小插入与小缺失突变律:频数与碱基数的平方成反比

在基因突变中,小突变较大突变发生率要高.其中,小插入与小缺失突变的频率随突变碱基数的增加而递减.通过对HGMD的数据分析,这一突变频数的递减具有与小插入和小缺失突变碱基数的平方成反比的趋势.     

PCR介导的定点突变与随机突变的应用

蛋白质的结构与其功能之间的关系是蛋白质组学研究的重点内容之一。体外突变技术是研究这种复杂关系的有力工具．也是实验室中改造／优化基因常用的手段。定点突变技术可对某个已知基因的特定碱基进行定点改变、缺失或者插入;随机突变则可在特定编码序列的多个位点上产生随机的突变体。我们现介绍两种在实验中总结出来的用PCR方法对克隆化DNA进行定点突变和随机突变的技术。     

广西地区帕金森病患者Parkin基因外显子缺失的研究

目的:研究Parkin基因1～12号外显子缺失突变与广西地区帕金森病(Parkinson Disease,PD)发病的关系.方法:采用聚合酶链反应(PCR)扩增29例临床确诊为早发性帕金森病(EOPD)和34例临床确诊为晚发性帕金森病(LOPD)的患者的Parkin基因1～12号外显子;用琼脂糖凝胶电泳检测Parkin基因1～12号外显子缺失突变.结果:未检测到Parkin基因1～12号外显子缺失突变.结论:未发现Parkin基因外显子缺失突变与PD发病有明显相关关系.     

人多种组织中线粒体DNA存在13.1 kb片段缺失突变

目的:在人外周血细胞中筛选到新的线粒体DNA大片段缺失突变后,进一步探讨该缺失在稳定组织内的分布.方法:以人外周血细胞及人体多种组织DNA为模板,进行PCR扩增,筛选该突变.结果:在人外周血细胞及多种稳定组织中发现13.1 kb缺失突变的存在.结论:这种广泛分布于健康人多种组织中的线粒体DNA缺失突变可能与衰老有关.     

亨廷顿舞蹈病患者mtDNA D环突变及编码区大片段缺失分析

目的:探讨人类mtDNA D环突变及编码区大片段缺失与亨廷顿舞蹈病的关系。方法:采用PCR-DNA测序技术对2个亨廷顿舞蹈病家系的8名患者、20名家系内正常人及20名无关健康个体的mtDNA D环高变区突变及编码区大片段缺失进行检测。结果:患者D环高变区未发现片段缺失/插入突变,高变区Ⅰ的rs16061~rs16171是核苷酸歧变的集中区域。3名患者和16名家系内正常人存在mtDNA编码区大片段缺失。结论:mtDNA D环调控序列的大片段缺失/插入突变及编码区大片段缺失可能不是亨廷顿舞蹈病发病机制中的主要因素。     

SMARCA4/BRG1缺失伴EGFR复合突变非小细胞肺癌1例报告

目的 分析SMARCA4/BRG1缺失伴表皮生长因子受体（EGFR）复合突变非小细胞肺癌（NSCLC）患者的临床特点及诊治要点。方法 回顾性分析1例SMARCA4/BRG1缺失伴EGFR复合突变NSCLC患者的临床资料,并复习国内外相关文献,总结SMARCA4缺失型NSCLC的发病机制及诊疗经验。结果 患者以头皮肿物为首发症状,肿物切除术后病理误诊为头皮恶性黑色素瘤。之后患者因背痛加重就诊,经影像学、病理学检查确诊为SMARCA4缺失型NSCLC。但患者病情进展迅速,在等待基因检测结果过程中死亡。最终基因检测提示,SMARCA4错义突变合并EGFR L858R+V834L复合突变。查阅文献发现,基于紫杉醇的化疗联合免疫治疗能延长SMARCA4表达缺失的NSCLC患者的生存时间,但对于合并EGFR突变的患者疗效未明。结论 目前尚无SMARCA4/BRG1缺失伴EGFR复合突变NSCLC的相关报告。该类型肺癌恶性程度极高,临床医生应提高警惕,尽早明确诊断,及时行抗肿瘤治疗以延长患者生存时间。     

