原发性肝癌肝肾阴虚证患者外周血单个核细胞的特征性差异基因

目的:探讨原发性肝癌肝肾阴虚证患者外周血单个核细胞的特征性差异基因.方法:选取肝肾阴虚证与非肝肾阴虚证肝癌患者作为研究对象,以肝肾阴虚证肝癌患者为试验组,以非肝肾阴虚证肝癌患者作为对照组;选用全基因组表达谱芯片,研究肝肾阴虚证的基因表达谱,并进行差异表达基因分析,基于Gene Ontology( http://www.geneontology.org/)和KEGG(http.//www.genome.jp/kegg/)数据库对差异基因进行功能(gene ontology,GO)和通路(pathway)注释,并选取显著性差异基因构建共表达网络图.扩大样本量,运用实时荧光定量聚合酶链反应与蛋白质印迹法分别从mRNA及蛋白层面对显著性差异基因进行验证.结果:肝肾阴虚证组和非肝肾阴虚证组间存在差异基因表达特征图谱,获得差异表达的基因共615个.GO注释后,差异基因表达具有278个显著性功能差异,主要涉及跨膜转运、细胞周期停滞、细胞转录、诱导凋亡等.Pathway标记后,上调差异基因参与显著性信号转导通路16项,下调差异基因参与显著性信号转导通路10项,包括抗原加工与递呈转导通路、代谢途径转导通路、细胞周期转导通路、蛋白质输出转导通路等.用差异基因构建共表达网络图,筛选出3个显著性差异基因(SEC62 [SEC62 homolog(S.cerevisiae)]、CCNB1 [cyclin B1]、BIRC3[ baculoviral IAPrepeat-containing 3]).扩大样本量进行验证,肝肾阴虚证肝癌患者SEC62、CCNB1、BIRC3基因的mRNA(P＜0.01)和蛋白(P＜0.01)表达水平均显著低于非肝肾阴虚证肝癌患者.结论:本研究从基因组学的角度反映出肝肾阴虚证肝癌患者与非肝肾阴虚证肝癌患者之间存在着差异表达基因,进一步证实了“证”是多基因在mRNA和(或)蛋白质水平发生改变并导致人体偏离正常状态的假说.     

原发性肝癌肝肾阴虚证患者外周血单个核细胞的特征性差异基因

目的：探讨原发性肝癌肝肾阴虚证患者外周血单个核细胞的特征性差异基因。方法：选取肝肾阴虚证与非肝肾阴虚证肝癌患者作为研究对象,以肝肾阴虚证肝癌患者为试验组,以非肝肾阴虚证肝癌患者作为对照组;选用全基因组表达谱芯片,研究肝肾阴虚证的基因表达谱,并进行差异表达基因分析,基于GeneOntology（http：／／www．geneontology．org／）和KEGG（http：／／www．genome．jp／kegg／）数据库对差异基因进行功能（geneontology,GO）和通路（pathway）注释,并选取显著性差异基因构建共表达网络图。扩大样本量,运用实时荧光定量聚合酶链反应与蛋白质印迹法分别从mRNA及蛋白层面对显著性差异基因进行验证。结果：肝肾阴虚证组和非肝肾阴虚证组间存在差异基因表达特征图谱,获得差异表达的基因共615个。GO注释后,差异基因表达具有278个显著性功能差异,主要涉及跨膜转运、细胞周期停滞、细胞转录、诱导凋亡等。Pathway标记后,上调差异基因参与显著性信号转导通路16项,下调差异基因参与显著性信号转导通路10项,包括抗原加工与递呈转导通路、代谢途径转导通路、细胞周期转导通路、蛋白质输出转导通路等。用差异基因构建共表达网络图,筛选出3个显著性差异基因（SEC62[SEC62homolog（S．cerevisiae）]、CCNBl[cyclinB1]、BIRC3[baculovirallAPrepeat-containing3]）。扩大样本量进行验证,肝肾阴虚证肝癌患者SEC62、CCNBl、BIRC3基因的mRNA（P〈0．01）和蛋白（P〈0．01）表达水平均显著低于非肝肾阴虚证肝癌患者。结论：本研究从基因组学的角度反映出肝肾阴虚证肝癌患者与非肝肾阴虚证肝癌患者之间存在着差异表达基因,进一步证实了“证”是多基因在mRNA和（或）蛋白质水平发生改变并导致人体偏离正常状态的假说。     

