基于分子对接技术探讨蒙药述达格-4的抗胃炎作用机制

目的对蒙药复方述达格-4中化学成分和胃炎相关靶标进行分子对接研究,探索其化学成分与相关靶标的相互作用。方法基于前期网络药理学的研究,筛选出与疾病(胃炎)相关的28个化合物和7个胃炎相关靶标,分别对接。判断各自结合自由能的大小,并分析受体与配体的相互作用。结果述达格-4中筛选出的具有抗胃炎相关活性的化合物与环氧合酶-2(COX-2)结合自由能均较低,具有较高的结合活性。豆甾醇、齐墩果酸、谷甾醇、异土木香内酯、木香烃内酯、高良姜三甲醚、槲皮素、土木香内酯、鼠李素、去氢木香烃内酯、高良姜素、山奈酚、山奈素、姜黄素等与COX-2等靶标具有较低的靶标结合自由能。结论通过对述达格-4中化学成分与胃炎相关靶标的分子对接研究,为进一步阐明述达格-4治疗胃炎的物质基础研究提供依据。     

基于网络药理学和分子对接法研究六堡茶干预COVID-19的活性成分

采用网络药理学和分子对接法探究六堡茶干预COVID-19的物质基础和作用机制。通过文献与中药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）等数据库,检索得到六堡茶的化学成分并对其进行筛选得到六堡茶活性成分及对应靶标,并将对应靶标导入Uniprot数据库中进行基因名的校正,运用Cytoscape 3.7.1软件构建“六堡茶－成分－靶标”网络。通过GeneCards数据库对COVID-19疾病靶点进行预测。将六堡茶与疾病的靶标进行映射,采用STRING数据库分析靶标蛋白的互作关系,从中筛选出核心靶标并运用DAVID等数据库对核心靶标进行GO（gene ontology）富集分析和KEGG （kyoto encyclopedia of genes and genomes）通路富集分析。最后将筛选出来的活性成分与受体蛋白SARS-CoV-2 3CL水解酶（M^pro）进行分子对接。筛选得到6种六堡茶活性成分,分别是（+）-儿茶素、（-）-表没食子儿茶素没食子酸酯（EGCG）、α-菠甾醇、（-）-儿茶素没食子酸酯、角鲨烯和氯化天竺葵素,对应作用靶标156个。其中与COVID-19的共同靶标112个,核心靶标38个。GO富集分析 （P < 0.01）主要涉及脂多糖、细胞对缺氧的反应等。KEGG通路富集分析得到六堡茶干预COVID-19相关的HIF-1、IL-17、T细胞受体等信号通路。分子对接结果显示六堡茶中的6种主要化学成分可分别与受体蛋白M^pro结合较好,且结合能与现有报道推荐的临床使用化学药相近。六堡茶中的核心化学成分（+）-儿茶素、（-）-表没食子儿茶素没食子酸酯、α-菠甾醇、（-）-儿茶素没食子酸酯、角鲨烯、氯化天竺葵素与M^pro结合并通过MAPK1、TNF等炎症和免疫相关的靶标介导HIF-1、IL-17、T细胞受体等信号通路发挥干预COVID-19的功效。实验进一步对结合能较低的EGCG进行了M^pro的活力测定,发现IC₅₀为3.4 μmol/L,证实EGCG对M^pro有一定的抑制效果。     

基于计算机虚拟筛选技术的芹菜素靶标的预测

目的：利用计算机虚拟筛选技术对芹菜素的潜在靶标进行预测。方法采用PharmMapper网络服务器进行初步预测,利用PyRx0．8中的Autodock Vina模块进行分子对接,并结合文献挖掘进行验证,利用Discovery Studio 3．5对靶蛋白‐小分子复合物的相互作用模式进行分析。结果 PharmMapper筛选显示芹菜素与胰岛素受体、17β‐雌二醇脱氢酶1、组织蛋白酶K的结合较好;结合文献挖掘结果,发现胰岛素受体有相关实验研究,而其他2种则少见报道;利用分子对接技术分析芹菜素与靶蛋白核心氨基酸具有氢键、范德华力、静电作用力等相互作用。结论芹菜素的潜在靶标最有可能是胰岛素受体,而17β‐雌二醇脱氢酶1和组织蛋白酶K也存在可能性。     

