霍乱弧菌的分子分型方法

在霍乱流行和暴发调查中,追溯传染源和调查传播途径往往需要对霍乱弧菌进行分型分析.对霍乱弧菌进行血清分型和噬菌体一生物分型,是得到菌株基本信息不可缺少的手段.如果想要揭示菌株在分子水平上的变异和进化规律,则需要进行分子分型分析.本研究对霍乱弧菌的各种分子分型方法进行逐一介绍并加以综合比较.     

血清杀菌试验和酶联免疫吸附试验测定C群脑膜炎奈瑟菌血清抗体滴度比较

目的 比较血清杀菌试验(SBA)和酶联免疫吸附试验(ELISA)测定两种C群脑膜炎奈瑟菌(Nm)疫苗免疫后血清抗体滴度的差异.方法 采用SBA测定75名未免疫健康成年人(40～70岁)血清、143名3～8月龄婴儿及194名3～5岁儿童NmA和C群结合疫苗或A+C群多糖疫苗免疫前后血清中Nm杀菌抗体水平,然后用ELISA测定相应血清的Nm特异性IgG含量,并利用线性相关与回归分析两种测定结果的相关性.结果 未免疫健康成年人血清中Nm杀菌抗体水平和特异性IgG含量之间的相关性较高(r=0.814 33,P＜0.001);3～8月龄婴儿和3～5岁儿童接种结合/多糖疫苗前,Nm杀菌抗体水平和特异性IgG含量之间相关性较差(3～8月龄:r=0.140 64,P＞0.l00/r=0.2899,P＜0.05;3 ～5岁:r=0.540 40,P＜0.05/r=0194 36,P＜0.05),接种1剂结合疫苗后,杀菌抗体水平和特异性IgG含量之间的相关性较好(r=0.809 38,P＜0.001和r=0.837 23,P＜0.001);接种多糖疫苗后,杀菌抗体水平和特异性IgG含量之间的相关性较差(r＜0.500 00).结论 健康成年人血清和结合疫苗免疫后的婴幼儿血清中特异性C群Nm IgG含量可以间接反映血清杀菌抗体水平,ELISA方法可以替代SBA.但ELISA检测方法不适用于3～8月龄婴儿多糖疫苗免疫后的效果评价.     

一起霍乱疫情分离株的耐药性和分子流行病学分析

目的对2017年北京市房山区一起霍乱疫情的O1群霍乱弧菌的分子流行病学特征和耐药性进行分析。方法采集患者和有关人员及外环境(包括食物)样本109件,用实时荧光PCR检测碱性蛋白胨水增菌液中O1/O139群霍乱弧菌特异性基因;同时按常规法分离培养鉴定;对鉴定的阳性菌株用实时荧光PCR检测霍乱弧菌CTX基因,用微量肉汤稀释法进行20种药物敏感试验,用Not I和SfiⅠ限制性内切酶进行脉冲场凝胶电泳实验和聚类分析。结果 109件样本增菌液O1群霍乱弧菌特异性基因阳性率19. 27%(21/109,患者、密切接触者中家属和就餐地厨师肛拭子各1件阳性,就餐地后厨外环境样本18件阳性);常规培养鉴定O1群小川型霍乱弧菌阳性率5. 50%(6/109,患者和就餐地厨师肛拭子各检出1株,就餐地后厨外环境涂抹检出4株); 6株O1群小川型霍乱弧菌,霍乱CTX基因均阴性,对20种抗生素中12种100%敏感,对头孢唑林100%耐药,PFGE分子分型条带具有一致性。结论该起霍乱疫情的病原为O1群小川型非产毒株; PFGE分子分型溯源表明疫情与厨师有关;应关注霍乱疫情菌株的耐药监测。     

