广州市甲型H1N1流感病毒的持续进化变异监测

  目的  通过对H1N1流感病毒进行基因进化变异监测,为H1N1流感的科学防控提供研究数据。  方法  对广州市2017-2019年132株H1N1流感病毒进行血凝素(Hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(Neuraminidase, NA)基因测序,分析不同流行年度病毒的分子变异特点。  结果  2017-2019年广州市H1N1流行株HA和NA基因均聚为一簇,提示具有相同进化起源。2019年分离株依次由2017年分离株经2018年分离株过度进化而来,呈现较为明显的时间进化趋势。HA基因持续变异的抗原位点主要分布在91、181、202位,其中2018年H1N1流行株HA蛋白抗原位点的变异具有较为明显的多样性。2017和2019年流行株中有3株病毒发生NA蛋白H274Y神经氨酸酶抑制剂的耐药突变。  结论  广州市2017-2019年H1N1流行株与同年度疫苗株的匹配性较好,但病毒基因在持续进化和变异,在抗原位点和耐药位点上不同流行年份表现基因多态性。     

2012-2018年青岛市A型(H1N1)pdm09流感病毒奥司他韦耐药株基因特征

目的 了解2012-2018年青岛市人群A型(H1N1)pdm09流感病毒奥司他韦耐药株基因特征。方法 收集2012年4月-2018年3月间青岛市A(H1N1)pdm09毒株397份,逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)和血凝素(Hemagglutinin,HA)基因全长,序列测定后进行耐药位点和氨基酸变异及进化分析。结果 5株发生了H275Y突变,为奥司他韦耐药株;另有4株S247N突变,可能为奥司他韦耐药株。2012-2018年H275Y突变株检出率依次为2.8 %、2.0 %、0.0 %、1.1 %、0.0 %和0.7 %。NA和HA进化树显示,2012-2013年青岛H275Y突变株与美国耐药株A/Tennessee/03/2013更接近,2013-2014年青岛H275Y突变株与国内株和日本札幌耐药株更接近,这两个年度耐药株的毒株起源可能有所不同。突变株在酶活性位点、抗原决定簇、受体结合位点及其他功能位点(如HA位点D222、Q223和NA位点V241I、N369K和N386K)的转变与野生敏感株一致。结论 青岛市A型(H1N1)pdm09流感病毒奥司他韦耐药株明显增加且流行起源不同,但并未取得比野生株更强的流行能力。奥司他韦仍可作为流感预防和治疗的有效手段。     

2009-2018年青海省流行性感冒病毒变迁规律

  目的   分析2009年14周-2019年13周青海省流行性感冒(简称流感)病毒变迁规律, 为高原地区科学防控流感提供依据。   方法   从中国流感监测信息系统中, 导出流感样病例数据、病例样本核酸检测阳性数据及病毒分离数据。使用描述流行病学方法, 分析2009年14周-2019年13周流感病毒在高原地区青海省的变化特征。   结果   青海省2009、2011、2014和2015年均以H1N1 (pdm09)为主, 2010和2012年以H3N2为主, 2013年以B型为主, 2016年和2017年以H3N2、B型和H1N1 (pdm09)为主, 2018年以H1N1 (pdm09)、H3N2和B型为主。青海省西北部地区(海西和海北)检测到的流感病毒以H3N2、H1N1 (pdm09)和BV这3种为主, 其他地区则以H3N2、H1N1 (pdm09)、BY和BV这4种病毒为主。其中春季流感病毒阳性检出率为8.73%, 乙型居多; 夏季为1.35%, 秋季为15.33%, 均以H1N1 (pdm09)居多; 冬季为23.17%, H3N2和H1N1 (pdm09)居多。   结论   青海省西北区域流感病毒型别和活跃程度与青海省其他地区不同; 冬、春季流感病毒型别和活跃程度更为丰富, 可在此前做好流感预警预测等防控措施; 14岁以下人群更易感染乙型病毒, 可针对重点人群和重点地区接种流感疫苗, 并做好学校流感疫情的监测与防控。     

