辽宁省甲1亚型流感病毒HA1基因变异分析

目的了解2000～2006年辽宁省甲1亚型流感病毒HA1基因变异特征。方法利用辽宁省流感监测的咽拭分离株中的甲1亚型流感病毒核酸，采用逆转录-聚合酶链反应（RT—PCR）扩增，测序，并推导出其氨基酸序列，进行基因进化特征分析。结果辽宁省2000～2002年均分离到甲1亚型流感病毒，但消失了近3年后，2005年底又出现，且基因序列碱基发生变异，与2005年以前的病毒株和疫苗株A／New Caledonia／20／1999比较，在其HA1蛋白分子上存在有4个氨基酸位点（187位W〉R，188位Y〉F，209位Q〉K，249位V〉A）发生了替换。基因序列及氨基酸序列同源性均有下降。结论辽宁省2000～2006年甲1亚型流感病毒基因序列发生了明显变异，与甲1亚型疫苗株A／New Caledonia／20／1999同源性有下降趋势，提示其抗原可能发生部分漂移或更换，这对流行季节疫苗选择和流行病学研究都具有重要意义。     

深圳市2005-2007年H1N1亚型流感病毒HA1基因分子流行病学研究

目的 探讨2005-2007年深圳市H1N1流感病毒HA1基因变异特征.方法 选取深圳市2005-2007年分离的H1N1流感毒株,提取病毒RNA,用RT-PCR扩增HA1区基因片段,产物纯化后测序并进行基因序列分析.结果 2005-2007年流感病毒分离率平均为7.16%,H1N1流感病毒在2005年和2006年的分离数占总分离数的比例分别为56.14%和66.03%,而2007年仅占3.61%.核苷酸同源性和基因进化树结果一致,2005年4月份之前分离株与A/New Caledonia/20/1999为同一分支,2005年5月份之后的分离株与A/Solomon Island/3/2006为一支,而2006-2007年分离株又与国家代表株A/GDLH/219/2006在一个分支.氨基酸序列分析显示,绝大多数的毒株均在第130位点缺失一个赖氨酸;2005年5月以后的大部分毒株出现以下氨基酸变异:T82K、Y94H、R146K、R209K、T267N,2006年5月份之后的毒株在抗原决定簇B区发生了A190T、H193Y、E195D氨基酸变异,同时也发生A区R146K的置换.但所有毒株的潜在糖基化和受体结合位点均比较保守.发现1株病毒A/SZ/68/2007具特殊性,经与参照毒株比较,其326个氨基酸中有50个发生变化,其中有11个位于抗原决定簇位点、6个位于受体结合位点,且有4个氨基酸变化导致糖基化位点丢失.结论 2005-2007年深圳市人群中至少有3个类型HA1基因不同的H1N1流感病毒株;由于氨基酸变异引起病毒发生抗原漂移,其代表株为A/GDLH/219/2006;发现的A/SZ/68/2007病毒毒株具有特殊性,其抗原特性和流行病学意义还有待探讨.     

2005-2006年河北省流感病毒监测与毒株变异分析

目的分析2005～2006年河北省流感病毒的流行与毒株变异情况。方法将采集的咽拭子标本用MDCK（Madin—Darby Canine Kidney）细胞培养分离流感病毒，血凝抑制试验鉴定病毒型别；在分离得到的3种型别流感病毒中分别以不同时间点选取分离株，进行血凝素重链（HA1）区核苷酸序列测定，并进行基因进化特性分析。结果2005～2006年分离到流感病毒92株，甲1亚型57株，甲3亚型6株，乙型29株。HA1区核苷酸和氨基酸序列分析表明，甲1亚型流感病毒与A／New Caledonia／20／99比较，1株有5个位点（173V〉A、259W〉R、260Y〉F、281 E〉K、322V〉A）发生氨基酸替换，2株有7个位点（90T〉K、102Y〉H、153R〉K、173V〉A、216R〉K、259W〉R、274T〉N）发生替换。3株甲3亚型与A圯alfornia／7／2004比较3个位点（188N〉D、193S〉F、225D〉N）氨基酸发生同样的替换。3株乙型流感病毒与B／HongKong／330／2001比较有7个位点（48K〉E、80K〉R、116R〉H、121N〉T、129K〉N、164E〉D、197S〉N）发生了相同的氨基酸替换。结论2005～2006年河北省流行甲1、甲3亚型和乙型流感病毒。流行株的基因特性发生了一定程度的变异，但乙型毒株变异更明显。     

