基于生物信息学筛选甲状腺乳头状癌相关预后基因

目的:通过生物信息学方法分析甲状腺乳头状癌预后相关基因,为后续实验提供理论基础,以便进一步研究甲状腺乳头状癌发生的可能机制。方法:利用生物信息学方法从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas, TCGA)数据库中下载甲状腺乳头状癌和癌旁组织样本的RNA测序数据,通过差异分析获取差异基因;利用基因本体论(gene ontology, GO)和京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes Genomes, KEGG)进行差异基因生物学功能和通路富集分析;通过蛋白交互网络分析法(protein-protein interaction, PPI)筛选出关键基因;通过生存分析研究关键基因对甲状腺乳头状癌患者生存预后的影响。结果:在TCGA数据库中共筛选出甲状腺乳头状癌患者237例,其中甲状腺乳头状癌组织212例,甲状腺癌旁组织25例。通过差异基因分析后共筛选出715个差异基因;通路富集分析显示,神经信号转导活性、逆行内源性大麻素信号为主要的信号通路;通过PPI法共筛选出18个关键基因,包含9个上调基因和9个下调基因;通过生存分析发现高表达...     

基于生物信息学分析宫颈癌关键基因及预后相关的生物标志物

目的 从公共数据库筛选并探讨宫颈鳞状细胞癌的关键致病基因。方法 从GEO数据库GSE122697、GSE89657里下载宫颈组织表达谱芯片数据。利用R软件和韦恩图查找数据集的差异表达基因(DEGs)交集,进行GO 和 KEGG 通路富集分析。利用STRING数据库构建了DEGs的蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPIs)并导入Cytoscape软件进一步分析,通过cytohubba插件和MCC算法筛选出DEGs。利用癌症基因组图谱数据(TCGA)对已初步筛选的DEGs进行验证及生存曲线分析,并进一步筛选与宫颈癌总生存率相关的DEGs进行ROC分析,获得关键基因。结果 宫颈鳞状细胞癌差异基因56个,其中15个上调和41个下调。GO 及 KEGG 分析结果显示, 这些 mRNA 主要参与细胞核分裂、细胞外基质代谢调控等生物学进程; 主要富集于细胞周期、减数分裂、PIK-Akt信号通路、ECM受体相互作用通路等。通过PPI网络中筛选出18 个核心基因,并在TCGA数据集中得以验证,生存曲线分析的结果表明18个差异基因中的ASF1B基因对宫颈癌患者生存预后具有显著影响 (HR=0.437(0.272-0.704), P<0.01), ROC分析的结果表明其对宫颈癌患者具有很好的诊断价值(AUC=0.998)。结论 本研究通过综合生物信息学分析,有望为宫颈癌诊断和预后提供可靠的分子生物标志物和治疗靶点。     

基于生物信息学分析LPAR5在甲状腺乳头状癌中的表达及其意义

目的通过生物信息学的方法分析溶血磷脂酸受体5(LPAR5)在甲状腺乳头状癌(PTC)中的表达及临床意义,为PTC分子生物研究和生物标志物筛选提供理论依据。方法 2020年5月开始从GEO数据库中筛选数据,最终筛选出编号为GSE3678的基因芯片,并对样本进行规范化处理,筛选出差异表达基因LPAR5。利用TCGA数据库验证LPAR5在甲状腺癌组织和正常甲状腺组织差异表达情况,同时在ulcan数据库分析LPAR5表达与PTC患者临床特征之间的关系。通过GEPIA2分析LPAR5基因与甲状腺癌生存率之间的关系。结果共筛选出甲状腺癌差异基因755个,其中表达上调差异基因314个,表达下调差异基因441个,基于TCGA基因表达数据分析得出LPAR5在甲状腺癌中表达高于正常甲状腺组织,LPAR5表达量与甲状腺癌患者的临床分期和N分期密切相关(P0.05),而与性别、年龄未见相关性(P0.05),GEPIA2分析显示甲状腺癌患者LPAR5高表达组总生存率高于低表达组(P0.05),而在甲状腺癌患者无病生存期中LPAR5高表达组与低表达组比较,差异无统计学意义(P0.05)。结论本研究通过生物信息学分析得到了甲状腺癌中的部分差异基因,并通过TCGA数据库分析进一步验证了LPAR5在甲状腺癌中的高表达,且与肿瘤临床分期和N分期密切相关,进一步证明了LPAR5可能参与PTC的发生发展,并影响PTC淋巴结转移。     

