玉锁丹治疗糖尿病的网络药理学研究＊

目的 运用网络药理学方法探讨玉锁丹（YSD）治疗糖尿病（DM）潜在活性成分和作用机制。方法 根据TCMSP、TCMID、BATMAN-TCM平台及文献报道筛选YSD（茯苓、五倍子、龙骨）有效成分，并以SiwssTargetPrediction平台预测上述活性成分潜在靶点，同时利用Gencards、DisGeNET、DrugBank数据库挖掘DM相关靶点，将获取的活性成分靶点与疾病靶点交集得到YSD抗DM的预测靶点。利用String平台对预测靶点构建蛋白相互作用（PPI）网络并结合Mcode探索其蛋白质功能模块；通过Metascape数据库对预测靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析，并以Cytoscape3.7.1 软件构建“玉锁丹成分-糖尿病靶点-通路”网络，最后采用SiwssDock平台对YSD的化学成分与重要靶点进行分子对接验证。结果 玉锁丹抗DM的核心活性成分为麦角胺、啤酒甾醇、杨梅素、猪苓酸C、25-羟基-3-表去氢土莫酸等，核心靶点为PTPN1、TNF、PIK3CA、PPARA、AGTR1等。分子对接验证显示G < -7 kcal / mol占总数71%，介于-6至-7占29%，即多数成分与靶点结合活性稳定。玉锁丹抗糖尿病的生物通路主要作用于Endocrine resistance、Insulin resistance、PI3K-Akt signaling pathway等，其功能主要调节激素水平及细胞内有机氮化合物等生命活动。结论 玉锁丹抗糖尿病具有多成分-多靶点-多通路的作用特点，尤其与预防胰岛素抵抗，调节激素水平密切相关。     

基于网络药理学的经典名方枸杞汤治疗糖尿病作用机制分析

目的 采用网络药理学方法探讨枸杞汤改善糖尿病（DM）的活性成分及作用机制。方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和查阅文献获得枸杞汤潜在活性成分,通过SwissTargetPrediction、TCMSP、GeneCards、OMIM、TTD和DrugBank数据库预测活性成分的潜在靶点;应用Metascape 3.5平台对潜在靶点进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析;运用STRING 11.5数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络和药物-成分-靶点网络,并通过分子对接对预测得到的核心化合物及靶点进行虚拟验证。结果 枸杞汤中94个活性成分通过调控热休克蛋白90AA1（HSP90AA1）、原癌基因酪氨酸蛋白激酶Src（SRC）、信号转导和转录激活因子3（STAT3）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、MAPK3、表皮生长因子受体（EGFR）等关键靶点,参与蛋白质磷酸化、分泌调节、对细胞因子的反应、老化等1996个生物过程,影响磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）、环磷酸腺苷（cAMP）等203条信号通路发挥改善DM的作用。分子对接结果表明,关键化合物鳞叶甘草素A和甘草查耳酮B与对应靶点之间有较好的结合活性,验证了网络药理学的预测结果。结论 枸杞汤中多种成分具有影响DM相关靶点的潜在作用,能够通过影响胰岛素抵抗、糖异生、葡萄糖转运、炎症及免疫反应治疗DM,为枸杞汤中不同活性成分调节DM作用机制的深入研究提供参考。     

基于网络药理学和分子对接探讨威灵仙-牛膝药对治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接技术，探讨威灵仙-牛膝药对有效活性成分、潜在靶点及其治疗类风湿关节炎（RA）的作用机制。方法 TCMSP数据库检索威灵仙-牛膝药对活性成分及作用靶点，GeneCards、DisGeNET数据库检索RA相关靶点，得出交集靶点，运用Cytoscape 3.7.1软件，构建“疾病-药物-有效成分-靶点”网络图，构建PPI网络并进行GO和KEGG分析，并运用Auto Dock软件进行分子对接。结果 得到威灵仙-牛膝药对有效活性成分19个，对应靶点94个，RA相关靶点5589个，交集靶点72个；主要作用靶标有CAS P3、TP 53、CCND1等；涉及PI3K-Akt、MAPK及p53通路等。结论 本研究以网络药理学和分子对接技术为基础，阐明了威灵仙-牛膝药对通过多成分、多靶点、多通路治疗RA的作用机制。     

