2011年苏州地区诺如病毒GⅡ组变异株的分子特征研究

目的 了解苏州地区诺如病毒的感染状况及其变异株的分子特征.方法 收集苏州市儿童医院疑似病毒性腹泻粪便标本419例,采用荧光定量PCR方法检测粪便中诺如病毒RNA及其基因组别,并对部分阳性标本测序分析.结果 419份粪便标本中,GⅡ组诺如病毒为122例,阳性率为29％,未检测出GⅠ组诺如病毒,对本地区部分诺如病毒阳性标本进行测序,A区(RdRp区)测序的25份GⅡ标本中25株均为GⅡ.4型;C区(N-S区)测序的26份GⅡ标本中17株为GⅡ.4型,8株为GⅡ.3型,1株为GⅡ.2型;D区(P区)测序的25份GⅡ标本中16株为GⅡ.4型,9株为GⅡ.3型.结论 诺如病毒是本地区婴幼儿病毒性腹泻的重要病原体,以诺如病毒GⅡ.4-2006b亚型为主,此外发现有GⅡ.4-2010亚型(GⅡ.4 New Orleans株)的流行,这是国内首次对该亚型毒株进行报道,同时还检测到部分重组毒株,提示诺如病毒在本地区的遗传变异日趋复杂.     

江苏省苏州及南京地区2010年婴幼儿腹泻中诺如病毒分子流行病学研究

目的 了解江苏地区婴幼儿腹泻患者中诺如病毒的感染情况,明确该地区诺如病毒的主要基因型别和流行病学特征.方法 收集2010年江苏省苏州市婴幼儿医院及南京市婴幼儿医院疑似病毒性腹泻粪便标本498例,采用荧光定量PCR方法检测粪便中诺如病毒RNA及其基因组别,并对部分阳性标本测序以明确基因型.结果 498份粪便标本中,GⅠ组诺如病毒阳性标本为2例,阳性率为0.4％,GⅡ组诺如病毒为190例,阳性率为38％,对本地区部分诺如病毒阳性标本进行测序,2份GⅠ标本中,一株为GⅠ1型,另一株为GⅠ3型;测序的23份GⅡ标本中21株为GⅡ4型,2株为GⅡ3型.结论 诺如病毒是本省婴幼儿病毒性腹泻的重要病原体,以诺如病毒GⅡ4型为主,同时也存在其他型别的感染流行.     

2008-2014年GⅡ.4诺如病毒抗原表位进化研究

目的 了解新的GⅡ.4变异株相对于旧变异株在遗传和结构上的选择优势,研究近几年湖州市GⅡ.4型诺如病毒的进化替换规律.方法 收集从2008年到2014年湖州市GⅡ.4型诺如病毒13株,进行全长VP1区的序列测定,通过序列比对分析找到关键的变异位点.结果 湖州地区的GⅡ.4型诺如病毒在七年中经历了3次变异,2008年和2009年的诺如病毒与2006b variant聚成一个分支;2010和2011年检测到的病毒与2010 variant聚成一个分支;最近从2012年底一起暴发疫情中检测到的诺如病毒和2013年、2014年检测到的与国际上最新的2012 variant聚成一个分支.在氨基酸水平,我们找到77个信息位点（540个氨基酸中的14.3％）.其中39个位于P2区,N端4个,S区18个,P1区16个.结论 GⅡ.4型诺如病毒是全球范围内严重的病毒性肠胃炎首要原因.在过去的十几年时间里,诺如病毒GⅡ.4型已经引起了四次世界范围的急性胃肠炎流行暴发.新出现的变异株迅速并完全的替换已经正在流行的变异株.     

诺如病毒深圳株SZ2010422全基因组序列测定及分析

目的 分析GⅡ-4型诺如病毒深圳分离株SZ2010422全基因组序列,了解其分子结构特点及进化特性.方法 根据New Orleans参考株全序列设计引物,用RT-PCR分段扩增诺如病毒全基因组,经分子克隆、测序后进行系统进化分析及衣壳区氨基酸位点分析.结果 GⅡ-4型诺如病毒深圳SZ2010422株病毒基因组全长7559 bp,病毒基因组分三个开放阅读框(ORFs),ORF1、ORF2及ORF3长度分别为5100 bp、1623 bp和807 bp,ORF1与ORF2之间有19个核苷酸重叠.深圳株SZ2010422基因组核苷酸序列与参考株GⅡ-4型New Orleans变异株同源性最高,全长同源性为99.3％,ORFI、ORF2、ORF3同源性分别为99.5％、99.2％和98.6％.根据系统进化分析,深圳SZ2010422株属于GⅡ-4 New Orleans变异株.通过对衣壳区氨基酸比对,New Orleans变异株位点变化情况为:aa310N或K→S,aa341D→N,aa359T→S,aa396H→P,aa460H→Y.结论 诺如病毒深圳株SZ2010422属于GⅡ-4型New Orleans变异株.     

