cDNA微阵列技术对肺鳞癌、肺腺癌基因表达谱的研究

目的 :利用cDNA微阵列技术研究肺鳞癌、肺腺癌基因表达谱 ,并与肺炎性假瘤基因表达谱进行比较 ,筛选肺鳞癌、肺腺癌的差异表达基因 ,及肺鳞癌、肺腺癌的共同表达基因 ,为研究肺癌的分子机制及肺癌的早期诊断和治疗提供线索。方法 :用含 4 0 96个基因的人基因表达谱芯片研究肺鳞癌、肺腺癌及肺炎性假瘤的基因表达谱。结果 :肺鳞癌差异表达基因 5 91个 ,其中筛选出在肺炎性假瘤中没有差异表达的基因 4 76个 ,上调的有 2 93个 ,下调的有 183个 ;肺腺癌差异表达基因 5 2 4个 ,其中在肺炎性假瘤中没有差异表达的基因 4 6 0个 ,上调的有 2 14个 ,下调有 2 4 6个 ;有113个基因在肺鳞癌与肺腺癌中均出现差异表达。结论 :肺鳞癌、肺腺癌存在不同的基因表达谱 ,筛选出的特异表达基因和共同表达基因为进一步研究肺癌的发生、发展和肺鳞癌与肺腺癌的分子特征提供了重要线索。     

cDNA微阵列技术对肺鳞癌、肺腺癌基因表达谱的研究

目的：利用cDNA微阵列技术研究肺鳞癌、肺腺癌基因表达谱，并与肺炎性假瘤基因表达谱进行比较，筛选肺鳞癌、肺腺癌的差异表达基因，及肺鳞癌、肺腺癌的共同表达基因，为研究肺癌的分子机制及肺癌的早期诊断和治疗提供线索。方法：用含4096个基因的人基因表达谱芯片研究肺鳞癌、肺腺癌及肺炎性假瘤的基因表达谱。结果：肺鳞癌差异表达基因591个，其中筛选出在肺炎性假瘤中没有差异表达的基因476个，上调的有293个，下调的有183个；肺腺癌差异表达基因524个，其中在肺炎性假瘤中没有差异表达的基因460个，上调的有214个，下调有246个；有113个基因在肺鳞癌与肺腺癌中均出现差异表达。结论：肺鳞癌、肺腺癌存在不同的基因表达谱，筛选出的特异表达基因和共同表达基因为进一步研究肺癌的发生、发展和肺鳞癌与肺腺癌的分子特征提供了重要线索。     

基因芯片在筛选食管鳞癌相关基因中的应用

目的研究人食管鳞状细胞癌与癌旁正常组织的基因表达谱,通过对比基因表达的差异,寻找与人食管鳞癌发展相关的基因。方法提取人食管鳞癌与正常食管鳞状上皮的mRNA,逆转录成cDNA,并用Cy3-dUTP标记正常食管组织,用Cy5-dUTP标记食管鳞癌组织,制成探针,与基因芯片进行杂交,经扫描仪扫描后,对获取的信号数据进行软件分析、对比。筛选出差异表达的基因。结果在4例新鲜标本的芯片杂交检测中,共发现4329条基因发生差异表达,其中2293条上调,2036条下调,将这些基因按GO（gene ontology）分子功能（function term）进行分类,发现与细胞分化、成熟,分子定位、连接,信号传导,酶活性调节,以及基因转录、翻译调节有关的基因最多。结论①食管鳞癌的发生发展与多条基因的异常表达有关。②应用基因芯片技术可以对食管鳞癌的基因表达谱进行分析,以筛选食管鳞癌相关基因。     

基因表达谱芯片检测肺鳞癌与正常肺组织差异表达的基因

目的：用基因芯片技术探讨肺鳞癌异常基因的表达。方法：提取肺鳞癌组织及正常肺组织的RNA,分别用Cy5-dCTP或Cy3-dCTP标记,再与4096点基因芯片杂交,筛选肺鳞癌组织和正常肺组织表达差异的基因。结果：肺鳞癌组织与正常肺组织表达差异基因225条,其中癌组织中上调基因为116条．下调基因109条;差异极显著性基因37条,表达上调24条,下调13条。结论：多基因参与肺鳞癌发病,基因芯片技术是肺癌基因筛选的有效方法。     

