柴胡疏肝散治疗代谢相关脂肪性肝病的网络机制研究＊

目的 分析疏肝理气代表方柴胡疏肝散治疗代谢相关脂肪性肝病（MAFLD）的作用机制。方法 根据TCMSP数据库、GeneCards数据库、OMIM数据库，预测和筛选柴胡疏肝散的活性成分和MAFLD的相关基因，得到柴胡疏肝散治疗MAFLD的潜在靶点，使用Cytoscape软件和STRING数据库，构建柴胡疏肝散活性成分与MAFLD相关靶点的成分-靶点网络，分析网络获得重要靶点，并利用DAVID数据库对其进行基因本体（GO）和京都基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。同时作分子对接及历史文献研究对相关靶点进行验证。结果 从中药复方柴胡舒肝散中经ADME筛选后到了槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、柚皮苷、和异鼠李素、柠檬烯等140种化学成分，能够作用于65个MAFLD的疾病靶点，其中前十位的PTGS2、ESR1、AR、GSK3B、PTGS1、ESR2、ADRB2、AKT1、TP53、PGR和EGFR为最重要的核心靶点，可以调控的信号通路主要为HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路、AMPK信号通路、VEGF信号通路、TNF信号通路、p53信号通路、PPAR信号通路和Jak-STAT信号通路，参与MAFLD的RNA聚合酶II启动子转录、基因表达与DNA转录的正调控等过程。分子对接结果显示药物关键成分槲皮素与山柰酚与疾病核心靶点IL-6成功建立对接，且具良好的结合活性。结论 柴胡疏肝散在干预MAFLD的过程中，主要通过调节免疫和肿瘤抑制作用治疗脂肪性肝病，整个过程通过多靶点和多途径对机体起到积极治疗作用。     

基于网络药理学的四君子汤治疗慢性萎缩性胃炎作用机制研究

目的:探讨四君子汤治疗慢性萎缩性胃炎的有效活性成分及作用机制。方法:本研究通过TCMSP数据库选取四君子汤中党参、茯苓、白术、甘草含有的491个化合物,筛选其活性成分及潜在靶点;同时,通过GeneCards数据库挖掘慢性萎缩性胃炎疾病靶点;结合化合物及疾病靶点,构建化合物-靶点网络、进行GO富集分析及KEGG通路富集分析。结果:四君子汤中含有123个活性成分,对应慢性萎缩性胃炎78个靶点;GO生物过程相关条目36个;KEGG通路14条,涉及肿瘤信号通路(pathways in cancer)、TNF信号通路、P53信号通路等。结论:四君子汤主要通过调控细胞炎症、增殖、凋亡、代谢来治疗漫性萎缩性胃炎,这为阐明四君子汤治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制、开展实验验证提供依据。     

藏药十二味翼首散治疗“年仍奈”潜在机制的网络药理学研究＊

目的 通过网络药理学技术预测十二味翼首散治疗“年仍奈”的作用靶点及通路，分析其抗细胞因子风暴的多功效-多靶点-多通路的协同作用机制。方法 利用文献挖掘、TCMSP和化学专业数据库预测十二味翼首散化合物及候选靶点，通过STRING 11.0数据库富集十二味翼首散靶点的GO和KEGG通路，运用GeneCards数据库预测新型冠状病毒肺炎的候选靶点，取十二味翼首散靶点与新冠肺炎靶点交集结果生成VENN图，通过STRING 11.0数据库和Cytoscape 3.6.0软件构建交集成分靶点蛋白互作网络，富集其GO功能注释和KEGG通路。采用Cytoscape 3.6.0软件构建十二味翼首散治疗“年仍奈”的“药物-活性成分-靶点-通路-功效”网络结构图。结果 十二味翼首散通过作用于TNF、IL6、GAPDH、TP53、MAPK3、ALB、EGFR等核心靶点，调节免疫应答功能和炎症反应、病毒感染和血管通透及内皮细胞功能等信号通路，发挥了集热平稳、散热驱邪，抑制传播、安抚身心，调养身体的重要作用。结论 本研究探讨了十二味翼首散抗细胞因子风暴的潜在机制及防治“年仍奈”的不同阶段，为十二味翼首散的临床应用提供科学依据。     

