新型冠状病毒肺炎的研究进展

自2019年12月起,中国湖北省暴发了一系列原因不明的肺炎病例,科学家分离出一种新型冠状病毒（severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS CoV 2）,这种病毒感染已经在中国和全球多个国家流行,引起了全球关注。这是继严重急性呼吸综合征冠状病毒（SARS CoV）和中东呼吸综合征冠状病毒（MERS CoV）后发现的第三种冠状病毒,目前诸多学者对其进行大量的研究,本文对SARS CoV 2的病原学、流行病学特点、临床表现、影像学检查、实验室检查、诊断及治疗等进行综述。     

江苏省SARS⁃CoV⁃2 Delta变异株引起的COVID⁃19的流行病学特征

目的：对江苏省由严重急性呼吸综合征冠状病毒2（severe acute respiratory syndromecoronavirus 2,SARS?CoV?2）Delta变异株引起的新型冠状病毒肺炎（coronavirus disease 2019,COVID?19）的流行病学特征进行分析总结。方法：通过在江苏省南京市及扬州市卫生健康委员会官方网站及官方公众号收集江苏省 2021 年 7 月 20 日—8 月 28 日 COVID?19 本土病例的相关数据,进行流行病学特征分析。结果：江苏省SARS?CoV?2 Delta变异株引起的COVID?19病例累计报告820例,病死率为0。其中,男341例（41.6%）,中位年龄为48岁,＜20岁111例（13.6%）。轻型、普通型、重型病例的中位年龄差异有统计学意义（P＜0.05）。中位潜伏期为9.5（7.5,11.0）d。中位代际间隔为3（2,5）d,一代至二代与二代至三代、二代至三代与三代至四代的代际间隔差异有统计学意义（P＜0.05）。首次核酸检测灵敏度为77.7%。此次疫情共发生3起“超级传播者”事件。结论：SARS?CoV?2Delta变异株传染性强,传播速度快,各年龄段人群普遍易感,且有年轻化趋势,重型常见于老年人。建议中高风险地区对于有发热、咳嗽等症状的患者多次测核酸以降低假阴性风险。     

利用逆转录环介导恒温扩增技术建立新型冠状病毒核酸快速检测方法

  目的  利用逆转录环介导恒温扩增技术建立新型冠状病毒核酸快速检测方法。  方法  针对新型冠状病毒的特征核壳蛋白N基因和开放阅读框1ab（ORF1ab）基因序列保守区设计引物，获得了 RT-LAMP 检测体系，并评价该体系的特异性、最低检测限、抗干扰能力和最佳反应时间。  结果  经检测新型冠状病毒核酸标准物质，其结果与预期相符，证实了该检测体系的可行性。  结论  利用逆转录环介导恒温扩增技术快速检测新型冠状病毒核酸的反应体系特异性好、灵敏度高，适用于边境条件有限地区。     

多部位样本核酸检测持续阳性的新型冠状病毒肺炎患者1例分析

目前新型冠状病毒肺炎（COVID-19）正在我国及世界其他国家流行,患者感染病毒后的临床症状不一,甚至呈现为无症状感染状态,这给整个疫情的防控提出了更高的要求。新型冠状病毒（SARS-CoV-2）核酸检测作为COVID-19诊断的主要手段,在抗击疫情的过程中发挥着重要的作用,因此备受关注。本文报告一例无明显消化道症状,但粪便及肛拭子核酸检测持续阳性的COVID-19病例。患者为武汉某大学在校学生,在校期间即出现呼吸道症状,后放假回家,因病情加重而就诊入院,根据病情发展和诊疗需要,该患者进行了多次核酸检测,在症状明显好转,咽拭子核酸检测转阴后,其痰液、肛拭子及粪便样本的核酸检测仍持续阳性,由此,讨论多部位样本核酸检测对COVID-19诊疗的临床意义,并探讨疫情防控策略。     

全球等温扩增技术发展态势研究

目的：研究等温扩增技术发展态势,为我国开展相关研究提供数据参考。方法：通过文献计量方法、科学知识图谱等方法对等温扩增技术及新型冠状病毒（SARS-CoV-2）等温扩增检测相关的研究论文进行数据分析和知识挖掘,研究技术发展脉络、研究热点和发展趋势。结果：中国在等温扩增技术研究上具有较强的研究基础,SARS-CoV-2等温扩增检测技术研究处于全球领先水平。中国科学院等国内机构成为全球等温扩增技术的重要研究力量。研究较多的等温扩增技术主要为环介导等温扩增(LAMP)、滚环扩增(RCA)、重组酶聚合酶扩增(RPA)和依赖核酸序列的扩增(NASBA)。主要的研究对象为SARS-CoV-2、HIV、HPV、Salmonella和Malaria等病毒和细菌及癌症标记物。重点关注的技术工具为CRISPR/Cas基因编辑、生物传感器、微流控芯片等。结论：2000年以前,等温扩增技术主要集中于NASBA和链替代扩增（SDA）技术;2000年以后,LAMP、RCA等新技术出现,LAMP迅速成为主流技术。新型冠状病毒肺炎疫情发生以来,等温扩增技术广泛应用于SARS-CoV-2的快速性和便捷性检测。     

