62株克罗诺杆菌多位点可变数目串联重复序列分析分子分型研究

目的利用克罗诺杆菌多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)分型方法对国内62株克罗诺杆菌进行MLVA分型研究。方法利用文献报道的4个克罗诺杆菌可变串联重复序列(VNTR)位点,应用PCR、毛细管电泳、基因测序方法,使用BioNumerics软件聚类分析菌株MLVA分型多态性。结果 62株菌分为8个群28个MLVA型别,其中II群的菌株数目占总菌株数目的比例最大(43.5%);菌株流行特征呈同一地区具有多个MLVA型别特点,其中MLVA-5型在多个省份有分布。结论国内克罗诺杆菌存在丰富的基因多态性;需要建立和筛选更适合中国菌株的VNTR位点来进一步优化现行的MLVA策略。     

吉林省珲春地区蜱中伯氏疏螺旋体与斑点热群立克次体复合感染研究

目的了解吉林省珲春地区伯氏疏螺旋体与斑点热群立克次体的复合感染情况.方法运用PCR方法对吉林省珲春地区采集的蜱标本,进行伯氏疏螺旋体5S～23S rRNA间隔区基因与斑点热群立克次体外膜蛋白A（ompA）基因的检测.测序并用PHYLIP软件进行序列分析.结果全沟硬蜱中伯氏疏螺旋体感染率为36.0%,在全沟硬蜱中检测到了斑点热群立克次体的感染,其感染率为2 0%.二者的复合感染率为2.0%;森林革蜱中伯氏疏螺旋体感染率30.9%,斑点热群立克次体感染率29.1%,二者的复合感染率16.8%.伯氏疏螺旋体的序列分析显示吉林地区的伯氏疏螺旋体都属于B.garinii基因型,同源性较高.对斑点热阳性片段序列分析表明新测序列与斯洛伐克新发现的IRS3株和IRS4株核苷酸序列同源性为97%.结论吉林省珲春地区全沟硬蜱及森林革蜱中检测到伯氏疏螺旋体与斑点热群立克次体的感染,并检测到2种病原体的复合感染情况.     

7个VNTR位点用于四川省钩端螺旋体菌株的分型研究

目的掌握了解四川省钩端螺旋体基因分型情况、基因型地理分布特征、各地区的主要优势菌型,为分子流行病学调查中确定暴发流行、追溯传染源和传播媒介、预防控制疫情提供科学依据。方法采用多位点可变数目串联重复序列分析方法(MLVA)对四川分离保存的185株钩体菌株7个VNTR位点进行检测,并用BioNumerics软件进行基因分型聚类。结果 185株钩体菌株成功扩增出164株,阳性率为为88.6%,分为81个MLVA基因型,其中156株致病性钩端螺旋体地方株成功扩增出144株,阳性率为92.3%,分为65个MLVA基因型,涵盖11个血清群34个血清型。结论四川地区钩端螺旋体菌多态性好,基因型别与地理分布呈相关性,可通过MLVA方法为钩体疫情的分子流行病学调查提供及时和准确的科学依据。     

多位点可变数目串联重复序列分析对致病性钩端螺旋体分型的研究

钩端螺旋体(钩体)病是一种自然疫源性疾病.近年来以可变数目串联重复序列(variable number of tandemrepeats,VNTR)为基础的分型方法,逐渐被应用于分子流行病学研究中.本研究选取我国致病性钩端螺旋体15群15型参考菌株,初步探讨多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)在钩体病分子流行病学研究中的应用价值.     

大兴安岭林区蜱和鼠中莱姆病螺旋体感染及其基因分型研究

目的 了解内蒙古大兴安岭林区蜱和鼠中伯氏疏螺旋体的感染及基因分型情况。方法 应用巢式PCR扩增蜱和鼠中伯氏疏螺旋体5S-23SrRNA间隔区片段，对阳性产物进行限制性片段长度多态性（RFLP）分析和单链构象多态性（SSCP）分析，RFLP分析显示特殊带型的样本测序分析。结果 检测全沟硬蜱1336只，293只阳性，阳性率为21．93％；森林革蜱144只，6只阳性，阳性率为4．17％；嗜群血蜱144只，未发现有伯氏疏螺旋体感染。检测鼠9种145只，感染伯氏疏螺旋体的4种5只，感染率为3．45％；其中检测8只棕背鼠平，2只阳性。RFLP分析及序列分析显示蜱中有B．garinii20047亚型、B．gariniiNT29亚型、B．afzelii基因型以及不同基因型或亚型伯氏疏螺旋体的混合感染；鼠感染的伯氏疏螺旋体包括B．garinii20047亚型和B．gariniiNT29亚型。SSCP分析结果显示带型多于36种。结论 大兴安岭林区蜱及鼠中均存在伯氏疏螺旋体的感染，其中全沟硬蜱的感染率较高；B．garinii型为主要基因型，且该地区伯氏疏螺旋体存在遗传多态性。单只蜱中存在同时感染不同基因型伯氏疏螺旋体的情况，人和宿主动物是否存在不同基因型伯氏疏螺旋体混合感染尚待进一步研究。全沟硬蜱和棕背鼾分别是该林区伯氏疏螺旋体的主要媒介和主要储存宿主。     

