微生物组学大数据分析方法、挑战与机遇

微生物组学是新兴学科,与肠道、代谢、生殖、神经等大量慢性疾病相关。通过测序分析微生物组,主要包括16S rRNA和
宏基因组两大技术。16S rRNA数据分析主要包括序列处理、样品多样性分析及统计分析3个步骤。宏基因组数据分析主要包
括序列处理、分类、注释及统计分析4个环节。随着测序技术的升级,测序成本将逐步降低,而大数据分析将成为核心内容。数
据的标准化和可积累性、通过数据建模和预测疾病的发生发展是未来应用的基础,数据知识产权保护以及数据本身价值的开发
与保护价值将日益显现,培养和基于培养的功能验证将是未来的重点之一。人体微生物组学将阐述并调整人与微生物组之间
的关系,此领域相关研究有巨大的发展空间。
     

精准医学在外科领域的应用进展

精准医学是以个体化医疗为基础,实现对疾病和患者个性化、精准化治疗。3D打印技术以及基因组测序技术是实现个性
化、精准化治疗的有效手段。3D打印技术在外科的应用有以下方面：优化手术方案,实现精准化、个性化手术;个性化导航模板
的制作;个性化、定制化假体制作;个性化的人体器官、组织设计。随着组织工程技术、新材料技术以及基因组测序技术的不断
发展以及相关政策、法规的不断完善,精准医学在外科领域的发展将迈上一个更高的层面。本文就精准医学在外科领域的应用
作简要综述。
     

MICA抗体监测在肾移植术后急、慢性排斥反应中的意义

目的探讨肾移植受者的抗MICA抗体水平与急性和慢性排斥反应的相关性及其对移植肾功能的影响。方法采用酶联
免疫吸附方法检测接受同种异体肾移植手术的患者血清中MICA 抗体,并同步检测HLA抗体、肾功血肌酐、尿量及移植肾超声
等临床指标。本研究分两部分分别监测在肾移植术后急、慢性排斥反应中MICA抗体的变化。结果第一部分41例研究对象
中有18例发生急性排斥反应,该组中MICA抗体阳性率高于肾功能稳定组（P<0.05）;MICA抗体阳性组的急性排斥反应发生率
高于MICA抗体阴性组（P<0.05）;术后MICA抗体动态监测时发现,MICA抗体水平逐渐升高2~3 d后出现排斥反应,给予抗排
斥治疗后血肌酐水平逐渐降至正常,MICA抗体水平亦逐渐下降,但仍维持在阳性范围。第二部分40例患者中21例患者出现
慢性排斥反应,其中MICA抗体阳性率明显高于肾功稳定组患者（P<0.05）。慢排组中MICA抗体阳性患者的血肌酐与阴性组
的血肌酐水平比较有统计学差异（P<0.05）。移植肾穿刺病理结果显示MICA抗体阳性患者C4d沉积均为阳性。结论MICA
抗体可预测急性排斥反应的发生及治疗效果,对于及时诊断及治疗排斥反应提供了一个重要指标,同时也是导致慢性排斥的主
要因素之一,可影响移植肾的长期存活。
     