基于网络药理学与分子对接技术的“陈皮-山楂”药对治疗高脂血症的作用机制研究※

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨“陈皮-山楂”药对治疗高脂血症（HLP）的作用机制。方法 通过使用TCMSP、ETCM和BATMAN-TCM数据库筛选陈皮、山楂的活性成分和作用靶点;通过Genecards、Disgenet和OMIM数据库获取HLP潜在作用靶点;通过Venny网站获取“陈皮-山楂”药对与疾病的交集靶点;使用Cytoscape软件构建活性“成分-疾病-交集靶点”网络图;使用String数据库和Cytoscape软件构建交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Metascape数据库对交集靶点进行基因本体（GO）生物功能分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;最后利用AutoDock Vina软件对主要活性成分和关键靶点进行分子对接。结果 得到“陈皮-山楂”药对潜在活性成分71个、潜在作用靶点414个,HPL疾病靶点1056个,其中成分与疾病交集靶点共88个;GO生物过程作用于激素反应、细胞对激素刺激的反应等602个条目,GO细胞组分富集作用于转录调节复合物、囊泡腔等23个条目,GO分子功能富集作用于核受体活性、配体激活转录因子活性等47个条目;KEGG通路分析共得到127条通路,与脂肪细胞因子信号通路、PPAR信号通路和AMPK信号通路等有关;分子对接结果证实主要活性成分槲皮素、柚皮素与关键靶点PPARA、TP53结合能力良好。结论 “陈皮-山楂”药对可通过多成分、多靶点、多途径发挥对高脂血症的治疗作用。     

基于网络药理学探讨温胆汤治疗高血压病的作用机制

目的 通过网络药理学方法探讨温胆汤治疗高血压的作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台（TCMSP数据库）、TCMID数据库、化学专业数据库、SwissTarget Prediction 数据库和Uniprot数据库获取并筛选温胆汤活性成分及靶点;通过Genecard、OMIM、Drugbank数据库收集高血压疾病的相关基因。将所得到的温胆汤的药物靶点与高血压相关靶点进行映射,取得交集基因后通过Cytoscape 3.6.0 软件构建“成分-靶点”网络,String 数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。通过BiocManager软件包对温胆汤治疗高血压的交集靶点进行基因本体论（GO）分类富集分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果 获得药物-疾病交集基因94个。通过拓扑分析和MCC算法筛选出槲皮素、柚皮素、川皮苷等关键活性成分10个,STAT3、JUN、IL6等关键基因10个。通过GO分类富集分析确定了1837个条目,其中涉及生物过程的有1686条,涉及细胞组成的有61条,涉及分子功能的有90条。通过KEGG 通路富集分析,找到了126条信号通路。结论 温胆汤中的关键成分可能为黄酮类化合物,作用于STAT3、JUN、IL6等靶点,可能通过调控AGE-RAGE、流体剪应力与动脉粥样硬化、TNF等信号通路从而发挥降压作用 。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制＊

