2014-2015年江苏省肠道病毒71型基因特征分析

目的：探讨2014-2015年江苏省肠道病毒71型(EV71)分离株的病毒基因特征。 方法：用RD细胞对EV71核酸检测阳性的标本进行病毒分离。选取35株具有代表性的EV71分离株进行VP1区的序列测定和分析。序列结果用DNA Star和MEGA 6.0软件进行分析,并与各型参考株进行比较。 结果：35株EV71分离株VP1区的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为93.3% ～100%和96.6% ～100%,与 EV71的C4a亚型代表株安徽阜阳株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为95.6%～97.9%和在97.9%～100%;在系统进化树上与C4a亚型代表株相聚在一起,并且存在2个进化分支。 结论：2014-2015年江苏省分离的35株EV71毒株均属于C4a亚型;江苏省EV71流行株可能与国内其他省市流行的病毒有着共同的祖先,再各自进化。     

肠道病毒71型检测与VP1基因特征分析

目的 分析肠道病毒71型2011年本地流行株VP1基因特征学特征.方法 收集2011年本地手足口病患者临床标本332份,进行EV71荧光定量RT-PCR鉴定,采用RT-PCR对15株分离到的EV71进行VP1编码区基因扩增,并对扩增产物进行核苷酸序列测序和分析.根据VP1测序结果与国内外报道的各基因型和基因亚型EV71 VP1序列进行同源性和亲缘进化分析.结果 165份标本鉴定为EV71,分离株的VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别是97.5%～99.9%和99.4%～100%.与C4a亚型的核苷酸和氨基酸最高.亲缘进化树显示,本地株全部属于C4基因亚型的C4a进化分支.结论 本地区分离的EV71与近几年国内其他地区EV71分离株亲缘关系很近,有共同进化的趋势,属于C4基因亚型的C4a进化分支,并存在多个传播链.     

宁夏2011年肠道病毒71型VP1区域序列分析

目的 分析2011年宁夏肠道病毒71型分离株VP1的遗传特征.方法 对宁夏40株EV71分离株进行VP1区全长基因序列测定,并对核苷酸序列进行同源性比较及遗传进化分析.结果 2011年宁夏40株分离株与A、B、C型基因型代表株的核苷酸同源性分别为80.9%～82.7%、81.4%～84.8%、87.2%～93.7%,氨基酸同源性分别为94%～95%、96.6%～98%、97.7%～99.7%,与C4a亚型同源性最高;VP1区遗传进化分析表明,这40株同属于C4a亚型.结论 2011年宁夏流行的肠道病毒71型均为C4a亚型,病毒未产生明显的变异,其流行存在多条传播链.     

宁夏2010年肠道病毒71型进化分析

目的分析2010年宁夏回族自治区手足口病(HFMD)患者中肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)分离株基因特征。方法收集宁夏2010年手足口病患者粪便,咽拭子和疱疹液标本,进行病毒分离培养和Real-time RT-PCR检测后,对鉴定为EV71毒株的VP1编码区进行核苷酸序列测定分析。结果共收集各类标本994份,分离获得EV71 225株,对所有EV71毒株的VP1编码区基因进行序列测定,选择其中53株进行序列分析。宁夏分离株与A、B、C型基因型代表株核苷酸同源性分别为80.0%～81.5%、82.4%～84.7%和87.2%～99.1%;氨基酸同源性分别为93.9%～94.3%、96.3%～97.6%和97.6%～100%,与C4a亚型同源性最高为95.6%～99.1%,在系统发生树上,这53株毒株与C4基因型代表株聚为一簇,属于C4亚型中的C4a分支,而且提示至少存在4条病毒传播链。结论 2010年EV71的C4a亚型在宁夏有较广泛的流行,是宁夏流行的绝对优势基因亚型,其流行存在多条传播链。     

肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型分离株的VP1基因特征分析

目的:探讨苏皖地区手足口病(HFMD)患者肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A16型(CA16)分离株的VP1基因特征。方法:采集南京市、马鞍山市2009至2010年HFMD患者临床标本进行病毒分离和RT-PCR鉴定;扩增并测定VP1基因序列;从GenBank中选取EV71和CA16不同基因型参考毒株,利用生物信息学软件进行同源性比对和系统进化树分析。结果:共分离到9株EV71和4株CA16,EV71分离株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为96.5%～99.8%和99%～100%;CA16分离株的核苷酸和氨基酸序列同源性为96.2%～98.5%和99.3%～100%;系统进化树分析显示,9株EV71全部属于C4a基因亚型,而4株CA16则全部属于B1b基因亚型。结论:2009至2010年苏皖地区分离到的EV71和CA16毒株分别属于C4a和B1b基因亚型,与国内其他地区HFMD病原学及分子进化研究结果一致,有望成为疫苗候选株作进一步研究。     

