60Co-γ照射后早期小鼠肝组织基因表达谱

目的:以基因芯片技术研究辐射后小鼠肝脏的基因表达谱,从分子水平探讨辐射引起小鼠肝脏损伤的机制.方法:采用小鼠基因表达谱芯片(4096个基因)对60Co-γ照射后48 h小鼠肝组织基因表达谱进行研究.RT-PCR验证基因芯片结果.结果:与正常小鼠相比,辐射后小鼠肝组织有124条基因差异表达,78条下调,46条上调.其中57条基因的功能已知,这些差异表达的基因按功能可分为6类:DNA修复和应激蛋白,细胞骨架,离子通道和转运蛋白,信号转导,免疫蛋白,代谢调控,其中下调基因主要为细胞骨架基因,而上调基因主要为细胞周期调控蛋白和转录因子.RT-PCR结果表明,Hspa5、Rasa3、Nqol基因的表达和芯片结果一致.结论:辐射造成的肝损伤具有多靶点、多层次及多通路的特点.     

应用基因芯片技术筛选肝细胞癌相关基因

目的：应用基因芯片技术筛选肝细胞癌相关基因。方法：利用CapitalBio公司基因芯片,对肝细胞癌组织和正常组织基因表达谱进行检测,并利用生物信息学方法对检测结果进行分析。结果：按差异显著性标准,从16000条基因中筛选出在肝细胞癌组织中共同差异表达基因326个,其中已知基因194个,新基因132个。在筛选出的已知基因中,表达上调113个,表达下调81个,包括原癌基因和抑癌基因、免疫相关基因、细胞信号和传递蛋白相关基因、蛋白翻译和合成相关基因、代谢相关基因、细胞周期蛋白相关基因、细胞骨架相关基因、细胞凋亡相关基因、DNA合成和修复相关基因等。结论：基因表达谱芯片技术可以筛选出肝细胞癌表达异常的相关基因群,并高效对基因功能进行研究。基因表达谱的分析有助于研究肝细胞癌发病机制。     

hHGF调控肝纤维化信号转导途径研究

目的应用寡聚核苷酸基因表达谱芯片研究人肝细胞生长因子(hHGF)转染肝癌细胞系后基因表达谱的差异,分析hHGF抗肝纤维化的信号转导途径。方法应用包含20000条人类全长基因的寡聚核苷酸芯片ImaGene3.0检测hHGF转染的肝癌细胞系基因表达谱差异,并选择其中参与肝纤维化过程的存在表达上调基因[信号转导和转录激活因子1(STAT1)和丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)]用RT-PCR方法进行验证分析。结果基因芯片筛选出存在差异表达的基因,其中包括转录因子、细胞周期素、细胞因子相关蛋白、糖脂类物质代谢相关酶及细胞信号转导相关因子等,RT-PCR验证参与肝纤维化过程中的几种存在表达差异的基因,其中STAT1和MAPK1表达明显上调,与基因芯片分析结果一致。结论hHGF转染肝癌细胞系存在基因表达差异,可能影响细胞周期的调控、物质代谢相关过程及细胞信号转导系统,hHGF可能通过激活JAK/STAT通路和MAPK通路发挥其抗肝纤维化作用。     

基因表达谱芯片技术筛选乙型肝炎病毒DNA多聚酶P结构域反式调节基因

目的：应用基因芯片技术，对乙型肝炎病毒DNA(HBVDNA)聚合酶P结构域蛋白／逆转录酶(PR)的基因表达谱进行分析，探索PR对肝细胞基因表达的调节机制及其生物学功能。方法：设计并合成PR基因序列特异性的引物，应用聚合酶链反应(PCR)技术扩增PR蛋白编码基因片段，以常规的分子生物学技术将获得的PR编码基因片段克隆到TA载体中进行核苷酸序列的测定，构建真核表达载体pcDNA3．1(-)-PR。以脂质体转染肝母细胞瘤细胞系HepG2，提取mRNA，逆转录为cDNA，与转染空白表达载体pcDNA3．1(-)的HepG2细胞进行DNA芯片分析。结果：基因芯片技术所检测的1152个基因表达谱的筛选中，79条基因表达水平上调，90条基因表达水平下调。结论：应用基因表达谱芯片成功筛选了HBVDNA聚合酶PR转染细胞后差异表达基因，为进一步阐明PR蛋白可能的分子生物学机制提供依据。     

