芪苓温肾消囊方化学成分及其治疗多囊卵巢综合征的作用机制分析

目的 系统分析芪苓温肾消囊方（QLWS）方的化学成分,探讨该方治疗多囊卵巢综合征（PCOS）的关键活性成分及作用机制。方法 结合对照品比对和文献及数据库,采用超高效液相色谱-四级杆-飞行时间串联质谱法（UPLC-Q-TOF/MS^E）对QLWS方化学成分进行系统分析与鉴定。采用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）及SwissADME平台筛选活性成分并进行网络药理学分析。通过SwissTargetPrediction、GeneCards、疾病相关基因与突变位点数据库（DisGeNET）、DrugBank等数据库获取该方治疗PCOS的潜在成分及靶点。借助STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络筛选核心靶点。利用DAVID数据库对核心靶点进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。运用MOE 2019进行分子对接。结果 从QLWS方中鉴定成分90个,经筛选得到32个活性成分和45个核心靶点。GO功能富集分析共得到429个条目,KEGG通路富集分析共得到110个条目,主要涉及磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）信号通路、雌激素信号通路、缺氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路等。分子对接结果显示QLWS方中的关键活性成分淫羊藿苷、丹酚酸A/B/C、汉黄芩素、木兰花碱等可能通过调节促分裂原活化的蛋白激酶1（MAPK1）、表皮生长因子受体（EGFR）、促分裂原活化的蛋白激酶3（MAPK3）等靶点发挥治疗PCOS的作用。结论 该研究基于液质联用技术及网络药理学技术初步预测了QLWS方中多个活性成分通过作用于多靶点、多通路治疗PCOS,为阐明全方的药效物质基础及作用机制研究提供思路与参考。     

基于网络药理学与分子对接技术探究冬虫夏草治疗支气管哮喘和慢性肾衰竭“异病同治”作用机制

目的 以中医“异病同治”理论为依据,采用网络药理学与分子对接方法探究冬虫夏草对支气管哮喘和慢性肾衰竭的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）及SwissTargetPrediction数据库检索获取冬虫夏草活性成分及潜在靶点,利用TTD、DrugBank、GeneCards等多数据库获取疾病靶点,将两者取交集获取共有靶点,通过STRING 11.5数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,使用Cytoscape 3.9.0构建冬虫夏草“成分-靶点-疾病”网络,利用Metascape平台工具对共有靶点进行富集分析,运用Autodock 4.2软件进行分子对接。结果 筛得疾病与药物共有靶点60个,核心靶点主要涉及蛋白激酶B1（Akt1）、非受体酪氨酸激酶肉瘤病毒蛋白（Src）、TP53、基质金属蛋白酶-9（MMP-9）、前列腺素G/H合酶2（PTGS2）等,潜在靶点主要富集在肾素-血管紧张素系统（RAS）,Rap1,磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）,丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）等多条信号通路中。结论 冬虫夏草中多种活性成分通过多靶点、多途径发挥抑制炎症反应、降低纤维化和细胞凋亡作用,初步揭示了冬虫夏草“异病同治”支气管哮喘与慢性肾衰竭的潜在靶点与现代生物学机制,为深入研究开展实验及临床应用提供参考。     

基于网络药理学探讨芍药甘草汤治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 采用网络药理学方法，对芍药甘草汤治疗类风湿关节炎的作用机制进行研究。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）对芍药甘草汤进行活性成分的收集和筛选，在Swiss Target Prediction和TCMSP数据库中查找活性成分对应的人类靶蛋白；在Drugbank和Therapeutic Target Database数据库中获取类风湿关节炎的疾病靶点；构建韦恩图，得到芍药甘草汤治疗类风湿关节炎的关键靶点，依据STRING数据库得到关键蛋白的蛋白互作网络；采用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体论（GO）和通路富集分析，使用Image GP平台制作富集结果气泡图；相关结果采用Cytoscape 3.7.2进行可视化研究及网络拓扑结构分析。结果 筛选得到芍药甘草汤中102种活性成分，对应310个潜在靶点，其中涉及类风湿关节炎靶点68个。药物-成分-关键靶点-信号通路网络图显示山柰酚、槲皮素、柚皮素、芒柄花黄素、异鼠李素等是芍药甘草汤治疗类风湿关节炎的关键成分，前列腺素内环氧化物合成酶2、一氧化氮合酶2、丝裂原活化蛋白激酶14、过氧化物酶体增殖物激活受体γ、白细胞介素-6、肿瘤坏死因子、白细胞介素-1β等是该方治疗类风湿关节炎的关键靶点。GO富集分析显示与生物过程相关的条目28个，与细胞组成相关的条目2个，与分子功能相关的条目13个。通路富集分析显示与40条通路相关，涉及肿瘤坏死因子信号通路、破骨细胞分化、T细胞受体信号通路、MAPK信号通路、类固醇激素生物合成、Toll样受体信号通路等。结论 从网络药理学角度阐明了芍药甘草汤多成分、多靶点、多途径的整体调节特点，初步揭示了芍药甘草汤治疗类风湿关节炎的物质基础和作用机制，为后续研究提供思路与依据。     