CDX2基因过表达促进胃癌细胞凋亡的分子机理研究

目的:利用基因表达谱芯片技术筛选CDX2高表达的胃癌MGC803/CDX2细胞和对照组MGC803/EV细胞中差异表达的基因,探讨CDX2高表达促进胃癌细胞凋亡的分子机理.方法:Trizol一步法提取高表达CDX2的MGC803/CDX2细胞和对照组MGC803/EV细胞的总RNA,并纯化mRNA,反转录合成荧光分子(Cy3/Cy5)标记的cDNA探针,与22 k基因表达谱芯片进行杂交;采用LuxScan 3.0图像分析软件对芯片图像进行分析,把图像信号转化为数字信号,最后以差异为>2倍或<0.5倍的标准来确定差异表达基因.结果:在23 238个基因中筛选出与细胞凋亡有关的差异性表达基因15条,其中8条基因表达上调和7条基因表达下调.结论:CDX2基因过表达促进胃癌细胞凋亡可能与这15条差异表达基因关系密切.     

用激光捕获显微切割联合蛋白质芯片筛选肺鳞癌和腺癌组织差异蛋白

目的 应用激光捕获显微切割(LCM)联合表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)蛋白质芯片及支持向量机(SVM)方法筛选肺鳞癌和腺癌差异表达蛋白质,探讨二者在蛋白水平的差异,为筛选肺癌分型标志物提供依据.方法 将6例新鲜肺鳞癌及7例腺癌组织标本用LCM选择性获取1.4×105个同质鳞癌细胞和1.2×105个同质腺癌细胞.经PBS Ⅱ+型SELDI-TOF-MS分析仪(IMAC芯片)分析鳞癌及腺癌细胞蛋白质表达谱,比对差异峰;应用SVM筛选并验证候选标志蛋白的判别效能.结果 比较鳞癌和腺癌细胞的SELDI谱图,共筛选出87个蛋白峰.将差异最明显的10个蛋白峰作为候选标志蛋白.与腺癌相比,4种蛋白(相对分子质量分别为2505、4004、4847及11 412)在鳞癌中呈高表达;与鳞癌相比,6种蛋白(相对分子质量分别为3333、3592、3848、5036、5191及5211)在腺癌中呈高表达.其中相对分子质量为4847的蛋白在鳞癌和腺癌中表达差异有统计学意义.用SVM建立分类预测模型并评价各模型效能,筛选出一个由3种蛋白质(相对分子质量分别为4847、11 412和3592)组成的分型标志蛋白组合模式,其敏感度和特异度均为100%.结论 肺鳞癌和腺癌在蛋白水平存在差异;LCM联合SELDI蛋白质芯片技术有可能筛选出敏感性高、特异性强的肺癌分型标志蛋白组合模式.     

脑胶质瘤相关新基因的聚类分析在其分子病理学分类中的意义

目的 探讨人脑胶质瘤发生发展中相关基因的表达及功能,初步建立基于基因表达谱的胶质瘤分子病理学分类方法。方法 用含13939种人类基因的BioStarH140S型表达谱芯片,以正常脑组织及胶质瘤组织总RNA制备的探针杂交芯片;ScanArray 4000扫描芯片,提取正常脑组织及胶质瘤组织差异基因并行生物信息分析,对部分新基因行Northern杂交、原位杂交等功能研究;Hierarchical聚类对差异基因进行特征提取,进行初步胶质瘤分子病理分类。结果 在正常脑组织与18例不同级别胶质瘤组织中筛选出1200条(8.61％)差异基因,其中395条(2．83％)基因尚未登录GeneBank,胶质组织瘤中348条基因表达上调,852条下调,信息分析与细胞信号传导等多类基因密切相关;Northern、原位杂交显示新基因与胶质瘤密切相关;聚类发现微管相关蛋白、黏附素超家族蛋白、细胞外基质相关基因等与分子分型相关,基于基因表达谱的分子病理分类与依据细胞形态的病理学分类基本一致,且更能反映胶质瘤发生发展的内在本质。结论 胶质瘤发生发展存在多类基因表达改变,表达谱芯片对胶质瘤分类具有特异性高、重复性好、样本量少的特点,基因表达谱及相关新基因的发现和分子病理学分类有助于阐明胶质瘤分子病理学机制。     

食管鳞癌患者癌及癌旁组织差异基因表达

目的:探讨食管鳞癌组织差异基因表达.方法:分别取3例无食管鳞癌家族史患者的癌及癌旁组织(I组)和6例有食管鳞癌家族史患者的癌及癌旁组织(Ⅱ组)等量混合,抽提RNA,将RNA逆转录合成相应cDNA,以Cy5和Cy3标记cDNA作为探针,在含有14 000点人类基因组芯片(BiostarH-140s)上进行杂交.用scan...     

