我国特有三个小型猪品系PGC-1基因内含子8、9的多态性分析

目的分析我国特有的三个小型猪品系巴马小型猪、中国农大小型猪、五指山小型猪,过氧化物酶体增殖物激活受体γ协同激活子1基因intron8-exon10序列单核苷酸多态性（SNPs）分布特点,为我国小型猪在糖尿病和代谢性疾病研究中提供基础资料。方法以三个品系小型猪基因组DNA为模板,应用特异性引物进行PCR扩增,扩增产物纯化测序,进行BLAST比对分析。结果在PGC-1基因intron8-exon10这段扩增序列上存在7个单核苷酸多态位点,分别为：1534C→G,1546G→A,1589位插入T,1648C→T,1 653位插入A,1 660位插入G或T,1 830G→A,这些多态位点均位于非编码区,其中,有三个位点发生了单碱基的插入。结论小型猪品种不同多态位点分布有很大差异。     

我国特有三个小型猪品系PGC-1基因外显子8的多态性分析

目的分析我国特有的三个小型猪品系巴马小型猪、中国农大小型猪、五指山小型猪过氧化物酶体增殖物激活受体γ协同激活子1基因第8外显子的单核苷酸多态性（SNPs）分布特点,为我国小型猪在糖尿病和代谢性疾病研究中提供基础资料。方法以三个品系小型猪基因组DNA为模板,应用特异性引物进行PCR扩增,扩增产物纯化测序,进行BLAST比对分析。结果测序结果表明在小型猪PGC-1基因外显子8有5个单核苷酸多态性位点为：Ala354Val（450C→T）,Gly363Gly（478C→T）,     

小型猪胰淀素基因的多态性分析

目的 探讨我国3个特有的小型猪品系,巴马小型猪,五指山小型猪,中国农大小型猪胰淀素(IAP P)基因多态性分布,为我国小型猪在2型糖尿病及代谢性疾病研究中的应用提供基础资料. 方法提取3个品系小型猪血液基因组DNA,针对IAPP基因外显子3～内含子 3的部分序列进行PCR扩增,产物鉴定、测序,统计分析基因多态.结果 在所扩增的片段中共检测出2个SNPs位点,SNPs1:43G→A,位于外显子上,未引起的氨基酸的改变,突变发生在五指山猪(G/A杂合突变为16.7%,A纯合突变为83.3%)和中国农大猪 (G/A杂合突变 60%,A纯合突变为20%两个品系中. SNPs2:214C→T,位于内含子上,发生在五指山猪(T/C杂合突变为16.7%,T纯合突变为83.3%)和中国农大猪(T/C杂合突变为20%,T纯合突变为60%)两个品系中.结论 在IAPP基因外显子3～内含子3的部分扩增序列中发现了2个SNPs位点,在3个品系小型猪中的分布不同.     

三个品系小型猪PPAR-γ基因外显子1的多态性分析

目的 分析三个品系小型猪即巴马小型猪、五指山小型猪,中国农大小型猪过氧化物酶体增殖物激活受体-γ(PPAR-γ)基因外显子1单核苷酸多态性(SNPS)分布特点,为我国小型猪在糖尿病和代谢性疾病的研究中提供基础资料.方法 提取三个品系小型猪血液基因组DNA,以基因组DNA为模板,应用多聚合酶链式反应(PCR)技术在合成的特异性引物引导下扩增,将PCR产物纯化,然后进行测序,再将测序结果 在NCBI中进行BLAST比对分析.结果 在PPAR-γ基因外显子1中存在一个单核苷酸突变,密码子ATG→GTG,这一单核苷酸的突变导致该基因第59位氨基酸由甲硫氨酸(Met)变为缬氨酸(Val).三个品系小型猪PPAR-γ基因多态情况为:广西巴马猪4/6例发生突变,突变率为66.6%,其中2例纯合突变和2例杂合突变:五指山猪6/6例发生突变,突变率为100%,均为纯合突变;中国农大猪4/10例发生突变,突变率为40%,均为杂合突变.结论 PPAR-γ基因突变情况在三个品系小型猪中存在差异,表明小型猪的品种不同多态情况不同.     

