一起家庭聚集性麻疹暴发的病原基因型鉴定与特征分析

目的对2014年4月中山市一起麻疹家庭聚集性暴发的病原,进行基因型别鉴定与分子特征分析,了解中山市流行麻疹野病毒的基因型。方法采集了3份病人的急性期咽拭子,通过RT-PCR和基因测序技术获取麻疹核蛋白基因碳末端450个核苷酸片段,分析基因型别及分子特征,并与WHO建议的参考株及沪191疫苗株进行比对,采用Neighbor-Joining方法构建麻疹核蛋白核苷酸序列系统发育树。结果 3份病例样本的核蛋白碳末端序列核苷酸同源性为100%,均为H1型。样本序列与沪疫苗株191的核苷酸同源性为92%,氨基酸同源性为88%;与WHO参考株(Hunan,CH/93/7-AF045212)同源性为97%,氨基酸同源性为95%,且产生6个氨基酸替换,其中第84个位点由丙氨酸替代为丝氨酸,蛋白质极性发生改变。结论引起此次家庭聚集性暴发的麻疹病毒为同一来源,基因型别为H1型;病毒出现了新的氨基酸位点突变,需进一步监测与跟踪。     

中山市6例疑似麻疹疫苗相关病例病原学特征分析

目的 分析中山市6例疑似麻疹疫苗相关病例的病原学特征。 方法 采集中山市2014－2015年6例疑似麻疹疫苗相关病例咽拭子样本并提取核酸,采用巢式PCR法扩增麻疹病毒核蛋白(N)基因羧基末端450个核苷酸片段并测序,分析其与世界卫生组织(WHO)参考株、麻疹病毒中国疫苗株沪₁₉₁(Shanghai₁₉₁,S₁₉₁)基因的亲缘关系、核苷酸与氨基酸序列相似度。 结果 6份样本中,2份未检出核酸,4份检出核酸,序列比对结果示3株病毒核苷酸、氨基酸序列相似度均为100%,与S₁₉₁株相比,核苷酸序列和氨基酸序列相似度也为100%,属于A基因型;1株病毒与Chin9322-H_1a株相比,核苷酸序列相似度为97.7%,氨基酸序列相似度为96.6%,为H_1a基因型。 结论 3例病例为疫苗株感染,1例为野毒株感染。     

宁波地区2004～2008年麻疹野病毒分离株基因特征分析

目的了解宁波地区流行的麻疹野病毒基因型别和特性。方法对2004～2008年宁波地区分离到的麻疹野病毒,采用逆转录-聚合酶链反应扩增麻疹病毒核蛋白基因碳末端456个核苷酸并进行序列测定,与基因库中麻疹病毒各基因型参考株比较并分析毒株变异情况。结果2004～2008年共分离到麻疹病毒22株,均属H1基因型,与H1型参考株China93-7的核苷酸同源性为97.1%～98.5%,与中国疫苗株沪191的核苷酸/氨基酸差异为8.0%～9.5%/9.8%～14.5%;其中16株与H1a参考株China93-2的核苷酸同源性为98.2%～99.6%,属于H1a亚型;6株与H1b参考株China94-7的核苷酸同源性为98.5%～98.9%,属于H1b亚型。结论宁波地区2004～2008年流行的麻疹病毒均为H1基因型,且以H1a亚型为主,亦存在H1b亚型。     

南康市2007年一起麻疹暴发的分子生物学研究

[目的]分析南康市麻疹暴发的分子生物学特征,掌握麻疹病毒的基因特性.[方法]采用Vero/SLAM细胞对2007年暴发疫情患者咽拭子标本进行麻疹病毒分离,通过RT-PCR方法扩增麻疹病毒分离株核蛋白(nucleoprotein,N)基因,并对扩增出的核苷酸序列进行测定和分析.[结果]2007年南康市麻疹病毒分离株为麻疹H1基因型,属于我国麻疹病毒的优势株.两株分离株之间N基因氨基酸的同源性为98.7%;与中国疫苗株沪191株的N基因氨基酸序列比较,其同源性分别为94.7%和96.O%.[结论]南康市此次麻疹暴发疫情病毒分离株为H1基因型,并与中国疫苗株沪191株在基因特性上有明显差异.     