深圳市儿童秋冬季腹泻诺如病毒检测及基因型分析

目的 了解深圳市儿童秋冬季腹泻中诺如病毒（Nov）的感染状况,并对阳性株进行基因型分析.方法 收集深圳地区多家医院2009年9月至2010年1月腹泻患儿粪便标本307份,通过逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）方法进行诺如病毒核酸扩增,部分阳性标本的PCR产物经纯化、测序,结合GenBank参考株相应核酸序列构建系统进化树并进行基因型分析,采用SimPlot3.5.1对重组株进行分析和鉴定.结果 307份粪便标本中诺如病毒核酸阳性38例,阳性率为12.4％,以6～24个月龄婴幼儿感染为主,占全部病例数的81.6％（31 /38）,感染的发病高峰为10、11月份,占全部病例数的73.7％ （28/38）;26份测序标本中25株属于GⅡ.4型2006b变异体,1株为GⅡ.12/GⅡ.3型重组株.结论 诺如病毒是深圳市儿童秋冬季腹泻的重要病原体,优势流行株为GⅡ.4型2006b变异体,深圳首次检出的诺如病毒重组株为GⅡ.12/GⅡ.3型.     

南京地区婴幼儿杯状病毒感染的分子流行病学研究

目的 了解南京地区婴幼儿杯状病毒腹泻的感染状况、临床表现以及分子流行病学特征.方法 采集2010年7月至2011年6月南京医科大学附属南京儿童医院5岁以下腹泻患儿粪便标本及儿童保健中心健康婴幼儿粪便标本各428份.采用反转录-聚合酶链反应( RT-PCR)检测杯状病毒,测序确定其基因型别.结果 428份腹泻样本中有63份为杯状病毒阳性,检出率为14.72％.其中诺如病毒GⅡ型58例,未检出诺如病毒GⅠ型,札如病毒5例,以诺如病毒GⅡ-4 2006b型为主要流行株.428份健康对照组标本杯状病毒检出19例,诺如病毒6例,札如病毒11例,2例为诺如病毒GⅡ型和札如病毒混合感染.结论 南京地区婴幼儿中存在不同基因型杯状病毒感染,流行毒株以GⅡ.2006b为主.     

河北省卢龙地区2008-2009年5岁以下腹泻住院儿童中诺如病毒的检测和分型

目的 了解河北省卢龙地区2008 -2009年5岁以下住院儿童中诺如病毒的分子流行病学特征.方法 收集2008年10月至2009年8月325例5岁以下腹泻住院患儿粪便标本和流行病学资料,采用酶联免疫吸附试验( ELISA)检测轮状病毒抗原,利用多重RT-PCR方法检测诺如病毒,并对部分诺如病毒阳性株进行序列测定和系统进化分析.结果 诺如病毒的检出率为11.3％ (37/325),仅次于轮状病毒的检出率(48.6％),高于腺病毒(6.5％)和星状病毒(4.3％),主要感染2岁以下儿童,季节高峰在11月,系统进化分析表明诺如病毒流行优势株为GⅡ-4/2006b变异株,并发现一株未见报道的新型GⅡ-4变异株.结论 诺如病毒是引起2008 -2009年卢龙地区的急性胃肠炎的重要病原之一,GⅡ-4/2006b变异株仍是流行优势株,要进一步监测新型GⅡ-4变异株的流行.     

烟台市手足口病合并脑炎病毒分离及基因序列分析

目的 了解烟台地区手足口病合并脑炎病原谱及其基因学特征.方法 采集烟台地区手足口病合并脑炎患者粪便及脑脊液标本,通过细胞培养分离病毒,实时荧光PCR鉴定病毒型别,RT-PCR扩增VP1区基因部分序列并测序,进行序列分析.结果 10份粪便标本分离病毒3株,均为EV71.与C4a型代表株核苷酸同源性为98％～99％,氨基酸同源性98.90％～99.45％.系统发生树中,烟台分离株与C4亚型C4a簇代表株位于同一分支.结论 烟台地区手足口病合并脑炎病原主要为EV71,属于C4亚型C4a簇.     

