双重实时荧光PCR检测副溶血性弧菌和创伤弧菌方法的建立

目的建立双重实时荧光PCR检测副溶血性弧菌和创伤弧菌的方法。方法在Gen Bank数据库查找序列并比对后设计tdh和vvh A基因引物和探针。对PCR反应退火温度、引物、探针、Mg2+、Taq DNA聚合酶及d NTPs浓度进行优化,确定反应体系和反应条件,并对新建方法的特异性、灵敏度等方面进行分析,对模拟样品进行检测。结果建立了双重实时荧光PCR检测副溶血性弧菌和创伤弧菌的方法。该方法的特异性较好,检测限为103 CFU/ml。结论建立的双重荧光PCR方法可快速、灵敏、特异地检测副溶血性弧菌和创伤弧菌。     

荧光PCR在副溶血性弧菌引起的食物中毒检测中的应用

目的分析荧光PCR在副溶血性孤菌引起的食物中毒病原检测和调查中的应用效果。方法对2007～2008年东莞市19起细菌性食物中毒中的样本进行副溶血性弧菌荧光PCR法和传统培养法检测,并对检测结果进行比较分析。结果19起细菌中毒的276份样本,副溶血性孤菌荧光PCR法检出率为38．4％,明显高于传统培养法检测结果29．7％,差异有统计学意义（P〈0．05）,而且PCR法检出时间快捷。结论荧光PCR可以快速准确的鉴定病原体,适用于细菌性食物中毒的快速检测。     

LAMP方法检测霍乱弧菌的研究

目的建立一种快速检测霍乱弧菌的方法。方法利用霍乱弧菌的hlyA基因设计特异性引物,建立LAMP检测方法,以及优化反应体系,并进行LAMP的特异性和灵敏度实验,同时与普通PCR和荧光定量PCR进行比较。结果成功建立霍乱弧菌的LAMP检测方法,得到最优的反应体系,在特异性实验中,霍乱弧菌均呈阳性,而副溶血弧菌、溶藻孤菌、最小孤菌、1梅氏孤菌等均为阴性;在灵敏度实验中,霍乱弧菌的最低检测限为6.2pg／tube,是普通PCR的1000倍。比荧光定量PCR低一个数量级。结论LAMP方法具有很高的特异性和灵敏度,可用于霍乱孤菌的检测。     

检测肺炎支原体的实时荧光PCR方法的建立

目的 采用Taqman探针技术,组建肺炎支原体荧光PCR基因检测方法.方法 对GenBank登录的肺炎支原体的基因序列进行生物信息学分析.针对16s核糖体蛋白基因的保守区域设计引物和探针,组建实时荧光PCR方法检测.采用流感病毒、副流感病毒、呼吸道合胞病毒和腺病毒进行特异性评价.采用倍数稀释的方法进行灵敏度的评价.对来自南方医院的522份临床咽拭子样本进行检测.结果 用实时荧光PCR方法检测甲型流感病毒(甲型、乙型)、副流感病毒、呼吸道合胞病毒、呼吸道腺病毒均无特异性反应.该方法可以检测出稀释浓度约为103/mL的肺炎支原体样本.对本院的临床样本检出39份.结论 实时荧光PCR检测肺炎支原体具有较高的特异性和灵敏度,可用于肺炎支原体感染的诊断.     

分子信标荧光定量PCR快速检测结核分枝杆菌方法的初步研究

目的建立分子信标荧光定量PCR快速检测结核杆菌方法,为临床结核病的诊断提供特异性强、灵敏度高、可标准化、自动化的检测方法。方法根据GenBank数据库公布的结核分枝杆菌IS6110基因的保守序列,设计引物与分子信标探针,建立结核分枝杆菌荧光定量PCR检测方法;以10种细菌作对照分析该方法的特异性与灵敏度;应用已建立的方法检测结核分枝杆菌,评价其应用价值。结果所建立的分子信标荧光定量PCR检测10种细菌,只有结核分枝杆菌有荧光信号,与其他细菌无交叉反应,4拷贝/PCR反应体系的结核分枝杆菌都能有效检出。对100株结核分枝杆菌的检测结果为阳性,单一检测时间仅需2h。结论分子信标荧光定量PCR检测方法快速、灵敏度高、特异性强,可用于快速诊断结核病,为结核病的诊断与治疗提供新的检测手段。     