目的 采用网络药理学和分子对接技术研究黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的主要化学成分、可能的作用靶点以及相关信号通路，探讨其多成分-多靶点-多通路的潜在作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索黄芪-紫苏子的化学成分；运用PubChem数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选其潜在靶点；借助GeneCards数据库检索COPD相关靶点，与黄芪-紫苏子化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点；使用Cytoscape3.2.1软件构建“中药-化学成分-靶点-疾病”网络；将上述共同靶点导入String数据库获取数据后在Cytoscape3.2.1软件中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络（protein-protein interaction，PPI），然后进行核心靶点筛选；利用Metascape数据库进行GO和KEGG通路富集分析；使用RCSB PDB数据库、Pymol和Autodock Vina软件进行分子对接；采用A549细胞进行体外活性实验评价槲皮素和异鼠李素的抗炎作用，验证网络药理学及分子对接结果的科学准确性。结果 黄芪-紫苏子的“中药-化学成分-靶点-疾病”网络包含34个化学成分和74个治疗COPD的潜在靶点，其核心化学成分主要为黄酮类化合物；另PPI网络中核心靶点主要涉及ALB、TP53、AKT1等；GO功能富集得到GOBP条目1841条，GOCC条目109条，GOMF条目105条；KEGG通路富集筛选得到130条信号通路，其中靶点在AGE-RAGE信号通路、PI3K-AKT 信号通路和HIF-1信号通路等富集较为集中。分子对接结果显示，黄芪和紫苏子的核心化合物中的黄芪异黄烷苷、木犀草素、槲皮素以及异鼠李素等黄酮类成分对ALB具有较高亲和力。体外活性验证中槲皮素和异鼠李素具有显著的抗炎活性。结论 黄芪-紫苏子配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放，达到治疗COPD的效果，为其分子机制研究奠定一定的基础。     

基于网络药理学和分子对接法筛选藏药五味沙棘散治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）活性成分的研究＊

目的 筛选藏药五味沙棘散（WSP）治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在活性成分。方法 采用中药系统药理学技术平台（TCMSP）筛选藏药五味沙棘散（沙棘、余甘子、木香、甘草、葡萄）潜在活性成分，采用Swiss Target Prediction预测活性成分的潜在靶点，通过String数据库绘制蛋白质相互作用网络，通过DAVID数据库对WSP作用靶点进行Gene Ontology （GO）功能注释和KEGG通路富集分析，借助Cytoscape 3.7.2构建“药物-成分-靶点”网络。通过Maestro version 11.5软件，将活性成分作为配体与受体血管紧张素转换酶II（ACE2）、细胞丝氨酸蛋白酶（TMPRSS2）和COVID-19 3CL水解酶（Mpro）进行分子对接验证。结果 “药物-成分-靶点”网络包含5味药物、29个化合物和32个核心靶点，得到GO功能富集条目225条（p < 0.05），KEGG通路富集筛选得到15条信号通路（p < 0.05）。分子对接结果显示甘草苷、甘草异黄烷酮、槲皮素、山柰酚等核心化合物与COVID-19靶点结合力最强。结论 本研究体现出藏药五味沙棘散“多成分-多靶点-多途径”的作用特点，其活性成分通过与ACE2，TMPRSS2和COVID-19 3CL水解酶结合作用于AKT1、VEGFA、EGFR等靶点，调节MAPK signaling pathway、Toll-like receptor signaling pathway、T cell receptor signaling pathway等多条信号通路，实现对治疗COVID-19肺炎潜在的治疗作用。     

基于网络药理学及分子对接技术研究人参-陈皮配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制＊

目的 研究人参-陈皮配伍治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的主要活性成分和潜在的分子作用机制。方法 从TCMSP数据库中获取人参、陈皮的活性成分和潜在靶点，疾病靶点利用DrugBank、TTD、GeneCards数据库获取。“药物-化合物-靶点”互作网络可视化由Cytoscape3.6.1软件完成。通过绘制韦恩图得到人参、陈皮和COPD的共有靶点，运用Cytoscape平台获取共有靶点相互作用关系。通过DAVID数据库对共有靶点进行GO、KEGG富集分析。活性成分和关键靶点的分子对接由autodock vina实现，并采用体外抗炎活性实验进行验证。结果 从人参和陈皮中共筛选得到27个活性成分，800个疾病靶点，药物和疾病共有靶点70个。GO功能富集分析得到GO条目213个（P<0.01），KEGG通路富集筛选得到99条信号通路（P<0.01）。分子对接结果显示，甾醇类成分和黄酮类成分与关键靶点有较高的结合性。体外抗炎活性验证结果表明，川陈皮素、山奈酚、柚皮素、人参皂苷rh2能够减少炎症因子的分泌。结论 人参-陈皮配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放，达到治疗COPD的效果。     

