通过网络药理学和蛋白芯片研究鳖甲煎口服液抗肝纤维化的潜在机制

目的 通过网络药理学和蛋白芯片研究鳖甲煎口服液抗肝纤维化的潜在机制。方法 鳖甲煎口服液的化学成分、潜在靶点及肝纤维化相关基因均来自开放源数据库。然后，利用Autodock vina对目标蛋白和化合物进行分子对接。利用PyMOL对对接构象进行可视化。随后用蛋白芯片比较AngⅡ诱导的人肝星状细胞（HSC-LX2）和鳖甲煎口服液处理的HSC-LX2磷酸化蛋白（DEPs），以验证上述结果。结果 鳖甲煎口服液抗肝纤维化的网络药理学GO和KEGG通路富集分析结果表明，关键信号通路为PI3K/Akt、MAPK和Ras信号通路。分子对接的结论表明，活性物质（β-谷甾醇、槲皮素、山柰酚）对关键靶点（TNF、AKT1、IL6）具有较高的亲和力。同时网络药理学的结果与蛋白芯片的结果相吻合。结论 鳖甲煎口服液治疗肝纤维化主要抑制Ras信号通路的活性，进而抑制MAPK和PI3K/Akt信号通路，包括抑制TNF、AKT1和IL6。上述通路蛋白还与鳖甲煎口服液具有活血化瘀、软坚散结的作用有关。这些途径可作为肝纤维化的治疗靶点。     

二至丸抗肝纤维化活性成分-靶点-通路的网络预测

目的:筛选二至丸抗肝纤维化主要活性成分,预测其抗肝纤维化的作用靶点及信号通路。方法:利用ADME计算方法,并依据中药系统药理学技术平台(TCMSP)等数据库、反向分子对接服务器(DRAR-CPI)预测二至丸的活性成分及抗肝纤维化的潜在靶点,通过与人类基因组注释数据库(Gene Cards)中抗肝纤维化的作用靶点进行映射,筛选出二至丸抗肝纤维化的作用靶点。借助Cytoscape 3.5.1软件构建二至丸活性成分-作用靶点网络,通过生物学信息注释数据库(DAVID)对靶点进行基因本体(GO)生物过程及京都基因与基因组百科全书(KEGG)代谢通路富集分析。结果:从二至丸中筛选得到18个活性成分,作用于114个靶点,主要涉及8个信号通路,参与10个生物过程。结论:二至丸活性成分主要通过转化生长因子-β(TGF-β),丝裂原活化蛋白激酶(MAPK),磷酸肌醇-3激酶(PI3K)/丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(Akt)信号通路(PI3K/Akt),核转录因子-κB(NF-κB),过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)等信号通路以及蛋白磷酸化、信号转导等生物过程发挥抗肝纤维化作用,体现了中药多成分、多靶点、多途径的作用特点,该研究为进一步深入开展二至丸抗肝纤维化药效基础研究和阐释其抗肝纤维化的作用机制提供理论依据。     

基于网络药理学的茵陈五苓散防治肝纤维化机制研究

目的:通过网络药理学方法探索茵陈五苓散防治肝纤维化的作用机制。方法:通过TCMSP数据库检索茵陈五苓散的主要活性成分;通过检索CTD数据库选肝纤维化的疾病靶点;匹配药物-疾病靶点,应用Cytoscape软件构建中药-成分-靶点网络;运用STRING软件构建蛋白质互作用(PPI)网络,并将结果可视化;使用DAVID数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路分析。结果:获取茵陈五苓散防治肝纤维化主要活性成分46个,作用靶点84个;网络数据表明,茵陈的活性成分具有最大的总度值;GO功能富集分析和KEGG通路分析获取GO条目35个,信号通路14条。结论:茵陈五苓散可能是通过Fc epsilon RI等信号通路调控IL6、TNF与PTGS2等靶点减轻炎性反应并减少细胞外基质沉积发挥抗肝纤维化作用的,而中药茵陈与活性成分槲皮素可能在这之中发挥主要作用。     

