改良的甲基化特异PCR法在人宫颈癌Hela细胞检测中的应用

目的介绍一种CpG岛甲基化分析方法，即甲基化特异PCR法（methylation—specific PCR，MSP）以及对该方法的改良。方法用亚硫酸氢盐修饰被测DNA后，进行甲基化与非甲基化特异PCR的扩增，并对MSP法进行改良。应用该法分析人宫颈癌Hela细胞中RASSF1A、p16基因5＇CpG岛甲基化状态。结果发现人宫颈癌Hela细胞中有RASSF1A、p16基因的甲基化，改良后的MSP更容易获得较好的效果。结论MSP法是一种较为简便、灵敏和具特异性的甲基化检测方法，改良后该方法更加简便可行。     

应用BSP联合TA克隆测序检测胰腺癌中RASSF1A基因启动子区异常甲基化

目的:检测Ras相关区域家族1A(Ras association domain family 1A,RASSF1A)在胰腺癌细胞株中的甲基化和表达状态,探讨其启动子异常甲基化在胰腺癌发病过程中的作用?方法:采用重亚硫酸盐测序PCR(bisulfite genomic sequencing PCR,BSP)联合TA克隆测序检测胰腺癌细胞株PANC-1及胰腺癌组织?癌旁组织及正常胰腺组织中RASSF1A启动子区CpG岛的甲基化状态,以甲基化酶抑制剂5-aza-2-deoxycitydine(5-aza-dC)处理PANC-1,观察处理前后甲基化率变化情况,逆转录PCR观察RASSF1A 的mRNA表达情况?结果:在PANC-1细胞中RASSF1A启动子的甲基化率平均为100.00%,在正常胰腺?癌旁及癌组织中平均分别为1.79%?93.75%和100.00%,与正常胰腺组织相比,胰腺癌旁及癌组织的RASSF1A启动子甲基化率明显增高(P < 0.01),而癌旁及癌组织之间无明显差异(P > 0.05)?在PANC-1细胞?胰腺癌组织及癌旁组织中RASSF1A基因无表达,在正常胰腺组织中RASSF1A基因呈阳性表达;PANC-1细胞经5-aza-dC处理后,RASSF1A的甲基化率下降(88.89%,P < 0.05),mRNA表达无变化?结论:胰腺癌细胞株PANC-1及癌组织?癌旁组织RASSF1A基因表达与启动子区甲基化状态有关,启动子区的高甲基化导致PANC-1中RASSF1A基因的表达沉默?该基因异常甲基化有望成为胰腺癌的早期诊断指标和治疗靶点?     

RASSF1A和APC基因启动子区甲基化与前列腺癌的关系

目的研究Ras相关区域家族1A (Ras association domain family 1 isoform A,RASSF1A)及结肠腺瘤性息肉病(adenomatosis polyposis coli,APC)基因启动子区CpG甲基化及与前列腺癌(PCa)之间的关系,探索PCa早期诊断的检测方法。方法收集60例PCa和40例前列腺增生(BPH)病例的组织标本及其相关的临床指标。应用亚硫酸氢盐修饰后测序法检测PCa组织及BPH组织中RASSF1A、APC基因启动子区CpG甲基化情况。结果PCa组RASSF1A、APC基因CG位点甲基化率高于BPH组(60.8% vs 14%,48.84% vs 1.19%,P＜0.05);基因甲基化率与PSA、Gleason评分、病理分期和PCa危险分期关系密切(P＜0.01);RASSF1A及APC基因甲基化联合检测用于判断PCa及BPH的敏感度和特异度是95.74%和82.9%。结论RASSF1A、APC基因启动子区甲基化与PCa发生及发展有关,其甲基化率的变化与PCa的危险分期关系密切。检测前列腺组织中相关基因甲基化状态,有望成为诊断早期PCa的一种方法。     

甲基化特异性熔点曲线分析检测FMR1基因CpG岛甲基化状态方法的建立

目的建立一种可靠的检测脆性X智力障碍1基因(FMR1)CpG岛甲基化状态的方法。方法用亚硫酸氢钠对基因组DNA进行脱氨基修饰,以修饰后的DNA为模板,利用荧光定量PCR仪扩增FMR1基因CpG岛序列并进行熔点曲线分析,并对PCR产物进行克隆测序,验证其甲基化状态。结果分析包含10个CpG位点FMR1基因CpG岛105bp片段显示,非甲基化与甲基化引物扩增产物之间熔点温度相差2.5℃;克隆测序显示两者之间未被修饰的胞嘧啶相差7个。结论所建立甲基化特异性熔点曲线分析方法可以有效地检测FMR1基因CpG岛甲基化状态,为临床诊断脆性X综合征提供依据。     