基于网络药理学与分子对接技术的水蛭治疗2型糖尿病和糖尿病肾病作用机制比较

目的 基于网络药理学和分子对接技术比较分析水蛭治疗2型糖尿病（T2DM）及糖尿病肾病（DN）的作用靶点及通路,初步探讨水蛭治疗糖尿病及其微血管并发症的作用机制。方法 通过TCMID、ETCM、BATMAN-TCM、中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、TCM Database@Taiwan等数据库并结合文献报道收集水蛭的化学成分和对应靶点;在疾病相关数据库CTD、TTD和GeneCards中检索T2DM和DN靶点;采用STRING平台获取蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）信息及基因本体（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路信息,并进行数据可视化分析;结合网络药理学预测到的关键靶点与成分,采用分子对接技术对其进行验证。结果 通过数据库和文献共收集到水蛭中93个成分,其中65个成分匹配到对应化学结构,并预测了448个成分相关靶点。在疾病数据库中分别获取到1667个T2DM靶点和874个DN靶点,将疾病靶点分别与水蛭成分靶点求交集后获得118、111个潜在作用靶点。通过PPI网络得到水蛭治疗T2DM的关键靶点为白蛋白（ALB）、蛋白激酶B1（Akt1）、胰岛素样生长因子1（IGF1）和纤连蛋白1（FN1）,关键成分为西红花酸、棕榈酸和熊果酸等;水蛭治疗DN的关键靶点为ALB、Akt1、IGF1和血管内皮生长因子A（VEGFA）,关键成分为琥珀酸、棕榈酸和西红花酸等。根据KEGG富集分析结果,胰岛素、磷脂酰肌醇激酶3-激酶（PI3K）、Ras、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）通路为水蛭治疗T2DM胰岛素抵抗的核心通路;PI3K-Akt、p38MAPK、缺氧诱导因子-1（HIF-1）为水蛭治疗DN炎症反应的核心通路。分子对接结果显示,棕榈酸、琥珀酸和熊果酸等成分能与ALB、Akt1、IGF1和VEGFA等靶点良好对接。结论 水蛭治疗T2DM侧重于增强胰岛β细胞功能和数量、恢复机体糖脂代谢紊乱、改善胰岛素抵抗;而其治疗DN侧重于借助水蛭素抗凝血功能减缓炎症、抑制细胞凋亡、改善肾脏纤维化。     

玉锁丹治疗糖尿病的网络药理学研究＊

目的 运用网络药理学方法探讨玉锁丹（YSD）治疗糖尿病（DM）潜在活性成分和作用机制。方法 根据TCMSP、TCMID、BATMAN-TCM平台及文献报道筛选YSD（茯苓、五倍子、龙骨）有效成分，并以SiwssTargetPrediction平台预测上述活性成分潜在靶点，同时利用Gencards、DisGeNET、DrugBank数据库挖掘DM相关靶点，将获取的活性成分靶点与疾病靶点交集得到YSD抗DM的预测靶点。利用String平台对预测靶点构建蛋白相互作用（PPI）网络并结合Mcode探索其蛋白质功能模块；通过Metascape数据库对预测靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析，并以Cytoscape3.7.1 软件构建“玉锁丹成分-糖尿病靶点-通路”网络，最后采用SiwssDock平台对YSD的化学成分与重要靶点进行分子对接验证。结果 玉锁丹抗DM的核心活性成分为麦角胺、啤酒甾醇、杨梅素、猪苓酸C、25-羟基-3-表去氢土莫酸等，核心靶点为PTPN1、TNF、PIK3CA、PPARA、AGTR1等。分子对接验证显示G < -7 kcal / mol占总数71%，介于-6至-7占29%，即多数成分与靶点结合活性稳定。玉锁丹抗糖尿病的生物通路主要作用于Endocrine resistance、Insulin resistance、PI3K-Akt signaling pathway等，其功能主要调节激素水平及细胞内有机氮化合物等生命活动。结论 玉锁丹抗糖尿病具有多成分-多靶点-多通路的作用特点，尤其与预防胰岛素抵抗，调节激素水平密切相关。     

