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1.
目的利用生物信息学方法对小鼠烧伤早期免疫细胞差异基因表达谱进行分析,筛选烧伤早期应对刺激反应相关基因靶
标。方法从GEO数据库中下载GSE7404数据集,通过配对样本t检验和倍比法筛选差异表达基因,利用DAVID数据库进行
GO功能富集分析筛选刺激反应相关差异表达基因,并进行KEGG通路富集分析,同时应用STRING数据库及Cytoscape软件构
建刺激反应相关基因的蛋白互作网络,运用荧光定量PCR技术验证其中部分基因差异表达。结果(1)在烧伤后第1天共有259
个刺激反应相关差异基因被选出,其中上调基因118个,下调基因141个。KEGG通路富集分析显示差异基因主要富集于免疫
相关通路及细胞生长与死亡相关通路;将259个刺激反应相关差异基因通过STRING数据库及Cytoscape软件进行蛋白互作网
络分析,分析显示Lck、Stat1、Myd88、Stat3和Jun基因同时在蛋白互作网络中具有最大互作关系和在子网络中处于中心位置,可
能是潜在的诊断及治疗靶标;(2)实时荧光定量PCR技术检测显示Lck、Stat1、Myd88、Stat3和Jun基因表达情况与分析结果相一
致。结论通过对小鼠烧伤后第1天全血游离白细胞基因芯片分析我们发现Lck、Stat1、Myd88、Stat3和Jun基因在烧伤早期刺
激反应过程中发挥重要的作用。
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2.
目的 探讨缺血性脑卒中(IS)急性期外周血免疫特征和调控免疫反应的潜在机制。方法 从GEO数据库中下载IS患者外周血的芯片测序数据,分析卒中组和对照组间免疫评分和免疫细胞的差异。筛选卒中组和对照组间的差异表达基因,并进行基因功能、通路富集分析。进行基因共表达调控网络分析(WGCNA),以筛选调控免疫特征的潜在分子标志物。结果 与对照组相比,卒中患者的免疫评分显著升高,外周血巨噬细胞的丰度显著增加。基因功能富集分析显示,差异表达基因显著富集于免疫调节相关功能。结论 FBXL13,DCLRE1C,ZIC3和ZNF528基因在卒中患者中的表达水平显著上调,并与免疫评分升高和巨噬细胞增多显著相关,可能成为评估卒中患者免疫特征的重要生物标志物以及潜在的干预靶点。  相似文献   

3.
目的探讨颈动脉不稳定斑块发生的分子机制。方法从ArrayExpress数据库下载基因表达谱数据E-MTAB-2055。该数
据包含24例颈动脉不稳定斑块和24例稳定斑块组织,从中筛选差异基因,并通过富集分析获取与不稳定斑块有关的生物学过
程和通路。同时,通过构建差异表达基因的生物网络来寻找与该疾病高度相关的风险模块,并用荧光定量PCR法检测五对不稳
定斑块和斑块旁标本,验证风险模块中部分基因的差异表达。结果不稳定斑块中发生显著性差异表达变化的基因共有439
个,其中上调基因为232个,下调基因为207个。涉及到的生物学过程和通路大部分与炎症和免疫应答有关。生物网络和模块
分析提示CXCR4、VCL和TYROBP 可能在不稳定斑块发生发展过程中发挥着重要作用。荧光定量PCR结果显示CXCR4和
TYROBP基因表达情况与芯片数据分析结果一致。结论本研究比较完整地揭示了不稳定斑块差异表达谱特征和所涉及的生
物学过程和信号通路,其中TYROBP可能是不稳定斑块发生发展进程中新的致病基因。
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4.