威海地区两种海洋弧菌多重降落 PCR体系的建立与应用

目的 分析威海地区食源性疾病中,海洋性弧菌的检出率,并建立一种可以同时检测创伤弧菌及溶藻弧菌的多重降落PCR反应体系.方法 收集怀疑食源性疾病患者粪便标本进行分离培养鉴定并分析,并且针对创伤弧菌的vvhA基因与溶藻弧菌的toxR基因分别设计两对特异性引物,应用Primer-BLAST检测引物特异性.应用该引物建立多重降落PCR,并检测93份粪便标本,其结果与细菌培养法进行比较结果.结果 威海地区怀疑食源性疾病患者粪便标本中共检出海洋性弧菌45例,以副溶血性弧菌为主,随后为创伤性弧菌和溶藻弧菌.所建立的多重降落PCR对致病菌两种基因(vvhA、toxR)DNA的检测下限分别为104 CFU/mL、103 CFU/mL;与细菌培养法相比,灵敏度及总灵敏度均达100％,检测vvhA、toxR基因特异性分别为96.47％ 、95.45％,总特异性达95.95％.结论 我们建立的多重降落PCR检测体系可用于由创伤弧菌和溶藻弧菌引起的食源性感染的快速诊断与流行病学调查.     

多联实时荧光PCR定量方法检测四种肠道细菌的研究

目的 建立一种能同时检测空肠弯曲菌(CJ)、肠出血性大肠杆菌(EHEC)O157：H7、副溶血性弧菌(VP)和单核增生李斯特菌(LM)的多联实时荧光PCR定量方法。方法根据CJ的C基因序列、EHEC O157：H7的RFBE基因序列、VP的toxR基因序列和LM的iap基因序列的开放阅读框(ORF)，分别利用ABI primer experess 2．0和DNAStar中的Primer Seleet软件设计出了数对特异性的引物和探针，筛选出最佳的各组引物和探针组合，对引物、探针的浓度、Mg^2 浓度、Taq酶的用量、反应条件等进行优化，从而建立了检测临床标本中CJ、O157：H7、VP和LM的多联荧光PCR反应体系和检测方法。结果实验显示该方法具有特异性强，灵敏度高，均达到100copies／ml。结论多联实时荧光PCR方法可定量检测临床标本中CJ、0157：H7、VP和LM，该法快速简便，准确高效，有利于上述病原菌所致痰病的早期诊断和治疗。     

细菌性感染性腹泻常见病原菌的多重PCR检测

目的:建立一种能同时检测细菌性感染性腹泻标本中沙门菌、志贺菌、金黄色葡萄球菌和副溶血性弧菌的多重聚合酶链反应(PCR)检测方法。方法:根据沙门菌的invA基因序列、志贺菌的ipaH基因序列、金黄色葡萄球菌的nuc基因序列、副溶血性弧菌的tdh基因序列设计特异性引物,通过多重PCR反应对样品中上述4种病原茵的目标基因进行扩增,同时优化反应体系。结果:本方法的特异性和灵敏性良好,该方法能检测的灵敏度分别为103.56pg的沙门菌DNA,94.85pg的志贺菌DNA,14.1pg的金黄色葡萄球菌DNA,115.32pg的副溶血性弧菌DNA。结论:该方法特异性和灵敏度高,检测周期短,适用于细菌性感染性腹泻标本中多种致病菌的快速检测,具有较好的应用前景。     

几种常见肠道致病菌多重PCR检测的效果评价

目的：建立一种应用多重PCR技术,能够同时快速准确检测大肠杆菌O157、副溶血性弧菌、普通变形杆菌和单核细胞增生李斯特菌4种常见肠道致病菌的方法。方法：根据大肠杆菌O157、副溶血性弧菌、普通变形杆菌、单核细胞增生李斯特菌的特异基因作为目的基因,设计相应的引物,并进行实验优化以确立对4种肠道致病菌的检测体系。并对市售经果汁样品人工随机染菌后进行模拟样品验证。结果：该多重PCR方法能够有效地扩增出相应致病菌的目的基因片段,其中单核细胞增生李斯特菌扩增片段为155 bp,大肠杆菌O157扩增片段为366 bp,变形杆菌扩增片段为522 bp,副溶血弧菌扩增片段为199 bp,且特异性较强。对4种目标菌的检测灵敏度可达到103CFU/mＬ。能够检测出模拟样品中随机接种的任意3种细菌。结论：利用建立的多重PCR可以快速、准确地筛查大肠杆菌O157、副溶血弧菌、普通变形杆菌和单核细胞增生李斯特菌。     

