澜沧江-湄公河次区域HIV-1分子流行病学及跨境传播研究进展

澜沧江-湄公河次区域是全球人类免疫缺陷病毒Ⅰ型(HIV-1)感染最为严重的地区之一,流行多种HIV-1病毒亚型,并且存在跨境传播的现象。该文总结了近年来澜沧江-湄公河次区域各个国家(省)的HIV-1感染情况和流行亚型。另外,对该区域流行的主要HIV-1亚型:B亚型、C亚型和CRF01_AE的跨境传播以及CRF07_BC和CRF08_BC在中国境内的跨省传播进行了介绍,希望能为该区域,特别是云南省和我国HIV-1的病毒起源、传播路线等研究提供一定的参考,也为该地区艾滋病(AIDS)疫情的预防控制提供科学依据。     

云南省人类免疫缺陷病毒-1亚型分析

目的 研究云南省人类免疫缺陷病毒-1(HIV-1)亚型的地理及人群分布.方法 采集云南省2001-2006年1319名HIV-1感染者血液标本,分离血清后提取病毒RNA,用巢式PCR方法对gag基因片段进行扩增.扩增产物经基因序列测定,测序结果用进化树分析方法进行亚型分析.结果 成功获得了644名HIV感染者的基因序列,发现云南存在7种HIV-1亚型的流行,包括CRF08_BC、CRF07_BC、CRF07/08_BC,CRF01_AE、C、B'及URFB/C.C/CRF07_BC/CRF08_BC在各地均存在,而CRF01_AE主要存在于与缅甸接壤的德宏、保山、西双版纳和普洱.此外,还发现在感染C/CRF07_BC/CRF08_BC的人群中,61.6%(270/438)为注射吸毒感染,而感染CRF01_AE的人群中,注射吸毒传播仅占8.5%(15/177).结论 云南省存在7种HIV-1亚型流行,亚型分布与传播途径相关,并存在地域分布上的差异.     

云南省2014―2018年HIV-1流行毒株遗传变异及基因亚型分布

  目的   调查云南省2014―2018年人类免疫缺陷病毒1（human immunodeficiency virus type 1,HIV-1）毒株基因亚型和重组型流行分布情况及其原始传播溯源。   方法   收集2014―2018年云南省16个州（市）2 604例在定点医院随访的HIV感染者或艾滋病患者的血样及流行病学信息,扩增HIV-1pol区基因,应用Genotyping和BLAST在线分析工具及软件MEGA 6.06确定毒株亚型,通过计算基因距离和系统进化树分析鉴定HIV-1重组型,阐明云南省HIV-1基因亚型的地区和人群分布特征。   结果   经扩增后共获得1 843条pol区序列,云南省HIV-1毒株主要亚型占比为CRF08_BC 55.8%,CRF07_BC 13.4%,CRF01_AE 14.3%,C亚型3.1%,B（B'）亚型2.6%,独特重组型（unique recombinant forms,URFSs）8.1%,其他2.7%。其中,CRF08_BC为最常见亚型。HIV-1基因型分布在年龄,感染途径,民族上的差异均有统计学意义（均有P < 0.05）。16个州（市）各亚型的分布均有差异（均有P < 0.05）。其中,德宏、保山和怒江主要以CRF01_AE为主,丽江和迪庆主要以CRF07_BC为主,其余地州主要以CRF08_BC为主。   结论   云南省16个州（市）HIV-1亚型以CRF08_BC流行为主,各种常见亚型均存在,仍有新型流行重组型（circulating recombinant forms,CRFs）出现,与2012―2014年的资料相比较,在地区、民族、年龄和感染途径方面有变化,应密切监测。     

湖州市不同感染人群HIV-1流行毒株亚型分析

目的了解湖州市HIV-1型流行毒株的基因型分布情况,为艾滋病防治工作提供科学依据。方法采集204份HIV-1型抗体阳性的全血标本,从样本中提取病毒RNA,采用巢式PCR方法扩增病毒gag基因,对PCR产物进行核苷酸序列测定。应用Clustal W软件对测序结果和HIV分型参考株序列进行多序列比对和分析;使用MEGA 4.0软件进行系统进化分析。结果 204份标本有138份样品扩增出HIV-1的gag基因片段,共存在4种HIV-1亚型和重组型。其中CRF07_BC重组亚型74株(53.62%)、CRF01_AE重组亚型40株(28.99%)、B亚型12株(8.69%)、CRF08_BC重组亚型12株(8.69%)。异性、同性性传播以CRF07_BC和CRF01_AE为主;注射吸毒传播以CRF07_BC为主。结论湖州市不同感染人群中主要存在4种基因亚型,CRF07_BC已成为湖州市不同感染人群中HIV主要流行亚型,重组型毒株占优势,应加强对HIV-1流行毒株亚型变异的监测,及时调整防控策略。     

