七味白术散对糖尿病小鼠肝脏组织PI3K/Akt信号通路的调节作用

目的:研究七味白术散对高脂饮食与链脲佐菌素(STZ)导致的糖尿病小鼠肝脏组织中磷脂酰肌醇-3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)信号通路的影响。方法:采用网络药理与实验药理学的方法研究七味白术散的降糖作用。通过公共数据库筛选活性成分和疾病靶点,构建成分-靶点和疾病-靶点的PPI网络,进行基因本体(GO),京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析信号通路。以高糖高脂饲料联合腹腔注射80 mg·kg-1·d-1STZ建立糖尿病小鼠模型,分为正常组(生理盐水)、模型组(生理盐水)、七味白术散祖(七味白术散煎剂18.7 g·kg-1·d-1),灌胃28 d后分析其降糖作用及对血清总胆固醇(T-CHO),空腹胰岛素(FINS)含量和血清肿瘤坏死因子-α(TNF-α)的影响,采用实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR),蛋白免疫印迹法(Western blot)检测肝脏组织的胰岛素受体(IR),胰岛素受体底物-1(IRS-1),PI3K和Akt蛋白和mRNA的表达。结果:网络药理学研究共筛选到36种活性成分,KEGG分析推测七味白术散可能是通过调节PI3K/Akt信号通路发挥降糖作用的。实验药理学实验表明,七味白术散组与模型小鼠相比,血糖含量、血清TNF-α和T-CHO显著降低(P0.01),FINS显著升高(P0.01)。肝脏组织的IR,IRS-1,PI3K和Akt蛋白和mRNA的表达明显升高(P0.05,P0.01)。结论:七味白术散可下调高脂饮食和STZ导致FINS升高,其调节作用与PI3K/Akt信号通路与胰岛素的代谢效应有关。     

基于网络药理学和分子对接探讨肝脂平治疗非酒精性脂肪性肝病作用机制

目的:运用网络药理学及分子对接探究肝脂平治疗非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)的作用机制。方法:利用TCMSP数据库收集肝脂平活性成分及靶点,通过Gene Cards、Drug Bank、TTD及OMIM数据库检索NAFLD相关靶点。利用Cytoscape 3.7.2构建蛋白质互作网络及“活性成分-靶点-通路”网络,使用DAVID平台进行GO富集分析和KEGG通路分析。最后通过Auto Dock进行分子对接。结果:筛选得到肝脂平112种活性成分,256个对应靶点,其中有130个靶点作用于NAFLD。GO富集分析和KEGG通路分析共得到734个生物过程,89条信号通路。分子对接结果显示,核心成分与关键靶点有较好的结合性。结论:肝脂平通过AKT1、TNF、IL-6、IL-1β、TP53等关键靶点对NAFLD发挥治疗作用,作用机制和脂质与动脉粥样硬化、AGE-RAGE、PI3K-Akt等信号通路有关。     

基于网络药理学和分子对接探究三拗片治疗急性支气管炎分子作用机制

目的:通过网络药理学和分子对接方法探究三拗片治疗急性支气管炎的潜在活性成分及作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选三拗片活性成分和靶点,与GeneCards、OMIM、DrugBank数据库中急性支气管炎基因集相互映射获取共同靶点;利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选核心靶点;依托DAVID平台对共同靶点进行基因本体(GO)生物学过程及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,以了解共同靶点集的生物学作用;通过分子对接结果验证PPI网络核心靶点。结果:获得三拗片活性成分124个;三拗片治疗急性支气管炎靶点103个,其中核心靶点5个;GO生物学过程575条,涉及凋亡过程、炎症反应、细胞增殖、信号转导等生物过程;KEGG通路117条,三拗片可能通过干预磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B (PI3K/Akt)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、流感、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、Toll样受体信号通路、缺氧诱导因子1 (HIF-1)信号通路发挥治疗急性支气管炎作用;分子对接结果显示,三拗片中槲皮素、山柰酚、木犀草素、β-谷甾醇、柚皮素、芒柄花黄素、甘草查耳酮A均能较好地与急性支气管炎靶蛋白结合,可能通过作用于细胞肿瘤抗原p53 (TP53)、Akt1、白细胞介素-6 (IL-6)、TNF、血管内皮生长因子A (VEGFA)靶点发挥作用。结论:三拗片活性化合物可能从结构上作用于支气管,共同参与抗炎、平衡细胞因子、免疫调节、抗病毒抑菌而发挥治疗作用。     