基于GEO芯片及网络药理学探讨夏桑菊颗粒治疗高血压病的机制研究

[目的] 基于基因表达汇编（GEO）芯片、网络药理学及分子对接技术探讨夏桑菊颗粒治疗高血压病的作用机制。[方法] 利用TCMSP数据库获取和筛选夏桑菊颗粒的活性成分及成分靶点构建“中药-化合物-靶点”网络；利用GEO芯片技术、GeneCards、OMIM、TTD数据库获取并筛选高血压病的疾病靶点；将成分靶点与疾病靶点取交集靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，两次处理筛选关键靶点；对交集靶点进行基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析；将关键靶点前4位与其对应活性成分进行分子对接分析。[结果] 获得成分靶点194个、疾病靶点2 168个、交集靶点126个、关键靶点6个；GO和KEGG富集分析显示夏桑菊颗粒主要与对激素、无机物、氮化合物、脂多糖、细胞外刺激等的反应等生物过程有关，主要富集通路涉及脂质与动脉粥样硬化、晚期糖基化产物-晚期糖基化终末产物受体（AGE-RAGE）、磷酸酰肌醇3-激酶-丝苏氨酸蛋白激酶（PI3K-AKT）、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、肿瘤坏死因子（TNF）等信号通路；分子对接结果显示关键靶点与活性成分结合良好。[结论] 夏桑菊颗粒可通过多成分-多靶点-多途径发挥作用，为其防治高血压病临床使用提供了一定的参考依据。     

基于网络药理学和分子对接的泽泻汤治疗高脂血症作用机制研究

目的 基于网络药理学及分子对接技术,构建泽泻汤治疗高脂血症的成分-通路-靶点网络,探讨其潜在作用机制。方法 通过检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）并结合文献,筛选泽泻汤的活性成分;借助TCMSP和PharmMapper数据库筛选泽泻汤活性成分的作用靶点,并建立活性成分靶点库;利用OMIM、TTD、DrugBank、PharmGKB和GeneCards数据库获取高脂血症的相关靶点,并建立疾病靶点库;运用STRING数据库和Cytoscape软件构建成分靶点与疾病靶点的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选得到核心靶点;采用DAVID数据库和OmicsBean平台分别对核心靶点进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析和基因本体（GO）功能分析;最后通过Discovery Studio软件验证泽泻汤中活性成分与髓过氧化物酶（MPO）、基质金属蛋白酶9（MMP9）、凝血因子Ⅱ（F2）、过氧化物酶增殖物激活受体a（PPARA）和哺乳动物雷帕霉素靶蛋白（mTOR）5个靶点的结合活性。结果 共挖掘到泽泻汤中16个活性成分及369个潜在成分靶点,与284个高脂血症相关靶点相互映射,并通过PPI网络分析筛选得到16个核心靶点,包括MPO、MMP9、F2、PPARA和mTOR等,推测这些靶点可能为泽泻汤治疗高脂血症的核心靶点。同时,分子对接结果显示,泽泻汤中所含的泽泻醇类、大黄素和白术三醇与高脂血症的核心靶点有较强的结合能力。KEGG富集分析发现与高脂血症相关的主要调控通路涉及缺氧诱导因子-1（HIF-1）、胰岛素抵抗、胰岛素信号等。结论 泽泻汤的活性成分可能通过作用于MPO、MMP9、F2、PPARA和mTOR等多个高脂血症相关靶点,调节HIF-1、胰岛素抵抗、胰岛素信号通路,从而发挥治疗高脂血症的作用,为后续研究泽泻汤治疗高脂血症的分子机制提供了思路。     

基于网络药理学和分子对接法筛选藏药五味沙棘散治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）活性成分的研究＊

