人食管鳞状细胞癌基因表达变化的cDNA芯片研究

目的 利用TaKaRa人癌基因芯片研究食管鳞状细胞癌（ESCC）和相应正常组织差异表达基因．分析基因差异表达谱,以期找到更快捷、高通量的方法来筛选与原发性食管癌发生、发展以及与食管癌临床进展相关的分子标记物。方法 应用基因芯片技术及激光捕获微切割术、T7RNA聚合酶扩增技术,对15例ESCC癌组织和正常组织的mRNA进行检测,并用生物信息学对检测结果进行分析。结果 在886个目的基因中有110条（12．42％）至少2次出现差异表达．其中56条（6-32％）基因表达上调幅度〉2．0倍,54条（6．09％）基因表达下调幅度〈0．5。结论 高通量的基因芯片技术可筛选出大量ESCC相关基因,对这些相关基因功能的验证将有助于找到ESCC发生、发展的关键基因或通路。     

胃癌淋巴结转移相关基因差异表达分析

[目的]探讨胃癌淋巴结转移过程中相关基因群的表达和功能。[方法]从6例胃癌患者分别抽取胃癌和淋巴结转移组织的总RNA,采用逆转录的方法,制成cDNA链,并以两种荧光Cy5和Cy3标记后做探针,与含有14784条人类14KcDNA基因表达谱芯片进行杂交。以Agilent荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,进行计算机处理和分析,筛选出胃癌淋巴结转移组织中差异表达的基因,并用RT—PCR实验对部分差异表达基因进行验证。[结果]在14784条基因中,胃癌原发灶与淋巴结转移组织间存在差异表达的基因共80条,其中59条基因表达显著上调,21条基因表达显著下调。经RT-PCR验证,差异表达趋势与基因芯片技术检测的结果一致。[结论]胃癌组织和淋巴结转移组织之间存在多个差异表达的基因,胃癌淋巴结转移的发生与发展是多种相关基因表达失常所致。     

食管癌基因表达谱及其与细胞分化的相关性研究

目的:研究原发性食管癌基因表达谱,筛选与肿瘤细胞分化相关的基因,旨在寻找或定位食管癌分化相关基因,加深对其癌变分子机制的了解. 方法: 应用基因芯片技术对15例ESCC癌组织和正常组织的mRNA进行检测,并用生物信息学对检测结果进行分析. 结果: 在886条目的基因中有110(12.42%)条至少2次出现差异表达,与肿瘤分化直接相关的基因有16条(1.81%),其中表达上调的9条(1.02%),表达下调的7条(0.79%). 结论: 高通量的基因芯片技术筛选出大量的ESCC相关基因,从中可分析出与肿瘤分化相关的基因. 对这些相关基因功能的验证将有助于找到ESCC发生、发展的关键基因或通路,并可作为ESCC诊断的指标和治疗的靶点.     

基因芯片筛选早期子宫颈鳞癌淋巴转移相关基因

目的应用基因芯片技术筛选早期子宫颈鳞癌淋巴转移相关基因。方法利用代表人类全基因组的Affymetrix U133 plus 2．0基因表达谱芯片筛查淋巴转移的早期子宫颈鳞癌组织、未转移子宫颈鳞癌组织及正常子宫颈上皮之间的基因表达差异,并进行生物信息学分析。结果与未转移子宫颈鳞癌相比,淋巴转移宫颈癌2倍以上差异表达的基因322条,其中表达上调的基因182条,表达下调的基因140条;4倍以上差异基因37条,其中在淋巴转移组织中上调基因21条,下调基因16条。差异表达基因的功能分类包括：DNA依赖的转录调节基因、发育基因、免疫反应基因、蛋白质水解基因和细胞问信号传导基因等。而三组间两两比较发现,在正常子宫颈与无转移宫颈癌组织中表达无差异的基因中,发现转移组和未转移组表达水平具有2倍以上差异的基因有23条,其中在转移组中,上调基因16条,下调基因7条。与正常子宫颈相比,未转移组中表达上调的基因中有8条基因在转移组表达下调;与正常组相比。未转移组中表达下调的基因中有6条基因在转移组表达上调。在所有未转移宫颈癌组织较正常宫颈组织表达上调的基因中,未发现在转移组有进一步表达上调的基因;在所有未转移宫颈癌组织较正常宫颈组织表达下调的基因中,也未发现在转移组有进一步表达下调的基因。结论早期子宫颈鳞癌淋巴转移是复杂的多基因作用的结果。本实验初步提供了宫颈癌发生淋巴转移的总体基因表达改变图谱。     