基于网络药理学分析调肝益气定悸药对甘松-仙鹤草治疗心律失常的分子机制

目的:利用网络药理学方法和分子对接探讨调肝益气定悸药对甘松-仙鹤草治疗常见心律失常室性期前收缩(PVCs)的物质基础和作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)结合相关文献筛选甘松、仙鹤草的化学成分及其靶点。借助人类基因数据库(GeneCards),在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM),DrugBank数据库寻找治疗PVCs的潜在靶点。通过STRING平台进行蛋白质相互作用分析。利用Metascape平台进行基因本体(GO)富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用Cytoscape 3.8.0软件,构建甘松-仙鹤草药对化学成分-潜在靶点-信号通路网络。利用AutoDock 4.2.6将主要靶点蛋白与甘松-仙鹤草活性成分进行分子对接。结果:甘松-仙鹤草药对中槲皮素、山柰酚、金合欢素等9种活性成分治疗PVCs的靶点主要涉及肿瘤坏死因子(TNF),丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1),蛋白激酶B1(Akt1)等。其潜在靶点主要富集在癌症通路(pathways in cancer),高级糖基化终末产物/高级糖基化终末产物受体信号通路(AGE/RAGE signaling pathway in diabetic complications)等26条相关信号通路。分子对接结果显示该药对大部分活性成分(92.59%)与主要靶点蛋白TNF,MAPK1,Akt1的结合活性较好。结论:甘松-仙鹤草药对中多种活性成分可通过多靶点、多通路的干预,发挥调节心肌离子通道、抗炎症、抗氧化应激等作用以治疗PVCs,同时还可通过抑制单胺氧化酶活性、抗神经损伤等改善抑郁、焦虑相关症状。为进一步探索其治疗PVCs的物质基础及作用机制提供了研究思路和理论基础。     

基于网络药理学的脑震宁颗粒治疗脑外伤的机制分析

目的借助网络药理学技术预测脑震宁颗粒主要成分的潜在作用靶点,探讨其治疗脑外伤多成分-多靶点-多通路的作用机制。方法依据反向分子对接服务器(DRAR-CPI)和Coo LGe N数据库预测和筛选脑震宁颗粒主要成分的作用靶点;采用Cytoscape软件Clue GO插件对靶点进行GO富集分析,借助生物信息学注释数据库(DAVID)对获取的靶点信息进行KEGG通路注释分析;采用Cytoscape软件构建药材-成分-靶点-通路-疾病网络。结果脑震宁颗粒的33个主要成分涉及丝裂原活化蛋白激酶-1(MAPK1)、胱天蛋白酶-3(CASP3)、糖原合成酶激酶-3β(GSK3B)等34个靶点,GO富集分析和KEGG通路注释分析提示脑震宁颗粒可作用于活性氧的生物合成、平滑肌细胞增殖等生物过程,以及磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)、MAPK通路、JAK/STAT、m TOR等信号转导通路;网络分析显示脑震宁颗粒的作用机制可能与调控氧化应激、抑制炎症反应和神经细胞凋亡、调节脑内硫化氢生成和纤溶酶原(PLG)活性、改善认知功能及脑外伤后抑郁等相关。结论揭示了脑震宁颗粒多成分、多靶点、多通路的作用机制,为进一步深入研究脑震宁颗粒药效物质基础及作用机制奠定了基础。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨补气消脂方治疗非酒精性脂肪性肝病的作用机制