手足口病重症患者的临床表现

目的 探索重症手足口病患者中肠道病毒EV71基因特征.方法 对采集的重症手足口患者标本进行实时荧光定量PCR检测后,阳性标本进行病毒分离培养,选取分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定并构建系统发生树,且进行核苷酸和氨基酸的同源性比较.结果 106例手足口重症患者,实时荧光定量检测结果47例阳性,47例核酸检测阳性标本病毒分离到19株毒株,对15株毒株VP1进行测序后,确定均为C4a亚型,核苷酸和氨基酸同源性比较分别为98.3%~99.7%,99.3%~100%.结论 2010-2011年银川市手足口重症病例EV71株均为C4a亚型,与2008年宁夏报道的流行亚型相一致,提示C4a亚型是近年来宁夏手足口病流行的主要亚型.     

Genetic evolution of entervirus 71 isolated in Ningxia in 2010

目的 分析2010年宁夏回族自治区手足口病(HFMD) 患者中肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)分离株基因特征.方法 收集宁夏2010年手足口病患者粪便,咽拭子和疱疹液标本,进行病毒分离培养和Real-time RT-PCR检测后,对鉴定为EV71毒株的VP1编码区进行核苷酸序列测定分析.结果 共收集各类标本994份,分离获得EV71 225株,对所有EV71毒株的VP1编码区基因进行序列测定,选择其中53株进行序列分析.宁夏分离株与A、B、C型基因型代表株核苷酸同源性分别为80.0%~81.5%、82.4%~84.7%和87.2%~99.1%;氨基酸同源性分别为93.9%~94.3%、96.3%~97.6%和97.6%~100%,与C4a亚型同源性最高为95.6%~99.1%,在系统发生树上,这53株毒株与C4基因型代表株聚为一簇,属于C4亚型中的C4a分支,而且提示至少存在4条病毒传播链.结论 2010年EV71的C4a亚型在宁夏有较广泛的流行,是宁夏流行的绝对优势基因亚型,其流行存在多条传播链.     

漳州市肠道病毒71型分离株的VP1区基因特征分析

目的了解漳州市肠道病毒71型分离株的VP1区基因特征。方法对2010年漳州市的5株肠道病毒71型分离株进行VP1区基因全长序列测定,测序结果利用DNASTAR软件进行核苷酸、氨基酸序列分析和同源性比较,并用Mega4．0软件构建系统发生树。结果5株肠道病毒71型分离株的VP1区核苷酸序列全长均为891bp,且与2008年安徽阜阳流行株Fuyang．Anhui．P．R．C-17．08-2的VP1区核苷酸序列同源性和氨基酸序列同源性最高,分别为98．2％-98．8％和99．7％-100．0％。5株肠道病毒71型分离株间的核苷酸序列同源性为97．2％-99．8％．氨基酸序列同源性为99．3％～100．0％。氨基酸在98位和218位这两个位点发生了特异性变异。VP1区基因遗传进化分析表明,漳州市所有分离株均属于C4基因亚型的C4a进化分支。结论5株肠道病毒71型分离株均属于C4基因亚型的C4a进化分支．与2004年以来的中国大陆EV71病毒流行的基因型完全-致。     

肠道病毒71型河南分离株2株全基因组序列分析

目的:了解2011年河南洛阳和南阳地区流行的肠道病毒71型(EV71)基因特征。方法:分离洛阳和南阳地区EV71病毒各一株,分别进行全基因测序和基因进化分析。结果:EV71/Luoyang2011和EV71/Nanyang2011的VP1区序列在进化树上均属于C4亚型,与国内流行株都具有较高同源性,与2008年广东流行株亲缘关系最近。这2株全基因核苷酸序列同源性为99.3%,氨基酸序列同源性为97.6%,并且氨基酸均没有发生明显改变。结论:EV71/Luoyang2011和EV71/Nanyang2011属于C4亚型,与我省及我国既往流行株相比,未发生大的变异。     