新型冠状病毒肺炎与疫情期间眼科的临床防护

新型冠状病毒肺炎是一种可在人与人之间传播的呼吸道疾病,该病首次出现于湖北省武汉市,由于具有高传染性,严重威胁全球公共卫生健康,2020年1月30日WHO将此次疫情定为国际突发公共卫生事件,并于2020年2月11日将新型冠状病毒肺炎命名为COVID?19（coronavirus disease 2019）,国际病毒分类委员会则将分离出的病毒株命名为严重急性呼吸综合征冠状病毒2（severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS?CoV?2）。目前已被我国纳入乙类传染病,并按甲类传染病进行管理。为进一步提高眼科医务工作者对该病的认识,文章对SARS?CoV?2的特点、流行病学、传播途径,其他常见呼吸道病毒与眼部感染之间的关系,及应对疫情期间眼科医务工作者所需注意的防护工作进行论述。     

新型冠状病毒快速与普通核酸检测系统的临床组合应用研究

将新型冠状病毒（COVID-19）的快速与普通核酸检测系统不同组合单元混搭应用,分析新冠核酸检测的最优化组合应用。方法 将新冠核酸液体质控品稀释到浓度为200 cp/mL、500 cp/mL、1000 cp/mL和2000 cp/mL。将普通检测系统（核酸提取法、普通扩增试剂和普通荧光定量PCR仪）和快速检测系统（直接裂解法、快速扩增试剂和快速荧光定量PCR仪）中的不同单元,进行混搭组合。通过扩增以上不同浓度的稀释质控品,验证不同混搭组合应用的检测效果。结果 全部使用普通检测系统组合单元,其敏感性较好但检测时间较慢（134 min）。全部使用快速检测系统组合单元,其敏感性较差但检测时间较快（56 min）,其中直接裂解法是造成敏感性较差的主要原因。 进一步的研究发现,使用普通检测系统中的普通核酸提取法,搭配快速检测系统中的快速扩增试剂和快速荧光定量PCR仪,该混搭组合系统敏感性较好,且时间较快（59 min）。结论 在临床实践中,不建议使用直接裂解法提取核酸,但可使用快速扩增试剂和快速荧光定量PCR仪提高检测效率,缩短检测时间     

用于新型冠状病毒核酸检测的即时检测方法研究进展

新型冠状病毒（SARS-CoV-2）引起的新型冠状病毒肺炎（corona virus disease 2019，COVID-19）在全世界范围内快速传播，截至2020年9月30日全球感染人数已达3 300万人，造成100多万人死亡，给公众的生命健康造成严重威胁。基于实验室的标准化核酸检测方法周转时间长、成本高，因此急需开发便捷检测新冠病毒的方法，实现在资源有限的情况下快速测试以及时控制疫情。本文从提取、扩增、检测3个方面总结了针对新型冠状病毒所开发的核酸即时检测方法（point-of-care testing，POCT），并对整合了这3个步骤的商业化即时检测装置进行简要介绍，以期为COVID-19及其他新兴传染病的紧急应对和快速部署提供参考。     

新型冠状病毒肺炎的流行病学特征与应对策略

【摘要】2019新型冠状病毒SARS CoV 2导致的新型冠状病毒肺炎（COVID 19）已成为全球性的公共卫生问题,深入理解COVID 19的流行病学特征对科学防控疫情、合理制定应对策略具有重要意义。本文总结了国内外COVID 19流行病学特征的最新研究成果并提出现阶段的有效应对策略。     

冠状病毒Spike蛋白及其针对性治疗研究进展

冠状病毒（coronavirus，CoV）是可以感染人类及动物的正链RNA病毒，其包含的最大RNA基因组长度为32 kb，可分为4类：α、β、γ和δ。冠状病毒颗粒包含4个标准结构蛋白：包膜蛋白（E）、膜蛋白（M）、核衣壳蛋白（N）和刺突蛋白（S）。S蛋白既包含受体结合域（receptor?binding domain，RBD），又包含融合相关结构域，使其成为CoV进入过程中的关键蛋白。本文主要阐述S蛋白的主要结构、结构域以及该蛋白在病毒入侵宿主细胞过程中的自身水解切割、构象变化等相关特点，并就该蛋白的相关中和抗体以及CoV尤其是新型冠状病毒（SARS?CoV?2）灭活疫苗、亚单位疫苗RNA疫苗等研究现状进行介绍。     

