深圳市某社会福利中心诺如病毒胃肠炎暴发的调查分析

目的调查深圳市某社会福利中心胃肠炎暴发的感染来源、传播途径及危险因素。方法采用现场流行病学调查分析和实验室检测方法。结果本次胃肠炎暴发共27例病例,老人罹患率为7.95%(21/264),医护人员罹患率为5%(6/120)。患病老人肛拭子诺如病毒检出率为18.18%(2/11),5份患病护工肛拭子中3份阳性,无症状护工肛拭子诺如病毒检出率为18.37%(9/49)。无症状携带者从检出病毒至无法检出的时间,最长为8 d,平均5 d。3份样本经基因序列测定,显示100%同源,为目前全球流行的Sydney2012变异株。结论本次疫情为一起诺如病毒胃肠炎暴发,护理人员在传播可能起到桥梁作用。首次对暴发疫情中无症状病毒携带人员病毒携带时间和发病老人、发病护理人员的病毒携带时间进行监测,为今后诺如病毒胃肠炎暴发疫情控制中隔离措施的制定提供了依据。     

珠海市不同时期新型冠状病毒基因组测序及溯源分析

目的 对珠海市4例不同时期新型冠状肺炎确证病例的呼吸道标本进行三代测序,获得新型冠状病毒全基因组序列,分析基因组突变及分子溯源情况。方法 采用nanopore 三代高通量测序技术对呼吸道标本中的新型冠状病毒基因组测序,基于artic流程组装病毒基因组序列,运用生物信息学软件分析病毒全基因组序列与参考序列的一致性与进化情况。结果 4份样本均可获得28 298~29 819 bp长度的基因组序列数,基因组覆盖度94.6%~99.7%,共检出46个碱基位点突变、涉及27处氨基酸变异,非同义突变占比58.7%(27/46),非同义突变中以ORF1ab 基因占比最高44.44%(12/27)。系统发育树显示,4份样本分属于B(Zhuhai/ZQ202001/2020)、B.1.36(Zhuhai/YZQ202011/2020)、B.1.1.63(Zhuhai/ZHG9671/2020和Zhuhai/P0717001/2020)进化分支,Zhuhai/ZQ202001/2020与武汉早期输入密切相关,Zhuhai/YZQ202011/2020、Zhuhai/P0717001/2020、Zhuhai/ZHG9671/2020与同时期香港新冠肺炎病例基因组序列相似性最高,与其流行病学调查结果一致。结论 4例珠海市新型冠状肺炎确证病例均为输入病例,不存在本地感染,核苷酸位点变异存在多态性。三代测序技术可有效用于原始样本中新型冠状病毒基因组序列的溯源分析,在地市级疾控应用前景较好。     

一起由札如病毒引起的急性胃肠炎暴发疫情的分子流行病学研究

目的 调查深圳市某幼儿园发生的一起急性胃肠炎暴发疫情的病原体,并分析病原体的分子流行病学特征.方法 收集患病幼儿及相关人员的粪便标本16份,剩余食物6份,采用国家卫生行业标准规定方法检测肠道致病菌、实时荧光RT-PCR法检测诺如病毒、札如病毒、轮状病毒核酸,逆转录RT-PCR法对病毒衣壳区和聚合酶区序列进行扩增,对PCR产物进行序列测定.序列用Clustalx软件进行多重比对、Mega 5.0软件绘制系统进化树.结果 16份样本中检出11例札如病毒核酸阳性,对其中3例阳性标本进行札如病毒衣壳区和聚合酶区序列测定,3株札如病毒与GII.3型参考株AY603425衣壳区核苷酸同源性为86.3％,聚合酶区核苷酸同源性为90.2％,3株札如病毒与GII.3型参考株AY603425、AB455793同属于GII.3型遗传分支.结论 此起急性胃肠炎爆发是由GII.3型札如病毒导致,GII.3型引起的急性胃肠炎暴发属广东省首次报道.     

5.12地震后灾民集中安置点甲型流感病毒携带率调查

[目的]了解四川汶川8.O级地震后绵竹灾区灾民集中安置点甲型流感病毒的携带状况,评价前期震后防疫工作效果,为制定灾后重建防疫措施提供建议.[方法]采用随机抽样方法,对绵竹灾区灾民集中安置点采取咽拭子样887份,试剂盒法提取样品RNA,荧光定量PCR法检测甲型流感病毒核酸. [结果]全部样品均为阴性..[结论]震后绵竹灾区防疫工作效果显著,灾后发生流感流行的可能性不大.     

