析结果验证为正常核型.MLPA检测非整倍体性染色体异常的敏感度为100％,特异度为99.75％,阳性预测值为90％.结论:MLPA分析技术作为一项快速产前诊断技术,具有良好的特异性和应用价值.     

微阵列比较基因组杂交用于智力低下和发育迟缓伴2q37微缺失患儿的分子诊断

目的寻找1例生长发育迟缓(development delay,DD)、智力低下(mental retardation,MR)患儿潜在的致病性基因组不平衡(genomic imbalance),分析其与表型的相关性;探讨高密度微阵列比较基因组杂交技术(array-based comparative genomichybridization,array-CGH)在临床分子遗传学诊断中的应用价值。方法用array-CGH技术对患儿进行全基因组高分辨率扫描分析,并用多重连接探针扩增技术(multiplex ligation-dependent probe amplification,MLPA)对新发现的基因组不平衡进行验证。结果该患儿外周血细胞G显带核型未见异常,array-CGH结果发现患儿2号染色体末端存在1个亚显微结构微缺失del(2q37.1-37.3,-9.3 Mb)。MLPA结果也验证了患儿该缺失区域的存在,患儿的基因组不平衡为新发的,但患儿父母该区域未见异常。文献查询与表型基因型分析证实了该缺失具有病理性意义。结论新发现的Del(2q37.1-37.3,-9.3Mb)是该患儿真正的致病原因;array-CGH技术在MR/DD患儿的分子遗传学诊断中具有重要价值。     

array-CGH在产前诊断染色体疾病中的应用

摘要: 微阵列比较基因组杂交技术（array-based comparative genomic hybridization, array-CGH）结合了比较基因组杂交技术（CGH）、微阵列芯片技术（micro-array）的优势,在分子遗传学中广泛应用于全基因组水平的拷贝数分析。array-CGH 在产前诊断染色体疾病中的应用相比于传统的细胞遗传学核型分析技术以及荧光原位杂交技术（FISH）、多重荧光定量PCR（QF-PCR）、多重连接探针扩增技术（MLPA）等分子遗传学技术具有高通量、高分辨、高灵敏度、操作自动化等优势;能够检测出相当一部分常规核型分析技术不易发现的染色体微缺失和微重复综合征,以及亚端粒或者其他不平衡的染色体重排。目前用array-CGH进行全基因组扫描进行产前诊断,判断和评估所检出的拷贝数变异（CNVs）的临床意义有一定难度。对不同位点CNVs出现频率及临床意义研究可能会是近期研究热点之一。     

淋巴瘤比较基因组杂交研究

目的评价比较基因组杂交(CGH)技术在淋巴瘤研究中的应用价值。方法采用CGH技术检测20例淋巴瘤患者核型异常,部分病例与核型分析比较。结果20例淋巴瘤患者CGH核型异常检出率为60%。8例进行常规核型分析的患者,CGH检测出4例常规核型分析未发现的异常。8例弥漫大B细胞淋巴瘤5例发现染色体拷贝数改变,其中3例发现13号染色体长臂扩增。5例滤泡性淋巴瘤中3例分别检测出7q11-21和15q11-14扩增和18号三体。4例小淋巴细胞淋巴瘤中1例6q16-25缺失,1例发现复杂核型异常:1p21-23扩增伴有2p12-ter,9p13-ter,10p13-ter缺失。结论淋巴瘤患者存在多种染色体异常,CGH是一有用的分析淋巴瘤核型异常的分子细胞遗传学工具。     

1例1q25.1-q31.3缺失智力低下患儿的分子细胞遗传学诊断

摘要:目的：检测1例不明原因智力低下(mental retardation, MR)患儿的基因组不平衡,寻找其致病原因。 方法：经常规G显带核型分析,发现患儿核型为46,XX,del(1)(q25-q31)后运用微阵列比较基因组杂交(arraybased comparative genomic hybridyzation, array-CGH)技术对患儿进行全基因组高分辨率扫描,对缺失区域的位置和大小作精确分析。 结果：array-CGH结果证实了患儿基因组存在一个病理性的拷贝数变异: del(1)(q25.1-q31.3) (172 832 580-193 394 460, ~20.561Mb)。 结论：del(1)(q25.1-q31.3)是此患儿真正的致病原因;array-CGH技术具有高分辨率、高准确性等优点,有利于基因组异常的检测和临床遗传咨询。     