惠州市重症手足口病病原谱及EV71型VP1区基因特征分析

目的分析惠州市手足口病重症病例的病原谱构成,了解惠州市肠道病毒71型分离株的VP1区基因特征,为科学防治手足口病提供科学依据。方法采集300例重症手足口病(HFMD)患者标本,采用实时荧光RT-PCR检测肠道病毒核酸,并对肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A16型(CoxA16)进行分型检测;选择8株EV71分离株进行VP1区基因全长序列测定,测序结果利用DNASTAR软件进行核苷酸、氨基酸序列分析和同源性比较,并用Mega5.0软件构建亲缘性进化树。结果通过实时荧光RT-PCR特异性检测,EV71阳性结果 154份,阳性率为51.33%;CoxA16阳性结果 38份,阳性率为12.67%。测序结果表明,8株EV71之间的VP1基因核苷酸同源性为96.9%~99.2%,氨基酸同源性为99.3%~100%。VP1区基因遗传进化分析表明,8株EV71分离株与C4基因亚型的代表株处于同一分支,均属于C4基因亚型的C4a进化分支。结论惠州市手足口病疫情主要病原EV71病毒均属于C4a基因亚型,与2004年以来的中国大陆EV71病毒流行的基因型一致,未产生明显的抗原漂移及变异。     

柯萨奇病毒A组16型病毒株VP1基因序列测定及进化分析研究

目的　通过检测分析2015年杭州市柯萨奇病毒A组16型（CA16）病毒株VP1区核苷酸序列,掌握杭州市CA16的流行情况及种系进化关系,为手足口病的预防和治疗提供支持,同时为CA16疫苗株的选择提供依据。方法　收集2015年杭州市儿童医院256例临床资料齐全且临床诊断为手足口病患儿的粪便或咽拭子,利用反转录聚合酶链反应（RT-PCR）扩增CA16病毒株VP1区核苷酸序列（约1 020 bp）,测序后利用DNASTAR和Primer Premier 5.0进行序列比对分析,并用Mega 3.1软件建立检测样本VP1区序列与GenBank上CA16参考毒株VP1核苷酸序列的系统发育树。结果　共分离到80株CA16阳性病毒。序列比对分析结果显示,CA16分离株的核苷酸同源性为90.8%～100.0%,氨基酸同源性为99.5%～100.0%。系统发育树分析结果显示,17株CA16全部属于B1基因亚型,并且同时存在B1a和B1b两个进化分支,其中4株属于B1a亚型,13株属于B1b亚型。结论　2015年杭州市CA16病毒株属于B1基因亚型,与国内外某些地区手足口病病原学及分子进化研究结果一致,有望成为疫苗候选株作进一步研究。     

珠海市2013年肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型基因特征

目的分析2013年珠海市手足口病（Hand-foot-mouth disease,HFMD）患者中,肠道病毒71型（EV71）和柯萨奇病毒A组16型（Cox A16）的分子流行病学特征。方法采集珠海市2013年HFMD临床诊断病例粪便标本215份,选取其中Real time RT-PCR检测EV71病毒核酸阳性的18份和Cox A16病毒核酸阳性的8份标本,进行VP4区基因扩增,并进行核苷酸序列和遗传进化关系分析。结果 16份EV71扩增测序成功,与C4a基因亚型代表株具有最高的核苷酸序列同源性（95.2%-99.5%）和氨基酸同源性（91.3%-100%）;5份Cox A16扩增测序成功,有2份与B2a亚型代表株具有最高的核苷酸序列同源性（98.6%-99.0%）和氨基酸同源性（97.1%-98.5%）,3份与B2b亚型代表株具有最高的核苷酸序列同源性（96.6%-97.1%）和氨基酸同源性（100%）。结论 2013年珠海市流行的EV71属于C4a基因亚型,Cox A16为B2a和B2b两种基因亚型。     

大连市肠道病毒71型基因特征分析

目的 了解大连市手足口病病原体肠道病毒71型(EV71)的VP1区段的基因特征.方法 用RT-PCR方法从手足口病患者临床标本中扩增EV71的VP1基因全序列,利用软件进行同源性分析和构建系统发生树.结果 测序获得的9株病毒基因与C4亚型代表株具有较高的核苷酸和氨基酸序列同源性.在系统进化树上,9株病毒基因与C4基因亚型代表株处于同一分支.结论 大连市EV71病毒株属C4亚型.     