比较虚寒证与虚热证模型大鼠肝全基因表达谱的差异

目的采用基因芯片技术研究虚寒证与虚热证大鼠肝全基因表达谱的差异。方法使用中药复方虚寒证、虚热证大鼠模型,基因芯片检测各组大鼠基因表达,筛选差异表达基因,进行基因功能分类注释,荧光定量PCR验证芯片结果。结果虚寒模型组与虚热模型组比较有114条基因差异表达,主要涉及氧化还原酶相关基因。脂代谢相关氧化还原酶基因显著下调,细胞色素P450家族基因显著下调,提示虚寒证模型大鼠脂代谢与生物转化能力的降低。结论虚寒证与虚热证虽然同为虚证,但有寒证和热证不同的表现,氧化还原酶活性相关基因的异常表达可能是虚寒证与虚热证出现不同症状的物质基础。     

慢性乙型病毒性肝炎肝肾阴虚证与湿热蕴结证患者外周血的差异基因表达谱分析

目的：通过检测和分析慢性乙型病毒性肝炎（以下简称乙肝）肝肾阴虚证、湿热蕴结证患者的差异基因表达谱,探讨乙肝中医证候分型与基因表达之间的关联。方法：从上海龙华医院肝科选择乙肝患者中诊断为肝肾阴虚证和湿热蕴结证者各3例,并选择3例健康者作为对照。采集乙肝患者和健康者的外周血样本,提取白细胞中的总RNA,运用基因芯片技术检测外周血基因表达情况,并对其表达谱进行比较。另外选择肝肾阴虚证和湿热蕴结证患者各10例和健康者10例,使用实时定量逆转录酶-聚合酶链式反应法验证部分基因的表达情况。结果：在乙肝肝肾阴虚证和湿热蕴结证患者之间、乙肝患者与健康者之间,基因表达谱都存在明显的差异表达。两种证型患者之间共有403个差异表达的基因,其中,239条基因表达有显著性差异（｜差异倍数｜≥2,P〈0.05）,基因表达上调的有142条,下调的有97条。肝肾阴虚证单独调变的基因主要与过氧化物酶的活性和干细胞的维持等相关,湿热蕴结证单独调变的基因主要与细胞因子、免疫应答和炎症反应等相关。实时定量逆转录酶-聚合酶链式反应验证ATP结合盒亚家族C成员3、过氧化物酶增殖体激活受体α等基因的表达与基因芯片检测结果趋势一致。结论：乙肝肝肾阴虚证和湿热蕴结证患者白细胞中基因表达存在差异,提示乙肝中医临床辨证分型具有分子生物学基础,与基因差异表达密切相关。     

肾阴虚证和肾阳虚证基因表达谱的比较研究

目的 探讨肾阴虚证和肾阳虚证基因表达谱的异同. 方法 选取IgA肾病以及亚健康状态肾阴虚证和肾阳虚证患者作为研究对象,以健康人作为正常对照组;应用基因芯片技术,研究肾阴虚证和肾阳虚证的基因表达谱;结合MAS软件对差异表达基因进行分析. 结果 肾阴虚证组和肾阳虚证组基因表达谱存在明显的差异,全部的差异表达基因有145条;肾阴虚证组、肾阳虚证组与正常对照组比较,二者共同的差异表达基因有9条. 结论 基因芯片是研究中医证候相关基因的比较理想的一种技术方法;肾阴虚证与肾阳虚证差异表达基因存在明显不同,提示可为中医辨证分型提供科学依据.     