2011 - 2016年云浮地区新甲型H1N1流感病毒血凝素基因进化与变异

目的 分析2011 - 2016年云浮地区新甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）基因进化特征及抗原表位变异特征。方法 收集流感监测哨点医院流感样病例咽拭子标本,通过MDCK细胞对标本进行病毒分离。按时间顺序选取19株云浮地区新甲型H1N1流感毒株,对HA基因进行测序。与Genbank中13株参考毒株相应序列比较,用BioEdit5.0、MEGA6.0软件构建HA基因系统进化树,进行核苷酸序列同源性和氨基酸位点变异分析。结果 19株毒株HA核苷酸序列高度相似;进化树可分为三大分支,各具基因特征。在19株毒株HA中发现45个氨基酸位点变异,其中有6个高频变异位点:P100S 、S202T/N、S220T、I338V、E391K、S468N;发生在抗原决定簇上的变异位点有位于Sa区的N142S、G172E、S179N、K180Q,Sb区的S202T/N和Ca区S220T;2016年分离的3株毒株中,抗原决定簇发生了Sa区S179N和K180Q、Sb区S202T和Ca区S220T变异。结论 云浮地区新甲型H1N1流感病毒HA蛋白在某些氨基酸位点发生了突变,抗原决定簇Sa、Sb 和Ca区的氨基酸位点发生了变异,2016年云浮地区可能出现了新甲型H1N1流感新变异株。     

2018-2019年广西A(H1N1) pdm09亚型流感病毒抗原性及HA基因特性分析

目的 了解广西壮族自治区2018-2019年人群A(H1N1) pdm09亚型流感病毒抗原性及HA基因特性.方法 对2018-2019年广西分离的199株A(H1N1) pdm09亚型流感病毒株用血凝抑制试验进行抗原分析,并对其中的15株进行HA基因序列测定分析.结果 抗原分析的199毒株中有196株与疫苗株A/Michigan/45/2015类似,占98.49％.广西15株毒株的HA基因核苷酸序列与疫苗株A/Michigan/45/2015的同源性为97.83％～98.50％,氨基酸同源性为98.19％～99.10％.与疫苗株相比,广西15株毒株HA基因均存在S74R、S164T和I295V 3个氨基酸位点变异.广西毒株与疫苗株HA1的糖基化位点预测结果一致.系统进化显示广西毒株与疫苗株的HA基因均属于6B.1分支.结论 2018-2019年广西流行的A (H1N1) pdm09亚型流感病毒与疫苗株A/Michigan/45/2015组分匹配良好.     

南平市2009年季节性H1N1流感病毒血凝素HA1基因特征研究

目的了解南平市2009年季节性H1N1流感病毒血凝素HA1基因特征。方法随机选取4株从哨点医院分离到的季节性H1N1流感毒株,进行核酸提取和RT-PCR扩增,获得HA1基因片段,测定核苷酸序列,分析其基因特征。结果 4株季节性H1N1流感病毒与A/California/01/2009（H1N1）高度同源,同源性高达99.1%;相对于当前疫苗代表株A/Brisbane/59/2007（H1N1）,其HA1区出现V131A、S141N、I184V、G185A、N186D、A189T和F260Y的氨基酸位点的改变;糖基化位点未发生改变。结论南平市2009年分离的季节性H1N1流感病毒抗原性发生一定的突变,但变异程度不大,应密切关注疫苗株对毒株的免疫效果。     