磁珠法DNA提取技术在多重连接依赖探针扩增检测中的应用

目的探讨磁珠法DNA提取技术在多重连接依赖探针扩增(MLPA)检测样品制备中的应用价值。方法分别用半自动磁珠法和手工离心柱法提取1例21-羟化酶缺乏症患者和16例健康男性外周血、16例羊水细胞标本的基因组DNA,用MLPA法检测CYP21A2基因拷贝数,比较两种方法制备DNA的质量及MLPA结果。用磁珠法提取200例羊水细胞DNA,MLPA法检测染色体非整倍体异常表达情况。结果磁珠法提取外周血DNA的浓度和总量均高于离心柱法(P0.05)。两种方法提取羊水DNA浓度相当,磁珠法所得总量较高(P0.05)。21-羟化酶缺乏症患者CYP21A2基因拷贝数比值接近0.5。200例羊水标本中检出正常二倍体188例,21三体9例,18三体2例,特纳(Turner)综合征(45,X)1例,与核型分析结果一致。结论磁珠法制备的外周血和羊水细胞DNA适用于MLPA检测,具有较高的应用价值。     

荧光原位杂交技术在儿童急性髓系白血病诊断中的作用

本研究探讨荧光原位杂交技术(FISH)在儿童急性髓系白血病(AML)临床诊断中的作用。对2005年4月至2010年4月于我院就诊的179例儿童AML的临床实验室检查资料进行回顾性分析,分析FISH法与染色体核型分析(CA)、聚合酶链反应(PCR)检测手段对融合基因检测结果的差异性和互补性。结果表明:FISH对细胞遗传学异常的检出率较高,27例AML-M3应用探针检测PML/RARα融合基因,22例为阳性;24例AML-M2b应用探针检测AML1/ETO融合基因,24例均为阳性;3例AML-M4Eo应用探针检测CBFβ/MYH11融合基因,3例均阳性。结论:FISH法检测儿童AML中融合基因阳性率较高,并且与常规染色体核型分析和PCR检测具有较好的一致性。FISH与传统的细胞遗传学和分子生物学技术相结合,能够使遗传学异常的检测更准确,在儿童AML的诊断和分型中具有值得推广的临床价值。     

全基因组低覆盖度测序结合传统细胞遗传学核型分析在罕见遗传病诊断中的应用

目的对1例NT增厚的彩超异常胎儿进行遗传学分析及诊断,探讨多种检测方法的联合应用在遗传病检测中的实际意义。方法采用全基因组低覆盖度测序(WGS)法检测胎儿染色体非整倍体及100kb以上的拷贝数微缺失/微重复,同时用常规G显带法对羊水行胎儿脱落细胞染色体核型分析。结果 WGS显示胎儿4q末端存在34.16Mb的重复合并18q末端存在19.97 Mb的缺失,经结合G显带核型分析最终确定该胎儿核型为46,XN,der(18)t(4;18)(q32.1;q21.3)。结论应用WGS结合染色体G显带核型分析技术,确诊了1例4q部分三体合并18q部分单体衍生的不平衡重排染色体的彩超异常胎儿,证明合理运用细胞遗传学和分子遗传学检测方法有助于对染色体异常的遗传学变异病例进行明确诊断。     

应用多重连接探针扩增技术快速高通量检测染色体非整倍体

目的评价多重连接探针扩增技术(multiplex ligation-dependent probe amplification,MLPA)在染色体非整倍体诊断中的应用价值。方法应用MLPA技术检测了150例羊水标本、50例外周血标本,所有标本均进行常规染色体核型分析,应用Cof-falyser9.0MLPA-DATA数据分析软件获得MLPA结果,比对MLPA和染色体核型分析结果的准确性,评价两种技术的符合率,总结MLPA技术临床应用过程中的关键要点。结果MLPA扩增后探针信号强度与质控相比比率大于1.3判定为重复,小于0.7判定为缺失。150例羊水标本,MLPA显示非整倍体染色体数目异常14例,与羊水染色体培养核型分析结果相同;50例外周血标本,MLPA异常21例,与培养结果符合率100%。DNA质量和浓度是实验成败的关键,Coffalyser9.0MLPA-DATA数据分析软件可以实现MLPA数据处理通量化。结论MLPA技术用于普通的染色体非整倍体数目检测快速、特异、敏感,弥补了常规染色体培养周期长等缺点,对于大量的产前诊断羊水标本,可以实现高通量检测,具较高的临床应用价值。     

