我国特有三个小型猪品系PPARα基因的多态性分析

目的分析我国特有三个小型猪品系巴马小型猪、五指山小型猪,中国农大小型猪过氧化物酶体增殖物激活受体α（PPARα）基因exon5-intron5这段序列的单核苷酸多态性（SNPs）分布特点,为我国小型猪在糖尿病和代谢性疾病的研究中提供基础资料。方法提取三个品系小型猪血液基因组DNA,以基因组DNA为模板,应用多聚合酶链式反应（PCR）技术在合成的特异性引物引导下扩增,将PCR产物纯化,然后进行测序,再将测序结果在NCBI中进行BLAST比对分析。结果测序结果显示：在PPARα基因exon 5-intron 5中存在12个单核苷酸位点,分别为83G→A,133C→T,134G→T,141C→G,146T→G,150T→G,179C→A,196C→T,205C→T,212C→T,218T→C,219T→C,其中只有83G→A这一单核苷酸突变位点位于编码区内,密码子TCA→TCG,氨基酸为Ser163Ser。结论在三个品系小型猪中PPARα基因多态位点的分布存在差异,表明小型猪的品种不同多态情况不同。     

我国特有三个小型猪品系PGC-1基因内含子8、9的多态性分析

目的分析我国特有的三个小型猪品系巴马小型猪、中国农大小型猪、五指山小型猪,过氧化物酶体增殖物激活受体γ协同激活子1基因intron8-exon10序列单核苷酸多态性（SNPs）分布特点,为我国小型猪在糖尿病和代谢性疾病研究中提供基础资料。方法以三个品系小型猪基因组DNA为模板,应用特异性引物进行PCR扩增,扩增产物纯化测序,进行BLAST比对分析。结果在PGC-1基因intron8-exon10这段扩增序列上存在7个单核苷酸多态位点,分别为：1534C→G,1546G→A,1589位插入T,1648C→T,1 653位插入A,1 660位插入G或T,1 830G→A,这些多态位点均位于非编码区,其中,有三个位点发生了单碱基的插入。结论小型猪品种不同多态位点分布有很大差异。     

我国特有三个小型猪品系胰岛素受体底物1基因外显子1的多态性分析

目的探讨我国三个特有的小型猪品系——中国农大小型猪,五指山小型猪,广西巴马小型猪--胰岛素受体底物1基因多态性分布,为这些小型猪在代谢性疾病和2型糖尿病研究中的应用提供基础资料。方法提取三个品系小型猪血液基因组DNA,针对胰岛素受体底物1基因外显子1的部分序列进行PCR扩增,对产物进行鉴定和测序,分析基因多态性。结果在所扩增的片段中共检测出2个SNPs,均发生在中国农大小型猪中,其中第2870位置上的C到G的颠换引起了第956位上的丙氨酸（Ala）转变为甘氨酸（Gly）,     

我国小型猪品系胰岛素受体底物1基因外显子1的多态性分析

目的 探讨我国特有的三个小型猪品系-中国农大小型猪、五指山小型猪、广西巴马小型猪胰岛素受体底物1基因多态性分布,为这些小型猪在代谢性疾病和2型糖尿病研究中的应用提供基础资料.方法 提取三个品系小型猪血液基因组DNA,针对胰岛素受体底物1基因外显子1的部分序列进行PCR扩增,对产物进行鉴定和测序,分析基因多态性.结果 在所扩增的片段中共检测出2个SNPs,第2 853位,T转换为C;第2 870位,C颠换为G,导致第956位的氨基酸由丙氨酸(A1a)变为甘氨酸(Gly).结论 本实验检测出的两个SNPs均发生在中国农大小型猪中,所检测的五指山小型猪和广西巴马小型猪未发现SNPs,这可能是因为小型猪品系之间存在遗传差异所致.     

小型猪葡萄糖转运子4外显子4a的基因多态性分析

目的 分析我国特有的3个小型猪品系巴马小型猪、中国农大小型猪、五指山小型猪葡萄糖转运子4基因外显子4a的单核苷酸多态性(SNPs)分布特点,为我国小型猪在糖尿病和代谢性疾病研究中提供基础资料.方法 以3个品系小型猪基因组DNA 为模板,应用特异性引物进行PCR扩增,扩增产物纯化测序,进行BLAST比对分析.结果 在小型猪GLUT-4基因外显子4a上有2个SNP位点:SNP1: GCT→GCC(Ala133 Ala),3个品系均发生了变化,均为纯合突变,其突变率为(22/22, 100%).SNP2: GGC→GGT(Gly146 Gly),巴马小型猪突变率为(6/6, 100%),均为纯合突变;五指山小型猪突变率为(6/6, 100%),均为纯合突变;中国农大小型猪突变率为(10/10, 100%),其中包括6例纯合突变(6/10, 60%)和4例杂合突变( 4/10, 40%).结论 SNPs1,在所有测定的小型猪品系中检出,这可能是所测小型猪的共有特征.SNPs2可能是小型猪品系之间的差异.     