肾阴虚证患者的基因差异表达

目的 探讨肾阴虚证的特征性基因差异表达谱.方法 选取IgA肾病以及亚健康状态肾阴虚证患者作为研究对象,确诊为肾阴虚证患者为实验组,选择健康志愿者作为正常对照组;应用基因芯片技术,研究肾阴虚证的基因表达谱;结合MAS软件对差异表达基因进行分析.结果 肾阴虚证组和正常对照组间存在差异基因表达特征图谱.获得差异表达基因共79条.其中,表达水平上调(Ratio值大于2)的有6条,表达水平下调(Ratio值小于0.5)的有73条.结论 基因芯片技术可以快速、高通量筛选肾阴虚证的相关基因;初步获得肾阴虚证的相关基因.     

老龄冠心病心肾阳虚证以药测证的差异表达基因谱分析

目的：通过双通道基因表达谱芯片技术,分析老龄冠心病心肾阳虚证以药测证基因表达水平的异常。方法：采用病证结合的诊断标准,筛选老龄冠心病心肾阳虚证患者3例治疗前后采血,分离白细胞,提取总RNA,做基因芯片检测。结果：经Microsoft excel和Microsoft office Access软件筛选,老龄冠心病心肾阳虚证以药测证,获得22条差异表达基因,主要涉及生理过程,免疫相关的基因。结论：老龄冠心病心肾阳虚证的发生涉及一系列免疫和生理紊乱的复杂的过程,与动脉硬化存在密切关联。     

基于差异基因表达谱的慢性乙型肝炎病证结合研究

【目的】通过检测分析慢性乙型肝炎(简称乙肝)典型证候的差异基因表达谱,探讨乙肝中医证候分型与基因表达之间的关联。【方法】采集乙肝患者和健康者的外周血样本,提取白细胞中的总RNA;运用基因芯片技术检测基因表达,并对其表达谱进行比较分析;使用实时定量RT-PCR验证部分基因表达。【结果】乙肝患者与健康者之间以及乙肝肝郁脾虚证、湿热蕴结证和肝肾阴虚证3个证候的患者之间的基因表达谱均存在明显差异。对3个证候组相对于健康组的差异表达基因进行差异基因、聚类、功能(gene ontology,GO)分析和信号传导通路(Pathway)分析发现,肝郁脾虚证单独调变的基因主要与细胞动力学过程等有关;湿热蕴结证单独调变的基因主要与脂质储存的正向调节等有关;肝肾阴虚证单独调变的基因主要与氮氧化合物合成酶调节物活性等有关。采用实时定量RT-PCR验证部分基因的表达,结果与基因芯片检测结果趋势基本一致。【结论】乙肝肝郁脾虚证、湿热蕴结证和肝肾阴虚证患者白细胞具有特征性的基因表达谱和显著性差异表达基因,提示乙肝中医临床辨证分型具有分子生物学物质基础。     

肾阴虚证患者基因差异表达研究

目的 探讨肾阴虚证的特征性基因差异表达谱。方法 选取IgA肾病以及亚健康状态肾阴虚证患者作为研究对象,确诊为肾阴虚证患者为实验组,选择健康志愿者作为正常对照组;应用基因芯片技术,研究肾阴虚证的基因表达谱;结合MAS软件对差异表达基因进行分析。结果 肾阴虚证组和正常对照组间存在差异基因表达特征图谱。获得差异表达基因共79条。其中,表达水平上调（Ratio值大于2）的有6条,表达水平下调（Ratio值小于0.5）的有73条。结论 基因芯片技术可以快速、高通量筛选肾阴虚证的相关基因;初步获得肾阴虚证的相关基因。     

原发性肢体淋巴水肿组织相关基因的表达

目的探讨原发性肢体淋巴水肿发生、发展过程中部分可能相关基因的表达和功能。方法选择单侧下肢原发性淋巴水肿患者，分别于患肢与健肢对称部位取皮肤和皮下组织样本，抽提RNA，制备探针；选用H40s表达谱芯片进行杂交和洗涤；ScanArray 4000扫描芯片，GenePix Pro3．0软件分析扫描结果；最后在Medline数据库中查询阳性基因的功能并进行生物信息学分析。结果在4096种基因中，原发性淋巴水肿患肢与健肢存在基因表达差异；所检测的4对临床标本共同的差异表达基因为27条(0．66％)；该27条基因与原发性肢体淋巴水肿的发生机制可能存在相关性。结论基因表达谱芯片能够筛选出在原发性肢体淋巴水8中的发生、发展过程中存在的多个基因表达调控的改变。     