新型冠状病毒肺炎病例不同标本核酸检测结果分析

目的 了解不同类型和疾病进展阶段新型冠状病毒肺炎（coronavirus disease 2019,COVID-19）病例的标本新型冠状病毒（SARS-CoV-2）核酸检测结果及影响因素。方法 对桂林市新型冠状病毒肺炎疑似病例及密切接触者分别采集深咳痰液、咽拭子、粪便及眼结膜拭子,采用双重实时荧光RT-PCR方法进行SARS-CoV-2核酸检测,收集流行病学、临床实验室及辅助诊断等资料,分析提高核酸检测敏感性的因素。结果 共采集537例COVID-19疑似病例及密切接触者标本654份,其中,深咳痰液569份,咽拭子26份,粪便28份,眼结膜拭子31份。SARS-CoV-2核酸阳性32例,核酸阳性检出率6.00％（32/537）;首次核酸阳性的深咳痰液的采样时间与发病时间的间隔天数0~23 d。在2种样本检测比较中,深咳痰液中SARS-CoV-2核酸阳性检出率明显高于咽拭子标本的检出率（P=0.000）。粪便和眼结膜拭子中 SARS-CoV-2核酸阳性分别有19例和5例,它们的采样时间与首次核酸阳性的深咳痰液样本的采样时间比较平均晚7 d。在32例新型冠状病毒肺炎确诊病例中,28例单次采集深咳痰液样本为核酸阳性,其中,于发病第1、2、3、4和5 d及以上分别有6、6、3、4和9例;4例病例需采集2次及以上深咳痰液样本才出现核酸阳性结果。1例病例在采样前有发热及治疗史,作为密切接触者排查隔离观察,分别于发病后第21天（阴性）、第23天（阳性）采集2份深咳痰液标本检测。结论 SARS-CoV-2核酸检测中深咳痰液标本优于咽拭子标本,粪便和眼结膜拭子也可检测到病毒核酸,采样方式、采样时机及治疗史为核酸检测敏感性的影响因素,对疑似病例或密切接触者需隔离观察并多次采样检测,以免漏检。     

1例继发性肺结核合并新型冠状病毒肺炎的病例报道

探讨继发性肺结核合并新型冠状病毒肺炎（coronavirus disease 2019,COVID-19）的早期诊断和治疗。回顾性分析武汉市肺科医院收治的1例继发性肺结核合并COVID-19患者的临床表现、辅助检查及诊治经过。患者有明确的COVID-19的接触史,临床表现为咳嗽、咳痰,发热及气喘,胸部CT可见双肺散在多发的斑片、结节、斑点、条索及空洞影。通过呼吸道标本新型冠状病毒核酸检测尽早确诊了COVID-19,通过合理的抗结核联合抗病毒治疗后,呼吸道标本新型冠状病毒核酸及痰标本结核细菌涂片转阴,症状缓解出院。在COVID-19流行时期,需注意鉴别继发性肺结核合并COVID-19情况,以及治疗两种疾病药物方案的制定,避免使用肝药酶诱导剂利福平,其会使克力芝（洛匹那韦/利托那韦）、阿比多尔等药效减弱贻误治疗。     

3例新型冠状病毒肺炎患者不同标本检测分析

目的 分析新型冠状病毒肺炎（COVID-19）患者临床表现及治疗后咽拭子、粪便、尿液的严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）核酸检测阴转情况,探讨新型冠状病毒肺炎（COVID-19）病人的出院标准。方法 回顾性分析3例海南省人民医院收治的COVID-19病例,对其临床表现及治疗后咽拭子、粪便、尿液的严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）核酸检测结果进行描述。结果 3例COVID-19病例治疗后咽拭子核酸转阴性,粪便核酸检测仍呈阳性,合并尿液核酸阳性1例,1例患者病程3周后出现SARS-CoV-2抗体lgM、lgG均阳性(滴度分别为4.416和18.485)。结论 建议严格把握出院标准,推荐增加粪便、尿液核酸检测,出院后仍需集中医学观察14 d以最大限度降低消化道传播风险的可能。     

新型冠状病毒检测技术的研究进展

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)具有高传染性和高隐蔽性,并且不断发生变异,产生不同类型病毒变异株,其主要传播途径是呼吸道飞沫传播、接触传播、气溶胶传播。快速准确的病毒检测技术对疫情防控工作具有重要意义。本文就SARS-CoV-2的病原学结构特点和当前实验室主要检测技术(病毒分离鉴定、高通量测序、荧光定量PCR、反转录环介导恒温扩增、基因芯片、抗原抗体检测和基于CRISPR/Cas系统的核酸检测)作一综述。     

