云南省鹤庆县2017年分离鼠疫菌分子溯源

目的 了解2017年云南省鹤庆县新分离的鼠疫菌的基因分型,为该地的鼠疫防控提供科学依据。方法 采用差异片段（DFR）、规律成簇的间隔短回文重复序列（CRISPRs）和多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）3种方法对10株鹤庆县新分离鼠疫菌进行分型,并将10株鼠疫菌及邻近疫源地鼠疫菌株93株纳入聚类分析。结果 鹤庆鼠疫菌株与丽江鼠疫疫源地菌株具有相同的DFR型（Genomovar 05型）及CRISPRs型（Ca7簇,22型）,在MLVA聚类分析中,鹤庆鼠疫菌株与丽江野鼠鼠疫菌株位于同一个簇,两者之间仅有2个位点（N2117,M23）的差异。结论 2017年云南省鹤庆鼠疫菌株与丽江野鼠鼠疫疫源地菌株具有很高的同源性,鹤庆县疫情可能是丽江鼠疫进一步向南扩散的结果。     

野生型鼠疫噬菌体YP060的分离和生物学特性鉴定

目的 从鼠疫疫源地鼠巢中分离1株野生型鼠疫噬菌体(YP060)并分析其生物学特性。方法 采用双层琼脂平皿法从云南省鼠疫疫源地鼠巢中分离鼠疫噬菌体;描述其形态特征;了解裂解能力、宿主谱、最佳感染复数、一步生长特性;分析不同温度和pH值、紫外线、氯仿对噬菌体的敏感性。结果 YP060形态呈蝌蚪形,头部为正多面体结构,带有一伸缩的尾鞘;对鼠疫疫苗株EV76的最佳感染复数为0.1;潜伏期为50 min,暴发期为80 min;宿主谱评价显示,YP060仅裂解鼠疫疫苗株;YP060在30~50℃具有较强的热稳定性;pH值5~10范围内均有较强的裂解活性;对紫外线比较敏感;对氯仿不敏感,5%浓度的氯仿对其活性基本没有影响。结论 本研究为国内首次从鼠疫疫源地鼠巢中分离到鼠疫噬菌体YP060,该噬菌体具有窄宿主谱和较强的生物学裂解特性。     

剑川野鼠鼠疫疫源地鼠疫噬菌体的分离及其流行病学意义

目的 调查剑川野鼠鼠疫疫源地宿主动物中是否携带鼠疫噬菌体,并探讨其流行病学意义。方法 2017年1-6月采集剑川野鼠鼠疫疫源地4个曾流行过鼠疫乡镇6个自然村的鼠类标本,以鼠疫疫苗株EV76为饲养菌,采用双层平板法分离鼠疫噬菌体,并对分离结果进行流行病学分析,同时挑取部分噬菌体进行电镜扫描。结果 共获得641份标本（齐氏姬鼠334只,大绒鼠236只,其余71只）,分离到9株鼠疫噬菌体,总分离率1.40%;有4个疫点（白山母村、石龙村、新松村、大庆村）分离到了鼠疫噬菌体,另外2个点（长乐村、西门社区）未分到鼠疫噬菌体;9株鼠疫噬菌体中,8株分离自齐氏姬鼠,1株自大绒鼠;初次分离这些鼠疫噬菌体时,其噬斑在双层平板上表现为大（直径~2.0 mm）、中（~1.0 mm）及小（<0.5 mm）3种噬斑;4株有代表性噬菌体皆为肌尾病毒科噬菌体。结论 剑川野鼠鼠疫疫源地中普遍存在鼠疫噬菌体,齐氏姬鼠是主要的携带宿主,所分鼠疫噬菌体为肌尾病毒科噬菌体且具有多态性,值得进一步研究。     

云南省家鼠疫源地鼠疫耶尔森氏菌分子流行病学特征研究北大核心CSCD

目的探讨云南家鼠疫源地鼠疫菌在云南鼠疫菌遗传进化上所处的位置,及其种群流行演化规律。方法按照不同地点、时间及分离源随机选取186株家鼠疫源地鼠疫菌,采用差异区段(DFR)、规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPRs)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)3种方法进行分子分型分析;以DFR+CRISPRs双重方法聚类分析划分基因簇,以MLVA26对基因簇再次聚类分析划分亚簇。结果 186株家鼠疫源地鼠疫菌中的184株聚为一个簇(家鼠鼠疫簇),其余2株为独立株;近史流行期、复燃流行期和2016年疫情分离株分别处于不同的亚簇,它们之间的位点差异至少有5个;复燃流行期菌株共有5个亚簇和6个独立株,其中2个亚簇为主要的基因亚簇,即滇西亚簇和滇西南-滇东-广西-贵州亚簇,它们之间有4个位点差异。结论家鼠鼠疫菌是云南鼠疫菌中最晚出现的菌株,近史流行期菌株与复燃流行期菌株菌株存在较大差异,而复燃流行期的鼠疫流行是复燃和扩散并存的结果。     