抗MICA抗体的致敏因素分析及其对肾移植的影响

摘要：目的探讨抗MICA抗体的致敏因素及其对肾移植的影响。方法采用液相芯片分析技术检测98例尿毒症患者血清
中10种抗MICA抗体及其抗体特异性,根据抗MICA抗体分为抗MICA抗体(+)组和抗MICA抗体(-)组,分析MICA致敏
原因;对其中已行同种异体肾移植手术患者,比较抗MICA抗体(+)组和抗MICA抗体(-)组两组急性排斥反应（AR）发生
率,移植肾功能恢复时间等资料。结果98例尿毒症患者中,16例检测到抗MICA抗体,阳性率为16.3%,抗MICA抗体(+)
组和抗MICA抗体(-)组输血、妊娠、移植、PRA等因素有显著性差异（P<0.05）。38例肾移植受者,6例发生AR,经甲基强
的松龙冲击治疗后均逆转。其中抗MICA抗体（+）组10例,4例发生AR;抗MICA抗体（-）组28例,2例发生AR。两组间
AR发生率有显著性差异（40% vs 7%,P=0.031）。抗MICA抗体(+)组移植肾功能恢复时间（14.6±4.7 d）高于抗MICA抗体
(-)组（8.2±4.5 d）（P=0.001）。结论输血、妊娠、移植等因素可以引起抗MICA抗体产生。对于抗MICA抗体(+)患者,需要
严格的配型和更强有力的免疫抑制药物,来预防排斥反应,提高移植肾存活率。
     

菌群培养组学及其在皮肤病研究中的应用进展

 皮肤菌群在维持皮肤稳态中发挥重要作用并参与多种皮肤疾病的发生发展。既往研究主要通过高通量测序技术揭示人体皮肤菌群的组成和特征,但这一技术存在偏倚和局限,且难以深入开展单个菌株的功能研究。培养组学通过高通量培养技术分离菌株,结合质谱技术和16S rRNA测序鉴定菌种,进而深入分析菌株功能,可以挖掘生理状态下皮肤菌群多样性,同时推动疾病状态下皮肤共生细菌物种和菌株水平的研究。健康人皮肤菌群培养组学增加了可培养的皮肤细菌数量,并揭示了皮肤菌群碳源利用模式的多样性和皮肤菌群的个体特异性。培养组学可以动态观察皮肤病治疗过程中皮肤菌群的变化,揭示维持皮肤菌群多样性对皮肤稳态的重要意义,并筛选得到在银屑病、皮肤慢性创伤等皮肤病治疗中有益的特定菌株。随着培养组学方法的完善及多组学联合运用的发展,菌群培养组学将成为皮肤病学研究不可或缺的重要方法。     

限制性标记基因组扫描分析在前列腺腺癌基因组CpG岛的异常甲基化

目的用限制性标记基因组扫描（RLGS）分析前列腺腺癌基因组CpG岛的异常甲基化,为前列腺腺癌相关基因的甲基
化研究奠定基础。方法采用激光捕获显微切割技术从20 例前列腺腺癌和18 例良性前列腺增生组织中捕获均一同质的腺
体细胞,提取DNA,利用RLGS技术对这些样本基因组CpG岛扫描,比较前列腺腺癌和良性前列腺增生的CpG岛甲基化差
异,筛选出参与前列腺腺癌发生的CpG岛甲基化基因。将其上传至DAVID数据库进行GO分析,并对筛选出甲基化最显著
的基因DPYS进行焦磷酸测序。结果前列腺腺癌和良性前列腺增生分别有10245 个和8658 个CpG岛发生甲基化,甲基化
发生率分别为37.2%和30.3%,其中超过60%为启动子区CpG岛。前列腺腺癌与良性前列腺增生存在差异甲基化的CpG岛
有735个,其中高甲基化458个,去甲基化256个。筛选出DPYS、P16、APC、GSTP1、TMEM122、RARB、ARHGAP20等7个前列腺
腺癌甲基化最显著的基因。生物信息学分析提示这些基因涉及多个分子功能和生物过程,其中DPYS参与了13 个GO注释
的生物功能,50种疾病的发生发展和47个蛋白间的相互作用。对CpG岛7个位点进行焦磷酸测序,平均甲基化频率为32.7%。可
能在前列腺腺癌发生发展中存在重要的意义。结论RLGS发现前列腺腺癌和良性前列腺增生之间存在大量CpG岛高甲基
化和去甲基化改变。筛选出甲基化显著的基因DPYS在前列腺腺癌发生和发展中起重要作用,机制有待进一步研究。
     