基于网络药理学的胆黄润肠丸治疗慢传输型便秘作用机制研究※

目的 运用网络药理学方法系统探究胆黄润肠丸治疗慢传输型便秘的作用机制。方法 通过检索TCMSP和CNKI筛选胆黄润肠丸药物组成的有效成分,依靠PharmMapper预测活性成分靶点,应用Uniprot校正靶点基因名,并借助Cytoscape构建胆黄润肠丸的“药物-活性成分-靶点”网络;利用OMIM和Genecards检索慢传输型便秘的疾病基因,将“药物-疾病”交集靶点应用STRING数据库和Cytoscape构建PPI;应用Metascape数据库进行GO和KEGG的富集分析,并由此预测胆黄润肠丸的作用机制。结果 从胆黄润肠丸中筛选出24个活性成分,获得对应97个药物靶点;检索到1005个慢传输型便秘关联疾病靶点,其中38个为“药物-疾病”交集靶点,ALB、EGFR、CASP3、ESR1、HSP90AA1等为核心交集靶点;GO富集包括类固醇激素的反应、对营养水平的反应、囊泡腔、膜筏、蛋白激酶结合、蛋白域特异性结合等;KEGG富集涉及癌症通路、IL-17信号通路、雌激素信号通路等。结论 胆黄润肠丸通过多成分、多靶点、多通路治疗慢传输型便秘。     

基于网络药理学探讨当归-牛膝防治骨关节炎的作用机制＊

目的 运用网络药理学、分子对接、细胞验证方法，探讨当归-牛膝防治骨关节炎（Osteoarthritis，OA）的作用机制。方法 从TCMSP筛选当归-牛膝的活性成分，并用Swiss Target Prediction预测其作用靶点；从GEO、GeneCards、DisGeNET、TTD数据库收集OA相关靶点。取活性成分与OA交集靶点，借助Cytoscape 3.8.2的BisoGenet构建交集靶点的蛋白相互作用（Protein-protein interaction，PPI）网络，CytoNCA拓扑分析获得PPI核心靶点，ClueGO对PPI核心靶点进行GO和KEGG富集分析。运用Autodock 4.2软件对关键活性成分与核心靶点进行分子对接。构建IL-1β诱导的软骨炎症细胞模型，RT-PCR与流式细胞仪验证预测结果。结果 研究显示当归-牛膝活性成分与OA的交集靶点183个，PPI核心靶点373个；PPI核心靶点的GO富集分析涉及有丝分裂细胞周期相变等调控，KEGG涉及细胞周期、泛素介导的蛋白水解等信号通路；分子对接显示槲皮素、汉黄芩素、山奈酚与关键核心靶点ESR1、RELA、MAPK1、CDKN1A、CDK2具有较好亲和力。RT-PCR显示核心药效成分可调节细胞周期信号通路靶点的mRNA表达水平，增加软骨细胞的S、G₂/M期比例，提高软骨指标ACAN、COL2、SOX9的mRNA表达水平。结论 该研究验证了当归-牛膝药对可介导细胞周期信号通路而促使炎症软骨细胞的软骨增殖与修复，其防治OA的综合机制可涉及调节软骨细胞周期相变、促进软骨的增殖与修复、抗炎、抗凋亡等方面的多靶点、多途径机制，对临床实践具有重要指导意义。关键词： 网络药理学 当归 牛膝 骨关节炎 分子对接 作用机制 细胞周期     

