黄疸出血群钩端螺旋体LAMP-LFB快速检测方法的建立与应用

  目的   基于环介导恒温扩增（LAMP）结合纳米生物传感条（LFB）技术,建立并评价黄疸出血群钩端螺旋体（钩体）的LAMP-LFB快速检测方法。  方法   以黄疸出血群钩体O抗原基因簇中的糖基转移酶基因（gtf）为检测靶标并设计特异性LAMP引物。 通过对LAMP引物的特定标记（FIP-FAM和LF-Biotin）和优化试验,建立LAMP-LFB快速检测方法,并分析其灵敏度和特异性。 应用建立的LAMP-LFB、普通PCR方法和显微凝集试验（MAT）,分别对53株钩体分离菌株进行鉴定,比较分析鉴定结果并评价LAMP-LFB方法的实用性。   结果   灵敏度和特异性试验显示,LAMP-LFB方法可检出黄疸出血群赖型56601基因组DNA的最低浓度为100 fg/μL,检测特异性为100%,与其余血清群和非钩体菌株核酸无交叉反应。 菌株鉴定结果显示,LAMP-LFB与MAT鉴定结果完全一致,符合率为100%,其敏感性高于PCR方法。 此外,LAMP扩增产物经LFB验证,可直接通过观察检测线（TL）和质控线（CL）进行结果判定。  结论   基于gtf基因建立的LAMP-LFB检测技术方便、快捷且重复性好,可快速、灵敏、特异地鉴定黄疸出血群钩体菌株,能够作为有价值的黄疸出血群钩体菌株快速鉴别或诊断方法。     

类鼻疽伯克霍尔德菌在青瓜和生菜幼苗中的定植情况研究

  目的  研究类鼻疽伯克霍尔德菌在青瓜、生菜幼苗中的定植情况。  方法  用海南省三亚市人民医院保存的类鼻疽伯克霍尔德菌BP47、BP56、BP66分别感染青瓜、生菜无菌幼苗根部和叶片，从被感染幼苗根部与叶片的研磨液中分离该菌。 采用菌落平板计数检测被感染第1、3、5、7天的幼苗叶片中类鼻疽伯克霍尔德菌的增殖情况，绘制增殖曲线。 通过透射电镜对幼苗叶片中的类鼻疽伯克霍尔德菌进行定位。  结果  从被感染的青瓜、生菜幼苗中分离到了类鼻疽伯克霍尔德菌，而且该菌可以在幼苗中增殖，菌量随着时间推移而增加。 通过透射电镜在青瓜、生菜幼苗叶片中也观察到了该菌定植。  结论  类鼻疽伯克霍尔德菌可以在一些生食类蔬菜（青瓜、生菜）幼苗中定植，为探究其新的感染方式提供了实验依据。     

鼠疫多重荧光定量PCR内标检测方法的建立与应用评价

  目的  建立一种鼠疫多重荧光定量PCR内标检测方法,并进行应用效果评价。  方法  选择鼠疫菌染色体YPO0393基因与pMT1质粒caf1基因为靶基因,设计合成YPO0393-内标模板、特异性引物和TaqMan荧光探针,构建鼠疫多重荧光定量PCR内标检测体系;对非鼠疫菌DNA、不同稀释浓度鼠疫菌DNA、野外监测样本进行检测,评价该方法的特异性、灵敏性、重复性和应用效果。  结果  采用多重荧光定量PCR内标方法,8株鼠疫菌DNA均出现明显的扩增曲线,12株非鼠疫菌DNA未显示扩增曲线,提示该方法特异性良好。 不同浓度的鼠疫EV76疫苗株DNA,检测最低限为22.5×10?4 ng/μL,变异系数为0.99～3.42,提示灵敏性、重复性较好。 105份野外监测样本中,荧光定量PCR内标方法检测阳性的6份,与普通PCR方法检测结果一致,4份样本分离培养出鼠疫菌且采用PCR方法检测阳性。  结论  通过设置双靶基因与内标对照,本研究建立的鼠疫多重荧光定量PCR内标方法可降低检测假阳性率,特异性、灵敏性和重复性理想,可用于鼠疫快速检测。     