肾上腺皮质增生患者的常见突变是该疾病新发生突变的热点区域

摘要：目的对肾上腺皮质增生患者及家属（CAH）进行基因诊断并探讨其突变来源。方法通过限制性内切酶特异性识别突变
位点的酶学方法对患者及其家系进行基因诊断。通过PCR测序的方法对收集到的家系进行DNA测序,分析确定肾上腺皮质增
生致病基因21-羟化酶的突变。运用基因组短串联重复序列多态性（STR）分型技术进行亲缘关系分析,用以确定突变位点来
源。结果患者（病例号7424）21-羟化酶基因存在I2g和I172N两个已知突变。I2g突变遗传自母亲（病例号7536）,I172N系新发
生突变。STR分析结果表明该患者的遗传物质一半来自母亲（病例号7536）,一半来自父亲（病例号7535）,二者系患者的生物学
父母。结论肾上腺皮质增生疾病中出现的常见基因突变在遗传过程中也是新发生突变的热点区域。
     

高通量测序技术在口腔疾病中的应用进展

高通量测序技术即下一代测序技术(next generation sequencing,NGS)或深度测序,广泛应用于全基因组和转录组的测序、基因组修饰的鉴定和蛋白质相互作用的分析。高通量测序技术不仅可以全面认识口腔微生物群落在健康和疾病状态下的特征,而且可以认识某种口腔微生物的生物功能及其在群落中的作用。对患者健康和患病细胞的基因组、外显子或转录组高通量测序的见解已经能够改善许多口腔疾病的诊断分类、预测和治疗选择。目前高通量测序技术在口腔疾病研究中应用广泛,本文将从高通量测序技术平台的发展及高通量测序技术在龋病、牙周病、口腔鳞状细胞癌和其他口腔疾病中的应用进行综述。     

肾移植术后供受者MICA抗体对早期移植肾功能的影响

目的探讨供受者主要组织相容性复合物I 类相关链A（MICA）抗体对肾移植术后早期移植肾功能的影响。方法采用
Luminex200液相芯片技术,对43对肾移植供受者进行MICA抗体检测,其中26例尸体供者,所对应的43例受者。分为四组：
（1）供受者均为MICA抗体阳性组;（2）供者MICA抗体阳性、受者MICA抗体阴性组;（3）供者MICA抗体阴性、受者MICA抗体
阳性组;（4）供受者均为MICA抗体阴性组。比较各组之间术后急性排斥反应（AR）发生率、1周时血肌酐水平、移植肾功能恢复
时间等资料,分析供受者MICA抗体对早期移植肾功能的影响。结果26例尸体供者中MICA抗体阳性者5例（19.2%）,抗体特
异性频率最高的是MICA*019（40%）;43 例受者中MICA 抗体阳性者11 例（25.6%）,抗体特异性频率最高的是MICA*018
（14.6%）。43例受者肾移植后AR分析显示,第1组未发生AR（0/1）;第2组AR发生率为33.3%（2/6）,第3组AR发生率为40%
（4/10）;第4组AR发生率为38.4%（10/26）。各组之间AR发生率无统计学意义（P>0.05）;各组在术后1周时血肌酐水平以及移
植肾功能恢复时间方面无统计学意义（均P>0.05）。结论供受者任何一方在肾移植前存在MICA抗体对术后早期受者的AR发
生率和肾功能恢复无明显影响。
     