文冠木活性成分抗衰老作用机制的网络药理学研究

目的：利用网络药理学和分子对接技术研究文冠木活性成分的抗衰老机制。方法：基于TCMSP数据库及文献报道获取文冠木主要化学成分,将口服生物利用度（OB）、类药性（DL）设定为筛选参数,寻找活性成分,并通过Swiss Target Prediction数据库进行靶标预测;从TTD、GAD、PharmGkb数据库收集抗衰老的靶标;将活性成分靶标与抗衰老靶标取交集,在STRING数据库中将该交集绘制蛋白互作PPI网络,得到核心靶标;对核心靶标进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;使用Cytoscape 构建“中药-活性成分-靶标-疾病-通路”网络得到核心成分,并对核心成分与核心靶标的结合模式进行分子对接验证。结果：获取金圣草黄素、槲皮素、山奈酚等29个化合物为文冠木抗衰老主要活性成分;筛选到AKT1、TNF、EGFR等30个基因为文冠木抗衰老的核心靶标。核心靶标主要涉及化学反应、离子束缚、胞质部分的活动等生物过程,通过参与PI3K-Akt 信号通路,脂质和动脉粥样硬化,癌症蛋白聚糖,丝裂原活化蛋白激酶信号通路,表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂抗性等来发挥抗衰老的作用。分子对接结果显示,排名前三的化合物与核心靶标AKT1、TNF、EGFR均能自由结合。结论：本研究证实文冠木的活性成分可通过多靶标、多通路发挥抗衰老作用,为未来深入研究文冠木在抗衰老和化妆品领域的作用提供科学依据。     

基于网络药理学与分子对接法探讨薛氏五叶芦根汤代茶饮防控新型冠状病毒肺炎的作用机理

目的探讨薛氏五叶芦根汤防控新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)的网络作用机制及可行性。方法在中药系统药理学数据库及分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology,TCMSP)检索下载薛氏五叶芦根汤所有中药的活性成分、作用靶标及分子结构;利用Cytoscape软件构建成分-靶标网络;将作用靶标导入STRING平台进行蛋白互作分析;借助R软件对靶标进行基因本体(Gene Ontology,GO)、KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)信号通路分析;在RCSB PDB(RCSBProtein Data Bank)数据库中检索获取COVID-19相关靶标的晶体结构,借助AutoDockTool、Vina软件,将受体与配体进行预处理及分子对接。结果筛选获得中药活性成分57种,作用靶标286个;通过构建成分-靶标网络获得4个核心网络;通过GO富集获得P≤0.05的生物学过程189条,主要涉及肾上腺素能受体活性、G蛋白偶联胺受体活性、核受体活性等;通过KEGG富集获得P≤0.05的信号通路100条,主要涉及糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物及其受体(AGE-RAGE)信号通路、乙型肝炎、白介素-17(Interleukin,IL-17)信号通路、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、人巨细胞病毒感染、流体剪切应力与动脉粥样硬化、肿瘤坏死因子信号途径等;分子对接结果显示所含活性成分与COVID-19相关靶标的结合能均P-5kcaL/mol(20.9kj/mol)。结论薛氏五叶芦根汤代茶饮的多种活性成分可通过与COVID-19的相关靶标结合,通过多种生物学途径对COVID-19发挥调控作用。     