亚健康状态肾阳虚证基因差异表达研究

目的探讨亚健康状态肾阳虚证的特征性基因差异表达谱。方法选取亚健康状态肾阳虚证患者作为研究对象,确诊为肾阳虚证患者为实验组,选择健康志愿者作为正常对照组;应用基因芯片技术,研究亚健康状态肾阳虚证的基因表达谱;结合MAS软件对差异表达基因进行分析。结果亚健康状态肾阳虚证组和正常对照组间存在差异基因表达特征图谱。获得差异表达基因共75条。其中,表达水平上调(Ratio值大于2)的有22条,表达水平下调(Ratio值小于0.5)的有53条。结论基因芯片技术可以快速、高通量筛选亚健康状态肾阳虚证的相关基因;初步获得亚健康状态肾阳虚证的相关基因。     

原发性肢体淋巴水肿组织相关基因的表达

目的探讨原发性肢体淋巴水肿发生、发展过程中部分可能相关基因的表达和功能.方法选择单侧下肢原发性淋巴水肿患者,分别于患肢与健肢对称部位取皮肤和皮下组织样本,抽提RNA,制备探针;选用H40s表达谱芯片进行杂交和洗涤;ScanArray 4000扫描芯片,GenePix Pro 3.0软件分析扫描结果;最后在Medline数据库中查询阳性基因的功能并进行生物信息学分析.结果在4 096种基因中,原发性淋巴水肿患肢与健肢存在基因表达差异;所检测的4对临床标本共同的差异表达基因为27条(0.66%);该27条基因与原发性肢体淋巴水肿的发生机制可能存在相关性.结论基因表达谱芯片能够筛选出在原发性肢体淋巴水肿的发生、发展过程中存在的多个基因表达调控的改变.     

革兰阳性菌及革兰阴性菌感染脓毒症患者外周血单个核细胞关键基因鉴定及共表达网络分析

目的: 探讨革兰阳性菌与革兰阴性菌感染脓毒症患者相关的生物标志物。方法: 在美国国立生物技术信息中心平台获取GSE9960表达谱芯片，包含16例非感染全身炎症反应综合征（SIRS）患者外周血单个核细胞（PBMC）样本，17例革兰阳性菌感染脓毒症患者PBMC样本，以及18例革兰阴性菌感染脓毒症患者PBMC样本。利用基因集富集分析和加权基因共表达网络分析探索GSE9960基因表达谱芯片中革兰阳性菌感染与革兰阴性菌感染脓毒症富集功能通路与共表达网络模块，并对高度相关模块进行通路注释。利用R语言分析革兰阳性菌与革兰阴性菌感染脓毒症中差异表达基因，探索差异表达基因蛋白-蛋白相互作用网络。将高度相关模块中的枢纽基因与差异表达基因重叠，确定为主要差异表达基因，并进一步针对主要差异表达基因在临床样本中进行验证。结果: 革兰阳性菌感染脓毒症与革兰阴性菌感染脓毒症间富集通路存在显著差异，非感染SIRS和革兰阴性菌感染脓毒症存在相反的共表达网络；而革兰阳性菌感染和革兰阴性菌感染脓毒症存在完全不同的共表达网络。进一步在临床样本中验证显示，主要差异表达基因TYMS在革兰阳性菌感染脓毒症患者PBMC中显著上调（P < 0.05）；CD3D在革兰阴性菌感染脓毒症中表达下调（P < 0.01），而IRAK3则显著上调（P < 0.05）。结论: 本研究结果有利于加深对不同细菌感染脓毒症发病机制的理解，并为脓毒症诊断、分型及经验性抗菌药物治疗提供潜在生物标志物。     