1型登革病毒初次感染患者血清中和抗体的动态反应分析

目的研究感染登革病毒（DENV）后,机体DENV中和抗体产生的特点及其动态变化规律。方法采集2006年DENV-1初
次感染患者在发病2周之内的,以及同一组患者在2010年随诊期间的血清标本,用本实验室建立的以群特异性DENV NS1抗原
捕获ELISA为基础的,可同时测定4型DENV中和抗体的微中和试验（ELISA-MNT）,对这两组血清中的DENV中和抗体滴度
进行检测。这两组血清标本均检测了全部抗4型DENV的中和抗体。此外,2010年的血清标本还检测了抗3种不同毒株的
DENV-1（其中包括1株标准株和2株临床分离株）的中和抗体。结果2006年和2010年这两组不同时间段的血清标本对全部4
型DENV均可显示出一定程度的交叉中和抗体反应,其中,2006年的血清标本交叉中和抗体反应更为明显,表现为其最高的中
和抗体针对的甚至是DENV-2,而不是预计中的DENV-1;2010年的血清标本中最高的中和抗体滴度针对的是同型的
DENV-1。Mann-whitney U检验显示：对于同型的抗DENV-1中和抗体滴度,2010年的血清要明显高于2006年的血清（U=
86.500,P=0.000）,但异型中和抗体滴度在两组血清标本中无明显改变。Friedman检验显示,尽管同属DENV-1,但2010年的血
清标本对3种不同毒株的DENV-1的中和抗体滴度之间还是存在显著差异（χ2=12.123,P=0.002）。结论4型交叉中和抗体反应
是DENV感染后,尤其是在感染早期中和抗体的产生特点,但只有同型DENV中和抗体滴度可随时间的推移而发生明显的上
升;然而即使是同属于一种血清型,不同毒株之间的中和抗体也可能存在差异。
     

伴PNH样缺陷的自身免疫性溶血性贫血1例报告

自身免疫性溶血性贫血和阵发性睡眠性血红蛋白尿都是常见的溶血性疾病,前者是由于免疫功能紊乱导致的溶血,后者
则是一种获得性造血干细胞克隆性疾病,两者常单独发病,伴随或相互继发的病例也可见。在临床诊疗中,阵发性睡眠性血红
蛋白尿样缺陷样缺陷的自身免疫性溶血性贫血是自免溶贫的一种特殊类型,应注意与经典阵发性睡眠性血红蛋白尿样缺陷加
以区分。
     

CD_4~+CD_(25)~+调节性T细胞免疫抑制及其在疫苗免疫保护中作用的研究进展

调节性T细胞(Treg)通过高表达CD25分子在免疫应答过程中发挥免疫抑制功能,其功能是通过下调自身免疫应答诱导自身免疫耐受和自身免疫性疾病的发生。正常情况下Treg与辅助性T细胞17互相拮抗,保持机体平衡。在感染性疾病和自身免疫性疾病中,通过增加Treg可减缓病情。通过去除Treg联合疫苗免疫的策略,有助于提高抗感染和抗肿瘤的疗效。因此,在疫苗免疫保护中,对Treg免疫抑制功能的研究能够为研制新型疫苗奠定理论基础。     

生殖免疫性抗体产生及导致不孕机制相关研究进展

近年来随着生殖免疫学的迅速发展,免疫因素所致不孕越来越受到人们重视,研究发现与不孕不育有关的自身免疫性抗体主要有女性的抗精子抗体、抗卵巢抗体、抗透明带抗体、抗绒毛膜促性腺激素抗体、抗子宫内膜抗体、抗心磷脂抗体。现阐述了正常生育过程以及该六种免疫性抗体产生及导致不孕机制研究进展,意在对临床中免疫性不孕的诊治起到一定指导作用。     

电穿孔技术对DNA疫苗pVAX-tG250FcGB免疫效果的影响

目的探讨应用电穿孔技术对DNA 疫苗pVAX-tG250FcGB 免疫效果的影响。方法构建肾癌DNA 疫苗pVAXtG250FcGB,
通过体内电穿孔技术或普通肌肉注射途径,将DNA疫苗导入到BALB/c小鼠体内,探讨电穿孔免疫途径诱导抗原
特异性免疫应答的效果。结果电穿孔技术或普通肌肉注射均能在小鼠体内诱导出抗原特异性的体液免疫应答和细胞免疫应
答,电穿孔技术的免疫效果明显优于普通肌肉注射途径。结论电穿孔技术介导的DNA疫苗pVAX-tG250FcGB免疫具有较强
的诱导免疫应答的能力,是研究DNA疫苗pVAX-tG250FcGB免疫效果的一种有效途径。
     