2018-2019年流感流行季节河北省流感病毒对神经氨酸酶抑制剂药物的耐药性研究

  目的   分析河北省2018-2019年流感流行季节流感病毒对神经氨酸酶抑制剂类(neuraminidase inhibitor, NAI)药物的耐药情况, 为流感的预防控制提供依据。   方法   选取H1N1(pdm09)亚型毒株25株、H3N2亚型毒株11株共36株流感病毒毒株进行生物学耐药实验, 使用荧光发光法检测病毒对奥司他韦和扎纳米韦的药物敏感性。   结果   2018-2019年河北省H1N1(pdm09)和H3N2亚型流感病毒全部对奥司他韦和扎那米韦敏感, 对奥司他韦的半数抑制浓度(half maximal inhibitory concentration, IC₅₀)平均数分别为0.50 nM(0.07~1.14 nM)和0.25 nM(0.09~0.69 nM), 对扎那米韦的IC₅₀平均数分别为0.29 nM(0.09~0.85 nM)和0.87 nM(0.17~1.81 nM), 均在相对应型别参考株IC₅₀值10倍以内。   结论   2018-2019年河北省检测的流感毒株都对NAI类药物敏感。     

2018-2019年广西A(H1N1) pdm09亚型流感病毒抗原性及HA基因特性分析

目的 了解广西壮族自治区2018-2019年人群A(H1N1) pdm09亚型流感病毒抗原性及HA基因特性.方法 对2018-2019年广西分离的199株A(H1N1) pdm09亚型流感病毒株用血凝抑制试验进行抗原分析,并对其中的15株进行HA基因序列测定分析.结果 抗原分析的199毒株中有196株与疫苗株A/Michigan/45/2015类似,占98.49％.广西15株毒株的HA基因核苷酸序列与疫苗株A/Michigan/45/2015的同源性为97.83％～98.50％,氨基酸同源性为98.19％～99.10％.与疫苗株相比,广西15株毒株HA基因均存在S74R、S164T和I295V 3个氨基酸位点变异.广西毒株与疫苗株HA1的糖基化位点预测结果一致.系统进化显示广西毒株与疫苗株的HA基因均属于6B.1分支.结论 2018-2019年广西流行的A (H1N1) pdm09亚型流感病毒与疫苗株A/Michigan/45/2015组分匹配良好.     

2013-2018年度滨州市B型流感病毒血凝素和神经氨酸酶基因进化特征分析

  目的   分析滨州市2013-2018监测年度B型流感病毒血凝素(hemagglutinin, HA)、神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因突变及其抗原变异特征。   方法   采集滨州市2013-2018年的流感监测哨点医院流感样病例(influenza-like illness, ILI)咽拭子标本进行病毒分离, 选取29株B型流感分离代表毒株进行HA、NA基因序列测定, 通过基因分析软件进行同源性比对、构建HA、NA基因进化树。   结果   2013-2018各年度B型流感占比分别为47.0%、23.0%、31.0%、7.2%和65.1%, 差异有统计学意义(χ2=1 485.143, P < 0.001)。2013-2014年度分离株与当年世界卫生组织推荐的疫苗株匹配度差。2013-2014年度流行的B型流感病毒为Yamagata系HA与Victoria系NA基因的重配株。   结论   2013-2018监测年度, 滨州市B型流感病毒的进化是通过系间基因重配、不同谱系共流行、连续不断的不同抗原谱系的更替来完成的。     

2009-2017年烟台地区甲型(H1N1)pdm09流感病毒神经氨酸酶基因进化分析

目的 分析2009-2017年烟台地区甲型（H1N1）pdm09流感病毒流行情况及神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因进化特征。方法 收集2009年8月~2017年8月烟台地区两家哨点医院流感样病例咽试子标本10 236份,狗肾细胞（Madin-Darby canine kidney cell,MDCK）分离流感病毒,血凝抑制实验进行病毒分型。选取甲型（H1N1）pdm09流感毒株43株,扩增NA基因全序列并测序,应用分子生物学软件分析其遗传变异特征。结果 系统发生分析表明大部分烟台分离株属于2、7、6C、6B.1和6B.2基因型;NA蛋白分子多个氨基酸位点发生变异,与疫苗株相比,6、7基因型增加了44位糖基化位点;6B.1和6B.2基因亚型,减少了386位糖基化位点;运用固定效应似然比模型和内部固定效应似然比模型发现34和386两个正向选择压力位点,NA蛋白酶活性中心位点及周围辅助位点均未发生变异。结论 2009-2017年烟台地区甲型（H1N1）pdm09流感病毒NA基因持续发生变异,仍对神经氨酸酶抑制剂敏感,未来仍应加强流感流行状况和病原基因特征监测。     