小型猪胰淀素基因的多态性分析

目的 探讨我国3个特有的小型猪品系,巴马小型猪,五指山小型猪,中国农大小型猪胰淀素(IAP P)基因多态性分布,为我国小型猪在2型糖尿病及代谢性疾病研究中的应用提供基础资料. 方法提取3个品系小型猪血液基因组DNA,针对IAPP基因外显子3～内含子 3的部分序列进行PCR扩增,产物鉴定、测序,统计分析基因多态.结果 在所扩增的片段中共检测出2个SNPs位点,SNPs1:43G→A,位于外显子上,未引起的氨基酸的改变,突变发生在五指山猪(G/A杂合突变为16.7%,A纯合突变为83.3%)和中国农大猪 (G/A杂合突变 60%,A纯合突变为20%两个品系中. SNPs2:214C→T,位于内含子上,发生在五指山猪(T/C杂合突变为16.7%,T纯合突变为83.3%)和中国农大猪(T/C杂合突变为20%,T纯合突变为60%)两个品系中.结论 在IAPP基因外显子3～内含子3的部分扩增序列中发现了2个SNPs位点,在3个品系小型猪中的分布不同.     

三个品系小型猪PPAR-γ基因外显子1的多态性分析

目的 分析三个品系小型猪即巴马小型猪、五指山小型猪,中国农大小型猪过氧化物酶体增殖物激活受体-γ(PPAR-γ)基因外显子1单核苷酸多态性(SNPS)分布特点,为我国小型猪在糖尿病和代谢性疾病的研究中提供基础资料.方法 提取三个品系小型猪血液基因组DNA,以基因组DNA为模板,应用多聚合酶链式反应(PCR)技术在合成的特异性引物引导下扩增,将PCR产物纯化,然后进行测序,再将测序结果 在NCBI中进行BLAST比对分析.结果 在PPAR-γ基因外显子1中存在一个单核苷酸突变,密码子ATG→GTG,这一单核苷酸的突变导致该基因第59位氨基酸由甲硫氨酸(Met)变为缬氨酸(Val).三个品系小型猪PPAR-γ基因多态情况为:广西巴马猪4/6例发生突变,突变率为66.6%,其中2例纯合突变和2例杂合突变:五指山猪6/6例发生突变,突变率为100%,均为纯合突变;中国农大猪4/10例发生突变,突变率为40%,均为杂合突变.结论 PPAR-γ基因突变情况在三个品系小型猪中存在差异,表明小型猪的品种不同多态情况不同.     

中国3种特有小型猪品系脂联素受体1基因外显子5的多态性分析

目的探讨我国三个特有的小型猪品系-中国农大小型猪，五指山小型猪，广西巴马小型猪脂联素受体1基因多态性分布，为这些小型猪在代谢性疾病和2型糖尿病研究中的应用提供基础资料。方法提取三个品系小型猪血液基因组DNA，针对脂联素受体1基因外显子5～内含子5的部分序列进行PCR扩增，对产物进行鉴定和测序，分析基因多态性。结果在所扩增的片段中共检测出5个sNPs——sNP1：G138A，发生在所有的小型猪品系中，并导致第45位的氨基酸由甘氨酸（Gly）转变为谷氨酸（Glu）；SNP2：G185A，所有的纯合突变均发生在五指山小型猪品系中（4／6，66．67％），而所有的杂合突变则发生在中国农大小型猪品系中（3／10，30％）；SNP3：G200A，全部发生在中国农大小型猪品系中，且均为杂合突变（3／10，30％）；SNP4：C295T，发生在广西巴马小型猪品系中的突变既有杂合突变（1／6，16．67％）也有纯合突变（2／6，33．33％），发生在中国农大小型猪品系中的突变全为杂合突变（2／10，20％）；SNP5：T337G，只出现在中国农大小型猪品系中，且为杂合突变（1／10，10％）。结论SNP1，在所有测定的小型猪品系中检出，这可能是所测小型猪共有的特性。SNP2，可能是小型猪品系之间的差异。SNP3和SNP4，可能是小型猪品系之间的差异，也可能是个体的差异。SNP5，可能是个体差异。     