姜黄素烟酸酯对辐射诱导的巨噬细胞IL-1β、IL-18表达的影响*

目的 研究姜黄素烟酸酯对巨噬细胞受射线照射产生的炎症因子白细胞介素-1β（IL-1β）、白细胞介素-18（IL-18）的影响。方法 将巨噬细胞分为空白对照组、单纯照射组及不同浓度姜黄素烟酸酯组（1.0、3.0和9.0?μmol/L）,应用Western blotting检测IL-1β、IL-18的表达。结果 1.0、3.0和9.0?μmol/L的姜黄素烟酸酯组与单纯照射组比较,差异有统计学意义（P?<0.05）,各浓度姜黄素烟酸酯组IL-1β、IL-18的蛋白表达量较单纯照射组下降;单纯照射组IL-1β、IL-18的蛋白表达量较对照组升高（P?<0.05）。结论 姜黄素烟酸酯可抑制辐射诱导巨噬细内炎症因子IL-1β、IL-18的产生。     

菝葜中抗炎活性成分的虚拟筛选

目的利用分子对接技术对菝葜中抗炎活性成分进行虚拟筛选,通过计算机模拟方式寻找最有合成价值的分子化合物。方法选取中药菝葜中18个化学成分作为配体,11个与炎症密切相关的靶标作为受体,包括腺苷酸活化蛋白激酶、过氧化物酶体增长物激活体、丝裂原活化蛋白激酶、磷酸二酯酶抑制剂、环氧合酶1、环氧合酶2、脂氧合酶、基质金属蛋白酶、诱导型一氧化氮合酶、磷脂酶A2、巨噬细胞移动抑制因子,将二者进行分子对接。结果从18个菝葜所含化合物分子与11个炎症相关靶标的分子对接中筛选出6个分子作为候选化合物,分别是:花旗松素、山奈酚-7-O--D-葡萄糖苷、槲皮素3-O--L-鼠李糖苷、白藜芦醇、薯蓣皂苷和菝葜皂苷元。选择其中的花旗松素进行验证实验,取得了很好表现。结论本方法对辅助发现菝葜中抗炎活性成分起到了积极推动作用。     

基于分子对接及网络药理学方法研究附子理中汤治疗晚期胃癌的作用机制

目的:基于分子对接与网络药理学的方法,探讨附子理中汤治疗晚期胃癌的作用机制。方法:第一,通过TCMSP数据库、Drug Bank数据库和Pharm Mapper平台对附子理中汤所含化学活性成分进行筛选并获取其作用靶点,再利用GAD数据库、OMIM数据库、CTD数据库获得胃癌的相关靶点;第二,利用Draw Ven Diagram平台制作韦恩图,获得两者的交集靶点蛋白,通过Cytoscape3.5.1软件构建出蛋白互作图;第三,通过DAVID分析工具和KOBAS3.0软件对搜集到的靶点蛋白从生物过程(biological process,BP)、分子功能(molecular function,MF)和细胞组分(cellular component,CC)三方面进行基因本体功能富集分析和KEGG通路分析;第四,利用PDB数据库、Systems Dock Web Site数据库集进行受体-配体的分子对接,并分析docking scores,验证附子理中汤治疗晚期胃癌的临床疗效。结果:从TCMSP数据库筛选出附子理中汤的147种化学成分,预测到4 791个靶点,通过CTD、OMIM筛选出28 006个与胃癌相关的靶点,韦恩图显示346个潜在靶标。结论:附子理中汤可能通过细胞基质黏附、端粒酶活性的阳性调节、脂肪酸生物合成等生物过程而发挥作用,其主要作用机制可能涉及2-Oxocarboxylicacid metabolism(2-氧羧酸代谢)信号通路和Propanoate metabolism(丙酸盐代谢)信号通路等分子通路等,分子对接结果表明STAT3对接分数最高,说明与附子理中汤有较好的结合性。     

分子对接虚拟筛选蟾毒灵结合蛋白

目的 预测抗肿瘤活性成分蟾毒灵的结合蛋白.方法 采用分子对接方法 搜索结合蛋白,部分高分值靶标进行单独分子对接确证,并与已报道药理活性进行比较.结果 计算机搜索13个蛋白与蟾毒灵发生分子对接,验证分析显示二氢叶酸还原酶、PARP具有较高可信度.结论 二氢叶酸还原酶、PARP可能是蟾毒灵发挥抗肿瘤、抗炎活性的2个结合蛋白.     

