多位点数目可变串联重复序列分析在北京基因型结核分枝杆菌基因分型中的应用

目的 评价多位点MLVA的15位点组合在北京基因型结核分枝杆菌(MTB)基因分型研究中的应用价值.方法 采用MLVA(15位点)对来源于北京胸科医院的72株北京基因型MTB菌株进行基因分型,并将结果与金标准IS6110-RFLP的分型结果进行比较.结果 MLVA(15位点)分型后共得到59个类型,其中53个为独特类型,其总体分辨力为0.990,多态性较好的位点有Qub-11b、Mtub 21和QUB-26;IS6110-RFLP分型后共得到69个类型,其中66个为独特类型,分辨力高达0.999,并可对MLVA(15位点)中成簇的菌株进一步区分.结论 MLVA(15位点)在北京基因型菌株中具有较好的分辨能力,但成簇菌株仍需采用金标准IS6110-RFLP进一步细分.     

不同串联重复序列位点组合用于中国结核分枝杆菌基因分型的能力比较分析

目的 初步评价不同串联重复序列(VNTR)位点在中国8省市结核分枝杆菌基因分型中的应用,寻找适合中国地区结核分枝杆菌基因分型的位点组合.方法 从中国8个省(市、自治区)2800余株结核分枝杆菌临床分离菌株中以简单数字表法随机抽取140株,采用多位点数目可变串联重复序列分析方法(MLVA)对27个数目可变VNTR位点进行基因多态性检测,采用BioNumerics数据库软件进行单位点和不同位点组合的分辨率(Hunter-Gaston指数,HGI)分析,并比较分析其对140株菌的基因分型鉴定能力.同时采用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)将140株菌分为北京家族和非北京家族,评价上述不同VNTR位点组合在北京家族和非北京家族中的分型能力.结果 140株菌主要可分为2个基因群,即北京家族112株,占80%;非北京家族28株,占20%.Spoligotyping分型对140株结核分枝杆菌的HGI为0.4589.MLVA分析结果显示不同位点在不同菌株群存在明显的多态性,不同位点的HGI具有较大差异(0～0.809),对全部菌株、北京家族菌株、非北京家族菌株的HGI达到0.5以上的VNTR位点数分别为8、7和14个.27个VNTR位点进行不同的位点组合:优化筛选的8位点组合、国际推荐的12个、15个和24个位点组合.4个组合的HGl分别为0.9991、0.9882、0.9980和0.9986;在北京家族菌株中,上述组合的HGI依次为0.9987、0.9318、0.9969和0.9975;在非北京家族菌株中分别为1、0.9894、1和1.结论不同的VNTR位点和不同VNTR位点组合在中国8省市结核分枝杆菌中的HGI均存在明显差异;本研究优化的8个位点组合MLVA分型方法在中国结核分枝杆菌流行病学研究可能具有良好的应用前景.     

维生素D受体基因多态性与中国汉族儿童结核病易感性的研究

目的　探讨维生素D受体（VDR）基因多态性与中国汉族儿童结核病易感性的关系。 方法　收集2005年1月至2008年3月北京儿童医院收治的125例汉族儿童 结核病患儿,以同期在北京儿童医院门诊行外科手术（如疝、牙齿矫正、鞘膜积液等）前查体的446例患儿作为对照,对照组无结核病史,X线胸片无异常,PPD皮 试硬结直径小于5 mm,按照年龄、性别以及居住地与病例组进行匹配,采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析（PCR-RFLP）检测VDR基因上的Fok I和Taq I位点多态性,采用SPSS 12.0软件对病例组和对照组的基因型和等位基因频率进行卡方检验。 结果　结核组和对照组Fok I位点的FF、Ff、ff基因型频率分别为 29.6%、51.2%、19.2%和27.6%、50.9%、21.5%;Taq I位点的TT、Tt、tt基因型频率分别为90.4%、9.6%、0和86.8%、13.0%、0.2%;结核组和对照组在基因型频率 和等位基因频率分布上差异均无统计学意义。将样本按性别进行分组比较后发现,不同性别中病例组和对照组儿童的基因型和等位基因频率之间的差异无统计学 意义。 结论　VDR基因上的Fok I和Taq I位点的多态性与中国汉族儿童结核病的易感性无明显相关性。     