基于网络药理学和分子对接探讨益肾健骨方治疗绝经后乳腺癌患者骨质疏松的机制及实验验证＊

目的 运用网络药理学和分子对接的方法研究益肾健骨方治疗绝经后乳腺癌骨质疏松症的作用机制。方法 通过中药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）和中医综合数据库（TCMID）获取益肾健骨方的活性成分和靶点，以口服生物利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18为阈值进行潜在活性成分筛选。通过药物靶标数据库（TTD）、药物数据库（DrugBank）、疾病相关的基因与突变位点数据库（DisGenet）数据库收集疾病靶点，筛选出与益肾健骨方的交集靶点。运用Cytoscape3.7.2构建疾病-化合物-靶点网络，蛋白相互作用网络（PPI）。采用Metascape进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因百科全书（KEGG）通路富集分析，通过分子对接将关键靶点和潜在靶点与活性成分的相互作用进行验证。结果 益肾健骨方中共筛选到药代动力学较好的活性成分β-谷甾醇、谷甾醇、豆甾醇、槲皮苷、山柰酚等113种，得到GO富集条目（P<0.05）1048条，KEGG通路富集得到84条信号通路（P<0.05）。分子对接结果显示槲皮苷与核心靶点和潜在靶点结合稳定，涉及肿瘤通路、人乳头瘤病毒感染通路、PI3K-Akt信号通路等。大鼠体内实验验证益肾健骨方可以增加骨小梁密度及骨组织胶原溶剂比，改善大鼠骨质疏松状态。结论 益肾健骨方可能通过多靶点、多通路治疗乳腺癌绝经后骨质疏松症。     

基于网络药理学和分子对接探究防己茯苓汤治疗缺血再灌注急性肾损伤的作用机制

目的 基于网络药理学和实验验证探究防己茯苓汤治疗缺血再灌注急性肾损伤（AKI）的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库和文献挖掘收集防己茯苓汤活性成分，利用SwissTargetPrediction预测活性成分作用靶点；借助GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、疾病相关的基因与突变位点数据库（DisGeNET）、治疗靶标数据库（TTD）收集AKI靶点；利用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络；采用Metascape平台对核心靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析；利用Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点-疾病网络图和活性成分-作用靶点-信号通路网络图；使用AutoDock进行分子对接；最后采用动物实验验证分析结果。结果 筛选出防己茯苓汤活性成分137种及药物靶点858个，AKI疾病靶点1 294个，防己茯苓汤治疗AKI作用靶点267个，其中磷脂酰肌醇3-激酶调节亚基1（PIK3R1）、磷脂酰肌醇3-激酶催化亚单位α（PIK3CA）、原癌基因酪氨酸蛋白激酶（SRC）、蛋白激酶B1（Akt1）、促分裂原活化的蛋白激酶3（MAPK3）为防己茯苓汤治疗AKI的关键靶点，GO富集分析得到1 609个结果，主要涉及细胞对脂质的反应、膜筏、蛋白激酶活性等，KEGG通路分析则与PI3K/Akt信号通路、趋化因子信号通路、Toll样受体（TLR）信号通路等140条通路有关，分子对接则发现核心活性成分和关键靶点均有良好的结合能力，苏木精-伊红（HE）染色结果表明防己茯苓汤能明显改善AKI的病理学状态，血清学结果则显示血清肌酐（SCr）、尿素氮（BUN）水平明显下降。结论 该研究初步探讨了防己茯苓汤治疗AKI的作用机制，发现防己茯苓汤治疗AKI具有多成分、多靶点、多通路的作用特点，为后续进一步深入研究具体作用机制奠定基础。     