基于网络药理学平台的蒙药额力根-7抗肝纤维化作用的机制研究

目的:探讨额力根-7抗肝纤维化的作用机制。方法:通过网络药理学平台(TCMSP)对额力根-7的化学成分及作用靶点进行检索,并通过Uniprot、Genecards数据库确定基因,采用Cytoscape3.7.1软件构建成分-靶点网络。通过OMIM数据库查询与肝纤维化相关的靶点,通过蛋白质相互作用(PPI),获得核心靶点,通过生物信息注释数据库(DAVID)进行基因本体(GO)功能富集和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:PPI核心网络有19个节点,关键蛋白涉及IGF1、EGFR、TNF、TGFB1等。GO功能富集分析按P0.05筛选到GO条目110个,KEGG通路富集分析按P0.05筛选到通路30条。结论:初步探索了额力根-7抗肝纤维化可能的作用机制,为额力根-7进一步的研究提供参考。     

二至丸防治类风湿关节炎网络药理学机制探究

目的运用网络药理学及分子对接技术对二至丸进行生物分子网络分析,探究其治疗类风湿关节炎(RA)药理机制,为后续的基础研究和临床应用提供依据。方法通过TCMSP数据库检索二至丸活性成分,TCMSP及STITCH数据库挖掘有效成分作用靶点,TTD、DisGeNET、OMIM数据库获取RA相关基因。运用Cytoscape 3.2.1绘制PPI网络、成分-关键靶点网络图,通过网络拓扑结构分析挖掘关键靶点及核心活性成分。采用David 6.8工具进行GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。运用autodock4.0软件将核心活性成分与关键靶点进行分子对接。结果共筛选出二至丸口服生物利用度、类药性达标的活性成分21个,其中核心活性成分12个;二至丸治疗RA靶点共75个,其中关键靶点有24个;分子对接提示核心成分槲皮素、木犀草素、β-谷固醇、山奈酚与关键靶点TP53、MAPK1、JUN、SRC自发结合并相互作用。二至丸治疗RA通过介导TNF信号通路等13条信号通路,涉及的生物学过程主要与细胞增殖、凋亡、炎症反应和血管生成相关。结论二至丸对RA的治疗作用具有多成分-多靶点-多通路的特性,可同时抑制滑膜炎症、滑膜成纤维细胞(RA-FLS)的增殖、骨质破坏等。雌激素信号通路被抑制可能是肾阴虚介导RA发生发展的重要机制之一。     

基于网络药理学预测荜茇抗肝纤维化作用及验证研究

基于网络药理学及肝纤维化(liver fibrosis, LF)体外模型方法探讨荜茇及其主要活性成分抗肝纤维化的作用机制。通过TCMSP及TCMIP数据库,结合口服生物利用度(oral bioavailability, OB)、类药性(drug-likeness, DL)、肠上皮通透性(Caco-2)和drug-likeness grading作为限定条件获取荜茇主要活性成分。利用TCMSP搜索荜茇相关靶基因,在GeneCards数据库搜索与LF相关的基因,采用Cytoscape 3.7.1软件,构建荜茇潜在活性化合物-抗肝纤维化靶点网络。使用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用分析,构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。使用Bioconductor数据库对荜茇抗LF作用靶点进行基因本体(GO)富集分析与KEGG通路分析。最后,通过荜茇活性成分荜茇酰胺(piperlongumine, PL)干预大鼠肝星状细胞(HSC-T6)的体外实验进行核心靶点和通路的初步验证,考察荜茇酰胺抑制大鼠肝星状细胞增殖及对肝纤维化标志物α-平滑肌肌动蛋白(α-smooth muscle actin,α-SMA)、Ⅰ型胶原(collagenⅠ)的影响,检测肝纤维化过程肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor, TNF)信号通路中肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α, TNF-α),NF-κB p65及白细胞介素6(interleukin-6,IL-6)蛋白表达。网络药理学发现,通过对生物利用度、类药性的分析得到荜茇酰胺等12种潜在活性化合物,涉及抗肝纤维化作用靶点48个。GO功能富集分析得到GO条目1 240个,大部分与生物过程和分子功能相关。KEGG通路富集筛选得到99条信号通路,包括TNF信号通路、cGMP-PKG信号通路、钙信号通路等。CCK-8检测表明,PL可抑制转化生长因子-β1(transforming growth factor-β1, TGF-β1)诱导的HSC-T6增殖。Western blot分析表明,PL可下调HSC-T6中α-SMA和collagenⅠ表达,抑制TNF-α和p65蛋白表达。酶联免疫吸附试验(enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)结果表明,PL可降低HSC-T6培养上清中TNF-α及IL-6含量。结果显示,PL可通过调控TNF/NF-κB信号通路而发挥治疗肝纤维化作用。该研究增加了中药荜茇及其有效成分抗LF药理作用的新认识,也为进一步深入探讨其具体的调控机制及关键的靶标奠定理论基础。     