人肺癌组织中C-Ha-ras,C-myc和C-sis基因扩增的研究

用同位素α－P32dCTP标记癌基因C－Ha－ras，c－myc和V－sis基因片段，通过点杂交和Southern杂交法检测17例鳞癌、9例腺癌、3例其它类型肺癌组织和9例非肺癌组织中C－Ha－ras，C－myc和C－sis基因扩增的情况。结果发现：在所检测的29例肺癌样品中，10例（58．8％）鳞癌，3例腺癌（33．3％）和2例其它类型癌有C－Ha－ras基因扩增，4例（23．5％）鳞癌，3例（33．3％）腺癌出现C－myc基因扩增，4例（23．5％）鳞癌，1例（11．1％）腺癌和1例其它类型癌有C－sis基因扩增。同时我们也发现有5例肺癌组织（4例鳞癌和11例腺癌）出现两种癌基因的扩增。上述结果提示：C－Ha－ras，C－myc和C－sis基因的扩增与肺癌的发生有密切关系，特别是C－Ha－ras基因扩增在肺鳞癌的形成过程中可能起着重要作用。同时也提示：肺癌的发生与两件癌基因的扩增可能有一定关系。     

应用BiostarH-Ⅰ型基因芯片筛选肺鳞癌中细胞信号传导及免疫相关基因

目的利用基因芯片技术,寻找人类肺鳞癌组织和正常肺组织中与生物信号传导或免疫反应有关的差异表达基因。方法提取肺鳞癌和正常肺组织总RNA,反转录合成cDNA探针,混合后与BiostarH-Ⅰ型基因芯片杂交,ScanArray 4000扫描仪扫描杂交信号,计算机分析差异表达基因。结果筛选出差异表达的已知基因8条,其中5条表达上调(r>2.0),分别为METAP2、LIV-1、CUL2、CSE1L、RBBP2H1A;3条表达下调(r<0.5),分别为CX3CL1、HBB、CKB。结论利用基因芯片技术实现高通量筛选肺癌发病相关基因,发现8条在肺鳞癌中与细胞信号传导或免疫反应有关的差异表达基因,为今后更深入的研究指明了方向。     

CpG-寡核苷酸对免疫细胞基因表达的影响

目的:研究CpG-寡核苷酸(CpG-ODN)对免疫细胞基因表达的影响.方法:用Cy3和Cy5两种荧光分子通过逆转录反应将CpG-ODN刺激前后的单核-巨噬细胞系RAW264.7细胞的mRNA分别标记成探针,混合后与小鼠基因表达谱芯片杂交,通过扫描、计算机分析,寻找经CpG-ODN刺激后差异表达的基因.结果:CpG-ODN刺激RAW264.7细胞6 h后,2次芯片杂交筛选出重复差异表达的基因119条,其中74条上调,45条下调;这些基因涉及细胞周期、免疫调控、脂肪代谢、泡沫细胞形成、信号转导等过程.结论:CpG-ODN可广泛调控巨噬细胞内多种基因的表达,对相关基因群的进一步研究有助于深入了解CpG-ODN的作用机制.     