彝族药金胃泰胶囊治疗胃肠疾病的网络药理学研究

应用网络药理学和分子对接技术探讨彝族药金胃泰胶囊治疗急慢性胃炎、胃及十二指肠溃疡和慢性结肠炎的物质基础和作用机制。通过TCMSP,CNKI,PubMed收集金胃泰胶囊组成中药的化学成分,经SwissTargetPrediction进行成分-靶点预测;从OMIM收集急慢性胃炎、胃及十二指肠溃疡和慢性结肠炎疾病的相关基因,通过Venny分析,获得金胃泰胶囊治疗相关胃肠疾病的潜在靶点;使用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析;通过STRING数据库获得蛋白相互作用,应用Cytoscape软件实现蛋白相互作用可视化;使用AutoDock Vina软件对AKT1,EGFR,PTPN11及其反向筛选的化学成分进行分子对接,根据对接结果阐明金胃泰胶囊治疗相关胃肠疾病的潜在作用机制。结果获得金胃泰胶囊潜在活性成分86个,治疗急慢性胃炎、胃及十二指肠溃疡和慢性结肠炎的潜在靶点共268个。KEGG富集筛选得到20条与急慢性胃炎、胃及十二指肠溃疡、慢性结肠炎有关的通路,主要涉及钙信号通路、趋化因子信号通路等。分子对接显示AKT1,EGFR,PTPN11与其反向筛选的化学成分具有较好的结合活性。金胃泰胶囊可能通过作用于AKT1,EGFR,PTPN11等靶点,在细胞炎症和免疫、细胞增殖和凋亡、幽门螺杆菌感染、胃肠道等相关的15条信号通路发挥治疗急慢性胃炎、胃及十二指肠溃疡和慢性结肠炎的作用。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨利胆化痰活血方治疗代谢综合征的分子机制＊

目的 利用网络药理学和分子对接技术探讨利胆化痰活血方治疗代谢综合征的药效活性成分及作用机制。方法 通过TCMSP数据库（http：//tcmspw.com/tcmsp.php）和SwissTargetPrediction（http：//www.swisstargetprediction.ch）筛选利胆化痰活血方的有效成分及靶点，从DisGeNET数据库（https：//www.disgenet.org）中获取代谢综合征疾病靶点，与利胆化痰活血方有效成分靶点进行韦恩分析。针对利胆化痰活血方有效成分和代谢综合征相关靶点进行GO功能分析与KEGG通路富集分析，并建立交集靶点的PPI网络和有效成分-核心靶点关联网络。利用分子对接技术预测有效成分与靶点的潜在结合活性。结果 网络药理学分析得出38个活性成分和14个靶点组成的129个有效成分与靶点组合可能是其潜在起效组合。其作用通路与内分泌抵抗，EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药，HIF-1信号通路，FoxO信号通路，Rap1信号通路，MAPK信号通路，ErbB信号通路，鞘脂信号通路，Ras信号通路，趋化因子信号通路相关。分子对接将其聚焦到AKT1，PPARG及MMP9三个靶点中，动物实验显示，代谢综合征大鼠肝脏中AKT1，PPARG的mRNA水平显著降低（P<0.05，P<0.01），经过利胆化痰活血方治疗后显著升高（P<0.05，P<0.01）。结论 本研究发现利胆化痰活血方可能作用于肝脏中AKT1和PPARG治疗代谢综合征，对进一步揭示利胆化痰活血方对代谢综合征的治疗作用提供新的证据和研究思路。     