北京地区Noro病毒主要衣壳蛋白编码基因的序列分析

目的 确定从北京地区婴幼儿腹泻标本中检测到的3株Noro病毒的基因型别及主要衣壳蛋白（VP1）编码基因的特点。方法 从经酶免疫分析法筛选到的Noro病毒阳性的粪便标本中应用RT-PCR方法扩增Noro病毒VP1全基因，克隆到pBS-T载体中并测定核苷酸序列，与GenBank中的其他Noro病毒VP1基因序列进行比较和分析。结果 经过扩增和测序，标本CR2905、CR2932和CR2987的VP1基因全长分别为1620bp、1623bp和1647bp，编码不同大小的蛋白。CR2905和CR2932与GⅡ-4型的氨基酸同源性在80％以上，属于Noro病毒GⅡ基因组（Genogroup）的GⅡ-4型（Geno．type）；CR2987与GⅡ-3型的氨基酸同源性在80％以上，属于Noro病毒GⅡ基因组的GⅡ-3型。CR2905、CR2932与其他GⅡ-4型的变异性在9．1％至12．5％之间，提示为新的变异株。结论 北京地区婴幼儿中存在不同基因型别的Noro病毒的感染，根据基因的同源性分析，CR2905、CR2932可能为GⅡ-4型的新的变异株。     

感染性腹泻疫情中诺如病毒的分子流行病学分析

目的 研究感染性腹泻疫情中诺如病毒的分子流行病学特点.方法 对2008-2010年湖州地区的感染性腹泻疫情标本共119份进行诺如病毒核酸检测,并选取部分阳性扩增产物经序列测定分析诺如病毒的基因型.结果 119份感染性腹泻标本荧光定量PCR检测阳性50份,其中GⅠ型9份,GⅡ型35份,GⅠ和GⅡ混合感染6份.对12份PCR扩增阳性产物进行序列分析显示：5株GⅠ型诺如病毒毒株分属于GⅠ/2和GⅠ/3两种基因型;7株GⅡ型诺如病毒毒株中除1株属于新基因型GⅡb外,其余6株均属于GⅡ/4基因型.结论 诺如病毒是引起湖州地区感染性腹泻疫情最重要的病原菌之一,且湖州地区的诺如病毒存在很高的遗传多样性,同时也存在基因型别的差异.     

诺如病毒广州株GZ20133135全基因组序列测定及分析

目的 分析GⅡ-4型诺如病毒广州株GZ20133135全基因组序列,了解其分子结构特点及基因组类型.方法 根据Sydney2012参考株全序列设计引物,用RT-PCR分段扩增诺如病毒全基因组,经分子克隆、测序后进行系统进化分析.结果 GⅡ-4型NoVs广州株GZ20133135病毒基因组全长7566 bp,病毒基因组分三个开放阅读框（ORFs）,ORF1、ORF2及ORF3长度分别为5100 bp、1623 bp和807 bp,ORF1与ORF2之间有19个核苷酸重叠.广州株GZ20133135基因组核苷酸序列与参考株GⅡ-4型Sydney2012变异株同源性最高,全长同源性为99.07％.根据系统进化分析,广州株GZ20133135株属于GⅡ-4 Sydney2012变异株.通过对衣壳区氨基酸比对,Sydney2012变异株位点变化情况为：aa294V或A或P→T,aa296S或T→S,aa297H或Q→R,aa298D或N或T→N,aa368T或N或S或A→E,aa372 N或S→D,aa393 N或D或S,aa394 T或G或S→T,aa395T或A→T,aa407 N或D→S,aa412T或D→N,aa413G或I→T.结论 诺如病毒广州株GZ20133135与参考株Sydney2012NSW0514同源性最高,属于GⅡ-4Sydney2012变异株.全长序列可应用于流行病学诊断、疫苗开发、预测新变异株的出现及诺如病毒流行株进化研究.     

分型引物RT-PCR法在杯状病毒分子流行病学研究中的应用

目的：应用分型引物RT-PCR法确定五个地区病毒性腹泻粪便标本中杯状病毒流行型别及感染情况。方法：对五个地区收集的〈5岁病毒性腹泻粪便标本应用针对病毒壳体区域设计的四对引物（GⅠ—SKF／GⅠ-SKR、COG2F／G2-SKR、SLV5317／SLV5749、PreCAP1／82b）进行反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增诺如病毒GⅠ和GⅡ组、扎如、星状病毒（Astrovirus），扩增产物通过1．5％琼脂糖凝胶电泳鉴定。选取部分阳性标本测序研究型别流行特点。结果：本实验从663例标本中共检出单独感染诺如病毒、扎如病毒和星状病毒阳性标本数分别为84、4、11株，同时还发现3株混合感染标本。选取24株诺如病毒阳性标本测序分析发现19株为GⅡ／4型，2株为GⅡ／3型，1株为GⅡ／1型，1株为GⅡ／13型，1株为GⅡ／15型，4株扎如病毒中2株为SGⅠ／1型，1株为SGⅡ／3型，1株为SGⅡ／1型。结论：研究表明杯状病毒是我国婴幼儿腹泻重要病原体，诺如病毒流行株为GⅡ／4型毒株，同时存在其它型别的散在流行；福建、兰州检测到不同型别扎如病毒证明我国存在多种型别的扎如病毒感染。     