中国HIV-1基因亚型分布及流行趋势

目的：分析我国HIV-1基因型的分布及变化趋势。方法计算机检索中国医院知识总库（CHKD,1994-）、万方数据资源系统（1998-）、中国生物医学文献数据库（CBMDisc）以及PubMed数据库,并结合文献追溯的方法,收集我国HIV-1基因分型的相关文献,提取符合标准的文献信息,对相同的HIV-1亚型分别按地区、研究时间、研究人群分组,并进行数量合并,计算百分比。结果共纳入175篇文献,包含285条记录。我国HIV-1流行最广泛的毒株为CRF01_AE、CRF07_BC重组型,以及B’亚型,但不同地区基因亚型存在差异。北方地区流行毒株比较单一,且流行较稳定。南方地区HIV-1毒株的亚型分布较为复杂,存在多种亚型及流行重组型,同时存在一定比例新的独特重组亚型流行。我国早期HIV-1以B’及C亚型流行为主,近年来,尤其是2007年以后,CRF01_AE重组型逐渐增高,成为我国优势毒株,同时存在一定比例的CRF07_BC、CRF08_BC重组型和B’亚型流行。结论我国HIV-1基因型地区分布、人群分布差异较大,且随着时间的推移,基因型分布产生较大的变化,流行更为复杂。     

2011-2013年柳州市部分HIV-1毒株gag基因测定及亚型分析

目的 了解2011-2013年柳州市人类免疫缺陷病毒1（human immunodeficiency virus 1, HIV-1）亚型分布、流行毒株情况。方法 从2011-2013年柳州市HIV-1毒株样本中采用单纯随机抽样方法抽取120株作为研究对象,将120份样本从血浆中抽提核酸RNA,扩增HIV-1 gag基因片段,送至北京六合华大基因科技股份有限公司测序。合格序列利用数据库分析亚型以及利用MEGA5构建系统进化树。结果 得到合格的gag基因片段98条序列。来自gag基因片段的序列分析重组流行毒株（circulate recombinant forms, CRFs）的重组亚型CRF01_AE占95.9%（94/98）,异性传播比例为79.8%（75/94）;重组亚型CRF07_BC占4.1%（4/98）。样本1LZ022和1LZ032,1LZ025和3LZ029的bootstrap值分别为99.0%,100.0%,两两之间传播途径不同。结论 2011-2013年,柳州市HIV-1以重组亚型CRF01_AE为主。柳州市重组亚型CRF01_AE从吸毒人群向异性接触感染人群蔓延。利用系统进化关系结合传播途径,便于分析传染源,为艾滋病干预措施提供有力佐证。     

昆明市VCT人群中的HIV-1亚型和耐药基因型调查

摘要:目的　了解昆明市艾滋病自愿咨询检测（VCT）人群中的艾滋病病毒（HIV）的HIV-1亚型和耐药基因型分布情况。方法　于2013年11-12月在云南省疾病预防控制中心VCT门诊对就诊人群进行调查,并采样进行HIV抗体、CD4细胞、新发感染检测和HIV亚型和耐药基因型检测。结果　610例VCT样本中有96例为HIV抗体阳性（15.7%,96/610）,其中95例（99.0%,95/96）获得亚型分析结果,分别有CRF08_BC（40.0%,38/95）、CRF07_BC（27.4%,26/95）、CRF01_AE（27.4%,26/95）、C（4.2%,4/95）和B（1.1%,1/95）5种亚型。89例样本（92.7%,89/96）获得耐药基因型分析结果,有21例（23.6%,21/89）发生基因突变,有1例出现耐药传播突变位点（1.12％,1/89）。结论　VCT人群中的艾滋病病毒亚型以重组流行型为主,包括CRF08_BC、CRF07_BC和CRF01_AE。耐药毒株在该人群中为低流行。     