云南省家鼠疫源地鼠疫耶尔森氏菌分子流行病学特征研究北大核心CSCD

目的探讨云南家鼠疫源地鼠疫菌在云南鼠疫菌遗传进化上所处的位置,及其种群流行演化规律。方法按照不同地点、时间及分离源随机选取186株家鼠疫源地鼠疫菌,采用差异区段(DFR)、规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPRs)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)3种方法进行分子分型分析;以DFR+CRISPRs双重方法聚类分析划分基因簇,以MLVA26对基因簇再次聚类分析划分亚簇。结果 186株家鼠疫源地鼠疫菌中的184株聚为一个簇(家鼠鼠疫簇),其余2株为独立株;近史流行期、复燃流行期和2016年疫情分离株分别处于不同的亚簇,它们之间的位点差异至少有5个;复燃流行期菌株共有5个亚簇和6个独立株,其中2个亚簇为主要的基因亚簇,即滇西亚簇和滇西南-滇东-广西-贵州亚簇,它们之间有4个位点差异。结论家鼠鼠疫菌是云南鼠疫菌中最晚出现的菌株,近史流行期菌株与复燃流行期菌株菌株存在较大差异,而复燃流行期的鼠疫流行是复燃和扩散并存的结果。     

云南省剑川县鼠疫疫源地分离菌株基因组多态性

目的 阐明云南剑川野鼠疫源地鼠疫菌种群的演化及其与云南省其他疫源地菌株之间的遗传进化关系。方法 按不同时间、不同疫点、不同分离源,随机选取24株剑川分离鼠疫菌进行研究;采用差异区段(DFR)、规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPRs)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)进行基因组多态性分析;以DFR+CRISPRs聚类分析划分簇,再以MLVA26对簇进行聚类分析。结果 24株剑川菌株中,20株菌聚为一个簇(剑川野鼠鼠疫簇);2017年疫情分离3株菌位于丽江野鼠鼠疫簇,与丽江菌株(2017LZ)存在2个位点的差异(N2577,M23);剩余1株为一个独立株;50年代菌株与其邻近的80年代菌株间位点差异未超过3。结论 剑川原野鼠疫源地的发现时间可往前推至上世纪50年代,同时疫情还波及过家鼠和人群;剑川县境内存在2种类型的野鼠疫源地,其鼠疫防控具有复杂性,应继续加强鼠间鼠疫的动态监测。     

云南省家鼠疫源地鼠疫耶尔森氏菌分子流行病学特征研究北大核心CSCD

目的探讨云南家鼠疫源地鼠疫菌在云南鼠疫菌遗传进化上所处的位置,及其种群流行演化规律。方法按照不同地点、时间及分离源随机选取186株家鼠疫源地鼠疫菌,采用差异区段(DFR)、规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPRs)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)3种方法进行分子分型分析;以DFR+CRISPRs双重方法聚类分析划分基因簇,以MLVA26对基因簇再次聚类分析划分亚簇。结果 186株家鼠疫源地鼠疫菌中的184株聚为一个簇(家鼠鼠疫簇),其余2株为独立株;近史流行期、复燃流行期和2016年疫情分离株分别处于不同的亚簇,它们之间的位点差异至少有5个;复燃流行期菌株共有5个亚簇和6个独立株,其中2个亚簇为主要的基因亚簇,即滇西亚簇和滇西南-滇东-广西-贵州亚簇,它们之间有4个位点差异。结论家鼠鼠疫菌是云南鼠疫菌中最晚出现的菌株,近史流行期菌株与复燃流行期菌株菌株存在较大差异,而复燃流行期的鼠疫流行是复燃和扩散并存的结果。     

丽江市动物感染致病耶尔森菌调查及其病原学研究

目的调查丽江部分地区鼠和犬感染致病耶尔森菌情况,了解其病原学特征,为该地耶尔森菌病的防治提供依据。方法在丽江古城区和玉龙县的19个自然村51个点采集野鼠结盲肠标本1 220份,犬肛门拭子标本531份,对其进行致病耶尔森菌的分离培养、生化鉴定以及相关毒力基因检测。结果 foxA基因93份,耶尔森菌初筛总阳性率5.31%;假结核耶尔森菌及鼠疫耶尔森菌检测均阴性。生化鉴定阳性菌株35份,阳性率为2.17%。生物血清型1A/O:9型6株,1A/血清未定型24株,非1A/血清未定型2株,3/O:3型2株,1A/O:3型1株。毒力基因检测分为3种型别,其中ail~-、ystA~-、ystB~+、yadA~-、virF~-、rbfc~- 4株,ail~+、ystA~+、ystB~-、yadA~+、virF~+、rbfc~+ 2株,ail~-、ystA~-、ystB~-、yadA~-、virF~-、rbfc~- 29株。结论丽江市玉龙县和古城区鼠、犬存在小肠结肠炎耶尔森菌感染,分离菌包含3个生物型和3种血清型及3种毒力基因型。未检出假结核耶尔森菌及鼠疫耶尔森菌。可为当地防治提供参考。