南京地区婴幼儿杯状病毒感染的分子流行病学研究

目的了解南京地区婴幼儿杯状病毒腹泻的感染状况、临床表现以及分子流行病学特征。方法采集2010年7月至2011年6月南京医科大学附属南京儿童医院5岁以下腹泻患儿粪便标本及儿童保健中心健康婴幼儿粪便标本各428份。采用反转录-聚合酶链反应（RT—PCR）检测杯状病毒,测序确定其基因型别。结果428份腹泻样本中有63份为杯状病毒阳性,检出率为14．72％。其中诺如病毒GⅡ型58例,未检出诺如病毒GI型,札如病毒5例,以诺如病毒GⅡ-42006b型为主要流行株。428份健康对照组标本杯状病毒检出19例,诺如病毒6例,札如病毒11例,2例为诺如病毒GⅡ型和札如病毒混合感染。结论南京地区婴幼儿中存在不同基因型杯状病毒感染,流行毒株以GⅡ-2006b为主。     

2009年深圳地区肠道病毒71型毒株VP4基因进化分析

目的 对深圳地区手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)肠道病毒71型分离株(enterovirus 71,EV71)的VP4基因遗传进化进行分析.方法 2009年采集深圳市儿童医院就诊的HFMD患者的粪便标本491份,选取其中8份经细胞培养鉴定为阳性的EV71毒株用RT-PCR扩增VP4基因,利用MEGA4.0软件进行遗传进化分析.结果 2009年深圳地区8株EV71 VP4基因全长207 bp,编码69个氨基酸;8株EV71 VP4基因核苷酸同源性为94.2％ ～98.1％,与深圳2001至2004年分离的17株EV71毒株核苷酸同源性在89.9％ ～98.1％,与GenBank中其他EV71病毒株VP4的核苷酸同源性为79.2％～100％;其中与亚洲流行株阜阳株(EU703812)核苷酸的同源性最高(100％),其次是C4代表株及2004年深圳株(AY895144)为94.2％ ～97.1％.除了印度株和其中1株EV71的VP4编码的氨基酸在第54位(ACA)不同之外,其余7株EV71 VP4编码的氨基酸序列之间以及与GenBank报道的其他序列同源性达100％.8株EV71 VP4基因核苷酸与C4代表株相比有17处不同,除1处以外其余全在简并密码位点上;轻重症病例毒株之间VP4基因序列未见明显改变.进化树显示8株EV71均属于C4基因亚型.结论 2009年深圳市流行的EV71属于C4基因亚型,流行的EV71 VP4基因非常保守,不属于变异区段,绝大部分核苷酸的变异属无义突变,VP4基因编码的氨基酸变异几乎为0.     

北京市春季诺如病毒性腹泻流行病学及病原学调查

目的 探讨北京市春季诺如病毒性腹泻的流行病学规律及病原学特点.方法 对2007年1月至4月北京市各级各类医院报告的451例病毒性腹泻病例采集便标本,应用ELISA方法进行诺如病毒抗原检测.应用逆转录聚合酶链反应进行RNA检测,对9例阳性标本的PCR产物进行克降测序.结果 ELISA检测诺如病毒阳性166例,阳性率35.48%.166例病人主要集中在1月、2月,以20～29岁年龄组最多,男性多于女性,城区多于郊区.但在病毒性腹泻病例中,诺如病毒阳性率分布无时间、人群和空间差异.该9株病毒均为GⅡ/4型诺如病毒变异株,组内核苷酸同源性为97.0%～99.6%.系统发生树表明北京地Ⅸ的流行株与同时期世界上流行的诺如病毒株属于同一型别的GⅡ/4变异株.结论 北京市春季诺如病毒性腹泻主要山GⅡ/4变异株引起,与同期世界上流行株有共同的来源,各人群均存在感染的风险,应该加强相应的预防控制措施,并有必要在围外发生流行时建立预警机制.     