目的利用网络药理学和分子对接技术预测补气消脂方治疗非酒精性脂肪性肝病（non-alcoholic fatty liver disease,NAFLD）的主要活性成分和目标基因靶点,并探讨其潜在的作用机制。方法通过检索中药系统 药理技术平台（TCMSP）、OMIM、GeneCards 等数据库,查找补气消脂方活性成分、作用靶点以及NAFLD 相关 靶点,以OB≥30%和DL≥0.18 为标准筛选活性成分,并查阅文献补充文献报道中常见的中药活性成分,汇总 得到活性成分库,并利用STRING 数据库平台分析各靶点之间的相互作用,构建蛋白互作网络。利用 Cytoscape 3.7.2 软件进行“活性成分-疾病靶点”网络分析,在此基础上采用R 4.0.3（依托于“clusterProfiler” “org.Hs.eg.db”以及“pathview”程序包）进行GO 与KEGG 基因功能富集分析。筛选出补气消脂方关键活性成 分和靶基因后,利用Autodock-vina 软件进行分子对接,选择蛋白互作网络中度值排名前6 位的重要的靶点进 行分子对接,验证结合活性。结果通过筛选发现了补气消脂方中共有98 种活性成分和229 种相应靶点, NAFLD 靶点1 283 个。最终筛选获得103 个关键靶点和30 个重要的信号通路,如癌症通路、AGE-RAGE 信 号通路、TNF 信号通路、HIF-1 信号通路等。补气消脂方治疗NAFLD 的主要成分为槲皮素、木犀草素、丹 参酮ⅡA、山柰酚等,关键靶点为IL-6、FOS、CXCL8、RELA、STAT3、AKT1 等。通过分子对接得到结合 能≤-6 kcal·mol-1 的“靶点蛋白-活性分子”16 个,与排名前6 位的关键靶点均有较好的亲和力。结论补气 消脂方中的活性成分槲皮素、木犀草素、丹参酮ⅡA、山柰酚、柚皮素等可能通过作用于多个靶点和调控多条 通路治疗NAFLD。     

基于网络药理学和分子对接技术的银柴胡解热作用机制探讨

目的：采用网络药理学与分子对接技术探讨银柴胡解热作用的机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中医药整合药理学研究平台（TCMIP）和中药分子机制生物信息学分析工具（BATMANTCM）筛选银柴胡活性成分和相关作用靶点;使用GeneCards、OMIM和TTD数据库筛选发热相关靶点;通过STRING数据库构建活性成分靶点与发热疾病靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Cytoscape软件的Network Analysis插件对获得的PPI网络进行拓扑分析,筛选核心节点;使用Venny软件获得银柴胡活性成分靶点、发热疾病靶点和核心节点的交集靶点,并通过进一步的拓扑分析筛选得到关键成分和关键靶点;通过DAVID数据库进行基因本体（GO）功能注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用Schr?dinger软件对关键靶点与对应的关键成分进行分子对接。结果：银柴胡解热关键成分为银柴胡胺D和银柴胡新木质素-β-D-葡萄糖苷A～D,71个关键靶点主要包括促丝裂原活化蛋白激酶10 (MAPK10)、蛋白激酶B1 (Akt1)、热休克蛋白90AA1(HS...     

正源方抗肝纤维化的网络药理学预测分析及实验验证

目的:基于网络药理学、分子对接技术预测正源方抗肝纤维化的作用机制,并进行细胞水平实验验证。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及文献检索获得正源方活性成分,通过PubChem、SwissTargetPrediction、Similarity Ensemble Approach数据库筛选活性成分潜在靶点,通过OMIM、GeneCards疾病数据库收集肝纤维化的相关靶点,运用Venny平台获得正源方与肝纤维化交集靶点,利用String数据库建立蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并通过Cytoscape-CytoNCA拓扑分析筛选核心靶点,利用String数据库进行基因本体功能注释(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,利用Cytoscape软件构建药物-成分-靶点-通路网络,使用AutoDock Vina软件模拟关键候选活性成分与核心基因的结合活性。建立人转化生长因子-β1(TGF-β1)诱导的人肝星状细胞LX2活化模型,噻唑蓝(MTT)比色法检测细胞活性,蛋白免疫印迹法(WB)检测磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路相关蛋白表达。结果:网络药理学筛选得到正源方活性成分145个及相关靶点1109个,肝纤维化靶点1573个,正源方抗肝纤维化潜在作用靶点415个,拓扑分析得关键靶点61个;PPI网络分析核心靶点为Akt1、血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素-1β(IL-1β)等,GO富集分析得到1753个条目,其功能主要与细胞凋亡、细胞增殖、酶结合等有关;KEGG富集分析得到174个条目,主要涉及癌症通路、PI3K-Akt通路、细胞凋亡通路等;分子对接显示,槲皮素、木犀草素、熊果酸等与Akt1、VEGFA、Jun原癌基因(JUN)等靶点结合活性较强;细胞实验结果表明,不同剂量的正源方给药后,可以显著抑制TGF-β1诱导的LX2细胞的活化,降低磷酸化PI3K(p-PI3K)/PI3K、磷酸化Akt(p-Akt)/Akt蛋白表达,且具有质量浓度依赖性。结论:正源方可能通过多靶点、多通路发挥抗肝纤维化作用,其机制可能与抑制肝星状细胞活化、调控PI3K-Akt信号通路有关。     