高低转移人大肠癌细胞系基因表达谱差异

目的 用自制肿瘤转移相关基因cDNA微阵列研究人大肠癌高转移细胞系Lovo、SW620及低转移细胞系SW480、LS174T的基因表达谱差异,筛选与大肠癌转移相关的特异基因。方法 分别提取4种大肠癌细胞系及对照的正常大肠上皮组织的mRNA,逆转录成cDNA探针,经cy3和cy5标记后分别与含有399个肿瘤转移相关基因的微阵列杂交,用专用软件分析杂交信号强度。结果 高转移细胞系与低转移细胞系的基因表达谱有显著差异,其中有104个基因的表达值有意义,包括上调基因44个、下调基因60个。结论 大肠癌转移是由其发生过程中多个基因表达的复杂变化决定的,高转移细胞系与低转移细胞系比较存在差异的基因可能与高转移特性有关。     

Ezrin蛋白在食管鳞癌中的表达及其临床意义

目的:探讨食管鳞癌组织中ezrin蛋白的表达及其与肿瘤侵袭和转移的关系。方法:应用免疫组织化学S-P法,检测76例食管鳞状细胞癌组织标本中ezrin蛋白的表达,以30例食管癌旁正常黏膜组织作对照,并结合食管癌的临床病理特征进行分析。结果:ezrin蛋白在76例食管鳞癌中异常表达60例,在30例癌旁正常黏膜中异常表达8例,两者差异有统计学意义(P<0.01)。同时ezrin蛋白的异常表达率与食管鳞癌的分化程度和区域淋巴结转移均有一定关系(P<0.05和P<0.01)。结论:ezrin蛋白在食管鳞癌中异常高表达,其强阳性表达预示着肿瘤细胞分化程度较差,有淋巴结转移。     

TESTIN基因在人食管鳞癌及其癌旁组织中的表达及意义

目的:研究TESTIN在食管鳞状细胞癌及癌旁组织中的表达及临床意义?方法:应用免疫组织化学S-P法和Western blot技术以及实时荧光定量PCR(FQ-RT-PCR)技术检测65例配对人食管鳞癌组织和癌旁正常组织中TESTIN表达的差异,并分析TESTIN的表达与患者临床病理特征的关系?结果:65例配对人食管鳞癌组织中,TESTIN mRNA的表达量显著低于癌旁正常组织(P < 0.05);免疫组化结果显示TESTIN在36.9%(24/65)的食管鳞癌组织中呈阳性,而在正常组织中有87.7%(57/65)阳性(P < 0.01);Western blot结果显示69.2%(45/65)的食管鳞癌组织TESTIN蛋白表达量比对应癌旁正常组织下降?统计结果分析发现,TESTIN的表达与食管鳞癌分化程度有关,而与性别?年龄?肿瘤大小?TNM分期?淋巴结转移关系无统计学意义?结论:TESTIN基因的低表达在食管鳞癌的发生?发展过程中起一定的作用,可能是一种潜在的抑癌基因,并且可能成为食管鳞癌诊断和判断其恶性程度的一个的指标?     

VEGF-C的表达与食管鳞癌淋巴转移及预后的关系

目的 研究血管内皮生长因子C（VEGF-C）在食管鳞癌中的表达及其与肿瘤淋巴转移和预后的关系。方法 运用免疫组化方法检测VEGF-C在72例食管鳞癌组织及其相应正常食管粘膜组织中的表达，经计算机图像分析，计算免疫组化阳性细胞百分率。结果 正常食管粘膜中未见VEGF-C抗原的表达，而在72例食管鳞癌组织中有28例阳性表达（38．9％）。VEGF-C抗原表达与肿瘤的浸润深度和淋巴结转移密切相关（X^2=10．77，P〈0．01；x^2=10．98，P〈0．01），但与患者的年龄、肿瘤的大小及分化程度无关。VEGF-C阳性组患者的生存率显著低于VEGF-C阴性组（x^2=11．16，P〈0．01）。结论 VEGF-C的表达可促进食管鳞癌的淋巴转移。VEGF-C抗原可作为判断食管鳞癌不良预后的危险因子。     

人类肺癌转移相关基因的筛选

目的:应用基因芯片研究人高、低转移肺巨细胞癌细胞株95-D和95-C的基因表达谱的差异,并筛选肺癌转移相关基因。方法:分别提取并纯化两细胞株的mRNA,运用基因芯片技术得到95-D和95-C细胞的差异表达基因谱。用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法对部分有差异表达的基因进行分析验证。结果:在95-D和95-C细胞中有表达差异2倍以上的基因共389条,其中表达上调的121条,表达下调的268条。RT-PCR的验证结果与芯片的筛查结果基本相符。结论:人高、低转移肺巨细胞癌细胞株95-D和95-C在基因表达谱上存在显著差异,这种差异表达的意义有待进一步研究。     

