应用抑制消减杂交技术克隆人大肠癌转移相关新基因

目的 克隆新的大肠癌转移相关基因,为进一步阐述大肠癌转移的分子机制提供线索。方法 利用抑制消减杂交技术,以1对来自同一亲本、转移能力不同的大肠癌细胞株SW620和SW480为研究对象,构建2种大肠癌转移促进基因和转移抑制基因的cDNA消减文库。随机挑取文库克隆进行差异筛选,对所得的差异片段进行测序和同源性分析,利用Northern Blot对新基因的表达情况进行验证。结果 两种消减文库分别含有235和232个白色克隆,90%以上的白色克隆含有插入片段。随机挑取约200个阳性克隆进行差异筛选。共获得29个差异片段。测序及同源分析发现15个为未知基因,GenBank登陆号为CD485499-CD485513。其中与5号染色体序列同源的基因有6个。结论 抑制消减杂交技术是筛选、克隆大肠癌转移相关新基因的有效手段;5号染色体上可能存在多个与大肠癌转移相关的新基因位点;筛选到的新基因片段为进一步克隆其全长、研究基因功能提供了实验基础。     

应用抑制消减杂交技术克隆人大肠癌转移相关新基因

目的 克隆新的大肠癌转移相关基因，为进一步阐述大肠癌转移的分子机制提供线索。方法 利用抑制消减杂交技术，以1对来自同一亲本、转移能力不同的大肠癌细胞株SW620和SW480为研究对象．构建2种大肠癌转移促进基因和转移抑制基因的cDNA消减库。随机挑取库克隆进行差异筛选．对所得的差异片段进行测序和同源性分析，利用Northern Blot对新基因的表达情况进行验证。结果 两种消减库分别含有235和232个白色克隆．90％以上的白色克隆含有插入片段。随机挑取约200个阳性克隆进行差异筛选．共获得29个差异片段。测序及同源分析发现15个为未知基因，GenBank登陆号为CD485499-CD485513。其中与5号染色体序列同源的基因有6个。结论 抑制消减杂交技术是筛选、克隆大肠癌转移相关新基因的有效手段：5号染色体上可能存在多个与大肠癌转移相关的新基因位点：筛选到的新基因片段为进一步克隆基全长、研究基因功能提供了实验基础。     

人肺癌高低转移细胞株差异表达基因的筛选

目的 筛选高低转移能力人肺癌细胞株PG-BE1和PG-LH7间差异表达基因.方法 进行两次抑制性消减杂交,第一次以PG-BE1细胞株为实验方、PG-LH7株为驱动方构建正向消减文库;第二次以PG-LH7株为实验方、PG-BE1为驱动方构建反向消减文库.筛选出来的阳性克隆进行测序,并在Gene Bank数据库中进行同源性比较.结果 2个消减文库共得到122个阳性克隆,随机选取10个克隆测序并进行同源性分析,发现其中9条序列来自于已知基因,另外1条序列为新的基因序列标签.结论 成功构建了高低转移力人肺癌细胞株的双向消减杂交文库.     

正加速度重复暴露大鼠脑差异表达基因的筛选

目的 筛选大鼠经正加速度(Gosiliveacceleration， Gz)重复暴露后脑的差异表达基因，探讨 Gz重复暴露致脑损伤的分子机制。方法 应用抑制性消减杂交技术，构建高消减效率的 Gz重复暴露大鼠脑cDNA消减文库；用差异筛选技术筛选阳性克隆；用序列分析确定阳性克隆的性质；用RT—PCR证实阳性克隆的可靠性。结果 从消减库中获得70个阳性克隆；经差异筛选后，选取其中10个阳性克隆，序列分析表明，7个克隆与已知基因高度同源，3个为新的候选基因。RT—PCR证实了差异表达基因在 Gz重复暴露大鼠脑中高表达。结论 用抑制性消减杂交技术筛选发现的3个新的cDNA可能在 Gz脑损伤的病理过程中起重要作用。     