桂枝茯苓丸“异病同治”甲状腺结节、乳腺结节及子宫肌瘤网络药理学机制研究

目的采用网络药理学及分子对接方法探究桂枝茯苓丸治疗足厥阴肝经疾病甲状腺结节、乳腺结节及子宫肌瘤的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和SwissTargetPrediction数据库检索桂枝茯苓丸组方药物的化学成分并获取靶点,通过GeneCards、OMIM数据库查询疾病相关靶点,获得二者交集靶点基因。采用Cytoscape3.7.2软件构建药物-成分-疾病-靶点网络和蛋白相互作用网络,利用R语言对靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,运用PyMOL软件进行分子对接。结果共筛选出桂枝茯苓丸活性成分116个,对应有效靶点1109个,与3种疾病的交集靶点79个。对交集靶点富集分析发现,桂枝茯苓丸治疗甲状腺结节、乳腺结节及子宫肌瘤的共同关键通路为AGE-RAGE信号通路、MAPK信号通路及PI3K-Akt信号通路。根据KEGG通路富集分析结果确定7个核心靶点(TP53、CCND1、EGFR、SRC、ESR1、VEGFA、GAPDH)。结论桂枝茯苓丸可能通过调控AGE-RAGE信号通路、MAPK信号通路及PI3K-Akt信号通路,作用于TP53、CCND1、EGFR、SRC、ESR1、VEGFA、GAPDH等靶点,发挥活血、化瘀、消癥功效,可为桂枝茯苓丸“异病同治”机制研究提供参考。     

基于网络药理学的五苓散治疗慢性心力衰竭的机制研究

目的通过网络药理学方法探讨五苓散(WLS)治疗慢性心力衰竭(CHF)的作用机制。方法运用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)与文献挖掘获取五苓散的有效活性成分和对应的作用靶点,从而建立单味药-活性成分-靶点网络;在GeneCards、OMIM数据库获得CHF的靶点,采用Cytoscape 3.7.1软件构建药物活性成分-CHF-靶点网络模型并进行分析;运用STRING数据库构建蛋白质相互作用网络(PPI),借助DAVID在线工具对关键靶点进行基因本体功能注释(GO)和东京基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并用Surflex软件进行分子对接。结果通过筛选得到50个活性成分,29个潜在靶点,8243个CHF靶点,27个五苓散-CHF共同靶点。网络分析结果表明,五苓散治疗CHF的关键靶点包括CASP3、RELA、AR、ESR1、CHRM1、CASP8等,生物过程主要涉及信号转导、神经系统发育、RNA聚合酶II启动子的转录起始、对雌二醇的反应、胆碱能突触传递等,KEGG富集主要涉及调节神经活性配体-受体相互作用、PI3K-Akt信号通路、胆碱能突触等。分子对接结果显示五苓散中(+)-儿茶素、花旗松素等关键化合物与CASP8、CHRM1、NR3C1等关键靶点有较好的结合能力。结论从网络药理学角度初步揭示了五苓散治疗CHF的物质基础和作用机制,为五苓散的临床应用提供了一定的理论依据。     

基于网络药理学的四逆散保肝作用机制研究

目的 基于网络药理学探讨四逆散治疗慢性肝炎、脂肪肝与肝癌的物质基础和保肝的作用机制，同时揭示四逆散治疗肝病“异病同治”的分子机制。方法 利用TCMSP、CTD、Genecards、Omim等数据库与相关文献检索四逆散有效化学成分、靶点和慢性肝炎、脂肪肝、肝癌疾病靶点；利用TBtools软件获取四逆散保肝作用的潜在靶点；利用Cytoscape 3.7.2软件构建“有效化学成分-靶点”网络与潜在靶点蛋白互作网络；利用Uniprot数据库对潜在靶点进行注释；利用David数据库对潜在靶点进行基因本体（GO）生物功能与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果 共获取四逆散有效化学成分137个、靶点223个，慢性肝炎靶点478个，脂肪肝靶点17 277个，肝癌靶点16 930个，四逆散保肝作用的潜在靶点30个。GO生物功能与KEGG通路富集分析显示潜在靶点共涉及178个生物过程，参与51条信号通路，排名前20的通路中与肝病相关的有9条。结论 四逆散可能是通过调控IL-6、VEGFA、EGFR、PPARG、CASP3等潜在靶点和HIF-1、TNF、PI3K-Akt等相关信号通路，发挥抗炎、抗氧化应激、抑制细胞凋亡等功能，从而对肝脏起到保护作用。     