成都市2009年流感病毒H3N2亚型血凝素基因分析

[目的]了解某市流行的H3N2流感病毒分子生物学特征、进化情况,及其血凝素基因与猪流感病毒血凝素基因的关系。[方法]对该市分离的2009年H3N2亚型流感病毒40株血凝素基因进行逆转录-聚合酶链(RT-PCR)扩增,然后测序,分析该市流感病毒H3N2亚型的核酸序列和氨基酸序列,与2009年疫苗推荐株及四川省猪流感病毒基因序列比对分析。[结果]该市2009年流感病毒H3N2亚型的流行株,与2009年的疫苗株比较,碱基同源性为99.5%,抗原性有一定的差异,但不是重组变异病毒,其流行强度有限。与A/swine//Sichuan/1/2006(H3N2)比较,同源性为94.4%,说明人源流感病毒A/H3N2与猪源流感病毒A/H3N2具有一定的同源性,但抗原决定簇区和受体结合位点具有差异,在种间互相流行的可能性较低。[结论]该市流感A/H3N2流行株虽然有一定的变异,但没有大流行的预警提示出现。长期监测具有必要性。     

2009年成都市流感活动情况及H3N2亚型流感病毒HA1基因特性分析

目的 分析2009年成都市流感流行情况,探讨甲3流感病毒(H3N2)亚型分离毒株的流行及HA1基因变异和进化.方法 MDCK细胞对咽拭子样品进行病毒分离鉴定,提取病毒核酸,用RT-PCR法扩增HA1基因,对H3N2分离株核酸及氨基酸序列进行亲缘关系分析.结果 甲型流感H1N1、H3N2、甲1、B型流感病毒分离率分别为2...     

绵竹地震灾民集中安置点健康人群脑膜炎奈瑟菌带菌率调查

目的 了解汶川大地震后绵竹灾民集中安置点流行性脑膜炎奈瑟菌(Neisseria meningitides,Nm)带菌状况,为预测疫情和制定防治措施提供依据.方法 对绵竹灾区二号桥灾民集中安置点和体育场灾民集中安置点进行单纯随机抽样,采取咽拭子样品887份,采用TaqMan-MGB探针RT-PCR技术以及试剂盒RT-PCR法进行检测.结果 887份咽拭子检出3例阳性.结论 灾区与四川省及全国其它地区往年带菌率相比流脑带菌率较低,发生流脑疫情的可能性不大,说明灾后卫生防疫等相关部实施的防御措施积极有效,但针对灾区实际环境,进一步的卫生防疫工作不可懈怠.     

深圳地区四家医院感染性腹泻来源沙门菌耐药性及分子分型研究

目的分析2012-2016年深圳地区感染性腹泻沙门菌耐药状况及分子型别特征,为沙门菌感染防控提供科学依据。方法收集深圳地区四家医院的137株沙门菌,传统血清学方法鉴定沙门菌血清型,微量肉汤稀释法测定菌株药物敏感性,脉冲场凝胶电泳(PFGE)对鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌作分子同源性分析。结果 137株沙门菌可分为30种菌型,鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌是本地优势菌型。菌株对链霉素、氨苄西林、阿莫西林/克拉维酸钾耐药最为严重,对青霉素类、头孢类、氨基糖苷类、大环内酯类抗生素的耐药呈逐年增高的趋势。49株鼠伤寒沙门菌经脉冲场凝胶电泳可获得38种带型,相似度65.5%~100%,TY18为优势带型;27株肠炎沙门菌经脉冲场凝胶电泳可获得9种带型,相似度61.8%~100%,EN7为优势带型。结论感染性腹泻来源沙门菌耐药状况比较严重,菌株PFGE带型多样化,呈高度散发,部分带型与其耐药谱之间具有一定的聚集与关联性。     

食物中毒中分离的副溶血性弧菌的分子分型研究

目的运用脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术研究深圳市罗湖区2005-2007年食物中毒事件中分离获得的49株副溶血性弧菌的分子流行情况。方法样品采用荧光PCR与传统分离培养同时检测,对分离获得的副溶血性弧菌阳性菌株进行脉冲场凝胶电泳（PFGE）,BioNumerics软件对图谱进行聚类分析。结果 49株副溶血性弧菌中,有12株不能分型,其余36株副溶血性弧菌分离株大致可分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ3个群,相同血清型的菌株其PFGE型大致相同,同一起食物中毒的菌株间有较高的相关性。结论罗湖区副溶血性弧菌食物中毒存在流行克隆株,PFGE分子分型技术在食物中毒追踪溯源方面有重要提示性作用。