Vitek 2 Compact GN卡用于不同培养基生长类鼻疽伯克霍尔德菌鉴定结果分析

目的评估不同培养基生长类鼻疽伯克霍尔德菌在Vitek 2 Compact中的鉴定结果。方法收集2010年6月至2017年5月海南省人民医院分离的类鼻疽伯克霍尔德菌127株,分别接种于哥伦比亚羊血平板(CBA)、麦康凯平板(MAC)和流感嗜血巧克力平板(CHA)上,以多位点序列分型(MLST)为金标准,评估Vitek 2 Compact VT2.R7.01版GN卡对不同培养基上生长的类鼻疽伯克霍尔德菌的鉴定准确性。结果 CBA平板上生长的类鼻疽伯克霍尔德菌鉴定准确率最高,为98.4%,2株被错误鉴定为洋葱伯克霍尔德菌;MAC次之,准确率为94.5%,其中4株被错误鉴定为洋葱伯克霍尔德菌,2株为伯克霍尔德菌某种,1株被错误鉴定为铜绿假单胞菌;CHA鉴定准确率最低,为91.3%,其中4株被错误鉴定为洋葱伯克霍尔德菌,2株为伯克霍尔德菌某种,5株无鉴定结果。结论 Vitek 2 Compact GN卡对不同培养基上类鼻疽伯克霍尔德菌鉴定准确率不同,建议优先选择CBA平板上菌落。     

不同培养基上的类鼻疽伯克霍尔德菌Vitek 2 compact GN卡鉴定结果分析

目的 评估不同培养基上类鼻疽伯克霍尔德菌(Burkholderia pseudomallei,BP)Vitek 2 compact的鉴定结果。方法 收集2010年1月-2017年5月间海南省人民医院类鼻疽伯克霍尔德菌127株,分别将其接种于三种不同培养基上,以多位点序列分型(MLST)为金标准,评估不同培养基上生长的类鼻疽伯克霍尔德菌,采用Vitek 2 compact VT2.R7.01版的 GN卡进行鉴定并比较其准确性。结果 哥伦比亚羊血平板(CBA)上的类鼻疽伯克霍尔德菌鉴定准确率最高,为98.4%,2株被鉴定为洋葱伯克霍尔德菌；麦康凯平板(MAC)次之,准确率为94.5%,其中4株被错误鉴定为洋葱伯克霍尔德菌,2株无法鉴定到种,1株被错误鉴定为铜绿假单胞菌；流感嗜血巧克力平板(CHA)鉴定准确率最低,为91.3%,其中4株被错误鉴定为洋葱伯克霍尔德菌,3株无法鉴定到种,4株鉴定不出结果。结论 该研     

鼻疽诺卡菌NFA47650蛋白的鉴定与免疫原性研究

  目的  构建鼻疽诺卡菌NFA47650蛋白原核表达载体,诱导表达及纯化NFA47650蛋白,并分析其免疫原性。  方法  根据鼻疽诺卡菌nfa-47650基因序列设计并合成引物,通过PCR扩增基因片段并构建pET30a（+）表达载体,导入BL21大肠埃希菌诱导表达并纯化。 制备NFA47650小鼠抗血清,通过Western Blot对NFA47650蛋白进行亚细胞定位和免疫原性研究。  结果  成功构建鼻疽诺卡菌NFA47650蛋白的原核重组表达载体,该蛋白在BL21大肠埃希菌中以包涵体的形式高效表达。 Western Blot结果显示,NFA47650蛋白主要存在于菌体培养上清中,能够被鼻疽诺卡菌抗小鼠和兔血清特异性识别。 另外,该蛋白与巴西诺卡菌和盖尔森基兴诺卡菌抗小鼠血清均可发生血清交叉反应。  结论  鼻疽诺卡菌NFA47650蛋白是一种分泌性蛋白,可以与不同种的诺卡菌抗血清发生免疫反应,引起免疫应答,是一种重要的免疫显性蛋白。     