基于网络药理学结合GEO数据库的天麻治疗阿尔茨海默病潜在作用机制研究

目的 采用网络药理学、生物信息学方法研究天麻治疗阿尔茨海默病（AD）的作用机制。方法 利用中医药整合药理学研究平台（TCMIP）、中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、SymMap、PharmMapper、GEO、GeneCards等多个数据库获取天麻活性成分及AD疾病相关靶点。运用STRING、DAVID数据库及Cytoscape软件构建天麻活性成分-靶点-通路网络,筛选关键成分,并将其与GEO数据库筛选的关键靶点导入CB-DOCK2数据库进行分子对接。通过BioGPS数据库查询了解交集靶点在人体各组织、部位的分布及表达情况。结果 筛选得到的27个天麻活性成分与AD疾病共有176个交集靶点,靶点遍及人体肝、心、肺、胰、肾、全血、全脑等组织,靶点基因功能偏向蛋白酪氨酸激酶活性、三磷酸腺苷（ATP）结合等。天麻可能通过作用于磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）、叉形头转录因子O（FoxO）、缺氧诱导因子-1（HIF-1）等通路相关的靶标起到治疗AD的作用。分子对接结果显示,天麻治疗AD的关键成分4-(4?-羟基苄氧基)苄基甲基醚、N₆-(4?-羟基苄基)腺嘌呤核苷、巴利森苷J等与表皮生长因子受体（EGFR）、酪氨酸蛋白激酶2（JAK2）、整合素β3（ITGB3）、纤连蛋白1（FN1）、E3泛素蛋白连接酶（CBL）、酪氨酸蛋白磷酸酶非受体1型（PTPN1）有较好的结合力,N₆-(4?-羟基苄基)腺嘌呤核苷表现最好。结论 天麻活性成分可能通过参与调控PI3K-Akt通路的相关靶点,同时调节肝、心、肺等器官正常运转,从而实现治疗AD的作用。     

基于HPLC-Q-TOF-MS/MS和网络药理学探讨益肾化湿颗粒治疗IgA肾病作用机制

目的 采用高效液相色谱-四极杆飞行时间串联质谱（HPLC-Q-TOF-MS/MS）挖掘益肾化湿颗粒的主要成分,并结合网络药理学探究益肾化湿颗粒治疗IgA肾病的作用靶点及机制。方法 采用质谱技术对益肾化湿颗粒主要成分进行准确定性,并运用TCMSP、ETCM、SymMAP数据库获得活性成分靶点;采用GeneCards、OMIM等数据库获得IgA肾病的疾病靶点,对药效疾病靶点进行基因本体（gene ontology,GO）富集分析及京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路分析,进一步运用Cytoscape_v3.8.2构建“活性成分-靶点-通路”网络;应用Atuodock软件对筛选靶点及主要活性成分进行分子对接,进行结合位点模拟验证。结果 共鉴定出益肾化湿颗粒主要成分68个,包括香豆素类、三萜类和黄酮类等化合物;共获得益肾化湿颗粒治疗IgA肾病活性成分43个,活性成分与疾病交集靶点74个,其中包括过氧化物酶体增殖物激活受体γ、皮质醇受体基因等;涉及通路包括肿瘤坏死因子信号通路、磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B信号通路、晚期糖基化产物-晚期糖基化终末产物受体信号通路等。分子对接结果显示,柴胡皂苷A、黄芪甲苷III、黄芪甲苷IV、泽泻醇A与IgA肾病的预测靶点有良好的结合活性。结论 益肾化湿颗粒能够通过抗炎、调节免疫、改善类固醇效应等治疗IgA肾病,具有多成分、多靶点、多途径的特点。     