瘢痕疙瘩的差异表达基因谱研究

目的 应用基因芯片技术筛选瘢痕疙瘩组织的差异表达基因。探讨异常瘢痕发生的分子机制。方法 应用含有8064个人类靶基因的表达谱芯片，检测瘢痕疙瘩和正常皮肤组织中基因的差异表达变化，筛选出差异表达基因，应用RT-PCR验证芯片结果；建立与瘢痕疙瘩形成相关的基因表达谱并进行生物信息学分析。结果 与正常皮肤组织相比，瘢痕疙瘩组织中发生显著性差异表达变化的基因有277个，其中上调163个、下调114个，涉及到各种信号传递及基因调控的改变。RT-PCR检测结果与芯片结果呈一致性趋势。结论 创面过度愈合形成瘢痕疙瘩是一个复杂的病理生理过程，受多种基因表达调控：差异表达基因谱的建立和研究较全面反映了瘢痕疙瘩发生的分子生物学概貌，有助于认识异常瘢痕形成的机制。     

基因芯片技术筛选2型糖尿病伴远端对称性多神经病变患者外周血单个核细胞差异表达基因

目的：应用基因芯片技术筛选2型糖尿病伴远端对称性多神经病变患者外周血单个核细胞（PBMC）与不伴远端对称性多神经病变糖尿病患者以及正常个体相比的差异表达基因.方法：采用包含5 075个功能已知人类基因的cDNA芯片检测2名2型糖尿病并发远端对称性多神经病变患者（DSPN组）,2名2型糖尿病不伴远端对称性多神经病变患者（DM组）以及2名年龄和性别匹配的正常个体（C组）PBMC基因表达谱,分析差异表达基因,并选择其中有差异表达的部分基因进行实时定量RT-PCR验证.结果：基因芯片技术筛选出22条差异表达基因,涉及细胞代谢与信号转导基因,原癌与抑癌基因,DNA合成和修复基因,离子通道与运输蛋白基因,DNA结合、转录和转录因子基因,细胞骨架组成基因等.其中上调基因4条,下调基因18条.实时定量RT-PCR测定下调基因中的AK1和FBXO7,与基因芯片技术结果一致.结论：2型糖尿病伴DSPN患者PBMC基因表达谱存在差异;DSPN可能涉及细胞代谢,信号转导和DNA合成等多个方面.     

以基因芯片技术研究Kkay小鼠2型糖尿病相关基因

目的以基因芯片技术研究Kkay2型糖尿病小鼠的差异表达基因。方法以包含8192条小鼠的cDNA基因表达谱芯片研究Kkay2型糖尿病小鼠肝脏的基因表达谱。结果共筛选出差异表达基因154条,包括全长基因68条,表达序列标识(EST)86条;其中40条基因表达增加,114条表达降低。结论多数已知功能基因的表达异常与以往的研究结论是一致的;cDNA基因芯片技术能够高通量分析糖尿病相关基因。     

基因芯片技术对先天性巨结肠症相关基因的筛选

目的应用基因芯片技术筛选先天性巨结肠症(hirschsprung disease,HD)病变组织与自身正常组织之间的差异表达基因。方法采用全人类基因组表达谱芯片检测4对HD及其正常切缘组织的基因表达谱,并用RTPCR技术对个别差异表达基因进行验证。结果筛选出有表达意义的基因12 125个。筛选4对标本的差异表达基因共622个,其中下调基因584个(93.89%),上调基因38个(6.11%)。6个基因芯片与RT-PCR检测结果一致:其中碳酸酐酶平均上调76.05倍(芯片结果9.7倍),T细胞分化蛋白平均上调7.2倍(芯片结果5.3倍),细胞凋亡通路相关基因caspase-7平均上调3.04倍(芯片结果2.5倍),心脏和神经脊衍生蛋白2平均下调0.32倍(芯片结果0.23倍),神经降压素受体1平均下调0.32倍(芯片结果0.19倍),微管蛋白β-2B平均下调0.30倍(芯片结果0.19倍)。结论 HD组织与正常结肠组织间在基因的表达层面存在明显差异,筛选得到的基因可能参与了HD病变发生发展的生物学过程。     