手足口病和腹泻病患儿肠道病毒71型的基因型检测和分析

目的检测和分析手足口病和腹泻病患儿肠道EV71和基因分型.方法收集2007和2008年10～12月30名腹泻患儿和2009年4～6月40名手足口病患儿的粪便标本,同时收集手足口病患儿的临床资料.用试剂盒提取粪便标本病毒RNA,用PCR荧光探针法对上述标本进行EV71的检测;对EV71阳性的标本进行VP1基因节段的RT-PCR,选EV71感染重症和轻症各3份的阳性标本扩增产物纯化后进行核苷酸序列测定和分析,结果与GenBank中的EV71参考毒株进行比较,并依据VP1片段构建种系发生树;应用SPSS13.0软件进行对比统计分析.结果 （1）EV71的感染：40例手足口病患儿的粪便标本,27例EV71阳性,阳性率为67.5%.30例腹泻患儿的粪便标本中,1例EV71阳性,阳性率为3.3%.40例手足口病的患儿中：轻症23例,EV71阳性率52.17%（12/23）;重症17例,EV71阳性率88.24%（15/17）,两者的差异具有统计学意义（P〈0.05）.（2）EV71的基因分型：本次EV71均为C基因型,与中国大陆流行的基因型基本一致.与A、B基因型参考毒株的核苷酸同源性分别为39.7%～41.3%和83.3%～84.9%;而与C基因型中的C4亚株代表株的核苷酸同源性高达90.5%～96.4%;在种系进化树上证实本次分离到的EV71毒株属于C4亚型.（3）EV71核苷酸同源性的区域性：本次分析的6毒株其核苷酸同源性达92.6%～100%,与2008年昆明的3株参考株比较,核苷酸同源性为92.6%～99.2%.与2008年安徽、深圳、山东、武汉和北京等省份的分离毒株比较,核苷酸同源性为91.8%～99.2%;与匈牙利、澳大利亚、日本、马来西亚、新加坡等地流行时的毒株比较,核苷酸同源性为80%～86.5%;与2008年广州、浙江和2009年上海的分离毒株比较,核苷酸同源性为45.1%～45.9%.结论 EV71是昆明2009年手足口病的主要病原之一.秋冬季腹泻患儿存在EV71的感染,但感染率低.本次的EV71感染均为C基因型,属C4亚型,其核苷酸同源性与国内外流行时的毒株各有不同.     

中国大陆EV71病毒分离株的分子流行病学研究

目的 了解1987-2010年中国大陆肠道病毒71型(EV71)分离株的分子流行病学特点及其种系进化、基因分型和遗传变异性.方法 从GenBank/NCBI上获得中国大陆来源的具有完整VP1或近似完整VP1基因的核苷酸序列信息的413株EV71毒株进行分析,采用MEGA 5.0软件,构建系统进化树,计算相同或不同基因型及基因亚型毒株的核苷酸与氨基酸的相似性.结果 1987-2010年,中国大陆20个省、市或地区均分离到具有完整VP1序列的毒株,且2008年以来数量陡增;中国大陆流行的主要是C型,只有2008年安徽和2009年湖北发现了A型;各基因型在43、58、142、164、167、184、240、249、292等氨基酸位点发生了特异性变异;从健康人体内分离的HQ129932毒株与其他序列比较,氨基酸无特异性变异.结论 C型株可能具有更强的传染力;氨基酸位点变异对于EV71病毒进化有重要意义;VP1基因与疾病的严重程度无明显关联;应加强C4a亚型疫苗候选疫苗株对其他基因型毒株的交叉保护作用研究.     

广州地区儿童肠道病毒71 型分离与鉴定

目的 调查广州地区2004年度EV71感染的流行病学特征.方法 采集可疑为肠道病毒感染患者粪便、疱疹液、咽拭子和脑脊液标本,进行病毒分离和逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)特异性扩增进行鉴定,随机选取其中4株EV71分离毒株,对其VPI区进行核苷酸序列测定,并参考EV71各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析.结果 全年EV71病毒检出率3.09%(13/421),主要集中在该年度4月份,13株均来自手足口病患者.4株EV71病毒株之间同源性高达97.5%～99.6%;与A、B基凼型代表株比较,同源性在83.2～84.7%,83.4%～84.7%之间,差异大于15.3%;与EV71病毒C基因型代表株比较,同源性在89.3%～95.1%,较为接近,差异小于12%;与国内以往分离到的Il株CA亚型毒株的核苷酸同源性可达91.9%-97.5%.结论 广州地区2004年度EV71感染的检出率较低,以手足口病的方式.未见其它的并发症,基因型属C4亚型,与近年我国大陆地区流行的EV71株在进化上可能属于同一基因.     