面向隐结构模型和网络药理学探讨“调肝守恒”治疗慢性胃炎的潜在生物学机制＊

目的 通过隐结构模型方法诠释名老中医“调肝守恒”治疗慢性胃炎经验，运用网络药理学探讨“调肝守恒”核心组方治疗慢性胃炎的潜在靶标及作用机制。方法 利用TCMSP数据库筛选组方具有成药可能性较大以及口服吸收较佳的候选活性成分；通过GeneCards数据库筛选获得慢性胃炎相关预测靶点，并与潜在活性成分的作用靶点进行交集分析，获得组方治疗慢性胃炎的靶点；采用Cytoscape软件，构建“药物-活性成分-作用靶点”网络图；借助String数据库平台构建蛋白质相互作用网络，筛选核心靶点；利用Cytoscape软件中的ClueGO插件对共同作用靶蛋白进行GO生物功能注释与KEGG富集分析。结果 发现组方中包含的59个候选成分可能作用于疾病的101个靶点，候选成分中槲皮素、木犀草素、山柰酚可能是组方发挥作用的关键成分，生物学功能涉及凋亡、增殖、炎症反应等多方面，交集基因富集于MAPK信号通路、PI3K/AKT信号通路等经典炎症-肿瘤信号通路。结论 隐结构模型方法诠释名老中医遣方用药以“调肝守恒”为路法，提供临床实践用药范式与借鉴。组方治疗慢性胃炎是多靶点、多成分、多通路的复杂过程，其可能是通过调节以上关键蛋白表达及信号通路，来发挥改善慢性胃炎相关症状，延缓、阻断炎-癌转化的作用。     

基于网络药理学探究清幽养胃胶囊治疗Hp感染慢性萎缩性胃炎的作用机制＊

目的 通过网络药理学预测清幽养胃胶囊治疗Hp感染慢性萎缩性胃炎有效成分、作用靶点及相关信号通路并通过分子对接技术验证。方法 利用TCMSP数据库、SwissTargetPrediction、STITCH数据库获得药物的有效成分以及靶点。通过GeneCards、OMIM数据库获得疾病靶点。用String数据库构建PPI网络，用软件Cytoscape 3.7.2构建活性成分－靶点－药物－疾病网络关系，用R语言进行生物功能和通路分析。运用PDB 数据库、PubChem数据库、AutoDuck软件等工具进行关键靶蛋白与相关化合物的分子对接，以验证其治疗作用。结果 预测得到清幽养胃胶囊治疗Hp感染慢性萎缩性胃炎的206个成分，涉及119个靶点，跟PI3K/Akt、IL-17、TLR等信号通路有关，并发现AKT1、IL6、ALB、CASP3、VEGFA等关键靶点。分子对接表明关键靶蛋白与相关活性成分结合程度较好，且绝大多数优于阳性对照药。结论 清幽养胃胶囊通过多成分、多靶点的形式治疗Hp感染慢性萎缩性胃炎，为进一步探究其机制打好基础。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨糖网明目颗粒治疗糖尿病视网膜病变的作用机制

[目的] 通过网络药理学和分子对接技术研究糖网明目颗粒治疗糖尿病视网膜病变（DR）的潜在分子机制,为糖网明目颗粒防治DR新药研发提供方向。[方法] 在中药系统药理分析平台（TCMSP）检索糖网明目颗粒组成药物的化学成分信息,通过PharmMapper服务器,Disgenet和GeneCards数据库建立活性成分靶点数据库和DR靶基因数据库,进行靶点匹配获取药物-疾病共同靶点。随后构建PPI网络图,并筛选核心靶点,构建中药-活性成分-核心靶点网络图。用R-4.1.1对药物-疾病共同靶点进行GO和KEGG富集分析。最后使用AutoDock软件进行分子对接分析,并用Pymol和Discovery Studio软件将结果可视化。在此基础上通过体外细胞实验对上述结果进行验证。[结果] 本文筛选得到糖网明目颗粒-DR共同靶点62个;GO富集分析确定了226个项目,KEGG通路富集筛选得到163条信号通路,主要有糖尿病并发症中的晚期糖基化产物（AGE）-晚期糖基化终末产物受体（RAGE）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、FoxO信号通路等多种途径。分子对接结果显示糖网明目颗粒的有效成分木犀草素、表儿茶素及花生四烯酸等能与靶蛋白骨形态发生蛋白2（BMP2）、表皮生长因子受体（EGFR）和纤维连接蛋白1（FN1）等形成较为稳定的分子结合。在高糖诱导的人视网膜母瘤细胞Y79中,糖网明目颗粒能够抑制EGFR和丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）14的蛋白表达。[结论] 本研究初步探讨了糖网明目颗粒治疗DR的作用机制,结果表明糖网明目颗粒治疗DR具有多成分,多靶点,多途径协同发挥药效的特点,为后续深入研发提供指导与部分依据。     