3种疾病肾阳虚证“同证异治”的信号通路调控研究

目的：研究患慢性肾炎、糖尿病肾病、阳痿病中筛选出的典型肾阳虚证的转录组学特征,揭示肾阳虚证“同证异治”的生物学基础。方法：分别对9例不同疾病的肾阳虚证,进行Agilent人4＋44k表达谱芯片实验,对差异表达基因进行Pathway分析。结果：找出3种不同疾病肾阳虚证的共同差异表达基因332条,其中有注释的基因为181条。3种不同疾病肾阳虚证共同的信号通路有37个。并从3组疾病各自特有的差异表达基因中发现mTOR、notch、Wnt等3条信号通路与。肾阳虚证共有的信号通路一致,只是在通路的调控上有基因表达差异。结论：3种疾病相关的特有差异表达基因中的3条信号通路差异调控,可能决定了肾阳虚证“同证异治”的转录组学基础。     

血瘀证患者差异基因表达谱研究

目的：应用寡核苷酸基因芯片技术，研究血瘀证患者差异基因表达谱。 方法：16例血瘀证患者经冠状动脉造影诊断后，分为冠心病血瘀证组和非冠心病血瘀证组，每组8例；并选年龄和性别相匹配的8名健康人为健康对照组。抽取静脉血，分离白细胞，抽提RNA，质控芯片（Test3 芯片）对样本质量进行检测，然后与Affymetrix U133 Plus 2．0芯片进行杂交，通过扫描和软件分析，比较冠心病血瘀证组、非冠心病血瘀证组与健康对照组的基因表达谱，筛选血瘀证相关差异基因，并进一步进行基因本体（Gene Ontology，GO）和通路分析．使用实时荧光定量逆转录聚合酶链反应法对目标基因进行验证。 结果：通过差异基因筛选，与血瘀证相关的差异基因共有48个，其中上调基因26个，下调基因22个；通过GO分析．其中与炎症免疫相关的基因有5个，占10．4％；通路分析结果显示，有意义的10条通路中有5个涉及炎症和免疫反应。经实时荧光定量逆转录聚合酶链反应验证了基因芯片准确可靠。 结论：血瘀证基因表达谱研究显示了炎症和免疫相关基因的比例和显著性优势，说明炎症和免疫反应在一定程度上介导了血瘀证的发生发展。     

基因表达谱芯片技术筛选乙型肝炎病毒DNA多聚酶P结构域反式调节基因

目的：应用基因芯片技术，对乙型肝炎病毒DNA(HBVDNA)聚合酶P结构域蛋白／逆转录酶(PR)的基因表达谱进行分析，探索PR对肝细胞基因表达的调节机制及其生物学功能。方法：设计并合成PR基因序列特异性的引物，应用聚合酶链反应(PCR)技术扩增PR蛋白编码基因片段，以常规的分子生物学技术将获得的PR编码基因片段克隆到TA载体中进行核苷酸序列的测定，构建真核表达载体pcDNA3．1(-)-PR。以脂质体转染肝母细胞瘤细胞系HepG2，提取mRNA，逆转录为cDNA，与转染空白表达载体pcDNA3．1(-)的HepG2细胞进行DNA芯片分析。结果：基因芯片技术所检测的1152个基因表达谱的筛选中，79条基因表达水平上调，90条基因表达水平下调。结论：应用基因表达谱芯片成功筛选了HBVDNA聚合酶PR转染细胞后差异表达基因，为进一步阐明PR蛋白可能的分子生物学机制提供依据。     

阳痿肾阳虚证转录组学特征研究

目的:研究阳痿肾阳虚证的转录组特征,揭示肾阳虚证"同证异治"的生物学基础。方法:分别对3例阳痿肾阳虚证,3例健康组进行Agilent人4×44 k表达谱芯片实验,对差异表达基因进行GO、Pathway分析。结果:阳痿组与健康组的差异表达基因达1396条。其中差异性最大的是归属于GO:0008287(蛋白丝氨酸/苏氨酸磷酸酶复合物),找出具有显著性差异的信号转导通路8个。结论:阳痿肾阳虚证的转录组特征有可能是丝氨酸/苏氨酸磷酸酶复合物通过Rho激酶调节钙信号转导通路,通过与前期同类研究对比,发现阳痿肾阳虚证在钙信号转导通路方面存在一致性,其他功能基因及通路均有差异。由此表明不同疾病的肾阳虚证在信号转导通路方面各自有显著特点,为我们提出的"同证异治"提供了分子生物学基础上的证据。     