SARS-Cov-2实验室检测技术的应用及展望

新型冠状病毒肺炎疫情爆发以来,我国的病毒检测能力不断提高,检测技术也在不断地发展和创新。以实时荧光定量PCR（qRT-PCR）和宏基因组测序为代表的病毒检测技术在辅助疾病确诊、监测病毒变异等方面发挥了关键作用;基于血清/血浆IgM/IgG抗体的检测技术是辅助确诊的重要方法;高特异性的逆转录环介导等温扩增技术、能够核酸定量的数字PCR和灵敏度更高的SHERLOCK技术也极具特色与发展潜力。以上检测技术代表了病原微生物检测技术的现在及未来发展方向。本文对新型冠状病毒检测技术的基本原理、技术特点及应用现状进行探讨。     

Recent advances and perspectives of nucleic acid detection for coronavirus

The recent pneumonia outbreak caused by a novel coronavirus(SARS-CoV-2)is posing a great threat to global public health.Therefore,rapid and accurate identification of pathogenic viruses plays a vital role in selecting appropriate treatments,saving people's lives and preventing epidemics.It is important to establish a quick standard diagnostic test for the detection of the infectious disease(COVID-19)to prevent subsequent secondary spread.Polymerase chain reaction(PCR)is regarded as a gold standard test for the molecular diagnosis of viral and bacterial infections with high sensitivity and specificity.Isothermal nucleic acid amplification is considered to be a highly promising candidate method due to its fundamental advantage in quick procedure time at constant temperature without thermocycler opera-tion.A variety of improved or new approaches also have been developed.This review summarizes the currently available detection methods for coronavirus nucleic acid.It is anticipated that this will assist researchers and clinicians in developing better techniques for timely and effective detection of coro-navirus infection.     

湖南省郴州市一起新型冠状病毒肺炎聚集性疫情流行病学调查

目的 通过分析郴州市一起新冠肺炎聚集性疫情相关病例发病确诊过程,探讨新冠病例早发现、早报告以及病例诊断和隔离观察解除的策略依据。 方法 对该起新冠肺炎聚集性疫情的病例和密切接触者进行现场流行病学调查,描述性分析流行病学史、临床和实验室资料。 结果 利用大数据比对监测,在转送监测对象至集中场所隔离医学观察时发现了新冠肺炎确诊病例何某华,由此发现一起新冠肺炎家庭聚集性疫情,何某的5名密切接触者中有3人发病确诊（包含1名重症病例）,其中重症病例黄某第7次新型冠状病毒核酸检测阳性进而确诊,密切接触者中胡某有流行病学史、血常规白细胞下降和肺炎影像学改变,但是5次咽拭子核酸检测阴性,未确诊。 结论 大数据比对监测对发现传染病有积极作用;早期对有流行病学史人员单独隔离医学观察对防止聚集性疫情发生有重要意义;将2次核酸检测阴性作为新冠肺炎病例的排除标准和将核酸检测阳性作为确诊新冠肺炎病例的必备条件,值得探讨,这都可能放走传染源,导致新冠肺炎传播。     

严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)核酸检测试剂盒临床诊断效能评估

目的: 了解三种严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）核酸检测试剂盒的检测效果及临床诊断效能。方法: 采集40例临床诊断为2019冠状病毒病（COVID-19）和16例非COVID-19住院患者的咽拭子样本。采用湖南圣湘生物科技有限公司（以下简称“圣湘公司”）、硕世生物科技股份有限公司（以下简称“硕世公司”）、深圳华大基因股份有限公司（以下简称“华大基因”）SARS-CoV-2核酸RT-PCR检测试剂盒检测上述样本并分析其敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值和Kappa值。比较一步裂解法和磁珠法、两种不同核酸提取仪（圣湘公司Natch CS S12C全自动核酸提取系统和西安天隆科技有限公司NP968-C核酸提取仪）磁珠法提取咽拭子样本中病毒核酸的效果及其RT-PCR检测结果的阳性符合率、阴性符合率、总符合率及Kappa值。结果: 圣湘公司试剂盒检测SARS-CoV-2核酸的敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值和Kappa值分别为95.00%、87.50%、95.00%、87.50%和0.825,硕世公司试剂盒分别为90.00%、87.50%、94.74%、77.78%和0.747,华大基因试剂盒分别为82.50%、81.25%、91.67%、65.00%和0.593。一步裂解法和磁珠法提取的病毒核酸检测结果阳性符合率、阴性符合率、总符合率和Kappa值分别为95.24%、100.00%、96.43%、0.909,但一步裂解法仅耗时25 min,而磁珠法需180 min。两种不同核酸提取仪磁珠法提取的RNA检测结果阳性符合率、阴性符合率、总符合率和Kappa值分别为85.00%、100.00%、89.29%和0.764。结论: 圣湘公司试剂盒检测SARS-CoV-2核酸效果略优于其他两家公司试剂盒。一步裂解法提取咽拭子样本中总RNA具有操作简单、省时和检测结果符合率较高的优点。