晚期骨关节炎软骨退行性变的生物信息学分析

目的 基于生物信息学方法筛选并分析晚期骨关节炎(OA)软骨退行性变相关的差异表达基因。方法 选择GSE57218数据集作为分析对象,该数据集是基于GEO公共数据库进行数据检索获得。采用R语言limma工具包筛选DEmRNAs,并对数据进行标准化处理后,利用Metascape在线分析软件及R语言clusterProfiler包分别对DEmRNAs行GO功能和KEGG通路富集分析。选用String在线工具行PPI分析,将结果导入Cytoscape软件得出核心模块与预测核心基因。利用OMIM人类基因数据库筛选出与Hub基因、核心模块的共性表达基因,用GSEA富集分析筛选出核心信号通路及核心基因;将上述筛选出的基因用于预测潜在治疗药物并进行组织定位特异性分析。结果 通过对GSE57218进行分析,共筛选出305个差异表达基因。对上述差异基因行GO和KEGG分析,GO功能富集分析主要富集在NABA核心基质组、ECM的组织、骨骼系统开发、基质组相关、血小板脱粒等。KEGG和GSEA功能富集分析结果显示,与OA发病相关的核心通路为ECM受体相互作用、黏附斑激酶信号通路核心基因。分别对Cytoscap...     

基于生物信息学的结肠癌核心基因筛选及验证

目的: 利用生物信息学方法筛选结肠癌核心基因,并通过体外实验进行验证,挖掘潜在的结肠癌分子标志物。方法：从GEO数据库下载GSE23878、GSE37182和GSE74602数据集,应用R语言筛选结肠癌和癌旁组织的差异表达基因（differentially expressed genes, DEGs）,并对DEGs进行GO富集分析、KEGG信号通路分析。利用STRING数据库构建蛋白质相互作用（protein protein interaction, PPI）网络,采用Cytoscape软件筛选结肠癌核心基因。利用TCGA数据库验证核心基因表达及预后价值,采用细胞转染及MTT法进一步验证核心基因的功能。结果：3个数据集筛选出270个共有DEGs,GO富集分析显示DEGs参与生长负调控、细胞外基质组织、细胞外结构组织等生物学过程,KEGG信号通路分析DEGs主要富集于Wnt、NF-κB、细胞周期等信号通路。PPI筛选出11个核心基因。经GEPIA数据库验证,MYC、TIMP1、UBE2C、SOX9、AURKA、COL1A1、CDC20、TOP2A和CENPF在结肠癌中高表达,而CAV1和CXCL12低表达。进一步生存分析显示,AURKA高表达与结肠癌患者总体生存期呈正相关（P<0.05）,TIMP1高表达与结肠癌患者总体生存期呈负相关（P<0.05）,COL1A1高表达与结肠癌患者无病生存期呈负相关（P<0.05）。细胞转染及MTT实验结果显示,过表达AURKA、TIMP1可显著促进结肠癌细胞增殖。结论：筛选出可能参与结肠癌发生的11个核心基因,其中AURKA和TIMP1表达变化可能与结肠癌患者预后相关。     