甲型H1N1 pdm09流感病毒HA蛋白糖基化进化及其生物学意义

作为本世纪首次流感大流行的病原体,甲型H1N1pdm09流感病毒对人类健康和公共卫生造成持续危害,其进化特征也一直备受关注。HA蛋白糖基化位点的进化,包括数量的增加和位置的变迁,是病毒逃避宿主免疫压力的重要方式,对病毒生物学特性和宿主免疫应答均有重要影响。本文概述了甲型流感病毒HA蛋白糖基化的生物学功能及进化特征,总结分析2009—2016年甲型H1N1pdm09病毒HA蛋白的糖基化进化特点。建议在传统流感病毒分子监测的基础上,特别关注糖基化进化对病毒抗原性、传播力和致病性等生物学特性的影响,分析糖基化突变株的流行病学意义,为流感的预测预警提供新的依据,该项工作对疫苗和药物靶点的设计等也有重要参考价值。     

上海市2018—2019年度A/H1N1(pdm09)亚型流感病毒的 耐药性及NA基因特性研究

【目的】通过监测2018—2019年度上海市优势流行株A/H1N1(pdm09)亚型流感病毒对神经氨酸酶抑制剂(NAIs)的耐药情况,为上海市流感临床用药提供参考。【方法】随机选取60株A/H1N1(pdm09)亚型流行株,采用神经氨酸酶抑制实验及神经氨酸酶(NA)基因测序的方法,开展流行株对奥司他韦及扎那米韦敏感性和耐药性的监测和分析。【结果】60株流行株均对奥司他韦和扎那米韦敏感,未发现敏感性降低或者显著降低的情况;基因序列分析也未发现NA在催化活性关键位点及辅助位点出现氨基酸变异,佐证了神经氨酸酶抑制实验的表型检测结果。【结论】上海市2018—2019年度流行的A/H1N1(pdm09)亚型流感病毒对神经氨酸酶抑制剂依然敏感,为临床用药提供了科学参考。随着药物的广泛使用,应持续加强流感病毒耐药性监测,以有效指导临床用药。     

2015-2017年盐城市乙型流感病毒HA1、NA基因分子特征

  目的   对盐城市2015-2017年流行的乙型流感病毒血凝素(hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(neuraminidase, NA)基因进行分子进化特征研究。   方法   将盐城市2015-2017年流感监测哨点医院以及流感暴发点采集的流感样病例咽拭子标本进行核酸、病毒分离检测定型, 对选取的18株乙型流感病毒分离株采用一步法RT-PCR方法扩增其HA1基因和NA基因, 扩增产物经纯化测序, 采用生物信息软件从核苷酸、氨基酸以及分子进化层面对毒株进行分子特征分析。   结果   盐城市2015-2017年分离的乙型流感病毒HA1基因和NA基因聚类的分支关系基本一致, 2015年Yamagata系毒株位于Yamagata Clade 3分支, 属Phuket/3073类毒株; 2016-2017年Victoria系毒株分布于Victoria Clade 1A分支, 属Brisbane/60类毒株。Yamagata系所有毒株在190-helix抗原表位均发生了D196N位点的变异; Victoria系毒株共涉及2个抗原表位, 120-loop抗原表位的117、129位点, 190-helix抗原表位的197、199位点。盐城株未发生系内、系间重配。18株分离株未发生NA蛋白酶活性位点以及耐药位点的变化。   结论   2015年Yamagata系毒株与疫苗株B/Phuket/3073/2013匹配性较好。2016-2017年Victoria系毒株HA1和NA抗原基因变异位点在积累, 这些变异位点的积累很可能会导致流感病毒发生实质性的抗原性的漂移, 降低与流感疫苗株的匹配度, 减弱流感疫苗的保护作用。     