目的 筛选藏药五味沙棘散（WSP）治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在活性成分。方法 采用中药系统药理学技术平台（TCMSP）筛选藏药五味沙棘散（沙棘、余甘子、木香、甘草、葡萄）潜在活性成分，采用Swiss Target Prediction预测活性成分的潜在靶点，通过String数据库绘制蛋白质相互作用网络，通过DAVID数据库对WSP作用靶点进行Gene Ontology （GO）功能注释和KEGG通路富集分析，借助Cytoscape 3.7.2构建“药物-成分-靶点”网络。通过Maestro version 11.5软件，将活性成分作为配体与受体血管紧张素转换酶II（ACE2）、细胞丝氨酸蛋白酶（TMPRSS2）和COVID-19 3CL水解酶（Mpro）进行分子对接验证。结果 “药物-成分-靶点”网络包含5味药物、29个化合物和32个核心靶点，得到GO功能富集条目225条（p < 0.05），KEGG通路富集筛选得到15条信号通路（p < 0.05）。分子对接结果显示甘草苷、甘草异黄烷酮、槲皮素、山柰酚等核心化合物与COVID-19靶点结合力最强。结论 本研究体现出藏药五味沙棘散“多成分-多靶点-多途径”的作用特点，其活性成分通过与ACE2，TMPRSS2和COVID-19 3CL水解酶结合作用于AKT1、VEGFA、EGFR等靶点，调节MAPK signaling pathway、Toll-like receptor signaling pathway、T cell receptor signaling pathway等多条信号通路，实现对治疗COVID-19肺炎潜在的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接探究防己茯苓汤治疗缺血再灌注急性肾损伤的作用机制

目的 基于网络药理学和实验验证探究防己茯苓汤治疗缺血再灌注急性肾损伤（AKI）的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库和文献挖掘收集防己茯苓汤活性成分，利用SwissTargetPrediction预测活性成分作用靶点；借助GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、疾病相关的基因与突变位点数据库（DisGeNET）、治疗靶标数据库（TTD）收集AKI靶点；利用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络；采用Metascape平台对核心靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析；利用Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点-疾病网络图和活性成分-作用靶点-信号通路网络图；使用AutoDock进行分子对接；最后采用动物实验验证分析结果。结果 筛选出防己茯苓汤活性成分137种及药物靶点858个，AKI疾病靶点1 294个，防己茯苓汤治疗AKI作用靶点267个，其中磷脂酰肌醇3-激酶调节亚基1（PIK3R1）、磷脂酰肌醇3-激酶催化亚单位α（PIK3CA）、原癌基因酪氨酸蛋白激酶（SRC）、蛋白激酶B1（Akt1）、促分裂原活化的蛋白激酶3（MAPK3）为防己茯苓汤治疗AKI的关键靶点，GO富集分析得到1 609个结果，主要涉及细胞对脂质的反应、膜筏、蛋白激酶活性等，KEGG通路分析则与PI3K/Akt信号通路、趋化因子信号通路、Toll样受体（TLR）信号通路等140条通路有关，分子对接则发现核心活性成分和关键靶点均有良好的结合能力，苏木精-伊红（HE）染色结果表明防己茯苓汤能明显改善AKI的病理学状态，血清学结果则显示血清肌酐（SCr）、尿素氮（BUN）水平明显下降。结论 该研究初步探讨了防己茯苓汤治疗AKI的作用机制，发现防己茯苓汤治疗AKI具有多成分、多靶点、多通路的作用特点，为后续进一步深入研究具体作用机制奠定基础。     

基于网络药理学和分子对接探讨威灵仙-牛膝药对治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接技术，探讨威灵仙-牛膝药对有效活性成分、潜在靶点及其治疗类风湿关节炎（RA）的作用机制。方法 TCMSP数据库检索威灵仙-牛膝药对活性成分及作用靶点，GeneCards、DisGeNET数据库检索RA相关靶点，得出交集靶点，运用Cytoscape 3.7.1软件，构建“疾病-药物-有效成分-靶点”网络图，构建PPI网络并进行GO和KEGG分析，并运用Auto Dock软件进行分子对接。结果 得到威灵仙-牛膝药对有效活性成分19个，对应靶点94个，RA相关靶点5589个，交集靶点72个；主要作用靶标有CAS P3、TP 53、CCND1等；涉及PI3K-Akt、MAPK及p53通路等。结论 本研究以网络药理学和分子对接技术为基础，阐明了威灵仙-牛膝药对通过多成分、多靶点、多通路治疗RA的作用机制。     

