我国新发现的鼠疫自然疫源地鼠疫菌基因组序列测定及分析

目的 测定和分析我国新发现的鼠疫自然疫源地鼠疫菌株（耶尔森菌）的全基因组序列,探讨玉龙疫情菌株(D106004)与邻近两个疫源地剑川菌株(D182038)和西藏菌株(Z176003)的亲缘关系。方法 采用全基因鸟枪法及Solexa方法对3株鼠疫菌株进行全基因组测序,并进行比较基因组学分析。基因组间编码序列比较分析采用BLAST软件进行,基因组间重排分析采用MAUVE软件进行。结果 鼠疫菌株D106004、D 182038、Z176003均具有1个染色体和3个质粒,菌株间染色体、质粒特征基本相似;3株菌株间编码序列的蛋白相邻类的聚簇(COG)功能分类及插入序列数目比较差异无统计学意义(x2值分别为3.03、0.257,P均＞0.05)。菌株间编码序列、单核苷酸多态性(SNPs)和基因组重排结果显示,在3株菌株中,有2882个基因具有100％的同源性。其中D106004菌株预测的3636个基因中与D182038菌株一致的基因有2994个,90％以上相似的基因有240个;与Z176003菌株一致的基因有3113个,90％以上相似的基因有200个;D106004菌株与Z176003、D182038菌株的同义SNPs数为59、68个,非同义SNPs数为104、203个;D106004与Z176003菌株之间可分为11个重排片段,较之D106004与D182038菌株之间的16个重排片段数目明显减少。结论 3株鼠疫菌株基因之间具有高度同源性,D106004与Z176003菌株之间的亲缘关系较之与D182038菌株更为接近,玉龙疫源地菌株可能是由西藏疫源地菌株进化而来。     

野生型鼠疫噬菌体YP060的分离和生物学特性鉴定

目的 从鼠疫疫源地鼠巢中分离1株野生型鼠疫噬菌体(YP060)并分析其生物学特性。方法 采用双层琼脂平皿法从云南省鼠疫疫源地鼠巢中分离鼠疫噬菌体;描述其形态特征;了解裂解能力、宿主谱、最佳感染复数、一步生长特性;分析不同温度和pH值、紫外线、氯仿对噬菌体的敏感性。结果 YP060形态呈蝌蚪形,头部为正多面体结构,带有一伸缩的尾鞘;对鼠疫疫苗株EV76的最佳感染复数为0.1;潜伏期为50 min,暴发期为80 min;宿主谱评价显示,YP060仅裂解鼠疫疫苗株;YP060在30~50℃具有较强的热稳定性;pH值5~10范围内均有较强的裂解活性;对紫外线比较敏感;对氯仿不敏感,5%浓度的氯仿对其活性基本没有影响。结论 本研究为国内首次从鼠疫疫源地鼠巢中分离到鼠疫噬菌体YP060,该噬菌体具有窄宿主谱和较强的生物学裂解特性。     

鼠疫耶尔森氏菌 YopD 抗原基因在大肠杆菌中的克隆表达

目的：利用 DNA 重组技术,在大肠杆菌中获得融合表达的鼠疫耶尔森氏菌 YopD 抗原基因。方法根据查找文献及基因比对选取了鼠疫菌重要功能蛋白-YopD 蛋白。利用分子克隆技术克隆后,在原核系统中进行表达。根据云南玉龙菌株（D106004）全基因组序列设计引物,PCR 扩增目的基因片段。采用 pET-32a（＋）作为表达载体,通过双酶切和连接反应,将目的基因片段定向插入载体中,构建重组表达质粒。IPTG 诱导,使重组质粒在其宿主菌 E ．coli BL21（DE3）中表达。结果在大肠杆菌中成功获得了融合表达蛋白,即重组 YopD 蛋白。结论以质粒 pET-32a（＋）作为表达载体,鼠疫菌重要功能蛋白 YopD 能够在大肠杆菌 E ．coli BL21（DE3）中稳定高效地表达,为鼠疫潜在诊断靶点及新型疫苗选择的可能性奠定了基础。     

从土壤样本中分离鼠疫噬菌体方法的建立

目的建立由土壤环境中分离鼠疫噬菌体的方法。方法采用点滴法和双层琼脂平皿法分离模拟土壤中的鼠疫噬菌体。结果分别加入5、50、500、1 000μl鼠疫噬菌体的模拟土壤样本,通过点滴法分离噬菌体结果显示,过滤液在稀释前均出现明显的噬菌斑,高压灭菌的模拟土壤样本中鼠疫噬菌体的最小检出量为30 PFU噬菌体颗粒;通过双层琼脂平皿法检测模拟土样中鼠疫噬菌体的结果显示,4个模拟土壤样本在双层琼脂平皿上均出现明显的噬菌斑,且不同浓度模拟土壤样本过滤前后鼠疫噬菌体的效价都会降低两个数量级以上。结论采集的环境样本中野生型鼠疫噬菌体含量很少时,可通过富集提高鼠疫噬菌体的分离率。双层琼脂平板法检测鼠疫噬菌体,既能检测出噬菌体,又能较准确地测定其效价。     