用抑制性消减杂交方法筛选人肾癌相关基因

目的 应用抑制性消减杂交技术构建人肾癌差异表达基因文库并进行差异表达基因筛选.方法 以肾癌细胞株RLC-310和肾近曲小管细胞株HK-2互为实验组和对照组,提取mRNA,应用抑制性消减杂交技术进行正反两向消减杂交,获得人肾癌细胞差异表达基因文库,结合反向Northern斑点印迹杂交,筛选差异基因克隆,并进行测序分析.结果 正向和反向文库共包含1200多个阳性克隆,经斑点杂交筛选后,对213个差异克隆进行测序并经BLAST分析,得到144个差异表达基因,与肾癌相关的高表达基因67个,低表达基因77个,其中新EST 14个,未知功能基因21个;对测序基因进行聚类分析发现与细胞生长、黏附、凋亡等肿瘤细胞生物学行为相关.结论 该文库质量可靠,所筛选出的差异基因和新的基因为进一步筛选肾癌特异性相关基因,绘制肾癌差异基因表达谱,最终阐明肾癌发生、发展、转移机制提供了实验材料和研究靶点.     

Screening of Differently Expressed Genes in Human Prostate Cancer Cell Lines with Different Metastasis Potentials

In order to screen the genes differentially expressed in two human prostate cancer cells with different metastasis potentials,suppression subtractive hybridization(SSH) was done twice on human prostate cancer cell line with high potential of metastasis PC3M-1E8 and its synogenetic cell line PC3M-2B4 with low metastasis potential.In the first subtraction PC3M-2B4 was used as tester and PC3M-1E8 as driver and the forward subtractive library was constructed.In the second one the tester and driver were interchanged and the reverse subtractive library was constructed.The screened clones of both libraries were sequenced and Gene Bank homology search was performed.Some clones were confirmed by quantitative real-time PCR.The results showed that two subtractive libraries containing 238 positive clones were constructed.Analysis of 16 sequenced clones randomly picked from two libraries showed that 4 differentially expressed gene fragments were identified as new EST with unknown functions.It was concluded that two subtractive libraries of human prostate cancer cell lines with different metastasis potentials were constructed successfully.     

家族性急性髓系白血病差异表达基因的筛选与鉴定

目的分离家族性急性髓系白血病患者骨髓中差异表达的基因,在基因水平上探讨急性白血病发生发展的分子机制。方法应用Super SMART和抑制性消减杂交（SSH）技术,构建家族性急性髓系白血病cDNA消减文库;应用差异筛选技术进行差异表达片段的筛选与鉴定;测序结果进行BLAST同源性比对分析。结果成功构建了家族性急性髓系白血病cDNA消减文库;克隆、筛选并鉴定了17条基因片段,与已知基因同源,11条为未知基因片段。结论SSH技术是筛选差异表达基因的有效方法;获得多个与细胞增殖和分化相关的已知基因;获得11条新基因EST片段,并被GenBank收录。     

抑制性消减杂交技术检测骨髓CD34+细胞基因差异表达

目的 检测、比较骨髓和动员外周血2种来源不同的CD34+细胞基因表达的差异。方法 从一健康供者分别获取骨髓和动员外周血,分离出CD34+细胞,利用抑制性消减杂交技术检测、比较该2种来源不同的CD34+细胞的基因表达差异。结果在骨髓CD34+细胞中共有21个基因高表达,主要涉及2类:（1）与细胞周期S期、G2期和M期转化相关的基因;（2）C/EBP（CCAAT/增强子结合蛋白）转录因子家族。结论骨髓和外周血CD34+细胞在基因表达上具有明显的不同,大部分骨髓CD34+细胞处于S期、G2期和M明,提示骨髓CD34+细胞比外周血CD34+增殖活跃。     

抑制性消减杂交技术检测骨髓CD34^＋细胞基因差异表达

目的 检测、比较骨髓和动员外周血2种来源不同的CD34^ 细胞基因表达的差异。方法 从-健康供者分别获取骨髓和动员外周血，分离出CD34^ 细胞，利用抑制性消减杂交技术检测。比较该2种来源不同的CD34^ 细胞基因表达差异。结果 在骨髓CD34^ 细胞中共有21个基因高表达。主要涉及2类：（1）与细胞周期S期，G2期和M期转化相关的基因；（2）C/EBP（CCAAT/增强子结合蛋白）转录因子家族。结论 骨髓和外周血CD34 细胞在基因表达上具有明显的不同，大部分骨髓CD34^ 细胞处于S期，G2期和M期，提示骨髓CD34^ 细胞比外周血CD34^ 增殖活跃。     

