2011-2013年柳州市部分HIV-1毒株gag基因测定及亚型分析

目的 了解2011-2013年柳州市人类免疫缺陷病毒1（human immunodeficiency virus 1, HIV-1）亚型分布、流行毒株情况。方法 从2011-2013年柳州市HIV-1毒株样本中采用单纯随机抽样方法抽取120株作为研究对象,将120份样本从血浆中抽提核酸RNA,扩增HIV-1 gag基因片段,送至北京六合华大基因科技股份有限公司测序。合格序列利用数据库分析亚型以及利用MEGA5构建系统进化树。结果 得到合格的gag基因片段98条序列。来自gag基因片段的序列分析重组流行毒株（circulate recombinant forms, CRFs）的重组亚型CRF01_AE占95.9%（94/98）,异性传播比例为79.8%（75/94）;重组亚型CRF07_BC占4.1%（4/98）。样本1LZ022和1LZ032,1LZ025和3LZ029的bootstrap值分别为99.0%,100.0%,两两之间传播途径不同。结论 2011-2013年,柳州市HIV-1以重组亚型CRF01_AE为主。柳州市重组亚型CRF01_AE从吸毒人群向异性接触感染人群蔓延。利用系统进化关系结合传播途径,便于分析传染源,为艾滋病干预措施提供有力佐证。     

深圳地区吸毒人群HIV-1分子流行病学调查

目的 了解HIV-1毒株亚型在深圳地区吸毒人群中的流行情况,并分析其流行趋势及进化规律.方法 收集1996-2008年深圳地区吸毒人群HIV确认阳性样本166例,应用巢式聚合酶链反应(nPCR)技术,对样本膜蛋白基因(env)进行扩增,并对其基因区核苷酸序列进行测定和分析.结果 166份样本中共存在CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC3种重组毒株以及B′、C、A13种亚型;其在所有分析样本中的比例分别为65.06%(108/166)、19.88%(33/166)、6.02%(10/166)、7.23%(12/166)、0.60%(1/166)和1.20%(2/166);系统进化分析发现,不同时间段HIV-1各亚型出现较明显的汇聚现象;3个不同时间段所流行的CRF01_AE、CRF07_BC亚型组内及与标准参考株间的基因离散率有较为显著性的增大趋势.结论 深圳地区吸毒人群HIV-1流行毒株以CRF01_AE重组亚型为主,其次是CRF07_BC重组亚型,也存在CRF08_BC、B′、C、A1亚型,并且各亚型在流行过程中已发生较大变异.     

天津市不同感染途径HIV-1感染者流行毒株亚型分析

目的 了解天津市HIV-1毒株的流行情况,比较不同感染途径HIV-1感染者中流行毒株的亚型分布.方法 采集100例感染途径已知的HIV-1感染者抗凝全血标本,提取DNA,用巢式聚合酶链式反应扩增病毒gag基因,并进行序列测定和亚型分析.结果 100份样品中,有87份样品被成功扩增出HIV-1的gag基因片段,通过系统进化分析,确定天津市HIV-1流行毒株分属4个亚型和重组型,其中CRF01 _AE比例最大,达59.77％(52/87),主要分布在通过同性和异性性传播的HIV-1感染者中,而在通过静注吸毒感染的HIV-1感染者中以CRF07_BC亚型为主.结论 天津市HIV-1流行株至少有4种基因亚型,且不同感染途径HIV-1感染者流行毒株的亚型分布略有不同,应加强对HIV-1毒株亚型变异的监测,及时调整防治策略.     

