江苏省苏州及南京地区2010年婴幼儿腹泻中诺如病毒分子流行病学研究

目的 了解江苏地区婴幼儿腹泻患者中诺如病毒的感染情况,明确该地区诺如病毒的主要基因型别和流行病学特征.方法 收集2010年江苏省苏州市婴幼儿医院及南京市婴幼儿医院疑似病毒性腹泻粪便标本498例,采用荧光定量PCR方法检测粪便中诺如病毒RNA及其基因组别,并对部分阳性标本测序以明确基因型.结果 498份粪便标本中,GⅠ组诺如病毒阳性标本为2例,阳性率为0.4％,GⅡ组诺如病毒为190例,阳性率为38％,对本地区部分诺如病毒阳性标本进行测序,2份GⅠ标本中,一株为GⅠ1型,另一株为GⅠ3型;测序的23份GⅡ标本中21株为GⅡ4型,2株为GⅡ3型.结论 诺如病毒是本省婴幼儿病毒性腹泻的重要病原体,以诺如病毒GⅡ4型为主,同时也存在其他型别的感染流行.     

深圳市儿童秋冬季腹泻诺如病毒检测及基因型分析

目的 了解深圳市儿童秋冬季腹泻中诺如病毒（Nov）的感染状况,并对阳性株进行基因型分析.方法 收集深圳地区多家医院2009年9月至2010年1月腹泻患儿粪便标本307份,通过逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）方法进行诺如病毒核酸扩增,部分阳性标本的PCR产物经纯化、测序,结合GenBank参考株相应核酸序列构建系统进化树并进行基因型分析,采用SimPlot3.5.1对重组株进行分析和鉴定.结果 307份粪便标本中诺如病毒核酸阳性38例,阳性率为12.4％,以6～24个月龄婴幼儿感染为主,占全部病例数的81.6％（31 /38）,感染的发病高峰为10、11月份,占全部病例数的73.7％ （28/38）;26份测序标本中25株属于GⅡ.4型2006b变异体,1株为GⅡ.12/GⅡ.3型重组株.结论 诺如病毒是深圳市儿童秋冬季腹泻的重要病原体,优势流行株为GⅡ.4型2006b变异体,深圳首次检出的诺如病毒重组株为GⅡ.12/GⅡ.3型.     

南京地区婴幼儿杯状病毒感染的分子流行病学研究

目的 了解南京地区婴幼儿杯状病毒腹泻的感染状况、临床表现以及分子流行病学特征.方法 采集2010年7月至2011年6月南京医科大学附属南京儿童医院5岁以下腹泻患儿粪便标本及儿童保健中心健康婴幼儿粪便标本各428份.采用反转录-聚合酶链反应( RT-PCR)检测杯状病毒,测序确定其基因型别.结果 428份腹泻样本中有63份为杯状病毒阳性,检出率为14.72％.其中诺如病毒GⅡ型58例,未检出诺如病毒GⅠ型,札如病毒5例,以诺如病毒GⅡ-4 2006b型为主要流行株.428份健康对照组标本杯状病毒检出19例,诺如病毒6例,札如病毒11例,2例为诺如病毒GⅡ型和札如病毒混合感染.结论 南京地区婴幼儿中存在不同基因型杯状病毒感染,流行毒株以GⅡ.2006b为主.     

2011年苏州地区诺如病毒GⅡ组变异株的分子特征研究

目的 了解苏州地区诺如病毒的感染状况及其变异株的分子特征.方法 收集苏州市儿童医院疑似病毒性腹泻粪便标本419例,采用荧光定量PCR方法检测粪便中诺如病毒RNA及其基因组别,并对部分阳性标本测序分析.结果 419份粪便标本中,GⅡ组诺如病毒为122例,阳性率为29％,未检测出GⅠ组诺如病毒,对本地区部分诺如病毒阳性标本进行测序,A区(RdRp区)测序的25份GⅡ标本中25株均为GⅡ.4型;C区(N-S区)测序的26份GⅡ标本中17株为GⅡ.4型,8株为GⅡ.3型,1株为GⅡ.2型;D区(P区)测序的25份GⅡ标本中16株为GⅡ.4型,9株为GⅡ.3型.结论 诺如病毒是本地区婴幼儿病毒性腹泻的重要病原体,以诺如病毒GⅡ.4-2006b亚型为主,此外发现有GⅡ.4-2010亚型(GⅡ.4 New Orleans株)的流行,这是国内首次对该亚型毒株进行报道,同时还检测到部分重组毒株,提示诺如病毒在本地区的遗传变异日趋复杂.     