我国滇西北山区家犬莱姆病螺旋体基因的检测及序列分析

目的了解滇西北山区莱姆病伯氏疏螺旋体的自然感染及基因分型情况。方法以山区农村家犬作为指示动物,使用真空采血管抽取家犬全血,应用巢式PCR扩增犬血中伯氏疏螺旋体5S~23S rRNA间隔区片段,然后对阳性片段进行测序,并将所测序列与GenBank中注册的基因序列进行比较分析。结果共检测贡山、福贡2个县3个乡镇山村63只家犬血液,其中发现9只犬为阳性,阳性率14.29%。基因序列分析结果显示,当地犬感染的伯氏疏螺旋体为Borrelia garinii。结论首次证实云南省西北部山区家犬中存在莱姆病Borrelia garinii型伯氏疏螺旋体感染。     

肠炎沙门菌可变数目串联重复序列位点用于多位点可变数目串联重复序列分型分析的评价

目的 评价不同肠炎沙门菌可变数目串联重复序列(VNTR)位点用于多位点可变数目串联重复序列(MLVA)分型的可行性.方法 选取已报道使用的肠炎沙门菌11个VNTR位点,对中国不同时间和地区分离的16株菌进行初步评价,选取具有单一扩增条带的位点进行104株肠炎沙门茵的MLVA分型分析.对这些菌株同时进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析,比较MLVA分型方法与PFGE分型方法对菌株分型能力的强弱.结果 初筛得到7个VNTR位点用于扩大菌株的分析,这些位点将104株菌分为16个MLVA型别,D值为0.7222,这些菌株同时被分为22个PFGE型别,D值为0.7974.对两种方法各自所分的最大组包含的菌株进行比较,发现PFGE具有更强的分辨能力;从频数分布看,PFGE方法分型结果比较分散,MLVA分型较为集中.结论 用于国际肠炎沙门菌分型具有扩增多态性的VNTR位点在国内分离株中并不都具有多态性结果,在MLVA方法学建立中应选择更多的VNTR位点进行广泛的筛选才有利于国际实验室间的方法的统一.     

不同串联重复序列位点组合用于中国结核分枝杆菌基因分型的能力比较分析

目的 初步评价不同串联重复序列(VNTR)位点在中国8省市结核分枝杆菌基因分型中的应用,寻找适合中国地区结核分枝杆菌基因分型的位点组合.方法 从中国8个省(市、自治区)2800余株结核分枝杆菌临床分离菌株中以简单数字表法随机抽取140株,采用多位点数目可变串联重复序列分析方法(MLVA)对27个数目可变VNTR位点进行基因多态性检测,采用BioNumerics数据库软件进行单位点和不同位点组合的分辨率(Hunter-Gaston指数,HGI)分析,并比较分析其对140株菌的基因分型鉴定能力.同时采用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)将140株菌分为北京家族和非北京家族,评价上述不同VNTR位点组合在北京家族和非北京家族中的分型能力.结果 140株菌主要可分为2个基因群,即北京家族112株,占80%;非北京家族28株,占20%.Spoligotyping分型对140株结核分枝杆菌的HGI为0.4589.MLVA分析结果显示不同位点在不同菌株群存在明显的多态性,不同位点的HGI具有较大差异(0～0.809),对全部菌株、北京家族菌株、非北京家族菌株的HGI达到0.5以上的VNTR位点数分别为8、7和14个.27个VNTR位点进行不同的位点组合:优化筛选的8位点组合、国际推荐的12个、15个和24个位点组合.4个组合的HGl分别为0.9991、0.9882、0.9980和0.9986;在北京家族菌株中,上述组合的HGI依次为0.9987、0.9318、0.9969和0.9975;在非北京家族菌株中分别为1、0.9894、1和1.结论不同的VNTR位点和不同VNTR位点组合在中国8省市结核分枝杆菌中的HGI均存在明显差异;本研究优化的8个位点组合MLVA分型方法在中国结核分枝杆菌流行病学研究可能具有良好的应用前景.     