人感染高致病性H5N6禽流感病毒表面糖蛋白分子进化特征

目的对19例人感染高致病性H5N6禽流感病毒的血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)蛋白进行分子进化分析。方法运用下一代测序平台对病毒分离物进行全基因组测序,从美国国家生物技术信息中心(national center for biotechnology information,NCBI)和全球流感序列数据库(global initiative on sharing avian influenza data,GISAID)下载参考序列,利用Blasts、Mega 6.1及Clustal X 2.1等软件进行序列分析。结果2014-2018年中国共发生23例人感染H5N6禽流感病毒病例。对19个病例的H5N6病毒的HA和NA基因进行进化分析。HA进化分析显示病毒都属于Clade 2.3.4.4,其中涉及17个病例的病毒属于Group C;首例H5N6病例毒株(A/Sichuan/26221/2014)属于Group D;福建一个病例(A/Fujian-Sanyuan/21099/2017)属于Group B。所有19个病例的病毒HA蛋白的裂解位点含有多个碱性氨基酸。所有病毒的HA蛋白的受体结合位点226~228位氨基酸是QS(R)G(氨基酸排序以H3-HA为准),理论上对禽类受体α2-3半乳糖苷唾液酸(SAα2-3Gal)有嗜性。18病例病毒的HA蛋白发生了T160A的突变,导致在158N位点失去糖基化。除了A/Sichuan/26221/2014外,18个病例的病毒NA蛋白在58~68位缺失了10个氨基酸。9个病例的病毒PB2蛋白发生E627K突变。结论2014-2018年间中国人感染H5N6病毒进化活跃,具有明显的基因多样性,需要加强对病毒分子进化的监测。     

Antigenic and genetic characterization of influenza viruses circulating in Bulgaria during the 2015/2016 season

Influenza virological surveillance is an essential tool for early detection of novel genetic variants of epidemiologic and clinical significance. The aim of this study was to determine the antigenic and molecular characteristics of influenza viruses circulating in Bulgaria during the 2015/2016 season. The season was characterized by dominant circulation of A(H1N1)pdm09 viruses, accounting for 66% of detected influenza viruses, followed by B/Victoria-lineage viruses (24%) and A(H3N2) viruses (10%). All sequenced influenza A(H1N1)pdm09, A(H3N2) and B/Victoria-lineage viruses belonged to the 6B.1, 3C.2a and 1A genetic groups, respectively. Amino acid analysis of 57 A(H1N1)pdm09 isolates revealed the presence of 16 changes in hemagglutinin (HA) compared to the vaccine virus, five of which occurred in four antigenic sites, together with 16 changes in neuraminidase (NA) and a number of substitutions in proteins MP, NP, NS and PB2. Despite the many amino acid substitutions, A(H1N1)pdm09 viruses remained antigenically closely related to A/California/7/2009 vaccine virus. Bulgarian A(H3N2) strains (subclade 3C.2a) showed changes at 11 HA positions four of which were located in antigenic sites A and B, together with 6 positions in NA, compared to the subclade 3C.3a vaccine virus. They contained unique HA1 substitutions N171K, S312R and HA2 substitutions I77V and G155E compared to Bulgarian 3C.2a viruses of the previous season. All 20 B/Victoria-lineage viruses sequenced harboured two substitutions in the antigenic 120-loop region of HA, and 5 changes in NA, compared to the B/Brisbane/60/2008 vaccine virus. The results of this study reaffirm the continuous genetic variability of circulating seasonal influenza viruses and the need for continued systematic antigenic and molecular surveillance.     