膀胱移行细胞癌尿沉渣RASSF1A基因启动子的甲基化状况及意义

目的 探讨膀胱癌患者尿沉渣细胞中RASSF1A基因启动子CpG岛的甲基化状况及其临床意义.方法 选取病理确诊的39例膀胱癌标本,采用甲基化特异PCR方法检测膀胱癌肿瘤组织和配对的尿沉渣RASSF1A基因启动子CpG岛的甲基化异常频率,同时以45例非肿瘤性泌尿系疾病患者及14例健康志愿者的相关检测情况作为对照,分析膀胱肿瘤患者RASSF1A基因异常甲基化的情况.结果 膀胱癌组RASSF1A基因启动子甲基化阳性率（61.5%,24/39）显著高于非肿瘤组（4.4%,2/45）（P〈0.01）,非肿瘤组与志愿组间（阳性率为0）并无明显差异（P＞0.05）;尿沉渣RASSF1A基因甲基化对膀胱癌诊断的敏感性为61.5%（24/39）,特异性为95.6%（43/45）.性别、年龄、病理分级及临床分期与RASSF1A基因甲基化均无明显相关性（均P＞0.05）.膀胱癌肿瘤组织RASSF1A基因启动子甲基化阳性率为69.2%（27/39）.膀胱癌肿瘤组织和配对的尿沉渣同时出现RASSF1A基因甲基化为20例,同时仅出现非甲基化为8例,两者明显相关（P〈0.05）.结论 RASSF1A基因异常甲基化可能是膀胱癌的早期事件,其异常甲基化状态可能成为非侵入性诊断膀胱癌的分子标志物之一.     

用变性高效液相色谱检测CpG岛胞嘧啶甲基化

目的 :建立一种新型的CpG岛胞嘧啶甲基化快速检测方法。方法 :用亚硫酸氢钠处理DNA ,再用链特异性聚合酶链式反应 (PCR)对错配修复基因hMLH1启动子含CpG位点的靶序列进行扩增 ;利用变性高效液相色谱 (DHPLC)在部分变性温度下测定靶序列的保留时间 ,并与亚硫酸氢钠 酶切法测定结果进行比较。结果 :用DHPLC对结肠癌细胞株RKO和胃癌细胞株PACM 82的hMLH1启动子进行测定 ,发现RKO细胞PCR产物的保留时间明显长于PACM82细胞 (6 .7min比 6 .2min)。RKO细胞PCR产物保留时间延长是亚硫酸氢钠处理后的模板中胞嘧啶和岛嘌呤含量较PACM 82高所致。从此结果分析 ,可以判断出RKO的hMLH1启动子已甲基化 ,而PACM82细胞未甲基化。此结论与酶切法结果完全一致。结论 :新方法可以快速检测CpG岛胞嘧啶甲基化。     

TSHR和RASSF1A基因甲基化与乳头状甲状腺癌的相关性

目的:研究乳头状甲状腺癌TSHR和RASSF1A基因启动子甲基化的状况,分析两种抑癌基因甲基化与临床病理资料间的关系及两种抑癌基因甲基化的相关性,探讨PTC的发生机制。方法:提取50例PTC组织和32例对照组织DNA,使用甲基化PCR检测两种基因启动子区甲基化的情况;对两种基因甲基化和未甲基化的组织测序;采用SPSS13.0软件分析两种抑癌基因甲基化之间的关系及两种抑癌基因启动子甲基化和主要的临床病理参数的关系。结果:50例PTC中,发现34例TSHR基因、30例RASSF1A基因启动子发生甲基化;32例对照组中,7例TSHR基因、10例RASSF1A基因启动子发生了甲基化;PTC组TSHR基因和RASSF1A基因启动子甲基化率均显著高于对照组,差异有统计学意义。DNA测序证实,两种抑癌基因发生甲基化的其CpG岛的碱基仍为CG,未发生甲基化的碱基由CG变为TG。计算TSHR和RASSF1A基因甲基化间的相关系数r=0.490,提示PTC组两个抑癌基因甲基化之间存在显著相关性。RASSF1A和TSHR基因甲基化与患者的年龄、性别、临床分期均未见相关性;RASSF1A基因甲基化与患者是否伴有淋巴结转移无关,TSHR基因甲基化与患者是否伴有淋巴结转移相关。结论:两种抑癌基因启动子甲基化与PTC的发生有关,且可能在甲状腺肿瘤的早期阶段既已存在;TSHR基因甲基化在甲状腺癌的恶性进展中可能发挥一定作用。     