2012－2014年乌鲁木齐市5岁以下急性腹泻儿童患者诺如病毒感染及基因型研究

目的了解2012 — 2014年新疆维吾尔自治区（新疆）乌鲁木齐市＜5岁住院儿童患者诺如病毒的分子流行病学特征。方法收集2012 — 2014年乌鲁木齐市895例＜5岁急性腹泻儿童患者粪便标本和流行病学资料,应用实时荧光反转录聚合酶链式反应（RT-PCR）进行诺如病毒检测,阳性样本通过RT-PCR扩增、测序和序列分析。结果诺如病毒的检出率为16.8%（150/895）,不同年份阳性率差异有统计学意义（χ2＝21.080,P＜0.05）;不同年龄组阳性率差异有统计学意义（χ2=13.367,P＝0.020）。 137份样本获得聚合酶区序列,其中89份获得衣壳蛋白区序列。聚合酶区和衣壳区分别包括11和9个基因型。根据89株双分型结果,GⅡ.4 Den Haag 2006b和GⅡ.Pe/GⅡ.4 Sydney 2012分别占21.3%和32.6%,GⅡ.P12/GⅡ.3占29.2%。 根据衣壳区分型结果,在GⅡ.4基因型中,2012 — 2014年GⅡ.4 DenHaag 2006b所占比例分别为90.0%、0%和0%;GⅡ.Pe/GⅡ.4 Sydney 2012所占比例分别为10.0%、100%和100%。结论新疆乌鲁木齐市急性腹泻儿童诺如病毒具有遗传多样性;GⅡ.Pe/GⅡ.4 Sydney 2012在新疆地区出现,逐渐替代GⅡ.4 DenHaag 2006b成为新的流行优势株。     

1995-2016年新疆维吾尔自治区伤寒沙门菌脉冲场凝胶电泳分子分型分析

目的 通过对新疆维吾尔自治区（新疆）1995-2016年伤寒沙门菌进行分子流行学特征分析,为今后监测和疫情预警提供依据。方法 利用脉冲场凝胶电泳（PFGE）对527株伤寒沙门菌进行分子分型和流行特征研究。结果 527株伤寒沙门菌分为145个PFGE带型,条带相似度为57.42%~100.00%。有部分带型多年持续存在,且出现在不同地区。共发现32组分子分型成簇性病例。结论 新疆伤寒沙门菌在基因型上存在高度多态性,同时也有优势带型长期连续存在,且存在分子分型成簇性病例,需要加强实验室监测。     

山东省聊城市婴幼儿食品、生物样品和环境标本中梭状芽孢杆菌的分离培养和鉴定

目的了解山东省聊城市0 ~ 1岁婴幼儿食品、生物样品及环境中梭状芽孢杆菌的污染水平,并对采集到的标本进行鉴定,为食品卫生监督管理部门采取相应措施减少梭状芽孢杆菌的污染提供相关依据。方法对采集的257份标本进行厌氧和微需氧培养,根据分离菌株的生长特性、革兰染色、普通显微镜下形态特征等表现特征,用16S rRNA基因克隆测序的方法对分离菌株进行鉴定。结果257份标本中检出梭状芽孢杆菌97株,检出率为37.74%,主要包括双酶梭菌38株、第三梭菌14株、生孢梭菌12株、酪酸梭菌11株、污泥梭菌9株。 97株梭状芽孢杆菌的标本分离自粪便50株、土壤28株、奶粉6株、配奶桌6株、乳头3株、配奶水2株、配奶人员手部2株。结论聊城市0 ~ 1岁婴幼儿食品、生物样品及环境中梭状芽孢杆菌的携带率高,其中双酶梭菌的检出率最高,其次为第三梭菌、生孢梭菌和酪酸梭菌。     