2018-2019年宁夏甲型H1N1流感病毒血凝素基因组序列分析

目的 了解宁夏2018-2019流感监测年度流感病毒病原学检测情况,分析甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）基因特征。方法 采用real time RT-PCR方法对流感监测哨点医院采集的流感样病例（ILI）标本进行核酸检测;对阳性标本进行毒株分离;提取甲型H1N1毒株的RNA,采用RT-PCR方法扩增HA片段并测序,利用生物信息软件对测序结果进行比对分析。结果 宁夏流感网络实验室检测咽拭子标本共5214份,核酸检测阳性数为760份,其中甲型H1N1阳性数为485份,占总阳性数的63.82%,分离出甲型H1N1毒株 161株。宁夏分离毒株与疫苗株A/Califaoria/07/2009不在同一进化分支,同源性为92.6%~96.3%;与疫苗株A/Michigan/45/2015(H1N1)为同一进化分支,同源性为96.6%~98.1%。与疫苗株A/Califaoria/07/2009比较,抗原位点、受体结合位点及其他位点均有变异,除毒株 A/Ningxia_Xixia/SWL1176/2019(H1N1)第222位氨基酸发生D222G变异外,其他甲型H1N1流感毒株均未发生D222G变异。所有毒株增加糖基化位点162NQT,个别毒株糖基化位点增加2~3个。结论 宁夏2018 -2019年度流感优势毒株为甲型H1N1毒株。序列分析表明甲型H1N1病毒发生了不同程度的变异,在抗原特异性、毒力和感染性上有可能已经发生变化,需要及时更换疫苗株成分。     

2017年深圳地区A/H3N2亚型流感病毒HA和NA基因的分子进化特征

  目的  了解深圳市2017年上半年流行的甲型H3N2亚型流感病毒HA和NA基因的分子进化特征,为预测流感病毒流行和变异提供科学依据。  方法  利用DNAStar、MEGA 7.0等生物信息学软件对研究分离的40株H3N2流感病毒的HA和NA基因及其编码的氨基酸序列进行比对,构建分子进化树,分析基因特征和变异情况。  结果  深圳分离株的同源性均达到97.8%~100.0%,位于亚洲北美人源分支。与世界卫生组织（World Health Organization,WHO）推荐的疫苗株A/Switzerland/9715293/2013（H3N2）和A/Hong Kong/4801/2014（H3N2）相比,有较高的序列相似性;与当年疫苗株对比发现,HA发生6个抗原位点和2个受体结合位点的改变,NA出现第151位酶活性位点的改变;HA和NA的潜在N-糖基化位点在数量和位置上也发生变化。  结论  深圳市2017年上半年甲型H3N2亚型流感病毒在流行过程中尚未发生明显变异,目前推荐的疫苗株仍对深圳地区人群有一定保护作用,HA和NA多个氨基酸位点的变异提示仍需加强H3N2亚型流感病毒分子水平的动态监测。     

2017-2018年河南省流感病毒对神经氨酸酶抑制剂药物的耐药性研究

  目的  分析河南省2017-2018年流感病毒对神经氨酸酶抑制剂（neuraminidase inhibitor, NAI）药物的耐药性, 为流感抗病毒药物的使用提供依据。  方法  病毒来自2017-2018年河南省流感监测网络送检的毒株标本, 经复核鉴定后, 挑选H1pdm09亚型15株、H3N2亚型6株、B型15株共36株毒株使用荧光发光法（fluorescence-basedassay, FL）检测其对奥司他韦和扎那米韦的耐药性。药物敏感参考株为A/California/12/2012（H1pdm09）-275H、A/北京海淀/1942/2014（H3N2）-119E和B/Rochester/02/2001-198D;药物耐药参考株为A/Texas/23/2012（H1pdm9）-H275Y、A/Texas/12/2007（H3N2）-E119V和B/Rochester/02/2001-D198N。  结果  药物敏感参考株为A/California/12/2012（H1pdm09）-275H、A/北京海淀/1942/2014（H3N2）-119E和B/Rochester/02/2001-198D对奥司他韦的半数抑制浓度（half maximal inhibitory concentration, IC₅₀）值分别为0.29 nmol/L（nM）、0.10 nM和12.71 nM, 对扎那米韦的IC₅₀值分别为0.2 nM、0.49 nM和0.33 nM。2017-2018年河南省H1pdm09和H3N2亚型流感病毒对奥司他韦的IC₅₀值范围分别为（0.28~1.37 nM）和（0.08~0.17 nM）, 对扎那米韦的IC₅₀值范围为（0.15~0.53 nM）和（0.12~0.22 nM）, 均在相对应型别参考株IC₅₀值10倍以内; B型对奥司他韦的IC₅₀值范围为（11.83~24.59 nM）, 对扎那米韦的IC₅₀值范围为（0.48~1.25 nM）, 均在参考株的IC₅₀值的5倍以内。  结论  2017-2018年河南省检测的流感毒株都对神经氨酸酶抑制剂药物敏感。     