通用引物高通量测序扩增GⅡ.4 Sydney[P31]型诺如病毒基因组及进化分析

目的:分析2017至2020年我国诺如病毒流行株GⅡ.4 Sydney[P31]基因型的基因组以及变异情况。方法:利用通用引物初步建立GⅡ组诺如病毒基因组扩增方法,扩增GⅡ.4 Sydney[P31]株基因组,并应用高通量测序技术对其基因组测序,对GⅡ.4 Sydney[P31]株进行系统进化分析和关键位点分析。结果:...     

北京市肠道门诊腹泻患者人杯状病毒感染调查

目的 调查北京地区肠道门诊就诊腹泻患者人杯状病毒的感染情况.方法 收集北京市2011年4月至2012年3月丰台、昌平、怀柔3个区县的肠道门诊就诊腹泻患者450例,采集患者粪便标本,使用逆转录聚合酶链反应法(RT-PCR)对粪便标本进行人杯状病毒RNA检测,对RT-PCR阳性标本的PCR产物进行克隆测序.结果 450例患者标本中68例人杯状病毒阳性(68/450,15.11％).选择其中18例PCR产物进行克隆测序,将获得的序列进行比对分析、构建系统发生树,结果表明,15株为诺如病毒,3株为扎如病毒.其中诺如病毒GⅡ/4型11株(11/18,61.11％),GⅡ/7型1株(1/18,5.56％),GⅡ组未定型3株(3/18,16.67％).结论 人杯状病毒是北京地区肠道门诊就诊腹泻患者的重要病原,主要流行株为诺如病毒GⅡ/4型.     

四川省2007-2014年急性弛缓性麻痹病例中埃可病毒6型的基因特征分析

目的 描述四川省急性弛缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例中埃可病毒6型(echovirus 6,E6)的基因特征.方法 对四川省2007-2014年AFP病例中分离到的11株E6进行全VP1区逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增和核酸序列测定,进行序列比对和构建进化树.结果 从2889份AFP病例的粪便标本中分离出11株E6病毒.经测序鉴定为C2基因亚型10株,C4基因亚型1株.来源病例的临床诊断分别为:肠道病毒感染6例,周围神经炎l例,格林巴利综合征2例,肌炎2例.C4亚型与10株C2亚型VP1区核酸序列同源性为83.9％-85.2％,氨基酸同源性为96.5％-97.2％;10株C2亚型VP1区核酸序列同源性为94.0％-100.0％,氨基酸同源性为98.9％-100％.结论 2007-2014年四川地区AFP病例中分离到的E6为C2和C4基因亚型,其中以C2基因亚型为主.     

一起由札如病毒引起的急性胃肠炎暴发疫情的分子流行病学研究

目的 调查深圳市某幼儿园发生的一起急性胃肠炎暴发疫情的病原体,并分析病原体的分子流行病学特征.方法 收集患病幼儿及相关人员的粪便标本16份,剩余食物6份,采用国家卫生行业标准规定方法检测肠道致病菌、实时荧光RT-PCR法检测诺如病毒、札如病毒、轮状病毒核酸,逆转录RT-PCR法对病毒衣壳区和聚合酶区序列进行扩增,对PCR产物进行序列测定.序列用Clustalx软件进行多重比对、Mega 5.0软件绘制系统进化树.结果 16份样本中检出11例札如病毒核酸阳性,对其中3例阳性标本进行札如病毒衣壳区和聚合酶区序列测定,3株札如病毒与GII.3型参考株AY603425衣壳区核苷酸同源性为86.3％,聚合酶区核苷酸同源性为90.2％,3株札如病毒与GII.3型参考株AY603425、AB455793同属于GII.3型遗传分支.结论 此起急性胃肠炎爆发是由GII.3型札如病毒导致,GII.3型引起的急性胃肠炎暴发属广东省首次报道.     

广东省暴发性胃肠炎中诺如病毒的分子流行病学特点分析

目的研究广东省暴发性胃肠炎中诺如病毒的分子流行病学特点。方法对2003年至2004年的13起急性胃肠炎患者的粪便和肛拭子标本,采用针对诺如病毒的特异引物和逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术进行检测,再经核苷酸序列测定分析病毒的基因型,同时收集患者相关流行病学资料。结果13起暴发性胃肠炎中有8起是由诺如病毒引起的,时间主要集中在每年的10月至12月,基因分析显示这些病毒都属基因Ⅱ组,但分属3个亚型,6株病毒属GⅡ-4型。结论诺如病毒是广东省暴发性非细菌性胃肠炎的重要病原体之一,具有分布广、流行时间集中在秋冬季的特点。引起暴发的病毒主要为基因Ⅱ组,在现阶段存在优势毒株。