2006年河北省麻疹病毒分子流行病学监测

目的了解2006年河北省流行的麻疹病毒基因型特征。方法对2006年分离的30株麻疹野病毒进行分子流行病学研究。结果 30株麻疹野病毒均为H1a基因亚型,其核蛋白(N)基因碳末端456个核苷酸同源性为99.7%～98.0%之间,氨基酸同源性为96.0%～100%之间;与S191株核苷酸同源性为91.4%～92.3%之间,氨基酸同源性在86.7%～89.4%之间。2006年分离到的30株麻疹病毒存在3个分支(传播链)。结论 H1a基因亚型为2006年河北省优势流行基因型,H1b基因亚型可能已经终止,麻疹野病毒与现行疫苗株S191之间变异仍在加大。     

浙江省2005年麻疹病毒流行株基因特性分析

目的分析浙江省2005年麻疹病毒流行株的基因特性.方法对暴发疫情中分离的4株麻疹病毒采用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增血凝素蛋白（H）和核蛋白（N）基因,纯化产物进行核苷酸序列测定.结果浙江省2005年分离到的4株麻疹病毒流行株均为麻疹H1基因型,属于中国麻疹病毒优势基因型.各分离株之间H基因氨基酸同源性为99.2%～99.7%,N基因氨基酸同源性为99.8%;与中国疫苗株沪191株的H基因和N基因比较,其氨基酸水平上的同源性分别为95.2%～95.5%和95.5%.结论浙江省2005年分离到的麻疹病毒流行株属于同一性状毒株,均为H1基因型;与中国疫苗株沪191株相比较,两者在基因特性上存在明显差异.     

四川省2003～2005年麻疹野病毒分离株基因特征分析

目的了解四川省2003~2005年流行的麻疹野病毒分离株基因特征,为控制、消除麻疹提供科学依据。方法用B95a、Vero/Slam细胞从疑似麻疹爆发和散发患者的标本中分离麻疹病毒,通过逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)从分离到的22株麻疹病毒中扩增出核蛋白(nucleoprotein,N)基因羧基末端676个核苷酸片段,再对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,并以C末端456个核苷酸片段构建基因亲缘性关系树,进行核苷酸、氨基酸同源性分析。结果四川省2003~2005年从6个市(自治州,下同)分离的22株麻疹野病毒全部为H1基因型,除2株为H1b基因亚型外,其余均为H1a基因亚型。22株麻疹野病毒的核苷酸同源性为96.2%~100.0%,氨基酸同源性为95.3%~100.0%。四川省11株麻疹病毒代表株与中国S191疫苗株的核苷酸同源性为90.0%~92.5%,氨基酸同源性为86.7%~91.6%。结论四川省2003~2005年流行的麻疹野病毒以H1a为绝对优势基因亚型,H1b为弱势基因亚型,未发现H1c基因亚型。其中以H1a基因亚型为主的病毒株引起的多个传播链造成四川省各市的麻疹流行。     

江苏省2007年麻疹野毒株基因特征分析

目的 阐明江苏省2007年流行的麻疹野病毒分离株的基因特征,为控制、消除麻疹提供依据.方法 用Ve-ro-Slam细胞从麻疹患者的咽拭子标本中分离麻疹病毒,通过逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)从分离到的麻疹病毒株中扩增出核蛋白(Nucleoprotein,N)基因羧基末端600个核苷酸片段,再对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,并以羧基末端450个核苷酸片段构建基因亲缘性关系树,进行核苷酸、氨基酸同源性分析.结果 江苏省2007年分离的14株麻疹野病毒全部为H1基囚型中的H1a基因亚型,在基因树上有多个分支.14株麻疹野病毒的核苷酸同源性为96.7%～100.0%,氨基酸同源性为94.0%～100.0%.与中国沪191麻疹疫苗株的核苷酸同源性为90.1%～91.6%,氨基酸同源性为84.7%～88.0%;与H2基因型代表株China94-1的核廿酸问源性为91.6%～93.4 0A,氨基酸同源性为88.0%～91.3%.结论 江苏省2007年流行的麻疹野病毒优势基闪亚型为H1a,与我国大陆其它省份流行的优势基因亚型相同.     