浙江省男男性接触HIV-1感染者病毒基因特征分析

目的分析浙江省2004—2011年117名男男性接触者（MSM）HIV-1感染病毒的序列特征,了解HIV-1毒株类型和特征。方法从实验室留样的MSM HIV感染者血液中提取DNA或RNA,用巢式PCR或RT-PCR方法扩增gag、pol基因区片段,测定序列并分析。结果 117名MSM HIV感染者中,序列结果按户籍来源覆盖21个省（市、自治区）,感染毒株包括CRF01_AE 99名（84.62%）、B亚型7名（5.98%）、CRF07_BC 6名（5.13%）、CRF08_BC和CRF59_01B各1名（0.85%）。3名（2.56%）疑似01_B重组毒株与安徽感染者在系统进化树上聚集成可靠的次级进化簇（99%）,且具有类似重组断点模式。84个CRF01_AE毒株的pol区基因序列聚集成簇,形成多个可靠的次级进化簇（30个节点的bootstrap值高于70%）。结论浙江省MSM HIV感染者主要流行CRF01_AE毒株,该人群HIV感染率高,应加强监测。CRF59_01B和新的01B重组毒株在浙江首次检出。     

深圳市2010年感染HIV的男男性接触者原发耐药基因突变监测

目的了解深圳市2010年男男性接触者(MSM)HIV-1耐药传播情况,监测2010年该地区MSM人群HIV毒株的流行情况。方法收集深圳市2010年专题调查的14例HIV-1抗体阳性的MSM血浆,提取病毒RNA,采用RT-PCR方法扩增pol区的基因片断,并对扩增片断进行序列测定和分析。结果 CRF01_AE亚型占45.39%(64/141),CRF07_BC亚型占39.71%(56/141),B亚型占14.89%(21/141)。3份出现NRTI耐药突变,突变的类型分别为:L210W,T215S,T215I;1份出现NNRTI耐药突变,突变的类型为:K103N,Y181C,P225H;无样本出现PI耐药突变,总体耐药突变率为2.8%。结论深圳地区MSM人群中耐药传播目前仍处于低度水平。感染株主要为CRF01_AE、CRF07_BC和B3种亚型,CRF01_AE仍是深圳市MSM人群中HIV主要流行亚型,CRF07_BC重组亚型在深圳市MSM人群中增长迅速。     

淮安市艾滋病异性性传播方式及分子流行病学研究

目的了解淮安市经异性性传播感染的HIV/AIDS人群的性传播构成方式以及病毒亚型分布情况。方法对艾滋病病例报告系统中,现住址为淮安市的经异性性传播病例进行面对面问卷调查,内容包括社会人口学特征和高危行为史。从经异性性传播感染的HIV/AIDS病例血液中提取DNA或RNA,用巢式PCR或RT-PCR方法扩增gag、env基因区片段,测定序列并分析。结果共调查HIV/AIDS病例166例,经商业异性性传播者占38.0%,经婚内或者固定性伴侣性传播者占40.4%,经非婚非商业异性性传播者占21.7%。结合gag和env 2个基因片段,最终确定了103分样本的基因亚型,发现有6种HIV-1亚型和重组型,其中,CRF01_AE占52.4%、CRF07_BC占20.4%、CRF08_BC占11.7%、B'(泰国B)占9.7%、B(欧美B)占3.9%、CRF55_01B占1.9%。结论淮安市HIV经异性性传播方式以经婚内或固定性伴传播为主;感染HIV-1流行株较为复杂,存在6种亚型和重组型,其中CRF01_AE重组型是主要流行株。     

江苏淮安市异性性传播人群HIV-1感染的分子流行病学研究

目的探究江苏省淮安市166例经异性传播感染的HIV/AIDS患者基因亚型种类分布。方法采用PCR方法扩增血样的eva基因与gag基因片段,在1.5%琼脂糖中进行凝胶电泳,扩增产物,测定基因序列。使用基因序列进化树进行进一步比对。采用χ~2检验探讨组间构成差异。结果 166份样本经检测,最终确定基因亚型103份,包括CRF07_BC、CRF01_AE、B'(泰国B)、CRF08_BC、CRF55_01B、B(欧美B)6种亚型和重组型,其中CRF01_AE是本地流行的优势毒株。不同性传播方式人群间HIV亚型分布差异无统计学意义(χ~2=12.41,P=0.191)。重组亚型CRF55_01B为在经非婚非商业临时性伴性传播的人群中首次发现。在20~29岁年龄组中,CRF01_AE所占比例最高(73.33%)。在男性样本中发现了2例CRF55_01B亚型,江苏省此前未见报道过该亚型的感染。结论 HIV基因亚型在不同地区、不同传播方式、年龄以及性别方面分布有差异。应根据HIV-1感染者流行趋势的变化,适时调整相应的防控策略。     