基于网络药理学的酸枣仁与酸枣果肉抗失眠作用机制比较

目的 基于网络药理学比较酸枣仁与酸枣果肉抗失眠作用的物质基础及作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、BATMAN-TCM数据库、中医药百科全书数据库（ETCM）及文献等筛选酸枣仁与酸枣果肉的活性成分及靶点；通过GeneCards、美国国家生物技术信息中心（NCBI）数据库检索失眠疾病的靶点；将活性成分对应靶点与疾病靶点相互映射获取共同靶点，利用DAVID 6.8数据库对共同靶点进行基因本体（GO）功能过程和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，预测其作用机制；通过Cytoscape 3.8.0构建网络并对其进行拓扑分析，得到酸枣仁与酸枣果肉抗失眠的核心成分及核心靶点；比较酸枣仁与酸枣果肉抗失眠的异同点，通过分子对接方法进行间接验证。结果 筛选得到酸枣仁活性成分17个，靶点579个；酸枣果肉活性成分15个，靶点410个。筛选得到失眠疾病相关靶点2563个，映射得到酸枣仁与失眠疾病的共同靶点151个，酸枣果肉与失眠疾病的共同靶点116个。通过富集分析比较，酸枣仁与酸枣果肉均可通过槲皮素、棕榈酸等核心成分及磷脂酰肌醇3-激酶（PIK3CG）、肿瘤坏死因子（TNF）、蛋白激酶B1（Akt1）等核心靶点作用于TNF信号通路、多巴胺能突触、血清素能突触、γ-氨基丁酸（GABA）能突触、核转录因子-κB（NF-κB）等信号通路治疗失眠。分子对接发现筛选得到的活性成分与靶点结合能力较强。结论 对酸枣仁与酸枣果肉治疗失眠的作用机制进行初步预测与比较，发现两者存在7种共同活性成分及357个共同靶点，生物过程及信号通路有很大相似性，表明酸枣果肉及酸枣仁治疗失眠的物质基础及作用机制存在一定共性，进一步为酸枣资源的综合利用提供了依据。     

基于网络药理学与分子对接技术的“陈皮-山楂”药对治疗高脂血症的作用机制研究※

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨“陈皮-山楂”药对治疗高脂血症（HLP）的作用机制。方法 通过使用TCMSP、ETCM和BATMAN-TCM数据库筛选陈皮、山楂的活性成分和作用靶点;通过Genecards、Disgenet和OMIM数据库获取HLP潜在作用靶点;通过Venny网站获取“陈皮-山楂”药对与疾病的交集靶点;使用Cytoscape软件构建活性“成分-疾病-交集靶点”网络图;使用String数据库和Cytoscape软件构建交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Metascape数据库对交集靶点进行基因本体（GO）生物功能分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;最后利用AutoDock Vina软件对主要活性成分和关键靶点进行分子对接。结果 得到“陈皮-山楂”药对潜在活性成分71个、潜在作用靶点414个,HPL疾病靶点1056个,其中成分与疾病交集靶点共88个;GO生物过程作用于激素反应、细胞对激素刺激的反应等602个条目,GO细胞组分富集作用于转录调节复合物、囊泡腔等23个条目,GO分子功能富集作用于核受体活性、配体激活转录因子活性等47个条目;KEGG通路分析共得到127条通路,与脂肪细胞因子信号通路、PPAR信号通路和AMPK信号通路等有关;分子对接结果证实主要活性成分槲皮素、柚皮素与关键靶点PPARA、TP53结合能力良好。结论 “陈皮-山楂”药对可通过多成分、多靶点、多途径发挥对高脂血症的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接探究黄连、厚朴配伍调控溃疡性结肠炎作用机制＊

目的 采用网络药理学方法，并结合分子对接技术探讨黄连、厚朴配伍治疗溃疡性结肠炎的潜在作用机制。方法 采用TCMSP、OMIM及DisGeNET数据库，筛选黄连、厚朴的主要活性成分、作用靶点及溃疡性结肠炎的作用靶点，并采用Cytoscape 3.7.1软件，构建“药物-活性化学物质-疾病-作用靶点”网络图，借助String数据库平台构建靶点蛋白互作网络。通过DAVID数据库对关键靶点进行GO功能富集以及KEGG信号通路富集分析，并通过Discovery Studio软件对药物活性成分与关键作用靶点进行分子对接验证，进一步采用TNBS诱导UC大鼠模型观察血清以及结肠组织中细胞因子的表达，对网络药理学预测结果进行实验验证。结果 黄连共筛选潜在活性成分的作用靶点179个，厚朴共筛选潜在活性成分的作用靶点53个，疾病作用靶点有851个，获得共同基因71个，黄连配伍厚朴及疾病共同的作用靶点8个，分别为NOS2、SLC6A4、CHEK1、PPARG、PTGS1、PTGS2、ESR1、HSP90AA1。GO和KEGG富集分析综合结果显示黄连、厚朴配伍调控溃疡性结肠炎可能与肿瘤坏死因子（TNF）、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）、缺氧诱导因子1（HIF-1）等信号通路有关。分子对接结果表明，小檗碱、厚朴酚和和厚朴酚与溃疡性结肠炎的NOS2、PTGS2、HSP90AA1等靶点对接吻合度较好。实验验证结果显示，与模型组相比，黄连厚朴配伍组血清TNF-α含量显著下降（P < 0.01）、TGF-β含量显著升高（P < 0.01），同时，其结肠组织中COX2蛋白表达阳性细胞数量明显下降。结论 本研究初步揭示了黄连配伍厚朴多成分、多靶点、多途径治疗溃疡性结肠炎的潜在机制，为进一步机制研究指明了方面，为溃疡性结肠炎临床干预提供了新的可能。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨儿童回春颗粒治疗呼吸道病毒感染疾病的作用机制