人膀胱癌异质性表型相关基因的筛选与鉴定

目的 筛选和鉴定膀胱肿瘤异质性生物学表型相关的基因。方法 以已建立的两株同一来源、不同生物学表型的膀胱移行细胞癌细胞系为材料,采用抑制性削减杂交技术筛选差异表达的基因片段,构建cDNA文库;挑取克隆进行筛选,获得差异表达片段,测序并与Genbank比对,Northernblotting验证差异片段在两株细胞系的不同表达。结果 建立了两个消减文库,分别含有168和206个白色克隆,白色克隆含有约200～700bp的插入片段,对这些克隆进行筛选,获得35个差异表达基因片段,其中15个对应于细胞骨架蛋白、细胞代谢酶基因等已知基因,另外19个为未知功能基因,1个为新EST片段,注册Genbank（注册号为DR008207）。结论 抑制性消减杂交技术是筛选、克隆差异表达基因的有效手段;keratin7、Vimentin等细胞骨架蛋白的不同表达,与细胞形态的表型差异有关;DDH等代谢基因的不同。与细胞的药物敏感性差异相关;筛选到的新基因片段为进一步克隆其全长、研究基因功能提供了实验基础。     

应用抑制性差减杂交技术克隆小鼠胸腺细胞发育相关新基因

目的:克隆胸腺细胞发育相关新基因.方法:应用抑制性差减杂交技术(suppression subtractive hybridization, SSH),构建了胸腺基质细胞系cDNA差减杂交文库,结合RACE及RT-PCR进一步克隆并验证新基因的cDNA全长序列.结果:筛选两个不同胸腺基质细胞系的差异表达基因,获得了差异表达的cDNA片段,克隆后挑选阳性克隆进行测序,成功克隆8个新基因片段.对其中两个新基因克隆C55和C91进行Northern杂交分析,mRNA转录体长度分别为1.4 kb及1.5 kb,C55的表达在两种胸腺基质细胞系中存在显著差异.进一步克隆了C55和C91两个新基因的cDNA全长序列,已被GenBank所接受.结论:抑制性差减杂交技术是克隆新基因片段的有效方法;成功克隆8个新基因片段及两个新基因的cDNA全长序列.     

甘草甜素诱导的大鼠肝星状细胞差异表达基因检测

目的:检测甘草甜素诱导的大鼠肝星状细胞的差异表达基因,为探讨甘草甜素抗肝纤维化的作用机制提供分子生物学依据.方法:大鼠肝星状细胞分2组培养,实验组在培养液中加入甘草甜素,终浓度达1.0 mmol/L:对照组不作处理.继续培养24 h,应用抑制性消减杂交技术构建甘草甜素诱导的肝星状细胞差异表达基因的cDNA文库,将杂交产物与pGEM-T载体连接,转化感受态DH5α,阳性克隆用PCR技术扩增后进行测序及同源性分析.结果:成功构建了甘草甜素诱导的肝星状细胞cDNA消减文库.测序分析结果表明,在cDNA消减文库中包含3个铁蛋白重链基因的阳性克隆.结论:甘草甜素能诱导肝星状细胞铁蛋白重链的表达.调控铁蛋白重链基因的表达可能是甘草甜素抗肝纤维化作用的分子生物学机制之一.     