儿童行为问题的元分析

目的:总结近15年国内关于儿童行为问题的流行病学的调查研究结果。方法:对1993—2006年公开发表的67篇关于儿童行为问题发生率的性别差异、城乡差异、地区差异的研究结果进行元分析。结果:儿童行为问题在性别方面存在显著性差异,即男生更易出现行为问题(P<0.01);在城乡之间存在显著性差异(P<0.01);在不同地区间也存在显著性差异(P<0.01)。结论:不同性别、不同地区的儿童存在着不同程度的行为问题。     

鼠疫菌基因组与脉冲场电泳图型

目的利用PFGE图形来了解鼠疫菌基因组重排现象。方法PFGE分析并与全基因组序列进行比较。结杲计算PFGE各条带大小可初步判断鼠疫菌基因组序列重排结构。结论利用PFGE图型来判断鼠疫菌基因组序列重排结构,可以大大节约测序所需花费的成本。     

鼠疫耶尔森菌rRNA基因识别特征研究

目的 分析鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的rRNA基因识别特征.方法 通过比较基因组学方法,利用Clustal W软件,对目前已完成全基因组测序的9株鼠疫菌的rRNA基因序列进行分析,分别比对rRNA基因簇两侧的2000bp序列、基因簇内16S、23S、5S rRNA及16S～23S基因间隔区序列,以确定鼠疫菌rRNA基因的识别特征.结果 菌株D182038、D106004、Z176003和CO92分别有6个rRNA基因簇拷贝(6拷贝菌株),菌株91001、KIM、Nepa1516、Antiqua和Pestoides F分别有7个rRNA基因簇拷贝(7拷贝菌株).按照两侧2000bp序列不同,可将鼠疫菌rRNA基因簇分成13种类型,并可将6拷贝与7拷贝菌株进行区分;16S～23S rRNA基因间隔区含有4种不同种类和数量的tRNA基因,可将6拷贝菌株和7拷贝菌株分别进行区分;23S rRNA基因在不同菌株间及不同rRNA拷贝间的碱基突变数方差分析显示,各菌株间F=0.548,P=0.815>0.05;各拷贝间F=5.228,P<0.01.结论 鼠疫菌rRNA基因簇两侧序列、间隔区tRNA基因和23S rRNA基因可作为识别不同菌株和不同rRNA基因簇拷贝的指标,将鼠疫菌不同菌株进行分类.

Abstract：

Objective To study the identification characteristics of rRNA genes on Yersinia (Y.)pestis.Methods By means of comparative genomics,we compared the rRNA genome sequences of nine completely sequenced strains of Y. pestis isolated from China and other countries by Clustal W software.we also compared the 2000 bp sequence adjacent to the rRNA genes,rRNA genes and 16S-23S rRNA spacer region respectively to determine the identification features of rRNA genes for Y. pestis.Results There were 6 rRNA gene clusters in the strains of D182038,D106004,Z176003 and CO92 respectively(6 copies strain).There were 7 rRNA gene clusters in the strains of 91001,KIM,Nepa1516,Antiqua and Pestoides F(7 copies strain).According to the 2000 bp sequence,13 types of rRNA gene clusters could classify the strains between the 6 copies and 7 copies.There were 4 types of tRNA gene among the 16S-23S rRNA spacer region that could classify the strains among the 6 copies and 7 copies strains respectively.The number of point mutation among the 23S rRNA gene was statistically different in some copies under ANOVA analysis(F=0.548,P=0.815>0.05 among the strains and F=5.228,P<0.01 among the copies).Conclusion The 2000 bp sequence adjacent to the rRNA genes,tRNA gene and 23S rRNA gene sequence could serve as the identification sign of rRNA genes for classifing the strains of Y. pestis.     

儿童行为问题的元分析

目的：总结近15年国内关于儿童行为问题的流行病学的调查研究结果。方法：对1993--2006年公开发表的67篇关于儿童行为问题发生率的性别差异、城乡差异、地区差异的研究结果进行元分析。结果：儿童行为问题在性别方面存在显著性差异，即男生更易出现行为问题（P〈0．01）；在城乡之间存在显著性差异（P〈0．01）；在不同地区间也存在显著性差异（P〈0．01）。结论：不同性别、不同地区的儿童存在着不同程度的行为问题。     

张建伟教授应用知柏地黄丸加减治疗盗汗临证经验

肝肾阴虚证是盗汗最常见的证型之一,张建伟教授在长期临证实践的基础上,认为盗汗多为虚证,同时亦常兼肝火、湿热等实证。因此,在给予知柏地黄丸加减以补益肝肾,滋阴降火的基础上,予以疏肝泻火、清热利湿之药,则疗效更著。     

鼠疫菌基因组“默认编码序列”数据库的建立与初步研究

目的对8株鼠疫耶尔森菌全基因组间编码序列进行比对,寻找鼠疫菌中最普遍存在的编码序列,建立"默认编码序列"数据库。方法应用Blast软件、Perl编程及Excel软件等,对8株已测序全基因组编码序列进行比对和统计。结果建立了"默认编码序列"数据库,共有4271个编码序列。其中8株鼠疫菌核苷酸(氨基酸)完全一致的编码序列为1176个;对应的编码序列只存在1种"默认编码序列"的是2465个;存在2种"默认编码序列"的是630个。结论 "默认编码序列"数据库是鼠疫菌中最普遍存在的编码序列集合,为进一步深入研究鼠疫菌的遗传特征提供了可靠信息。