分子对接结合网络药理学研究桂枝芍药知母汤治疗类风湿关节炎的分子作用机制

目的利用分子对接和网络药理学的方法预测桂枝芍药知母汤治疗类风湿关节炎的主要活性成分和作用靶点,结合中医方解配伍理论对其多成分-多靶点-多通路的作用进行分析。方法在TCMSP、TCM-Datebase@Taiwan、PubChen Compound数据库收集桂枝芍药知母汤中9味中药(桂枝、芍药、知母、甘草、麻黄、生姜、白术、防风、附子)的主要化学成分。通过DrugBank、TTD数据库查找与类风湿关节炎治疗相关的蛋白靶点,并上传到String在线数据库,构建蛋白互作网络关系。在PDB数据库下载合适的蛋白靶点晶体结构,采用Discovery studio 4.5.0软件进行化合物与靶点的分子对接,利用Cytoscape 3.6.1软件,构建药物-化合物-靶点可视化网络,阐释桂枝芍药知母汤抗类风湿关节炎的主要作用机制。结果分子对接结果显示桂枝芍药知母汤中存在316个潜在的抗关节炎活性成分,作用于26个靶点,其中MAPK1、ZADH2、P38、AKR1C2、DHODH、CA2、MMP3、MMP9、RANKL等蛋白是主要作用靶点。生物功能和通路分析提示,桂枝芍药知母汤的作用机制主要涉及骨吸收(28%)、组蛋白激酶活性(20%)、肽基酪氨酸磷酸化(20%)、前列腺素代谢过程(12%)等生物过程。作用通路主要是破骨细胞的分化(94.12%)。结论采用分子对接结合网络药理学的方法,从多靶点多途径的角度研究桂枝芍药知母汤治疗类风湿关节炎的药效物质基础及分子机制,为更好的临床用药提供参考和依据。     

基于网络药理学-分子对接探讨茵陈蒿汤治疗妊娠期肝内胆汁淤积症的作用机制＊

目的 利用网络药理学及分子对接技术，研究茵陈蒿汤治疗妊娠期肝内胆汁淤积症（ICP）的物质基础及可能的作用机制。方法 使用TCMSP数据库挖掘茵陈蒿汤有效成分和作用靶点，利用GeneCard与OMIM数据库筛选疾病靶点。将药物与疾病靶点的交集导入String构建PPI网络，使用Cytoscape3.7.2软件筛选核心靶点，借助Metascape数据库对靶点进行基因本体论（GO）功能和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，从筛选靶点-成分网络图中根据degree值筛选出前5个关键成分，并将该网络中的基因靶点以degree值高低进行排序，选择前5个核心靶点，然后从RCSB PDB数据库和Pub Chem数据库获取靶点与成分的三维结构和化学结构，使用Pymol软件对蛋白质分子进行去水、去磷酸根等操作，最后使用AutoDockTools进行分子对接。结果 茵陈蒿汤中共筛选出21种有效活性成分，关键成分5个，分别为槲皮素、山奈酚、芦荟大黄素、谷甾醇、大黄酸；其治疗ICP的的核心靶点14个，分别为JUN、CASP3、TNF、TP53、MYC、EGFR、AKT1、VEGFA、MMP9、MAPK1、EGF、IL6、CXCL8、MAPK8，靶点主要涉及细胞氧化应激反应、细胞运动的正向调节、受体配体活性、细胞因子受体结合、蛋白激酶活性等生物学过程，通过乙型、丙型肝炎途径、癌症途径、MAPK、 IL-17、TNF信号通路等多途径发挥治疗ICP的作用。分子对接结果显示关键成分与对应靶点具有较好的结合活性。结论 茵陈蒿汤治疗ICP是通过槲皮素、山奈酚、芦荟大黄素、谷甾醇、大黄酸等多种成分作用于JUN、CASP3、TNF、TP53、MYC、EGFR、AKT1、VEGFA、MMP9、MAPK1、EGF、IL6、CXCL8、MAPK8等多种基因靶点，从而影响MAPK、 IL-17、肿瘤坏死因子、ErbB、 Toll样受体以及乙型丙型肝炎病毒等多种相关信号通路发挥功效，该研究为进一步深入研究其作用机制奠定了基础。     