应用抑制性消减杂交技术筛选脂肪细胞分化相关基因

目的:利用脂肪分化细胞模型筛选与脂肪细胞分化相关的差异性表达基因。方法:采用抑制性消减杂交技术,以诱导分化后的人前体脂肪细胞系SW872总RNA为Tester,诱导分化前的人前体脂肪细胞系SW872为Driver,将消减杂交获得的DNA片段与pGM-T载体连接,构建cDNA文库后,转化大肠杆菌DH5α,筛选阳性克隆。将获得的阳性克隆插入片段进行测序分析,并与GenBank数据库进行同源性分析,获得差异性表达基因。结果:扩增消减cDNA文库获得135个白色克隆,随机挑选64个进行测序,共获得34个阳性克隆基因。结论:本研究成功构建了脂肪细胞分化差异性表达基因的消减cDNA文库,筛选出了与脂肪细胞分化相关的差异表达基因。     

应用抑制消减杂交技术构建哮喘病人嗜酸细胞差异表达基因消减cDNA文库

目的构建哮喘病人治疗前后嗜酸细胞差异表达基因的消减cDNA文库。方法采用新近建立的抑制消减杂交方法,哮喘治疗前后的嗜酸细胞为试验和对比材料,分离哮喘病人嗜酸细胞中差异表达基因的cDNA片段,将其与T载体进行T／A连接构建文库,将连接产物用氯化钙转化法转化大肠杆菌进行文库扩增和蓝白斑筛选,随机挑取100个白色克隆用菌落PCR进行鉴定。结果扩增消减cDNA文库获得3000余个白色阳性克隆,随机挑取100个白色克隆用PCR进行扩增,90％的克隆中均有200～600bp的插入片段,这些片段可能是哮喘嗜酸细胞差异表达基因的cDNA片段。结论用SSH法及T／A克隆技术成功构建了哮喘病人治疗前后嗜酸细胞差异表达基因消减cDNA文库,该消减cDNA文库的建立为进一步筛选、克隆哮喘病人嗜酸细胞差异表达的新基因奠定了基础。     

食管癌消减cDNA文库的构建

目的 :采用消减抑制杂交技术 ,研究正常食管粘膜和食管癌组织之间的基因表达差异状况 ,分离食管癌相关基因片段 ,构建食管癌的消减cDNA文库。方法 :以食管癌癌组织为测试子 (tester) ,以正常食管粘膜组织为驱赶子 (driver) ,用消减抑制杂交方法分离食管癌差异表达片段。将该差异表达片段克隆至T载体 ,经蓝白斑筛选后 ,再用PCR方法插入片段筛选出阳性重组质粒 ,构建食管癌消减cDNA文库。结果 :用消减抑制杂交技术分离食管癌差异表达片段 ,经蓝白斑筛选 ,得到 2 2 0个白色克隆 ;再用PCR方法快速筛选出 10 0个两端分别含连接子Adaptor1及Adaptor2R的阳性重组质粒 10 0个 ,从而成功地构建了中国人食管癌特异的消减cDNA文库。结论 :构建了中国人食管癌特异的消减cDNA文库。消减抑制杂交技术能快速有效地分离差异表达基因 ,方法简便、灵敏度高。使用PCR法快速筛选阳性克隆 ,对于消减文库的构建具有重要意义     

肾癌差异表达基因克隆的研究

目的 克隆并鉴定肾癌与正常肾之间差异表达的基因。方法 应用抑制性消减杂交技术构建人肾癌组织与正常肾组织差异表达的cDNA消减文库,并从中克隆鉴定出肾癌差异表达的基因。结果 构建成功了高消减效率的人肾癌cDNA消减文库,对其中5个克隆插入的cDNA片段进行测序后经Genbank检索表明,5个片段均为未知新序列,其中GYIZ-RCC18为3个拷贝,提示以上5个cDNA征段可能来自3个新基因。Northern杂交分析显示,GYIZ-RCC18在肾癌组织中有明显表达,而在正常肾组织中无表达,这证明GYIZ-RCC18是肾癌相关的新基因。结论 人肾癌cDNA消减文库的建立为进一步筛选,克隆肾癌特异性表达的新基因奠定了基础。     

利用抑制性消减杂交技术筛选大鼠哮喘相关基因

目的:利用哮喘大鼠模型筛选与哮喘发病相关的差异性表达基因.方法:采用抑制性消减杂交技术,以哮喘大鼠肺组织总RNA为检验子,对照大鼠肺组织总RNA为驱赶子,将消减杂交获得的DNA片断与pGEM-T Easy Vector连接,构建cDNA文库后,转化大肠杆菌DH5α,筛选阳性克隆.将获得的阳性克隆插入片段进行测序分析,测序结果与GenBank数据库中cDNA和EST序列进行相似性比对,获得差异性表达基因的信息.结果:扩增消减cDNA文库获得300余个白色克隆,随即挑选36个测序,除去重复序列,结果中含有已知的基因4 个,ESTs 2个及与任何序列无同源性的新基因片段3个.结论:成功构建了哮喘大鼠肺脏差异性表达基因的正向消减cDNA文库,筛选出数个与哮喘相关的差异表达基因.     