广东省流行麻疹野病毒的核蛋白基因序列分析

广东省 2 0 0 0～ 2 0 0 1年分离到 7株麻疹病毒 ,通过逆转录 聚合酶链反应 (RT PCR)扩增出该 7株麻疹病毒核蛋白 (N)基因碳末端 5 90个核苷酸。其中碳末端 45 0个核苷酸的序列测定和分析提示 ,该 7株病毒为麻疹野病毒H1基因型。 7株病毒之间核苷酸同源性为 96 .7%～ 10 0 0 %,和其它基因型相比 ,碳末端 45 0个核苷酸水平变异可达 12 0 %,提示氨基酸水平上的变异在 12 .4%。     

2014年鞍山地区麻疹暴发疫情基因特征分析

目的了解2014年鞍山地区麻疹暴发疫情的优势基因型别,并分析其与H1a亚型参考株Chin9322平均核苷酸和氨基酸的同源性。方法采集2014年鞍山市暴发的疑似麻疹患者的咽拭子标本,使用WHO推荐的vero-SLAM细胞进行麻疹病毒分离,用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增麻疹病毒分离株的N基因羧基末端450 bp片段。对扩增产物的核苷酸序列与WHO各基因型参考株基于N基因构建的基因亲缘性关系树,分析麻疹病毒基因型。结果150份咽拭子标本中分离到26株麻疹病毒毒株,经对分离株的核蛋白(N)碳末端450个核苷酸进行序列测定和亲缘性关系比较,26株麻疹病毒均属于H1基因型的H1a亚型,其中核苷酸和氨基酸之间的同源性分别为98.2%~100.0%和98.0%~100.0%。结论 2014年鞍山地区麻疹暴发疫情是由麻疹病毒H1基因型的H1a亚型引起的流行,本次流行期内的麻疹病毒几乎是同源的,在病毒的传播过程中几乎不发生基因变异。     

我国首例输入性D_9基因型麻疹病毒的分离和鉴定

目的分离并鉴定我国首例输入性D9基因型麻疹病毒。方法使用Vero/SLAM细胞（非洲绿猴肾细胞/淋巴信号激活因子转染的非洲绿猴肾细胞）分离病毒,使用逆转录-聚合酶链反应扩增出编码核蛋白羧基末端450个核苷酸片段,通过对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,构建基因亲缘性关系树,进行遗传距离分析。结果四川省D9基因型麻疹病毒分离株MVi/Sichuan.CHN/07.09/1和世界卫生组织D9基因型代表株Victoria.AUS（维多利亚？澳大利亚）/12.99在基因亲缘性关系树上同属一个分支,核苷酸同源性为96.9%;和2008年流行于泰国和荷兰的D9基因型麻疹野病毒的核苷酸和氨基酸同源性分别为99.8%～100%和99.3%～100%;和中国大陆目前所使用的麻疹疫苗株沪191相比对,其核苷酸和氨基酸同源性分别为92.3%和90.7%;和中国目前流行的麻疹病毒绝对优势本土基因型H1基因型代表株相比对,其核苷酸和氨基酸同源性分别为90.8%和92.1%。结论输入中国四川省的麻疹病毒株为D9基因型。     

福建省发现输入性B3基因型麻疹病毒

目的 分析福建省2018年输入性B3基因型麻疹病毒的病原学特征。方法 采用实时荧光定量RT-PCR筛查和扩增麻疹病毒核酸阳性咽拭子及Vero/Slam细胞培养阳性产物。对麻疹病毒N基因羧基末端634个核苷酸片段进行扩增测序,比对分析构建基因亲缘性关系树。结果 分离获得2株麻疹病毒株,18条病毒核酸序列。所有福建株在亲缘关系上与WHO B3基因型参考株同属一个分支,其中标本MV18-41和MV18-42与2018年分离于中国香港地区的毒株（HongKong.CHN/35.18）核酸同源性为100.0%;其他毒株序列与2018年分离于日本的毒株（Mvs/Osaka.JPN/38.18/B3）同源性最高（99.9%）。福建株与除B3基因型外,23种WHO不同麻疹基因型参考株之间比较,福建株与B1基因型参考株核苷酸和氨基酸同源差异性最小,分别为95.1%～95.4%和95.3%;与H1基因型参考株同源差异性最大,其中与中国目前优势流行的参考株MVi/Hunan.CHN/0.93/7核苷酸和氨基酸同源差异分别为88.7%～89.0%和87.3%;在病毒N蛋白羧基末端150个氨基酸位点上,福建株与疫苗株（Shanghai-191）之间存在13个变异位点,但这些位点并未引起该蛋白区域的功能变化。结论 福建省成功分离获得2株B3基因型麻疹毒株,B3基因型麻疹病毒是福建省发现的新基因型麻疹病毒,在补充和丰富福建省麻疹病毒分子流行病学本底资料的同时也进一步警示必需加强输入性病例的监测,才能更好地完成福建省麻疹病毒的控制和消除工作。     