江西省羊种布鲁氏菌分子流行病学特征分析

目的 掌握江西省羊种布鲁氏菌分子特征,了解分离菌株流行病学间相关性。方法 采用多位点可变数目串联重复序列分析方法（MLVA）对江西省17个县（区） 25株人分离羊种布鲁氏菌进行分析。结果 25株羊种布鲁氏菌聚类可分为24个独立基因型,相似度为67.00%～100.00%,辛普森指数在0.000～0.773之间,MLVA8型有3个基因型,60.00%（15/25）为42型,32.00%（8/25）为43型,8.00%（2/25）为63型。MLVA11型有7个基因型,116、125型为主要基因型,两型菌株占56.00%（14/25）。结论 25株人分离羊种布鲁氏菌基因具有高度遗传多样性,菌株基因型繁多,各菌株间无明显流行病学相关性,表明江西省羊种布鲁氏菌传染来源复杂。     

肠炎沙门菌可变数目串联重复序列位点用于多位点可变数目串联重复序列分型分析的评价

目的 评价不同肠炎沙门菌可变数目串联重复序列(VNTR)位点用于多位点可变数目串联重复序列(MLVA)分型的可行性.方法 选取已报道使用的肠炎沙门菌11个VNTR位点,对中国不同时间和地区分离的16株菌进行初步评价,选取具有单一扩增条带的位点进行104株肠炎沙门茵的MLVA分型分析.对这些菌株同时进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析,比较MLVA分型方法与PFGE分型方法对菌株分型能力的强弱.结果 初筛得到7个VNTR位点用于扩大菌株的分析,这些位点将104株菌分为16个MLVA型别,D值为0.7222,这些菌株同时被分为22个PFGE型别,D值为0.7974.对两种方法各自所分的最大组包含的菌株进行比较,发现PFGE具有更强的分辨能力;从频数分布看,PFGE方法分型结果比较分散,MLVA分型较为集中.结论 用于国际肠炎沙门菌分型具有扩增多态性的VNTR位点在国内分离株中并不都具有多态性结果,在MLVA方法学建立中应选择更多的VNTR位点进行广泛的筛选才有利于国际实验室间的方法的统一.     

感染性创面细菌学调查与药物敏感性分析

目的分析感染性创面临床特点与耐药性,以降低耐药菌的产生。方法回顾性分析2010年1月-2012年12月医院整形烧伤科收治的280例慢性感染创面患者临床资料;采用法国生物梅里埃公司VITEK-32型自动微生物检测仪及GNI鉴定卡对分离培养的病原菌予以鉴定,数据采用SPSS17.0软件进行统计分析。结果慢性感染性创面由创伤、术后、烧伤、压疮、糖尿病、血管性疾病引起,分别占47.60%、22.60%、15.41%、6.85%、4.11%、3.43%;所有创面均行病原菌培养,结果均为阳性,共培养出332株病原菌,其中革兰阴性菌228株占68.68%,革兰阳性菌103株占31.02%,真菌1株占0.30%;感染性创面主要以革兰阴性菌为主,对氨苄西林均耐药,对三代头孢菌素抗菌药物耐药率较高,对碳青霉烯类及万古霉素药物敏感性降低。结论创面感染以革兰阴性菌为主,其耐药率较高,抗菌治疗难以愈合,因此在创面感染时,未进行细菌培养前勿滥用抗菌药物,以降低泛耐药菌的产生。     

常见光学分析方法在医学分析仪器中的应用

光学分析方法是临床检验分析中最常用的检测手段之一。本文从光学分析方法的基本原理入手,介绍了比色法和分光光度法、荧光光度法和荧光分光光度法、散射法等几种常见光学分析方法在医学分析仪器中的典型应用,以及光学分析仪器的质量控制及其发展前景。     