西藏小型猪GH基因部分序列的SNP分析

目的：对西藏小型猪GH基因（部分序列）进行SNP分析,筛选体型较小的基因型。方法采用PCR产物直接测序法对108头西藏小型猪GH基因5′端部分片段进行单核苷酸多态性（ SNP）分析。结果通过比对发现GH基因共有5个变异位点,其中T45 C位点的多态信息含量最高。不同基因型生长性状比较的结果显示：在GH基因中T45C突变位点上TC基因型6～8月龄的西藏小型猪的腹围值较小,G84A突变位点上AA基因型3～5月龄的西藏小型猪的体重、体长值较小,G93A突变位点上GG基因型6～8月龄的西藏小型猪的体长、体高值较小。结论在GH基因中T45C、G84A、G93A位点突变的TC、AA、GG基因型可能与体型较小有关。同时发现西藏小型猪在以上位点遗传变异程度大,具有较高的杂合度和遗传多样性,可以为选育工作提供比较丰富的素材。     

大鼠Hrh1基因的编码区单核苷酸多态性研究

目的：对大鼠Hrh1基因编码区进行单核苷酸多态性（SNP）检测及定位。方法：提取健康SD大鼠全血基因组DNA,聚合酶链式反应（PCR）高保真扩增Hrh1基因的编码区（CDS）全长序列,结合DNA测序方法进行cSNP（coding SNP）筛查。结果：在大鼠Hrh1 CDS全长1461bp中,共有4个cSNP位点,分别为：①237位C／T多态;②928位A／G多态;③1041位C／T多态;④1342位A／G多态。其中928位、1342位为非同义cSNP,237位、1041位为同义cSNP。结论：大鼠Hrh1基因编码区内4个cSNP位点中928位A／G多态与1342位A／G多态引起的错义突变,可造成编码氨基酸多肽链一级结构的改变,从而可能影响受体蛋白的特性和功能。大鼠Hrh1 928 cSNP与1342 cSNP可能导致大鼠Hrh1基因遗传多态性,表现出Hrh1受体活性的个体差异。     

我国小型猪品系胰岛素受体底物1基因外显子1的多态性分析

目的 探讨我国特有的三个小型猪品系-中国农大小型猪、五指山小型猪、广西巴马小型猪胰岛素受体底物1基因多态性分布,为这些小型猪在代谢性疾病和2型糖尿病研究中的应用提供基础资料.方法 提取三个品系小型猪血液基因组DNA,针对胰岛素受体底物1基因外显子1的部分序列进行PCR扩增,对产物进行鉴定和测序,分析基因多态性.结果 在所扩增的片段中共检测出2个SNPs,第2 853位,T转换为C;第2 870位,C颠换为G,导致第956位的氨基酸由丙氨酸(A1a)变为甘氨酸(Gly).结论 本实验检测出的两个SNPs均发生在中国农大小型猪中,所检测的五指山小型猪和广西巴马小型猪未发现SNPs,这可能是因为小型猪品系之间存在遗传差异所致.     

中国人腓骨肌萎缩症线粒体融合蛋白2基因突变分析

目的 分析线粒体融合蛋白2(MFN2)基因在中国人腓骨肌萎缩症的突变情况,建立快速、有效和经济的基因诊断方法 .方法 应用变性高效液相色谱(DHPLC)结合DNA直接测序的方法 ,对9个常染色体显性遗传的CMT2先证者和26个散发CMT2病例共35例患者进行MFN2基因编码区17个外显子及其侧翼区的突变检测.结果 在35例腓骨肌萎缩症患者中共检测到3种MFN2基因序列变异:c.281G→A,c.395G→A和c.408A→T,其中c.395G→A(C132T)为首次报道的致病突变,c.281G→A(R94Q)为已知致病热点突变,c.408A→T(V136V)为单核苷酸多态.DHPLC突变检测的敏感性和特异性为100%.结论 首次在国内应用DHPLC结合DNA直接测序对MFN2基因进行突变检测,发现2个致病突变和1个单核苷酸多态.DHPLC结合DNA直接测序法可准确有效地用于大规模MFN2基因突变筛查.     