Enhancement of DNA vaccine-induced immune responses by a 72-bp element from SV40 enhancer

Background Although DNA vaccine is considered as the next generation of vaccine, most DNA vaccine candidates are still suffering from the relatively weak immunogenicity despite the increased dosage of plasmid DNA administered. In order to enhance the immune responses elicited by a codon-optimized HIV gag DNA vaccine, a modified plasmid vector pDRVI1.0 and a booster immunization with replicating Tiantan vaccinia （RTV） strain expressing the same gene were employed. Methods Vector pDRVI1.0 was constructed through inserting the 72-bp element from the SV40 enhancer, which was reported promoting nuclear transport of plasmid DNA, to the upstream of cytomegalovirus enhancer/promoter region of the plasmid vector pVR1012. Gene expression levels from expression plasmids based on pDRVI1.0 and pVR1012 were tested. Humoral and cellular immune responses induced by DNA vaccine alone or DNA prime-RTV boost regimen were determined in mice. Results It was shown that the 72-bp element significantly enhanced the gene expression level in non-dividing cells. gag-specific humoral and cellular immune responses induced by DNA vaccination were both significantly improved, while the Thl/Th2 balance was not obviously affected by the 72-bp element. RTV boosting further significantly enhanced DNA vaccine-palmed antibody and T cell responses in a Thl-biased manner. Conclusions The 72-bp SV40 enhancer element should be included in the DNA vaccine vector and RTV strain is a very efficient live vector for boosting immunization.     

lncRNA在免疫细胞及自身免疫性疾病中的研究进展

长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)是继miRNA后又一类具有调控功能的非编码RNA,其可在基因水平、转录水平和蛋白质水平等多方面影响疾病的发生发展。目前已在基因印迹、肿瘤疾病、神经退行性疾病等领域取得较好的研究进展,而其在自身免疫方面的研究才刚刚起步,但诸多lncRNA已被证实参与免疫细胞的发育分化,并在免疫系统稳态维持及自身免疫性疾病的发生发展中发挥重要作用。本文将从免疫细胞和自身免疫性疾病方面阐述lncRNA的研究进展。     

口服耐受治疗自身免疫病及转基因植物在该领域中的应用

口服耐受的机制已在动物实验中得到阐明。近年来通过口服抗原(耐受原)诱导免疫耐受，靶向性治疗自身免疫病的研究日益受到关注。口服耐受诱导治疗自身免疫病的方法在动物模型研究中获得显著效果，并开始应用于人自身免疫病的临床治疗。但口服免疫耐受性的诱导需要摄人大量的可溶性蛋白抗原，低成本获得充足的口服耐受原是将口服诱导耐受治疗自身免疫病的方法推向临床应用的瓶颈。转基因植物为解决这一关键问题提供了新的途径，其表达系统合成的耐受原已在自身免疫病模式动物中获得成功应用。随着研究的深入，该表达系统有望在诱导口服耐受治疗自身免疫病领域中发挥重要的作用。     

高原地区自身免疫病患者抗ENA抗体谱与体液免疫的比较

目的：抗ENA抗体谱的临床意义与其他免疫指标的比较，方法：对103例自身免疫患者血清标本，采用免疫印迹法检测抗体，经免疫散射比浊法检测免疫球蛋白和补体，结果：抗ENA抗体在自身免疫病有较高的检出率，与正常对照组比较，抗ENA抗体阳性血清中IgG、IgM、IgA增设，而C3和总补体溶血性（CH5O）水平下降，随着抗ENA抗体免疫印迹条带数的增多，IgG增设,而IgM、C3及CH5O有明显的下降，C3、CH5O与疾病活动性有关系。结论：抗ENA抗体阳性者存在体液免疫应答增加，并且与抗ENA抗体免疫印迹条带数呈正比。