目的利用网络药理学及分子对接技术探索儿童回春颗粒治疗呼吸道病毒感染疾病的作用机制。方法通过TCMIP、TCMSP、BATMAN-TCM数据库,结合文献检索汇总儿童回春颗粒的药材归经及其成分信息;在PubChem、Swiss target prediction、GeneCards等数据库查询呼吸道病毒感染相关靶点及药物成分对应的靶点;利用DAVID数据库对共有靶点进行KEGG通路和GO生物过程富集分析;用Cytoscape构建相关网络图,根据网络图分析结果选取成分、靶点进行分子对接。结果中药-归经网络分析发现儿童回春颗粒组方药材大多归经于肺、胃、肝经,针对儿童回春颗粒中的126个中药成分和55个潜在靶点构建网络,KEGG通路分析和GO功能分析表明儿童回春颗粒治疗呼吸道病毒感染主要包括癌症、肝炎相关通路、PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路和HIF-1信号通路等关键通路,主要涉及炎症反应、跨膜受体蛋白酪氨酸激酶信号通路、缺氧反应等生物过程。分子对接结果显示升麻中的7,8-二羟基升麻醇、升麻素苷、升麻醇与关键靶点PTGS2、MAPK、ACE2和3CL水解酶(3CLpro)的结合能力较强,具有潜在抗呼吸道病毒作用。结论儿童回春颗粒中没食子酸、7,8-二羟基升麻醇、升麻素苷、升麻醇、珊瑚菜素等成分通过PTGS2、EGFR、MAPK、IL2、ACE2、3CLpro等靶点干扰病毒入侵宿主、阻止病毒复制、降低炎性反应而发挥治疗呼吸道病毒感染性疾病的作用。     

黄连活性成分药根碱干预T790M突变EGFR-TKIs耐药非小细胞肺癌的机制研究＊基于网络药理学及实验验证

目的 通过网络药理学及分子对接技术预测黄连活性成分药根碱（Jatrorrhizine）干预表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂（epidermal growth factor receptor tyrosine kinase inhibitors，EGFR-TKIs）耐药非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer，NSCLC）的效果及作用机制，运用体外细胞学实验进行验证。方法 通过Swiss Target Prediction数据库、PharmMapper数据库、TCMSP数据库及PubMed数据库获得黄连活性成分药根碱的潜在靶标，使用OMIM、Gene Cards及DisGeNET数据库收集非小细胞肺癌相关基因，经人工检查剔除假阳性基因后通过Venn工具获取药根碱和非小细胞肺癌的交集基因，通过PubMed数据库进一步验证靶标后导入STRING数据库，构建蛋白-蛋白相互作用（protein-protein interaction，PPI）网络，通过Cytoscape软件进行拓扑分析，通过DAVID数据库进行GO富集分析及KEGG通路分析，通过KEGG PATHWAY数据库比对药根碱靶标与EGFR-TKIs耐药通路之间的关系，预测药根碱干预EGFR-TKIs耐药非小细胞肺癌的直接作用靶标及靶通路。借助Auto Dock软件进行分子对接验证，PyMol软件进行可视化。采用EGFR-TKIs耐药非小细胞肺癌细胞模型H1975细胞系（即T790M突变EGFR-TKIs耐药非小细胞肺癌细胞系）进行细胞学实验，通过CCK-8初步考察药根碱对H1975细胞增殖能力的影响，采用蛋白质印迹法（Western blot，WB）验证药根碱对H1975细胞中部分关键靶蛋白的调控作用。结果 共获得药根碱靶标328个，非小细胞肺癌疾病基因3965个，药根碱与疾病交集基因69个，有7个核心靶基因为EGFR-TKIs耐药通路相关基因，富集分析显示PI3K-Akt信号通路为重要靶通路，分子对接结果表明药根碱与PI3K及mTOR之间均有较好的结合活性。药根碱可下调靶蛋白PI3K和mTOR的磷酸化，促进H1975细胞凋亡（P<0.01）。结论 黄连活性成分药根碱可能通过PI3K-Akt信号通路发挥抗T790M突变EGFR-TKIs耐药非小细胞肺癌的效用。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨利胆化痰活血方治疗代谢综合征的分子机制＊