衣壳蛋白缺失突变登革病毒的制备与鉴定

目的 制备登革2型病毒中国分离株(DEN2-43)的衣壳蛋白缺失突变病毒.方法 在DEN2-43株病毒感染性全长cDNA克隆的基础之上,利用融合PCR技术构建衣壳蛋白基因缺失的全长cDNA,将其线性化并体外转录成RNA后,经电穿孔法导入宿主细胞获得衣壳蛋白缺失突变病毒.结果 序列比对表明,所获得的恢复病毒带有与预期一致的缺失突变.结论 成功制备衣壳蛋白缺失突变病毒,为进一步研究衣壳蛋白基因突变对登革病毒生物学特性的影响奠定了基础.     

慢性进行性眼外肌麻痹与线粒体DNA缺失的关系

目的：对２例慢性进行性眼外肌麻痹（ｃｈｒｏｎｉｃ ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｖｅ ｅｘｔｅｒｎａｌ ｏｐｈｔａｌｍｏｋｅｇｉａ,ＣＰＥＯ）患者的骨髂肌中的线粒体ＤＮＡ（ｍｔＤＮＡ）进行缺失突变分析。方法：用Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交和放射自显影等方法。结果：在２例ＣＰＥＯ患者的骨骼肌标本中均存在线粒体ＤＮＡ的单一的大片段缺失突变;缺失的长度分别为４．５ｋｂ和５．５ｋｂ;突变型ｍｔＤＮＡ在总体ｍｔＤＮＡ中所占的比     

扩张型心肌病患者心肌病患者心肌线粒体DNA缺失突变及与？…

为探讨扩张型心肌病患者心肌线粒体ＤＮＡ缺失突变对心衰发病的意义，１０例ＣＣＭ患者心内膜活检心肌，用定量ＰＣＲ方法，以常发缺失型突变ｍｔ ＤＮＡ ４９７７ｂｐ（ｍｔＤＮＡ＾４９７７）和７４３６ｂｐ（ｍｔ ＤＮＡ＾７４３６）缺失率为损伤指标，观察心衰不同发展阶段ｍｔＤＮＡ所失程度与患者心肌线粒体呼吸酶活性改变及临床心功能受损不同关系。     

慢性乙型肝炎患者体内乙型肝炎病毒DNA序列异质性及准种特点的研究

目的 以乙型肝炎病毒(HBV)基因异质性来探讨HBV准种群在慢性感染者中的存在状态。方法应用聚合酶链反应（PCR)法,自18例慢性患者血清中分别扩增前C／C基因、P基因逆转录酶区(RT)、HBV全S区、X基因和全基因组序列,克隆人pGEM Teasy质粒,挑选81克隆进行DNA测序以确定病毒的变异程度。结果除外大段缺失突变的克隆,来源于同一患者前C／C区、RT区、全S区、X区和全基因组不同克隆之间的碱基序列同源性分别为98．0％-99．1％、98．7％-99．3％、97．5％-100％、93．0％-98．20A,和96．6％-97．5％。前C区A83点突变、C抗原内部缺失较为常见,缺失突变、终止替换突变、短序列的插入或缺失突变造成的移框突变在各个区域中均可检出,X基因(核心蛋白启动子区,CP)内部缺失突变不仅导致X蛋白羧基端的多样性,而且调控HBeAg的表达。编码截短型表面抗原中蛋白和缺陷病毒基因亦在患者外周血中。结论 多区域测序结果提示HBV慢性患者体内HBV呈现准种群共存,X区(CP区)内存在热点缺失突变区,CP区的变异可能影响前C蛋白的表达,这些变异可能与患者不良预后有关。病毒蛋白的氨基酸的替换突变表现的个体特异性值得进一步研究。     

