下一代测序在肿瘤个体化治疗中的应用

目的探讨下一代测序(NGS)技术应用于肿瘤个体化治疗的可行性。方法选取2016年1月至2017年7月间中山大学肿瘤防治中心收治的20例肿瘤患者的临床样本,采用Illumina Next Seq500平台,利用靶向捕获建库技术,检测20例肿瘤样本中295个与肿瘤发生机制及靶向治疗密切相关的基因,采用传统PCR技术如荧光原位杂交(FISH)、飞行质谱(Sequenom MassARRAY)、一代测序(Sanger)或扩增阻滞突变系统(ARMS-PCR)等技术进行验证。结果 NGS检测技术参数稳定,与传统PCR技术检测结果符合率为100. 0%。结论与传统方法相比,NGS技术在临床应用中可同时检测多个可能的药物靶点,推动精准分子诊断及个体化治疗发展。     

基于高通量测序技术的三叉苦幼苗转录组数据分析

目的获得三叉苦Melicope pteleifolia转录组信息特征。方法以三叉苦幼苗根、茎、叶混合样品为对象,采用二代高通量测序平台Illumina HiSeq~(TM) 2000进行转录组测序并进行系统的生物信息学分析。结果转录组测序分析共获得47 045 040条高质量序列(clean reads),Trinity de novo组装获得67 956条unigenes,平均长度787 nt。BLAST分析显示分别有42 749(61.92%)、31 152(45.84%)、26 563(39.0 9%)、17 481(25.72%)条unigenes在NR、Swiss-port、KOG、KEGG数据库得到注释信息,参与生物过程、细胞组分和分子功能3个GO类别的47个小组,共9807条unigenes注释到130个KEGG代谢通路中,筛选到19条次生代谢通路,KOG功能分类分析获得25个不同的KOG功能类群。预测共有高等植物转录因子56个家族;借助MISA软件发现7 748个SSRs,三碱基重复SSRs数量最丰富,有4 117个,出现频率为53.1%,五碱基重复SSRs相对较少,占2.2%。结论利用高通量测序技术和生物信息分析获得三叉苦转录组信息特征,为后续三叉苦功能基因的挖掘、次生代谢途径解析及其调控机制研究奠定基础。     

基于TCGA数据初步探查肝内胆管癌预后相关基因

目的 分析tCGA数据库中肝内胆管癌（ICC）高通量测序数据，寻找其预后相关基因，构建风险模型，并研究其在ICC组织中表达及作用通路。方法 下载tCGA数据库中33例ICC组织和8例癌旁组织中的RNA-seq表达矩阵数据和患者临床资料信息，利用edgeR软件包进行基因差异表达分析，通过单因素Cox回归分析筛选出预后相关差异基因，对差异基因绘制生存曲线，筛选出具有临床意义的基因，经多因素Cox回归分析并构建风险模型，通过京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析了解预后相关基因的作用通路。结果 通过edgeR分析后得到6 617个差异基因（筛选标准为|log2 Fold Change|＞1，P＜0.05），其中高表达组4 094个，低表达组2 523个。通过功能富集发现，这些基因主要集中在化学物致癌作用、药物代谢-细胞色素P450系统、细胞色素P450对异生物质的代谢影响以及视黄醇代谢通路。经单因素Cox回归、R软件“survival”包生存曲线分析显示，UCN2、CST1、PROS1、SLC35E4、PEMT五个基因对ICC患者预后存在显著性影响。通过多因素Cox回归分析，CST1、PEMT、PROS1构建的风险模型对ICC患者预后具有判断作用。结论 UCN2、CST1、PROS1、SLC35E4、PEMT基因可能成为ICC预后判断指标，为后续临床试验提供数据支持。     

β-纤维蛋白原-455G/A基因多态性与胆囊癌的相关性研

目的 通过检测胆囊癌患者β-纤维蛋白原（Fgβ）-455G/A基因，探讨Fgβ-455G/A基因多态性与胆囊癌的相关性。方法 采集50 例胆囊癌患者（胆囊癌组）和50 例胆囊结石伴慢性胆囊炎患者（胆囊炎组）的静脉血，应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF-MS）方法对Fgβ-455进行基因分型。 结果 Fgβ-455 基因GA杂合型和AA纯合子在胆囊癌中的频率显著高于胆囊炎组，显著增加胆囊癌发生的危险性，OR值（95%CI）分别为2.526（1.052～6.068）和4.306（1.177～15.749）。结论 Fgβ-455G/A位点G/A单个碱基的改变可能在胆囊癌的发病中起着重要的作用。     