基因表达谱芯片检测肺鳞癌与正常肺组织差异表达的基因

目的：用基因芯片技术探讨肺鳞癌异常基因的表达。方法：提取肺鳞癌组织及正常肺组织的RNA,分别用Cy5-dCTP或Cy3-dCTP标记,再与4096点基因芯片杂交,筛选肺鳞癌组织和正常肺组织表达差异的基因。结果：肺鳞癌组织与正常肺组织表达差异基因225条,其中癌组织中上调基因为116条．下调基因109条;差异极显著性基因37条,表达上调24条,下调13条。结论：多基因参与肺鳞癌发病,基因芯片技术是肺癌基因筛选的有效方法。     

食管鳞状细胞癌组织中LRIG3和EGFR蛋白的表达

目的:探讨LRIG3和EGFR蛋白在食管鳞状细胞癌中的表达及其意义。方法:采用免疫组织化学SP法检测60例食管鳞状细胞癌、60例食管正常组织中LRIG3及EGFR的表达水平。结果:LRIG3蛋白在食管鳞状细胞癌组织中的阳性表达率低于食管正常组织(χ2=60.480,P<0.001),EGFR蛋白在食管鳞状细胞癌组织中的阳性表达率高于食管正常组织(χ2=32.976,P<0.05)。LRIG3和EGFR的表达与食管鳞状细胞癌的分化程度、淋巴结转移、肿瘤分期有关(χ2=3.939和4.318、4.374和5.910、5.293和5.884,P<0.05),与性别、年龄无关。LRIG3和EGFR蛋白在食管鳞状细胞癌组织中的表达呈负关联(rP=0.264,P=0.034)。结论:LRIG3表达下降和EGFR表达升高可能在食管鳞状细胞癌的发生发展中起重要作用。     

miR-133b通过靶向调控EGFR影响食管鳞癌的侵袭、转移

目的 探讨miR-133b在食管鳞癌侵袭、转移过程中的作用及机制.方法 使用生物信息学工具预测miR-133b的靶基因;双荧光素酶报告基因实验验证miR-133b对靶基因表皮生长因子受体(EGFR)的直接靶向调控作用;细胞增殖实验、划痕实验和Transwell实验检测miR-133b的不同表达对食管鳞癌细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响;qRT-PCR验证miR-133b与EGFR在食管鳞癌组织中的表达,并分析miR-133b与食管鳞癌临床病理特征之间的关系.结果 生物信息学工具预测EGFR为miR-133b的靶基因,双荧光素酶报告基因实验证实 miR-133b可与 EGFR 3'UTR片段结合;体外实验通过上调食管鳞癌细胞中miR-133b的表达使细胞的增殖受阻(ECA109:P＜0. 05,KYSE150:P＜0. 01);细胞的迁移(ECA109:P＜0. 01,KYSE150:P＜0. 01)和侵袭能力(EC5A109:P＜0. 01,KYSE150:P＜0. 01)显著减弱.在食管鳞癌组织中 miR-133b与 EGFR的表达呈负相关性( P＜0. 01),且miR-133b的表达与食管鳞癌的TNM分期、淋巴结转移显著相关 (P均＜0. 05).结论 miR-133b可能通过下调EGFR的表达,抑制食管鳞癌的增殖、侵袭和转移,在食管鳞癌的演进中起负调控作用.     

C-myc癌蛋白过表达与食管癌淋巴结转移的关系

癌细胞转移涉及细胞表型分子生物学基础和基因调控两个相互联系的方面。为了解C-myc基因激活和食管癌转移之间的关系,对26例食鳞癌进行了C-myc蛋白、增殖细胞核抗原(PCNA)的免疫组化半定量分析。结果显示淋巴结转移组食管鳞癌C-myc阻性细胞百分率明显高于无转移组,与PCNA阳性细胞百分率在两组之间的差异一致。C-myc癌基因激活提供的生长优势可能是食管鳞癌转移的机理之一。     

应用基因芯片筛选人高、低转移肺巨细胞癌细胞株差异表达基因的初步探讨

目的应用基因芯片探讨人高、低转移肺巨细胞癌细胞株95D和95C的基因表达差异,筛选肺癌转移相关基因。方法提取人高转移肺巨细胞癌细胞株95D和人低转移肺巨细胞癌细胞株95C的mRNA并反转录为cDNA,分别用Cy5-dUTP和Cy3-dUTP进行标记后与基因芯片杂交,然后用Scan Array 3000扫描仪及Im aGene3.0软件处理杂交信号得到95D和95C的表达差异基因。对部分有差异表达的基因进行RT-PCR分析鉴定。结果在被检测的人高、低转移肺巨细胞癌细胞株95D和95C中,共有466条基因出现表达差异,其中具有同一GenBank ID号的Doub le基因共108对,包括上调基因47对,下调基因61对。有表达差异的F ln29、RUVBL2、C14orf3等基因RT-PCR结果与基因芯片一致。结论多基因参与了肺癌的转移过程,基因芯片技术是筛选肺癌转移相关基因的有效方法。     