目的 利用网络药理学和分子对接技术探讨利胆化痰活血方治疗代谢综合征的药效活性成分及作用机制。方法 通过TCMSP数据库（http：//tcmspw.com/tcmsp.php）和SwissTargetPrediction（http：//www.swisstargetprediction.ch）筛选利胆化痰活血方的有效成分及靶点，从DisGeNET数据库（https：//www.disgenet.org）中获取代谢综合征疾病靶点，与利胆化痰活血方有效成分靶点进行韦恩分析。针对利胆化痰活血方有效成分和代谢综合征相关靶点进行GO功能分析与KEGG通路富集分析，并建立交集靶点的PPI网络和有效成分-核心靶点关联网络。利用分子对接技术预测有效成分与靶点的潜在结合活性。结果 网络药理学分析得出38个活性成分和14个靶点组成的129个有效成分与靶点组合可能是其潜在起效组合。其作用通路与内分泌抵抗，EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药，HIF-1信号通路，FoxO信号通路，Rap1信号通路，MAPK信号通路，ErbB信号通路，鞘脂信号通路，Ras信号通路，趋化因子信号通路相关。分子对接将其聚焦到AKT1，PPARG及MMP9三个靶点中，动物实验显示，代谢综合征大鼠肝脏中AKT1，PPARG的mRNA水平显著降低（P<0.05，P<0.01），经过利胆化痰活血方治疗后显著升高（P<0.05，P<0.01）。结论 本研究发现利胆化痰活血方可能作用于肝脏中AKT1和PPARG治疗代谢综合征，对进一步揭示利胆化痰活血方对代谢综合征的治疗作用提供新的证据和研究思路。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨巴戟天治疗类风湿性关节炎的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接技术,探讨巴戟天治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的作用机制.方法 通过TCMSP、GeneCards、OMIM、TTD以及String数据库获得巴戟天活性成分、作用靶点以及RA相关疾病靶点,采用Cytoscape3.7.1软件绘制"化学成分-靶点-R...     

基于UHPLC-Q-Exactive Orbitrap MS和网络药理学探讨益气祛风方治疗糖尿病肾病作用机制

[目的] 借助超高效液相色谱-四级杆静电场轨道阱质谱仪（UHPLC-Q-Exactive Orbitrap MS）技术结合网络药理学和分子对接技术，分析益气祛风方防治糖尿病肾病（DN）的物质基础和作用机制。[方法] 采用UHPLC-Q-Exactive Orbitrap MS鉴定益气祛风方的主要化学成分，采用网络药理学方法构建“主要成分-核心靶点-信号通路”网络，进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，对主要活性成分与核心靶点进行分子对接。[结果] 从益气祛风方共鉴定出115个化学成分，获得40个核心靶点，主要涉及磷脂酰肌醇-3激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）信号通路、脂质及动脉硬化、糖基化终产物及受体（AGE-RAGE）信号通路、趋化因子信号通路及低氧诱导因子（HIF）1信号通路等。分子对接结果表明生松素、荠苧黄酮、槲皮素、N-乙酰多巴胺二聚体-1、N-乙酰多巴胺二聚体-2等成分与部分核心靶点有较好的结合活性。[结论] 本研究初步鉴定了益气祛风方治疗DN潜在的有效成分并预测了其作用靶点，为进一步研究中医“从风论治”法和益气祛风方治疗糖尿病肾病的作用机制提供了新的思路。     