2015年黔东南地区麻疹病毒分离株基因特征分析

目的 分析2015年黔东南地区麻疹病毒基因型别和特征。方法 采集疑似麻疹病例临床咽拭子标本,经Real - time RT - PCR初筛为麻疹病毒核酸阳性,使用Vero/SLAM细胞进行病毒分离,对阳性分离物提取病毒RNA,采用RT - PCR方法扩增麻疹病毒N基因羧基末端编码的634个核苷酸片段,并进行测序与分析。结果 35例疑似麻疹病例中检测到4例麻疹病毒阳性核酸,经分离得到2株麻疹病毒。基因亲缘关系显示2株为H1基因型中的H1a基因亚型。2株麻疹病毒株与H1基因型参考株MVi/Hunan.CHN/0.93/7(AF045212)比较,核苷酸和氨基酸同源性分别为97.7%和98.0%;与H1a基因亚型参考株Chin9322比较,核苷酸和氨基酸同源性分别为98.9%和99.3%;2株H1a基因亚型与往年及本省流行的麻疹病毒的核苷酸和氨基酸同源性分别为98.2%～100%和98.0%～100%。结论 黔东南地区2015年分离到的麻疹病毒为H1a基因亚型,与贵州省本土麻疹流行的优势基因亚型一致。     

新疆地区2003-2004年麻疹野病毒分离株基因特征分析

目的了解新疆地区流行的麻疹野病毒基因型和亚型特征。方法对2003-2004年用健康产婴儿脐带血单个核细胞分离的麻疹野病毒进行分子流行病学分析。采用逆转录-聚合酶链反应对麻疹病毒N基因C末端676个核苷酸片段进行扩增，并对扩增产物进行核苷酸序列测定。通过分析C末端450个核苷酸序列构建基因亲缘关系树，并分析毒株变异情况。结果2003年和2004年各分离麻疹病毒3株（XJ03-26、XJ03-27、XJ03-74、XJ04-146、XJ04-150、XJ04-152），除XJ03-26株与沪191株核苷酸差异〈1％，属疫苗相关株A基因型外，其余5株均为H1基因型。其中XJ03-27、XJ03-74、XJ04-150和XJ04-152与H1a参考株China9322的核苷酸差异为0．5％～1．6％，同属于H1a亚型；XJ04-146与H1b参考株China9475的核苷酸同源性为98．7％，属于H1b亚型。4株H1a毒株分属两组（即XJ03-27与XJ04-150，XJ03-74与XJ04-152），每组内毒株N基因碳末端450个核苷酸序列几近相同无差异，但两组间毒株却存在较大变异，核苷酸差异达6．1％（27个核苷酸差异）。结论新疆地区2003-2004年流行的麻疹病毒以H1a亚型为主，亦存在H1b亚型。     