基于GEO和TCGA数据库对肺腺癌差异表达基因的生物信息学分析

目的：采用生物信息学方法筛选影响肺腺癌（LUAD）的关键基因,分析其生物学功能及其对LUAD预后的影响。方法：于高通量基因表达（GEO）数据库下载GSE118370和GSE136043芯片数据,癌症基因组图谱（TCGA）数据库筛选LUAD相关数据。采用R软件分析共同表达的差异表达基因（DEGs）。采用clusterProfile R包对DEGs进行基因本体（GO）功能富集分析,DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络。采用Cytoscape筛选连接度排名前10位的关键基因,GEPIA数据库和人类蛋白质图谱（HPA）数据库分析正常肺组织和LUAD组织中关键基因mRNA和蛋白表达情况及不同分期LUAD组织中关键基因表达情况。关键基因免疫浸润分析和生存分析获取关键基因表达与患者生存期的相关关系。结果：共筛选DEGs 428个。GO分析,LUAD的DEGs在主要富集于上皮-间质转化（EMT）等生物过程（BP）方面、细胞基部等细胞组分（CC）方面和细胞外基质（ECM）结构形成等分子功能（MF）方面。KEGG分析,...     

舌鳞状细胞癌关键基因的筛选及其潜在治疗药物的预测

目的 通过生物信息学方法筛选舌鳞状细胞癌的关键基因,并预测其潜在的治疗药物。方法 从GEO数据库中下载GSE34105和GSE13601数据集,并利用limma包筛选DEGs。DAVID数据库对DEGs进行GO及KEGG富集分析。STRING数据库构建PPI网络,并在Cytoscape中进行可视化。“CytoHubba”筛选Hub基因,并利用TCGA数据库、HPA数据库及RT-qPCR进行验证。最后,在Cellminer数据库中筛选Hub基因潜在的治疗药物。结果 共筛选出192个DEGs,其中上调基因84个,下调基因108个。GO富集分析显示,DEGs主要涉免疫反应、细胞外基质分解等生物学过程;KEGG富集分析显示,DEGs主要富集在EMC-受体相互作用信号通路。筛选出IFIT3、OAS2作为Hub基因。预测出布加替尼、艾沙佐米柠檬酸盐及硼替佐米等19种可能靶向作用于舌鳞状细胞癌的药物。结论 通过生物信息学方法筛选出两个Hub基因,并预测其潜在的治疗药物,为研究舌鳞状细胞癌的分子机制及开发治疗药物提供理论基础。     

miR-124-3p调控的LAD1作为肺腺癌潜在治疗靶点的生物信息学分析

目的 ：应用生物信息学探索非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)发病机制,筛选目标基因。方法：使用R语言limma包对基因表达综合数据库(gene expression omnibus, GEO)中NSCLC数据集进行差异表达基因鉴定,并对差异表达基因进行基因本体论(gene ontology, GO)分析和京都基因和基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集分析,然后通过STRING数据库和Cytoscape进行关键基因筛选,在Kaplan-Meier Plotter数据库对核心基因进行生存曲线分析,并对感兴趣的核心基因进行表达差异的验证,使用TargetScan数据库预测调控靶基因的微小RNA(microRNA, miRNA)。结果：共筛选出289个差异表达基因,蛋白质-蛋白质相互作用网络筛选出10个核心基因,其中ladinin-1(LAD1)在蛋白印迹分析中表达差异明显,Kaplan-Meier Plotter数据库显示LAD1在肺腺癌组织中高表达与不良预后有关。...     