Screening of aplastic anaemia-related genes in bone marrow CD4+ T cells by suppressive subtractive hybridization

Background CD4(+) T cells play a crucial role in the pathogenesis of aplastic anaemia. However, the mechanisms of over-proliferation, activation, infiltration of bone marrow and damage to haematopoietic cells of CD4(+) T cells in aplastic anaemia are unclear. Therefore, we screened differentially expressed genes of bone marrow CD4(+) T cells of aplastic anaemia patients and normal donors by suppressive subtractive hybridization to investigate the pathogenesis of aplastic anaemia. Methods The bone marrow mononuclear cells of a first visit aplastic anaemia patient and a healthy donor of the same age and sex were isolated using lymphocyte separating medium by density gradient centrifugation. With the patients as “tester” and donor as “driver”, their CD4(+ )T cells were separated with magnetic bead sorting and a cDNA library established by suppressive subtractive hybridization. Then 15 of the resulting subtracted cDNA clones were randomly selected for DNA sequencing and homological analysis. With semiquantitative RT-PCR, bone marrow samples from 20 patients with aplastic anaemia and 20 healthy donors assessed the expression levels of differentially expressed genes from SSH library.Results PCR detected 89 clones in the library containing an inserted fragment of 100 bp to 700 bp. Among 15 sequenced clones, 12 were known genes including 3 repeated genes. Compared with normal donors, there were 9/12 genes over-expressed in bone marrow CD4(+ )T cells of patients with aplastic anaemia. The effects of these genes included protein synthesis, biology oxidation, signal transduction, proliferative regulation and cell migration. Not all these genes had been reported in the mechanisms of haematopoietic damage mediated by CD4(+) T cells in aplastic anaemia. Conclusions Screening and cloning genes, which regulate functions of CD4(+) T cells, are helpful in elucidating the mechanisms of over proliferation, activation, infiltrating bone marrow and damaging haematopoietic cells of CD4(+) T cells in aplastic anaemia.     

应用抑制性消减杂交筛选大鼠不同程度肝纤维化的上调基因

目的应用抑制消减杂交技术,筛选大鼠正常肝脏组织、轻度肝纤维化和重度肝纤维化组织中差异表达的上调基因。方法利用抑制消减杂交技术,构建大鼠轻度肝纤维化和重度肝纤维化2个差异cDNA文库,并挑选36条上调显著的基因进行测序鉴定。结果获得1152个克隆,其中有1036个含有插入片段。挑选32个克隆测序,与GenBank数据库进行初步比较,其中28条与已知基因的部分序列高度同源。结论应用抑制消减杂交技术成功构建了轻度肝纤维化和重度肝纤维化差异表达基因的cDNA削减文库,为进一步研究肝纤维化发生、发展和逆转的机制奠定了理论基础。     

休止期毛乳头细胞差异表达基因的分析

目的筛选休止期毛乳头细胞差异表达基因,探讨脱发机制.方法从同一斑秃患者头皮获得脱发区和非脱发区毛乳头,应用SMART cDNA和抑制性消减杂交建立消减文库,对部分克隆进行杂交筛选、测序及同源性检索分析.结果成功构建了休止期(斑秃脱发区)毛乳头cDNA消减文库,代表毛乳头在休止期表达上调的基因,测序发现1条与甲状腺相关的自身抗原基因,还发现脱发区毛乳头差异表达与抑制性信号转导途径有关的基因.这些基因多是首次发现在毛囊中有表达.结论斑秃毛乳头可能由于表达自身抗原基因而导致针对其的自身免疫反应的启动,后者通过多种信号转导途径影响毛乳头的生长和功能发挥.