基于网络药理学的血必净注射液治疗急性肺损伤作用机制研究

目的预测血必净注射液抗急性肺损伤主要活性成分的作用靶点,探索其"多成分-多靶点-多通路"的复杂网络调节机制。方法针对血必净注射液中38个主要活性成分,利用反向分子对接技术预测活性成分的作用靶点,并与通过文献挖掘及多种数据库检索得到的急性肺损伤疾病相关靶点进行比对;采用Cytoscape软件构建蛋白互作网络并进行拓扑分析,筛选血必净注射液抗急性肺损伤的关键靶点,借助DAVID数据库对得到的关键靶点进行GO富集分析和KEGG通路注释分析。结果网络分析结果显示,血必净注射液中38个化合物直接或间接作用于143个关键靶点,共涉及71个生物学过程、29种细胞组分、40种分子功能及25条KEGG通路(P0.05,FDR0.05),说明血必净注射液主要通过对基因调控、蛋白合成、炎症反应等过程的调节和丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)等信号通路的干预发挥抗急性肺损伤作用。结论血必净注射液发挥抗急性肺损伤的作用体现了中药多成分、多靶点、多途径的协同作用特点,为深入阐明血必净注射液治疗急性肺损伤的作用机制提供了重要的科学依据。     

基于网络药理学探讨葛根治疗肝癌的分子机制

通过网络药理学和体外细胞实验方法,对葛根治疗肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的主要活性成分及其潜在作用机制进行探讨。运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取葛根的主要活性成分及其预测靶点,并通过GeneCards数据库检索获得疾病作用靶点。将疾病及药物预测靶点进行交集,筛选出共同的潜在治疗靶点。运用Cytoscape 3.7.1软件构建"药物-成分-疾病-靶点"相互作用网络图;运用STRING数据库构建蛋白相互作用的PPI网络。运用R软件将药物-疾病共同靶点进行关键靶基因GO与KEGG功能富集分析,采用Autodock vina 1.1.2进行分子对接。最后,通过葛根素干预人肝癌细胞SMMC-7402及Huh7细胞增殖的体外实验进行核心靶点和通路的初步验证,采用CCK-8法、EDU酶染色检测细胞的增殖情况,运用Western blot法检测PTEN,PDK1,Akt和GSK3β的表达。该研究筛选出葛根10个活性成分(其中9个活性成分涉及肝癌相关靶点及信号通路),涉及149个肝癌靶点及156个相关信号通路。网络分析结果表明葛根可能通过作用于Akt,IL6,MAPK3,EGFR等关键靶点及PI3K-Akt等关键通路发挥抗肝癌作用。分子对接提示葛根活性成分葛根素、染料木素与大豆苷元与AKT1,MAPK3,MAPK1,CASP3等关键靶点结合性较好,葛根素与AKT1,MAPK3的Vina得分最低且相近。体外细胞实验证实,葛根素对人肝癌细胞的增殖有明显的抑制作用。Western blot结果表明,葛根素可以通过PTEN/Akt/GSK3β信号通路使人肝癌细胞出现PTEN磷酸化表达增加,其下游Akt磷酸化水平下降。该系列研究初步揭示了网络药理学预测并指导实验设计的科学性,证实葛根素可通过阻断PTEN/Akt/GSK3β细胞信号转导通路治疗肝癌,为后续验证葛根治疗肝癌的分子机制研究提供思路。     