食管癌差异表达基因的生物信息学分析

目的：应用生物信息学技术挖掘食管癌差异表达基因,为食管癌治疗提供新靶点。方法：从GEO数据库中下载基因芯片数据集GSE20347、GSE92396和GSE1420,使用在线分析工具GEO2R筛选出食管癌组织与正常食管组织的差异表达基因。利用在线数据库DAVID和STRING分别进行功能、通路富集分析和蛋白互作分析,使用Cytoscape软件来筛选蛋白相互作用网络中的核心网络基因,并在TCGA数据库中验证其差异表达情况。结果：本实验共发现274个差异表达基因,269个基因有相同的表达趋势,其中96个上调基因,173个下调基因（调整后P<0.05,|log2FC|>1）。通过GO富集分析（P＜0.05）发现它们主要参与了表皮发育、肽键交联结合、角质细胞分化、细胞外基质组织生成等生物学过程。分子功能包括细胞外基质结构组分、分子活性、钙离子及血小板源性生长因子结合等的功能;而细胞组成分析提示这些差异基因主要集中在细胞外基质。KEGG富集通路分析（P＜0.05）显示主要的信号通路包括阿米巴病信号通路、细胞外基质作用信号通路、糖酵解和糖异生等信号通路过程。MCODE分析发现金属蛋白酶组织抑制因子-1（TIMP metallopeptidase inhibitor 1,TIMP1）、基质金属蛋白酶-3（matrix metal－lopeptidase 3,MMP3）、分泌性磷酸化蛋白-1（secreted phosphoprotein 1,SPP1）、丝氨酸蛋白酶抑制蛋白E1（serpin family E mem－ber 1,SERPINE1）、骨膜蛋白（periostin,POSTN）、类胰岛素生长因子结合蛋白-3（insulin like growth factor binding protein 3,IGF－BP3）、Ⅲ型胶原α1（collagen type Ⅲ alpha 1 chain,COL3A1）、沉默桥粒芯糖蛋白-2（desmoglein 2,DSG2）这8个基因可能为诱导食管癌发生发展的关键基因（P＜0.05）。通过TCGA数据库验证这8个基因,进一步筛选出COL3A1、IGFBP3、MMP3、SPP1、TIMP1关键基因,且这5个基因同时在食管鳞状细胞癌和腺癌中高表达（P＜0.05）。结论：采用生物信息学方法能够有效分析食管癌与正常食管组织差异表达的基因,本次研究中共筛选出COL3A1、IGFBP3、MMP3、SPP1、TIMP1等5个关键基因,表明其可能是食管癌发病机制的新的生物标记物。     

通过生物信息学分析鉴定调控神经母细胞瘤骨髓转移的中枢基因

目的:利用生物信息学的方法，探讨神经母细胞瘤骨髓转移的中枢基因及其可能的分子机制。方法: 选取GEO数据库中神经母细胞瘤基因骨髓转移的芯片数据集GSE42548，应用在线分析工具Networkanalyst筛选差异表达基因。使用DAVID数据库对上述差异表达基因进行GO功能分析及KEGG通路分析。应用STRING在线数据库和Cytoscape软件构建蛋白质相互作用（PPI）网络，并筛选hub genes、枢纽模块和seed genes，利用Venn图对hub genes和seed进行分析。结果: 分析芯片数据，筛选得到990个差异表达基因，GO和KEGG分析结果显示，差异表达基因与信号转导、生物膜合成等过程有关，并富集在Hematopoietic cell lineage通路上。通过构建PPI网络筛选得到了10个hub genes、6个枢纽模块和17个seed genes。通过Venn图确定关键基因Cxcr4。结论: 研究中筛选出了10个hubgenes和17个seed genes，其中Cxcr4基因在神经母细胞瘤骨髓转移起到关键作用，提示基于CXCR4- SDF-1之间的调控关系可能为神经母细胞瘤骨髓转移的早期诊断提供新的见解。     

基于生物信息学筛选甲状腺癌关键基因和通路

目的探讨甲状腺癌(TC)发生发展的潜在生物学功能,筛选TC的关键基因和通路。方法从GEO数据库中下载3组基因芯片数据集,分析TC组织与正常组织差异表达基因(DEGs),利用多种在线分析软件对DEGs进行功能富集、通路分析、构建蛋白质互作网络、筛选关键基因,然后采用TCGA数据库对关键基因进行验证及生存分析。结果3组数据集分析得出410个共同DEGs,其中159个基因上调,251个基因下调。DEGs与癌症中的蛋白聚糖、P53信号通路、ECM-受体相互作用、细胞周期等信号通路有密切关系。筛选出14个关键基因,分别是CCNB2、FN1、MMP9、TIMP1、CXCL8、VCAN、EVA1A、LGALS1、KIF15、KIF20A、KIF4A、TOP2A、JUN和SDC2,其中MMP9、SDC2、KIF15和VCAN影响患者生存率,提示可以作为TC的潜在预后标志物。结论利用生物信息学方法筛选出14个关键基因和通路,可能有助于甲状腺癌的早期分子诊断与基因靶向治疗。     

