2007-2011年江苏省南京市细菌性痢疾病原学监测结果分析

目的 对江苏省南京市2007-2011年细菌性痢疾的血清群(型)分布、耐药谱、毒力基因携带情况及脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析,为江苏省南京市细菌性痢疾的防控提供依据。 方法 对从江苏省南京市2007-2011年各医院腹泻病患者中分离的75株志贺菌进行血清群(型)、耐药性和毒力基因检测,并进行PFGE分子分型。 结果 75株志贺菌包括宋内志贺菌54株(72.0%),福氏志贺菌21株(28.0%),除2010年福氏X型为优势血清型外,其余年份宋内志贺菌为优势血清群;75株菌普遍对氨苄西林、四环素和磺胺甲恶唑耐药,耐药率在61.1%~95.2%之间;三重及以上耐药菌株占所有测试菌株的88.0%;毒力基因ipaH、sen、set1、ial阳性率分别为100%、46.7%、24.0%、48.0%;福氏志贺菌优势毒力基因模式为Ⅰ型(66.7%),宋内志贺菌优势基因模式为Ⅶ型(61.1%)和Ⅳ型(25.9%);宋内志贺菌分为20个PFGE基因型,其中以S7、S8、S10三个带型为主,占宋内志贺菌的 53.7%;相似度>95%,可能来自于同一克隆系;福氏志贺菌分为17种带型,各带型较散在分布。 结论 江苏省南京市志贺菌流行菌群不断变迁,宋内志贺菌有取代福氏志贺菌成为流行菌群的趋势;多重耐药现象严重;福氏志贺菌优势毒力基因模式为Ⅰ型、宋内志贺菌为Ⅶ型和Ⅳ型;PFGE型别呈现多元化流行特点。     

北京地区2010-2015年宋内志贺菌脉冲场凝胶电泳分型及耐药特征分析

目的 分析北京市2010-2015年分离的259株宋内志贺菌脉冲场凝胶电泳（pulsed field gel electrophoresis,PFGE）分型及耐药特征。方法 收集2010-2015年分离到的宋内志贺菌259株,经生化及血清型鉴定后,应用PFGE分型并用最小抑菌浓度法（minimal inhibition concentration,MIC）进行12种药物的耐药检测。结果 259株宋内志贺菌经PFGE图谱聚类分析后,发现宋内志贺菌有A、B两个优势簇,2010-2015年A簇菌株所占构成比逐年增高;耐药结果显示257株为耐药菌株,其中245株为多耐药菌株,占所有耐药菌株的95.33%。对头孢曲松（CRO）的耐药性有明显升高。结论 北京地区近年宋内志贺菌有较高的同源性,A簇菌株已经成为目前北京地区宋内志贺菌的优势簇。对三代头孢类药物CRO等耐药性上升可能与临床上大量应用三代头孢药物以及A簇菌株增多有关,多耐药谱的情况也更加复杂,提示应合理使用抗生素。     

2007-2017年四川省宋内志贺菌分离株脉冲场凝胶电泳分型及耐药性分析

目的了解2007 — 2017年四川省腹泻病例样本宋内志贺菌分离株耐药状况及脉冲场凝胶电泳（PFGE）型别分布。方法将腹泻病例监测中经过生化和血清学鉴定的30株宋内志贺菌进行PFGE分型分析，采用微量肉汤稀释法测定菌株对14种药物的最低抑菌浓度。结果宋内志贺菌分离株仅对头孢西丁敏感，多重耐药菌株占总数的96.67%。 对环丙沙星、阿奇霉素的耐药率超过10%，对包括头孢噻肟在内的7种常见药物耐药率达到50%以上。 分离株可分为16个PFGE型，有2个优势簇占总分离数的80%，其他型别占20%。 在优势簇I中的SCSN-1和SCSN-3中各检测到一起疑似暴发事件。结论2007 — 2017年四川省腹泻病例宋内志贺菌分离株PFGE优势带型明显，且部分带型存在聚集。 菌株耐药情况严重，部分菌株对细菌性腹泻常用抗生素环丙沙星、阿奇霉素和三代头孢中的头孢噻肟耐受。     