Common mechanism of Citrus Grandis Exocarpium in treatment of chronic obstructive pulmonary disease and lung cancer

Objective: “Same treatment for different diseases” is a unique treatment strategy in traditional Chinese medicine. Two kinds of malignant respiratory diseases endanger human health-chronic obstructive pulmonary disease (COPD) and lung cancer. Citrus Grandis Exocarpium (Huajuhong in Chinese, HJH), a famous herbal, is always applied by Chinese medicine practitioners to dispersion the lung toresolve phlegm based on “syndrome differentiation and treatment” theory. However, the common mechanism for HJH’s treatment of COPD and lung cancer is not clear. Methods: In this study, based on network pharmacology and molecular docking technology, the common mechanism of HJH in the treatment of COPD and lung cancer was studied. The active ingredients and related targets of HJH were integrated from TCMSP, BATMAN-TAM, STP, and Pubchem databases. The standard names of these targets were united by UniProt database. Targets of COPD and lung cancer were enriched through GeneCards, NCBI (Gene), Therapeutic Target Database, and DisGeNET (v7.0) databases. Then the intersection targets of HJH and diseases were obtained. The STRING network and the Cytoscape 3.7.2 were used to construct PPI network, the DAVID database was used to perform GO and KEGG analysis. Then Cytoscape 3.6.1 was used to build “ingredient-target-signal pathway” network. Finally, AutoDock 1.5.6 software was used to perform molecular docking of key proteins and molecules. Results: Eleven active ingredients in HJH were obtained by searching the database, corresponding to 184 HJH-COPD-lung cancer targets intersection. The results of biological network analysis showed that naringenin, the active component in HJH, could mainly act on target proteins such as AKT1, EGFR. Then through positive regulation of vasoconstriction and other biological processes, naringenin could regulate estrogen signaling pathway, VEGF signaling pathway, HIF-1 signaling pathway, ErbB signaling pathway, PI3K-Akt signaling pathway to play an important role in the treatment of both COPD and lung cancer. Conclusion: Network pharmacology was employed to systematically investigate the active ingredients and targets of HJH in treatment of COPD and lung cancer. And then, the common pharmacodynamic network of HJH for the two malignant respiratory diseases was firstly described. Furthermore, naringenin was proved to strongly bind with AKT1 and EGFR. It may provide the scientific basis for understanding the “Same treatment for different diseases” strategy in traditional Chinese medicine and inspirit subsequent drug discovery for COPD, lung cancer and other malignant lung diseases.     

基于网络药理学-分子对接探讨茵陈蒿汤治疗妊娠期肝内胆汁淤积症的作用机制＊

目的 利用网络药理学及分子对接技术，研究茵陈蒿汤治疗妊娠期肝内胆汁淤积症（ICP）的物质基础及可能的作用机制。方法 使用TCMSP数据库挖掘茵陈蒿汤有效成分和作用靶点，利用GeneCard与OMIM数据库筛选疾病靶点。将药物与疾病靶点的交集导入String构建PPI网络，使用Cytoscape3.7.2软件筛选核心靶点，借助Metascape数据库对靶点进行基因本体论（GO）功能和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，从筛选靶点-成分网络图中根据degree值筛选出前5个关键成分，并将该网络中的基因靶点以degree值高低进行排序，选择前5个核心靶点，然后从RCSB PDB数据库和Pub Chem数据库获取靶点与成分的三维结构和化学结构，使用Pymol软件对蛋白质分子进行去水、去磷酸根等操作，最后使用AutoDockTools进行分子对接。结果 茵陈蒿汤中共筛选出21种有效活性成分，关键成分5个，分别为槲皮素、山奈酚、芦荟大黄素、谷甾醇、大黄酸；其治疗ICP的的核心靶点14个，分别为JUN、CASP3、TNF、TP53、MYC、EGFR、AKT1、VEGFA、MMP9、MAPK1、EGF、IL6、CXCL8、MAPK8，靶点主要涉及细胞氧化应激反应、细胞运动的正向调节、受体配体活性、细胞因子受体结合、蛋白激酶活性等生物学过程，通过乙型、丙型肝炎途径、癌症途径、MAPK、 IL-17、TNF信号通路等多途径发挥治疗ICP的作用。分子对接结果显示关键成分与对应靶点具有较好的结合活性。结论 茵陈蒿汤治疗ICP是通过槲皮素、山奈酚、芦荟大黄素、谷甾醇、大黄酸等多种成分作用于JUN、CASP3、TNF、TP53、MYC、EGFR、AKT1、VEGFA、MMP9、MAPK1、EGF、IL6、CXCL8、MAPK8等多种基因靶点，从而影响MAPK、 IL-17、肿瘤坏死因子、ErbB、 Toll样受体以及乙型丙型肝炎病毒等多种相关信号通路发挥功效，该研究为进一步深入研究其作用机制奠定了基础。     