一起不明原因感染性腹泻疫情的病原学诊断

目的 明确一起不明原因感染性腹泻疫情的病原体及其基因型别.方法 通过流行病学调查的方法,查明罹患率.对28例疑似病例的28份样本(粪便22份,呕吐物3份,肛拭子3份)采用RT-PCR方法进行诺如病毒核酸检测,并对5份阳性标本的核酸进行序列测定及遗传进化分析.结果 在调查的5694人中,发病160例,罹患率为2.81%.2007年3月7-9日为发病高峰.RT-PCR检测28份样本中,确定14份为阳性.对其中的5株毒株的核酸序列测定及序列遗传进化分析确定为GⅡ/4型诺如病毒,并与2006年诺如病毒流行株2006b同源性最高,为97.9%.结论 本次感染性腹泻疫情由诺如病毒引起.     

南京地区婴幼儿杯状病毒感染的分子流行病学研究

目的了解南京地区婴幼儿杯状病毒腹泻的感染状况、临床表现以及分子流行病学特征。方法采集2010年7月至2011年6月南京医科大学附属南京儿童医院5岁以下腹泻患儿粪便标本及儿童保健中心健康婴幼儿粪便标本各428份。采用反转录-聚合酶链反应（RT—PCR）检测杯状病毒,测序确定其基因型别。结果428份腹泻样本中有63份为杯状病毒阳性,检出率为14．72％。其中诺如病毒GⅡ型58例,未检出诺如病毒GI型,札如病毒5例,以诺如病毒GⅡ-42006b型为主要流行株。428份健康对照组标本杯状病毒检出19例,诺如病毒6例,札如病毒11例,2例为诺如病毒GⅡ型和札如病毒混合感染。结论南京地区婴幼儿中存在不同基因型杯状病毒感染,流行毒株以GⅡ-2006b为主。     

2008-2009年北京地区GⅡ.12型诺如病毒基因特征研究

目的 了解2008-2009年北京地区成人腹泻样本中诺如病毒(Norovirus,NoV)GⅡ.12型毒株的基因特征.方法 用三对引物对11株GⅡ.12型诺如病毒毒株RdRp,、ORF2、ORF3及ORF1/OFF2重叠区分别扩增,PCR产物纯化、克隆、测序,通过DNAStar、MEGA、SimPlot等生物软件进行比对、系统进化分析及重组分析.结果 根据系统进化分析,11株在RdRp区属于GⅡ.g,在ORF2和ORF3区均属于GⅡ.12.SimPlot分析进一步证实了11株均为GⅡ.g/GⅡ.12重组株.结论 北京地区流行的GⅡ.12型诺如病毒与世界其他地区流行的GⅡ.12型诺如病毒毒株均属同一毒株,确定了北京地区GⅡ.12型诺如病毒毒株的基因特征.     

分型引物RT-PCR法在杯状病毒分子流行病学研究中的应用

目的：应用分型引物RT-PCR法确定五个地区病毒性腹泻粪便标本中杯状病毒流行型别及感染情况。方法：对五个地区收集的〈5岁病毒性腹泻粪便标本应用针对病毒壳体区域设计的四对引物（GⅠ—SKF／GⅠ-SKR、COG2F／G2-SKR、SLV5317／SLV5749、PreCAP1／82b）进行反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增诺如病毒GⅠ和GⅡ组、扎如、星状病毒（Astrovirus），扩增产物通过1．5％琼脂糖凝胶电泳鉴定。选取部分阳性标本测序研究型别流行特点。结果：本实验从663例标本中共检出单独感染诺如病毒、扎如病毒和星状病毒阳性标本数分别为84、4、11株，同时还发现3株混合感染标本。选取24株诺如病毒阳性标本测序分析发现19株为GⅡ／4型，2株为GⅡ／3型，1株为GⅡ／1型，1株为GⅡ／13型，1株为GⅡ／15型，4株扎如病毒中2株为SGⅠ／1型，1株为SGⅡ／3型，1株为SGⅡ／1型。结论：研究表明杯状病毒是我国婴幼儿腹泻重要病原体，诺如病毒流行株为GⅡ／4型毒株，同时存在其它型别的散在流行；福建、兰州检测到不同型别扎如病毒证明我国存在多种型别的扎如病毒感染。     