几个单核苷酸多态在布依族、苗族和汉族个体preproEGF基因中的分布分析

目的比较分析单核苷酸多态在布依族、苗族和汉族个体preproEGF基因第20、21外显子及其内含子中的分布状况。方法 设计合成11条引物分别以布依族、苗族和汉族各个体的基因组DNA为模板进行大片段PCR扩增;DNA测序各PCR扩增产物;以GenBank资料库相应的核酸序列为参照分析比较布依族、苗族、汉族个体和外国人种的单核苷酸多态分布。结果布依、苗和汉族个体基因组样本的PCR扩增均得到一条长约4.5kb的DNA片段,其长度复盖preproEGF基因的第20、21外显子及第20内含子;与汉族个体相比较,布依族个体DNA测序结果显示有两个单核苷酸多态位点存在,一个位于preproEGF基因序列的第84329bp(T/C),另一个位于第83634bp(T/-);而苗族个体则仅存在一段长约20bp的套峰区,其中可见两个明确的套峰,分别位于第84583bp(N)和84597bp(N);与GenBank的DNA序列对比分析发现布依族个体的(T/C)多态位点在资料库中虽已报道见于其它民族群体,但在布依民族则未见报道。结论本研究首次证实了在布依族个体第20内含子区段存在一个单核苷酸多态位点84329bp(T/C);另一个多...     

五指山小型猪PPARγ2基因启动子多态性分析

目的对五指山小型猪PPARγ2基因启动子调控区域多态性进行分析。方法根据猪PPARγ2启动子调控区域2200 bp设计5对引物,对57头封闭群五指山小型猪的多态性进行检测,并用多种生物信息学软件对调控区域的启动子、转录因子结合位点、RNA二级结构、Cp G岛进行预测分析。结果筛选到9个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点,分别是:-1595T/C、-1534G/A、-1262C/A、-1220C/A、-1017A/G、-963A/G、-955G/A、-866A/G、-333G/A。SNPs都没有处在软件识别的启动子区域中,但-333G/A突变位于核心启动子(-656~-23 bp)区域。突变的SNP位点附近转录因子结合位点会发生改变,突变前后RNA二级结构最小自由能发生变化,其结构也发生显著变化。目标序列未找到Cp G岛。结论筛选到的五指山小型猪PPARγ2启动子调控区域SNPs可能对该基因的表达调控产生影响,为进一步研究其功能奠定基础。     

COPD骨骼肌功能障碍与PPARα基因多态性关系研究

目的 探讨过氧化物酶体增殖活化受体α(PPARα)基因的5个突变位点rs45550937(C/G)、rs45552534(A/G)、rs45576140(C/G)、rs45528736(A/G)、rs45576734(A/G)与慢性阻塞性肺疾病(COPD)骨骼肌功能障碍(SMD)患者的关系.方法 采用多聚酶链反应(PCR)测序的方法,对昆明地区128例COPD患者和64例年龄匹配正常对照者的PPARα的上述5个位点进行分析.结果 在正常对照者和COPD患者中PPARα的上述5个位点未发现有突变.结论 PPARα基因上述位点多态性与昆明地区COPD患者SMD无相关性.     

原发性开角型青光眼视神经病变诱导反应蛋白基因突变的研究

目的　研究原发性开角型青光眼 (POAG)散发病例视神经病变诱导反应蛋白 (OPTN)基因突变情况 ,以及OPTN基因突变与开角型青光眼临床表型的关系。方法　应用聚合酶链反应(PCR)扩增 118例原发性开角型青光眼和 15 0例无青光眼对照组全基因组DNA ,用单核苷酸构象多态性 (SSCP)分析OPTN基因编码区域 13个外显子序列和非编码区改变。SSCP异常者进行双向测序。结果　共发现 11个序列的改变 ,其中 6个序列的改变已有报道 (T34T、T4 9T、M 98K、IVS6 5C→T、IVS6 10G→A、和R5 4 5Q) ,5个为新序列改变 (IVS6 9C→T、IVS6 14G→A、IVS7 36G→A、IVS8 5 1T→C和K4 35R)。K4 35R序列的改变在 1例患者中发现 ;IVS6 9C→T和IVS6 14G→A在 1例无青光眼对照组发现。具有IVS6 5C→T序列改变在患者组和对照组比较差异有显著意义 (P <0 0 0 1) ;具有IVS6 10G→A序列改变的患者组和对照组比较差异有显著意义 (P =0 0 1)。结论　推测OPTN基因单核苷酸多态性可能与我国POAG的发病有关。     