一种罕见的福氏志贺菌4c型流行菌株的鉴定分析

目的鉴定、分析新出现的福氏志贺菌4型流行菌株的表型和DNA型别特征。方法在部分测试典型菌株用生化、血清型别及药敏试验等的基础上结合R iboprinter DNA指纹图谱分析系统(RP)来分析鉴定测试菌。结果该类菌株表型符合志贺菌定义,血清学分型为福氏志贺菌4 c型(F4 c,Ⅳ:7,8);限制性内切酶EcoRⅠ的酶谱与RP数据库中志贺菌一致,PvuⅡ的酶切结果发现,参考菌株中有1株F2b地方株与F4 c酶谱一致。结论福氏志贺菌4 c型可能是F2b的溶源性变异菌株。应用RP双酶切福氏志贺菌具有分子鉴定和分子分型的作用。     

一种罕见的福氏志贺菌4c型流行菌株的鉴定分析

目的鉴定、分析新出现的福氏志贺菌4型流行菌株的表型和DNA型别特征。方法在部分测试典型菌株用生化、血清型别及药敏试验等的基础上结合RiboprinterDNA指纹图谱分析系统（RP）来分析鉴定测试菌。结果该类菌株表型符合志贺菌定义，血清学分型为福氏志贺菌4c型（F4c，Ⅳ：7，8）；限制性内切酶EcoRⅠ的酶谱与RP数据库中志贺菌一致，PvuⅡ的酶切结果发现，参考菌株中有1株F2b地方株与F4c酶谱一致。结论福氏志贺菌4c型可能是F2b的溶源性变异菌株。应用RP双酶切福氏志贺菌具有分子鉴定和分子分型的作用。     

上海市浦东新区副溶血弧菌病原学与分子流行病学特征分析

目的 了解上海市浦东新区副溶血弧菌病原学与分子流行病学特征。 方法 运用玻片凝集法对505株副溶血弧菌菌株进行血清学分型,运用K-B纸片法对菌株进行12种抗生素药敏试验,同时对菌株基因组DNA经限制性内切酶NotⅠ酶切后进行脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)分子分型,利用BioNumerics Version 6.64 分析软件对图谱进行聚类分析,初步建立PFGE分子分型数据库。 结果 505株菌株中有117株血清型未能分型,O3:K6为患者分离株中的优势血清型,其中69.14%(56/81)的食物中毒分离株和61.87%(185/299)的散发病例分离株血清型为O3:K6型;监测食品分离株血清型分布呈现多样性,无优势菌株。99.41%(502/505)菌株对氨苄西林耐药。505株菌株共获得221个不同的PFGE带型,有26株PFGE未能分型。监测食品分离株的PFGE呈现遗传多样性,无优势带型,并且与散发及食物中毒患者分离株的PFGE带型不同。食物中毒与散发病例分离株的优势带型相同。耐2种或以上抗生素的菌株与其他菌株的PFGE型不相同,相同PFGE带型内的菌株血清型相同,不同时间、不同腹泻监测点之间存在完全相同PFGE条带。 结论 浦东新区未出现多重耐药菌株,存在多起疑似聚集性病例事件,但与监测食品分离株的遗传谱系关系较远。     

宋内志贺菌对喹诺酮类抗菌药物的耐药性研究

目的 检测宋内志贺菌对喹诺酮类抗菌药物的耐药情况,探讨染色体介导DNA旋转酶A亚单位(gyrA)和拓扑异构酶ⅣC亚单位(parC)基因突变或(和)质粒介导qnrA基因存在与宋内志贺菌耐喹诺酮类药物的相关性.方法 用K-B纸片扩散法对58株宋内志贺菌进行耐药性检测;PCR法检测宋内志贺菌喹诺酮耐药决定区(QRDR)相关gyrA、parC基因,并根据药敏结果 挑选5株菌扩增片段进行DNA测序;PCR法扩增qnrA基因片段.分析宋内志贺菌gyrA、parC基因突变或(和)qnrA基因存在与喹诺酮类药物耐药性的关系.结果 宋内志贺菌对萘啶酸的耐药率高达94.8%.58株宋内志贺菌中,8株检出qnrA基因,5株测序gyrA、parC基因的菌株中,4株萘啶酸耐药菌株均在gyrA 83位发生有义突变TCG(Ser)→TTG(Leu),但未发生parC基因突变,gyrA基因突变菌株对萘啶酸全耐药.qnrA基因阳性菌株对5种喹诺酮类药物抑菌圈中位数比较都缩小;对NAL、氧氟沙星的耐药率高于qnrA基因阴性菌株(P<0.05),差异有统计学意义.结论 gyrA Ser83分→Leu突变是导致宋内志贺菌临床分离株对喹诺酮类药物耐药的关键突变,宋内志贺菌若携带质粒介导qnrA基因则会导致对喹诺酮类药物的敏感性下降,若两者同存也可引起喹诺酮类药物耐药增强,除萘啶酸耐药外对其他喹诺酮类药物也可呈中介.     