肾细胞癌RASSF1A基因启动子区甲基化状况与表达水平研究

目的 检测19例肾细胞癌患者癌组织及癌旁组织Ras相关区域家族蛋白1A(RASSF1A)基因启动子区甲基化情况并检测其mRNA表达水平,探索两者之间的联系.方法 收集肾细胞癌患者癌组织及相应癌旁组织19份,分别提取其基因组DNA,以甲基化特异性PCR(Methylation special PCR, MSP)法检测RASSF1A基因启动子区甲基化情况,并以QPCR法检测了RASSF1A基因的mRNA表达水平.结果 19例中有10例肾细胞癌患者癌组织存在高甲基化, mRNA表达水平表达降低,二者之间存在显著负相关性(r=-0.8734, P<0.01).结论 肾细胞癌中RASSF1A基因启动子区存在高甲基化,并抑制该基因的表达.     

人子宫内膜癌细胞株HEC-1-B中RASSF1A基因的甲基化及其表达

目的:研究Ras相关结构域家族1A基因(RASSF1A)启动子区域在子宫内膜癌细胞株HEC-1-B中的甲基化状态及其与RASSF1A基因表达的关系。方法:采用甲基化特异性PCR(Methylation specialPCR,MSP)技术检测HEC-1-B细胞RASSF1A基因甲基化状态;采用逆转录PCR(RT-PCR)技术检测HEC-1-B细胞RASSF1A mRNA表达;并观察去甲基化药物5-杂氮脱氧胞苷(5-Aza-CdR)作用后RASSF1A基因甲基化状态和RASSF1A mRNA表达。结果:子宫内膜癌细胞株HEC-1-B存在RASSF1A高甲基化,RASSF1A mRNA表达缺失或低表达。结论:子宫内膜癌细胞株HEC-1-B中的RASSF1A基因启动子区域DNA存在高甲基化,可能在子宫内膜癌的发生发展中起作用。     

焦磷酸测序检测RARβ2基因启动子甲基化方法的建立

目的：建立基因启动子甲基化的焦磷酸测序检测方法,为基因启动子甲基化标志物的检测奠定基础。方法：从正常人全血中提取基因组DNA。采用复合巢式PCR的方法扩增目的基因,克隆构建对照标准品质粒。使用甲基化特异性焦磷酸测序检测RARβ2基因启动子CpG岛的5个甲基化位点,双脱氧测序验证。将阳性和阴性对照标准品质粒PCR扩增产物按不同比例混合后进行焦磷酸测序,检测每个点的甲基化程度,制作校正曲线。结果：构建了甲基化特异性焦磷酸测序阴性对照和阳性对照标准品。经焦磷酸测序检测后,阴性对照标准品甲基化程度为0％,阳性对照标准品甲基化程度为100％,与双脱氧测序结果一致。经对混合样品检测,甲基化频率符合线性关系,线性相关性大于0.99,斜率约为1,并且所有位点的标准偏差约为1％。结论：成功构建了甲基化特异性焦磷酸测序检测RARβ2启动子区域甲基化阳性对照和阴性对照标准品质粒。建立了甲基化特异性焦磷酸测序检测基因启动子甲基化的方法。     

肝癌患者血浆RASSF1A异常甲基化检测的意义

目的:采用甲基化特异性PCR法(MSP)检测41例原发性肝癌(HCC)患者血浆中游离Ras相关结构域家族蛋白1A(RASSF1A)异常高甲基化情况,探讨血浆RASSF1A检测在肝癌诊断中的意义. 方法:收集患者血浆,提取游离DNA,亚硫酸氢钠修饰并纯化,以甲基化特异性引物及非甲基化引物进行PCR. 结果: 41例患者血浆中有17例RASSF1A呈现异常高甲基化(41.5%),对照血浆均为阴性. 患者一般情况、临床病理资料等与血浆中RASSF1A异常高甲基化检测结果无关(P＞0.05);在10例AFP阴性的HCC患者中,有7例结果为阳性. 结论:血浆RASSF1A甲基化检测对肝癌的早期诊断及筛选有重要意义,并有助于判断预后.     