解毒活血方治疗冠心病的网络药理学机制研究

【目的】基于网络药理学技术探讨解毒活血方治疗冠心病的作用机制。【方法】以化合物生物利用度(OB)30%且类药性(DL)0.18为标准,通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选解毒活血方中的活性成分及其对应靶标,从GeneCards和在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库获取冠心病相关靶标,利用韦恩(Venn)图获得疾病与药物共同作用靶标。借助Cytoscape3.7.2软件构建活性成分-共同作用靶标网络。结合STRING数据库构建共同靶标蛋白互相作用网络,选取邻接节点数量排名前30位的靶标。利用生物学信息学软件(Bioconductor),通过R语言对共同靶标进行基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,结合文献研究筛选出解毒活血方治疗冠心病的关键信号通路。【结果】从解毒活血方中共筛选出143个活性成分及220个对应靶标,从GeneCards和OMIM数据库中筛选出冠心病相关靶标10 717个,药物与疾病共同靶标204个。靶标蛋白互作网络中邻接节点数量排名前30位的靶标包括STAT3、JUN、AKT1、MAPK1、APP等。经GO和KEGG分析,解毒活血方治疗冠心病主要参与细胞因子受体结合、细胞因子活性、四吡咯结合、血红素结合、核受体的活性、G蛋白偶联胺受体活性、氧化还原酶活性、抗氧化活性、类固醇激素受体活性、类固醇结合、肾上腺素能受体活性、儿茶酚胺结合等生理过程及磷脂酰肌醇-3-羟激酶(PI3K)-苏氨酸激酶(Akt)、流体剪切应力与动脉粥样硬化、高级糖化终产物及其受体(AGE-RAGE)、白细胞介素17(IL-17)、低氧诱导因子1(HIF-1)、肿瘤坏死因子(TNF)等生物信号通路。【结论】解毒活血方治疗冠心病的机制主要与调控炎症介质、动脉粥样硬化形成、血栓形成、血管内皮损伤、血管平滑肌收缩、心率等作用有关。PI3K-Akt、AGE-RAGE信号通路在下一步研究中应有所侧重。     

应用蛋白芯片技术筛选针刺对脑缺血再灌注损伤大鼠的凋亡相关蛋白

目的应用蛋白芯片技术筛选针刺对缺血再灌注损伤（CIRI）大鼠脑组织凋亡相关蛋白。方法 SD健康大鼠40只随机分为4组：假手术组、模型组、针刺对照点组（均取穴左侧旁开0.3 cm的非经非穴点）、针刺穴位组（针刺大椎、百会、人中）,每组10只,各组大鼠6次处理后取左侧海马脑组织,采用720磷酸化抗体蛋白芯片检测处理后的脑组织细胞信号蛋白磷酸化的变化,然后筛选各组上调、下调显著（磷酸化水平变化上调≥1.5倍,下调≤0.67倍）且与凋亡相关的蛋白。结果与假手术组比较,模型组上调≥1.5倍与凋亡相关的蛋白8种,下调≤0.67倍的蛋白4种;与模型组比较,对照点组上调≥1.5倍与凋亡相关的蛋白5个,下调≤0.67倍的蛋白8个;穴位组上调≥1.5倍与凋亡相关的蛋白2个,下调≤0.67倍的蛋白11个,其中下调模型组中上调的蛋白3种。结论针刺大椎、百会、人中（穴）对CIRI大鼠通过调整多个凋亡相关的蛋白表达变化抑制凋亡实现脑保护作用。     

