广西地不容SSR标记开发及遗传多样性研究

目的基于广西地不容转录组序列开发SSR引物,并用于该物种自然居群遗传多样性的研究。方法从广西地不容转录组测序获得的unigene序列中挖掘SSR位点,采用Oligo 7.0软件设计引物,通过电泳法筛选得到多态性高的SSR引物用于遗传多样性研究。结果从广西地不容转录组20 637条unigene序列中,搜索到6 833个SSR位点,出现频率为33.11%。基于转录组序列设计50对引物,筛选得到10对多态性高的引物。10对引物在5个居群63个样本中共扩增得到83个条带,有效条带百分率为100%,多态性信息量(PIC)为0.6889。在物种水平和居群水平上,Nei基因多样性指数(H)分别为0.725 2和0.613 4,Shannon多样性指数(I)分别为1.576 6和1.220 3,观察杂合度(Ho)分别为0.584 5和0.558 4,期望杂合度(He)分别为0.731 2和0.643 5。居群的遗传分化系数(Fst)为0.146 5,基因流(Nm)为1.456 9。UPGMA聚类分析表明,5个居群可分为3支系。结论开发的SSR标记适用于广西地不容的遗传多样性分析。广西地不容在物种和居群水平上均具较高的遗传多样性,遗传分化主要存在于居群内部。     

基于SSR-HRM技术的4种药用天麻变型遗传多样性及遗传结构分析

目的 比较乌天麻Gastrodia elata f. glauca、绿天麻G. elata f. viridis、红天麻G. elata f. elata和黄天麻G. elata f. flavida4种药用天麻变型的遗传多样性、遗传结构和遗传信息差异，为天麻新品种选育提供依据。方法 从不同产地收集了40份不同天麻变型的花茎。应用简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)分子标记与高分辨率熔解曲线(high-resolution melting,HRM)相结合技术，通过聚丙烯酰胺凝胶电泳，从80对引物中筛选出15对多态性高的SSR引物。对这些天麻花茎样品进行实时荧光定量PCR扩增，统计遗传多样性参数，分析群体遗传结构，结合40份天麻的HRM数据进行聚类分析。结果 从15对SSR引物检测到114个等位基因，平均每对引物7.6个。天麻样品的观测杂合度(observed heterozygosity,Ho)、期望杂合度(expected heterozygosity,He)、和Nei’s多样性指数(Nei’s diversity index,Nei)的平均值分别为0...     

绞股蓝的遗传多样性和群体结构研究

目的研究绞股蓝Gynostemma pentaphyllun的遗传多样性和群体遗传结构,为绞股蓝植物资源的保护和合理利用提供理论依据。方法利用6对SSR引物对绞股蓝28个自然居群426份个体进行研究,计算遗传参数,分析遗传多样性,进行聚类分析。结果绞股蓝遗传多样性水平较低:平均多态性位点比率(PPL)为58.33%,Nei’s遗传多样性指数(He)平均为0.18,Shannon指数(I)在0.02~0.50。AMOVA揭示遗传变异主要存在于居群间(居群间变异78.86%,居群内变异21.14%),居群遗传分化(FST=0.673)明显,基因流水平(Nm=0.142)较低。聚类分析表明不同倍性的居群间遗传关系较为明显。结论绞股蓝自然居群遗传多样性较低,群体遗传结构清晰;建议对绞股蓝遗传多样性水平较高的居群进行原地保护,同时对一些包含特有基因型的居群进行原地和迁地重点保护。     

基于SSR分子标记的滇重楼遗传多样性研究

目的研究滇重楼Paris polyphylla var.yunnanensis自然居群的遗传多样性,为滇重楼资源的保护和合理利用提供数据。方法采用SSR分子标记对滇重楼5个不同居群共115份样品进行遗传多样性分析。结果筛选出8对可用SSR引物,多态位点百分率(PPB)为100%,多态信息量(PIC)为0.745 6。在居群水平和物种水平上,观测等位基因数(N_a)分别为8.425 0和17.750 0,有效等位基因数(N_e)分别为4.960 9和7.500 7,观测杂合度(H_o)分别为0.295 5和0.294 8,期望杂合度(H_e)分别为0.654 8和0.774 4,Shannon’s信息指数(I)分别为1.520 1和2.038 6。遗传分化系数(F_(st))为0.172 8,基因流(N_m)为1.196 6。利用UPGMA聚类分析,将5个居群分为2类。结论滇重楼遗传多样性水平较高,居群内和居群间具有一定的遗传分化。对保护和发展滇重楼资源提出若干措施,为滇重楼的保护和科学可持续利用提供参考。     

