核苷酸切除修复通路基因多态性与肺癌易感性研究

目的研究显示核苷酸切除修复通路在去除吸烟引起的DNA损伤中发挥着重要的作用,旨在探讨核苷酸切除修复通路单核苷酸多态性与吸烟相关性肺癌易感性的关系。方法选取1010例肺癌患者和1011例正常对照。采用基于通路的候选基因选点策略,从核苷酸切除修复通路相关的8个核心基因中筛选出40个标签SNPs进行检测和分析。结果单个位点分析发现6个SNPs（ERCC1 2个,DDB2 2个,ERCC4／XPF 1个,XPC 1个）与肺癌的易感性相关。进一步采用Logistic回归模型,调整年龄、性别、吸烟史和肿瘤家族史后,仍有3个SNPs（ERCC1 rs3212948,DDB2 rs830083,ERCC4 rs3136038）与肺癌易感性存在统计学关联。等位基因联合分析结果进一步表明肺癌的发病风险随着风险等位基因个数的增加而增加,尤其是ERCC1,ERCC2,ERCC3,ERCC5,XPA和XPC。结论本研究结果提示核苷酸切除修复通路基因多态性可能与中国汉族人群的肺癌个体易感性有关,值得进一步进行功能学探讨及大样本人群验证.     

遗传风险评分的原理与方法

遗传风险评分用于评价遗传易感因素在风险预测模型中的效果。常用的遗传风险评分方法主要有5种:简单相加遗传风险评分,以OR值作为权重的遗传风险评分,直接基于logistic回归的遗传风险评分,多基因遗传风险评分,可释方差遗传风险评分。本文介绍这几种方法的计算模型、适用条件、优势及局限性。随着更多易感位点的引入,模型复杂性也随之增大,一些新方法已经开发出来以解决这一难题,但是其应用效果有待后续研究评估。     

基于全基因组关联研究的中国人群肺癌风险预测模型

目的 联合使用遗传因素和吸烟信息构建中国汉族人群的肺癌风险预测模型。方法 基于中国汉族人群全基因组关联研究(GWAS)数据,根据样本地区来源将样本分为训练集(南京与上海:1 473 名病例vs. 1 962 名对照)和测试集(北京与武汉:858 名病例vs. 1 115 名对照)。系统整理已报道肺癌易感位点,在训练集中用逐步后退法筛选具有独立效应的位点,并通过加权法估算个体遗传得分用于建模。在训练集中分别构建基于吸烟信息、遗传得分和联合使用吸烟与遗传信息的3 种风险预测模型(吸烟模型、遗传效应模型和联合模型),并根据受试者工作特征(ROC)曲线、曲线下面积(AUC)、净分类指数(NRI)和整体鉴别指数(IDI)评价模型对肺癌风险预测的效能。对于构建的模型,进一步在测试集中进行验证。结果 在训练集中,联合模型、吸烟模型和遗传效应模型AUC分别为0.69(0.67~0.71)、0.65(0.63~0.66)和0.60(0.59~0.62)。在训练集和测试集中联合模型的风险预测效能高于吸烟模型或遗传模型,差异有统计学意义(P<0.001)。重分类结果显示,联合模型与吸烟模型相比,在训练集中NRI 增加4.57%(2.23%~6.91%),IDI 增加3.11%(2.52%~3.69%)。在测试集中,NRI和IDI 分别增加2.77%和3.16%。结论 遗传得分可以显著提高肺癌传统风险模型的预测效能。联合使用遗传因素和吸烟信息构建的中国汉族人群肺癌风险预测模型可用于筛选中国汉族人群中肺癌发病的高危人群。     

吸烟和健康饮食评分在文化程度与肺癌发病风险关联中的中介效应研究

目的 探讨吸烟和健康饮食评分在文化程度与肺癌发病风险关联中的中介效应。方法 基于英国生物银行（UKB）前瞻性队列研究数据,剔除文化程度信息缺失及基线患有癌症的个体后,最终纳入446 772名研究对象。采用Cox比例风险回归模型估计文化程度与肺癌发病风险的关联以及吸烟和健康饮食评分与肺癌发病的关联,采用中介效应模型分析吸烟和健康饮食评分在文化程度和肺癌风险关联中的中介效应。结果 在7.13年的中位随访时间内,新发肺癌1 994例。受教育年数每增加一个标准差（5年）,肺癌风险降低12%（HR=0.88,95%CI：0.84~0.92）。根据UKB自我报告的最高学历转换为国际教育代码分类标准（ISCED）中对应的1~5级,级数越大代表文化程度越高。与ISCED-1者相比,ISCED-2、ISCED-3、ISCED-4和ISCED-5人群的肺癌发病HR值（95%CI）依次为0.83（0.72~0.94）、0.67（0.53~0.85）、0.76（0.65~0.89）和0.72（0.64~0.80）。文化程度与吸烟呈负相关（β=-0.079,95%CI：-0.081~-0.077）,与健康饮食评分呈正相关（β=0.042,95%CI：0.039~0.045）。中介效应分析显示,吸烟与健康饮食评分在文化程度与肺癌的关联中存在中介效应,中介比例分别为38.952%（95%CI：31.802%~51.659%）和1.784%（95%CI：0.405%~3.713%）。结论 吸烟和健康饮食评分可能介导文化程度对肺癌发病的影响,这表明提高文化程度可能通过改变吸烟和饮食等生活方式降低肺癌发病风险。     

全基因组关联性研究的基因型填补

目的 以肺癌全基因组关联性研究为例,介绍基因型填补的基本原理和过程.方法 利用MACH软件,基于1000Genome模板,以一号染色体体为例,对Affymatrix公司6.0芯片上的位点进行基因型填补.结果 填补后,一号染色体上共有531497个位点.结论 基因型填补可以恢复全基因组关联性研究中未基因分型或缺失的位点的信息.     