肺炎克雷伯菌耐药表型及分子分型特征分析

目的探讨肺炎克雷伯菌耐药表型及通过脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术分析其分子分型,为完善肺炎克雷伯菌分子流行病学特征提供依据。方法收集2018年1-12月肇庆市第二人民医院非重复分离的51株肺炎克雷伯菌为研究对象,采用微量肉汤法进行药敏试验;采用改良产碳青霉烯酶灭活试验(mCIM)检测CRKP表型;采用PFGE进行分子分型,建立PFGE DNA指纹图谱数据库,并运用Bionumeries6.6生物软件进行聚类分析。结果 51株肺炎克雷伯菌根据耐药谱可以分为4个耐药表型,其中产超广谱β-内酰胺酶肺炎克雷伯菌(产ESBLsKP)28株(54.9%)、耐碳青霉烯酶类肺炎克雷伯菌(CRKP)4株(7.8%)、多重耐药肺炎克雷伯菌(MDRKP)9株(17.7%)、高毒力肺炎克雷伯菌(HvKP)10株(19.6%)。PFGE聚类分析结果显示,51株菌株间相似度为47.8%～100.0%,可分为47个PFGE型别,PFGE型别相似度85.0%共10株,其中Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ型具有100.0%相同PFGE图谱,可以视为4个具有分子流行病学意义的单一克隆群。结论肇庆市第二人民医院肺炎克雷伯菌耐药表型以产ESBLsKP为主,PFGE分型呈多样性,并存在院内散发感染风险,需要注意菌株型别变异趋势。     

氟喹诺酮耐药志贺菌中质粒介导qnr基因的检测

目的检测志贺菌对氟喹诺酮抗菌药物的耐药情况,探讨氟喹诺酮耐药与志贺菌携带质粒介导qnr基因的关系。方法用纸片扩散法对100株志贺菌（福氏志贺菌50株,宋内志贺菌50株）进行耐药性检测,聚合酶链反应（PCR）检测志贺菌质粒介导qnr基因并进行DNA测序,分析qnr基因的存在与药敏结果的关系。结果 100株志贺菌中有9株检出qnr基因,检出率为9%（9/100）,福氏志贺菌为4%（2/50）,宋内志贺菌为14%（7/50）;qnr基因阳性菌株对氧氟沙星的耐药率（11.1%）高于阴性菌株（5.5%）,但差异无统计学意义。qnr基因阳性菌株对5种氟喹诺酮药物的抑菌圈中位数比较均缩小。结论宋内志贺菌质粒介导氟喹诺酮耐药qnr基因的携带率明显高于福氏志贺菌;志贺菌若携带质粒介导qnr基因则会导致对氟喹诺酮药物的敏感性下降。     

2014—2018年仙桃市伤寒沙门菌分子分型及耐药性分析

目的了解仙桃市伤寒沙门菌的耐药性及分子分型特征。方法收集2014—2018年分离的29株伤寒沙门菌开展药敏试验、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型及多位点序列分型(MLST)分析。结果药敏结果显示,29株伤寒沙门菌中27株菌对26种临床常见抗菌药物均为敏感/中度敏感,余2株菌有不同程度的耐药性,其中1株菌株耐药谱分布较广,对β-内酰胺/β-内酰胺抑制剂复合物类药物耐药。PFGE结果显示,29株伤寒沙门菌可分为6种PFGE型别,其中流行优势型为HuBXTSal003型别。MLST分型显示,29株菌株共有2种序列型,其中ST2为优势ST型。结论仙桃市伤寒沙门菌株存在优势PFGE带型及优势ST型,有多重耐药菌株出现。     