浸润性肺腺癌组织上调表达基因的筛选及验证

目的筛选及验证浸润性肺腺癌组织上调表达基因,寻找肺腺癌诊断和预后评估的新型分子标记物。方法收集经手术病理证实的浸润性肺腺癌患者6例,制作癌组织及相应癌旁组织基因表达谱芯片,进一步通过Geneontology、Pathway分析、标记物预测分析和基因网络关系分析方法对芯片数据进行处理,结合TheLungCancer数据库检索与肺癌发生相关的mRNA信息,筛选出浸润性肺腺癌组织上调表达基因。另收集经手术病理证实的浸润性肺腺癌患者97例,抽提癌组织及相应癌旁组织RNA,逆转录,设计芯片筛选出的上调表达目的基因引物,实时荧光定量PCR技术（qPCR）扩增目的基因,以PUM1为内参基因,获得各样本组织ΔCt值,与癌旁组织对比,分析103例癌组织目的基因表达情况。结果基因芯片数据结合数据库,初步筛选出浸润性肺腺癌组织14个上调表达基因,分别为SPINK1、ITGA11、TOX3、SPP1、MCM10、MMP12、COL11A1、SIX1、FOXA1、CLIC6、TMEM45B、GDF15、CEACAM1、ESR1。qPCR验证结果表明,与相应癌旁组织相比,SPINK1mRNA、TOX3mRNA、MMP12mRNA、CLIC6mRNA、TMEM45BmRNA在浸润性肺腺癌组织上调表达,差异均有统计学意义（P＜0.05或0.01）,而ITGA11mRNA、SPP1mRNA、MCM10mRNA、COL11A1mRNA、SIX1mRNA、FOXA1mRNA、GDF15mRNA、CEACAM1mRNA、ESR1mRNA在肺腺癌组织表达未见上调,差异均无统计学意义（均P＞0.05）。结论本研究成功筛选及验证SPINK1、TOX3、MMP12、CLIC6、TMEM45BmRNA水平在浸润性肺腺癌组织上调表达,提示可作为肺腺癌诊断和预后评估的新型分子标记物。     

CD15和CEA在非小细胞性肺癌组织中的表达及其意义

目的 观察CD15和CEA在非小细胞性肺癌中的表达情况，探讨它们在肺癌的发展、转移、病理分型和预后判断中的作用。方法 应用鼠抗CD15单抗和鼠抗CEA单抗，SP免疫组织化学染色法，对58例肺癌组织、10例癌旁肺组织及10例远端肺组织进行检测。结果 58例肺癌组织中39例(67．2％)CD15呈阳性表达。42例(72．4％)CEA呈阳性表达。20例肺组织中CD15和CEA均无表达。CD15在腺癌、鳞癌中的阳性表达分别为29例(96．7％)、10例(35．7％)。CEA在腺癌和鳞癌中的阳性表达分别为30例(100％)、12例(42．9％)。结论 CD15和CEA在肺癌中均有较高的阳性表达率，尤其在腺癌。CD15及CEA与肺癌的发展、转移及预后密切相关。CD15和CEA组合检测亦是鉴别肺腺癌和鳞癌的良好标志物。     

基因芯片技术筛选大鼠ARDS差异表达基因的研究

目的 用全基因表达谱芯片技术筛选大鼠急性呼吸窘迫综合征(ARDS)的差异表达基因并对其进行分析,以进一步阐明ARDS发病的分子机制.方法 分别从正常和ARDS大鼠肺组织中提取总RNA,分离纯化mRNA,经逆转录合成掺入生物素标记的cDNA探针,然后与基因芯片(涵盖27044转录本,代表22012个基因)杂交,扫描芯片荧光信号图像,用Sam3.0进行统计处理,用博奥生物分子功能注释系统V4.0进行功能分析.随机选择3个差异表达基因,用荧光定量KT-PCR.验证.结果 芯片检测结果显示,在ARDS大鼠肺组织中,表达上调1.5倍以上的基因有73个,下调1.5倍以上的基因有298个.其中,代谢相关基因上调的有1个,下调的有34个;免疫相关基因上调的有3个,下调的有7个;信号传导相关基因上调的有2个,下调的有9个;神经相关的基因上调的有3个,下调的有3个.结论 全基因表达谱芯片技术是筛选AR.DS差异表达基因的有效方法,用该法筛选出一些差异表达基因,为初步阐明ARDS的发病机制奠定了基础.     

肺癌组织中FHIT基因异常表达的研究

目的 检测肺癌组织中ＦＨＴ基因的异常表达。方法 收集手术切除２１例肺鳞癌、１０例肺腺癌及对应的正常肺组织标本,应用逆转录巢式聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）及ＤＮＡ测序技术检测ＦＨＴ基因的表达情况。结果 ３１例正常肺组织中均有ＦＨＩＴ基因的完整表达,１５例（４８％）肺癌标本中存在ＦＨＩＴ基因缺失;肺鳞癌中缺失率为５７％（１２／２１）,肺腺癌中缺失率为３３％）３／１０）。经测序证实,ＦＨＩＴ基因ｍＲＮＡ     