目的确定肾脏移植受者应用霉酚酸酯(MMF)的合理治疗窗浓度。方法选取110例肾移植受者分别于术后1月内、2~3
个月、>4个月应用酶放大免疫分析技术测定口服MMF(分两次服用,间隔12 h)12 h后全血谷浓度(即MPA-C0),并观察受者用
药期间急性排斥反应及药物毒副反应发生情况,对所有受者随访时间均为1年。结果统计资料显示,术后急性排斥反应发生
率为13.64%(15/110),药物毒副反应发生率为32.73%(36/110),其中白细胞减少症12例,MMF相关性腹泻10例,感染10例,肝
功能损害4例。发生急性排斥反应受者予甲基强的松龙冲击治疗后均成功逆转,药物毒副反应受者经治疗和(或)调整MMF剂
量后病情恢复,无死亡病例及移植肾摘除病例。通过ROC曲线计算得出,MPA-C0控制在1.40~2.80 mg/L可较好避免肾移植术
后急性排斥反应并减少受者的药物毒副反应。结论对肾移植术后服用MMF的受者进行MPA-C0监测,对MMF用量进行个体
化调整,有利于预防急性排斥反应和药物毒副反应发生,减少并发症,提高移植肾及受者的存活率。
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5.
目的探讨KIR基因错配对肾移植效果的影响。方法调查111对肾移植供受者的KIR基因和受者术后持续随访>37个月
中急性排斥(AR)以及1、3年人/肾存活率的情况。结果(1)肾移植供、受者中均表达17个KIR基因,其中受者KIR3DS1的频率
显著高于供者组(38.75% vs 24.66%,OR=2.17,χ2=3.94,P<0.05);(2)供受者KIR基因的平均相合率为82.53%;(3)肾移植后AR
组供、受者中KIR2DS1相合率显著高于非AR组(85.00% vs 54.95%,χ2=6.19,P<0.05),供受者KIR基因型为AB型→AB型的比
率显著高于非AR组(33.33% vs 8.00%,P<0.05)。(4)111例受者的1年人/肾存活率为94.59%,3年存活率为82.88%;预后不良组
中供者呈KIR-AB基因型的比例显著高于预后良好组(57.89% vs 29.63%,χ2=8.19,P<0.05),供、受者均为KIR-AB型的比例亦显
著高于预后良好组(36.84% vs 9.78%,χ2=14.87,P<0.05)。结论KIR3DS1可能与尿毒症具有易感关联。供者或受者任何一方
为KIR-AB型可能与增加移植后AR发生率和降低人/肾的1年和3年生存率相关。避免选择KIR-AB型供体将有益于改善肾移
植的近远期效果,这一发现将对活体肾脏捐献的选择具有重要的医学伦理意义。
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6.
摘要:目的探讨肾移植受者术前主要组织相容性复合物I类链相关基因A(MICA)抗体对肾移植术后早期急性排斥反应和移植
肾功能恢复的影响。方法检测2009年~2010年本院197例未使用免疫抑制剂的肾移植受者术前MICA抗体及其特异性,随访
其后接受尸体肾移植手术的139例受者的术后早期急性排斥反应(AR)和移植肾功能。结果197例肾移植受者术前MICA抗体
阳性45例(22.84%)。MICA抗体特异性分析发现有11种抗体,其中出现频率最高的是抗MICA019(占65.7%),出现频率最低
的是抗MICA015(占8.6%)和抗MICA017(占8.6%),高、低频率抗体间的差异具有显著性(χ2=24.48,P<0.01)。45例阳性受者中
单一特异性抗体18 例(占51.4%),多种特异性抗体17 例(占48.6%)。197 例受者中139 例在术后有39 例发生早期AR(占
28.1%);其中,45例术前MICA抗体阳性受者中38例接受移植后有14例发生早期AR(占36.8%);152例术前MICA抗体阴性受
者中有101 例接受移植后有25 例发生了早期AR(占24.8%)。结论中国人群中最常见的MICA抗体中为抗MICA019,推测
MICA019为中国人群中较常见基因是其表现出临床上高频率抗体的原因。
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7.