EGCG抑制卵巢癌细胞RASSF1A基因甲基化并上调其表达

目的探讨表没食子儿茶素没食子酸酯（EGCG）对卵巢癌细胞系A2780Ras相关区域家族1基因（RASSFl）甲基化及其表达的影响。方法体外培养A2780细胞,用0、10、30和50μmol／LEGCG与A2780细胞孵育24-72h,采用甲基化特异性PCR（MSP）检测RASSFlA基因启动子区域的甲基化改变情况;提取EGCG处理后A2780细胞的RNA,用逆转录PCR（RT-PCR）检测RASSFlA的表达水平。结果静息状态下,MSP结果显示A2780细胞可检测出RASSFlA基因启动子区域有明显的甲基化条带,当与50μmol／LEGCG孵育72h后,甲基化水平有所减弱,而非甲基化基因增多。RT-PCR显示EGCG呈剂量和时间依赖性地促进A2780细胞RASSFlA基因mRNA和蛋白表达。结论EGCG能使RASSFlA基因去甲基化,并上调其非甲基化基因和蛋白的表达水平,这可能是其抗肿瘤的奄耍机制。     

莱菔硫烷对鼻咽癌RASSF1A基因甲基化及表达的影响

目的探讨莱菔硫烷（SFN）对鼻咽癌CNE-2细胞RASSF1A甲基化及蛋白表达水平的影响。方法体外培养鼻咽癌CNE-2细胞,用0,5、10、30μM的SFN与其孵育24～96h,用MTT法检测细胞的增值情况;流式细胞术分析细胞周期的改变;采用甲基化特异性PCR检测RASSF1A基因启动子区域的甲基化改变情况;提取SFN处理后细胞的RNA,用逆转录PCR检测RASSF1A的表达水平,并用Western blot检测处理前后RASSF1A蛋白的表达。结果 SFN能以时间和剂量依赖性方式抑制CNE-2细胞增值,并能使细胞周期阻滞于S期和G2/M期。随着SNF浓度的增加,甲基化RASSF1A水平逐渐减弱,非甲基化RASSF1A水平逐渐增多。同时SFN能明显上调RASSF1A的mRNA和蛋白表达水平。结论 SFN能使RASSF1A基因去甲基化,并上调非甲基化基因的表达水平,从而抑制细胞的增值和分化而具有抗肿瘤的效应。     

莱菔硫烷对胃癌细胞SGC-7901 RASSFIA甲基化及表达的影响

目的探讨莱菔硫烷（SEN）对胃癌细胞SGC-7901RASSF1A甲基化及表达有何影响。方法体外培养胃癌细胞SGC-7901细胞,用0,10μM,30μM,50μM的SFN与SCG-7901细胞孵育24～96h,采用甲基化特意性PCR检测RASSFIA基因启动子区域的甲基化改变情况;提取EGCG处理后SGC-7901细胞的RNA,用逆转录PCR检测RASSF1A的表达水平。结果静息状态下,SCG-7901细胞可检测出RASSF1A基因启动子区域有明显的甲基化条带,当与50μMSFN孵育96h后,甲基化水平有所减弱,而非甲基化基因增多。SFN也能以剂量依赖性与时间依赖性方式促进SGC-7901细胞RASSFIA基因mRNA的表达。结论SFN能使RASSF1A基因去甲基化,并上调非甲基化基因的表达水平,这可能是其抗肿瘤的重要机制。     

多基因启动子甲基化诊断乙型肝炎病毒相关肝癌的研究

目的  探讨血清多基因启动子甲基化在乙型肝炎病毒（HBV）相关肝细胞癌（HCC）中的诊断价值。方法  随机收集98例HCC、75例肝硬化（LC）、90例慢性乙型肝炎（CHB）患者以及80例健康者血清各2ml,以血清BVES、APC、RASSF1A、TIMP3、GSTP1和HOXA9基因作为候选靶标。采用磁珠法提取血清DNA,MethyLight法检测基因启动子甲基化。通过构建受试者工作特征曲线（ROC）评价各检测指标的诊断效能。结果  血清各基因启动子甲基化在HCC患者检测阳性率分别为：RASSF1A（52.04%）、APC（36.73%）、BVES（29.59%）、HOXA9（20.41%）、GSTP1（17.35%）和TIMP3（11.22%）,其中APC甲基化阳性完全与RASSF1A重叠。血清RASSF1A甲基化从慢性HBV感染患者中诊断HCC的效能最高[敏感性=0.520,特异性=0.915,曲线下面积（AUC）=0.718],优于血清AFP（敏感性=0.480,特异性=0.739,AUC=0.609）;血清6个基因启动子甲基化联合使用的敏感性、特异性及诊断效能进一步提高,分别为0.806、0.855和0.845。结论  血清BVES、APC、RASSF1A、TIMP3、GSTP1及HOXA9基因启动甲基化联合检测能显著提高高危人群中HCC的诊断能力。