CAR菌TaqMan MGB探针法实时荧光定量PCR快速检测方法的建立与应用研究

目的 建立特异、敏感、快速检测CAR菌的TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法。方法 针对CAR菌16S rRNA基因序列设计特异性引物和探针,建立MGB探针荧光定量PCR方法,验证方法的特异性、敏感性和稳定性。对2008~2012年期间采集的1344份临床标本中的CAR菌进行检测,同时进行普通PCR检测作为对照。结果 CAR菌TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法具有高度特异性,与肺炎支原体、侵肺巴斯德菌、支气管鲍特杆菌、肺炎克雷伯杆菌、大肠埃希氏菌、肺炎链球菌间无交叉反应,检测灵敏度达2.7拷贝。标准曲线显示各浓度范围内具有良好线性关系,相关系数为0.999,斜率为-3.22,TaqMan MGB探针荧光定量PCR效率为104.432%。对1344份标本进行检测,结果TaqMan MGB探针荧光定量PCR检出510份CAR菌阳性样本。TaqMan MGB探针荧光定量PCR能够直接从标本中检出CAR菌DNA,检测时间仅为40分钟。结论 TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法具有可靠、特异、敏感的特点,适用于CAR菌的快速检测。     

CAR菌TaqMan MGB探针法实时荧光定量PCR快速检测方法的建立与应用

目的建立特异、敏感、快速检测CAR菌的TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法。方法针对CAR菌16S rRNA基因序列设计特异性引物和探针,建立MGB探针荧光定量PCR方法,验证方法的特异性、敏感性和稳定性。对2008～2012年期间采集的1 344份临床标本中的CAR菌进行检测,同时进行普通PCR检测作为对照。结果 CAR菌TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法具有高度特异性,与肺炎支原体、侵肺巴斯德菌、支气管鲍特杆菌、肺炎克雷伯杆菌、大肠埃希菌、肺炎链球菌间无交叉反应,检测灵敏度达2.7拷贝。标准曲线显示各浓度范围内具有良好线性关系,相关系数为0.999,斜率为-3.22,TaqMan MGB探针荧光定量PCR效率为104.432%。对1 344份标本进行检测,结果 TaqMan MGB探针荧光定量PCR检出510份CAR菌阳性样本。TaqMan MGB探针荧光定量PCR能够直接从标本中检出CAR菌DNA,检测时间仅为40 min。结论 TaqMan MGB探针荧光定量PCR方法具有可靠、特异、敏感的特点,适用于CAR菌的快速检测。     

TaqMan 探针荧光定量PCR支原体快速检测方法的建立及应用

目的： 在支原体16SrRNA的种属特异性区域设计一对引物及其相应的Taqman探针,建立荧光定量PCR方法,检测细胞培养物中支原体。方法：选择16srRNA支原体种属特异性区域作为扩增区,设计支原体通用引物,PCR扩增片段的预期大小为288 bp。回收PCR扩增产物,连接pMD-18T载体,转化JM109大肠杆菌,涂布Amp+琼脂平板,挑取阳性克隆进行PCR鉴定后提取质粒。构建荧光定量PCR绝对定量的标准品,设计荧光定量引物、探针,采用矩阵法对反应体系进行优化,建立绝对定量的标准曲线。利用十倍稀释法检验灵敏度并与普通PCR法及培养法进行比较;对支原体及其他5种革兰氏阳性杆菌进行特异性检验;对培养法、普通PCR法及荧光定量PCR法检测样本的灵敏度进行比较。结果：支原体PCR产物大小约为288 bp,质粒质量浓度为13.9 mg/L,A260/Ａ280 (Ratio)为1
.780,质粒溶液浓度为4.25×109拷贝/ μL。10 μmol/L的引物浓度和10 μmol/L-1探针浓度为最佳反应浓度,双温循环及60℃退火温度为最佳的循环条件。检测灵敏度为4.250×101 拷贝。拷贝数与Ct值之间的线性关系表达式：Ct= －2.916×log拷贝数+40.02。特异性检验中5种革兰氏阳性杆菌样本检测均为阴性,支原体样本为阳性,表明特异性好。准确性检测中变异系数小,表明稳定性好。组内及组间相同浓度样本检测具有相同的Ct值,表明重现性好。样本检验中,荧光定量PCR检测出的阳性样本高于普通PCR及培养法。结论：支原体荧光定量PCR法检测细胞样本及临床样本中支原体快速、特异性强、灵敏度高、稳定性好。     