基于网络药理学和分子对接法的益智清心方治疗阿尔茨海默病作用机制探索

目的:运用网络药理学及分子对接方法探讨益智清心方(YZQXF)对阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease,AD)的作用靶点,构建活性成分-靶点-通路网络并分析其作用信号通路,探讨其对AD的防治作用及可能的分子机制。方法:根据YZQXF药味组成,在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索各药材的有效化学成分及各成分相应的作用靶点;利用GeneCard、OMIM、PharmGKB、TTD、DrugBank数据库搜索AD相关靶点,同时将药物靶点及疾病靶点数据进行比对,获得交集靶点,上传STRING 11.5数据库对其进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析并找到核心靶点;通过Cytoscape 3.7.1构建YZQXF治疗AD的活性成分-作用靶点-通路网络;借助BioConductor软件的R语言包对作用靶点进行基因本体(GO)注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;最后将核心基因分别与关键靶标进行分子对接,验证YZQXF关键成分与核心靶点的作用特征。结果:YZQXF中共有43个化学成分作用于2871个AD相关靶点,共存在129个化学成分-靶点相互作用关系。YZQXF治疗AD的关键成分包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、四氢小檗碱、豆甾醇、原阿片碱、杨梅酮、氧代小檗碱、巴马汀、马卡因、小檗碱,核心靶点为丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、Myc、Fos、MAPK14、Jun、核转录因子-κB p65(RELA)、蛋白激酶B1(Akt1)、MAPK8、白细胞介素-1β(IL-1B)、肿瘤蛋白p53(TP53)。GO富集得到2359个生物过程条目,主要涉及对脂多糖的反应、对细菌来源的分子反应等生物过程,膜筏、膜微域等细胞组分及G蛋白偶联受体活性、神经递质受体活性等分子功能。KEGG通路富集得到168个通路,主要包括流体剪切应力与动脉粥样硬化(fluid shear stress and atherosclerosis)、糖尿病并发症晚期糖基化终末产物及其受体(AGE-RAGE)信号通路(AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications)等。分子对接结果显示,YZQXF中的关键活性成分与治疗AD的核心靶点有较好的结合性。结论:YZQXF可通过多种活性成分、多个关键靶点及多种作用途径治疗AD。     

基于网络药理学探讨脑出血方治疗脑出血的作用机制

目的应用网络药理学方法探讨脑出血方对脑出血的作用机制。方法借助中药系统药理学技术平台(TCMSP)、中医药综合数据库(TCMID)和BATMAN-TCM数据库检索并收集水蛭、虻虫、大黄、蒲黄、三七、石菖蒲、瓜蒌和龟板的所有化学成分,并以口服生物利用度(OB)≥30%,类药性(DL)≥0.18为标准,筛选出活性化学成分。通过OMIM、Gene Cards等数据库筛选脑出血相关基因的靶标。借助String在线数据库构建靶点蛋白互作网络;利用DAVID数据库进行基因功能GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果共获得脑出血方活性化学成分48个,预测靶点705个,脑出血基因靶点3605个,交集靶点341个。PPI网络涉及292个蛋白质节点,核心靶点主要有MAPK1、AKT1、JUN、TNF、RELA、CXCL8、IL6、MAPK8、BDKRB2、PRKCA等。GO功能富集分析得到GO条目342个(P<0.05),其中生物过程条目700个,分子功能(CC)条目77个,细胞组成(MF)条目145个。KEGG通路富集筛选得到脑出血相关信号通路14条(P<0.05),主要涉及HIF-1信号通路、cAMP信号通路、MAPK信号通路等。结论通过构建“药物-成分-靶点”网络,初步验证并预测了脑出血方从多成分、多靶点、多途径发挥治疗作用,为未来进一步临床研究提供参考和依据。     

基于网络药理学的四君子汤治疗2型糖尿病的作用机制研究

目的通过网络药理学预测四君子汤治疗2型糖尿病(T2DM)的主要活性成分和作用靶点,探讨其多成分-多靶点-多通路的潜在作用机制;并选取AMPK信号通路中的Ins R、PI3K进行动物实验验证。方法通过中医药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)、文献挖掘和本课题组已有研究收集四君子汤及其4味中药党参、白术、茯苓、甘草的化学成分,经口服生物利用度(OB)、类药性(DL)、半衰期(HL)3个条件筛选得到药物的有效成分,通过Swiss Target Prediction数据库进行有效成分靶点预测;同时从TTD、Drugbank和Dis Ge NET数据库对T2DM的靶点进行检索及筛选;成分靶点与疾病靶点映射后使用Cytoscape3.2.1软件构建药物有效成分-靶点蛋白相互作用网络,对该网络进行拓扑学分析筛选节点自由度(degree)≥平均自由度的节点得到核心有效成分-核心靶点网络,同时使用String数据库绘制核心靶点蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;对核心靶点基因利用DAVID数据库进行GO分析和KEGG分析,构建核心有效成分-核心靶点-代谢通路网络图,探讨四君子汤治疗T2DM的潜在作用机制。采用系统对接网站进行相关度前3蛋白对相关度前5成分的分子对接。并进一步采用动物实验进行验证:选取SD大鼠,运用高糖高脂饲料联合小剂量链脲佐菌素(STZ)诱导T2DM模型,5.65 g/kg四君子汤ig给药28 d,检测各组大鼠的空腹血糖(FBG)及口服葡萄糖耐量(OGTT),RT-PCR法检测AMPK信号通路中Ins R、PI3Km RNA的表达量。结果从四君子汤中筛选出113个化学成分,涉及治疗T2DM的47个靶点;根据节点自由度≥平均自由度,筛选出核心成分22个,核心靶点27个;GO分析结果表明其涉及血糖稳态、脂肪组织发育的正调控等7个生物过程,涉及类固醇激素受体活化、药物结合等4个分子功能,包括质膜、核常染色质2个细胞组成;KEGG分析结果表明其可能通过AMPK信号通路、PPAR信号通路、胰岛素抵抗等14个信号通路治疗糖尿病。分子对接60%成分具有强烈的结合活性,40%成分具有较强的结合活性。四君子汤可显著改善T2DM大鼠OGTT(P<0.001),同时降低FBG(P<0.01),显著升高Ins R、PI3K mRNA(P<0.001)的表达量,验证了网络药理学的部分预测结果。结论四君子汤通过多靶点、多通路治疗T2DM,为其分子机制的研究奠定一定的基础。     