肿瘤转移相关基因cDNA芯片的制备与应用

目的建立制备肿瘤转移相关基因cDNA基因芯片的方法,并探讨其在肿瘤转移表达谱应用方面的意义。方法选择了399个已知转移相关基因克隆,经PCR扩增纯化后,以Cartesian Pixsys 5500芯片点样仪点布于多聚赖氨酸包被的玻片上;采用Cy3-dUTP和Cy5-dUTP双重荧光标记人大肠癌和肺癌细胞、正常组织、大肠癌和肺癌组织总RNA并与阵列进行杂交。结果经ScanArrayTM 4000共聚焦荧光扫描仪检测,图像背景均匀,信号清晰,效果满意。对大肠癌细胞系和组织标本及肺癌标本表达基因扫描结果行联合聚类分析发现:两种癌的基因表达大多数相同,仅少数有差别,有30种在两种转移癌中呈持续上调或下调的基因,包括运动因子基因、粘附分子、蛋白水解酶、癌基因、抑癌基因、抑制或促进凋亡基因以及诱导血管增生和信号转导的基因等。结论优化的cDNA基因芯片制备技术用于基因表达分析有较高的效率和可靠的实用性能。检测的肿瘤转移相关基因的表达在两种癌无明显差别,表明不同癌其浸润和转移的分子机制大致相同。     

人食管癌中血管内皮生长因子受体3的表达及其临床意义

目的探讨血管内皮生长因子受体3（VEGFR-3）在人食管鳞癌中的表达及其在淋巴管生成和淋巴结转移中的临床意义。方法对59例食管鳞癌手术标本组织采用免疫组化SP法，检测VEGFR-3的表达及定位特征，并应用图像分析方法测定VEGFR-3表达的淋巴管数量，及其与淋巴结转移的关系。结果VEGFR-3表达与肿瘤淋巴结转移密切相关（P〈0．05），癌组织和癌周组织VEGFR-3阳性淋巴管密度和积分光密度也与淋巴结转移密切相关（P〈0．01）。结论VEGFR-3与淋巴结转移、新生淋巴管的形成有相关性，为肿瘤细胞淋巴道转移提供了条件。     

EBP1在新疆哈萨克族食管鳞癌中的表达及临床病理学意义

目的探讨新疆哈萨克族食管鳞癌中EBP1mRNA的表达情况及其与临床病理学特征的关系。方法利用RT-PCR技术检测37例哈萨克族食管鳞癌组织及其对应的癌旁正常食管上皮组织中EBP1mRNA的表达情况。结果 EBP1mRNA在新疆哈萨克族食管鳞癌组织和正常组织中的阳性表达率分别为67.6%(25/37)和89.2%(33/37),差异有统计学意义(P<0.05);EBP1mRNA的表达与TNM分期及淋巴结转移相关(P<0.05)。结论 EBP1mRNA表达缺失参与了哈萨克族食管鳞癌的发生及发展。     

实时荧光定量RT-PCR和cDNA基因芯片方法分析食管癌组织中基因的表达

目的:采用实时荧光定量RT-PCR和cDNA基因芯片2种技术分析食管癌细胞基因表达的特征。方法:应用cDNA基因芯片筛选15例食管癌基因表达谱,用实时荧光定量RT-PCR验证其中16个基因的表达变化。结果:实时荧光定量RT-PCR和cDNA基因芯片技术对16个基因的检测结果一致,不仅变化方向相同,而且表达值非常接近。结论:cDNA基因芯片和实时荧光定量RT-PCR分析基因表达变化都是可信的,基因芯片筛选基因表达谱具有高通量大规模的特点,而实时荧光定量RT-PCR则适合单个基因表达变化的研究,两者互为补充和印证。     

表达谱芯片筛选人宫颈癌淋巴结转移相关基因的研究

目的:研究宫颈癌淋巴结转移的差异表达基因,探究宫颈癌淋巴结转移的分子机理,寻找可能用于早期诊断及临床治疗的分子靶标,探讨表达谱新篇在宫颈癌诊断中的应用价值;方法:冷冻微切割取3例病人癌旁上皮组织、癌组织、及转移淋巴结癌组织,提取总RNA,反转录,采用罗氏NimbleGen基因表达谱芯片筛查差异表达基因,利用GenCLi...