北京市昌平区食源性金黄色葡萄球菌药敏分析及分子流行病学特征研究

目的 对北京市昌平区2011-2014年分离获得的74株食源性金黄色葡萄球菌耐药谱、毒力因子编码基因携带情况和分子流行病学特征进行研究分析,为金黄色葡萄球菌食源性疾病的预防控制提供参考。方法 依据GB 4789.10-2010进行菌株分离和鉴定,用全自动微生物鉴定及药敏分析系统VITEK2 Compact进行16种药物敏感性试验,并使用检测试剂盒进行－内酰胺酶的检测;利用PCR方法检测分离菌株肠毒素,杀白细胞素和耐热磷酸酶等毒力因子编码基因;脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法对分离株进行分子分型。结果 74株金黄色葡萄球菌中68株(91.89%)有不同程度的耐药,其中对青霉素耐药率(87.84%)最高,其次为红霉素(44.59%)和克林霉素(39.19%)。毒力因子检测结果显示肠毒素阳性率64.86%(48/74),产2种以上肠毒素菌株占72.92%(35/48)。耐热磷酸酶阳性率89.19%,杀白细胞素编码基因lukF阳性率77.03%。PFGE分型结果显示除9株菌不可分型外,其余65株菌分为40个不同型别,无优势型别。结论 昌平区2011-2014年分离的食源性金黄色葡萄球菌具有较强的耐药性、分子多态性和毒力因子携带率较高的特征,说明这些菌株可以导致潜在的食品安全问题。     

婴幼儿腹泻感染的非伤寒沙门菌分子分型和耐药情况研究

目的研究婴幼儿感染的非伤寒沙门菌的分子流行病学特点和耐药情况。方法收集上海地区腹泻婴幼儿粪便标本,进行沙门菌的分离培养,生化鉴定,血清型分型,分子分型和药物敏感性检测实验。结果 583份婴幼儿粪便中分离出沙门菌共19株,主要为肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌。肠炎沙门菌脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)带型相似度较高(88.7%),且主要带型为上海近年流行的优势带型。药物敏感性实验结果显示,菌株对测试的15种抗生素的总体耐药率为78.95%(15/19),对萘啶酸(68.42%)和氨苄西林(63.20%)的耐药率较高,对环丙沙星(10.53%)和庆大霉素(10.53%)的耐药率较低,对三代头孢类抗生素的耐药率较高(40%)。菌株耐药谱分布广泛,发现多重耐药菌株13株。结论本研究中,婴幼儿感染的非伤寒沙门菌耐药情况比较严重;不同血清型和分子分型的菌株耐药性差异无统计学意义。     

一起基于国家致病菌识别网的志贺菌病暴发事件实验室分析

目的对基于国家致病菌识别网监测体系的志贺菌病暴发事件进行实验室分析。方法对2019年北京市通州区志贺菌病暴发疫情菌株进行分离和鉴定,结合2015 — 2019年北京市通州区监测和暴发疫情菌株进行脉冲场凝胶电泳分子分型和药敏试验比对分析。结果28株志贺菌中27株带型相似度≥92.0%,疫情相关菌株带型相似度≥97.1%,说明本地区存在一组亲缘关系接近的志贺菌并以低流行态势存在。 所有菌株均为多重耐药菌,2019年宋内志贺菌分离株对庆大霉素耐药与2015 — 2018年比较差异有统计学意义（χ2=49.907,P<0.001）,提示庆大霉素在志贺菌病治疗中应慎重使用。 全部菌株对环丙沙星、氯霉素、头孢西丁和亚胺培南均敏感,提示该类药物对志贺菌感染具有较好的治疗效果。结论近年来,通州区流行的痢疾菌株主要为宋内志贺菌,菌株同源性较高,多重耐药情况严重,应利用国家致病菌识别网监测体系加强志贺菌的日常监测和耐药监测。     

北京市一起由宋内志贺菌引起的细菌性痢疾暴发病原学分析

  目的  对北京市一起由宋内志贺菌引起的暴发疫情进行流行病学调查以及病原学分析,为此类疫情处理提供参考。  方法  2019年9月5 — 20日,采集病例及厨师粪便/肛拭子样本,以及水样、外环境等标本进行病原分离鉴定,并将分离到的病原菌进行药物敏感性试验、脉冲场凝胶电泳（PFGE）分子分型、全基因组测序,利用全基因组数据分析病原菌的耐药、毒力相关基因,并进行多位点序列分型（MLST）,构建全基因组单核苷酸多态性（wgSNP）分型树状图。  结果  共分离到16株宋内志贺菌和1株肠产毒性大肠埃希菌（ETEC）,志贺菌均对氨苄西林、四环素、复方新诺明、头孢唑啉、头孢噻肟、庆大霉素、萘啶酸、阿奇霉素、多西环素耐药,且均为产超广谱β-内酰胺酶（ESBLs）菌株。 均为ST152型,是国内常见型别。 其中1株宋内志贺菌全基因组中存在insA插入序列,而在其他志贺菌全基因组中未发现,与其同时分离到的ETEC全基因组中发现有该插入序列。  结论  本次疫情是由多耐药宋内志贺菌引起。 在病原溯源研究中,全基因组数据分析是PFGE分型的必要补充。     