基于蛋白质组学技术测定全蝎中β-肌动蛋白的含量

目的:通过蛋白质组学技术手段找到适用于药材全蝎含量测定的目标蛋白质及其特征肽段，用该特征肽段形成定量方法。方法:全蝎粉碎后经PBS缓冲溶液超声提取并过滤后，得到药材的蛋白质提取溶液。上述溶液经胰蛋白酶酶解后通过高分辨质谱进行分析，确定待测的目标蛋白质（β-肌动蛋白）和与之对应的特征肽段（IIAPPER），并进行特征肽段及其同位素内标物（IIA*(13C3，15N)PPER）的合成。用得到特征肽段做对照品，同位素内标物做内标进行含量测定。色谱柱为Waters ACQUITY UPLC HSS T3(2.1 mm×100 mm,1.8 μm)，流动相为0.1%甲酸溶液(V/V)-水和乙腈，梯度洗脱。质谱使用电喷雾离子源（ESI）正离子模式，采用多反应监测模式（MRM）进行信号采集。定量方法为内标法。结果:β-肌动蛋白的特征肽段在0.1~40 nmol/L浓度范围内线性良好，相关系数（r2）在0.999以上。方法检出限为0.04 mg/kg，定量限为0.13 mg/kg。加标回收率在87%～93%，重复性的RSD为5.2%，中间精密度的RSD为4.8%，供试品溶液在4 h内稳定。利用该方法对来自不同产地的37批次全蝎药材中的β-肌动蛋白进行含量测定，结果在4.66～100.26 mg/kg之间。结论:该方法灵敏度高，准确度较好和重复性较稳定，可以为全蝎药材药材的质量控制提供一种有效的手段。     

基于TCGA、THPA、GEO数据库挖掘PTTG1在乳腺癌中的表达及预后意义

目的:通过对癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas，TCGA)、人类蛋白组图谱(The Human Protein Atlas，THPA)和人类肿瘤相关的基因表达汇编(Gene Expression Omnibus，GEO)数据库的数据挖掘，探索垂体肿瘤转化基因1（pituitary tumor-transforming gene 1，PTTG1）在乳腺癌中的表达及预后意义。方法:从TCGA、THPA和GEO数据库提取PTTG1在乳腺癌及正常组织中mRNA和蛋白水平的变化和患者临床病理资料，GEO在线预后分析数据库Kaplan-Meier Plotter(http://kmplot.com)检索PTTG1乳腺癌预后的相关性。结果:在数据库中，PTTG1 mRNA和蛋白水平在乳腺癌队列中表达显著高于正常乳腺组织(P<0.01)；PTTG1 mRNA在不同的分子亚型中表达存在显著差异(P<0.05)；PTTG1 mRNA在ER和PR阳性乳腺癌患者组织中表达显著低于ER和PR阴性乳腺癌患者(P<0.05)；PTTG1 mRNA在进展期乳腺癌患者组织中表达显著高于早期乳腺癌患者(P<0.05)；PTTG1 mRNA随着乳腺癌患者组织学分级程度升高而降低(P<0.05)。PTTG1低表达乳腺癌患者的预后显著好于其高表达患者(P<0.001)；PTTG1高表达的ER和PR阳性、HER-2阴性乳腺癌患者的预后均显著差于其低表达者(P<0.05)。PTTG1高表达乳腺癌样本富集到细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路、细胞周期、自然杀伤细胞介导细胞毒性、Toll样受体信号通路和T细胞受体信号通路等相关基因集。结论:PTTG1 mRNA和蛋白在乳腺癌组织中高表达，PTTG1 mRNA表达与乳腺癌预后相关且在不同分子分型的乳腺癌中具有不同的预后监测意义，可以作为乳腺癌预后判断的标志物。     

基于线粒体COⅠ基因的广西不同地区福寿螺遗传多态性分析

目的 通过对广西不同地区福寿螺的COⅠ基因进行分析,以了解广西福寿螺种群的遗传多态性。方法 从南宁市横县、桂林市全州县和荔浦县、贺州市富川县、百色市田林县和崇左市凭祥县共计6个县区采集福寿螺样本,提取DNA并进行COⅠ基因的PCR扩增及测序。运用MAGE 7.0将本研究获得的单倍型与GenBank中的福寿螺单倍型使用邻接法构建系统进化树,并计算个体间的遗传距离,分析其遗传多样性。结果 COⅠ基因长度为493 bp,从11个样本鉴定出2种单倍型：单倍型1（Haplotype 1）和单倍型2（Haplotype 2）。其中9个样本为Haplotype 1,分别来源于南宁市横县（2个）、贺州市富川县（1个）、桂林市荔浦县（1个）、百色市田林县（2个）、崇左市凭祥县（3个）,该单倍型与小管福寿螺遗传距离最近,为0.047;2个样本为Haplotype 2,分别源自为南宁市横县和桂林市全州,与孤岛福寿螺遗传距离最近,为0.062。根据上述条件所构建的进化树形成了7个分支,分别为P. canaliculata、P. camena、P. insularum、P. paludosa、P. diffusa、P. haustrum、和外群Pilaconica。Haplotype 1与来自美国夏威夷 （GenBank登录号 EU 523129）的P. canaliculata组成一个分支,Haplotype 2与来自巴西（GenBank登录号EF514942）的P. insularum组成一个分支,且置信值均在98%以上。结论 初步判断广西地区存在小管福寿螺与孤岛福寿螺两种类型的福寿螺,其种群内没有发现遗传分化。     

miR-149与肿瘤关系的研究进展

miRNAs是一类长度约为20~25个核苷酸，参与基因调控表达的内源性非编码RNA。miR-149作为miRNAs的重要成员，在多种肿瘤中表达异常，其表达水平与肿瘤细胞增殖、转移、凋亡、耐药、患者的早期诊断及预后密切相关。因此，miR-149有望成为新一类抗肿瘤治疗的靶点。