目的:探讨小鼠烧伤后外周血免疫细胞基因表达差异,并对差异基因行生物信息分析,从分子水平全面探讨烧伤后免疫细胞功能变化情况,为临床治疗提供新靶点。方法在GEO数据库中下载基因芯片数据(GSE7404,小鼠,25%TBSA,3度),经过芯片质量评估后,获取差异基因,分别应用go-function数据集及DAVID Bioinformatics Resources 6.7对差异基因进行基因本体、生物学通路分析,获得差异基因相关功能的功能富集类。结果在烧伤后第1天筛选到1825个差异基因,其中上调基因658个,下调基因1167个。 Gene Ontology分析显示小鼠烧伤后免疫细胞与免疫系统过程、细胞过程、代谢过程、应对刺激反应、生物调节及死亡等功能高度相关。KEGG通路分析显示上调基因主要富集到免疫系统、细胞生长与死亡及代谢相关通路;而下调基因则主要与免疫及代谢通路相关。结论烧伤是一个复杂的病理生理过程,会引起多种基因表达调控的改变。基因芯片表达谱的生物信息学分析可以在转录水平反映免疫细胞在烧伤后的分子生物学过程,有助于全面认识烧伤后免疫细胞功能紊乱的发生机制。  相似文献   

8.
目的:采用生物信息学方法对肝癌和2型糖尿病的共同差异表达基因进行分析,以揭示肝癌与2型糖尿病之间的潜在病理生理联系。方法:从公共数据库(GEO)下载肝癌与2型糖尿病的基因表达阵列数据,通过R软件对数据进行预处理,获得重叠差异表达基因,进一步利用DAVID和STRING数据库对这些差异基因进行基因富集分析并构建蛋白互作网络。使用在线数据库GEPIA进行生存分析。结果:通过差异基因筛选,我们获得328个重叠差异基因,包括176个共同差异基因以及152个独立差异基因。共同差异基因包括78个上调基因,98个下调基因,独立差异基因包含在糖尿病中下调的82个基因以及在肝癌中下调的70个基因。通过基因富集分析发现,共同差异基因主要富集在DNA损伤以及免疫调控、细胞凋亡等功能,独立差异基因的功能主要富集在有机氮化合物代谢,最后通过以共同差异基因为目标构建蛋白互作网络,获得核心节点蛋白。对核心节点蛋白进行生存分析,得到6个生存相关核心基因。结论:本研究通过生物信息学方法筛选同时与肝癌和2型糖尿病相关的8个核心基因,为研究糖尿病相关肝癌提供靶点参考。  相似文献   

9.
摘要:目的筛选慢性髓系白血病急性变相关关键基因,探寻疾病进展机制及潜在的生物标志物。方法应用基因芯片技术筛选
与慢性髓系白血病急变期相关基因,采用生物信息学方法对这些差异表达基因进行基因本体分类,亚细胞定位以及组织选择性
分析,结合转录因子预测和网络谱图构建,找出差异表达基因中的关键分子并进行初步验证。结果得到一组定位于白细胞膜
的基因集,在整个调控网络中,CD40、CCR3、LGALS3、RGS3、CEACAM3及转录因子RAC1、CTNNB1、TP53、NF-kB处于网络
节点位置,可能是疾病进展的关键调控基因,采用RT-PCR方法初步证实CEACAM3、RGS3、CTNNB1和RAC1在急变期患者表
达显著增高。结论CEACAM3、RGS3、CTNNB1和RAC1可能是慢性髓系白血病由慢性期向急变期转变的关键基因和生物标
志物。
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10.
目的 基于生物信息学筛选糖尿病肾病(DKD)核心基因,探究DKD的治疗靶点,讨论其可能的调控机制。方法提取GEO数据库(GSE30528,GSE47183)DKD患者肾小球转录组表达数据矩阵,采用生物信息学方法对差异表达基因(DEGs)进行筛选,鉴定出核心差异基因,对核心差异基因进行基因表达与富集分析(GSEA),预测有效靶点。结果 通过对DKDmRNA表达矩阵的筛选和鉴定,共筛选出5个核心基因,其中C1orf21、NPHS1表达显著下调,CD48、COL1A2、TGFBI表达上调,研究得知,NPHS1、CD48与免疫差异、细胞间交流及细胞表面相互作用等有显著相关性。通过受试者工作特征曲线(ROC)分析、GSEA分析及药物靶点与miRNA预测显示,这些差异基因可能对DKD的治疗具有重要意义。结论 该研究筛选的核心基因与DKD具有显著相关性,有可能作为糖尿病治疗有效标志物,为DKD的治疗与鉴定提供理论依据。  相似文献   

11.