桂枝茯苓丸抗卵巢癌作用机制的网络药理学研究

目的基于网络药理学方法探讨桂枝茯苓丸抗卵巢癌的作用机制。方法通过文献检索获取桂枝茯苓丸中的主要活性成分;利用TCMSP、SwissTarget Prediction数据平台筛选桂枝茯苓丸靶基因集合,并通过STITCH数据库构建桂枝茯苓丸活性成分-靶点关联网络;利用GeneCards、DisGeNET、OpenTargets、STRING数据库构建"桂枝茯苓丸靶基因-卵巢癌基因"互作网络,预测和筛选桂枝茯苓丸抗卵巢癌靶基因;利用ClueGO软件对靶基因进行GO(Gene Ontology)功能分析,通过DAVID v6.8平台对关键靶点进行KEGG通路分析。结果选择了桂枝茯苓丸中的肉桂酸、桂皮醛、苦杏仁苷、丹皮酚、芍药苷、茯苓酸等9种活性成分作为研究对象;共筛选出TP53、CASP3、BAX、BCL2、PTEN、HSP90AB1、TNF等21个桂枝茯苓丸抗卵巢癌靶基因;桂枝茯苓丸可能通过调控TNF信号通路、p53信号通路、PI3K-Akt信号通路、mTOR信号通路、HIF-1信号通路、VEGFR信号通路及雌性激素通路等发挥作用。结论桂枝茯苓丸可能通过调控多种抗卵巢癌基因及与肿瘤增殖、凋亡、肿瘤血管相关的多条信号通路发挥抗卵巢癌作用,具有"弱抑制-多靶点"抗卵巢癌药理学效应。     

基于网络药理学的肾气丸治疗糖尿病作用机制研究

目的运用网络药理学方法筛选肾气丸的活性成分及核心靶标,探讨肾气丸治疗糖尿病的作用机制。方法经中药系统药理学分析平台(TCMSP)并结合文献查询,筛选肾气丸的活性成分;通过TTD数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选肾气丸活性化合物的作用靶点,建立靶点数据集;通过OMIM数据库和DrugBank数据库筛选糖尿病相关的靶标;PPI数据库构建肾气丸和糖尿病的交互靶标;用Cytoscape软件构建成分-靶点-疾病交互网络图,并通过ClueGO富集分析涉及的靶点基因功能及信号通路;应用Autodock软件进行核心靶标分子对接。结果筛选得到肾气丸100个活性成分,网络分析表明肾气丸活性成分涉及低密度脂蛋白受体相关蛋白6、胰岛素受体底物1、SHC转化蛋白1等靶点58个,靶点与调控基因的转录、细胞凋亡、细胞增殖、胰岛素受体等生物过程相关,通过调节胰岛素抵抗、TNF信号通路、2型糖尿病信号通路、胰岛素信号通路等通路来发挥其抗糖尿病作用。结论肾气丸治疗糖尿病具有多成分-多靶点-多途径的特点,为进一步研究肾气丸治疗糖尿病的作用及分子机制提供了新思路和新方向。     