计算机模拟亚甲基蓝与牙龈卟啉单胞菌部分蛋白的分子对接

目的: 使用计算机模拟的靶点预测与分子对接的方法,研究抗菌光动力疗法中光敏剂与细菌结合的靶点,并计算结合能。方法: 在Uniprot数据库和RCSB PDB数据库中获取并汇总牙龈卟啉单胞菌(Porphyromonas gingivalis,Pg)的蛋白名称;在SciFinder数据库、PubChem数据库、ChemSpider数据库和Chemical Book中筛选并对比亚甲基蓝的结构图,并用ChemBioDraw软件绘制确认;在PharmMapper数据库对亚甲基蓝三维结构进行靶点预测,并用Cytoscape 软件构建可视化网络图;在 String 数据库中构建亚甲基蓝靶点与Pg蛋白交集的相互作用网络;选择FimA、Mfa4、RgpB、Kgp K1蛋白,使用AutoDock软件计算亚甲基蓝与上述蛋白的对接能量,并进行分子对接。结果: 靶点预测结果显示,268个亚甲基蓝潜在靶点和1 865个Pg的蛋白之间有19个共同的靶点,这19个靶点为:groS、radA、rplA、dps、fabH、pyrG、thyA、panC、RHO、frdA、ileS、bioA、def、ddl、TPR、murA、lepB、cobT、gyrB。分子对接结果显示,亚甲基蓝能与FimA蛋白的9个位点结合,结合能-6.26 kcal/mol;与Mfa4蛋白的4个位点和氢键形成位点GLU47结合,结合能-5.91 kcal/mol;与RgpB蛋白的氢键形成位点LYS80结合,结合能-5.14 kcal/mol;与Kgp K1蛋白的6个位点和氢键形成位点GLY1114结合,结合能-5.07 kcal/mol。结论: 计算机模拟的靶点预测与分子对接技术可以初步揭示亚甲基蓝与Pg部分蛋白发生结合、结合程度及结合位点,为将来研究光敏剂与细胞、细菌结合位点的筛选提供参考。     

基于网络药理学探讨托法替布联合甲氨蝶呤治疗 类风湿关节炎的作用机制

目的:探讨托法替布联合甲氨蝶呤治疗类风湿关节炎（RA）的分子靶点和作用机制。方法:通过PharmMapper 平台获取托 法替布和甲氨蝶呤的预测药效团及其主要元素,基于STRING 平台分析靶蛋白之间的相互作用关系（PPI）,采用Cytoscape 3.7.2 软件进行药物的预测靶点可视化分析, 并通过GO 富集分析和KEGG 通路分析探究其治疗RA 的可能分子机制。结果: 通过 PharmMapper 平台共获得137 个托法替布和甲氨蝶呤的预测靶蛋白/基因,PPI 结果证实Janus 激酶（JAK）2、JAK3、信号转导与 转录激活因子（STAT）1、蛋白激酶B（AKT）1、白细胞介素（IL）-2、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）1、MAPK8、表皮生长因子受体 （EGFR）等为主要预测靶蛋白/基因,GO 分析表明上述靶蛋白/基因在受损DNA 结合（P=0.002）、ATP 酶结合（P=0.002）、核受体 活性（P=0.002）、转录因子活性（P=0.002）、直接配体调控序列特异性DNA 结合（P=0.002）、类固醇激素受体活性（P=0.004）、生长 因子受体结合（P=0.022）和内肽酶活性（P=0.029）等功能处显著富集,结合KEGG 通路分析证实托法替布联合甲氨蝶呤与JAKSTAT 、转化生长因子（TGF）-β、磷脂酰肌醇3激酶（PI3K）/-AKT、p53、Ras、MAPK、血管内皮生长因子（VEGF）、核因子（NF）-κB、 Notch 等信号通路密切相关。结论:托法替布联合甲氨蝶呤治疗RA 的分子机制具有多基因、多靶点的特点,并通过抑制炎症因 子、血管生成、细胞自噬等方式调节免疫性疾病。     