类鼻疽伯克霍尔德菌误鉴定1例

正伯克霍尔德菌(Burkholderia)是一种革兰阴性非发酵菌,其中与人类疾病相关的病原菌主要包括洋葱伯克霍尔德菌复合群(B.cepacia complex)、类鼻疽伯克霍尔德菌复合群(B.pseudomallei complex)等。而类鼻疽伯克霍尔德菌复合群可进一步分为类鼻疽伯克霍尔德菌、鼻疽伯克霍尔德菌(B.mallei)、泰国伯克霍尔德菌(B.thailandensis)、俄克拉何马伯克霍尔德菌(B.oklahomensis)和汉普蒂社伯克霍尔德菌(B.humptydooensis)5个种[1],其中除泰国伯克霍尔德菌毒力较     

泰国伯克霍尔德菌错误鉴定1例

目的鉴定1例曾被错误鉴定为类鼻疽伯克霍尔德菌的泰国伯克霍尔德菌。方法对1例肺脓肿合并败血症患者的痰液和血液标本进行细菌分离培养、生化鉴定、分子生物学鉴定和药敏试验鉴定。结果培养出革兰阴性短小杆菌;生化鉴定特征符合泰国伯克霍尔德菌;测序结果显示与泰国伯克霍尔德菌相似度达100%,与类鼻疽伯克霍尔德菌相似度为99%;全基因组测序结果显示该菌与泰国伯克霍尔德菌E444具有最近的亲缘关系。药敏试验结果显示该菌对亚胺培南、左氧氟沙星、哌拉西林/他唑巴坦、头孢他啶、甲氧苄啶/磺胺甲噁唑敏感。结论成功鉴定了1例泰国伯克霍尔德菌。     

1例高致病性类鼻疽伯克霍尔德菌的鉴定及溯源性分析

正类鼻疽是一种由类鼻疽伯克霍尔德菌感染引起的热带传染病。该病原菌主要侵犯人体肺部,早期易出现发烧、寒战、咳嗽、恶心、呕吐、头痛、腹痛、肌肉痛等症状。类鼻疽伯克霍尔德菌侵入人体肺部后,容易形成难治性肺炎、肺部空洞,并可能短期内快速地发展为败血症而死亡。此外,类鼻疽伯克霍尔德菌还可能引起脑膜炎、前列腺炎、尿路感染及肝脾等内脏的     

海南省类鼻疽临床分离株核糖体16S-23S内转录间隔区序列多态性分析

目的 研究海南省类鼻疽伯克霍尔德菌核糖体16S-23S内转录间隔区（ITS）序列多态性及基因型特征,了解该省与其他类鼻疽流行区菌株间的遗传背景差异。方法 PCR扩增272株类鼻疽伯克菌的ITS片段并通过毛细管凝胶电泳检测产物长度;通过DNA测序及序列比对确认不同长度ITS的基因型及序列一致性;通过2检验分析不同流行区ITS型别的分布差异。结果 经毛细管凝胶电泳及DNA测序确认,272株类鼻疽伯克菌中发现C、E、CE、G 4种ITS基因型:C型64株（23.53%）,E型144株（52.94%）,CE型56株（20.59%）,G型8株（2.94%）。序列比对证实,海南省类鼻疽伯克菌中各型别（C、E、G）ITS序列高度保守,不同型别ITS的长度变化由其主要变异区的序列差异引起。我国海南省与泰国流行区的ITS型别分布差异有统计学意义（2=8.296,P0.05）,与澳大利亚流行区分布差异无统计学意义（2=5.521,P0.05）。结论 海南省类鼻疽伯克菌临床菌株中存在C、E、CE、G 4种ITS基因型,C、E、CE为优势型别;与泰国、澳大利亚等传统流行区相比,其G型菌株比例较高。     