线粒体脑肌病中线粒体DNA的部分缺失

在2例Kearns－Sayre综合征（KSS）和2例慢性进行性眼外肌麻痹（CPEO）患者的骨骼肌线粒体DNA（mtDNA）中发现存在单一的大片段缺失突变。缺失的长度2．5～5．5kb，突变只发生在部分线粒体DNA中，突变型mtDNA占全部mtDNA的60．5％～84．6％。在10例其它的线粒体脑肌病患者骨骼肌标本和外周血标本及数例正常骨骼肌和胎肝标本的mtDNA中均未发现缺失突变。上述发现支持mtDNA的缺失突变为KSS和CPEO主要病因的观点。     

豫医无毛小鼠无毛基因部分内含子突变研究

目的 研究豫医无毛小鼠突变的分子机制。方法 对豫医无毛小鼠和昆明小鼠的基因组DNA进行PCR扩增,对二者扩增片段克隆后测序,对结果进行比较,以确定豫医无毛小鼠无毛基因的特异性程度。结果 本实验共测出豫医无毛小鼠DNA序列1746bp和昆明小鼠DNA序列1733bp,两者不同之处有32处,均位于内含子,突变形式包括插入、缺失和点突变。结论 无毛性状的产生可能与内含子中的插入、缺失和点突变有关。     

杂合突变的PCR产物中包含异源双链DNA片段的研究

目的:验证杂合突变的PCR产物中包含异源双链DNA片段.方法:采用PCR、PAGE电泳和变性高效液相色谱分析的方法,对中国人表皮松解性掌跖角化症致病基因KRT9第1外显子的杂合的碱基插入/缺失突变(497delAinsGGCT)进行实验验证.结果:KRT9基因第1外显子碱基插入/缺失突变(497delAinsGGCT)杂合子的PCR产物,本身包含2种异源双链DNA片段和2种同源双链DNA片段,不需要经过额外的变性、退火处理.结论:在用DGGE、TGGE、DHPLC和HA等需要形成杂合双链体的基因突变检测技术进行突变检测时,如果突变为杂合子,则PCR产物可以直接进行突变检测,不需要预先加热/冷却等预处理以形成异源双链DNA分子.     

双向选择标记amdS在黑曲霉中自发突变及amdS-检测

目的将传统上作为营养缺陷标记的amdS进行诱变,使其成为双向选择标记,有利于构建黑曲霉多基因缺失菌株。方法以已有amdS作选择标记的黑曲霉双基因缺失株为出发突变株,在以尿素为唯一氮源的氟代乙酰氨培养基上筛选amdS-突变菌株。结果将另一以amdS作选择标记的基因进行转化,得到一株三基因缺失菌株。结论在黑曲霉中利用amdS可作为双向选择标记的特点,构建多基因缺失菌株是行之有效的。     

人原发性肝癌中p16基因缺失突变研究

目的 探讨p16基因缺失和突变在人原发性肝癌分子发病机理中所起的作用。方法 采用多重PCR和PCR-SSCP对31例人原发性肝癌、31例癌旁肝硬化组织以及8例正常人白细胞中p16基因第一、二外显子和部分第一，二内含子缺失和突变进行了研究。结果 在31例人原发性肝癌中发现4例p16基因第一外显子和部分第一内含子区域缺失，缺失率为13%，第二外显子和外部分第二内含子区域未见缺失；SSCP分析发现在肝癌和癌旁肝硬化组织中p16基因第一内含子及其下游第二外显子18bp区域存在三种单链构象。结论 在人原发性肝癌中p16基因缺失频率较低，罕见突变。     

胃癌组织中S100A2基因的突变及杂合性缺失研究

目的 检测胃癌组织中S100A2基因的突变及杂合性缺失,从DNA水平探讨S100A2基因在胃癌发生发展过程中的作用.方法 采用PCR-SSCP和微卫星结合PCR-变性聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,分析胃癌组织中S100A2基因的突变及缺失情况.结果 40例胃癌标本中,未发现S100A2基因缺失,亦未检测到S100A2基因第二外显子和第三外显子的突变.结论 S100A2基因在胃癌中的表达下调可能不是由S100A2基因杂合性缺失与突变所致.     