基于网络药理学的痰热清胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)机制研究

目的探索痰热清胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的网络调控机制。方法选取痰热清胶囊中19个主要成分为研究对象,利用Swiss Target Prediction服务器和TCMSP数据库预测化合物潜在作用靶点,借助Omicsbean分析系统与String 10数据库对靶点进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析和信号通路分析,利用Cytoscape 3.6.1软件进行可视化处理。结果 19个化合物可通过作用于163个相关靶点干预68条关键信号通路,如白细胞介素-17(IL-17)信号通路、T细胞受体信号通路、花生四烯酸代谢、cAMP信号通路、PI3K-Akt信号通路、甲型流感等,主要涉及抗炎、免疫调节、解热、化痰、镇咳平喘、止痛、抗菌、抗病毒、镇静等方面,构建了痰热清胶囊"化合物-靶点-通路-药理作用-功效"网络。结论痰热清胶囊中主要化学成分野黄芩苷、黄芩苷、千层纸素-7-O-葡萄糖醛酸苷、白杨素-7-O-葡萄糖醛酸苷、连翘苷、连翘酯苷E、连翘酯苷D、绿原酸、咖啡酸、异绿原酸A、熊去氧胆酸、鹅去氧胆酸等可能通过作用于TNF、EGFR、NOS3、PTGS2、IL2、GABBR1、MAPK14、ADRB2、REN、VCAM1、ACHE、PTPRC等关键蛋白干预了多个与清热、化痰、解毒相关的生物过程,从而发挥对COVID-19的治疗作用。     

基于网络药理学研究瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病的作用机制＊

目的 采用网络药理学和分子对接的研究方法分析瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病的药物作用机制。方法 检索TCMSP数据库，筛选瓜蒌、薤白、半夏3味药物的主要活性成分并检索其作用靶点，根据GeneCards数据库查询与冠心病有关的靶点。Cytoscape3.7.2软件构建成分-靶点网络图，运用STRING绘制蛋白质相互作用（Protein-protein interactions，PPI）网络，分析相关生物功能注释和通路，用SYBYL-X 2.0软件完成靶基因与有效成分的分子对接。结果 筛选得到瓜蒌薤白半夏汤有效活性成分46个，药物相应靶点277个，疾病靶点450个，获取交集靶点82个，PTGS2、ADRB2、SCN5A、CASP3、NR3C2、AR等靶点处于网络图的核心位置。富集分析显示，主要通过RNA聚合酶II启动子转录的正调控、转录正调控，DNA模板、药物反应、基因表达的正调控、信号转导、缺氧反应、炎症反应等生物学过程干预冠心病；细胞组分主要涉及细胞外间隙、质膜、胞外区、胞质、细胞外泌体等；具有蛋白质结合、酶结合、蛋白质同源二聚体活性、细胞因子活性、受体结合、转录因子活性等分子功能。瓜蒌薤白半夏汤可能通过PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路、MAPK信号通路、FoxO信号通路等发挥治疗作用；分子对接显示瓜蒌薤白半夏汤有效成分与核心靶点具有较好的结合能力。结论 本研究系统筛选了瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病的作用靶点和生物学机制，为后续深入研究中医药治疗冠心病的药物机制提供理论基础。