广州市2004-2005年HIV-1毒株env基因V3区特征分析

目的了解广州市HIV-1流行株序列变异特征。方法随机选取广州市2004-2005年采集并确认的HIV-1抗体阳性的92份全血样本,提取其前病毒DNA,用nest-PCR分别扩增gag和env区基因,并测定、分析序列。结果经系统进化树分析92份样本中34份(36.9%)为CRF01_AE,40份(43.5%)为CRF07_BC,7份为CRF08_BC,7份为B,2份为B’,2份为C。V3环顶端四肽分析显示:14份CRF01_AEV3环顶端四肽存在GPGQ(9份)、GPGR(1份)、GPGK(2份)和GPGH(2份)4种类型;17份CRF07_BC和2份C亚型毒株V3环顶端四肽均为GPGQ;5份B亚型中4份为GPGR,1份为GLGR;2份B’亚型中1份为GPGQ,1份为GPGR。根据V3环关键氨基酸推测辅助受体使用情况,结果显示:50%(7/14)的CRF01_AE、88.2%(15/17)的CRF07_BC和2份C亚型毒株可能使用CCR5,2份B和1份B’亚型毒株可能使用CXCR4,其余毒株不能作出预测。结论广州市2004-2005年发现的HIV-1主要流行株CRF01_AEV3环顶端四肽变异较大,CRF07_BCV3环顶端四肽高度保守,该两种毒株中大部分可能为使用CCR5辅助受体的巨噬细胞噬性/NSI型毒株。     

云南省人类免疫缺陷病毒-1亚型分析

目的 研究云南省人类免疫缺陷病毒-1(HIV-1)亚型的地理及人群分布.方法 采集云南省2001-2006年1319名HIV-1感染者血液标本,分离血清后提取病毒RNA,用巢式PCR方法对gag基因片段进行扩增.扩增产物经基因序列测定,测序结果用进化树分析方法进行亚型分析.结果 成功获得了644名HIV感染者的基因序列,发现云南存在7种HIV-1亚型的流行,包括CRF08_BC、CRF07_BC、CRF07/08_BC,CRF01_AE、C、B'及URFB/C.C/CRF07_BC/CRF08_BC在各地均存在,而CRF01_AE主要存在于与缅甸接壤的德宏、保山、西双版纳和普洱.此外,还发现在感染C/CRF07_BC/CRF08_BC的人群中,61.6%(270/438)为注射吸毒感染,而感染CRF01_AE的人群中,注射吸毒传播仅占8.5%(15/177).结论 云南省存在7种HIV-1亚型流行,亚型分布与传播途径相关,并存在地域分布上的差异.     

广西壮族自治区2008 - 2009年HIV-1流行毒株基因型及其分布

目的了解广西地区目前HIV-1流行毒株的基因型及其分布。方法收集广西地区13个市294名2008-2009年新诊断的HIV感染者血浆标本和背景信息,感染途径主要为异性性传播(86.1%)。采用RT PCR法分别扩增HIV-1 gag,pol全长基因(分别为1584 by和3147 by)及enu:基因的C2V3片段(558 bp),序列编辑后用Genotyping及Mega 5.031具确定病毒的基因型,用Simplot和Recombinant HIV-1 Drawing Tool软件进行病毒基因的重组分析。结果获得全长gag基因序列270条、全长pol基因序列246条、。enu>基因C2V3区序列223条,确定272例标本的基因型。CRFO1_AE占的比例最高(77.6% ),其次为CRF08_BC(10.7%)和CRF07_BC ( 7.4% ),有4例B(B'')亚型,1例G亚型,还有7例未知重组型。性别、民族间病毒基因型分布的差异无统计学意义。7株新型重组毒株有6株以CRF01_AE为母株,嵌人B和/(或)C的片段,还有1株为CRF07_BC和CRF08_BC的二代重组。结论广西地区目前流行的HIV-1毒株以CRFO1_AE为主,并出现以CRFO1_AE为母株嵌人其他毒株基因片段的新型重组毒株,呈现基因组结构复杂化趋势。     