基于参芪地黄汤治疗膜性肾病作用机制的网络药理学和分子对接技术分析

目的 基于网络药理学与分子对接技术探讨参芪地黄汤治疗膜性肾病（MN）的作用,并阐明其机制。 方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选参芪地黄汤中7味中药所含有效成分及相应的靶蛋白,采用GeneCards数据库、孟德尔OMIM数据库和Drugbank数据库获取MN的相关基因靶点,采用Cytoscape软件构建“药物-化合物-靶点”网络,采用STRING 数据库和 Cytoscape 软件制作蛋白相互作用（PPI）网络,并进行拓扑学分析寻找核心靶点,采用分子对接软件对核心靶点与作用于核心靶点的活性成分进行分子对接,筛选出参芪地黄汤治疗MN的核心成分,采用 Bioconductor R 软件进行靶点基因本体论（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。 结果 经筛选后获得参芪地黄汤的有效活性成分55个,药物作用靶点214个,MN相关靶点3 655个,获得药物疾病共同靶点144个,其中核心靶点5个,分别为蛋白激酶B1（AKT1）、表皮生长因子（EGF）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、肿瘤蛋白P53（TP53）和表皮生长因子受体（EGFR）;基于分子对接技术筛选出3个潜在核心成分,包括槲皮素、木犀草素和薯蓣皂素;GO富集分析得出2 268个生物学过程、53 个细胞组成、175个分子功能;KEGG通路富集分析发现169条相关信号通路。 结论 参芪地黄汤可能通过降低炎症水平、抑制肾脏纤维化和维持肾小球滤过屏障的完整性等机制发挥对MN的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接研究金银花-黄芪药对治疗骨髓炎的分子机制*

目的运用网络药理学与分子对接的方法探索金银花-黄芪药对治疗骨髓炎可能的作用机制，为临床用药提供科学依据。方法 在TCMSP平台内检索金银花、黄芪的生物活性成分并进行筛选，同时在蛋白质数据库和相关基因数据库中检索骨髓炎的潜在靶点，构建Venny图寻找共同靶点；运用Cytoscape软件构建“药物成分-靶点-疾病”复杂网络关系图，通过Bisogenet软件、CytoNCA软件和Metascape数据库等进行蛋白互作关系分析、靶点基因功能富集分析和信号通路分析，并使用分子对接软件(AutoDock)将核心靶点与化合物进行分子对接，使用绘图软件Pymol将结果可视化。结果 本研究共纳入金银花的有效成分236种，黄芪有效成分87种，预测出可能的共同靶点21种。通过富集分析，显示金银花-黄芪药对中的有效成分能够影响多种蛋白质的表达，这些蛋白质又与骨髓炎的发生发展密切相关。分子对接结果显示金银花-黄芪药对的有效成分和靶点蛋白能够自发结合。结论 金银花-黄芪药对可从抗氧化应激、提高免疫力、减少细胞凋亡、抗炎抗菌4个途径发挥治疗作用，为治疗骨髓炎和新药开发提供了理论依据。     

基于网络药理学的宣白清肺解毒汤治疗新型冠状病毒肺炎作用机制研究与初证

目的： 基于网络药理学的方法探讨宣白清肺解毒汤治疗新型冠状病毒肺炎（COVID 19）的药效作用机制。方法： 利用TCMSP数据库查询13 味中药活性化合物及对应的靶标信息,通过Uniprot数据库得到关键靶点的基因名,采用Cytoscape 3.7.2软件构建化合物疾病靶点网络图,利用GeneCards数据库检索与COVID 19相关的基因,采用Venny平台筛选与COVID-19交集靶标,利用STRING数据库构建化合物靶点PPI网络图,通过DAVID数据库对靶点相关通路进行GO和KEGG富集分析,使用R软件对富集结果进行生物功能的可视化分析。结果： 宣白清肺解毒汤共筛选出活性化学成分122种,靶标638个,筛选核心靶标35个;通过GO富集分析,获得P<0.01的生物学过程共138个,包括缺乏配体的外源性凋亡信号通路、药物反应、脂多糖介导信号通路等;KEGG富集分析共得到（P<0.01）的通路有35个,共8类,其中与疾病相关的条目有结核病、乙型肝炎、美洲锥虫病等;相关的通路有癌症通路、PI3K-Akt信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等条目。分子对接结果显示所含活性化合物与COVID-19相关靶标（ACE2）的结合能均小于-5 kJ/mol,结合活性较高。结论： 该研究揭示了宣白清肺解毒汤治疗COVID 19潜在的活性化学成分及可能的药效作用机制。     