正源方抗肝纤维化的网络药理学预测分析及实验验证

目的:基于网络药理学、分子对接技术预测正源方抗肝纤维化的作用机制,并进行细胞水平实验验证。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及文献检索获得正源方活性成分,通过PubChem、SwissTargetPrediction、Similarity Ensemble Approach数据库筛选活性成分潜在靶点,通过OMIM、GeneCards疾病数据库收集肝纤维化的相关靶点,运用Venny平台获得正源方与肝纤维化交集靶点,利用String数据库建立蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并通过Cytoscape-CytoNCA拓扑分析筛选核心靶点,利用String数据库进行基因本体功能注释(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,利用Cytoscape软件构建药物-成分-靶点-通路网络,使用AutoDock Vina软件模拟关键候选活性成分与核心基因的结合活性。建立人转化生长因子-β1(TGF-β1)诱导的人肝星状细胞LX2活化模型,噻唑蓝(MTT)比色法检测细胞活性,蛋白免疫印迹法(WB)检测磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路相关蛋白表达。结果:网络药理学筛选得到正源方活性成分145个及相关靶点1109个,肝纤维化靶点1573个,正源方抗肝纤维化潜在作用靶点415个,拓扑分析得关键靶点61个;PPI网络分析核心靶点为Akt1、血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素-1β(IL-1β)等,GO富集分析得到1753个条目,其功能主要与细胞凋亡、细胞增殖、酶结合等有关;KEGG富集分析得到174个条目,主要涉及癌症通路、PI3K-Akt通路、细胞凋亡通路等;分子对接显示,槲皮素、木犀草素、熊果酸等与Akt1、VEGFA、Jun原癌基因(JUN)等靶点结合活性较强;细胞实验结果表明,不同剂量的正源方给药后,可以显著抑制TGF-β1诱导的LX2细胞的活化,降低磷酸化PI3K(p-PI3K)/PI3K、磷酸化Akt(p-Akt)/Akt蛋白表达,且具有质量浓度依赖性。结论:正源方可能通过多靶点、多通路发挥抗肝纤维化作用,其机制可能与抑制肝星状细胞活化、调控PI3K-Akt信号通路有关。     

基于网络药理学探讨参地补肾胶囊抗肾间质纤维化的机制研究

目的:通过网络药理学研究参地补肾胶囊抗肾间质纤维化(RIF)的物质基础及作用机制。方法:借助TCMSP等数据库检索参地补肾胶囊的化学成分和作用靶点。通过Gene Cards,OMIN生物数据库筛选出RIF的疾病靶点。使用Cytoscape软件构建“药物-成分-靶点-疾病”网络关系,构建蛋白-蛋白相互作用网络,进行基因本体富集分析和京都基因与基因组百科全书通路富集分析。结果:获得参地补肾胶囊286个有效化学成分和抗RIF潜在作用靶点121个,网络分析结果表明参地补肾胶囊主要通过STAT3、TP53、JUN、AKT1、TNF、SRC、MAPK1、MAPK8、IL-6、MAPK14、RELA、VEGFA、EGFR、FOS、ESR1等关键靶点,以及调控流体剪切应力与动脉粥样硬化,HIF-1信号通路、TNF信号通路、VEGF信号通路、ErbB信号通路、Jak-STAT信号通路、NF-κB信号通路等途径发挥抗RIF的作用;尤其HIF-1信号通路、TNF通路、JAK/STAT通路和ErbB信号通路的蛋白和下游蛋白表达常常是其他通路参与RIF的启动因子或其他通路中的关键因子。结论:参地补肾胶囊通过多条通路、多个靶点的综合调控达到抗RIF,治疗CRF的作用;其中HIF-1信号通路、TNF通路、JAK/STAT通路和ErbB信号通路是关键通络。     

基于网络药理学的麻黄-甘草药对治疗小儿哮喘作用机制

目的利用网络药理学技术,探索麻黄-甘草药对治疗小儿哮喘的作用机制。方法基于中药系统药理学技术平台(TCMSP)获取麻黄、甘草的化学成分及其作用靶点,UniProt数据库提取作用靶点的基因名称,通过OMIM数据库获取哮喘相关靶点,将疾病靶点与药物靶点进行交集,筛选得到疾病-药物成分共同靶蛋白。利用Cytoscape软件构建化合物-靶点网络,利用DAVID数据库进行GO和KEGG通路富集分析,通过Cytoscape软件构建"中药活性化合物-关键靶标-主要通路"多维网络关系图。结果筛选出115个活性成分,12个作用于小儿哮喘的蛋白靶点;GO富集(P0.01)提示有24个生物过程条目、3个分子功能条目、3个细胞组分条目,KEGG富集29条通路(P0.01),关键靶点包括TNFRSF1A、TNF、IKBKG、TP53、NFKBIA、IKBKB等,关键通路包括细胞凋亡、NF-κB信号通路、TNF信号通路、小细胞肺癌、脂肪细胞因子信号通路、RIG-I样受体信号通路、T细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路等。结论该研究通过网络药理学初步揭示了麻黄-甘草药对治疗小儿哮喘的多维调控网络,从多角度探索了麻黄-甘草药对治疗小儿哮喘的潜在分子机制及药理作用,为其的临床应用提供了理论依据。     