基于网络药理学-分子对接探讨茵陈蒿汤治疗妊娠期肝内胆汁淤积症的作用机制＊

目的 利用网络药理学及分子对接技术，研究茵陈蒿汤治疗妊娠期肝内胆汁淤积症（ICP）的物质基础及可能的作用机制。方法 使用TCMSP数据库挖掘茵陈蒿汤有效成分和作用靶点，利用GeneCard与OMIM数据库筛选疾病靶点。将药物与疾病靶点的交集导入String构建PPI网络，使用Cytoscape3.7.2软件筛选核心靶点，借助Metascape数据库对靶点进行基因本体论（GO）功能和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，从筛选靶点-成分网络图中根据degree值筛选出前5个关键成分，并将该网络中的基因靶点以degree值高低进行排序，选择前5个核心靶点，然后从RCSB PDB数据库和Pub Chem数据库获取靶点与成分的三维结构和化学结构，使用Pymol软件对蛋白质分子进行去水、去磷酸根等操作，最后使用AutoDockTools进行分子对接。结果 茵陈蒿汤中共筛选出21种有效活性成分，关键成分5个，分别为槲皮素、山奈酚、芦荟大黄素、谷甾醇、大黄酸；其治疗ICP的的核心靶点14个，分别为JUN、CASP3、TNF、TP53、MYC、EGFR、AKT1、VEGFA、MMP9、MAPK1、EGF、IL6、CXCL8、MAPK8，靶点主要涉及细胞氧化应激反应、细胞运动的正向调节、受体配体活性、细胞因子受体结合、蛋白激酶活性等生物学过程，通过乙型、丙型肝炎途径、癌症途径、MAPK、 IL-17、TNF信号通路等多途径发挥治疗ICP的作用。分子对接结果显示关键成分与对应靶点具有较好的结合活性。结论 茵陈蒿汤治疗ICP是通过槲皮素、山奈酚、芦荟大黄素、谷甾醇、大黄酸等多种成分作用于JUN、CASP3、TNF、TP53、MYC、EGFR、AKT1、VEGFA、MMP9、MAPK1、EGF、IL6、CXCL8、MAPK8等多种基因靶点，从而影响MAPK、 IL-17、肿瘤坏死因子、ErbB、 Toll样受体以及乙型丙型肝炎病毒等多种相关信号通路发挥功效，该研究为进一步深入研究其作用机制奠定了基础。     