克拉玛依市HIV-1 env gag pol基因特征变异研究

目的研究克拉玛依市HIV-1 env、gag、pol基因特征及不同亚型混合感染情况。方法巢氏PCR方法扩增2017年克拉玛依市HIV新发现病例env、gag、pol基因,结合已知亚型利用Mega软件分析测序结果。结果 48份样本env、gag、pol三种基因分别获得合格序列36份、35份和41份,CRF07_BC是三种基因分型的主要亚型,CRF01_AE排第二位。除此外还发现克拉玛依市存在其他亚型和重组型,HIV-1 pol基因有新型变异亚型CRF79_0107、URF_01B、URF_02B。有6份样本存在三种基因分型不完全一致情况,即不同亚型混合感染。结论克拉玛依市HIV-1防控形势相对于新疆其他地市更加严峻,预防和控制艾滋病在不同人群间相互传播、防止混合感染为目前首要任务。     

2018年临沂市MSM人群新感染 HIV-1病毒基因亚型分析

目的了解临沂市MSM人群新感染HIV-1病毒基因的流行亚型。方法收集2018年1～4月临沂市新感染的经男男性行为传播的未经治疗的HIV-1阳性血浆样本,应用巢式-聚合酶链反应(Nested-PCR)扩增病毒基因的pol区片段,进行基因测序和亚型分析。结果收集到符合条件的样本31例,成功扩增出29例感染者病毒的有效序列,共检出4种基因亚型:CRF07_BC、CRF01_AE、C、CRF55_01B,优势毒株为CRF01_AE(62.07%)和CRF07_BC(20.69%)亚型。结论本时段内临沂市新确证的MSM感染者毒株以CRF01_AE亚型为主,监测临沂市MSM人群HIV-1感染者毒株亚型分子流行病学特征,对临沂市艾滋病防治非常必要。     

东莞市HIV-1流行株pol基因序列特征和亚型分析

目的 了解东莞市人类免疫缺陷病毒Ⅰ型（human immunodeficiency virus type 1,HIV-1）感染者的流行病学特征及亚型的分布情况。方法 选取50例样本,收集流行病学资料,采用RT-PCR法扩增pol基因序列并测序,应用BioEdit、Genotyping和MEGA等生物学软件对pol基因进行序列分析。结果 收集的50例样本最终成功扩增得到32份样本的pol基因序列,其中CRF01_AE亚型12例;CRF_07BC亚型11例;B亚型7例;CRF55_01B亚型2例。各亚型基因离散率分别为CRF01_AE是（0.075±0.039）、CRF07_BC是（0.030±0.009）、B亚型是（0.073±0.022）,各亚型之间的基因离散率差异有统计学意义（F=41.055,P<0.001）,CRF01_AE亚型和B亚型内毒株间的基因离散率均大于与CRF07_BC亚型（P值均小于0.001）。结论 CRF01_AE和CRF_07BC亚型在东莞市HIV-1流行株中占优势,CRF07_BC亚型在各亚型之间的基因离散率最小。     