肝细胞黏附分子对膀胱移行癌细胞基因表达谱的影响

目的利用Affymetrix基因表达谱芯片探讨肝细胞黏附分子(hepaCAM)对膀胱移行癌细胞基因表达谱的影响及作用的分子机制。方法运用Affymetrix Human plus 2.0全基因组芯片检测膀胱移行癌细胞株EJ细胞腺病毒-绿色荧光蛋白-hepaCAM感染组与腺病毒-绿色荧光蛋白感染组的基因表达谱,用SAM法进行差异基因分析、DAVID软件进行基因本体论分析及wikiPathway分析,并用RT-PCR和Western blot验证芯片结果。结果 hepaCAM能引起EJ细胞系基因表达谱的广泛变化,表达差异超过2倍以上的基因共2469个,其中上调基因1602个、下调基因867个。这些差异表达的基因功能主要涉及细胞周期、细胞增殖调节等方面。用RT-PCR对差异基因DNA修复蛋白,肝脏激酶B1和细胞周期蛋白D1进行验证,结果与基因芯片相符;进一步在3细胞株中用Western blot佐证DNA修复蛋白、肝脏激酶B1变化与芯片结果一致。结论 hepaCAM能够诱导EJ细胞基因表达谱的广泛变化,在基因水平通过多条通路作用于膀胱癌细胞。     

应用基因芯片研究E2F-1过表达对胃癌细胞免疫相关基因表达的影响

目的利用基因表达谱芯片技术筛选过表达E2F-1的胃癌MGC-803细胞与对照组间差异表达的免疫相关基因,初步探讨E2F-1对胃癌细胞免疫功能影响的机制。方法分别抽取转染E2F-1的胃癌MGC-803细胞和未转染E2F-1的胃癌MGC-803细胞的总RNA．纯化mRNA,逆转录合成cDNA标记后,与22K人类基因表达谱芯片进行杂交,扫描后筛选出与免疫相关的差异表达基因,半定量RT-PCR方法验证差异表达基因。结果在21522条基因中,两组细胞间差异表达的免疫相关基因有10条,其中上调基因2条,下调基因8条。上调基因中有1条功能信息不明。其中myc的RT-PCR结果与基因芯片扫描结果相似,具有相同的方向性。结论利用基因芯片技术筛选出E2F-1过表达影响胃癌细胞免疫功能的相关基因,为今后更深入的研究E2F-1对胃癌免疫功能的影响奠定了基础。     

热缺血再灌注损伤早期大鼠肝脏基因表达谱的实验研究

目的探讨热缺血再灌注损伤(WIRI)早期大鼠肝脏基因表达谱的差异。方法建立SD大鼠肝脏热缺血再灌注损伤模型,取再灌注30 min和再灌注1 h肝组织标本,采用基因表达谱芯片技术检测各组基因表达的变化情况,确定差异表达基因。结果筛选出大鼠肝脏再灌注30 min、再灌注1 h两组共同差异表达基因有77条,其中表达上调56条,表达下调21条。再灌注30 min或1 h表达上调的基因数均多于表达下调基因数,再灌注1 h表达发生变化的基因总数多于再灌注30 min。结论大鼠肝脏热缺血再灌注损伤伴随多基因的表达谱改变,再灌注损伤早期的差异表达基因为研究肝脏WIRI的分子机制提供实验依据。     

应用表达谱芯片筛选增生性瘢痕形成的相关基因

目的应用基因芯片技术筛选增生性瘢痕组织的差异表达基因，探讨异常瘢痕发生的分子机制。方法应用含有8064个人类靶基因的表达谱芯片，检测增生性瘢痕和正常皮肤组织中基因的差异表达变化，筛选出差异表达基因，应用RT-PCR验证芯片结果；建立与增生性瘢痕形成相关的基因表达谱并进行生物信息学分析。结果与正常皮肤组织相比，增生性瘢痕组织中发生显著性差异表达变化的基因有171个，其中上调99个，下调72个，涉及到各种信号传递及基因调控的改变。RT-PCR检测结果与芯片结果呈一致性趋势。结论创面过度愈合形成增生性瘢痕是一个复杂的病理生理过程，受多种基因表达调控；差异表达基因谱的建立和研究较全面反映了增生性瘢痕发生的分子生物学概貌，有助于认识异常瘢痕形成的机制。     

表达谱基因芯片筛选大隐静脉曲张致病相关基因的初步研究

目的:运用基因芯片技术研究曲张大隐静脉基因表达谱的变化.方法:选取原发性大隐静脉曲张病人隐-股交界瓣膜区静脉6条,取6条正常静脉作对照.提取血管组织总RNA,纯化mRNA后逆转录制备目标序列,应用含有4096种人类基因cDNA的表达谱芯片进行差异表达谱分析.结果:在原发性大隐静脉曲张的基因表达谱中差异表达基因共有168条,上调基因96条,下调基因72条,共存性差异表达基因39条,其中上调基因28条,下调基因11条.差异表达基因中有细胞凋亡相关基因、原癌基因和抑癌基因、细胞信号和传递蛋白基因等多种基因.这些基因可能与原发性大隐静脉曲张的发病机制有关.结论:采用基因芯片技术筛选大隐静脉曲张的致病相关基因,可能为其病因和发病机制的研究提供新思路.     