滇龙胆居群遗传多样性和遗传结构分析

目的 揭示不同分布区滇龙胆Gentiana rigescens的遗传多样性与遗传结构。方法 基于GBS(genotyping-by-sequencing)简化基因组(reduced-representation genome sequencing,RRGS)技术对采自云南、四川和贵州的19个居群147株滇龙胆进行测序;利用样本SNPs数据集结合聚类树分析、主成分分析、遗传结构分析、Mantel检验等方法,从基因组水平研究滇龙胆居群的遗传多样性与遗传结构;结果 聚类树分析、主成分分析及遗传结构分析显示,不同分布区采集的样品有明显的基因型差异;依据样品地理来源,19个居群大致可分为横断山区(分布于滇西北和川西南的居群)及云贵高原(分布于滇西、滇中、滇东南及贵州的居群)2个亚群。通过观测观测杂合度(observed heterozygosity,Ho)、期望杂合度(expected heterozygosity,He)、多态信息含量(polymorphic information,PIC)、Shannon多样性指数(shannon’s diversity index,I)、Nei’s多样性指...     

短柄乌头遗传多样性的AFLP分析

目的对濒危药用植物短柄乌头Aconitum brachypodum遗传多样性进行研究。方法选用3对引物对短柄乌头4个自然居群105个样品进行了AFLP分析,利用POPGENE32、MEGA4、NTSYS等生物统计软件进行相关参数计算和聚类分析。结果在短柄乌头物种居群间的遗传多样性水平上,多态位点百分率为80.57%,Nei’s基因多样性指数(He)为0.322 9±0.179 8,Shannon’s信息指数(I)为0.472 0±0.251 7。在其居群内,多态位点百分率为12%,He为0.115 4±0.044,I为0.168 0±0.065 3。Nei’s基因分化系数(Gst)为0.864 2。聚类分析表明,禄劝居群和东川居群聚为一支,丽江居群和会泽居群聚为一支。结论短柄乌头物种居群间的遗传多样性丰富,居群内的多样性偏低。居群间存在显著的遗传分化。AFLP对短柄乌头的遗传多样性分析对其保护提供依据。     

不同居群蒙古扁桃的等位酶变异及遗传多样性分析

目的:在等位酶水平上对蒙古扁桃4个不同野生居群的遗传多样性进行分析。方法:采用聚丙烯酰胺凝胶垂直平板电泳技术。结果:多态位点百分率P=77.78%,等位基因平均数A=1.7916,平均观察杂合度(Ho)=0.4009,平均期望杂合度(He)=0.4898;蒙古扁桃居群间的遗传分化系数(GST)为0.0693,说明其6.93%的遗传变异来自于居群间;基于遗传分化系数计算的基因流(Nm)为3.3576,说明居群间存在适度的基因流;固定系数(F)为0.0896,显示蒙古扁桃居群纯合体轻微过量,杂合体略显不足。结论:蒙古扁桃种群仍具有较高的遗传多样性并且在适宜的生境中可以完成自然更新,应采取就地保护的保育措施。     

三叶青种质资源遗传多样性的SSR荧光标记分析

目的研究三叶青64个种质的遗传多样性和亲缘关系。方法利用SSR荧光标记对其进行PCR扩增,利用POPGENE32软件分析三叶青64个种质的遗传多样性和亲缘关系,利用UPGMA法构建其亲缘关系树状图,利用NTSYS软件构建其主成分分析二维图和三维散点图。结果从14对引物中筛选出8对条带清晰、重复性好的引物,对64份供试材料的基因组DNA进行扩增。8个SSR标记的观察等位基因数(Na)变化范围为3～13,均值为7.875 0;有效等位基因数(Ne)变化范围为1.424 9～6.087 4,均值3.605 2;Shannon信息指数(I)变化范围为0.689 5～2.082 4,均值1.424 0;观测杂合度(Ho)变化范围为0.206 3～0.734 4,均值0.524 7;期望杂合度(He)变化范围为0.300 6～0.842 4,均值0.658 4;Nei’s基因多样性(H)0.298 2～0.835 7,均值0.653 2;多态信息含量(PIC)变化范围为0.288 0～0.817 5,均值0.614 5,遗传相似系数变化范围为0.115 4～0.954 5,遗传距离变化范围为0.000 0～3.218 1,说明64份三叶青种质亲缘关系较远,遗传分化程度较大。在遗传距离1.018 9处,64份三叶青种质可分为5大组。结论地理差异与种质遗传差异无必然联系。三叶青种质资源具有丰富的遗传多样性,SSR荧光标记分析结果可为三叶青种质资源的利用和品种选育提供一定的参考。     