沙门菌监测点汤卜逊沙门菌分离株的分子分型和耐药性分析

目的应用分子分型技术对2007年上海和重庆市沙门菌监测点的50株汤卜逊沙门菌进行分子流行病学分析和抗生素敏感性测定,了解上海和重庆两地菌株的分子分型特征和药物敏感性特征。方法抗生素敏感性测定采用微量肉汤稀释法,分子分型方法包括脉冲场凝胶电泳（PFGE）和多位点串联重复序列分析（MLVA）。结果药敏试验显示78%的菌株存在多重耐药,其中磺胺甲恶唑和四环素的耐药率最高,其次是甲氧苄胺嘧啶;对头孢类抗生素（头孢噻肟、头孢三嗪、头孢他啶、头孢噻呋）均未产生耐药性。PFGE将50株菌分为15个带型,30株重庆分离株间有较高的相似性;MLVA分析显示除Sal16位点外,其余检测位点在所有待检菌株中没有差别。结论分子分型支持汤卜逊沙门菌引起的暴发以及散发。目前MLVA分型应用于汤卜逊沙门菌分子分型时,分型能力低于PFGE,需要进一步优化。     

Epidemiology of nalidixic acid resistance and TEM-1- and TEM-52-mediated ampicillin resistance of Shigella sonnei isolates obtained in Korea between 1980 and 2000

The resistance to ampicillin and nalidixic acid in Shigella sonnei isolates obtained in Korea during the period 1998 to 2000 was characterized. Recently (J. Y. Oh, H. S. Yu, S. K. Kim, S. Y. Seol, D. T. Cho, and J. C. Lee, J. Clin. Microbiol. 41:421-423, 2003) ampicillin and nalidixic acid resistance was found in 49 and 70%, respectively, of the 67 S. sonnei isolates obtained during this period. We analyzed 138 S. sonnei isolates collected during the same period. Ampicillin and nalidixic acid resistance was found in 30 and 86% of the isolates, respectively. The ampicillin resistance was mediated by a TEM-1 beta-lactamase, and TEM-52 extended-spectrum beta-lactamase was identified in one sporadic S. sonnei isolate from 1999. bla(TEM-1) and bla(TEM-52) were located in conjugative R-plasmids. Tn3 was detected in 41% of the ampicillin-resistant isolates. The R-plasmids from the transconjugants that transferred resistance to ampicillin exhibited different restriction fragment length polymorphism patterns, and a bla(TEM-1) probe was hybridized with the different fragments. The nalidixic acid resistance was exclusively associated with an amino acid substitution, Ser83-->Leu (TCG-->TTG), in gyrA. These findings indicate that the genetically related S. sonnei strains readily acquire resistance to ampicillin, streptomycin, trimethoprim, and sulfamethoxazole but not nalidixic acid through conjugative R-plasmids from difference sources when confronted by antibiotic selective pressures.     

37株枸橼酸杆菌的耐药性及PFGE分型分析

目的了解食品及患者来源的37株枸橼酸杆菌的耐药性、毒力基因携带及PFGE的分型情况。方法运用K-B法选择15种抗生素进行药敏试验;以PCR方法检测志贺样毒素（Istx1/I和Istx2/I）、紧密素基因（Ieae/I）及溶血素（Ihly/I）4种毒力基因;用脉冲场凝胶电泳（pulse field gel electrophoresis,PFGE）方法进行同源性分析。结果37株枸橼酸杆菌中,25株为杨氏枸橼酸杆菌,11株为弗劳地枸橼酸杆菌,1株为布雷克氏枸橼酸杆菌。分离菌株对大多数抗生素敏感,但对头孢噻吩100%耐药。其毒力基因检测均为阴性。PFGE结果发现不同菌株带型差异较大。其中5株食品来源,1株为人来源的杨氏枸橼酸杆菌同为MAS007型,具有流行病学相关性。 结论该地区枸橼酸杆菌主要以杨氏枸橼酸杆菌为主;部分菌株具有多重耐药,应加强菌株的耐药性监测;脉冲场凝胶电泳对枸橼酸杆菌有较好的分型能力,有助于分析追踪疫情和来源;患者可能存在食源性感染,应引起疾控部门的重视。