2006～2010年湖北省流行性脑脊髓膜炎病原学和血清学监测分析

目的分析湖北省2006～2010年流行性脑脊髓膜炎(流脑)病原学和血清学监测结果,掌握湖北省流脑的变迁规律。方法对2006～2010年分离的脑膜炎奈瑟菌(Nm)菌株进行生化鉴定、血清学分型和药物敏感性检测,并采用多位点序列分型(MLST)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法进行分子分型;对所有的脑脊液和血液标本进行Nm种属特异性荧光PCR检测;对健康人群血清,运用血清杀菌试验(SBA)进行C群杀菌力抗体水平测定。结果 2007年湖北省Nm以B群为主,2008～2010年以来C群为优势菌群;对青霉素等6种抗生素均敏感,但对环丙沙星、米诺环素、萘啶酸、复方新诺明4种抗生素出现多重耐药;分子分型结果显示,湖北省B群Nm菌株具有高度的遗传多样性,未发现明显优势的克隆群,C群优势病原株为ST-4821型。RT-PCR检测(988份脑脊液)确诊29例流脑病例,其中C群22例,A群2例、B群5例。C群杀菌力总保护率(抗体滴度≥1︰8)为38.10%。结论湖北省流脑菌株发生了从B群散发到C群流行的变迁,人群对C群Nm的免疫力不足。     

脉冲场凝胶电泳用于军团菌分型能力的评价

目的 评价脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术用于军团菌属不同种(Legionella species)以及不同血清型菌株的分型能力.方法 选用117株10个嗜肺军闭菌血清型,30种非嗜肺军团菌的参考菌株和我国环境分离菌株,采用Asc Ⅰ内切酶酶切,进行PFGE.从电泳条带的数量和分布、PFGE的分型力、分辨率和与流行病学资...     

三氯化铁-聚偏氟乙烯膜滤器富集噬菌体方法的建立和评价

目的建立和评价基于三氯化铁-聚偏氟乙烯(FeCl3-PVDF)膜滤器富集自然水体中噬菌体的方法。方法基于絮凝浓缩原理, 利用铁离子絮凝结合膜过滤器建立从水样中回收噬菌体的方法。利用琼脂双层法测定噬菌体滴度、噬菌体荧光染色观察和实时荧光PCR反应等方法检测噬菌体的回收效率。采集不同来源的水体标本进行模拟实验评价富集效果, 同时以医院排出污水作为实际水样, 利用临床常见的耐药菌作为宿主指示菌, 进一步分析FeCl3-PVDF膜滤器富集方法对自然实际水样中噬菌体的富集效果。结果建立了铁离子浓度50 mg/L, 采用PVDF膜滤器富集自然水体中噬菌体的方法。该方法对噬菌体的回收率为93%～100%;在多功能显微镜下观察发现富集后水样的噬菌体明显增多, 酶标仪测定富集后水样荧光值约为富集前的13倍;对医院外排水实际水样浓缩处理后, 浓缩组和未浓缩组噬菌体的分离阳性率分别为23%和4%, 浓缩组荧光值为未浓缩组的2～24倍。结论 FeCl3-PVDF膜滤器方法可简便、高效快速地富集不同水体样本中噬菌体。     

血流感染O139群霍乱弧菌的耐药性及基因组特征分析

目的分析1株从菌血症患者血液中分离到的O139群霍乱弧菌产毒株的耐药性及基因组特征。方法使用肉汤稀释法和全自动药敏分析仪测定菌株的抗生素敏感性, 使用二代基因测序和纳米孔测序获得菌株的完整基因组序列, 使用BLAST在线比对与CARD、Resfinder、ISfinder、VFDB等数据库进行比对分析, 明确菌株携带的耐药基因、插入序列和毒力基因等, 使用MEGA 5.1软件构建基于核心基因组单核苷酸多态性的遗传系统发生树。结果霍乱弧菌SH400为O139群产霍乱毒素的菌株, 携带了多个毒力相关基因和4个毒力岛。该菌株对链霉素、四环素、磺胺甲恶唑/甲氧苄啶耐药并携带了相应的耐药基因。该菌株携带了大小为172 914 bp并且含有10种耐药基因的IncA/C型质粒。结合基因组进化关系发现, 菌株间携带耐药基因和耐药质粒的情况呈现出一定聚集性。菌株SH400的传统ST型为ST69, cgMLST型为与cgST-252高度相似的新型别。结论该株O139群霍乱弧菌携带ctxAB毒力基因、多种耐药基因和IncA/C型质粒, 且存在多重耐药岛。