单纯性家族性热性惊厥与HCN2基因的相关研究

目的研究HCN2基因是否为中国儿童单纯性家族性热性惊厥(FC)的易感基因。方法选择60例北方汉族单纯性家族性热性惊厥患儿,对位于染色体19p13.3区域的HCN2基因的外显子进行PCR扩增,PCR产物纯化后进行测序用以寻找可能的突变。对发现突变的区域,加入101名来自同一地区的正常人作对照。结果3～8外显子均没有发现突变,找到14个单核苷酸多态性位点(SNP),其中8个还没有报道(714T→C、723T→C、858T→C、915C→T、921C→T、963C→T、IVS4+6C→T、IVS5157G→A)。选择9个SNP作为遗传标记,进行相关分析。各SNP的等位基因频率和基因型频率在FC组(60例)和对照组(101名)之间差异无统计学意义。结论HCN2基因可能不是单纯性家族性热性惊厥的易感基因。     

单纯性家族性热性惊厥与日HCN2基因的相关研究

目的研究HCN2基因是否为中国儿童单纯性家族性热性惊厥(FC)的易感基因。方法选择60例北方汉族单纯性家族性热性惊厥患儿，对位于染色体：19p13．3区域的HCN2基因的外显子进行PCR扩增，PCR产物纯化后进行测序用以寻找可能的突变。对发现突变的区域，加入101名来自同一地区的正常人作对照。结果3～8外显子均没有发现突变，找到14个单核苷酸多态性位点(SNP)，其中8个还没有报道(714T→C、723T→C、8581→C、915C→T、921C→T、963C→T、IVS4 6C→T、IVS5-157G→A)。选择9个SNP作为遗传标记，进行相关分析。各SNP的等位基因频率和基因型频率在FC组(60例)和对照组(101名)之间差异无统计学意义。结论HCN2基因可能不是单纯性家族性热性惊厥的易感基因。     

颅内海绵状血管畸形CCM1基因突变的分析

目的探讨颅内海绵状血管畸形（ICM）患者CCM1基因突变的情况。方法收集经手术病理证实的ICM患者25例,均为汉族,其中家族性ICM7例。以30例正常健康人作为对照组。抽取两组对象的静脉血,提取基因组DNA、PCR,扩增CCM1基因8、9、11、12、13、15、16、17、18号外显子及部分两侧相邻的内含子、DNA测序,结果与GenBank比较。结果ICM患者中有11例被检测出7个新的CCM1基因突变,突变率为44％（11／25）。其中错义突变3个：12号外显子,1160A→C（Q387P）、1172C→T（S391F）;13号外显子,1405A→C（N469H）,插入突变2个：8号外显子,704insT（K246stop）;18号外显子,2138insG（T733stop）,内含子突变1个：IVS12-4C→T,同义突变1个：17号外显子,1875C→T（F625F）。除了1875C→T的同义突变可能为基因多态性以外,其他被发现的CCM1基因突变均导致编码KRIT蛋白的变化。对照组的CCM基因未检测出异常。家族性ICM的CCM1基因突变率高于散发性ICM,两者比较差异有统计学意义（P〈0．05）。结论国人ICM患者同样存在CCM1基因的突变,导致编码的KRIT1蛋白功能改变或缺失,这与ICM发病相关,是ICM发病的遗传学基础。     

中国迟发型2型糖尿病患者葡萄糖激酶基因突变研究

目的 :探讨中国迟发型 2型糖尿病患者葡萄糖激酶 ( glucokinase ,GCK)基因的突变情况。方法 :收集了中国汉族 47个迟发型 2型糖尿病 (late onsetType 2diabetes)家系 ,应用多聚酶链反应 单链构像多态性 ( polymerasechainreaction singlestrandconformationpolymorphism ,PCR SSCP)的分析方法 ,对先证者GCK基因 12个外显子进行突变检测。结果 :6 ,9号外显子SSCP电泳时 ,出现异常电泳条带。测序证实在 6号内含子 38bp处发生C→T的单个碱基改变 ,变异基因频率为 35 .1%;9号内含子 8bp处发生C→T的单个碱基改变 ,变异基因频率为5 7.5 %。结论 :发现了中国人两个单核苷酸多态位点 :IVS6%D 38C→T ;IVS9%D 8C→T。GCK基因突变不是中国汉族迟发型 2型糖尿病的主要致病原因。     