目的寻找肝移植术后长期稳定生存者外周血中有意义的生物学标志物。方法纳入肝移植术后稳定存活患者29例(STA
组),反复排斥反应者10 例(RJ 组),健康对照者17 例(HC 组),利用芯片检测各组PBMCs 中microRNAs 的表达谱,并用
Real-time PCR对差异表达的microRNAs进行验证。结果芯片结果显示STA组对比于RJ组共13个microRNA表达明显下调,
经Real-time PCR验证3个microRNA(miR-106b, miR-18b, miR-340)表达下调。结论肝移植患者外周血miR-106b、miR-18b、
miR-340可作为肝移植术后潜在标志物。
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12.
目的 应用生物信息学技术分析筛选影响宫颈癌预后的关键基因并深度挖掘基因功能.方法 从基因表达汇编(GEO)数据库下载宫颈癌微阵列数据集(GSE6791、GSE39001、GSE55940、GSE63678),合并和批量标准化后筛选差异表达基因(DEG).对DEG进行基因本体(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析及蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络构建,利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库进行生存分析以确定关键基因.对关键基因进行基因功能集富集分析,并且利用基于TCGA数据库的泛癌数据进行深度的功能挖掘,包括基因相关性分析、单因素Cox回归、免疫亚型、肿瘤微环境和肿瘤干性分析.结果 共筛选出336个DEG,其中153个下调、183个上调.PPI网络和生存分析结果显示微小染色体维持蛋白(MCM)2是宫颈癌的潜在生物标志物.基因功能集富集分析提示,MCM2与自噬和MAPK信号通路有关.在泛癌数据中的研究表明,MCM2的表达水平与4种恶性肿瘤(宫颈癌、弥漫大B细胞淋巴瘤、直肠腺癌、葡萄膜黑素瘤)的5年总生存率呈正相关,与7种恶性肿瘤(肾上腺皮质癌、肾嫌色细胞癌、急性髓细胞样白血病、脑低级别胶质瘤、肝细胞肝癌、间皮瘤、肉瘤)的5年总生存率呈负相关(P均<0.05).深度功能挖掘提示,MCM2~10参与肿瘤组织免疫亚型的改变,高表达MCM2~10的肿瘤组织中可能存在较低比例的基质细胞和免疫细胞及较高比例的肿瘤细胞;在多种肿瘤中,MCM2的表达水平与肿瘤细胞的干性特征呈正相关.结论 MCM2在宫颈癌中高表达且与患者预后相关,是宫颈癌的潜在预后标志物.在多种恶性肿瘤中,MCM2参与多种生物过程,可能成为恶性肿瘤治疗干预的新靶点.  相似文献   

13.
目的基于多组全基因组表达谱筛选阳虚人群关键候选基因集和通路,探讨不同阳虚人群与对照组差异基因的异同,提出阳虚与基因表达关系的可能结论。方法查找GEO基因表达数据库及PubMed、Embase、CNKI、万方、维普等中英文文献数据库,筛选出其中存在阳虚人群及其对照组的基因表达谱数据或基因表达谱分析结果。应用R语言和生物信息学方法筛选差异表达基因,并进行GO、KEGG和GSEA富集分析,利用韦恩图展现不同阳虚人群的差异表达基因结果的关系,并分析差异基因、富集结果与阳虚之间的关系。结果共得到2个数据集(GSE87474、GSE56116)和4个基因表达谱分析结果,数据集GSE56116中存在350个差异表达基因,数据集GSE87474中存在138个差异表达基因。4个基因表达谱进行去重与合并后,形成3个差异基因集,分别报道了190个、66个和21个差异表达基因。对差异表达基因结果取交集,未发现重合的基因。对其中差异表达基因相关的基因集和通路取交集分析,寻找到8个共同的基因集和通路。这些通路的功能集中在免疫功能、细胞质囊泡等方面。结论阳虚人群与非阳虚人群的差异基因集和通路主要与能量代谢、细胞质囊泡及免疫调节相关。不同阳虚人群间关键候选基因集和通路存在一定的相似性,但其作用的具体基因存在差异。中医的阳虚概念更可能与一系列基因集和通路存在紧密的联系,而不是单一的基因。  相似文献   

14.