安徽省儿童白血病的融合基因及染色体核型分析

目的:探讨儿童白血病融合基因和染色体核型的分析对白血病临床分型及治疗的意义。方法:回顾性分析2018年4月至2019年4月87例在安徽省儿童医院确诊为白血病患儿的融合基因以及染色体核型。结果:87例白血病患儿年龄1~10岁占比86.2%。所有患儿中,淋系白血病(ALL)60例(69.0%),髓系白血病(acute myeloblastic leukemia,AML)27例(31.0%)。融合基因阳性白血病38例(43.7%),常见融合基因型有TEL-AML1、AML1-ETO、E2A-PBX1和BCR-ABL。染色体核型异常55例(63.2%),未检出异常29例(33.3%),3例未做此项检测。与融合基因匹配的特异性典型核型18例(32.7%),复杂核型37例(67.3%)。结论:安徽省儿童白血病以淋系白血病为主,年龄集中在1~10岁。融合基因类型与染色体核型异常基本一致,但是其中TEL-AML1融合基因与核型检测结果完全不匹配,因此融合基因检测和骨髓细胞核型分析对于儿童白血病的具体分型兼具重要作用。     

多种分子遗传技术应用于2例小额外标记染色体胎儿的产前筛查与诊断

目的运用多种分子遗传技术对小额外标记染色体(small supernumerary marker chromosome,sSMC)胎儿进行产前筛查和诊断,探讨各分子遗传技术的优缺点。方法对2例无创产前基因检测(non-invasive prenatal tests, NIPT)高风险胎儿的孕妇进行羊膜腔穿刺术,采集羊水标本,运用多重连接依赖探针扩增技术(multiplex ligation-dependent probe amplification,MLPA)对2例胎儿进行染色体非整倍体快速诊断,同时进行细胞培养和G显带核型分析;采用染色体微阵列技术(chromosome microarray, CMA)对胎儿1(18三体高风险)进行验证,采用MLPA技术对胎儿2(性染色体异常高风险)进行Y染色体微缺失检测。2例胎儿双亲均进行外周血G显带核型分析。结果 MLPA技术快速诊断结果为:胎儿1的18号染色体短臂部分三倍体,胎儿2携带2条正常X染色体和1条短臂缺失的Y染色体;胎儿1羊水G显带核型结果为47,XY,+Mar(胎儿1),胎儿2为47,XX,+Mar;胎儿1的CMA检测结果为arr[hg19]18p11.32p11.21 (136,227-15,099)×4;胎儿2的Y染色体微缺失结果为SRY基因和生精区AZFc区缺失。2例胎儿父母双亲的外周血染色体核型均正常。结论 NIPT检测适用于sSMC胎儿的产前筛查,不同的分子遗传产前诊断技术检测sSMC胎儿各有优缺点,相互补充验证的结果可为sSMC胎儿临床遗传咨询提供更详细的信息。     

罕见的ins(22;9)t(9;13)/Ph~-慢性髓系白血病实验研究

本文报告1例罕见的具有ins(22;9)t(9;13)的Ph(-)慢性髓系白血病。骨髓细胞经24小时短期培养法制备染色体标本,采用G显带技术进行核型分析;用9号、22号全染色体涂染探针进行染色体涂染;用LSI bcr/abl双色双融合探针进行FISH分析;用实时荧光定量PCR法检测bcr/abl融合基因转录本及其拷贝数。结果表明,染色体核型为45,XX,der(9)t(9;13)(q34;q10),-13[20],abl基因插入到der(22)形成插入性的bcr/abl基因重排;实时荧光定量PCR检测到bcr/abl融合基因。结论:插入性的bcr/abl基因重排是t(9;22)的一种罕见的变异类型,可用分子学方法检测,但全染色体涂染及常规的染色体显带分析容易导致误诊。