基于网络药理学探讨清肺化痰方改善慢性阻塞性肺疾病的作用机制

目的:通过网络药理学及分子对接技术探究清肺化痰方改善慢性阻塞性肺疾病急性加重期(AECOPD)气道黏液高分泌的有效成分和潜在分子机制。方法:首先使用中药系统药理学分析平台(TCMSP)收集清肺化痰方的活性成分和潜在靶点,利用GeneGards等多个数据库筛选AECOPD气道黏液高分泌的疾病靶点;然后将疾病靶点与药物预测靶点取交集,借助Cytoscape3.7.2软件构建交集靶点网络以及蛋白质-蛋白质相互作用网络,利用DAVID进行GO和KEGG富集分析。最后,将药物活性成分与疾病靶点进行分子对接。结果:清肺化痰方中54个有效活性成分可通过67个潜在靶标改善AECOPD的气道黏液高分泌,涉及TNF信号通路、IL-17、PI3K-Akt等相关信号通路。槲皮素、木犀草苷、β-谷甾醇等成分与AKT1、IL6、EGF等靶标蛋白结合稳定。结论:初步揭示清肺化痰方可直接改善AECOPD气道黏液高分泌,以及其多靶点、多通路的潜在作用机制,为后续研究提供思路。     

基于网络药理学和分子对接技术的银柴胡解热作用机制探讨

目的 采用网络药理学与分子对接技术探讨银柴胡解热作用的机制。方法 借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中医药整合药理学研究平台（TCMIP）和中药分子机制生物信息学分析工具（BATMAN-TCM）筛选银柴胡活性成分和相关作用靶点;使用GeneCards、OMIM和TTD数据库筛选发热相关靶点;通过STRING数据库构建活性成分靶点与发热疾病靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Cytoscape软件的Network Analysis插件对获得的PPI网络进行拓扑分析,筛选核心节点;使用Venny软件获得银柴胡活性成分靶点、发热疾病靶点和核心节点的交集靶点,并通过进一步的拓扑分析筛选得到关键成分和关键靶点;通过DAVID数据库进行基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用Schr?dinger软件对关键靶点与对应的关键成分进行分子对接。结果 银柴胡解热关键成分为银柴胡胺D和银柴胡新木质素-β-D-葡萄糖苷A~D,71个关键靶点主要包括促丝裂原活化蛋白激酶10（MAPK10）、蛋白激酶B1（Akt1）、热休克蛋白90AA1（HSP90AA1）、细胞周期蛋白依赖性激酶2（CDK2）、转化蛋白p21（HRAS）、血管内皮生长因子受体2（KDR）、原癌基因受体酪氨酸激酶（KIT）等;KEGG富集的67条通路主要包括Rap1信号通路、Toll样受体信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、Ras信号通路等;分子对接结果表明,银柴胡新木质素-β-D-葡萄糖苷A与KDR,银柴胡新木质素-β-D-葡萄糖苷C与CDK2、HRAS和HSP90AA1,银柴胡新木质素-β-D-葡萄糖苷D与Akt1、HRAS和KIT具有良好的结合能力。结论 银柴胡解热作用机制可能与抗炎、抗过敏、调节新陈代谢、促进免疫调节等过程有关。     

