联合高分辨率MRI和micro-CT评价桃红四物汤对兔股骨头坏死的修复作用

目的 比较上海地区常用近交系小鼠单核苷酸多态性(SNP)位点分型情况.方法 采用多重PCR-LDR检测技术,选取上海地区2家单位的10个近交系小鼠,对21条染色体上的44个SNP位点进行分型检测,同时,随机选取上海地区2个近交系品系作为双盲样本,对分型方案进行验证,差异位点利用测序法进行验证.结果 同一来源的10个近交系小鼠,同品系间SNP分型结果完全一致;不同种群来源6个品系SNP分型结果提示,BALB/c,FVB,DBA/2和C3H/He在44个位点上分型结果均相同,CBA和C57BL/6分别在7个和2个位点存在差异;差异位点经测序验证结果与SNP分型方案一致.结论 上海地区常用近交系小鼠中,同一来源的品系中SNP遗传质量具有良好稳定性和一致性,不同种群来源的相同品系间SNP分型存在差异.     

基于PCR-LDR平台的近交系小鼠遗传质量快速检测方法

目的建立基于PCR-LDR平台的近交系小鼠SNP快速分型方法,用于检测实验小鼠的遗传质量与品系纯度。方法利用可移植性极高的PCR-LDR技术,以常见近交系小鼠为研究对象,选取了21条染色体上的45个SNP位点,分别设计引物和探针,经过筛选和验证,建立了多重PCR-LDR (polymerase chain reaction and ligase detection reaction, PCR-LDR)分型方案。结果四组多重PCR-LDR可实现45个SNP位点的基因分型,其中43个、44个与45个SNP在样本中的检出率分别为100%、90.9%与36.4%。所有样本经分型确定为纯合体,并得到了常见近交系小鼠SNP位点信息。结论实现了常见近交系小鼠快速、高通量的基因分型,可用于遗传质量检测和品系鉴定。     

用于“野生小家鼠来源一号染色体替换系”构建的PCR-LDR分型系统

目的 建立用于“野生小家鼠来源一号染色体替换系”构建的PCR-LDR (polymerase chain reaction and ligase detection reaction,PCR-LDR)分型系统.方法 采用易于判断的二元性遗传标记单核苷酸多态性位点( single nuclear polymorphism point,SNP),应用连接酶检测技术(ligase detection reaction,LDR),建立PCR-LDR分型方案.结果 三组多重PCR-LDR分型方案适用于覆盖整条一号染色体的29个SNP遗传位标的分型,位点间平均遗传距离在6.25厘摩(centimorgan,cM).结论 实现了后代小鼠快速、高通量的基因分型,可准确检测1号染色体各区段的重组事件.     

Y染色体单倍群SNP复合检测体系的构建及其在家系排查中的应用研究

目的：构建Y染色体单倍群SNP复合检测体系（以下简称为“Y?SNP体系”）,并评价其在法医遗传学家系排查中的应用价值。方法：筛选在东亚地区典型分布的Y染色体单倍群SNP位点,基于微测序技术构建复合体系并进行性能验证。采集4个社会学家系共20例男性血卡样本,利用Y?SNP体系与DNA TyperTM Y29试剂盒进行检测,统计分析同一家系中Y?SNP单倍群与Y?STR单倍型的差异,并利用网络图对其进行可视化。结果：筛选出74个Y?SNP位点并构建两组复合检测体系。Y?SNP体系分型准确,最小DNA检出量为0.14 ng,可用于检测血卡、口腔拭子、指甲、毛发（带毛囊）等常见检材。在非人源DNA样本中,除黑猩猩与恒河猴外,其余均未检出特异性峰型。P1家系Y?STR单倍型与Y?SNP单倍群均相同;P2家系Y?STR单倍型不同（容差≤5）,Y?SNP单倍群相同;P3家系Y?STR单倍型不同（容差＞5）,Y?SNP单倍群不同;P4家系Y?STR单倍型不同（容差＞5）,Y?SNP单倍群相同。结论：Y?SNP体系与Y?STR数据联合应用可提高家系排查准确率。     

简单重复序列技术鉴别恶性疟原虫单/多重感染

目的建立快速鉴别恶性疟原虫样本单/多重感染的方法。方法从我国恶性疟流行区云南和海南两省采集恶性疟确诊患者血样共40份;采用巢式/半巢氏PCR方法对样本5个微卫星中立位点进行STR分型,任一微卫星位点出现两种或以上等位基因即划归为混合感染。结果共有38份样本成功进行了5个微卫星位点的等位基因分型,其中云南地区样本多重感染样本3份（7.89%）,海南地区1例（2.63%）。结论运用STR分型技术可快速有效地鉴别恶性疟原虫样本的单/多重感染类型。     

近交系小鼠6个短串联重复序列位点遗传多态性分析

目的:分析5品系近交系小鼠6个短串联重复序列(STR)位点的遗传多态性.方法:选择位于3号、6号、7号染色体上的6个STR位点,采用PCR扩增、变性聚丙烯酰胺凝胶电泳结合银染方法对5品系近交系小鼠(BALB/C、豫医无毛小鼠、C57、DBA/2、FVB/NJ)各5只进行遗传多态性分析.结果:不同品系近交系小鼠在6个位点(D3Mit15、D3Mit85、D3Mit21、D6Mit81、D7Mit164、D7Nds1)上均出现一清晰条带,不同品系小鼠之间有4个位点(D3Mit15、D3Mit21、D6Mit81、D7Nds1)表现为多态性,2个位点(D3Mit85、D7Mit164)表现为单态性.结论:筛选出4个近交系小鼠STR多态性位点.     