基因芯片技术分析同种异基因大鼠心脏移植急性排斥反应的相关基因

目的:运用基因芯片技术分析同种异基因大鼠心脏移植后急性排斥反应的基因表达谱. 方法:建立大鼠颈部心脏移植模型,以同种同基因和异基因移植动物作为对照,术后5 d移植心脏中抽提总RNA,纯化后的mRNA进行逆转录制备杂交探针,应用含有4 096个靶基因的表达谱芯片对两组移植心脏组织进行差异表达谱分析.结果:在同种异基因心脏移植术后差异表达基因共有210条(下调96条,上调114条);其中已知基因有33条(下调13条,上调20条);未知基因177条(下调83条,上调94条),其中有15条已知基因(上调2条,下调13条)尚未见报道.结论:运用基因芯片技术研究同种异基因心脏移植术后急性排斥相关基因,可为进一步研究其发病机制和治疗提供新思路.     

NF-κB通过调控早期反应基因-2参与小鼠肝再生启动

目的结合基因芯片技术、生物信息学分析和染色质免疫共沉淀技术分析小鼠肝再生启动阶段的差异表达基因,并探讨其调控方式。方法采用小鼠全基因组基因表达谱芯片检测并验证肝再生启动阶段2组差异表达基因;应用基于TRANSFAC数据库的PAINT对差异表达基因进行转录调控分析;最后运用染色质免疫共沉淀技术验证NF-κB的潜在靶基因。结果肝切后4 h小鼠差异表达基因共332个(上调127个,下调205个),其中早期反应基因-2(immediate earlyresponse 2,IER2)上调约5倍;对所有差异表达基因进行PAINT分析,预测到多个转录因子如Stat家族和NF-κB均参与差异表达基因调控网络;免疫共沉淀技术证实IER2受NF-κB调控。结论NF-κB可能通过调控IER2参与肝再生启动。     

利用基因芯片技术研究人胰腺癌相关基因

目的:观察人胰腺癌基因表达谱的变化,研究胰腺癌发生、发展过程中的相关基因,并探讨基因表达谱芯片技术在筛查肿瘤相关基因中的应用价值.方法:应用含有4 096条人类全长基因的cDNA表达谱芯片,对9例临床切除的胰头导管腺癌标本组织抽提及纯化的mRNA进行芯片杂交,并对基因表达谱进行分析研究.结果:按差异显著阳性标准,从4 096个基因中筛选出在胰腺癌组织中共同差异表达基因184条,其中87条表达上调,97条表达下调,包括原癌及抑癌基因、细胞周期、信号转导、细胞外基质、细胞骨架和运动蛋白、转录因子、DNA损伤修复基因、凋亡相关蛋白以及核糖体蛋白等相关编码基因.其中有11条为尚未在GenBank登录的人类新基因.结论:运用cDNA表达谱芯片分析基因表达谱,能够快速筛查出新的肿瘤相关基因,并高效率地对基因功能进行研究.     

卵巢癌基因表达谱的cDNA微矩阵研究

目的： 探讨cDNA微矩阵（基因芯片）研究卵巢癌基因表达谱及分析部分差异表达基因功能的可行性。方法：采用4 097个靶基因点BiostarH-40s表达谱基因芯片, 检测5例卵巢浆液性腺癌及5例正常卵巢组织（cy3-dUTP标记正常卵巢组织的RNA,用cy5-dUTP标记卵巢癌组织的RNA）的基因表达谱。结果：两组病例卵巢癌基因表达谱中,4例以上差异表达基因163个,其中基因表达增高（上调趋势）66个,基因表达降低（下调趋势）97个。明确基因功能分类的差异表达基因37个,其中原癌基因和抑癌基因类基因3个,细胞周期蛋白类基因1个,细胞骨架及运动蛋白类基因6个,DNA结合、转录和转录因子类基因1个,细胞受体类基因2个,免疫相关蛋白类基因5个,代谢类基因7个,蛋白翻译合成类基因2个,发育相关基因3个,其他类基因7个。 结论： 应用cDNA微矩阵研究卵巢癌基因表达谱, 发现差异表达基因及其基因功能分类。     