基于网络药理学和分子对接法探索人参治疗再生障碍性贫血的分子机制＊

目的 运用网络药理学与分子对接理论研究人参（Panax ginseng C. A. Meyer）治疗再生障碍性贫血（Aplastic anemia，AA）的分子作用机制，并通过体外实验进行验证。方法 通过TCMSP数据库筛选人参的主要活性成分及其靶点；采用Gene Cards数据库、GenCLiP3数据库、DisGeNET数据库以及OMIM数据库获取治疗AA有关靶点，利用venn图筛选人参治疗AA的潜在靶点；使用Cytoscape构建药物-活性成分-基因-疾病网络图，STRING数据库构建治疗靶基因的蛋白互作网络（Protein-Protein interaction network，PPI network）图；借助ClusterProfiler和Pathview对靶基因进行GO（Gene Ontology）功能注释和KEGG（Kyoto encyclopedia of genes and genomes）通路分析以及可视化；通过SystemsDOCK对其进行分子对接。最后构建AA小鼠模型，分为空白对照组，模型组，人参二醇皂苷组和环孢霉素A组，给药2周后通过免疫印迹（Western blot）法检测相关蛋白含量及表达情况。结果 从人参中筛选出22种主要活性成分以及16个人参治疗AA的主要靶点，包括半胱氨酸蛋白水解酶3（Cysteine-containing aspartate-specific protease 3，CASP3）、半胱氨酸蛋白水解酶1（Cysteine-containing aspartate-specific protease 1，CASP1）、B淋巴细胞瘤-2（B-cell lymphoma-2，BCL-2）等靶点，GO及KEGG富集分析结果主要涉及相关信号通路凋亡、AGE-RAGE、TNF、NF-KB等；分子对接研究也表明调亡通路中的CASP3对应的晶体结构2h65和CASP1对应的晶体结构1ibc与人参二醇皂苷（Ginsenoside rh2）结合性紧密，结构稳定，结合力较强。Western blot实验结果表明，与模型组相比，Ginsenoside rh2显著上调CASP3和CASP1蛋白表达水平，具有统计学意义（P<0.05）。结论 通过网络药理学分析发现人参的Ginsenoside rh2可以调控CASP3、CASP1等靶点和凋亡等信号通路，分子对接中Ginsenoside rh2和CASP3、CASP1结合紧密，体外实验证实Ginsenoside rh2调控调亡通路的关键蛋白CASP3和CASP1，从而发挥人参治疗AA的潜在疗效。     

基于网络药理学的八珍汤治疗手术后贫血作用机制研究

目的:基于网络药理学研究八珍汤治疗术后贫血的作用机制,为其临床应用提供参考。方法:通过检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获得八珍汤中人参、白术、茯苓、甘草、熟地黄、当归、白芍、川芎的主要化学成分及靶点;通过检索GeneCards、OMIM、TTD数据库获取术后贫血相关靶点;运用Perl语言和Venny软件得到共有靶点;采用Cytoscape 3.7.0软件构建疾病-靶点-成分网络图;运用STRING 11.0在线网站分析共有靶点,得到蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;运用R语言对共有靶点进行基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集。结果:八珍汤治疗术后贫血的主要有效成分为槲皮素、山柰酚、柚皮素、甘草查耳酮a,核心靶点为蛋白激酶B1 (Akt1)、白细胞介素-6 (IL-6)、丝裂原活化蛋白激酶3 (MAPK3)、血管内皮生长因子A (VEGFA)、胱天蛋白酶3 (CASP3)等。八珍汤治疗术后贫血是通过调节晚期糖基化终末产物及其受体(AGE-RAGE)、磷脂腺肌醇3-激酶(PI3K)-Akt、MAPK等信号通路,调节细胞因子活性,促进细胞增殖来改善贫血症状。结论:八珍汤通过多靶点、多途径方式改善术后贫血,为临床进一步研究提供参考。     

基于网络药理学和分子对接的痰热清干预耐药铜绿假单胞菌致呼吸系统感染作用机制研究

目的 基于网络药理学和分子对接探究痰热清干预耐药铜绿假单胞菌（Pseudomonas aeruginosa,PA）所致呼吸系统感染性疾病的作用机制,为其进一步深入研究及合理应用提供参考。方法 依前期临床回顾性分析结果选取痰热清为研究药物,通过中药系统药理学数据库与分析平台、SwissADME数据库及文献检索筛选获取痰热清各味中药的活性成分;通过SwissTargetPrediction数据库预测活性成分作用靶点;通过OMIM数据库挖掘PA相关呼吸系统疾病靶点,参考用药指南选取PA临床用药并预测其作用靶点;通过STRING平台构建药物-疾病共有靶点的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,通过Metascape平台分析共有靶点涉及的生物过程和信号通路,采用Cytoscape 3.8.0软件构建痰热清干预耐药PA感染的成分-疾病-靶点网络及成分-靶点-通路网络;筛选主要作用靶点和活性成分,采用分子对接初步验证结合作用。结果 筛选得到痰热清中所含5味中药潜在活性成分共107个,预测作用靶点共746个,PA相关呼吸系统疾病及临床用药靶点共959个,韦恩图分析获取成分和疾病共有靶点213个;最终预测核心靶点主要为表皮生长因子受体（EGFR）、原癌基因酪氨酸受体激酶（SRC）、磷脂酰肌醇4,5-二磷酸3-激酶亚基（PIK3CA）、促分裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）等,主要涉及磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性、MAPK、趋化因子等信号通路;分子对接表明预测结果的可靠性。结论 痰热清组方配伍合理,具多成分、多靶点、多通路的特点,主要通过抑制PI3K-Akt和EGFR-MAPK信号通路,抑制耐药PA在呼吸道过度黏附、产生黏液并分泌炎性因子和内毒素,从而缓解呼吸系统疾病。     