广州成人散发急性腹泻中诺瓦克样病毒感染及毒株型别初步研究

目的探讨诺瓦克样病毒与广州成人散发急性腹泻的病原关系和感染毒株的基因型别。方法采用ELISA方法筛检轮状病毒，RT-PCR方法检测诺瓦克样病毒，诺瓦克样病毒阳性样品的PCR产物经纯化、测序后进行基因分型。结果35份成人散发急性腹泻患者粪便标本中检出轮状病毒8例，诺瓦克样病毒4例，测序分析确定1株为诺瓦克样病毒GⅡ-3型，另1株为GⅡ-4型。结论广州成人散发急性腹泻患者中存在诺瓦克样病毒感染，且感染毒株的基因型别不一。     

北京市肠道门诊腹泻患者人杯状病毒感染调查

目的 调查北京地区肠道门诊就诊腹泻患者人杯状病毒的感染情况.方法 收集北京市2011年4月至2012年3月丰台、昌平、怀柔3个区县的肠道门诊就诊腹泻患者450例,采集患者粪便标本,使用逆转录聚合酶链反应法(RT-PCR)对粪便标本进行人杯状病毒RNA检测,对RT-PCR阳性标本的PCR产物进行克隆测序.结果 450例患者标本中68例人杯状病毒阳性(68/450,15.11％).选择其中18例PCR产物进行克隆测序,将获得的序列进行比对分析、构建系统发生树,结果表明,15株为诺如病毒,3株为扎如病毒.其中诺如病毒GⅡ/4型11株(11/18,61.11％),GⅡ/7型1株(1/18,5.56％),GⅡ组未定型3株(3/18,16.67％).结论 人杯状病毒是北京地区肠道门诊就诊腹泻患者的重要病原,主要流行株为诺如病毒GⅡ/4型.     

天津市2019年住院散发急性胃肠炎患儿中诺如病毒感染分子流行病学特征分析

目的了解天津市2019年散发急性胃肠炎患儿中诺如病毒(Norovirus,NoV)感染的分子流行病学特征。方法收集2019年1—12月就诊于天津市儿童医院住院散发急性胃肠炎患儿的粪便标本3116份,收集患儿临床资料和个人信息,采用实时荧光定量PCR方法对NoV进行初筛,应用反转录PCR方法对初筛阳性标本的聚合酶区和衣壳蛋白区进行扩增,并对序列进行比对和系统进化分析。结果3116份粪便标本中检出NoV阳性809份,阳性率为26.0%(809/3116)。不同年龄组NoV检出率差异有统计学意义(P=0.000),其中7~12月龄组检出率最高(31.6%);不同季节间NoV检出率差异有统计学意义,其中冬季为高发季节(39.0%)。序列分析发现,286份阳性标本的两个区域均测序成功,分成6个基因型,分别是GⅡ.P12-GⅡ.3,GⅡ.P16-GⅡ.2,GⅡ.P17-GⅡ.17,GⅡ.Pe-GⅡ.2,GⅡ.Pe-GⅡ.3和GⅡ.Pe-GⅡ.4。其中以GⅡ.Pe-GⅡ.4为主,占61.2%(175/286)。其次为GⅡ.P12-GⅡ.3,占33.6%(96/286);GⅡ.Pe-GⅡ.3占2.4%(7/286);GⅡ.P16-GⅡ.2占2.1%(6/286);GⅡ.Pe-GⅡ.2和GⅡ.P17-GⅡ.17均占0.3%(1/286)。GⅡ.Pe-GⅡ.4中全部为GⅡ.Pe-GⅡ.4 Sydney 2012。携带GⅡ.Pe-GⅡ.4 Sydney 2012型NoV患儿较GⅡ.P12-GⅡ.3更容易出现呕吐。结论NoV是儿童病毒性急性胃肠炎的重要病原体,GⅡ.Pe-GⅡ.4 Sydney 2012和GⅡ.P12-GⅡ.3是2019年天津地区住院散发急性胃肠炎中NoV感染的主要流行株。     

一起诺如病毒Ⅰ型Ⅱ型混合感染急性胃肠炎暴发疫情调查分析

目的 对湖州市某中学发生的一起以腹泻、呕吐为特征的暴发疫情进行调查和分析,查找病因、分析危险因素.方法 采用现场流行病学调查方法,结合临床表现及实验室检测结果进行调查与综合分析.结果该校共发生急性胃肠炎病例578例,罹患率为23.58%;临床表现主要为腹泻、呕吐、腹痛、恶心,少见发热,大多症状较轻,病程1～3 d;各班均有发病,无明显聚集性;共采集患者粪便标本15份,采用RT-PCR方法检出诺如病毒阳性标本11份,其中Ⅱ型6份,Ⅰ型阳性3份,Ⅰ型、Ⅱ型混合阳性2份(同一学生,两次采样).病例对照研究显示,饮用未加热桶装水是此次发病的危险因素(OR=2.46,95% CI=1.19～5.23),且饮水量与发病存在剂量反应关系(X2=24.18,P<0.01).通过采取隔离治疗传染源、改桶装水为供应开水、卫生消杀及健康教育等综合措施后,疫情迅速得到控制.结论 本次疫情是由诺如病毒引起的急性胃肠炎暴发,可疑的传播途径为饮用未加热的桶装水与日常接触.     