基于网络药理学的经典名方枸杞汤治疗糖尿病作用机制分析

目的 采用网络药理学方法探讨枸杞汤改善糖尿病（DM）的活性成分及作用机制。方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和查阅文献获得枸杞汤潜在活性成分,通过SwissTargetPrediction、TCMSP、GeneCards、OMIM、TTD和DrugBank数据库预测活性成分的潜在靶点;应用Metascape 3.5平台对潜在靶点进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析;运用STRING 11.5数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络和药物-成分-靶点网络,并通过分子对接对预测得到的核心化合物及靶点进行虚拟验证。结果 枸杞汤中94个活性成分通过调控热休克蛋白90AA1（HSP90AA1）、原癌基因酪氨酸蛋白激酶Src（SRC）、信号转导和转录激活因子3（STAT3）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、MAPK3、表皮生长因子受体（EGFR）等关键靶点,参与蛋白质磷酸化、分泌调节、对细胞因子的反应、老化等1996个生物过程,影响磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）、环磷酸腺苷（cAMP）等203条信号通路发挥改善DM的作用。分子对接结果表明,关键化合物鳞叶甘草素A和甘草查耳酮B与对应靶点之间有较好的结合活性,验证了网络药理学的预测结果。结论 枸杞汤中多种成分具有影响DM相关靶点的潜在作用,能够通过影响胰岛素抵抗、糖异生、葡萄糖转运、炎症及免疫反应治疗DM,为枸杞汤中不同活性成分调节DM作用机制的深入研究提供参考。     

基于网络药理学和分子对接探讨血府逐瘀汤治疗心肌梗死的作用机制

基于网络药理学和分子对接探讨血府逐瘀汤治疗心肌梗死的作用机制。通过TCMSP平台获取血府逐瘀汤活性成分及对应靶点,借助GeneCards,DisGeNET,OMIM数据库获取心肌梗死相关靶点,对药物靶点和疾病靶点取交集,获取交集靶点。使用Cytoscape软件,构建"活性成分-靶点"网络图,利用STRING平台绘制PPI网络,使用MCODE插件进行蛋白聚类分析,利用DAVID数据库与ClueGO插件进行GO富集分析和KEGG通路分析,使用Autodock Vina和Pymol进行分子对接。最终得到血府逐瘀汤活性成分226个,对应靶点257个,心肌梗死相关靶点1 340个,药物与疾病的交集靶点109个。GO分析得到208个生物过程条目,38个分子功能条目,33个细胞成分条目;KEGG通路分析得到NF-κB信号通路、IL-17信号通路、HIF-1信号通路等相关通路。分子对接结果显示,血府逐瘀汤治疗心肌梗死的主要活性成分槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、木犀草素、豆甾醇、黄芩素与核心蛋白IL6,ALB,VEGFA,TNF,MAPK3,CASP3有较好的结合性。由此推测,血府逐瘀汤可能通过减少炎症反应,降低氧化应激,抑制细胞凋亡,促进血管新生,从而起到治疗心肌梗死的作用。     

基于网络药理学和分子对接法探讨虎杖干预类风湿关节炎作用机制

目的探讨虎杖干预类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的分子作用机制。方法通过TCMSP筛选虎杖的有效活性成分并预测相关靶点,通过GeneCards数据库预测RA相关靶点,将虎杖药效靶点与RA相关靶点取交集,得到虎杖干预RA的共同靶点,使用Cytoscape 3.7.2构建药物-活性成分-靶点-疾病网络。将获得的共同靶点导入STRING数据库进行蛋白质相互作用分析,经R语言计算筛选出虎杖干预RA的核心靶点。运用DAVID在线数据库及R语言对共同靶点进行GO分子功能富集分析和KEGG通路富集分析。使用AutoDock Vina软件对活性成分和前5位核心靶点进行分子对接。结果筛选获得10个虎杖有效活性成分和对应的203个药效靶点,检索得到4424个RA相关靶基因,取交集后得到139个虎杖干预RA的共同靶点,蛋白相互作用网络分析提示,v-akt鼠科胸腺瘤病毒癌基因同源物Ⅰ(v-akt murine thymoma viral oncogene homolog 1,AKT1)基因、肿瘤蛋白p53(tumor protein p53,TP53)基因、JUN、MAPK1、人v-rel禽网状内皮细胞过多症病毒癌基因同源物(AV-Rel Reticuloendotheliosis Viral Oncogene Homolog A,RELA)等为核心靶点。GO富集分析得到虎杖干预RA的分子功能共35个,包括ATP结合、锌离子结合、转录因子活性等。KEGG富集分析得到虎杖干预RA的相关信号通路共117条,包括PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、癌症通路等。分子对接显示,有效成分均与基因AKT1、TP53、JUN、MAPK1、RELA对接良好,其中大黄素甲醚双葡萄糖苷与JUN显示出较好的结合能力。结论基于网络药理学和分子对接法分析虎杖可多靶点、多通路干预RA,为其药品研发提供参考。     