热休克蛋白27对内毒素血症所致心功能不全的保护作用

目的 探讨心肌特异性高表达热休克蛋白27(Hsp27)对内毒素血症所致心功能不全的影响,并初步探讨其机制.方法 所有实验均在南京医科大学第一附属医院老年医学科研究室和南京大学模式动物研究所完成.(1)心肌特异性高表达Hsp27转基因鼠(Hsp27Tg)基因型和表达鉴定:分别采用PCR法和western blot法;(2)心功能测定:HspZ7 Tg和野生型(WT)对照鼠均被腹腔注射内毒素(LPS,10 mg/kg),24 h后以超声心动图测定心功能,n=6/组;(3)死亡率:Hsp27Tg和WT鼠腹腔注射内毒素(LPS,20 mg/kg),密切监测70 h内的累积死亡率,n=37/WT,n=27/Hsp27Tg;(4)NF-kB活性测定:心肌组织样本采用凝胶迁移电泳法,细胞样本采用双报告基因法,n=4/组;(5)多组间的两两比较采用ANOVA和Seheffe检验,生存曲线分析采用log-rank检验,P＜0.05设为相差显著性界值.结果 (1)Hsp27 Tg小鼠心肌有丰富的Hsp27表达,WT则没有;(2)LPS使WT和Hsp27 Tg鼠心功能均显著下降,但与WT比较,Hsp27 Tg的心功能显著改善(P＜0.01或P＜0.05),其中EF增加27.3%.FS增加37.1%;(3)至LPS注射后70 h,WT和Hsp27Tg小鼠死亡率分别为37.84%和11.11%,与WT鼠比较,Hsp27TG生存率显著提高(P＜0.05);(4)Hsp27显著抑制LPS诱导的NF-kB激活(P＜0.01或P＜0.05).结论 Hsp27心肌特异性高表达显著抑制内毒素血症所致的心功能不全,改善生存率,其机制可能与Hsp27下调LPS诱导的NF-kB激活有关.     

中国人群冠心病相关基因的精细定位研究

目的：全基因组关联研究（genome?wide association studies,GWASs）已发现了多个冠心病（coronary heart disease,CHD）易感区域。然而,这些易感区域内的致病基因和真正致病位点尚不清楚。本研究旨在通过对报道的易感区域进行靶向测序来鉴定CHD相关基因和变异。方法：基于GWAS Catalog数据库筛选满足GWAS显著水平的CHD易感位点,经过多个数据库评估和基因功能检索,系统筛选了19个CHD易感区域内的关键基因。针对上述易感基因,在192例中国人群冠心病患者和192例健康对照中进行捕获测序。通过Logistic回归和计数法评估常见、罕见变异与CHD发生之间的关联。对于鉴定的CHD相关变异,采用功能注释和表达数量性状（eQTL）分析来评估其潜在的生物学功能。结果：5个常见变异关联P值<0.05,功能注释表明其中rs12970与心血管组织中APOA1表达增加显著相关。鉴定了3个功能性罕见变异：WDR35 rs139543775、KLHDC10 rs60941031、CTSH rs3129。结论：通过在GWAS报道的区域中进行精细定位研究,为CHD遗传研究提供了新线索,但是仍需进一步大样本研究和功能实验来验证。     

无锡市城区社区自然人群糖尿病及其患病风险现况

目的了解无锡市城市社区自然人群糖尿病及其患病风险现状。方法采用多阶段整群随机抽样法抽取无锡市城区社区20岁以上居民13 575人进行现况调查。结果无锡市城区社区20岁以上自然人群糖尿病和空腹血糖受损现患率分别为6.27%和1.77%;年龄、糖尿病家族史、超重或肥胖、高血压、血脂异常为该地区糖尿病的危险因素;超重或肥胖、高血压、血脂异常的暴露率在男性中分别为38.89%,40.54%和48.27%,女性中分别为33.43%,31.62%和42.72%;人群中至少具有上述一项危险因素的个体占86.71%,具有高度、中度糖尿病综合患病风险的个体在人群中占25.22%。结论无锡市城市社区人群糖尿病及其患病风险处于较高水平,需大力加强糖尿病与其他慢性非传染性疾病的预防和控制。     

原发性肺癌与结直肠癌的孟德尔随机化研究

目的：随着低剂量胸部 CT 技术的研发和普及，早期肺癌（lung cancer， LC）患者的诊断率和生存率显著提升，首位原发性肺癌（primary lung cancer， PLC）幸存者中第二原发癌（second primary cancer， SPC）为结直肠癌（colorectal cancer， CRC）的发生已成为影响早期 LC 预后的重要因素，本研究试图从遗传学上探究 PLC 和 CRC 之间的潜在关联，为原发性早期 LC 术后 SPC-CRC 预防策略的制定奠定基础。方法：本研究基于两样本的孟德尔随机化设计，以 PLC 及 CRC 的全基因组关联研究为基础，系统性地筛选遗传工具变量，应用逆方差加权法和遗传风险评分法评估两种癌症之间的发病关联，并使用敏感性分析进一步验证结果的稳健性。结果：共筛选出 47 个遗传工具变量，其中肺癌总体 23 个，肺腺癌（lung adenocarcinoma， LUAD） 12 个，肺鳞癌（lung squamous cell carcinoma， LUSC） 12 个。逆方差加权法及遗传风险评分法发现，PLC 与 CRC 在基因水平上未见显著关联。亚组分析同样显示 LUAD、LUSC与结肠癌及直肠癌的发生均不相关。敏感性分析与主分析结果一致，证实了研究的稳健性。结论：本研究证实 PLC和 CRC 在遗传学上不存在关联。