云南省2014―2018年HIV-1流行毒株遗传变异及基因亚型分布

  目的   调查云南省2014―2018年人类免疫缺陷病毒1（human immunodeficiency virus type 1,HIV-1）毒株基因亚型和重组型流行分布情况及其原始传播溯源。   方法   收集2014―2018年云南省16个州（市）2 604例在定点医院随访的HIV感染者或艾滋病患者的血样及流行病学信息,扩增HIV-1pol区基因,应用Genotyping和BLAST在线分析工具及软件MEGA 6.06确定毒株亚型,通过计算基因距离和系统进化树分析鉴定HIV-1重组型,阐明云南省HIV-1基因亚型的地区和人群分布特征。   结果   经扩增后共获得1 843条pol区序列,云南省HIV-1毒株主要亚型占比为CRF08_BC 55.8%,CRF07_BC 13.4%,CRF01_AE 14.3%,C亚型3.1%,B（B'）亚型2.6%,独特重组型（unique recombinant forms,URFSs）8.1%,其他2.7%。其中,CRF08_BC为最常见亚型。HIV-1基因型分布在年龄,感染途径,民族上的差异均有统计学意义（均有P < 0.05）。16个州（市）各亚型的分布均有差异（均有P < 0.05）。其中,德宏、保山和怒江主要以CRF01_AE为主,丽江和迪庆主要以CRF07_BC为主,其余地州主要以CRF08_BC为主。   结论   云南省16个州（市）HIV-1亚型以CRF08_BC流行为主,各种常见亚型均存在,仍有新型流行重组型（circulating recombinant forms,CRFs）出现,与2012―2014年的资料相比较,在地区、民族、年龄和感染途径方面有变化,应密切监测。     

龙岩市HIV-1流行株基因亚型流行状况

目的了解龙岩市HIV-1流行株的亚型分布和传播特点,为HIV疫情防控和AIDS临床诊疗提供依据。方法收集龙岩市2016年1月至2017年6月新发感染HIV患者122例个案信息及血样样本,用描述流行病学方法分析个案信息,并对其血样用巢式PCR法分别对pol区和env区基因片段进行扩增,利用HIV BLAST亚型分析工具对序列进行初步分型。结果122例的亚型样本115例HIV/AIDS中,男88例、女27例,性别比3.3∶1;年龄40~59岁占41.7%(48/115);感染途径主要是性传播;122份样本分别获得合格pol基因序列99份,6种亚型;env基因序列99份,4种亚型,以CRF07_BC和CRF01_AE亚型为主,且以CRF07_BC亚型(55.7%)为优势。结论龙岩市HIV感染者中存在多种重组亚型,AIDS防治工作面临新的挑战,应加大HIV-1基因亚型和重组体的检测和分析力度,及早发现HIV-1流行的基因背景情况,有针对性地采取相应干预措施,以降低HIV的传播率。     

浙江省2015年HIV分子亚型特征及其传播关系研究

目的 了解浙江省现阶段HIV毒株亚型流行分布特征和分子网络传播关系。方法 采用分层随机抽样方法抽取浙江省2015年4-6月新发现HIV感染者302例进行横断面调查,运用RT-PCR和巢式PCR扩增pol基因成功获得276份序列,结合流行病学调查数据开展测序及系统进化树分析。结果 276例HIV感染者毒株亚型构成：CRF07_BC 122例（44.2%）,CRF01_AE 103例（37.3%）,CRF08_BC 17例（6.1%）,B亚型9例（3.2%）,CRF55_01B 6例（2.2%）,C亚型5例（1.8%）,CRF59_01B 1例（0.4%）,CRF67_01B 1例（0.4%）,A1亚型1例（0.4%）,URFs 11例（4.0%）。CRF07_BC、CRF01_AE毒株亚型在进化树上已形成明显的分簇现象,传播簇主要集中分布在MSM人群（76.5%）。MSM人群的成簇比例高于其他人群,且不同传播途径感染人群存在传播联系。结论 2015年浙江省HIV主要流行毒株以CRF07_BC、CRF01_AE为主,亚型构成有复杂化趋势,应加强对HIV毒株亚型和流行簇的监控和预警,开展分类管理,针对高风险人群和传播链开展有效防控。     