荧光定量PCR技术在临床肺结核防治中的应用

目的 建立荧光定量PCR检测结核分枝杆菌方法,评估其在肺结核的临床诊断和疗效评估中的应用价值.方法 针对结核分枝杆菌保守序列IS6110基因设计引物和探针,建立荧光定量PCR方法.分别以荧光定量PCR、集菌培养和染色镜检法检测疑似肺结核和确诊病人随访的痰标本,比较各方法在结核病诊断以及治疗效果评估中的作用.结果 荧光定量PCR的检测灵敏度为4 Copies/反应,远高于抗酸染色法和集菌培养法.荧光定量PCR法与集菌培养法和抗酸染色法对临床样本的检出率分别为64.29%,35.12%和12.5%.病人治疗效果的随访检测结果显示,结核分枝杆菌的数量呈持续减少的趋势.结论 荧光定量PCR方法具有快速、敏感和特异性高的特点,可以快速、及时获取病人服药后的治疗效果,为医生的后续督导治疗提供依据,具有重要的临床意义.     

肺炎衣原体实时定量PCR检测方法的建立

目的:探讨实时定量PCR检测肺炎衣原体(chlamydia pneumonia,Cpn)的方法.方法:根据GenBank提供的肺炎衣原体基因序列,选取高特异性和保守型的区域进行引物设计,并建立实时定量PCR(real-time PCR,RT-PCR)的检测方法.同时用肺炎支原体、肺炎双球菌、流感病毒、副流感病毒以及腺病毒对Cpn引物的特异性进行分析.对呼吸道感染患者200个咽拭子样本和68个肺泡冲洗液样本进行检测,以荧光抗体检测法作对照,评价实时定量PCR检测Cpn的准确性.结果:Cpn PCR引物对肺炎支原体、肺炎双球菌、流感病毒、副流感病毒以及腺病毒均显示阴性,对Cpn显示为阳性,特异性良好;荧光实时定量PCR技术检测的准确性优于荧光抗体检测法.结论:荧光实时定量PCR技术检测Cpn体灵敏度高、周期短,可作为临床诊断Cpn的手段.     

副溶血性弧菌致病性标志基因tdh的实时荧光定量聚合酶链式反应的建立

目的:建立一个用于副溶血性弧菌致病性定量测定的检测体系.方法:以多组tdh基因的保守序列为基础,设计实时荧光定量PCR扩增适用的引物和TaqMan探针.以定量方式提取副溶血性弧菌基因组DNA,以tdh+菌株为阳性对照,建立实时荧光定量PCR方法.以tdh荧光定量结果与绝对菌数浓度作参比,以确定tdh基因在菌群中的拷贝水平.结果:使用正向序列5-GGAAG ATGTT TATGG TCAAT C-3(位置在467～487 bp处),反向序列5-ACCGC TGCCA TTG-TA TAGTC T-3(位置在571～551 bp处),TaqMan探针5-FAM-TGACA TCCTA CATGA CTGTG AAC-ECLIPSE-3(位置在517～539 bp处)建立一个实时荧光定馈PCR反应,目的片段长度105 bp.建立反应的DNA拷贝数对数值与Ct值线性关系为γ=-3.144 logx+43.229(r=0.997,P<0.001).建立了菌液A值与显微镜下绝对菌数浓度的相关关系为γ=2.0452x+6.2845(r=0.7828,P<0.01).根据tdh基因拷贝数与绝对菌数相比可计算tdh基因的单菌体拷贝量.结论:建立了一个定量副溶血性弧菌tdh基因拷贝水平的实时荧光定量PCR检测方法,可应用于副溶血性弧菌致病性的标准化定量测定体系.     