2005-2009年大连市流感病毒血凝素基因遗传特性分析

目的分析大连市2005-2009年流感病毒血凝素(HA)基因变异情况。方法采用MDCK细胞分离培养季节流感H1N1亚型28株;H3N2亚型9株;B型(Yamagata系)24株,采用RT-PCR法分节段扩增各毒株血凝素基因,并进一步对各片段进行核苷酸和氨基酸序列测定分析。结果 2005-2009年,大连市分离到的甲型H1N1病毒变异较大,其中2009年分离的一株H1N1亚型毒株A/liaoningxigang/136/2009(H1)与该年WHO推荐的疫苗株相比,抗原决定簇B区上有4个位点发生了突变,属于新的变种。2005、2007年分离的H3N2流感病毒株,与疫苗株相比序列同源性较高,并未发生大的变异;2007-2008年流行的B型Yamagata系病毒与疫苗株B/Shanghai/361/02相比,有7个氨基酸位点发生改变,其中两个位于抗原决定簇,并于196位增加一个糖基化位点。结论各年度WHO推荐的疫苗株与流行株之间匹配性不完全一致,每年由于核苷酸序列的变化而引起了不同程度的抗原性漂移。     

2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒基因特征分析

目的 了解陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒的血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）基因变异情况。方法 选取2017 - 2018年度分离的6株甲型H1N1流感毒株进行全基因测序,利用生物信息学软件对分离株的HA和NA基因进行进化和变异分析,并与北半球疫苗株A/Michigan/45/2015进行对比;采用MEGA（5.05） 软件NJ法构建基因进化树,进行系统进化分析。结果 陕西省2017 - 2018年度甲型H1N1流感病毒阳性占比36.85%,流行高峰为2017年12月和2018年1月。6株甲型H1N1流感病毒测序得到的HA、NA序列与疫苗株比对,分别有12、11个氨基酸位点发生变异,其中HA有7个位点变异发生在抗原决定簇,受体结合位点、潜在糖基化位点比较稳定;NA序列没有发现耐药位点变异。结论 2017 - 2018年度陕西省甲型H1N1流感病毒为优势流行株。目前甲型H1N1流感病毒与WHO推荐的新疫苗株高度同源。     

2007-2009年郴州市H3N2亚型流感病毒HA1基因特性研究

目的了解2007-2009年郴州市H3N2亚型流感病毒流行情况及血凝素基因变异特征。方法 按时间先后顺序随机选择2007-2009年流感病原学监测中分离到的H3N2亚型毒株8株,提取病毒核糖核酸（RNA）,采用RT-PCR法扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定并推导其氨基酸序列进行基因特性分析。结果H3N2亚型流感病毒在2007年为优势株,2008-2009年相对H1N1亚型流感病毒为弱势株;2007年分离株与该年疫苗株（A/Wisconsin/67/2005）比较,变异位点主要为G50E、S138A、K140I、R142G、N144D和L157S,抗原性发生了漂移;2008年分离株与2008-2009年疫苗株（A/Brisbane/10/2007）比较,变异位点主要为R142G、L157S;2009年分离株与该年疫苗株比较,变异位点主要为L157S、K173Q,2008-2009年分离株与该年疫苗株比较未发生明显变异。结论郴州市2007年H3N2亚型流感病毒HA1发生了明显变异,H3N2流感病毒较活跃,当年生产的疫苗预防效果较差;2008-2009年H3N2亚型流感病毒HA1与该年度疫苗株相比未发生明显变异,人群对其建立较好的免疫屏障,这是郴州市2008-2009年H3N2亚型流感病毒活动水平较低的主要原因。     