小型猪葡萄糖转运子4外显子4a的基因多态性分析

目的 分析我国特有的3个小型猪品系巴马小型猪、中国农大小型猪、五指山小型猪葡萄糖转运子4基因外显子4a的单核苷酸多态性(SNPs)分布特点,为我国小型猪在糖尿病和代谢性疾病研究中提供基础资料.方法 以3个品系小型猪基因组DNA 为模板,应用特异性引物进行PCR扩增,扩增产物纯化测序,进行BLAST比对分析.结果 在小型猪GLUT-4基因外显子4a上有2个SNP位点:SNP1: GCT→GCC(Ala133 Ala),3个品系均发生了变化,均为纯合突变,其突变率为(22/22, 100%).SNP2: GGC→GGT(Gly146 Gly),巴马小型猪突变率为(6/6, 100%),均为纯合突变;五指山小型猪突变率为(6/6, 100%),均为纯合突变;中国农大小型猪突变率为(10/10, 100%),其中包括6例纯合突变(6/10, 60%)和4例杂合突变( 4/10, 40%).结论 SNPs1,在所有测定的小型猪品系中检出,这可能是所测小型猪的共有特征.SNPs2可能是小型猪品系之间的差异.     

中国3种特有小型猪品系脂联素受体1基因外显子5的多态性分析

目的探讨我国三个特有的小型猪品系-中国农大小型猪，五指山小型猪，广西巴马小型猪脂联素受体1基因多态性分布，为这些小型猪在代谢性疾病和2型糖尿病研究中的应用提供基础资料。方法提取三个品系小型猪血液基因组DNA，针对脂联素受体1基因外显子5～内含子5的部分序列进行PCR扩增，对产物进行鉴定和测序，分析基因多态性。结果在所扩增的片段中共检测出5个sNPs——sNP1：G138A，发生在所有的小型猪品系中，并导致第45位的氨基酸由甘氨酸（Gly）转变为谷氨酸（Glu）；SNP2：G185A，所有的纯合突变均发生在五指山小型猪品系中（4／6，66．67％），而所有的杂合突变则发生在中国农大小型猪品系中（3／10，30％）；SNP3：G200A，全部发生在中国农大小型猪品系中，且均为杂合突变（3／10，30％）；SNP4：C295T，发生在广西巴马小型猪品系中的突变既有杂合突变（1／6，16．67％）也有纯合突变（2／6，33．33％），发生在中国农大小型猪品系中的突变全为杂合突变（2／10，20％）；SNP5：T337G，只出现在中国农大小型猪品系中，且为杂合突变（1／10，10％）。结论SNP1，在所有测定的小型猪品系中检出，这可能是所测小型猪共有的特性。SNP2，可能是小型猪品系之间的差异。SNP3和SNP4，可能是小型猪品系之间的差异，也可能是个体的差异。SNP5，可能是个体差异。     

二氢嘧啶脱氢酶基因单核苷酸多态性与结直肠癌患者5-FU化疗毒副作用的关系

目的:探讨二氢嘧啶脱氢酶基因(DPYD)单核苷酸多态性(SNP)与5—氟尿嘧啶(5-FU)化疗毒性反应的相关性,为结直肠癌的个体化治疗提供依据.方法:对60份结直肠癌患者的EDTA抗凝外周血提取基因组DNA后进行实时定量PCR,测定DPYD的14G1A、G2194A、T85C、G1156T和T464A等位点的SNP,并...     