江苏省2012年柯萨奇病毒A组16型基因特征分析

目的:了解江苏省2012年柯萨奇病毒A组16型(CA16)分离株VP1区基因特征?方法:选取江苏省2012年14株CA16病毒分离株,用1对特异性引物进行VP1区核苷酸序列扩增,对扩增产物进行测序,利用生物信息学软件对序列进行分析,结果与CA16参考株序列进行同源性比较并构建基因进化树?结果:14株CA16分离株VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为90.5%~100.0%和98.7%~100.0%,与CA16国际标准株G10的核苷酸和氨基酸同源性分别为75.5%~76.7%和91.6%~92.3%?江苏省2012年的CA16分离株全部属于B1基因亚型,同时包含B1a 和B1b 两条进化分支?结论:江苏省2012年有CA16病毒的B1a与B1b两种进化分支共同存在与循环,且呈现以B1b基因亚型为优势型别?B1a基因亚型为辅助型别的传播模式;无论是优势型别还是辅助型别,均各自呈现密切的亲缘关系?     

河南省2010年柯萨奇病毒A组16型VP1区基因特征分析

目的了解河南省2010年柯萨奇病毒A组16型(CA16)流行株VP1区基因特征。方法对河南省2010年手足口病(HFMD)粪便和咽拭子样品中分离到的10株CA16病毒,采用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法进行VP1编码区基因扩增,对扩增产物进行测序,利用生物信息学软件对序列分析,与已报道的CA16标准株序列构建基因亲缘关系树。结果 10株CA16毒株,其VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为90.9%~100.0%,99.3%~100.0%,与国际CA16标准株G10在VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为67.0%~69.0%,72.0%~74.0%。亲缘进化树显示全部CA16株可分为A和B两个基因型,B基因型又可分为B1和B2两个基因亚型。河南省分离的CA16毒株全部属于B1基因亚型,同时包含B1a和B1b两条进化分支在河南省共同流行。结论河南省手足口病感染CA16病毒的流行株属B1基因亚型,有B1a和B1b两个进化分支共同进化和循环。     

1株肠道病毒71型毒株的分离与鉴定

目的 探讨手足口病病原体肠道病毒71型(EV71)的分离与鉴定方法。方法 采集手足口病疑似病例的咽拭子标本1份接种于人横纹肌肉瘤细胞(rhabdomyosarcoma cell, RD细胞),通过观察病毒的细胞病变效应(cytopathic effect, CPE)来分析EV71的分离效果。分别利用荧光定量聚合酶链反应(RT-PCR)及免疫印迹分析(Western Blotting)方法来鉴定EV71病毒特异性核酸和蛋白。扩增EV71VP1区全长基因,对其序列进行同源性比较及遗传进化分析。结果 手足口病疑似病例咽拭子标本接种RD细胞传代至第2代后出现CPE。RT-PCR和Western Blotting检测结果均显示,感染组RD细胞中有EV71病毒特异性条带,暂命名为EV71分离株2016SHYP001。序列分析结果显示,2016SHYP001株病毒的VP1区核苷酸与C型代表株的同源性较高,为93.1%~98.3%;其中与C4a亚型代表株的同源性最高,为98.3%。进化树分析发现本地流行株与深圳地区流行株的亲缘较近。结论 成功分离出一株新的EV71病毒株2016SHYP001,其株型为C4a亚型。     

河南省柯萨奇病毒A组16型VP4基因特征分析

目的分析河南省手足口病标本分离柯萨奇病毒A组16型(coxsachievirus A 16,CVA16)VP4的基因特征,并比较VP4与VP1遗传进化分析的差异。方法对分离自河南省手足口病(hand-foot-mouth disease,HFMD)患儿的8株CVA16,采用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法进行VP4区域扩增并对扩增产物进行测序,用分子生物学软件ATGC进行序列拼接,Bioedit比对剪齐,用MEGA 4.0软件进行同源性分析,并与已报道的CVA16标准株序列构建基因进化树。结果河南省8株毒株VP4核苷酸同源性为91.3%~98.1%、氨基酸同源性为100.0%,与国际原型株CA16/G10/RSA/1951(A型)比对,VP4核苷酸同源性为79.7%~82.6%,氨基酸同源性为100.0%;与B1a、B1b和B2型代表株核苷酸同源性分别为92.3%~95.7%、92.8%~98.6%、88.9%~91.8%,氨基酸同源性均为100.0%。河南省分离的CVA16毒株均属于B1亚型,有B1a和B1b两个进化支共同存在和循环,但VP4与VP1的进化树分型不完全一致。结论 VP4基因不能作为CVA16病毒基因亚型分型的依据。