应用实时荧光PCR技术快速检测B群链球菌

目的 建立一种能够快速、准确、特异的检测B群链球菌的实时荧光PCR检测技术。方法 以B群链球菌cfb基因的保守区为靶区域设计特异引物和TaqMan荧光探针,然后优化反应条件和反应体系,建立检测B群链球菌的实时荧光PCR方法,通过检测实验菌株,对照菌株以及模拟血液,尿液标本对该方法的特异性、敏感性以及灵敏度进行评价。结果 实验结果表明实时荧光PCR方法检测7株B群链球菌均为阳性,其他对照实验菌株均为阴性,且当菌液浓度为 20cfu//ml时,也能获得阳性结果,说明荧光定量PCR法敏感性、特异性以及灵敏度均较高。对模拟尿液标本进行检测时,其敏感性为90%,特异性为100%,检测下限约为2cfu/反应体系。由于标本类型和处理方式的不同,对模拟血液标本进行检测时,其检测灵敏度约为100cfu/mL,低于模拟尿液标本的检测灵敏度。结论 建立的荧光定量PCR技术方法为GBS的快速诊断以及更加准确有效的进行抗生素预防提供了依据,也为在新生儿中进行早发型GBS感染的快速准确诊断提供了新的思路。     

Taqman PCR检测人博卡病毒的阳性率

目的：建立核酸特异、快速、敏感的Taqman探针实时定量PCR检测方法筛选疑似人博卡病毒（HBoV）感染者鼻咽拭子临床样本中的阳性样本。方法：比对编码HBoV—sh9的基因序列,选取保守区序列设计引物和探针,建立Taqman PCR检测人博卡病毒的阳性率的方法,进行特异性实验,检测214例临床样本。结果：所建立的Taqman PCR方法可以用于检测人博卡病毒的阳性率,对所收集得到的214例急性上呼吸道感染者的咽拭子标本进行检测,结果显示,荧光定量PCR检测出8例阳性,其阳性率为3．74％。结论：建立了HBoV TaqMan探针实时定量PCR检测方法,可以快速灵敏的检测出阳性人博卡病毒,为临床治疗提供快速可靠的诊断依据。     

荧光定量PCR法在结核杆菌检测中的价值

目的探讨荧光定量PCR法检测技术在结核病诊断中的价值。方法采用荧光定量PCR法和抗酸染色法同时检测231例结核患者体液标本(121例痰标本、67例胸腹水及43例尿液标本),对检测结果进行比较。结果荧光定量PCR法的检测灵敏度为102Copy/ml,是抗酸染色法方法检测灵敏度100倍,且对除结核杆菌外的其他呼吸道病原体检测结果均为阴性。本研究痰标本、胸腹水标本及尿液标本的荧光定量PCR法阳性率均要高于抗酸染色法阳性率,比较差异均有显著性(﹤0.01)。结论荧光定量PCR方法检测结核杆菌具有特异性强、灵敏度高、简便、快速的特点,明显优于抗酸染色法,可作为结核病诊断的常规方法。     

耐甲氧西林葡萄球菌荧光定量PCR检测方法的实验研究

目的建立一种简便、特异的mecA基因荧光定量PCR检测方法,用于耐甲氧西林葡萄球菌(MRS)的快速鉴定。方法以煮沸法快速制备DNA模板,采用SYBR GreenI随机参入法,建立mecA基因的实时荧光定量PCR检测体系。并对检测体系的敏感性、特异性和灵敏度进行评价。结果本法对纯菌落的检测敏感性和特异性分别为98.5%和96.9%,检测灵敏度可达101CFU/ml,最小检菌量约为3个菌/反应体系。结论本实验所设计的荧光定量PCR方法用于MRS的检测具有快捷、高敏感性、高特异性和高灵敏度的特点。适用于MRS的快速检测。     

荧光定量RT—PCR快速检测手足口病病原研究

目的建立荧光定量RT—PCR技术用于检测手足口病的肠道病毒。方法利用TaqMan技术，设计一对共引物及探针，建立、优化反应体系后，构建质粒标准品，利用10倍稀释法建立相对定量标准曲线，根据TCID。倍比稀释，建立灵敏度曲线。特异性检验后利用临床标本与传统的RT—PCR法进行比较。结果定量标准曲线的灵敏度为10^5／μl（R^2=0．999），PCR扩增效率为94％。灵敏度曲线显示检测到的最低浓度值为5．0TCID50／ml（R^2=0．99），PCR扩增效率为97．6％。荧光RT—PCR检出率为80．9％，显著高于RT—PCR（检出率为62．92％）。结论研究建立的荧光定量RT—PCR方法检测肠道病毒敏感性高、特异性好、效率高，可以作为肠道病毒的快速检测方法。