基于网络药理学研究瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病的作用机制＊

目的 采用网络药理学和分子对接的研究方法分析瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病的药物作用机制。方法 检索TCMSP数据库，筛选瓜蒌、薤白、半夏3味药物的主要活性成分并检索其作用靶点，根据GeneCards数据库查询与冠心病有关的靶点。Cytoscape3.7.2软件构建成分-靶点网络图，运用STRING绘制蛋白质相互作用（Protein-protein interactions，PPI）网络，分析相关生物功能注释和通路，用SYBYL-X 2.0软件完成靶基因与有效成分的分子对接。结果 筛选得到瓜蒌薤白半夏汤有效活性成分46个，药物相应靶点277个，疾病靶点450个，获取交集靶点82个，PTGS2、ADRB2、SCN5A、CASP3、NR3C2、AR等靶点处于网络图的核心位置。富集分析显示，主要通过RNA聚合酶II启动子转录的正调控、转录正调控，DNA模板、药物反应、基因表达的正调控、信号转导、缺氧反应、炎症反应等生物学过程干预冠心病；细胞组分主要涉及细胞外间隙、质膜、胞外区、胞质、细胞外泌体等；具有蛋白质结合、酶结合、蛋白质同源二聚体活性、细胞因子活性、受体结合、转录因子活性等分子功能。瓜蒌薤白半夏汤可能通过PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路、MAPK信号通路、FoxO信号通路等发挥治疗作用；分子对接显示瓜蒌薤白半夏汤有效成分与核心靶点具有较好的结合能力。结论 本研究系统筛选了瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病的作用靶点和生物学机制，为后续深入研究中医药治疗冠心病的药物机制提供理论基础。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨巴戟天治疗类风湿性关节炎的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接技术,探讨巴戟天治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的作用机制.方法 通过TCMSP、GeneCards、OMIM、TTD以及String数据库获得巴戟天活性成分、作用靶点以及RA相关疾病靶点,采用Cytoscape3.7.1软件绘制"化学成分-靶点-R...     

基于网络药理学和睾丸间质细胞模型探讨恩施巴戟促进睾酮分泌的作用机制

目的 基于网络药理学和睾丸间质细胞模型探究恩施巴戟对睾丸间质细胞睾酮分泌的影响和潜在作用机制。方法利用网络药理学和分子对接预测恩施巴戟治疗睾酮缺乏症的主要作用靶点及通路;通过LC-MS/MS技术分析恩施巴戟主要化学成分;构建睾丸间质细胞模型,采用MTT法检测睾丸间质细胞的存活率,采用ELISA法检测睾酮分泌量,采用qRTPCR检测睾酮合成和凋亡相关基因表达,采用Western blotting检测睾酮合成蛋白表达。结果 网络药理学和分子对接结果显示,恩施巴戟主要通过丝裂原活化蛋白激酶1（mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1）、磷脂酰肌醇3-激酶调节亚基1（phosphatidylinositol 3-kinaseregulatory subunit 1,PIK3R1）等靶点和环磷酸腺苷（cyclic adenosine monophosphate,cAMP）、MAPK、磷脂酰肌醇3-激酶（phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K）/蛋白激酶B（protein kinase B,Akt）等信号通路发挥作用,水晶兰苷为其主要有效成分。LC-MS/MS分析和睾丸间质细胞实验结果验证了网络药理学预测分析,恩施巴戟提取物和水晶兰苷均具有促进睾丸间质细胞生长和睾酮分泌的作用,其作用机制与促进类固醇生成急性调控蛋白（steroidogenic acute regulatory protein,StAR）、胆固醇侧链裂解酶（cholesterol side-chain cleavage enzyme,Cyp11a1）、B淋巴细胞瘤-2（B-cell lymphoma-2,Bcl-2）/Bcl-2相关X蛋白（Bcl-2 associated X protein,Bax）mRNA表达（P＜0.05、0.01）并促进StAR蛋白表达有关（P＜0.01）。结论 恩施巴戟具有促进睾酮分泌的作用,水晶兰苷为其主要活性成分,其作用机制与作用于MAPK、PI3K/Akt通路调控睾酮合成有关。