microRNAs调控基质金属蛋白酶与乳腺癌发生发展和转移的生物信息学分析

目的:利用生物信息学方法研究microRNAs调控基质金属蛋白酶(matrix metalloproteinases,MMPs)乳腺癌的潜在靶向基因、信号传导通路及分子机制.方法:从GEO和TCGA数据库下载正常乳腺组织和乳腺癌样本的基因芯片;使用R软件包limma分析正常乳腺组织和乳腺癌样本之间的差异表达基因;对筛选出的差异表达基因进行KEGG信号通路富集分析.结果:通过对差异基因的趋势分析,筛选出544个显著上调的基因及1030个显著下调的基因,其中MMP1/3/9/11/13/28可能为介导乳腺癌浸润性进展的相关基因.生存分析表明,乳腺癌MMP1/3/9/11/13高表达与不良预后相关,且MMP1高表达是影响乳腺癌的独立危险因素(P＜0.01).结论:本研究的整合生物信息学分析表明,MMPs在乳腺癌等多种癌组织中表达升高,并且MMPs表达明显影响乳腺癌患者预后,与其他MMPs相比,MMP1可能是乳腺癌患者靶向治疗的合适靶点.     

生物信息学分析胰腺癌组织关键基因表达及其意义

目的 利用生物信息学方法对GEO数据库进行探索,获取胰腺癌发生、发展的核心基因,分析胰腺癌发生、发展的潜在机制。方法 使用GEOquery包从GEO数据库获取胰腺癌相关芯片数据(GSE62452),利用Limma包进行差异分析,结合clustreProfiler包对上调基因和下调基因分别进行GO功能和KEGG通路分析,利用String在线网站对差异基因进行蛋白互作网络分析,利用Cystoscopes软件筛选出核心基因,最后借助TCGA数据库和芯片数据(GSE28735)对核心基因进行再次验证。结果利用生物信息学方法共获得286个差异基因,其中包含上调基因189个,下调基因97个。富集分析结果显示上调基因涉及细胞组织黏附、细胞外基质组织构成等功能以及蛋白消化与吸收、PI₃K-Akt等信号通路相关。下调基因与脂类消化、细胞壁破裂等功能和胰腺分泌等信号通路密切相关。通过蛋白互作网络筛选出20个关键基因,利用GEPIA数据库对关键基因进行生存分析验证,发现3个基因(MMP11、LAMB3、PLAU)与胰腺癌预后明显相关。结论 通过生物信息学方法最终筛选出3个核心基因,为胰腺癌的诊断和预后提供了新的思路。     

细胞分裂周期相关蛋白(CDCAs)与乳腺癌发生、发展和转移的生物信息学分析

目的 利用生物信息学方法研究细胞分裂周期相关蛋白(CDCAs)介导乳腺癌的潜在靶向基因、信号传导通路 及分子机制。方法 从 GEO 和 TCGA 数据库下载正常乳腺组织和乳腺癌样本的基因芯片;使用 R 软件limma包分析 正常乳腺组织和乳腺癌样本之间的差异表达基因;使用 Kaplan-MeierPlotter评估乳腺癌患者的整体生存率、无复发生 存率和无远处转移生存率;对筛选出的差异表达基因进行 GO 和 KEGG信号通路富集分析。结果 通过对差异表达基 因的趋势分析,筛选出2015个显著上调的基因以及864个显著下调的基因,其中 CDCA1/2/3/5/7/8可能为介导乳腺癌 浸润性进展的相关基因。生存分析表明,乳腺癌 CDCA1/2/3/5/7/8高表达与不良预后相关(均 P<0.05)。GO 分析结 果主要富集于细胞有丝分裂周期、染色姐妹单体分离、染色体、着丝粒、纺锤体等;KEGG 信号通路富集分析则在卵母细 胞减数分裂、p53信号通路、DNA 复制显著富集。结论 整合生物信息学分析结果,表明 CDCAs在乳腺癌组织中表达 升高,并且 CDCAs表达水平显著影响乳腺癌患者预后,与其他 CDCAs相比,CDCA2/3/5/8可能是乳腺癌患者靶向治疗 的合适靶点。     