基于“成分-靶点-通路”网络和分子对接技术的泻火消瘿方治疗格雷夫斯病药效物质基础和作用机制初探

目的  基于网络药理学和分子对接技术研究泻火消瘿方治疗格雷夫斯病(Graves diseases,GD)的药效物质基础和作用机制。方法  通过数据库收集泻火消瘿方中药材的化学成分及作用靶点集,再检索GD相关靶点集。构建泻火消瘿方治疗GD的“药材-成分-靶点”网络及靶点蛋白相互作用(PPI)网络。进行KEGG和GO富集,预测其作用机制,并进行关联性分析。最后将筛选出的活性成分与关键靶点进行分子对接。结果  获得泻火消瘿方化合物92个,相应靶点227个。PPI网络筛选出了核心靶点18个。得到KEGG通路192条(P < 0.05),GO条目2 385个(P < 0.05),其中BP条目1 988个,CC条目255个,MF条目142个。分子对接结果显示,泻火消瘿方核心成分与潜在关键靶点具有较好的结合活性,与目前可能治疗GD药物的亲和力相近。结论  泻火消瘿方相关作用靶点及代谢通路为进一步研究泻火消瘿方治疗GD的药效物质基础及作用机制提供依据。      

基于网络药理学及分子对接发掘当归-川芎药对治疗肺栓塞的作用机制

目的:通过网络药理学及分子对接技术发掘当归-川芎药对治疗肺栓塞的作用机制。方法:TCMSP查询当归-川芎药对的药物成分,使用Swiss Target Prediction预测药物成分的作用靶点;GeneCards网站在线获取肺栓塞的疾病靶点,Venny 2.1在线获取药物和疾病交集靶点。使用STRING进行蛋白-蛋白相互作用（PPI）分析并使用Cytoscape构建网络图,利用Metascape进行GO和KEGG分析。使用Cytoscape软件构建“药物-靶点-通路”网络图。PubChem、PDB及PyMoL、AutoDock软件进行分子对接。建立肺栓塞大鼠动物模型,治疗组予以中药当归-川芎药对灌胃治疗2周,对照组予以等量水灌胃,酶联免疫法检测两组大鼠血清相应靶点蛋白表达。结果:当归-川芎药对中的8个有效成分通过多条通路直接作用于25个疾病靶点治疗肺栓塞,其中β-谷甾醇、豆甾烯醇、杨梅酮、芎萘呋内酯等是核心成分,半胱氨酸蛋白酶3（caspase 3,CASP3）、雌激素受体1（estrogen receptor alpha,ESR1）、肉瘤病毒17癌基因（JUN）、前列腺素内过氧化物合酶2（prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2）是核心靶点。GO富集分析结果显示,交集基因最可能相关的生物过程主要涉及细胞对形态发生、激素反应、有机环化合物的反应等,细胞组分主要涉及膜筏、膜微区、线粒体外膜等,分子功能主要涉及半胱氨酸内肽酶活性、泛素蛋白连接酶、蛋白二聚酶活性等。KEGG通路富集分析结果提示当归-川芎药对主要参与低氧诱导因子-1（HIF-1）、脂代谢、HCI、神经变性等信号通路。分子对接结果提示核心成分与重要靶点间的结合性较好。酶联免疫检测显示治疗组血清ESR1、JUN、PTGS2蛋白表达均高于对照组（t=-8.018、-10.370、-6.545,均P＜0.01）。结论:当归-川芎主要通过调节HIF-1、脂代谢、HCI、神经变性等信号通路的ESR1、JUN、PTGS2等疾病靶点,干预酶的活性、脂代谢、神经变性等生物学过程,进而治疗肺栓塞。