川续断种质资源遗传多样性的SRAP分析

目的 开展川续断种质资源的遗传多样性研究,为合理利用川续断种质资源提供理论依据.方法 运用SRAP分子标记方法对川黔境内川续断的遗传多样性进行分析.结果 10对引物共检测到124个位点,其中102个位点具有多态性,多态位点百分率(PPL)为82.26％.川续断总的Nei's基因多样性指数(H)为0.280 0,Shannon's多态性信息指数(D为0.435 3;居群水平上川续断的PPL为53.92％,H为0.121 2～0.244 0、I为0.179 6～0.361 1,其中5个高海拔、小生境特征的居群遗传多样性指标较高.居群间的基因分化系数Gst为0.293 0,基因流(Nm)为1.206 4.基于遗传相似度,14个居群可聚为3类.结论 川续断居群的遗传多样性水平丰富,遗传变异主要存在居群内,地理位置(海拔)和气候是川续断居群遗传多样性较高的影响因素,而地理隔离(小生境)是造成居群内遗传变异高于居群间的另一因素.     

云南草果种质资源的遗传多样性及亲缘关系的SSR分析

目的评价云南草果居群的遗传多样性及亲缘关系。方法运用7对微卫星引物对24个草果居群进行分析;首先应用GenALEx计算遗传多样性参数,并进行PCoA和AMOVA分析;采用NTsys软件绘制居群聚类图;最后利用Structure软件计算出最佳的K值。结果 24个草果居群的Shannon多样性指数(H)的平均值为0.49,期望杂合度(He)的平均值为0.32;遗传分化系数(Fst)为0.090,基因流(Nm)为2.930。24个草果居群的遗传分化有81%存在于居群内,仅有19%存在于居群间;黄花草果23个居群的遗传一致度(I)为0.631 8～0.982 4,遗传距离(D)的范围为0.017 7～0.459 2,而白花草果居群(MG5)与其他23个黄花草果居群一致度均较小,为0.3697～0.6090;而居群聚类分析,在遗传距离0.49处,明显地把白花草果与黄花草果分开;Structure聚类得出K=4时,209份黄花草果资源可被分为4个类群。结论云南黄花草果居群的遗传多样性水平平均偏高;遗传变异主要存在于居群内,而非居群间。根据基因型,黄花草果和白花草果被明显地划分成2类,遗传距离很远;而黄花草果大致被分为4个类群。     

浙江主产区栽培玄参群体遗传结构分析

目的观察浙江主产区栽培玄参的群体遗传结构。方法应用荧光AFLP标记对具有代表性的6个玄参居群群体遗传结构进行分析。结果采用7对AFLP引物组合扩增共得到12 552条扩增带,其中多态性谱带8 808条,多态性比率70.17%;各居群间的PPB变化范围在41.67%～55.56%,平均为47.30%;I在0.190 8～0.238 3,平均为0.221 8;Ne在1.201 4～1.280 6,平均为1.236 9;Gst为0.127 1,Nm为3.432 4;UPGMA聚类显示6个居群可以聚为2类,其中天台、缙云和景宁种群遗传距离较近聚为一个亚类,东阳、磐安和仙居聚为一个亚类。结论浙江主产区栽培玄参种质资源在物种水平上具有较高的遗传多样性,居群间有一定的遗传分化,但大部分存在于居群内部,居群间有较高的基因交流,居群间遗传距离与地理环境无相关性。     

6种委陵菜属药用植物的ISSR分析

目的 研究委陵菜属Potentilla L. 药用植物的亲缘关系。方法 对6份供试材料进行ISSR分析。利用POPGENE软件分析遗传相似系数,UPGMA方法聚类,构建亲缘关系系统图。结果 11条引物共得到105条扩增条带,其中有89条呈现多态性,占84.76%。遗传相似系数变化范围0.447 6～0.790 5。结论 聚类结果显示,来源于同一地区的委陵菜属药用植物种质聚在一起,呈现出一定的地域性分布规律。从分子水平对委陵菜属药用植物的鉴定和开发提供遗传基础,更好地指导种质资源的收集、评价。     