基于网络大数据研究逍遥散治疗肝纤维化的作用机制

目的通过生物信息大数据对逍遥散治疗肝纤维化的活性成分和分子作用机制进行探讨和研究。方法通过TCMSP数据库和PharmMapper服务器,以口服生物利用度和类药性为限定条件对逍遥散所含化学成分进行筛选并预测作用靶点;并通过CTD、TTD及OMIM等数据库搜集肝纤维化相关靶点,然后进行网络合并获取逍遥散治疗肝纤维化的作用靶标,利用Cytoscape 3.6.1软件构建成分-靶点-通路网络、成分靶点相互作用网络和肝纤维化相关靶点蛋白相互作用网络,通过DAVID在线分析工具和KOBAS 3.0软件对靶标进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路分析。结果虚拟实验预测逍遥散有164个化合物和2492个靶点,通过网络合并最终确定了863个逍遥散治疗肝纤维化的候选靶标,其中对肝纤维化显示主要作用的包括关键靶点ALB、TOP2A、INS、HSP90AA1、EP300等以及主要成分naringenin、uteolin、sorhamnetin、kaempferol、petunidin、Gancaonin主要参与调控Tyrosine metabolism、Cysteine and methionine metabolism等信号通路。结论逍遥散抗肝纤维化的主要活性成分包括naringenin、uteolin、sorhamnetin、kaempferol、petunidin、Gancaonin;其作用机制可能与Tyrosine metabolism、Bladder cancer、Cysteine and methionine metabolism等信号通路关系密切,通过调节RNA转录和DNA复制、细胞增殖与凋亡,释放细胞因子和趋化因子等,从而影响逍遥散抗肝纤维化的作用。     

基于网络药理学与分子对接探讨肝胃百合汤治疗胃食管反流病的作用机制

目的：基于网络药理学与分子对接技术分析肝胃百合汤治疗胃食管反流病(GERD)的作用机制。方法：运用TCMSP数据库获取肝胃百合汤的活性成分及作用靶点,通过OMIM、DisGeNET、DrugBank数据库检索GERD相关靶点,确定肝胃百合汤治疗GERD的潜在靶点。利用Cytoscape软件构建“中药-有效成分-靶点”网络,筛选核心成分及关键靶点。利用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选核心靶点。利用DAVID数据库进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用AutoDock软件将核心成分与关键靶点进行分子对接。结果：肝胃百合汤治疗GERD的核心成分包括槲皮素、山柰酚、木犀草素、汉黄芩素、丹参酮IIA等;重要治疗靶点包括前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)等;信号通路主要涉及细胞增殖、炎症反应、癌症相关等通路。PTGS2可能是肝胃百合汤治疗GERD的重要靶点,分子对接结果显示PTGS2与核心化合物具有较强结合能力。结论：肝胃百合汤可能通过多成分、多靶点、多通路作用于GERD...     

基于网络药理学探讨石榴健胃丸治疗胃肠炎的作用机制＊

目的 利用网络药理学探讨石榴健胃丸治疗胃肠炎的作用靶点及信号通路，阐述其可能的作用机制。方法 利用TCMSP和TCMID数据库，以OB ≥ 30%，DL ≥ 0.18为条件筛选石榴健胃丸中的活性成分和作用靶点。基于GeneCards和DisGeNet数据库获取胃肠炎相关靶点，蛋白质相互作用网络通过String数据库构建。成分-靶点-疾病网络的构建用cytoscape 软件，并将获得的靶点用DAVID数据库进行GO功能富集及KEGG通路分析。结果 从石榴健胃丸中筛选出有效成分96个和366个潜在靶点，其中有44个治疗胃肠炎的关键靶点。KEGG通路分析筛选得到63条信号通路（P < 0.05），GO功能富集分析得到GO条目数133个（P < 0.05）。在药物-成分-靶点-疾病网络中，显示槲皮素、红花醌甙、杨梅素、β-石竹烯、豆蔻明等成分发挥着重要作用。结论 石榴健胃丸治疗胃肠炎疾病的机理可能是通过细胞因子-受体相互作用通路、TNF信号通路和JAK-STAT信号通路等作用于TNF、IL-6、IL-1β-和IL-10等靶点，从而发挥抗炎和免疫调节等作用。     