深圳市2005—2007年H1N1亚型流感病毒HAl基因分子流行病学研究

目的 探讨2005-2007年深圳市H1N1流感病毒HA1基因变异特征。方法 选取深圳市2005-2007年分离的H1N1流感毒株，提取病毒RNA，用RT-PCR扩增HA1区基因片段，产物纯化后测序并进行基因序列分析。结果 2005-2007年流感病毒分离率平均为7.16%，H1N1流感病毒在2005年和2006年的分离数占总分离数的比例分别为56.14%和66.03%，而2007年仅占3.61%。核苷酸同源性和基因进化树结果一致，2005年4月份之前分离株与A/New Caledonia/20/1999为同一分支，2005年5月份之后的分离株与A/Solomon Island/3/2006为一支，而2006-2007年分离株又与国家代表株A/GDLH/219/2006在一个分支。氨基酸序列分析显示，绝大多数的毒株均在第130位点缺失一个赖氨酸；2005年5月以后的大部分毒株出现以下氨基酸变异：T82K、Y94H、R146K、R209K、T267N，2006年5月份之后的毒株在抗原决定簇B区发生了A190T、H193Y、E195D氨基酸变异，同时也发生A区R146K的置换。但所有毒株的潜在糖基化和受体结合位点均比较保守。发现1株病毒A/SZ/68/2007具特殊性，经与参照毒株比较，其326个氨基酸中有50个发生变化，其中有11个位于抗原决定簇位点、6个位于受体结合位点，且有4个氨基酸变化导致糖基化位点丢失。结论 2005-2007年深圳市人群中至少有3个类型HA1基因不同的H1N1流感病毒株；由于氨基酸变异引起病毒发生抗原漂移，其代表株为A/GDLH/219/2006；发现的A/SZ/68/2007病毒毒株具有特殊性，其抗原特性和流行病学意义还有待探讨。     

天津地区2005年甲1亚型流感病毒HA1区基因特性分析

目的 了解天津地区夏季一起小学校流感样暴发疫情中分离出2株甲1亚型流感病毒株HA1基因变异情况。方法MDCK细胞和鸡胚双腔法分离流感病毒，收获病毒液提取病毒的RNA，进行RT—PCR，扩增产物纯化后测序，用DNASTAR软件进行序列分析。结果新分离株HA1基因长度为325个氨基酸，与国际疫苗株A／NewCaledonia／20／99相比氨基酸同源性高于98％，氨基酸替换位点有5个，其中165位位于抗原决定簇Cal区。结论天津地区新分离甲1亚型流感病毒抗原性发生进一步漂移，但变异程度不大。     

Development of broadly reactive H5N1 vaccine against different Egyptian H5N1 viruses

The H5N1 highly pathogenic avian influenza (HPAI) virus was isolated for the first time in Egypt in 2006, since then, the virus has become endemic causing a significant threat to the poultry industry and humans. H5N1 HPAI outbreaks continue to occur despite extensive vaccination programs that have been implemented nationwide in different poultry species. Several studies showed that the co-circulating H5N1 viruses in Egypt are genetically and antigenically distant raising a question on the cross protective efficacy of commercial vaccines. In this study, we introduced mutations at the antigenic sites of the hemagglutinin (HA) to broaden reactivity of the Egyptian H5N1 virus. A reverse genetically created variant H5N1 virus (A/chicken/Egypt/1063/2010) with five amino acid mutations (G140R, Y144F, I190L, K192Q, D43N) in the HA gene showed enhanced cross reactivity. This virus showed up to 16 fold increase in reactivity to the classic-lineageH5N1viruses measured by hemagglutination inhibition (HI) assay while maintaining similar level of reactivity with the variant-lineage viruses compared to wild-type virus. In addition, a single amino acid substitution (N165H), which removes potential glycosylation site at the HA globular head of two classic strains (A/chicken/Egypt/527/2012 and A/chicken/Egypt/102d/2010) broadened the reactivity to antisera generated against H5N1 viruses from different clusters. The broadened reactivity of the mutant viruses were also confirmed by testing reactivity of antisera prepared from the mutant viruses against reference viruses from both classic and variant clades. The virus neutralization test using selected antisera and viruses further confirmed the cross HI results. This study highlights that targeted mutation in the HA may be effectively used as a tool to develop broadly reactive influenza vaccines to cope with the continuous antigenic evolution of viruses.     