药用黄芪的遗传多样性RAPD分析

目的：对药用黄芪的遗传多样性进行研究,为黄芪的保护利用提供参考。方法：采用随机扩增多态DNA（RAPD）方法对15份黄芪基因组进行扩增,所获数据通过NTSYS-pc v2.1和POPGENE v1.3进行分析。结果：从47条引物中筛选出12条条带清晰且重复性好的引物用于实验和统计分析,共扩增出85个位点,多态性位点占78.16%。聚类分析显示,所有供试黄芪可明显聚为三类。结论：本研究中来自四个省份的黄芪具有较高的遗传多样性;材料间遗传距离的远近与其地理来源有一定相关性,其中四川理塘的野生黄芪与其他材料遗传距离较大,推测与其独特的生境有关。说明保护黄芪多样性应尽可能广泛收集不同来源地的种质资源。     

ISSR分析3种类型黄连的遗传多样性和遗传结构

目的 研究3种类型黄连的遗传多样性和遗传结构.方法 对3种类型黄连的90个单株进行ISSR分析,运用POPGENE 1.31软件计算相关参数.结果 22个引物共检测到164个位点,其中108个为多态位点;黄连3种类型具有较丰富的遗传多样性,在物种水平上,多态位点百分率(PPB)为65.85％,有效等位基因数(Ne)为1.229 8,Nei's基因多样度指数(H)为0.1440,物种水平Shannon's多样性信息指数(Hsp)为0.2302;在类型水平上,PPB为55.08％,Ne为1.2189,H为0.1360,类型水平Shannon’s多样性信息指数(Hpop)为0.2151.Nei's基因多样性指数计算的类型间遗传分化系数与Shannon’s类型分化系数分别为0.0561和0.0652,均说明大部分遗传变异存在于类型内;ISSR标记检测到类型间存在着广泛的基因流(Nm=8.4054),遗传分化程度较低;两两类型间的Nei's遗传一致度(I)的范围为0.9831～0.9897;根据Nei's遗传距离进行各类型间的UPGMA聚类,基于ISSR分子标记的聚类结果与形态分类基本一致.结论 3种类型的黄连遗传多样性较高,为新品种的培育提供了丰富的遗传基础.     

羊肚菌属群体遗传学和基因组进化的研究进展

羊肚菌Morchella esculenta是子囊菌亚门的一种大型药食两用真菌,具有重要的经济价值和药用价值。然而近年来全球气候变化,导致羊肚菌属物种的栖息地破碎和片段化,加上消费者对羊肚菌美食的喜爱,过渡采挖造成羊肚菌属野生资源急剧减少,因此,急需对羊肚菌属物种资源进行保护。遗传多样性的时空分布是保护生物学的重要内容,遗传多样性关系到一个物种或类群的进化潜力和未来命运。生物基因组和进化的研究能够辅助挖掘物种深层次的优异基因资源,有利于从本质上对物种进行科学保护。从羊肚菌属的遗传多样性、遗传结构和家系关系以及基因组进化等的研究进展进行综述,以期为羊肚菌属资源的科学保护提供重要依据。     

青海产不同海拔唐古特大黄的遗传多样性分析

 目的探讨海拔高度对唐古特大黄遗传多样性的影响,为进一步研究其品质提供参考。方法采用(inter simple se-quence repeat,ISSR)分子标记技术,从97个ISSR引物中筛选出14个多态性引物用于不同海拔唐古特大黄样品的总DNA扩增,琼脂糖凝胶电泳检测扩增结果,GIS凝胶图像处理系统统计电泳结果,POPGENE 32分析遗传多样性,MVSP构建UPGMA聚类树。结果从14个ISSR引物中共扩增出213个位点,其中多态性位点208个,多态位点百分率(PPB)为97.7%,观测等位基因数(Na)1.976 5,有效等位基因数(Ne)1.533 5,Nei′s基因多样性(He)32.0%,Shannon′s指数(Ⅰ)0.487 5。大黄样品个体平均多态位点数随海拔的升高而上升。UPGMA聚类分析结果将所有大黄样品分为3类:海拔3 000 m以下的样品聚为一类;海拔3 000 m以上的样品也聚为一类;海拔3 000 m的样品单独聚为一类。结论唐古特大黄的遗传多样性随海拔升高而上升。在进行青海省不同海拔唐古特大黄的化学成分分析时,可将3 000 m海拔作为研究其化学成分差异的参照分界线,为进一步评价其品质提供参考依据。     