2018年临沂市MSM人群新感染 HIV-1病毒基因亚型分析

目的了解临沂市MSM人群新感染HIV-1病毒基因的流行亚型。方法收集2018年1～4月临沂市新感染的经男男性行为传播的未经治疗的HIV-1阳性血浆样本,应用巢式-聚合酶链反应(Nested-PCR)扩增病毒基因的pol区片段,进行基因测序和亚型分析。结果收集到符合条件的样本31例,成功扩增出29例感染者病毒的有效序列,共检出4种基因亚型:CRF07_BC、CRF01_AE、C、CRF55_01B,优势毒株为CRF01_AE(62.07%)和CRF07_BC(20.69%)亚型。结论本时段内临沂市新确证的MSM感染者毒株以CRF01_AE亚型为主,监测临沂市MSM人群HIV-1感染者毒株亚型分子流行病学特征,对临沂市艾滋病防治非常必要。     

德宏傣族景颇族自治州2017年HIV-1感染者抗病毒治疗前耐药和病毒基因亚型研究

目的 了解德宏傣族景颇族自治州（德宏州）抗病毒治疗（ART）前的HIV-1感染者基因型和耐药株的流行水平。方法 2017年1-6月在德宏州收集初始ART的HIV-1感染者170例,扩增pol基因,进行HIV-1基因分型和基因型耐药分析。结果 147份样品获得了pol基因,通过进化分析,发现12种HIV-1基因型,居于前3位包括C亚型（29.9%,44/147）、独特型重组形式（URFs）（27.2%,40/147）和CRF01_AE（19.7%,29/147）,还检测到了近年该地区新鉴定出的流行重组形式（CRFs）,包括CRF62_BC、CRF64_BC、CRF86_BC和CRF96_cpx。基因型在异性性传播和注射吸毒传播人群中的分布差异有统计学意义。发现耐药突变的比例为8.8%（13/147）。注射吸毒的HIV-1感染者中耐药株的比例（25.0%,8/32）,高于异性性传播的HIV-1感染者（4.6%,5/109）（χ²=10.166,P=0.002）。结论 2017年德宏州初始ART的HIV-1感染者中病毒基因型高度复杂,HIV-1耐药株的流行达中度水平。     

深圳市2010年感染HIV的男男性接触者原发耐药基因突变监测

目的了解深圳市2010年男男性接触者(MSM)HIV-1耐药传播情况,监测2010年该地区MSM人群HIV毒株的流行情况。方法收集深圳市2010年专题调查的14例HIV-1抗体阳性的MSM血浆,提取病毒RNA,采用RT-PCR方法扩增pol区的基因片断,并对扩增片断进行序列测定和分析。结果 CRF01_AE亚型占45.39%(64/141),CRF07_BC亚型占39.71%(56/141),B亚型占14.89%(21/141)。3份出现NRTI耐药突变,突变的类型分别为:L210W,T215S,T215I;1份出现NNRTI耐药突变,突变的类型为:K103N,Y181C,P225H;无样本出现PI耐药突变,总体耐药突变率为2.8%。结论深圳地区MSM人群中耐药传播目前仍处于低度水平。感染株主要为CRF01_AE、CRF07_BC和B3种亚型,CRF01_AE仍是深圳市MSM人群中HIV主要流行亚型,CRF07_BC重组亚型在深圳市MSM人群中增长迅速。     

深圳地区吸毒人群HIV-1分子流行病学调查

目的 了解HIV-1毒株亚型在深圳地区吸毒人群中的流行情况,并分析其流行趋势及进化规律.方法 收集1996-2008年深圳地区吸毒人群HIV确认阳性样本166例,应用巢式聚合酶链反应(nPCR)技术,对样本膜蛋白基因(env)进行扩增,并对其基因区核苷酸序列进行测定和分析.结果 166份样本中共存在CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC3种重组毒株以及B′、C、A13种亚型;其在所有分析样本中的比例分别为65.06%(108/166)、19.88%(33/166)、6.02%(10/166)、7.23%(12/166)、0.60%(1/166)和1.20%(2/166);系统进化分析发现,不同时间段HIV-1各亚型出现较明显的汇聚现象;3个不同时间段所流行的CRF01_AE、CRF07_BC亚型组内及与标准参考株间的基因离散率有较为显著性的增大趋势.结论 深圳地区吸毒人群HIV-1流行毒株以CRF01_AE重组亚型为主,其次是CRF07_BC重组亚型,也存在CRF08_BC、B′、C、A1亚型,并且各亚型在流行过程中已发生较大变异.     

云南省昆明市HIV-1流行株pol基因序列特征分析

目的 了解云南省昆明市人类免疫缺陷病毒1型(human immunodeficiency virus type 1,HIV-1)的亚型分布特征及其pol结构基因的变异特征.方法 随机抽取2015-2019年昆明市抗病毒治疗半年以上的样本390例,收集其流行病学信息,血浆提纯HIV-1 RNA,采用巢式聚合酶链式反应扩增...     