基于网络药理学探讨消痛汤治疗痛风的作用机制

目的:通过网络药理学方法探讨消痛汤治疗痛风的物质基础和作用机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP数据库)、SwissTarget Prediction数据库和Uniprot数据库获取并筛选消痛汤活性成分及靶点。通过Genecard数据库、OMIM数据库、PharmGkb数据库、TTD数据库、DrugBank数据库收集痛风的相关基因。将所得到的消痛汤的药物靶点与痛风相关靶点进行映射,得到交集基因后,通过Cytoscape 3.8.0软件构建"成分-靶点"网络,通过String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。通过R 4.0.2软件对消痛汤治疗痛风的交集靶点进行基因本体论(GO)与京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:获得药物-疾病交集基因146个。通过拓扑分析和CytoNCA分析筛选出槲皮素、山柰酚、木樨草素等关键活性成分15个,IL1B、IL6、TNF等12个核心基因。通过GO分类富集分析确定了2319个条目,其中涉及生物过程的2 160条,涉及细胞组分的有44条,涉及分子功能的有114条。通过KEGG通路富集分析,找到了112条信号通路。结论:消痛汤中的关键成分可能为槲皮素、山柰酚、木樨草素等活性物质,主要作用于IL1B、IL6、TNF等靶点,并推断可能通过调控IL-17信号通路、TNF信号通路、JAK-STAT信号通路等发挥治疗痛风的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨芩蒿滴鼻剂治疗过敏性鼻炎作用机制

目的基于网络药理学和分子对接探讨芩蒿滴鼻剂治疗过敏性鼻炎的靶点和作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和相关文献检索并筛选出芩蒿滴鼻剂主要活性成分及靶点,通过DrugBank、DisGenet、TTD和PharmGKB数据库获取过敏性鼻炎相关靶点,整合分析获取芩蒿滴鼻剂治疗过敏性鼻炎的靶点,采用STRING工具分析靶点蛋白相互作用关系,通过DAVID6.8数据库进行基因功能及通路富集分析,采用Cytoscape3.7.2软件进行网络可视化,采用AutoDock软件对关键靶点进行分子对接分析。结果共筛选出芩蒿滴鼻剂活性成分83个,预测疾病相关靶点473个,蛋白相互作用网络筛选出核心靶点51个。通路富集分析表明,芩蒿滴鼻剂治疗过敏性鼻炎主要调控HIF-1信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路及NOD样受体信号通路等。关键靶点和重要成分均具有较好的结合性能。结论芩蒿滴鼻剂治疗过敏性鼻炎具有多成分、多靶点、多通路特点,其作用机制主要与炎症、趋化因子介导的信号通路及免疫应答有关。     

麻子仁丸治疗术后肠梗阻的网络药理研究

目的：通过网络药理学预测麻子仁丸治疗术后肠梗阻(POI)作用靶点,探讨其多成分-多靶点-多通路的潜在作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集麻子仁丸中药化学成分,经口服生物利用度(OB)、类药性(DL)筛选得到药物的有效成分,并进行有效成分靶点预测;同时从GeneCards、OMIM、DisGeNet数据库检索POI相关靶点;取交集靶点后,使用Cytoscape 3.7.2软件构建成分-靶点互作网络;利用String数据库绘制靶点蛋白-靶点蛋白相互作用网络;并对核心靶点和核心成分分子对接;最后利用Metascape数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:本研究共收集到POI相关靶点405个,麻子仁丸活性成分140个,涉及治疗POI靶点75个;GO生物过程分析显示,涉及对无机物的反应、对有害物质的反应、药物细胞应答、细胞因子介导的信号传导途径、对脂多糖的反应、对氧化应激的反应、对细菌源分子的反应、激酶活性的正调控、转移酶活性的正调控等。KEGG分析结果显示,涉及PI3K-AKT信号通路、TNF通路、HIF-1通路、IL-17通路、ErbB通路等信号通路。结论：麻子仁丸可通过潜在的多途径、多靶点、多通路改善术后肠梗阻炎症反应、调节肠黏膜免疫及肠道微循环等。     