吉林省2001～2008年麻疹病毒血凝素蛋白基因特征和氨基酸变异分析

目的研究吉林省2001～2008年麻疹病毒代表株的血凝素蛋白基因（Hemagglutinin,HA）特征和氨基酸变异。方法从吉林省2001～2008年流行的麻疹野病毒中选取5株代表株,提取核糖核酸,用逆转录-聚合酶链反应扩增HA基因片段,对扩增产物进行核苷酸序列分析,并与基因库中的中国麻疹疫苗病毒株沪191以及所有23种麻疹野病毒基因型代表株的H基因序列,进行基因亲缘关系、同源性、氨基酸变异以及糖基化位点变异比较。结果吉林省5株麻疹病毒分离株均属于H1基因型H1a基因亚型,5株病毒H基因之间有6～17个核苷酸差异（0.3%～0.9%）,3～9个氨基酸差异（0.5%～1.5%）。与中国现行疫苗病毒株沪191H基因相比,有89～95个核苷酸差异（4.8%～5.1%）,25～30个氨基酸差异（4.1%～4.8%）。与H1a基因亚型代表株China93-4H基因相比,有9～17个核苷酸差异（0.5%～0.9%）,3～7个氨基酸差异（0.5%～1.2%）。吉林省5株麻疹病毒分离株的H蛋白均保留了4个糖基化位点,第5个糖基化位点在氨基酸第240位由丝氨酸突变成天冬酰胺,导致一个潜在糖基化位点NLS238～240的缺失。结论吉林省2001～2008年流行的5株麻疹病毒,均丢失了一个可能影响抗原性的糖基化位点。5株麻疹病毒的核苷酸、氨基酸差异均不大,但无论与H1a基因亚型代表株China93-4相比,还是与疫苗株S191相比,核苷酸和氨基酸的同源性均呈逐年递减趋势,吉林省麻疹野病毒H基因的变异仍在逐年增加、逐年积累。     

铜川市2013-2015年A型流感病毒HA基因特性研究

目的 应用生物信息学数据库和工具,了解2013-2014年铜川市A型H1N1和2013-2015年A型H3N2流感病毒血凝素(HA)基因特性及其抗原变异情况。 方法 收集铜川市哨点医院流感样病例标本,采用MDCK细胞分离流感病毒。用RT-PCR对部分A型H1N1、H3N2流感病毒进行HA基因序列扩增和纯化,序列测定,并用MEGA软件构建种系发生树分析。 结果 2013-2015年铜川市流感核酸检测标本共2 333份,流感阳性476份,阳性率20.40%。4株A型H1N1亚型流感病毒与WHO推荐A/California/07/2009(H1N1)疫苗株氨基酸序列比对,共发生11次氨基酸突变,其中3个氨基酸位点突变发生在抗原决定簇。3株A型H3N2亚型与WHO推荐的北半球2013-2014年A/Victoria/361/2011(H3N2)疫苗株比对共有9个氨基酸位点发生了突变,其中3个氨基酸位点发生在抗原决定簇;与WHO推荐的北半球2014-2015年A/Texas/50/2012(H3N2)疫苗株比对共有10个氨基酸位点发生了突变,有5个氨基酸位点发生在抗原决定簇。 结论 2013-2015年铜川市流行的A型H1N1、H3N2亚型流感病毒氨基酸发生突变导致抗原漂移。     

四川省1株输入性麻疹病毒基因特征分析

目的分析四川省1麻疹病毒分离株的基因特征。方法病毒分离和核苷酸测序后,与麻疹病毒基因型参考株编码核蛋白羧基末端的456个核苷酸序列做进化树分析。结果该病毒分离株（MVi/Sichuan.CHN/7.09/1）与D9基因型参考株聚集在同一进化分枝上,bootstrap值为91%。与D9基因型参考株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为96.9%和96.6%;与其他22个基因型参考株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为89.9%～96.2%和90.7%～98.0%。结论现有的麻疹实验室网络数据表明,该病毒分离株为我国大陆首次分离到的D9基因型麻疹病毒,证实为输入性病毒。     

2014年北京市西城区40例麻疹患者分离的麻疹病毒基因型及同源性

目的了解北京市某城区2014年分离的麻疹病毒基因型,及时发现输入性麻疹病例。方法采用荧光聚合酶链反应（PCR）方法,对北京市西城区2014年采集的标本进行病毒核酸鉴定、RT PCR扩增,扩增产物进行测序及序列比对分析。结果2014年北京市西城区共采集81例麻疹疑似患者的82份标本,其中咽拭子63份,尿19份。麻疹病毒核酸检测阳性70例,RT PCR扩增、测序获得基因序列40份,麻疹病毒培养阳性毒株37例。种系进化树分析显示,获得的40份麻疹病毒基因序列与H基因簇代表株Chin9322/H1a,以及世界卫生组织推荐的代表株MVi/Hunan.CHN/0.93/7/H1在同一分支上,核苷酸水平上同源性分别为98％～98.9％、96.9％～97.8％;氨基酸水平上同源性分别为97.3％～99.3％、95.3％～98％。结论2014年北京市西城区麻疹病例以本土基因型(H1)病例为主,进一步加强麻疹病例病原学监测对麻疹输入性病例的控制和预防具有重要意义。