无锡市2013-2016年HIV-1亚型及进化分析

目的了解无锡市HIV-1亚型流行及进化特征,为预测本地HIV-1疫情变化提供参考依据。方法样本来源于2013年4月至2016年7月无锡市部分CD4+T淋巴细胞监测队列,进行HIV-1基因的扩增和测序,采用ChromasPro 1.6和MEGA 7.0软件构建HIV-1序列数据库;采用FastTree 2.1.10和BEAST 1.7.2软件和贝叶斯系统进化推断法重构HIV-1历史传播情况,采用SPSS 22.0软件进行统计学分析。结果有205例HIV-1感染者,其中≥50岁占32.68%(67/205)。共检测出CRF01_AE、CRF07_BC、CRF67_01B、B、CRF08_BC、CRF68_0B、CRF78_cpx 7种HIV-1基因型及1例独特重组型。流行亚型以CRF01_AE(51.67%,93/180)及CRF07_BC(17.22%,31/180)为主,不同亚型之间传播方式的差异有统计学意义(χ2=16.99,P≤0.05)。CRF67_01B型(12.78%,23/180)所占比例较高。贝叶斯系统进化推断法分析结果显示,无锡市CRF67_01B型进化率为2.29×10-3,最近共同祖先时间约为2003.10年,与江苏省及安徽省来源的参考株可能存在亲缘关系,CRF67_01B型于2003年开始在无锡市出现传播。结论2013-2016年无锡市HIV-1亚型复杂多样,CRF67_01B型已经开始在无锡市流行,应持续监测HIV-1亚型变化,从分子角度为疫情预测提供参考依据。     

浙江省2015年HIV分子亚型特征及其传播关系研究

目的 了解浙江省现阶段HIV毒株亚型流行分布特征和分子网络传播关系。方法 采用分层随机抽样方法抽取浙江省2015年4-6月新发现HIV感染者302例进行横断面调查,运用RT-PCR和巢式PCR扩增pol基因成功获得276份序列,结合流行病学调查数据开展测序及系统进化树分析。结果 276例HIV感染者毒株亚型构成：CRF07_BC 122例（44.2%）,CRF01_AE 103例（37.3%）,CRF08_BC 17例（6.1%）,B亚型9例（3.2%）,CRF55_01B 6例（2.2%）,C亚型5例（1.8%）,CRF59_01B 1例（0.4%）,CRF67_01B 1例（0.4%）,A1亚型1例（0.4%）,URFs 11例（4.0%）。CRF07_BC、CRF01_AE毒株亚型在进化树上已形成明显的分簇现象,传播簇主要集中分布在MSM人群（76.5%）。MSM人群的成簇比例高于其他人群,且不同传播途径感染人群存在传播联系。结论 2015年浙江省HIV主要流行毒株以CRF07_BC、CRF01_AE为主,亚型构成有复杂化趋势,应加强对HIV毒株亚型和流行簇的监控和预警,开展分类管理,针对高风险人群和传播链开展有效防控。     

东莞市HIV-1主要毒株基因分型及其对耐药影响的研究

目的 了解东莞市人类免疫缺陷病毒Ⅰ型（HIV-1）感染者流行毒株基因亚型的分布特征及耐药情况。方法 收集2015年10月至2016年2月东莞市疾病预防控制中心未经抗病毒治疗的50例HIV感染者血浆,提取病毒RNA,采用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）法扩增pol基因序列并测序,应用BioEdit、Genotyping和MEGA等生物学软件对pol基因进行HIV-1基因亚型分析,并将获得的核酸序列提至美国斯坦福大学HIV耐药数据库（http：//hivdb.stanford.edu）进行耐药位点分析。结果 50例样本最终成功扩增得到35份样本的pol基因序列,在这35例研究对象中,88.6%（31/35）为男性,65.7%（23/35）为经性接触感染。35条pol基因序列中,CRF01_AE亚型占37.1%（13/35）,CRF07_BC亚型占37.1%（13/35）,B亚型占14.3%（5/35）,CRF55_01B亚型占11.4%（4/35）。在35条基因序列中检测到11条（占31.4%）含有耐药相关突变,以CRF01_AE和CRF55_01B重组亚型为主,原发性耐药率为11.4%（4/35）。结论 东莞市HIV-1感染者存在着多种基因亚型,以CRF01_AE和CRF07_BC重组亚型为主,基因序列发生原发耐药性,应引起重视。     