SNP与Hbb基因多态性的关联性

目的从单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）水平探索小鼠生化标记基因Hbb多态性的形成机理。方法从DNA、RNA和蛋白多肽3个方面分析研究Hbb基因的多态性。结果基因组DNA中有4个SNP位点与Hbbd/s多态性相关：分别为外显子1中的2个T（G），外显子2中的G（A）和外显子3中的A（G）；RNA水平有4个SNP位点与Hbbd/s多态性相关：分别对应为外显子1中的2个T（G），外显子2中的G（A）和外显子3中的A（G）；蛋白多肽水平第13、20和139位氨基酸残基，即Cys/Gly、Ser/Ala和Thr/Ala间的转换与Hbb/s多态性相关，分别对应于外显子1中的2个T（G）和外显子3中的A（G）。结论第13、20和139位氨基酸残基，即Cys/Gly、Ser/Ala和Thr/Ala间的转换可能是Hbbd/s多态性的形成原因。     

一个遗传性非综合征型耳聋家系的 GJB2基因突变分析

目的：对1个遗传性非综合征型耳聋家系的临床表型特征进行分析,并选取 GJB2基因进行突变检测。方法详细询问病史和临床检查后,提取患者及家系成员的外周血基因组 DNA ,PCR 扩增 GJB2基因的外显子及外显子和内含子的交界区域,然后对扩增产物进行 DNA 测序和 BLAST 比对进行突变分析。结果该家系所有患者为迟发性、渐进性、早期以高频听力下降为主的感觉神经性聋。 GJB2基因突变分析检测到6种单核苷酸多态,其中 c ．79G ＞ A （p ．Val27Ile）和 c ．341G ＞ A （p ． Glu114Gly）为已知单核苷酸多态,而位于3′‐UTR 的 g ．4159T ＞ C 、g ．5142G／T 、g ．5227G／A 、g ．5352T ／C 突变为本研究新发现。结论该家系未发现 GJB2外显子致病性突变,遗传性非综合征型耳聋存在明显的遗传异质性。     

原发性开角型青光眼视神经病变诱导反应蛋白基因突变的研究

目的　研究原发性开角型青光眼 (POAG)散发病例视神经病变诱导反应蛋白 (OPTN)基因突变情况 ,以及OPTN基因突变与开角型青光眼临床表型的关系。方法　应用聚合酶链反应(PCR)扩增 118例原发性开角型青光眼和 15 0例无青光眼对照组全基因组DNA ,用单核苷酸构象多态性 (SSCP)分析OPTN基因编码区域 13个外显子序列和非编码区改变。SSCP异常者进行双向测序。结果　共发现 11个序列的改变 ,其中 6个序列的改变已有报道 (T34T、T4 9T、M 98K、IVS6 5C→T、IVS6 10G→A、和R5 4 5Q) ,5个为新序列改变 (IVS6 9C→T、IVS6 14G→A、IVS7 36G→A、IVS8 5 1T→C和K4 35R)。K4 35R序列的改变在 1例患者中发现 ;IVS6 9C→T和IVS6 14G→A在 1例无青光眼对照组发现。具有IVS6 5C→T序列改变在患者组和对照组比较差异有显著意义 (P <0 0 0 1) ;具有IVS6 10G→A序列改变的患者组和对照组比较差异有显著意义 (P =0 0 1)。结论　推测OPTN基因单核苷酸多态性可能与我国POAG的发病有关。     

T2基因突变致3-酮硫解酶缺乏症

目的：在非糖尿病性酮症酸中毒病例中寻找3-酮硫解酶（3-ketothiolase,3KT）（以下简称T2）基因异常情况,进一步为3KT缺乏症（3-ketothiolase deficiency,3KTD）的诊断提供依据,揭示T2在异亮氨酸代谢过程中的作用,并探讨基因突变导致该疾病的潜在机制。方法：采集先证者及家属外周血,同时采集50例正常儿童外周血为正常对照,提取外周血DNA,用PCR法扩增T2基因全部外显子及其侧翼,对扩增产物进行直接测序,检测突变位点。结果：先证者外显子5第46位C突变为T,该突变导致T2蛋白第127位氨基酸由丙氨酸突变为缬氨酸,先证者父母、哥哥及正常对照组该位点均未见突变;先证者外显子1、内含子5、内含子8发现多个单核苷酸多态性（single-nucleotide polymorphism,SNP）。结论：T2基因外显子5 A127V,可能是3KTD的潜在病因。     