SAC复合体相关基因TTK和MAD2L1基因在肺腺癌中过表达：基于大数据的生物信息学分析

目的 通过大数据筛选与肺腺癌预后相关的关键基因并探讨其临床价值和潜在机制。方法 基于基因表达综合数据库（GEO）中获得的GSE18842,GSE27262以及GSE33532基因表达谱进行数据分析;生物信息学方法筛选肿瘤组织和正常肺组织的差异表达基因,对其进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）和基因本体论（GO）富集分析后进行蛋白质-蛋白质相互作用网络（PPI）、模组、表达差异和预后分析和筛选。35例非小细胞肺癌标本和35例配对的癌旁正常组织,共70例组织标本分为肿瘤组和正常组对MAD2L1和TTK的表达进行了免疫组化验证。结果 共有256个基因的表达谱数据有统计学差异（P<0.05）,包括66个上调基因,190个下调基因。进行功能分析后筛选出 32 个上调基因。32个基因中的29与肺腺癌预后显著相关。相较与正常肺组织,所有29个基因均在肺腺癌组织中高表达并主要富集在细胞周期通路。其中7个关键基因与纺锤体组装检查点（SAC）复合体紧密相关,负责调控细胞G2/M期行为。我们选择了SAC相关基因TTK和MAD2L1,在肺腺癌患者组织标本中观察到了TTK和MAD2L1相较与癌旁正常肺组织的过表达。结论 以TTK和MAD2L1为代表的7个SAC复合体相关基因在肺腺癌患者中存在过表达,且其过表达与预后相关。     

喉鳞癌组织与相邻正常黏膜的基因表达谱差异

目的:研究喉鳞癌组织与相邻正常黏膜的基因表达谱差异。方法:对2例经病理证实的喉鳞状细胞癌标本和邻近的正常黏膜组织标本与基因表达谱芯片进行杂交,利用激光共聚焦荧光检测系统扫描芯片杂交信号,获得样品中基因序列及表达信息。结果:对比2例喉癌和邻近正常组织的基因表达图谱,发现癌组织和正常组织存在差异表达,2例标本重复出现且差异表达的基因共74个,其中喉癌组织表达上调的基因(R 5)27个,表达下调的基因(0相似文献   

应用寡核苷酸芯片鉴别肺鳞癌Ⅰb期特异相关基因

目的建立Ⅰb和Ⅲa期肺鳞癌的基因表达谱并筛选肺鳞癌Ⅰb期特异相关基因。方法收集肺正常、临床Ⅰb和Ⅲa期肺鳞癌组织,分别组成样品池,提取其总RNA并制备cDNA,合成生物素标记的cRNA探针,与人U133A寡核苷酸基因芯片进行杂交,以MSV5．0软件对其结果进行分析处理,在Affymetrix数据库进行信息查询,并以逆转录-聚合酶链反应（RT—PCR）验证芯片检测结果。结果按照多组平行比较的原则进行共筛选,以信号值对数比（signal log ratio,SLR）均大于1为筛选标准,肺鳞癌差异表达基因：Ⅰb期共计1764个,其中上调571个,下调1193个;Ⅲa期共计554个,上调128个,下调426个。相对于Ⅲa期基因表达谱,Ⅰb期特异的差异表达基因共有1329个,其中上调482个,下调847个,对其进行生物学功能分类,其中代谢相关480个,信号转导227个,细胞增殖136个,免疫相关136个,细胞黏附94个,转录调控88个,细胞周期86个,细胞骨架73个,细胞分化45个,细胞凋亡42个,胞外基质31个。FOXM1和TNXB基因的RT—PCR检测结果与基因芯片检测结果一致。结论在全基因组范围内建立了Ⅰb和Ⅲa期肺鳞癌的基因表达谱并筛选了肺鳞癌Ⅰb期特异相关基因,为进一步的癌变机制研究和鉴定肺鳞癌早期诊断分子标记物奠定了基础。     

应用基因芯片研究环孢素对大鼠肝脏基因表达的影响

目的研究环孢素对大鼠肝脏基因表达谱的影响。方法大鼠予以环孢素灌胃1次,摘取肝脏提取总RNA。用Cy3和Cy5 两种荧光物质分别标记阴性对照组和环孢素组肝组织cDNA,制备成探针与表达谱芯片进行杂交,获得的荧光信号图象用计算机扫描后进行数据分析,计算每点的Cy5和Cy3信号强度比值。结果在被检测的4096个基因中,环孢素组差异表达基因50个,占芯片基因总数 1．22％,其中表达上调的基因17个,表达下调的基因33个。结论环孢素的免疫抑制、抗肿瘤作用以及与其他药物的相互作用可能与一系列代谢相关基因的表达变化有关。