2014-2016年镇江地区甲型H1N1流感病毒分子进化特征研究

目的 了解镇江地区甲型H1N1流感病毒流行和变异特点。方法 收集2014-2016年镇江地区哨点医院流感样病例标本,进行核酸检测和病毒分离。在病毒流行期按月随机抽取13株甲型H1N1毒株,设计特异性的引物扩增血凝素（hemagglutinin,HA）、神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因,进行测序并分析其遗传进化特征。结果 13株分离株与疫苗株A/California/07/2009的HA基因核苷酸和氨基酸的同源性分别为97.3%~100.0%和96.6%~100.0%;NA基因核苷酸和氨基酸同源性分别为95.6%~97.5%和93.8%~96.6%。系统进化分析表明,13株病毒HA和NA基因分属于不同的进化谱系。分子特征表现为12株HA氨基酸序列均发生了抗原位点Sa区K173Q突变,1株同时发生了Sa区K181E突变;3株还发生了Ca1区V183I突变。受体结合位点和糖基化位点的氨基酸序列均未发生变异。结论 2014-2016年镇江地区甲型H1N1流感病毒与疫苗株相比,其HA、NA基因出现了一定程度的变异,但是抗原性并未发生改变,需进一步加强监测。     

Responses to live attenuated influenza vaccine in children vaccinated previously with Pandemrix (ASO3B adjuvanted pandemic A/H1N1pdm09)

BackgroundWe report a phase III/IV open-label study on the immunogenicity of a single dose of a Live Attenuated Influenza Vaccine (LAIV) (Fluenz™) in children naïve to, or in previous receipt of, AS03_B adjuvanted A/H1N1pdm09 influenza vaccine (Pandemrix™), to investigate whether early exposure to an adjuvanted subunit influenza vaccine impacts on subsequent response to quadrivalent LAIV (qLAIV).Method and findingsEligible children were enrolled to receive qLAIV and stratified according to previous Pandemrix™ vaccination. Functional antibody for the vaccine strains were analysed using Haemagglutination Inhibition (HAI); in addition antibodies to the A/H1N1pdm09 strain were measured by Neuraminidase Antibody Inhibition (NAI) and neutralisation assays. Fourfold titre increases by HAI were observed for 39% (95% confidence interval 33–46%) and 43% (37–51%) of subjects for the two influenza B vaccine strains and 8% (5–13%) for the A/H3N2 strain with no significant differences between the Pandemrix™ naïve or previously vaccinated groups in antibody tites pre- or post-vaccination or seroconversion rates. In both groups, the response to the qLAIV A/H1N1pdm09 component was barely detectable, overall HAI seroconversion rate 1.8% (0.5–4.7%). Previous receipt of Pandemrix™ was associated with significantly higher levels of A/H1N1pdm09 neutralising antibody, but decreased NAI titres pre-vaccination, with the differences maintained post-vaccination.ConclusionPrevious receipt of Pandemrix™ has had a significant impact on the influenza immune status of children several years later. Higher levels of neutralising antibody to A/H1N1pdm09 pre- and post-vaccination, but significantly lower levels of antibody to NA, were observed compared with Pandemrix™-naïve children, while responses to influenza B and A/H3N2 and antibody levels prior to vaccination were similar in both groups. This suggests that early vaccination with a powerful adjuvant maintains functional immunity for several years, which prevents natural infection. Alternatively, the AS03_B adjuvant may have re-directed the immune response, with focus towards viral HA and away from viral NA.