雷公藤属3种植物遗传关系与遗传多样性的BAPD分析

目的：阐明雷公藤属植物的遗传关系和遗传多样性。方法：用RAPD分子标记方法研究来自雷公藤属植物3个种4个类型24个居群的110个样本。结果和讨论：从100个随机引物中筛选出10个引物,得到128条带,其中多样性条带123个,占96%。通过聚类分析可以看出,东北雷公藤明显与其他种有显著的遗传差异;中间类型和雷公藤的关系较与昆明山海棠的关系更密切,但中间类型和雷公藤之间也有明显的遗传分化,且中间类型呈现较雷公藤复杂的遗传多样性,不同的中间类型居群与雷公藤的关系远近不同。大量的中间类型的存在,连接了昆明山海棠与雷公藤这2个种,从分类上建议将2个种合并。将除去东北雷公藤的其他居群作为一个整体分析,居群间分化明显,遗传多样性主要存在于居群间,因此应当收集不同来源的种质以保存尽可能多的遗传多样性。     

支气管哮喘的遗传学因素研究进展

从流行病学特征、实验研究、临床研究3个方面概述了支气管哮喘的遗传学因素研究进展,认为哮喘的发生发展与遗传因素密切相关,通过基因研究可以提供未来基因治疗的靶位点,并有利于特异性新药的开发及疾病的排查。     

栀子遗传多样性及遗传分化的RAPD分析

 目的应用随机扩增多态性DNA(random amplifed polymorphic DNA,RAPD)标记技术对栀子8个种群遗传多样性和遗传分化进行研究。方法18种随机引物对92个个体进行检测,应用POPGENE软件和AMOVA软件对结果进行处理。结果共得到120个可重复的位点,其中多态位点75个,多态百分率为62.5%。各种群内多态位点百分率在39.17%～68.83%之间,平均为56.98%。河南南阳(POP1)种群最高,其次是江西新干县野生种群(POP7),最低是江西抚州水栀子种群(POP3)。Shannon指数和Nei指数均反映出栀子各种群具有较高的遗传多样性。Shannon指数为0.431 3,各种群Shannon指数在0.2256～0.380 6之间,Nei指数为0.289 2,各种群Nei指数在0.148 2～0.263 0之间。AMOVA揭示种群内遗传多样性占总遗传多样性的76.05%,而种群间遗传多样性只占23.95%。运用POPGENE也得出种群内遗传变异(69.34%)大于种群间(30.66%)的结论。种群间的遗传分化系数为0.306 6。栀子种群间的基因流为1.130 6,遗传相似度平均为0.129 09,遗传距离平均为0.880 72。根据遗传距离聚类分析,河南南阳种群(POP1)与江西樟树新干种群(POP4,POP5,POP6,POP7)聚为一类,湖南种群(POP8)与江西抚州栀子种群(POP2)聚为一类,江西抚州水栀子种群(POP3)与其他各种群间的遗传关系较远。结论目前,虽然野生资源逐年减少以及多年栽培中的品种选育,栀子遗传多样性仍较丰富,且种群内大于种群间,种群间存在较少的遗传分化。     

濒危药用植物桃儿七野生居群遗传多样性与遗传结构的SCoT分析

目的:揭示珍稀濒危药用植物桃儿七的遗传多样性水平及居群遗传结构特点.方法:采用新型分子标记SCoT对来源于我国的6个桃儿七野生居群共45个个体进行遗传多态性检测.运用POPGENE软件计算相关遗传参数,UPGMA方法聚类,结合MEGA5软件生成树状图.结果:筛选出的27条引物,共检测到350个位点,其中284个为多态位点,平均每条引物扩增所得多态条带为10.52条.物种水平上,桃儿七6个野生居群的遗传多样性较为丰富,PPB 79.27％,Ne 1.332 7,H 0.210 9,Hspp0.328 6.在居群水平上,遗传多样性水平较低:PPB 10.48％(4.00％～23.71％),Ne 1.0487(1.020 7～1.1037),H 0.029 7(0.012 9 ～0.063 1),Hpop0.046 2(0.019 9 ～0.098 6).Nei's基因多样性指数计算的居群间遗传分化系数Gst=0.841 1与Shannon's居群分化系数(Hsp-Hpop)/H.p=0.849 4基本一致,均说明大部分遗传变异存在于居群间.基因流Nm=0.094 4,表明桃儿七居群间基因交流处于低等水平.Nei's遗传一致度(I)范围为0.570 8～0.978 7.聚类分析将供试居群分为2类,相同地理来源或相似生境的材料具有聚为一类的倾向.结论:供试野生桃儿七具有较丰富的遗传多样性,为有效保护和改良种质资源奠定了一定的基础.