北京市东城区2013-2015年诺如病毒感染聚集性疫情流行病学特征分析

目的 对2013-2015年北京市东城区诺如病毒感染聚集性疫情的流行病学特征和病原学特征进行分析.方法 采取面对面问卷调查的方式,对2013年1月至2015年12月北京市东城区报告的诺如病毒感染聚集性疫情开展流行病学调查,描述性分析疫情流行病学特征;采集病例及环境标本进行诺如病毒实时荧光PCR检测和基因序列分析,掌握疫情病原学特征.结果 2013-2015年共报告20起聚集性疫情,每起疫情发病人数在8-78例之间,罹患率在6.3-61.5％之间.三年报告起数呈逐年递增趋势,34月和10-12月报告17起,占总起数的85.0％.疫情主要发生在小学、幼儿园、集体单位和医院病房.采集患者便标本、密接便标本和环境涂抹标本260份,检出诺如病毒GⅡ型核酸阳性122份,阳性率为46.9％.对14起疫情的阳性标本基因序列分析结果:GⅡ.17型6起,GⅡ.6型3起,GⅡ.4Sydney-2012型2起,GⅡ.2、GⅡ.3、GⅡ.7型各1起.结论 2013-2015年北京市东城区诺如病毒聚集性疫情春季和秋冬季高发,应加强学校和托幼机构疫情的监测,加强集体单位食堂员工以及医院护理人员的监测与管理.     

Molecular epidemiology of norovirus infection among children with acute gastroenteritis in Shanghai,China, 2001–2005

Norovirus is one of the major causes of outbreaks and sporadic cases of acute gastroenteritis in young children worldwide. Obtaining local baseline information regarding this virus is important for developing and evaluating prevention strategies of norovirus transmission in children. The age, seasonal distribution and circulating genotypes of norovirus in Shanghai, China, between 2001 and 2005 were determined. Of 5411 stool specimens collected from children under 5 years of age who were hospitalized with acute gastroenteritis 3,975 were rotavirus‐negative, indicating the presence of another causative agent. From these specimens, 484 were selected at random for genotyping, and 45 were norovirus‐positive. Norovirus infection was detected in all age groups, but infants less than 6 months old showed the lowest prevalence (5.4%). Norovirus infections peaked from August to November. Among the 37 identified norovirus strains, 2 were GII‐3, 2 were GII‐7, and 33 were GII‐4 genotypes. This study demonstrated the impact of norovirus infection causing acute gastroenteritis in hospitalized children and the importance of vaccination against norovirus diarrhea in Shanghai, China. J. Med. Virol. 81:1826–1830, 2009. © 2009 Wiley‐Liss, Inc.     

Viral agents of acute gastroenteritis in German children: prevalence and molecular diversity

Acute gastroenteritis is a major source of morbidity and mortality among young children in developed and developing countries. Enteropathogenic viruses are regarded as particularly relevant causative agents. Between February 2001 and January 2002, fecal specimens were obtained from German children admitted to hospital with acute gastroenteritis and examined for rotaviruses, Noroviruses, enteric adenoviruses, and astroviruses using (RT-)PCR methods. Of the 59% (129/217) samples positive for > or =1 viral agent, 79% (102/129) carried rotavirus, whereas Norovirus was detected in 35% (45/129), enteric adenovirus in 14% (18/129), and astrovirus in 4% (5/129). Thirty-eight specimens contained at least two enteropathogenic viruses, with the majority of coinfections attributable to rotavirus/Norovirus dual infections. Sequence analysis revealed a cocirculation of G1, G3, G4, and G9 type rotavirus with G1 being the most common and G9 the second most common rotavirus G-type. Emergence of G9 rotaviruses in Germany may have implications for future vaccine development. A variety of Norovirus genotypes, most belonging to GGII, were found. Apart from subgenus F, adenovirus related genetically to subgenera A-C were detected. All astroviruses belonged to genotype 1. This is the first study concerning German children admitted to hospital that assesses the relative importance of these viruses by nested (RT-) PCR methods.