目的研究探讨肝移植术前行肝动脉介入栓塞化疗对于术后患者远期疗效的临床价值。方法采取回顾性分析法,选取我
科2009年11月~2011年11月进行肝移植的肝细胞性肝癌(HCC)患者46例,其中24例术前予以肝动脉介入栓塞化疗(TACE),
22例术前未予以TACE治疗。比较两组患者术后1年的肝功能(ALT和AST水平)、免疫功能(CD3、CD4、CD8、CD4/CD8、NK
细胞、活化T细胞比例)、术后1年和术后2年的累计生存率和无瘤生存率。结果术后1年介入组的肝功能显著优于对照组,P<
0.01,免疫功能显著优于对照组,P<0.05;术后1年介入组和对照组的累计无瘤生存率分别为72%和46%,术后2年介入组和对照
组的累计无瘤生存率分别为57%和33%,P<0.05;术后1年介入组和对照组的累计生存率分别为84%和55%,术后2年介入组和
对照组的累计生存率分别为63%和34%,P<0.05。结论在肝移植前行肝动脉介入栓塞化疗可以显著改善HCC患者术后的肝
功能和免疫功能,提高其无瘤生存率和术后生存率,具有临床应用价值。
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15.
目的: 寻找并分析类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的关键基因,从而更好地理解RA的潜在发病机制。方法: 采用表达谱的综合分析方法鉴定RA滑膜液巨噬细胞中差异表达基因(differential expression genes,DEGs)。利用功能注释、蛋白蛋白相互作用(protein protein interaction,PPI)网络构建以及寻找核心基因,探讨DEGs在RA中的潜在生物学作用。在GSE17755数据集中对鉴定的DEGs在RA外周血中的mRNA表达水平进行验证。结果: 与对照组相比,RA患者滑膜液巨噬细胞中共找出489个DEGs,其中上调基因359个,下调基因130个。DEGs在炎症反应调节、趋化因子受体结合、肿瘤坏死因子信号通路等方面均有较显著的富集。STAT1、CXCL10、FPR2、ITGAM、PPBP、IRF7、CCL5、OASL、OAS3、IRF1是DEGs的PPI网络中的核心基因。在GSE17755数据集中检测除FPR2之外的9个核心基因的mRNA表达情况,结果表明,与正常人相比,RA患者外周血细胞中STAT1、PPBP、OASL的表达水平明显上调,ITGAM、IRF7、CCL5、IRF1有下调的趋势。结论: STAT1与OASL等基因在RA疾病中可能发挥重要作用。  相似文献   

16.
朱云云  林少沂  姚麒  刘婷  余晶波 《现代实用医学》2020,32(2):154-155,200,I0002
目的应用生物信息学法对急性心肌梗死(AMI)患者外周血循环内皮细胞的相关基因进行分析。方法从基因表达综合数据库(GEO)中下载基因芯片数据集GSE66360利用GE02R、DAVID及STRING等分析平台筛选差异表达基因,并进行基因本体(GO)分析、信号通路(KEGG)分析及蛋白-蛋白相互作用网络(PPI)分析,应用Cytoscape软件进行模块分析并筛选核心基因。结果共筛选出2个下调基因和80个上调基因差异表达基因主要富集于免疫应答、炎症反应、碳水化合物类结合、细胞外基质、细胞因子-细胞因子受体相互作用等生物学过程;识别出的9个核心基因中,IL1B、SLC11A1及LILRB2为显著上调的差异基因,CCR2为下调基因。结论AMI时循环内皮细胞出现表达变化的基因功能主要富集在免疫应答、炎症反应、碳水化合物类结合、细胞外基质、细胞因子-细胞因子受体相互作用等生物学过程,其中显著变化的核心基因IL1B、SLC11A1、LILRB2及CCR2可能发挥着重要作用,可能是AMI的预防和治疗的靶点。  相似文献   

17.