乙型肝炎病毒基因组基本核心启动子变异分析

目的研究慢性乙型肝炎患者感染的HBV基因组中基本核心启动子基因变异状况。方法收集16例慢性乙型肝炎患者的血清标本,抽提血清中HBV DNA,PCR法扩增HBV BCP区基因,PCR产物测序并分析核苷酸序列中的变异位点。结果 12例成功提取DNA,其中2例标本因PCR产物太弱,无法满足测序要求,其他10例测序标本均属于B型,与参考序列AF100309同源性最高;发现HBV BCP共有5个变异点,分别为T1753C、A1762T、G1764A、G1752A和A1775C。结论 HBV BCP变异可能影响HBV前C基因组mRNA转录,是HBV持续感染和肝病变进展的原因之一。     

我国特有三个小型猪品系胰岛素受体底物1基因外显子1的多态性分析

目的探讨我国三个特有的小型猪品系——中国农大小型猪,五指山小型猪,广西巴马小型猪--胰岛素受体底物1基因多态性分布,为这些小型猪在代谢性疾病和2型糖尿病研究中的应用提供基础资料。方法提取三个品系小型猪血液基因组DNA,针对胰岛素受体底物1基因外显子1的部分序列进行PCR扩增,对产物进行鉴定和测序,分析基因多态性。结果在所扩增的片段中共检测出2个SNPs,均发生在中国农大小型猪中,其中第2870位置上的C到G的颠换引起了第956位上的丙氨酸（Ala）转变为甘氨酸（Gly）,     

中国人群中HIV-1辅助受体CCR5基因新突变位点及CCR5-894C缺失基因多态性分析

目的：研究中国人群HIV-1辅助受体CCR5基因编码区新的单核苷酸多态性（SNP）位点;分析CCR5-894C缺失等位基因在中国普通人群和HIV-1高危人群中的分布特点和相关意义。方法：针对CCR5编码区用2对引物进行PCR扩增,设计测序引物对45例汉族人样本进行PCR产物直接测序,用DNAstar分析测序结果,寻找SNP位点。采用错配PCR-RFLP法对中国汉族、蒙族、藏族普通人群,性传播疾病和静脉吸毒高危人群及HIV-1携带者,共627份样品进行了CCR5-894C缺失等位基因分型。结果：在45例汉族人CCR5基因编码区共发现6个SNP位点,4个（184A→G、503G→T、668G→A、99G→T）引起氨基酸改变,两个无义突变;此外还发现1个单碱基缺失（894C缺失）,引起移码突变和提前终止。其中184A→G、503G→T、999G→T三个中国汉族人所特有的SNP位点为首次发现,它们的等位基因频率分别为1.11％,21.1%和10.0％;其中503G→T分布明显不符合Hardy-Weinberg平衡。汉、藏、蒙等民族的普通人群CCR5-894C缺失等位基因频率为1.11％,0.53%和0.在汉族HIV-1性传播、静脉吸毒传播的高危人群中,HIV-1阳性个体和阴性个体间CCR5-89C缺失等位基因频率差异无显著意义,与汉族普通人群比较差异也无显著意义。结论：中国人CCR5基因的SNP位点有自己的特点,共发现4个引起氨基酸改变的SNP位点（其中3个为首次发现）,1个引起移码突变的单碱基缺失。汉族人群中存在CCR5-894C缺失突变,但突变频率很低。这些SNP和缺失突变对于HIV-1感染和艾滋病病程的影响值得进一步研究。     

糖尿病线粒体基因异常的临床预报

对104例糖尿病患者和58例正常无糖尿病家族史对照者,用聚合酶链反应（PCR）扩增3161-3610基因片段直接测序.通过基因突变特点和临床资料分析,mt DNA3316G→A 伴随3290 T→C、3421G→A点突变;3497C→T和3571C→T同时基因突变可能与DM有关.提出用PCR扩增3161-3610基因片段直接测序的糖尿病临床预报方法.     

肠易激综合征5-Ht2A受体基因中-1438G/A和102T/C多态性与5-Ht2A基因多态性的关系

目的:本研究的目的是调查5-Ht2A受体基因中-1438G/A和102T/C的多态性是否与肠易激综合征(IBS)、腹痛以及焦虑和抑郁有关。背景:5-羟色胺(5-HT)代谢相关基因是IBS尚未阐明的可能病因之一。近来,发现了一种5-Ht2A受体基因的静息多态性,其特点是在102位点上发生了T到C的突变。还发现5-Ht2A受体基因的启动子区域,在1438位点发生了G到A的突变。研究:本研究纳入了54例患者和107位健康对照者;病例组经RomeI标准诊断为IBS。应用PCR技术扩增了包含多态性的基因组DNA中含有468个碱基对(G→A)和342个碱基对(T→C)的片段。用医院焦虑和抑…