维吾尔族HIV-1感染者gag基因序列分型研究

目的 通过扩增乌鲁木齐维吾尔族HIV-1感染者gag基因片段,确定该民族HIV-1感染者流行株的基因亚型. 方法 对68例新疆乌鲁木齐市HIV-1感染者的血浆标本的RNA,用巢式PCR扩增gag基因片段,将所得到的序列与国际标准株进行比较,确定被检标本的亚型. 结果 在68例HIV感染者的血浆标本中,共成功扩增35例gag基因片段,扩增率为51.47％.经BLAST初步判断和构建进化树并与国际标准株比对确认,35例感染者感染的HIV毒株序列中,发现均为CRF07_ BC亚型.35例毒株之间的平均基因距离为(0.043±0.003),与3例CRF07_ BC亚型国际参考株之间的平均基因距离在(0.034±0.004) ～(0.039±0.005)之间. 结论 新疆乌鲁木齐市HIV-1感染者以CRF07_ BC亚型为主要流行株.35例序列相互之间以及与3株不同来源的国际参考毒株之间表现出高度的同源性.     

云南省2008-2009年HIV-1病毒株亚型分布

目的 了解云南省目前HIV-1流行株的基因型及其地区和人群分布。方法 收集2008-2009年云南省15个地市788例HIV感染者/艾滋病患者（HIV/AIDS）的血浆标本和背景信息,采用RT-PCR法分别扩增HIV-1 gag、pol全长基因（1584 bp和3147 bp）及env基因的C2V3片段（558 bp）,序列编辑后用Genotyping及Mega 5.03软件工具确定病毒基因型,分析HIV-1株的地区和人群分布特征。结果 788例标本获得1728条HIV-1基因序列,其中全长gag基因序列599条、全长pol基因序列564条、env基因C2V3区序列525条,确定617例基因亚型,构成比分别为CRF08 BC（50.2%）、CRF01 AE（25.0%）、未知重组（10.2%）、CRF07_BC（9.2%）、C亚型（2.9%）和B（B''）亚型（2.4%）。HIV-1株在云南省具有地域分布特征,可分为以临沧和昆明为代表的CRF08_BC为主的地区,以德宏和西双版纳为代表的CRF08_BC与CRF01 _AE构成比相近的地区;未知重组型在云南省少数民族中所占比例（17.0%）显著高于汉族（6.7%）;异性性传播感染者和静脉注射吸毒感染者的CRF08 BC亚型均占总数的50.0%以上,但前者CRF01_AE的构成比占约30.0%,后者未知重组型和CRF07 BC的比例分别达到约15。0%。未知重组病毒株呈现两种重组模式,分别为B（B''）/C重组和以CRF01 AE为母株嵌入B（B''）和/或C片段重组,并以前者为主（74.6%）。结论 云南省HIV-1株组成复杂,具有显著的地域、民族和传播途径相关的特征,并出现新型重组病毒株,应密切监测。     

大连地区HIV-1 CRF01_AE亚型株基因特征分析

目的了解大连地区HIV-1 CRF 01_AE亚型株的基因特征及其可能传播链。方法对2008—2012年新确认144份全血标本进行血浆分离和HIV RNA提取,巢式PCR扩增Env基因并进行序列测定,并对CRF 01_AE亚型毒株序列进行生物信息学分析。结果得到的HIV感染者有效基因序列中,CRF 01_AE亚型占62.14%(64/103),所有病例均为性接触途径传播。系统进化树分析大连CRF 01_AE存在2个簇,分别以男男同性传播和异性传播毒株为主,其中男男同性性接触人群(MSM)簇组内平均基因离散率小于异性性接触者(Hetero)簇;与其他地区的CRF 01_AE亚型株构建的系统进化树显示2簇内均无其他国家序列,MSM簇与辽宁(除大连地区,下同)、北京和吉林MSM人群的CRF 01_AE亚型株位于同一分支,Hetero簇毒株则与辽宁、北京的MSM流行株及东南沿海地区异性传播CRF 01_AE亚型株遗传距离相近。结论大连市HIV-1 CRF 01_AE株主要通过性接触传播,男男同性传播毒株占主导优势,毒株传入大连时间晚于异性性接触者簇流行株;MSM存在2个以上传播链,与北方部分地区MSM人群中CRF 01_AE亚型株存在多次传播。