基于网络药理及分子对接探讨茵陈五苓散治疗原发性胆汁性胆管炎的作用机制

目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨茵陈五苓散治疗原发性胆汁性胆管炎(PBC)的潜在作用机制。方法:运用系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索茵陈五苓散的活性成分和作用靶点。通过GeneCard、OMIM数据库收集疾病靶点。运用Cytoscape3.7.2软件构建化合物-靶点网络。采用R语言进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。将药理网络中的核心活性化合物与法尼醇X受体(FXR)进行分子对接,同时比较推荐的化学药物与FXR的结合活性。结果:化合物-靶点网络筛选出茵陈五苓散核心活性化合物为槲皮素、异鼠李素、β-谷甾醇、阿特匹林A、猪毛蒿、芫花黄素、茵陈黄酮、3β-乙酞氧基苍术酮、二氢槲皮素、去甲氧基茵陈色原酮等。得到GO条目2189条(P<0.05),KEGG通路富集分析得到155条信号通路(P<0.05)。分子对接结果显示核心活性化合物与FXR亲和力与推荐药物相近。结论:茵陈五苓散对PBC的干预作用的潜在机制可能是槲皮素、异鼠李素、β-谷甾醇、阿特匹林A、猪毛蒿、芫花黄素、茵陈黄酮、3β-乙酞氧基苍术酮、二氢槲皮素、去甲氧基茵陈色原酮等活性化合物通过与FXR结合作用于AKT1、JUN、MAPK1、RELA、IL6、MAPK14、EGFR、ESR1、FOS、CCND1等靶点调节多条信号通路而发挥作用。     

基于网络药理学-分子对接探讨益气养阴通络方抗类风湿关节炎的作用机制

[目的] 采用网络药理学与分子对接探究益气养阴通络方干预类风湿关节炎（RA）的作用机制。[方法] 通过中药系统药理学数据库及分析平台（TCMSP）、本草组鉴（HERB）和文献查阅获得复方活性成分与靶点,采用Genecards、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）等数据库获得疾病靶点,然后采用数据库计算出益气养阴通络复方成分与疾病的交集靶点。对交集靶点施行功能和通路富集分析,选取益气养阴通络方核心药物靶点与关键化合物施行分子对接。[结果] 网络药理学共筛选出益气养阴通络方的 83种活性成分和779个潜在靶点,RA相关靶点5 393个,交集靶点465个,其中交集核心靶点9个（分别为SRC、STAT3、MAPK3、MAPK1、HSP90AA1、PIK3R1、GRB2、AKT1、PIK3CA）。富集得出PI3K-AKT、癌症相关及神经活性配体-受体相互作用等通路,其中PI3K-AKT信号通路可能是复方干预RA的关键通路之一。对接计算表明,益气养阴通络方的11种主要活性成分与关键靶点SRC、STAT3、PIK3R1、AKT1均有较稳定的结合,其中与AKT的结合可能最大。[结论] 益气养阴通络方通过多成分-靶点-通路的方式干预RA,PI3K-AKT、癌症相关及神经活性配体-受体相互作用通路均为可能的作用通路。