桂枝茯苓丸“异病同治”甲状腺结节、乳腺结节及子宫肌瘤网络药理学机制研究

目的采用网络药理学及分子对接方法探究桂枝茯苓丸治疗足厥阴肝经疾病甲状腺结节、乳腺结节及子宫肌瘤的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和SwissTargetPrediction数据库检索桂枝茯苓丸组方药物的化学成分并获取靶点,通过GeneCards、OMIM数据库查询疾病相关靶点,获得二者交集靶点基因。采用Cytoscape3.7.2软件构建药物-成分-疾病-靶点网络和蛋白相互作用网络,利用R语言对靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,运用PyMOL软件进行分子对接。结果共筛选出桂枝茯苓丸活性成分116个,对应有效靶点1109个,与3种疾病的交集靶点79个。对交集靶点富集分析发现,桂枝茯苓丸治疗甲状腺结节、乳腺结节及子宫肌瘤的共同关键通路为AGE-RAGE信号通路、MAPK信号通路及PI3K-Akt信号通路。根据KEGG通路富集分析结果确定7个核心靶点(TP53、CCND1、EGFR、SRC、ESR1、VEGFA、GAPDH)。结论桂枝茯苓丸可能通过调控AGE-RAGE信号通路、MAPK信号通路及PI3K-Akt信号通路,作用于TP53、CCND1、EGFR、SRC、ESR1、VEGFA、GAPDH等靶点,发挥活血、化瘀、消癥功效,可为桂枝茯苓丸“异病同治”机制研究提供参考。     

四妙丸对类风湿性关节炎和湿疹“异病同治”作用机制的网络药理学探讨

目的运用网络药理学方法分析四妙丸治疗类风湿性关节炎和湿疹的活性成分、作用靶点及关键通路, 探讨该方“异病同治”的作用机制。方法通过检索中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库并结合文献筛 选四妙丸中的活性成分及其作用靶点;利用OMIM、GeneCards、Drugbank 等数据库收集类风湿性关节炎和湿 疹的疾病相关靶点;活性成分作用靶点与疾病靶点取交集得到四妙丸治疗类风湿性关节炎和湿疹的共同靶点。 通过Cytoscape 3.7.1 软件构建“中药-活性成分-疾病共同靶点”网络;运用STRING 数据库构建共同靶点蛋白 互作（PPI）网络。通过Metascape 和DAVID 数据库对共同靶点分别进行GO 功能富集分析和KEEG 通路富集分 析。结果共筛选出四妙丸治疗类风湿关节炎和湿疹的共同靶点46 个,对应四妙丸中的45 种活性成分。四妙 丸主要通过槲皮素、山柰酚、汉黄芩素、油酸、3β-乙酰氧基苍术酮等活性成分,对TNF、IL6、IL1B、 CCL2、CXCL8 等关键基因进行调控,实现对类风湿关节炎和湿疹的异病同治作用。其作用机制可能与细胞黏 附、白细胞迁移、对脂多糖的反应等生物过程有关,并通过TNF 信号通路、类风湿性关节炎、Toll 样受体信 号通路等相关通路实现。结论四妙丸是通过多成分、多靶点、多种信号通路来发挥治疗类风湿关节炎和湿疹 的作用,与其抗炎及免疫调节作用密切相关。     

基于网络药理学和分子对接的京制咳嗽痰喘丸治疗新冠肺炎机制研究

目的：基于网络药理学和分子对接探讨京制咳嗽痰喘丸治疗新冠肺炎的潜在分子机制。方法：使用TCMATCOV V1.0数据库,获得京制咳嗽痰喘丸中的活性化合物和潜在治疗靶点;通过R语言软件进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析;利用Cytoscape 3.6.1软件构建化合物-靶点网络、重要化合物-靶点-通路网络;使用AutoDock软件进行活性成分和核心靶点的分子对接。结果：京制咳嗽痰喘丸的活性成分主要作用于TNF、IL-10、IL-6、IL-2、CCL2、CCL3、TLR7、LFNG等32个靶点,参与调节细胞因子-细胞因子受体相互作用（Cytokine-cytokine Receptor Interaction）通路、T细胞受体信号通路（T Cell Receptor Signaling Pathway）、IL-17信号通路（IL-17 Signaling Pathway）、C型凝集素受体信号通路（C-type Lectin Receptor Signaling Pathway）、JAK-STAT信号通路（JAK-STAT Signaling Pathway）、Toll样受体信号通路（Toll-like Receptor Signaling Pathway）、Th17细胞分化（Th17 Cell Differentiation）、TNF信号通路（TNF Signaling Pathway）等多条可能与治疗COVID-19有关的信号通路。分子对接结果显示甘草次酸、薄荷烯酮均与关键靶点有较好的自发结合效果。结论：本研究通过网络药理学初步探究了京制咳嗽痰喘丸多成分、多靶点、多通路治疗新冠肺炎的作用机制。