强直性脊柱炎患者16号染色体区域遗传易感位点的大家系全基因组测序验证及筛选

[目的]前期家系GWAS非参数分析结果提示在16号染色体chr16:27836693-53825488,LOD=1.656.我们选择一个大的中国汉族强直性脊柱炎家系,采用全基因组外显子测序进一步验证和筛选该区的疾病易感基因位点.[方法]选取一个具有47个成员的5代中国汉族强直性脊柱炎大家系,其中先用家系中3名患者(1名男性,2名女性,分属3代)的基因组DNA进行外显子区高通量测序;对于初筛的外显子组测序后所得到的SNP位点进行全家系成员验证,并进行家系患者和非患者成员间比较,及与健康人群数据进行比较.[结果]通过对数据所进行的分析,发现在16号染色体强直性脊柱炎关联区域三个样本共有SNP 165个.对上述165个SNP进行初步筛选后,对其中的位于15个基因的29个SNP位点,在1个AS患者和1个非AS患者中进行初步验证,进而在上述关联区域内得到5个在家系AS患者和其他非AS患者间差异有显著性的SNP位点rs10163354、rs11863236、rs16945916、rs28654935和rs8043751(P＜ 0.05),位于ABCC 11基因.[结论]该家系研究提示在16号染色体区域的ABCC 11基因变异可能与AS易感性相关,值得扩大样本进一步研究.     

单核苷酸多态性(SNP)在近交系小鼠遗传检测中的应用

目的 利用单核苷酸多态性(SNP)位点构建多重聚合酶链反应和链接酶反应(PCR-LDR)方案,为近交系小鼠的遗传检测提供一种快速、简便的方法.方法 在SNP公共数据库中挑选51个SNP位点,该51个位点分布于每条常染色体和性染色体,共分为5组,进行多重PCR-LDR方案构建,并将该方案作为遗传质量检测方法对采集的7个近交系样本进行检测.结果 在送检的7个近交系小鼠样本中,纯合度都为100％,相同来源相同品系小鼠的遗传背景一致,但在不同单位的近交系小鼠中,某些SNP位点有差异,CBA/Ca/BK1和CBA/JSlac在a9、a10、b5、b9、c1、c12、e1、e2位点的遗传检测结果不同,C57BL/6/BK1和C57BL/6JS1ac在c7、c10位点的遗传检测结果不同.另外,两家公司各有5个位点在所有品系中基因型相同,因此有效位点数各为46个.结论 构建的多重PCR-LDR方案能有效对两家动物生产单位的近交系小鼠进行检测,可用于常见近交系小鼠快速、高通量的基因分型,有利于大规模遗传质量检测和品系鉴定.     

小鼠冷冻胚胎和精子SNP遗传鉴定方法的建立

【摘要】目的 建立小鼠冷冻胚胎和精子SNP(Single-Nucleotide Polymorphism)分型方法,用于冷冻胚胎和精子快速遗传鉴定方案。方法 本研究以中科院上海实验动物中心（国家啮齿类实验动物种子中心上海分中心）提供的小鼠冷冻胚胎和精子为样本,采用全基因组扩增技术和PCR-LDR分型技术建立小鼠冷冻物SNP遗传鉴定方法。结果 全基因组扩增技术能大幅度增加冷冻胚胎样本的DNA总量;PCR-LDR分型方法适用于小鼠全基因组45个SNPs的分型;分型确定C57BL/6, BALB/c, FVB/NJ 等胚胎和精子各10种近交系,SNP位点信息与测序结果一致;小鼠冷冻胚胎个数与SNPs检出个数成正比,当胚胎数达到12以上时SNP检出率100%。结论 实现近交系小鼠冷冻胚胎和精子快速SNP基因分型,及遗传质量鉴定。     

新疆维、汉人群CD14基因单核苷酸多态性的连锁不平衡和单倍型分析

目的 研究CD14基因-159、-1359、rs2569192 3个单核苷酸多态性(SNP)的发生频率在新疆维吾尔族(维族)、汉族人群是否存在连锁不平衡关系及其单倍型组成.方法 应用SNaPshot SNP分型技术对新疆地区维族、汉族300例(维、汉族各150例)健康个体CD14基因-159C/T、-1359T/G、rs2569192G/C 3个SNP位点进行基因分型,分析3个位点间的连锁不平衡关系,计算它们构成的单倍型.结果 CD14基因-159C/T、-1359T/G、rs2569192G/C 3个SNP位点基因型频率分布符合H-W平衡.新疆维族和汉族的等位基因发生频率差异无统计学意义(P＞0.05).通过对这3个SNP位点两两间进行连锁不平衡分析,发现连锁不平衡系数|D'|值都为1.3个SNP主要组成4种单倍型:TGC、CTC、CGG、CGC,维、汉族单倍型频率比较差异无统计学意义(P＞0.05).结论 新疆地区维、汉人群CD14基因-159C/T、-1359T/G、rs2569192G/C 3个SNP位点呈完全连锁不平衡.TGC是维、汉族人群的主要单倍型.为新疆地区维、汉族人群CD14基因3个SNP的群体遗传学资料,并且为寻找与CD14相关疾病单倍型奠定了基础.