     

人SAMHD1基因核心启动子区域的初步鉴定和分析

目的 鉴定人不育-α-基序结构域和组氨酸/天冬氨酸残基双联体结构域包涵蛋白1 (SAMHD1)基因的核心启动子区域,研究SAMHD1的转录调控机制.方法 从HepG2细胞中提取基因组DNA,PCR扩增SAMHD1基因翻译起始位点上游937、667、553、399 bp片段.将扩增出的4个片段连入pMD19-T载体,双酶切鉴定后将DNA条带切胶回收,再连入pGL3-Basic载体中,双酶切及DNA测序鉴定.将包含有4个片段的荧光素酶表达载体与pRL-TK共转染HepG2细胞,荧光素酶报告基因活性检测并分析4个片段的启动子活性.5'RACE鉴定SAMHD1在HepG2细胞中的转录起始位点.结果 电泳结果显示已经从HepG细胞中提取出基因组DNA.PCR扩增后电泳结果显示已经扩增出937、667、553、399 bp片段.双酶切后电泳结果显示成功将扩增出的4个片段连入pMD19-T载体.双酶切及DNA测序鉴定已成功构建荧光素酶表达载体pGL3-937、pGL3-667、pGL3-553和pGL3-399.荧光素酶报告基因活性检测显示SAMHD1核心启动子区域位于0～-399区域(ATG前一个碱基为-1).5'RACE结果显示SAMHD1在HepG2细胞中转录起始位点位于-101.结论 SAMHD1的核心启动子位于翻译起始位点上游-101～-399区域,为深入研究肝细胞中SAMHD1转录调控机制奠定了基础.     

白藜芦醇对胃癌细胞Ras相关结构域家族1A基因甲基化及表达的影响

目的探讨白藜芦醇对人胃癌SGC-7901细胞Ras相关结构域家族1A（RASSF1A）基因甲基化及蛋白表达的影响。方法体外培养SGC-7901细胞,用不同浓度（0,10μM,20μM,40μg/ml）白藜芦醇与其孵育48h。采用甲基化特异性PCR（MSP）检测RASSF1A基因启动子区域的甲基化改变情况;RT-PCR检测RASSF1A的表达水平,并用Westernblot检测处理前后RASSF1A蛋白的表达。结果白藜芦醇能以剂量依赖性方式抑制SGC-7901细胞增值,随着SNF浓度的增加,甲基化RASSF1A水平逐渐减弱,非甲基化RASSF1A水平逐渐增多。同时白藜芦醇能明显上调RASSF1A的mRNA和蛋白表达水平。结论白藜芦醇能使RASSF1A基因去甲基化,并上调非甲基化基因的表达水平,可能是其抗癌的重要因素。     

应用降落PCR及克隆测序检测2型糖尿病外周血白细胞胰岛素样生长因子受体IGF1R基因甲基化

目的:比较应用降落PCR(TD-PCR)及克隆测序检测2型糖尿病患者外周血白细胞中胰岛素样生长因子受体(IGF1R)基因启动子区DNA甲基化位点的方法。方法:提取2型糖尿病患者外周血白细胞DNA进行亚硫酸氢盐处理,设计引物扩增IGF1R基因启动子区富含CG位点序列,分别行普通PCR和TD-PCR扩增,对含目的条带产物进行直接测序和克隆后测序。结果:与普通PCR扩增结果相比,TD-PCR扩增条带清晰、产物量多、二聚体少;且TD-PCR减少了对退火温度不断摸索的过程。克隆后测序峰图清晰,碱基丢失错判频率减少。结论:推荐应用TD-PCR检测亚硫酸氢盐处理的DNA甲基化位点,并进行克隆后测序。