基于网络药理学和分子对接技术的蒙药特格希德格奇（糖尿乐）防治糖尿病的作用机制研究＊

目的 研究蒙药特格希德格奇（糖尿乐）治疗糖尿病的药效及作用机制。方法 采用高脂饲料结合腹腔注射四氧嘧啶法建立2型糖尿病模型，给予二甲双胍和不同剂量的蒙药特格希德格奇（糖尿乐）干预后，测定小鼠空腹血糖（fasting blood glucose，FBG）、血清胰岛素（serum insulin，FINS）、总胆固醇（total cholesterol，TC）、甘油三酯（triglycerides，TG）、低密度脂蛋白（low-density lipoprotein，LDL-C）、高密度脂蛋白（high-density lipoprotein，HDL-C）水平，计算胰岛素抵抗指数（HOMA-IR）；通过苏木精-伊红（HE）观察小鼠胰腺组织病理学变化。通过中药系统药理学数据库分析平台（TCMSP）、化学专业数据库并结合文献查找蒙药特格希德格奇（糖尿乐）药物的化学成分，使用Swiss Target Prediction平台预测靶点；在人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、DisGeNET数据库和GeneCards数据库中搜索糖尿病相关靶点，利用STRING数据库和Cytoscape 软件构建蛋白相互作用网络图；使用Metascape数据库对靶点进行基因本体（GO）注释和KEGG富集分析并利用Autodock软件进行分子对接。结果 蒙药特格希德格奇（糖尿乐）能够显著降低小鼠血糖、血清胰岛素、胰岛素抵抗指数、血脂水平，降低因ALX造模带来的胰岛组织坏死的范围，改善2型糖尿病小鼠。通过网络药理学搜集得到22个蒙药特格希德格奇（糖尿乐）潜在化学成分，525个药物靶点，13403个疾病靶点。经交集获得潜在靶点472个，核心靶点21个。KEGG通路富集分析涉及的信号通路有cAMP信号通路（cAMP signaling pathway）、cGMP-PKG信号通路（cGMP-PKG signaling pathway）、Th17细胞分化、MAPK信号通路（MAPK signaling pathway）、花生四烯酸代谢（Arachidonic acid metabolism）和脂肪细胞因子信号通路（Adipocytokine signaling pathway）等。分子对接结果显示，AKT1、EGFR、MAPK1、MAPK3、SRC与其相对应的活性成分均有较好的结合能力。结论 蒙药特格希德格奇（糖尿乐）确能够降低糖尿病药效其机制可能与调节cAMP信号通路、cGMP-PKG信号通路、Th17细胞分化、MAPK信号通路等通路的蛋白表达有关。     

基于网络药理学探讨黄精-百合药对抗癌作用的机制

目的:通过网络药理学的方法筛选黄精-百合药对中的有效成分,预测治疗癌症的作用靶点及信号通路,进一步探讨潜在作用机制。方法:使用全称为中药系统药理学分析平台筛选黄精-百合药对中的活性成分和靶点,通过基因疾病关联数据库(Dis Ge NET)与人类孟德尔遗传数据库(OMIM)预测与筛选药对中有效的中药成分作用的疾病靶点。选择生物信息分析学习平台(Omicshare)匹配药物和疾病的靶点,借助复杂网络可视化平台(Cytoscape3. 7. 0)软件构建"药物-成分-疾病"网络。采用蛋白质相互作用网络数据库(String)构建黄精-百合药对治疗癌症的靶点相互作用的网络。最后通过功能注释生物信息学分析平台(DAVID)对黄精-百合药对中关键作用的节点进行生物功能及代谢通路分析。结果:筛选出19个黄精-百合药对的活性成分,根据靶点预测技术预测出相关靶点234个,与疾病靶点有关的活性成分为6个,主要通过调控丝氨酸(Akt)/苏氨酸激酶1(Akt1),Jun原癌基因,AP-1转录因子亚基(JUN),血管内皮生长因子A(VEGFA),基质金属蛋白酶-9(MMP-9),半胱氨酸蛋白酶-3(Caspase-3)等靶蛋白,以及癌症中的蛋白多糖,雌激素信号转导通路,人免疫缺陷病毒1感染,缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路,肿瘤坏死因子(TNF)信号通路,癌症中的微型核糖核酸(MicroRNAs)等通路发挥抗癌作用。结论:黄精-百合药对治疗癌症的作用体现了中药多成分-多靶点-多途径的特点,为阐释其抗癌治疗的作用机制与物质基础提供了科学依据。