基因芯片分析釉基质蛋白对hBMSCs基因表达谱的影响

目的应用基因芯片技术分析釉基质蛋白(EMPs)对人骨髓基质细胞(hBMSCs)基因表达谱的影响。方法全骨髓法体外传代培养hBMSCs。以200μg/mLEMPs刺激hBMSCs作为实验组,以正常培养的hBMSCs作为对照组。培养5d后,选择含4096种人类基因的cDNA基因芯片进行检测和分析。运用实时PCR方法对呈差异表达基因中的4条进行扩增和检测,以验证基因芯片分析结果。结果hBMSCs经EMPs刺激后,有27条差异表达基因,其中18条基因表达上调,9条基因表达下调。经实时PCR检测的4条差异表达基因结果与基因芯片结果一致。结论应用基因表达谱芯片可筛选经EMPs诱导后hBMSCs的差异表达基因。为进一步研究EMPs促进牙周组织再生的分子学机制奠定了基础。     

基因芯片分析釉基质蛋白对hBMSCs基因表达谱的影响

目的 应用基因芯片技术分析釉基质蛋白(EMPs)对人骨髓基质细胞(hBMSCs)基因表达谱的影响.方法 全骨髓法体外传代培养hBMSCs.以200 μg/mL EMPs刺激hBMSCs作为实验组,以正常培养的hBMSCs作为对照组.培养5 d后,选择含4 096种人类基因的cDNA基因芯片进行检测和分析.运用实时PCR方法对呈差异表达基因中的4条进行扩增和检测,以验证基因芯片分析结果.结果 hBMSCs经EMPs刺激后,有27条差异表达基因,其中18条基因表达上调,9条基因表达下调.经实时PCR检测的4条差异表达基因结果与基因芯片结果一致.结论 应用基因表达谱芯片可筛选经EMPs诱导后hBMSCs的差异表达基因.为进一步研究EMPs促进牙周组织再生的分子学机制奠定了基础.     

髓系KLF5基因缺失小鼠腹主动脉瘤形成的生物信息学分析

背景　腹主动脉瘤（AAA）是一种老年常见高死亡率的心血管系统疾病，发病机制不明确，临床上无有效治疗药物。本课题组前期研究发现，KLF5基因在人和小鼠AAA组织中表达升高，但是对于详细的KLF5基因调控炎症相关基因表达的网络分析未见报道。目的　利用基因芯片技术对髓系KLF5基因表达缺失（LyKLF5-/-）小鼠AAA的差异表达基因进行生物信息学分析，探讨KLF5基因在AAA中的调控机制。方法　研究时间为2015年1月-2019年4月。将SPF级KLF5-flox小鼠和SPF级LysM-cre小鼠杂交培育的雄性髓系遗传性LyKLF5-/-小鼠与同笼野生型（WT）C57BL/6小鼠各3只作为实验动物。通过CaPO4诱导小鼠AAA模型，并提取肾下腹主动脉组织总RNA行mRNA芯片筛查。对于筛选出的差异表达基因，利用在线数据库Metascape进行GO功能富集分析和KEGG富集分析，再利用STRING在线数据库进行蛋白互作网络分析。结果　mRNA芯片共筛选到上调表达基因646个，下调表达基因1 410个（|FC|≥2，P<0.05）。与WT小鼠比较，抑制炎症的基因在LyKLF5-/-小鼠表达增加，Bcas3、Hck基因表达分别上调3.96、3.14倍；促进炎症的基因在LyKLF5-/-小鼠表达降低，Retnla、Olig1、Tnfrsf11a分别下调7.68、5.07、3.66倍。GO功能富集分析显示上调差异基因主要参与多肽抗原合成和表达的调控、核苷二磷酸代谢过程、肌节组织的正向调节等过程；下调差异基因主要参与生长发育、细胞对葡萄糖刺激反应的胰岛素分泌调节、平滑肌细胞迁移的正调控等过程。KEGG富集分析显示上调差异基因主要影响破骨细胞分化、吞噬小体、氨基酸的生物合成等通路；下调差异基因主要影响血管平滑肌收缩、泛素介导的蛋白水解作用以及肌动蛋白细胞骨架的调控等通路。蛋白互作网络分析证实，小鼠髓系LyKLF5-/-导致参与血管炎症相关基因Bcas3、Hck表达上调和Retnla、Olig1、Tnfrsf11a表达下调。结论　Bcas3、Hck、Retnla、Olig1、Tnfrsf11a基因可能是参与血管炎症和AAA形成的重要候选基因。