恙虫病东方体环介导等温扩增可视化快速检测方法的建立

目的 利用环介导等温扩增（LAMP）可视化检测技术,建立一种灵敏、特异和简便的恙虫病检测方法。方法 利用LAMP在线引物设计软件Primer Explorer V4,以恙虫病东方体热休克蛋白groEL基因作为靶序列,设计扩增引物,优化反应条件。利用恙虫病东方体标准株评估灵敏度和特异度;收集42份恙虫病血样,分别采用LAMP、普通PCR和实时荧光定量PCR方法进行验证。结果 建立的LAMP方法可在61～65℃80 min内完成恙虫病东方体的快速检测,最低检测限为10拷贝/μL,高于普通PCR方法 2个数量级,高于荧光定量PCR方法 1个数量级;对8种常见的自然疫源性疾病病原体检测均为阴性,特异度为100%;对42份恙虫病血样采用3种方法检测,阳性率一致,均为21.4%(9/42)。结论 本研究建立的恙虫病东方体LAMP可视化检测反应快速,操作简便,灵敏特异,可在基层医疗卫生机构运用推广。     

Loop-mediated isothermal amplification assay targeting the ompA gene for rapid detection of Riemerella anatipestifer

A novel loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay was developed and evaluated for the detection of Riemerella anatipestifer (RA) infection. The LAMP assay exhibited a higher sensitivity than conventional polymerase chain reaction (PCR) and microbial isolation. The specificity of the assay was determined by restriction enzyme digestion of the LAMP products and detection of Escherichia coli, Salmonella enterica and Pasteurella multocida. The LAMP assay was able to detect RA effectively in samples of the reference strains, isolated strains and infected duck brains. This assay is a useful tool for the diagnosis of RA infection in the clinical setting.     

环介导等温扩增检测肺炎链球菌方法的建立及临床应用

目的 建立环介导等温扩增(LAMP)快速检测肺炎链球菌的方法.方法 根据美国国家生物信息中心(GenBank)上提交的肺炎链球菌R6株的lytA基因序列(登录号AF2)08540)设计特异LAMP引物,以盐酸胍一苯甲醇法提取阳性血培养瓶中细菌DNA,然后以LAMP技术扩增lytA基因,反应条件为63℃45 min,采用肉眼观察浊度和琼脂糖电泳的方法来观察结果.结果 在196份阳性血培养瓶中,采用LAMP法检测到肺炎链球菌16株,与传统方法比较,其检测肺炎链球菌的灵敏度和特异度均达到100%,且检测时间缩短为1 h左右.模拟标本的检测结果显示该方法的最低检测限为102CFU/ml.结论 该方法灵敏度高,特异性强,操作方便快速,适合从临床标本中检测肺炎链球菌.     

荧光环介导恒温扩增技术检测嗜肺军团菌方法的建立

目的探讨利用环介导恒温扩增技术(LAMP)建立可以准确快速检测嗜肺军团菌的方法。方法选取嗜肺军团菌、金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞杆菌、大肠埃希氏菌、阪崎肠杆菌、单核细胞增生李斯特氏菌、鼠伤寒沙门氏菌、福氏志贺氏菌、副溶血性弧菌菌株,根据嗜肺军团菌毒力mip基因的6个特殊区域,使用Primer Explorer Version 4软件设计LAMP引物(mip-1、mip-2、mip-3),提取病原菌基因组DNA进行LAMP,评价其特异性、最低检测限和稳定性。结果筛选出mip-3引物在测定嗜肺军团菌的LAMP反应体系中扩增约10min出峰且峰值较高;非嗜肺军团菌菌株没有扩增反应;LAMP检测限可达100fg/μL;mip-3引物在10次重复检测中几乎同时出峰,稳定性良好。结论建立的LAMP检测方法具有特异性强、稳定性高特点,能快速、准确检测出嗜肺军团菌,具有较大的推广及应用前景。     

Application of a loop-mediated isothermal amplification method for the detection of pathogenic Leptospira

Leptospirosis is an emerging infectious disease, which is considered to be the most widespread zoonotic disease in the world. There are more than 230 known serovars in the genus Leptospira. A loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay for the rapid detection of pathogenic Leptospira spp. was developed and evaluated through amplification of the lipL41 gene coding for the outer membrane protein LipL41. The LAMP assay did not rely on the isolation and culture of leptospires, and no cross-reactivity was observed with other bacterial species. A SYBR Green I-based LAMP assay was also carried out for the real-time detection of DNA amplification. The lower detection limit of the LAMP assay was approximately 100 copies, which was the same as the polymerase chain reaction (PCR) and real-time PCR assays. The accuracy of the LAMP reaction was confirmed by restriction endonuclease analysis of the amplified product. The LAMP assay is easy to perform and inexpensive, and so may be applied in the rapid and specific diagnosis of Leptospira.     