P2X7基因多态性与中国汉族儿童结核病易感性的研究

目的探讨中国汉族儿童P2X7基因多态性与结核病易感性相关关系，以探讨P2X7基因在儿童结核病发病中的作用。方法病例组为2005年1月至2008年9月首都医科大学附属北京儿童医院收治的汉族结核病患儿；对照组为同期在儿外科行手术前体检的患儿。按照年龄等与病例组3：1进行匹配。扩增基因组DNA P2X7基因，应用限制性酶切片段长度多态性（PCR-PFLP）分析方法和碱基特异性PCR方法，分别对P2X7基因1513和-762位点多态性与儿童结核病易感性进行相关分析。结果 病例组纳入96例，平均年龄（5.5±4.5）岁；对照组纳入384例，平均年龄（5.9±4.0）岁。P2X7基因1513位点A/C和C/C基因型分布，病例组（38.5%和8.3%）较对照组（31.0%和11.5%）比率增高，但差异无统计学意义(χ2=2.306，P=0.316)；1513C在病例组和对照组分布频率分别为27.6%和27.0%，差异无统计学意义（χ2=0.033，P=0.856）。-762位点C/C基因型在整体人群中的分布频率为56.5%，-762C 在病例组和对照组中的分布频率分别为77.4%和71.7%，对照组和病例组各基因频率或基因型频率差异无统计学意义(χ2=4.742，P=0.093)。上述基因型和等位基因频率在肺结核亚组和肺外结核病亚组差异均无统计学意义。结论宿主P2X7基因1513位点A/C和-762位点T/C的转换可能与中国汉族儿童结核病易感性无相关性。因此，P2X7基因多态性与结核病发病以及是否为结核病易感性的影响因素有待进一步验证。     

中国部分地区159株结核分枝杆菌临床分离株MLVA-19分型分析

目的初步了解中国部分地区结核分枝杆菌临床分离菌株数目可变串联重复序列（variable number of tandem repeats,VNTRs)基因多态性特征。 方法采用多位点VNTRs分析（multiple loci VNTRS analysis, MLVA）技术,随机选取159株中国部分地区结核分枝杆菌临床分离菌株,PCR和琼脂糖凝胶电泳技术,对结核分枝杆菌的19个VNTRs位点进行检测,用BioNumerics (Version 5.0) 软件进行结果分析,数据结果与国际MLVA数据库（http://minisatellites.u-psud.fr）比对,初步分析结核分枝杆菌DNA 多态性特征。结果159株菌株大致被分成4个主要的簇,其中73.8%的菌株为北京家族菌株,其次为H37Rv相似菌株及在数据库中没有比对结果的一簇,这一簇的MLVA特点是ETRD3,MIRU10、MIRU27、MIRU39、MIRU40及Mtub21位点结果为22221,与其他簇的菌株结果有比较明显的区别。可能是中国特有的菌株。另外发现与BCG相似的一簇。结论本次研究中的中国结核分枝杆菌具有明显的VNTR基因多态性,主要流行菌株为北京家族菌株,可能存在中国特异的VNTR基因型。BCG临床分离株的发现,提示BCG疫苗相关病例可能成为值得关注的卫生问题。     

P2X7基因多态性与中国汉族儿童结核病易感性的研究

目的探讨中国汉族儿童P2X7基因多态性与结核病易感性相关关系,以探讨P2X7基因在儿童结核病发病中的作用。方法病例组为2005年1月至2008年9月首都医科大学附属北京儿童医院收治的汉族结核病患儿;对照组为同期在儿外科行手术前体检的患儿。按照年龄等与病例组3：1进行匹配。扩增基因组DNAP2X7基因,应用限制性酶切片段长度多态性（PCR-RFLP）分析方法和碱基特异性PCR方法,分别对P2X7基因1513和-762位点多态性与儿童结核病易感性进行相关分析。结果病例组纳入96例,平均年龄（5.5±4.5）岁;对照组纳入384例,平均年龄（5.9±4.0）岁。P2X7基因1513位点A/C和C/C基因型分布,病例组（38.5%和8.3%）较对照组（31.0%和11.5%）比率增高,但差异无统计学意义（χ2=2.306,P=0.316）;1513C在病例组和对照组分布频率分别为27.6%和27.0%,差异无统计学意义（χ2=0.033,P=0.856）。-762位点C/C基因型在整体人群中的分布频率为56.5%,-762C在病例组和对照组中的分布频率分别为77.4%和71.7%,对照组和病例组各基因频率或基因型频率差异无统计学意义（χ2=4.742,P=0.093）。上述基因型和等位基因频率在肺结核亚组和肺外结核病亚组差异均无统计学意义。结论宿主P2X7基因1513位点A/C和-762位点T/C的转换可能与中国汉族儿童结核病易感性无相关性。因此,P2X7基因多态性与结核病发病以及是否为结核病易感性的影响因素有待进一步验证。     

ELISPOT检测技术在儿童结核病诊断中的应用

为了评价ELISPOT试验在儿童结核病诊断中的应用价值,采用以结核分枝杆菌特异性蛋白ESAT-6和CFP-10(culture filtrate protein-10)为抗原的ELISPOT试验技术,检测了42例非结核性肺疾病患儿和27例活动性结核病患儿体内特异性T淋巴细胞分泌的γ-干扰素水平,评价其在儿童活动性结核病和潜伏结核感染中的敏感性和特异性,并将结果与结核菌素皮试结果(PPD)进行比较;同时分析了该试验的各影响因素.结果显示,ELISPOT试验的敏感性为88.9%,特异性(97.6%)高于PPD(81%,P﹤0.05);与PPD试验结果结合分析,其诊断阳性率为96.3%.此外,ELISPOT试验结果与性别、年龄、BCG接种史、结核病接触史、机体免疫状态、PPD直径和感染部位等影响因素之间的相关性进行了初步探讨.实验结果提示ELISPOT试验适宜作为儿童PPD试验初筛后结核病诊断的重要辅助工具.     