线粒体DNA HVR区Ⅰ序列突变与肺鳞癌关系的研究

目的分析肺鳞癌患者外周血白细胞及其癌组织线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)非编码区(又称D-环)高变区Ⅰ(hypervariable regionⅠ,HVRⅠ)序列的突变情况并探讨其意义.方法应用改良一步法制备13例肺鳞癌患者外周血白细胞及肺鳞癌组织mtDNA,PCR产物直接测序,对比分析HVRⅠ区序列突变情况.结果13例肺鳞癌患者癌组织mtDNA HVRⅠ区中,有8例出现了突变,占61.54%;在25个不同位点上共发现30个突变,其中点突变占56.67%(17/30),插入和缺失突变占43.33%(13/30),并发现1例肺鳞癌病人存在10bp片段的缺失.结论肺鳞癌患者癌组织细胞mtDNA HVRⅠ区突变发生率高,其中点突变占有重要地位,插入和缺失突变也不可忽视.     

两例同一位点处的相同Rb1基因缺失

目的：检测Ｒｂ１基因的杂合性突变,探讨Ｒｂ１基因突变的分子生物学机理;方法：应用ＰＣＲ－ＳＳＣＰ－直接测序技术;结果：在检出有杂合性缺失的５０个病例中,一种相同序列的碱基、相同的突变形式（缺失）发生于毫无血缘关系的两个不同的病人的双眼视网膜母细胞瘤（ＲＢ）患者中;结论：“滑动错配”机理、“隐蔽拼接位点”的激活和利用可能促使此缺失发生。     

隆安县乙肝病毒无症状携带者HBV前S基因缺失突变的研究

目的了解肝癌高发区隆安县乙型肝炎病毒（HBV）前S基因缺失突变株的流行情况。方法HBV表面抗原（HBsAg）无症状携带者从我们隆安县研究队列中选择,用套式聚合酶链反应对研究对象血清HBV前S基因扩增和序列分析。结果在66例标本中9例出现前S基因缺失突变,占13.6%（9/66）。9例缺失突变均为框内突变,其中7例突变发生在或涉及前S2区的5＇末端。男6例、女3例出现前S基因缺失突变,但男女间突变率（12.0%,6/50与18.8%,3/16）差异无统计学意义（χ^2=0.709,P〉0.10）;前S基因缺失突变率在基因型B、基因型C和重组基因型之间差异无统计学意义（χ^2=0.002,P〉0.95）。结论肝癌高发区隆安县居民HBV无症状携带者前S基因缺失突变率较高,这种突变与肝癌的关系值得进一步探讨。     

先天性牙齿缺失患者EDA基因突变检测及其表现型分析

目的：探讨EDA基因突变在单纯型和综合征型先天性牙齿缺失患者中的检出率,并汇总EDA基因突变的患者口内恒牙缺失情况,尝试分析EDA基因突变相关的恒牙列缺失牙位分布特点。方法：临床收集到174例（143例单纯型、31例综合征型）先天性牙齿缺失患者以及451名正常对照者,通过采集外周静脉血或者取颊黏膜拭子,提取基因组DNA,PCR扩增EDA基因编码区并测序,与数据库筛查比对。对于EDA基因突变的患者,记录汇总口内缺失牙位,对比不同牙位缺失率的差异。结果：共检测出33例EDA突变患者,单纯型先天性牙齿缺失患者中EDA基因突变检出率为9.09%（13/143）,综合征型先天性牙齿缺失患者中EDA基因突变检出率为64.52%（20/31）,检测出10种尚未见报道的EDA基因突变。EDA突变相关的先天缺牙患者中,牙列左、右同名牙缺失数目几乎没有差异,单纯型患者缺失恒牙数（15.9 ± 6.4）比综合征型患者少（23.9 ± 4.3）。EDA突变相关的单纯型先天缺牙患者中,上颌中切牙,上、下颌第一磨牙缺牙率较低;下颌中切牙,上、下颌侧切牙,上颌第一前磨牙缺牙率较高。EDA突变相关的综合征型先天缺牙患者中,各牙位缺牙率均较高,上颌中切牙,上、下颌尖牙,上、下颌第一磨牙缺牙率相对较低。结论：EDA突变检测和表现型分析有助于更全面了解EDA基因以及其在外胚层器官发育中的功能。