Rapid and sensitive detection of Enterobacter sakazakii by cross-priming amplification combined with immuno-blotting analysis

Enterobacter sakazakii is a widespread and life-threatening bacterium especially in polluted powdered infant milk formula. Several methods have been developed for detection of E. sakazakii such as physiological and biochemical methods, PCR and loop-mediated isothermal amplification. However, these procedures were disadvantages due to a long assay time, low sensitivity or the use of toxic reagents. Our method of cross-priming amplification (CPA) under isothermal conditions combined with immuno-blotting analysis made the whole detection procedure more sensitivity and lower time-consuming. A set of specific displacement primers, cross primers and testing primers were designed based on six specific sequences in E. sakazakii 16S-23S rDNA internal transcribed spacer. Under isothermal condition at 63 °C for 60 min, the specific amplification and hybridization steps were processed simultaneously. The specificity of the CPA was tested in panel of 54 different bacterial strains and 236 milk powder products. Two red signal lines were developed on the BioHelix Express strip in all of positive E. sakazakii strains, and only one signal line was demonstrated by non- E. sakazakii bacterial strains. The limit of decetion of CPA was 6.3 ± 2.7277 fg for the genomic DNA, 88 ± 8.7892 cfu/ml for pure bacterial culture, and 3.2 ± 2.0569 cfu per 100 g milk powder with pre-enrichment. The current study demonstrated that the assay method of CPA combined with immuno-blotting analysis was a specific and sensitive detection for the rapid detection of E. sakazakii.     

环介导等温扩增技术快速检测结核分枝杆菌核酸

摘要:目的：建立一种快速准确的检测结核分枝杆菌（MTB）核酸的环介导等温扩增（LAMP）方法。 方法：以重复插入序列IS6110为目的基因,设计LAMP引物,特异检测MTB核酸。用本法与痰涂片抗酸染色镜检法、实时荧光PCR法对100例可疑患者痰标本进行对比检查。 结果：LAMP法特异性强,仅扩增MTB复合群核酸;灵敏度高,检测限达100 fg;而实时荧光PCR检测限为1 pg。对100例疑似结核病患者痰液标本检测,涂片抗酸染色法、LAMP法、实时荧光PCR法的阳性率分别为28%、39%和38%。 结论：本研究建立的LAMP方法检测MTB核酸特异性强、灵敏度高、时间短且操作简便,有望成为临床快速检测MTB的新方法。     

环介导等温扩增技术快速检测副溶血性弧菌

目的建立一种检测副溶血性弧菌（Vp）快速且特异的环介导等温扩增（LAMP）检测方法。方法针对副溶血性弧菌不耐热溶血素（tlh）基因特异性序列的6个位点设计4条LAMP引物,65℃保温约60min,完成对副溶血性弧菌的扩增,扩增产物经肉眼、SYBR Green Ⅰ染色、电泳和酶切鉴定。利用LAMP和普通PCR方法同时检测1株副溶血性弧菌和12株非副溶血性弧菌来验证LAMP方法的特异性;将副溶血性弧菌菌液作一系列10倍稀释后用LAMP和PCR方法进行检测,比较两者敏感性。结果1株副溶血性弧菌出现LAMP扩增反应：通过肉眼、SYBR Green Ⅰ染色和电泳均能观察到LAMP扩增产物的出现,酶切证实了LAMP产物的特异性;12株非副溶血性弧菌未出现LAMP扩增。LAMP检测tlh基因的特异性和敏感性与普通PCR相同,LAMP检测tlh基因的检测下限为15cfu／mL。结论建立了一种快速、敏感、特异的副溶血性弧菌检测方法,适合日常监测及快速检测的需要。     

A Closed Tube Loop-Mediated Isothermal Amplification Assay for Identification of Brucella Species in Bull Semen

Proceedings of the National Academy of Sciences, India Section B: Biological Sciences - A closed tube loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assay targeting omp25 gene was performed for...