IL-12在结核病发展过程中的作用

MTB感染机体后,引起一系列复杂的细胞免疫和体液免疫反应,多种细胞参与了机体与MTB间的相互作用,同时激发γ-干扰素(interferon gamma,IFN-γ),IL-12,肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor alpha,TNF-α)等多种细胞因子的分泌和释放,形成一个复杂的免疫反应网络。在该免疫反应网络中,促炎性细胞因子与抑炎性细胞因子的平衡过程调控了机体的免疫反应结局:保护性或介导结核性感染的免疫病原学反应与结核病患者的全身症状。其中,IL-12作为促炎性细胞因子,与宿主抗MTB感染的先天性和获得性免疫反应密切相关,在机体抗MTB感染过程中起到了重要保护作用。1IL-12的产生IL-12的来源机体IL-12主要由抗原提呈细胞(anti-gen presenting cell,APC)如单核巨噬细胞、树突状细胞(dendritic cell,DC)和B细胞产生。MTB感染机体后产生IL-12的细胞主要是单核巨噬细胞。当MTB感染未致敏机体后,其表面抗原通过与抗体Fab段结合,借助于抗体Fc片断与吞噬细胞表面相应的Fc受体结合,通过抗体的Fab段和Fc段的“桥联”作用,而启动吞噬细胞...     

45个可变数目串联重复序列位点用于中国结核分枝杆菌基因型鉴定的分辨力评价

目的 评价结核分枝杆菌基因组中串联重复序列(VNTR)位点在中国结核分枝杆菌临床分离株的分型鉴定的分辨力.方法 参考http://minisatellites.u_psud.fr/网站记载的位点选取其中VNTR位点,参照H37Rv结核分枝杆菌标准株全基因序列,利用DNAStar软件设计引物,采用PCR分别对中国结核分枝杆菌临床分离株和H37Rv标准株的VNTR位点进行检测,根据PCR凝胶电泳图片中各菌株相应位点扩增产物的大小,确定重复单元的重复次数.计算Hunter-Gaston指数来分析各位点的分辨能力,及各位点合并分辨力.结果 共检测135株中国结核分枝杆菌临床分离株和H37Rv标准株的45个VNTR位点.结果显示45个VNTR位点对136株菌的分辨力各不相同,Hunter-Gaston指数最大者为0.814(0.797～0.830),最小者为0.015(0.001～0.028),＞0.5的有13个位点.位点的合并分辨力分析显示,随着位点数量增加,分辨力增强,如Qub11-b和Qub18两个位点合并分析,Hunter-Gaston指数为0.936,分组数为44组;Qub11-b、Qub18、Mtub21、Rv2372、MIRU26、Qub26、Qub4156c、Qub11-a和Qub15等9个位点合并分析,Hunter-Gaston指数已经达到1,组数为136组,表示已达到最大分辨力,即株水平分型.结论 不同VNTR位点具有不同的分辨力.其分型分辨力,多位点联合明显好于单位点.Qub11-b等9个位点的合并分型能力较好,这些位点有利于结核分枝杆菌的分型研究.     

等位基因特异多重PCR快速检测结核分枝杆菌异烟肼耐药性研究

了解北京地区异烟肼（INI-I）耐药结核分枝杆菌（MTB）的分子特点,评价等位基因特异多重PCR在INH耐药性快速检测中的应用价值。选取102株北京地区MTB临床分离株,首先分别采用PCR—RFLP和反向线性杂交技术（RLB）检测耐药相关基因katG和inhA突变,然后运用等位基因特异多重PCR方法同时检测katG和inhA基因突变,并与PCR—RFLP和RLB分别检测的结果进行比较。采用等位基因特异多重PCR检测发现,INH耐药株中60．3％（35／58）存在katG315突变,13．8％（8／58）发生了inhA突变,两者同时突变率为6．9％（4／58）,INH敏感株中没有发现katG315突变,而inhA突变率为18．2％（8／44）。上述检测结果与PCR-RFLP和RLB分别检测的结果完全一致,且等于两种方法结果之和,提示等位基因特异多重PCR可完全取代PCR—RFLP和RLB。北京地区INH耐药菌株以katG315 AGC→ACC突变为主;联合检测katG315和inhA基因可提高INH耐药株的检出率。等位基因特异多重PCR操作简便,结果易于判断,可作为临床MTB菌株中INH耐药性快速检测的辅助手段。