目的 基于基因表达汇编(GEO)数据库挖掘肾透明细胞肉瘤(CCSK)的核心基因并分析肿瘤和正常组织间免疫细胞浸润情况,为CCSK的诊疗提供新方向.方法 对GEO数据库中GSE49972及GSE2712数据集进行联合分析,筛选CCSK和正常胚肾组织间的差异表达基因,并对差异表达基因进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析.构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,鉴定CCSK的核心基因,同时对CCSK及正常胚肾组织进行免疫细胞浸润分析.结果 共筛选出740个差异表达基因,GO功能富集分析结果显示这些差异表达基因集中在细胞外结构组织、细胞外胶原基质、细胞黏附分子结合等功能模块.KEGG信号通路分析结果显示差异表达基因参与的主要信号通路富集于PI3K/Akt信号通路、肿瘤转录失调、黏着斑、钙离子信号通路及肿瘤蛋白多糖等.蛋白质-蛋白质相互作用网络分析发现核心模块中密封蛋白家族和钙黏着蛋白家族权重较大.免疫细胞浸润分析发现大多数免疫细胞在CCSK组织中浸润程度低,但CD4 T细胞浸润程度较高.结论 密封蛋白和钙黏着蛋白等相关通路及核心基因在CCSK中发挥重要作用,可作为潜在的治疗靶点.免疫检查点与特定激酶抑制剂的联合应用可能提高对CCSK的免疫治疗效果.  相似文献   

18.
目的 筛选囊性纤维化(CF)特异性相关基因,预测其靶基因,并探讨其作用机制。 方法 从基因表达汇编(GEO)数据库获取CF样本和正常对照样本的高通量芯片数据集GSE71799、GSE24206、GSE98925和GSE69764,并分为CF组和对照组。采用R软件limma包筛选CF组和对照组差异表达基因(DEGs),使用基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)对DEGs进行功能和通路富集分析,使用基因集富集分析(GSEA)获取DEGs显著富集的基因集,采用STRING数据库建立蛋白-蛋白互作(PPI)网络,采用Cytoscape软件可视化并筛选hub基因。 结果 GEO数据库获取并筛选共429个DEGs(|log2(FC)|>1,P<0.05),CF组中显著高表达DEGs 105个,对照组中显著高表达DEGs 324个。GO富集分析,DEGs主要富集于中性粒细胞介导的免疫、趋化因子活动和细胞黏附分子结合等方面;KEGG通路分析,DEGs主要富集于白细胞介素17(IL-17)信号通路(P<0.05)。GSEA分析,DEGs主要富集于信号通路翻译、核糖体RNA(rRNA)处理和线粒体翻译等相关基因集。STRING数据库和Cytoscape软件分析共筛选出基质金属蛋白酶9(MMP9)、C-X-C基序趋化因子配体2(CXCL2)、C-X-C基序趋化因子配体3(CXCL3)等35个hub基因,其中CXCL2和CXCL3 hub基因与DNA甲基化有关联。 结论 hub基因可能是CF中调节中性粒细胞免疫的关键基因,通过中性粒细胞介导的免疫和与免疫密切相关的IL-17信号通路相关基因失调可促进CF发生发展,CXCL2和CXCL3基因可能成为CF的DNA甲基化治疗的生物标志物。  相似文献   

19.
目的研究绝经期前成年女性肾移植前、后的性功能改变。方法42例成年已婚女性、透析治疗超过6个月、肾移植术后肾
功能恢复正常超过6个月的女性肾移植受者纳入研究。统计肾移植前后月经周期情况、检验患者手术前后性激素水平。采用
女性性功能指数(FSFI)量表分别评估术前、术后患者的性功能。结果肾移植前闭经、月经稀发、月经频发及月经正常的患者分
别有18 例(42.9%)、10 例(23.8%)、5 例(11.9%)、9 例(21.4%),移植后分别为7 例(16.7%)、5 例(11.9%)、6 例(14.3%)、24 例
(57.1%)。肾移植后催乳素(PRL)、卵泡刺激素(FSH)及黄体生成素(LH)较肾移植术前明显降低,而雌二醇(E2)和孕酮(P)较术
前升高(P<0.001)。移植前19例(45.2%)、术后36例(85.7%)受者有性生活(P<0.001)。肾移植前、后女性性功能障碍(FSD)的
总发病率分别为90.5%、40.5%(P<0.001)。肾移植前FSFI评分中性欲、性唤起、阴道润滑、性满意度、性高潮及性交痛领域的分
值显著低于肾移植后(P<0.001)。结论肾移植术后肾功能恢复正常后成年女性受者的性功能能够明显改善。
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