基于分子传播网络分析昆明市HIV-1流行特点

目的 构建昆明市HIV-1感染者的分子传播网络并分析其网络特征,识别主要传播亚型、传播方式和重点高危人群,为本市艾滋病防控采取重点干预措施提供依据。方法 选择2019—2020年云南省传染病医院接受治疗的昆明市HIV-1感染者作为研究对象,并收集整理其的流行病学资料,采用RT-nested-PCR扩增HIV-1pol区基因,contig Express 6.0对序列进行剪切、拼接和校对,Bio Edit 7.0比对剪切序列,HIV-1 BLAST在线工具亚型分型和MEGAX进行亚型验证,使用Hy Phy软件计算pol区基因序列之间的成对基因距离,Graph Pad-Prism8.0确定最佳阈值,导入Cytoscope3.7.2进行HIV-1分子网络可视化展示并进行网络特征分析。结果 成功扩增获得505条pol区基因序列,确定最佳阈值为0.013后,共有232条序列进入网络,入网率为45.94%。不同亚型、不同病毒载量、不同地区和不同耐药情况的入网构成比存在显著性差异。网络成簇总连接度为552,总的节点中位连接度M(P₂₅,P₇₅)=2.0(1...     

贵州省HIV-1毒株亚型与艾滋病流行的关系研究

目的 研究HIV-1毒株基因变异与艾滋病在贵州省快速传播之间的关系.方法 在不同时间采集贵州省多个地区HIV-1感染者样本共190份,利用巢式PCR扩增env和gag基因并测定序列,采用MEGA4.0软件确定样本亚型并分析其与贵州省艾滋病流行之间的关系.结果 贵州省HIV/AIDS的报告数从1998年的66例上升到2009年的8435例,7年增加16.38倍.在不同时间采集的样本中共检出B(9例)、B'(4例)、C(2例)、CRF07 BC(75例)、CRF08 BC(17例)、CRF01 AE(64例)等多种亚型的HIV-1毒株;CRF07 BC、CRF08 BC的env基因离散率在传播过程中基因多态性不断增大(0.035±0.006→0.092±0.011).贵州省HIV亚型1998年以B'亚型(4/11)为主,2002年以CRF07 BC亚型(26/41)为主,而2007年以CRF01 AE(62/119)为主,亚型分布的变化与近年来贵州省艾滋病流行呈现快速上升趋势及2001-2006年以吸毒传播感染为主(吸毒传播感染2610例、性传播感染176例)、2006年后性传播感染人数开始急速上升(吸毒传播感染1713例、性传播感染1833例)的特点有直接关系,HIV主要流行毒株的变化与传播途径高度相关(x2=41.253,P=0.000).结论 不同亚型毒株随时间和主要感染途径的改变而成为当地的主要流行株,性传播人群是贵州省艾滋病防控的重点.

Abstract：

Objective To study the HIV-1 diversity and how did it promot the rapid spread of AIDS,in Guizhou province.Methods A total of 190 HIV-1 positive subjects were collected in different years and regions from Guizhou province.The env and gag genes were amplified with nested PCR and their sequences were determined.The subtypes were identified by the MEGA 4.0 software and the relationships between subtypes and AIDS epidemic were analyzed.Results The number of HIV/AIDS reported cases was increased from 66 in 1998 up to 8435 in 2009,a 16.38 time increase in 7 years.Subtypes B(9),B'(4),C(2),CRF07_BC(75),CRF08_BC(17),CRF01_AE(64)were identified in Guizhou province among the samples collected in various periods of time.The genetic diversities in env gene of CRF07_BC and CRF08_BC increased along with the spreading of HIV (from 0.035±0.006 to 0.092±0.011).Subtype B'(4/11)appeared the main subtype prevailed in Guizhou in 1998 as well as CRF07_BC(26/41)in 2002 and CRF01_AE(62/119)in 2007.The HIV/AIDS epidemic in Guizhou province showed an rapidly upward trend,with the main risk factors of HIV transmission as 2610 cases through injecting drug users(IDUs).and 176 cases due to sexually transmitted infections(STIs),from year 2001 to 2006.However,STIs began to increase rapidly,after 2006,with 1713 cases of IDUs and 1833 cases of STIs.Data indicated that the change of composition of different HIV-1 subtypes was correlated with the mode of transmission in Guizhou province(x2=41.253,P=0.000).Conclusion The types of HIV strains changed over time as well the turnover of the main risk factors.Sexual transmission,including both hetero-and homo-sexual became the main risk factors,suggesting the development of related prevention and control programs,on HIV/AIDS should be considered accordingly in the future.