利用生物信息学分析食管腺癌的核心基因和通路

目的：　探讨食管腺癌（esophageal adenocarcinoma，EAC）的核心基因及通路。方法：　结合GEO数据库分析EAC与正常食管组织间的差异表达基因。利用多种在线分析软件对中枢基因进行功能富集、通路分析、构建蛋白质互作网络及挑选核心基因。结合TCGA、Oncomine肿瘤数据库对核心基因进行验证以及绘制受试者工作特征（receiver operating characteristic，ROC）曲线、计算曲线下面积（area under the curve，AUC）。结果：　4个GEO数据集分析得出中枢基因共141个，富集在细胞外基质中，主要通过糖酵解、糖异生通路和酪氨酸、组氨酸、苯丙氨酸、β-丙氨酸代谢通路。筛选出3个核心基因，COL1A2的AUC为0.707~0.954；TIMP1的AUC为0.795~0.984；MMP1的AUC为0.896~1.000。结论：　利用生物信息学方法筛选出与EAC相关的核心基因及通路，有助于EAC的早期分子诊断与基因靶向治疗。     

生物信息学分析类风湿性关节炎相关间质性肺病Hub基因及其通路的鉴定

目的 明确类风湿性关节炎相关间质性肺病(RA-ILD)发病的潜在分子靶标及通路。方法 NCBI-GEO分别下载类风湿性关节炎成纤维样滑膜细胞(RA-FLS)及间质性肺病(ILD)肺脏组织基因原始表达谱矩阵文件(GSE128813,GSE47460),利用R软件筛选两个数据集的差异表达基因,并获取共同差异表达基因,即目的基因。同时,利用DAVID工具对目的基因进行基因本体论(GO)及通路富集(KEGG)分析。利用STRING数据库和Cyto-scape软件构建目的基因与转录因子(TF)调控网络图并筛选Hub基因。结果 通过对两个基因数据集的差异表达基因(DEGs)取交集获得43个目的基因。GO分析显示,生物学过程主要富集于胶原蛋白分解代谢及间充质细胞增殖等过程;细胞成分组主要富集于细胞外基质等方面;分子功能组主要富集于肝素结合等方面;KEGG通路主要富集于类风湿性关节炎、癌症等通路。蛋白质网络分析筛选出基质金属酶1(MMP1)、基质金属酶3(MMP3)、去整合素金属蛋白酶3(ADAMTS3)、拓扑异构酶2A(TOP2A)等8个关键(Hub)基因。结论 通过生物信息学分析发现的Hub基因及...     

骨肉瘤关键基因及免疫浸润的生物信息分析

目的 通过生物信息学方法筛选骨肉瘤潜在的关键基因,并分析其免疫浸润模式。方法 从基因表达综合数据库(GEO)获取与骨肉瘤相关的基因表达谱GSE16088和GSE12865,采用生物信息学方法筛选与骨肉瘤相关的差异表达基因(DEGs),并进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析、免疫细胞浸润分析。通过蛋白质-蛋白质相互作用网络筛选出骨肉瘤潜在的关键基因,利用癌症基因组图谱数据库(TCGA)验证关键基因在骨肉瘤和正常组织样本中的表达情况。结果 共筛选出108个DEGs。GO功能注释和KEGG富集分析显示,DEGs主要富集在整合素结合、细胞外基质(ECM)结构成分、ECM受体相互作用和磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路。巨噬细胞是骨肉瘤最主要的免疫浸润细胞。分泌型磷蛋白1(SPP1)、基质金属肽酶2(MMP2)、赖氨酰氧化酶(LOX)、V型胶原蛋白α(II)链(COL5A2)、黑色素瘤细胞黏附分子(MCAM)5个关键基因在骨肉瘤和正常组织样本中的表达存在差异(P均<0.05)。结论 SPP1、MMP2、LOX、COL5A2、MCAM在骨肉瘤中均上调,可能是骨肉瘤潜在的生物标志物。巨噬细胞是骨肉瘤最主要的免疫浸润细胞,可为骨肉瘤的治疗提供新的方向。     