人食管癌组织中DNA聚合酶β基因突变的研究

目的：研究人食管癌组织中DNA聚合酶β（POLB）基因的突变情况。方法：利用逆转录聚合酶链反应（RT－PCR）、单链构象多态性（SSCP）和序列分析对30例人食管癌标本组织中DNA聚合酶β基因进行了检测。利用DNASIS、OMIGA等软件分析测序数据。结果：手术切除浸润癌组30例食管癌标本中有13例POLB发生变异,突变率为43．3％（13／30）;而癌旁对照29例正常,仅1例异常。早期原位癌组14标本中有5例POLB发生变异,突变率为35．7％（5／14）;另外,在1例食管鳞状上皮增生中也发现有POLB变异发生。在7例癌组织中存在相同58bp(177位到234位）的基因片段缺失;共有8种点突变形式：（1）375位A→G（Ile→Val),(2)454位T→C（Phe→Ser),(3)462位G→T（Tlu→终止码）,（4）466位G→A（Gly→Glu）,（5)613位A→T（Lys→Ile),(6)648位G→C（Gly→Arg),(7)660位A→G（Arg→Gly)(8)670位A→G（Glu→Gly)。结论：本研究首次在食管癌中发现POLB基因突变;该酶基因突变可能与食管癌的发生、发展相关。     

西藏小型猪GH基因部分序列的SNP分析

目的：对西藏小型猪GH基因（部分序列）进行SNP分析,筛选体型较小的基因型。方法采用PCR产物直接测序法对108头西藏小型猪GH基因5′端部分片段进行单核苷酸多态性（ SNP）分析。结果通过比对发现GH基因共有5个变异位点,其中T45 C位点的多态信息含量最高。不同基因型生长性状比较的结果显示：在GH基因中T45C突变位点上TC基因型6～8月龄的西藏小型猪的腹围值较小,G84A突变位点上AA基因型3～5月龄的西藏小型猪的体重、体长值较小,G93A突变位点上GG基因型6～8月龄的西藏小型猪的体长、体高值较小。结论在GH基因中T45C、G84A、G93A位点突变的TC、AA、GG基因型可能与体型较小有关。同时发现西藏小型猪在以上位点遗传变异程度大,具有较高的杂合度和遗传多样性,可以为选育工作提供比较丰富的素材。     

μ阿片受体一号外显子SNP多态性与海洛因依赖关联研究

目的探讨西安汉族人群中μ阿片受体基因（OPRM1）一号外显子基因多态性与海洛因依赖关联性。方法采用病例对照研究策略,分别对102名海洛因依赖者（海洛因依赖组）和103名健康对照者（健康对照组）的OPRM1基因一号外显子（exon1）进行测序分析,从测序结果中确定出存在于这一区域中的单核苷酸多态性（SNP）位点,并分析海洛因依赖者OPRM1受体基因一号外显子上的多态性位点与海洛因依赖的相关性。结果共鉴定出两个SNP位点,分别为rs1799971（A118G）和rs6912029（G172T）,单位点关联分析显示两位点在两组之间的分布并不存在显著性差异;单体型分析两位点3种单体型均与海洛因依赖间无关联。结论 OPRM1基因一号外显子区域多态性位点与海洛因依赖无显著相关性。     

MODY2基因在早发家族性2型糖尿病发病中的作用

目的:检测年轻的成人起病型糖尿病2型(MODY2)在中国家族性早发2型糖尿病中的患病率,探讨在MODY2基因中是否存在更常见的其他DNA变异,从而影响中国家族性早发2型糖尿病的遗传易感性.方法: 收集100个早发2型糖尿病家系,用PCR扩增先证者MODY2基因的所有外显子和外显子/内含子拼接区,将PCR产物测序.根据所发现的单核苷酸多态性(SNPs),通过同源引物延伸质谱分析(hME)法对非糖尿病对照人群进行基因分型.结果:在MODY2基因中发现3个DNA变异,外显子4的145密码子ccc→ccg为脯氨酸同义突变(pro145pro),外显子7的233密码子gcc→gcg为丙氨酸同义突变(ala233ala),内含子9的IVS9 8C>T.这三个变异等位基因频率分别为0.5%,0.5%,36%.对内含子IVS9 8C>T多态性的病例对照研究发现,等位基因T在糖尿病组频率显著低于非糖尿病对照组(36% vs 47%,P<0.05),而C等位基因频率高于对照组(64% vs 53%,P<0.05).结论:我们的研究提示MODY2在中国早发家族性2型糖尿病中患病率小于1%,MODY2 基因内含子9(IVS9 8C>T)多态性或附近的基因可能与早发2型糖尿病相关.