Cluster analysis of contaminated sediment data: nodal analysis

The objective of the present study was to explore the use of multivariate statistical methods as a means to discern relationships between contaminants and biological and/or toxicological effects in a representative data set from the National Status and Trends (NS&T) Program. Data from the National Oceanic and Atmospheric Administration, NS&T Program's Bioeffects Survey of Delaware Bay, USA, were examined using various univariate and multivariate statistical techniques, including cluster analysis. Each approach identified consistent patterns and relationships between the three types of triad data. The analyses also identified factors that bias the interpretation of the data, primarily the presence of rare and unique species and the dependence of species distributions on physical parameters. Sites and species were clustered with the unweighted pair-group method using arithmetic averages clustering with the Jaccard coefficient that clustered species and sites into mutually consistent groupings. Pearson product moment correlation coefficients, normalized for salinity, also were clustered. The most informative analysis, termed nodal analysis, was the intersection of species cluster analysis with site cluster analysis. This technique produced a visual representation of species association patterns among site clusters. Site characteristics, such as salinity and grain size, not contaminant concentrations, appeared to be the primary factors determining species distributions. This suggests the sediment-quality triad needs to use physical parameters as a distinct leg from chemical concentrations to improve sediment-quality assessments in large bodies of water. Because the Delaware Bay system has confounded gradients of contaminants and physical parameters, analyses were repeated with data from northern Chesapeake Bay, USA, with similar results.     

对应分析在传染病疫情资料分析中的应用

目的:用对应分析方法对江苏省主要甲乙类传染病与年龄、性别的相互关系作初步探讨。方法:收集2004年～2006年发病率在前10位的传染病资料,用对应分析方法进行分析。结果:年龄与传染病的关系在男性与女性人群中均相似:0～14岁人群的多发传染病为麻疹和猩红热;肺结核多发生在60岁及以上人群中;而血源传播肝炎、淋病及梅毒主要危及20～49岁青壮年人群。痢疾在各年龄人群中的发病情况相似;肠道传播肝炎则更易发生在20岁以上的成人中。结论:针对传染病在不同年龄人群中发生频率不同的特点,可各有侧重采取防病措施。对应分析在传染病资料管理中也可广泛适用。     

Genetic analysis workshop III: Two-point analysis of multipoint data

A three-step procedure was employed to analyze the workshop data. Pairwise lod scores were computed using LIPED and were utilized for estimating the recombination frequencies and thereby order among loci, This approach proved sufficient to identify accurately and to order the two linkage groups. Coincidence and interference were estimated. Associations between the alleles were tested. The following is a brief summary of this study. Detailed results or program listings are available upon request.     

主成分分析和数据包络分析的联合应用

目的 联合应用主成分分析和数据包络分析以综合评价某医院各临床科室的相对效率,提出改善建议.方法 根据医院情况,选择财务、工作量和病人满意度等各方面有代表性的12个指标,计算出16个临床科室的主成分得分和相对效率值,将2者分别排序并综合于二维象限,直观地评价和判断各科室相对效率.并得出非有效科室的松弛量,指出需调整的投入产出量,以达到相对有效.结果 二维象限显示各科室2种方法间排序一致,差异无统计学意义（P〉0.05）.位于第一象限的普外科、神经内科、肿瘤内科相对效率高（最优解θ=1）、综合情况较好 （PCA得分〉1）;而第四象限的小儿外科、眼科等相对效率高（最优解θ=1）,但主成分得分低（PCA得分〈-1.5）,规模偏小综合实力较差,应考虑予以发展;第二、三象限的感染病科、血液内科和口腔科则效率较差,为达到科室相对有效,在产出不变时,实际占用总床日数、职工人数、工资和福利、固定资产、材料及一次性消耗等投入应根据松弛量进行调整.结论 主成分分析和数据包络分析能互相补充,既体现评价单元的综合差异,又可比较相对效率,联合应用可以更全面地评价各决策单元.使用二维象限能更直观的判断较多评价单元的相对效率和综合情况,可以考虑在医院管理决策中予以推广.     

基于数据包络分析的17所科研单位投入产出分析

在经济社会发展的转型期,国家越来越重视人民生活和生命健康水平.国家不断加大对科研项目的投入,提高医疗科研水平,改善人民社会生活.然而,国家大量的资金投入是否得到应有的产出是人们普遍关注的问题.利用数据包络分析法,对17所科研单位申请的国家自然科学基金医学科学部一处、二处、三处的2009结题项目进行投入产出相对绩效分析.结果有11所科研单位投入产出DEA有效,即能够较好的利用投入得出相应的产出;有6所单位相对无效,产出没有达到相对较优的状态,造成了投入的浪费.表明通过合理调整科研结构、制定科研绩效目标来不断完善科研管理工作,仍有提升科研整体水平的空间.