胃癌相关关键基因的筛选及临床价值分析

目的 利用生物信息学筛选胃癌相关关键基因,并探讨关键基因的临床价值。方法 (1)从GEO数据库中获取与人类胃癌相关的3个基因芯片数据集,利用在线分析工具GEO2R获取差异表达基因(DEGs)。针对3个数据集共有的DEGs,利用DAVID数据库进行富集分析,利用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络后通过Cytoscape 3.9.1软件筛选关键基因。(2)收集20例胃癌患者的癌组织及癌旁正常组织,利用实时荧光定量PCR法检测关键基因的表达水平。利用GEPIA2数据库分析关键基因在胃癌组织与癌旁正常组织的表达差异,以及在不同病理分期胃癌患者中的表达差异。利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析不同关键基因表达水平的胃癌患者的生存情况。结果 (1)共获得461个共同DEGs,包括190个上调DEGs、271个下调DEGs。DEGs主要参与细胞外基质形成、胶原纤维、细胞-基质黏附等生物过程,主要富集在细胞外基质-受体相互作用、蛋白质消化吸收、黏着斑等信号通路。共筛选出5个关键基因,即COL4A1、COL4A2、LUM、COL6A3和SPARC。(2)实时荧光定量...     

低级别胶质瘤差异基因筛选及功能预测

目的 基于美国癌症肿瘤基因图谱(TCGA)数据库联合GTEx数据库分析低级别胶质瘤组织及正常脑组织的差异表达基因,并探讨其相关分子机制。方法 从TCGA数据库及GTEx数据库下载所有低级别胶质瘤中mRNA转录组数据。共包含样本569例,其中低级别胶质瘤组织为529例,正常脑组织为40例。在R语言环境下,应用edge R工具包处理数据,得到差异表达基因。利用DAVID数据库对差异表达的前1000个基因进行GO分析及KEGG通路富集分析。对显著差异表达的前200个差异表达基因进行分析,基于Cysctoscape绘制蛋白互作网络图。比较关键基因在低级别胶质瘤组织及正常脑组织中的表达水平。以关键基因的中位表达水平为界值,将关键基因分为高表达组与低表达组,比较高表达组与低表达组的生存情况。结果 共筛选出9045个差异表达基因,其中,上调基因5566个,下调基因3479个。GO分析结果显示,其生物过程有DNA结合转录激活活性,RNA聚合酶Ⅱ特异性,肌动蛋白结合,有机酸结合,肽结合等功能富集。KEGG富集分析结果表明,差异表达基因的信号通路主要化学致癌物-活性氧自由基,粘附蛋白激酶,肺癌蛋白多糖,催...     

基于生物信息学分析探讨子宫内膜异位症恶变的机制

目的：通过生物信息学分析探讨子宫内膜异位症（EMs）恶变为卵巢透明细胞癌（OCCC）的致病机制。方法：通过GEO数据库微阵列表达谱数据集GSE57545，分别将卵巢型EMs(OVE)、EMs相关OCCC与正常女性个体的免疫基因进行差异分析，并对差异表达基因进行GO富集和KEGG信号通路分析、构建差异表达基因的PPI网络并筛选Hub基因。结果：OVE与对照组间共筛选出43个差异表达基因，OCCC与对照组间共筛选出96个差异表达基因。相对于正常女性而言，KEGG信号通路富集显示：癌症通路是OVE与OCCC共有的信号通路。GO富集分析结果示：免疫系统过程、免疫反应、调节免疫系统进程等是OVE与OCCC共有的生物学过程；囊泡、质膜部分、细胞表面是OVE与OCCC的差异表达基因富集的共有细胞组分。CAPS3是OVE与OCCC的交集Hub基因。结论：免疫系统在EMs恶变的过程中起重要作用；CAPS3可能是EMs恶变为OCCC的关键靶点之一。