应用表达谱芯片研究胶质母细胞瘤相关基因的表达及功能

目的:应用基因表达谱芯片筛选研究人脑胶质母细胞瘤发生,发展中相关基因的表达及生物信息分析功能.方法:采用含13 939条基因(设置173个对照点)的BioStarH140S型表达谱芯片;用改良的"一步法"抽提2例正常脑及6例胶质母细胞瘤组织总RNA,制备杂交探针;杂交芯片后用ScanArray4000扫描芯片荧光信号,提取正常脑及胶质母细胞瘤组织差异基因;对差异基因进行生物信息分析,初步分类及Northern杂交研究.结果:按照差异显著标准,在胶质母细胞瘤中共有198条(1.42%)基因表达差异显著,其中77条(0.55%)表达上调,121条(0.87%)表达下调,55条新基因尚未在GenBank登录;生物信息分析发现肿瘤相关基因与细胞信号和传递蛋白、代谢、蛋白翻译合成、细胞骨架和运动、免疫、原癌基因和抑癌基因、细胞周期、细胞凋亡等9类基因密切相关;Northern杂交结果与表达谱芯片一致.结论:基因表达谱芯片可低成本、高通量、高效率筛选胶质瘤相关基因,并为基因群功能研究提供了方向;本研究结果有助于揭示胶质母细胞瘤分子机制,为指导肿瘤的临床诊断、治疗和预后判断提供依据.     

HCV非结构蛋白3反式激活基因6转染肝癌细胞的基因表达谱芯片分析

目的:为了研究NS3TP6可能的分子生物学功能,我们应用基因芯片技术,检测丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白3 (NS3)反式激活基因NS3TP6的表达对肝母细胞瘤细胞HepG2基因表达谱的影响. 方法:以分子生物学技术构建NS3TP6的真核表达载体pcDNA3.1(-)-NS3TP6,以表达质粒pcDNA3.1(-)-NS3TP6转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,制备转染后的细胞裂解液,提取mRNA. 应用基因表达谱芯片技术对差异表达mRNA进行检测和分析. 结果:HepG2细胞经转染NS3TP6后,有7条基因表达增强,38条基因表达降低. 结论:应用基因表达谱芯片成功筛选了NS3TP6的反式调节基因,为进一步阐明NS3TP6的反式激活作用及免疫调节机制提供了新的依据.     

MTHFR基因C677T多态性与卒中后认知障碍中医证型相关性研究

目的:探讨亚甲基四氢叶酸还原酶(MTHFR)突变基因C677T位点基因多态性与卒中后认知障碍不同中医证型的相关性。方法:运用MMSE筛选出190例卒中后伴有认知损的患者,根据相关文献研究及证候诊断积分将中医辨证分为:肾精亏虚证、痰浊阻窍证、热毒内盛证、瘀血阻络证、肝阳上亢证、腑滞浊留证、气血亏虚证7个证型,通过聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析法(PCR-RFLP)检测MTHFR基因C677T位点基因多态性,然后分析MTHFR基因C677T多态性与卒中后认知损害中医症候的相关性。结果:对于C677T位点,CC基因型的分布频率以气血亏虚证(8,44%)、热毒内盛证(12,46.2%)为主;CT基因型的分布频率以肝阳上亢证(9,42.9%),腑滞浊留证(18,56.3%)为主;TT基因型分布频率以肾精亏虚证(16,45.7%)、瘀血阻络证(16,57.1%)为主。C等位基因以气血亏虚证及肝阳上亢证为主,T等位基因主要以肾精亏虚证、瘀血阻络证为主;相关性分析得出:CT基因主要与痰浊阻窍证(P0.05)、瘀血阻络证相关(P0.05),CC基因各证型无明显差异,TT基因型主要与肾精亏虚证(P0.05)相关。结论:MTHFR基因C677T位点基因多态性与卒中后认知损害的中医证型有显著相关。