2000—2007年佛山市甲1亚型（H1N1）流感病毒监测情况及其HA1基因的变异

目的分析2000—2007年佛山市甲1亚型（H1N1）毒株流行情况及其HA1基因变异情况。方法用MDCK细胞分离流感病毒，采用血球凝集抑制试验进行型别鉴定，选取每年2～4株甲1亚型毒株的细胞培养物提取病毒核酸，进行HA1基因的逆转录，对其核苷酸和氨基酸序列及亲缘关系进行分析。结果病毒分离结果显示2000—2007年间甲1亚型流感病毒在佛山市人群中的流行是间断性的，只在2000、2001、2005、2006年4个年份分离到甲1亚型流感毒株。毒株的HAl区氨基酸序列与流感疫苗推荐株A／NewCMedonia／20／99和A／Solomon Islands／3／2006相比，同源性分别为97．2％～99．7％和97．2％-98．5％。氨基酸残基平均替换数随年份的推移而增加，只有2006年的毒株在抗原决定簇发生了替换。结论与疫苗株比较，佛山市的甲1亚型流感毒株抗原性已逐渐发生了改变，应密切注意疫苗对毒株的免疫效果。     

2012-2018年青岛市A型(H1N1)pdm09流感病毒奥司他韦耐药株基因特征

目的 了解2012-2018年青岛市人群A型(H1N1)pdm09流感病毒奥司他韦耐药株基因特征。方法 收集2012年4月-2018年3月间青岛市A(H1N1)pdm09毒株397份,逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)和血凝素(Hemagglutinin,HA)基因全长,序列测定后进行耐药位点和氨基酸变异及进化分析。结果 5株发生了H275Y突变,为奥司他韦耐药株;另有4株S247N突变,可能为奥司他韦耐药株。2012-2018年H275Y突变株检出率依次为2.8 %、2.0 %、0.0 %、1.1 %、0.0 %和0.7 %。NA和HA进化树显示,2012-2013年青岛H275Y突变株与美国耐药株A/Tennessee/03/2013更接近,2013-2014年青岛H275Y突变株与国内株和日本札幌耐药株更接近,这两个年度耐药株的毒株起源可能有所不同。突变株在酶活性位点、抗原决定簇、受体结合位点及其他功能位点(如HA位点D222、Q223和NA位点V241I、N369K和N386K)的转变与野生敏感株一致。结论 青岛市A型(H1N1)pdm09流感病毒奥司他韦耐药株明显增加且流行起源不同,但并未取得比野生株更强的流行能力。奥司他韦仍可作为流感预防和治疗的有效手段。     

2010-2011年北京市儿童甲型H3N2流感病毒的血凝素基因特征和遗传进化分析

目的了解2010年9月1日～2011年8月31日北京市儿童甲型H3N2流感活动特点,并对病毒血凝素的基因和进化特征进行研究。方法采集哨点医院收集的1 040份儿童流感样病例样本和14份疫情样本,进行MDCK细胞分离病毒。选取26株甲型H3N2流感毒株进行血凝素(HA1)基因的扩增和序列测定。采用生物信息软件进行序列比对和进化分析。结果 2010-2011年流感监测季期间,总共分离64株甲型H3N2毒株,占分离毒株构成的65.31%。病毒HA1基因出现了Ⅰ、Ⅱ两个明显分支,均有S214I氨基酸变异。另外,分支I的毒株序列还均出现P162S、R261Q氨基酸变异;分支II的毒株序列均出现D53N、K62E、Y94H、K144N、T212A、I230V氨基酸变异,涉及A、C两个抗原决定簇,并新增1～2个糖基化位点。结论 2010年9月～2011年2月期间北京市儿童甲型H3N2流感活动活跃,并且其毒株呈现出两个明显不同的进化分支,其中一个分支毒株的血凝素基因特性发生了明显改变。