空间流行病学在寄生虫病传播风险研究中的应用

空间流行病学是研究人群疾病的空间分布及影响因素的一门科学,包括疾病制图、聚集性分析和相关因素分析。随着现代空间技术的发展,空间流行病学已广泛应用于寄生虫疾病研究中的可视化分析、热点分析和危险因素的识别与传播风险的预测等领域。本文对我国重点寄生虫病传播风险研究中应用的空间分布格局、空间插值和空间模型算法等方面进行了阐述。     

APOBEC3酶家族基因多态性在不同族群中的分布

目的 研究载脂蛋白B mRNA 编辑酶催化多肽3(apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic polypeptide-like 3,APOBEC3)基因多态性在不同人种中的差异情况.方法 使用美国麻省理工大学的tagger server 选择13 个标签单核苷酸多态性(tag-SNP),选择条件等位基因频率＞0.05.应用DNA pooling 及焦磷酸测序技术检测153 个中国西北方汉族健康人的13 个tag-SNPs 的等位基因频率,并与其他人种比较.结果 13 个tag-SNP 中,rs9622902 、rs6001364 、rs140324 在不同人种中的等位基因频率分布无统计学意义(P ＝0.577 、0.643 、0.275 );其余10 个tag-SNPs(rs738814 、rs6001363 、rs2019907 、rs8142051 、rs4820364 、rs6001343 、rs2076101 、rs2016407 、rs9619784 、rs5757428 )在不同人种的等位基因频率分布有统计学意义(P ＜0.05 ),并且以rs2016407 、rs2076101 、rs5757428 、rs2019907 、rs9619784 的P 值最为显著,分别为2.883 E-23 、6.766 E-20 、9.686 E-10 、6.853 E-08 、2.409 E-07.4 个tag-SNPs(rs2019907 、rs6001343 、rs2076101 、rs2016407 )在亚洲中国人和日本人群中的等位基因分布差异均有统计学意义(P ＜0.05 ).对于中国人但不同地区来说,rs2076101 、rs2016407 、rs2019907 、rs4820364 这4 个tag-SNPs等位基因分布频率差异也具有统计学意义(P ＜0.05 ).8 个tag-SNPs(rs738814 、rs8142051 、rs2076101 、rs2016407 、rs5757428 、rs6001363 、rs2019907 、rs4820364 )在亚洲地区人种、祖居北欧和西欧的美国犹他州人、尼日利亚伊巴丹的约鲁巴人三大种族中的等位基因频率具有统计学意义(P ＜0.05),其中以rs2016407 、rs2076101 、rs5757428 最为显著,P 值分别为1.920 E-19 、5.321 E-17 、9.382 E-11.结论 APOBEC3 SNPs 等位基因多态性在不同人种之间的分布并不完全一致,rs2016407 、rs2076101 、rs5757428 这三个tag-SNPs 在不同人种间的差异性最大.     

血流感染高致病性肺炎克雷伯菌毒力因子及分子分型特点分析

目的研究血流感染高致病性肺炎克雷伯菌的毒力基因和基因分型特点。方法采用PCR方法检测临床分离株血流感染高致病性肺炎克雷伯菌的高毒力基因,并进行荚膜血清型和ST分型;采用微量肉汤稀释法通过BD Phoenix全自动细菌鉴定/药敏系统对分离菌株进行药敏试验;应用加克拉维酸复合药(头孢他啶/克拉维酸或头孢噻肟/克拉维酸)与单药(头孢噻肟或头孢他啶)的药敏纸片组合进行肺炎克雷伯菌产ESBLs的表型确证试验。结果 115株血流感染肺炎克雷伯菌临床分离株分为高毒力肺炎克雷伯菌(Hvkp,占43.48%,50/115)和非Hvkp(non-HvKP,占56.52%,65/115)。与non-HvKP相比,HvKP更容易表现为高黏液性表型(44.00%VS 6.15%,P0.01),且普遍携带rmpA(98.00%VS 4.61%,P0.01)、rmpA2(50.00%VS 3.08%,P0.01)、wcag(24.00%VS 2.15%,P0.05)毒力基因。HvKP常为K1、K2荚膜血清型,non-HvKP常为K-nontypable血清型。本组血流感染肺炎克雷伯菌主要流行ST型别为ST23、ST65、ST37,其中Hvkp流行型为ST23、ST65和ST86。Hvkp对常用抗生素的敏感性好于non-HvKP,其中发现产ESBLs耐药hvKP菌株4株。结论血液感染高毒力肺炎克雷伯菌易表现为高黏液性表型且普遍携带rmpA毒力基因,因此应注意检测肺炎克雷伯菌黏液性状、荚膜血清型、毒力基因以及ST分型,以利于hvkp感染的识别。     

空间流行病学在我国疟疾监测预警中的研究进展

疟疾疫情的监测与控制,离不开空间分析技术的发展以及模型分析的应用;疫情的可视化是疟疾疫情的传播与流行最直观的表现方式,将是今后监测与防控的重点,成为空间流行病学在疟疾疫情中的应用之一。本文综述了空间流行病学在我国疟疾疫情研究中的应用以及分析预测方法等,旨在为我国消除疟疾提供更为系统与完善的流行病学方法学参考。     

一株利奈唑胺耐药粪肠球菌的全基因组测序和序列比较

目的研究利奈唑胺耐药粪肠球菌的全基因组序列,并探讨与其它肠球菌序列的差异。方法从1例男性急性白血病患者的气管分泌物中分离到粪肠球菌株Deng1(E.fecalis Deng1)。通过Illumina Hiseq2000和Roche454 FLX+进行高通量全基因组鸟枪法测序(high-throughput whole-genome shotgun sequencing)。基因组Contigs和scaffolds通过Newbler汇编软件分析。基因组gap closures通过Sanger测序法确定。通过Phred/Phrap/Consed软件构建圆环型的基因组图,并通过软件Prokaryote Genomes Automatic Annotation Pipeline(PGAAP)进行基因组注释。参考序列和粪肠球菌Deng1基因组之间的系统发育分析(phylogenice analysis)通过muscle软件分析。结果 E.fecalis Deng1圆环形基因组包含2,961,043碱基对,GC含量37.5%。基因组含有2 854个编码序列(CDS),62个tRNA的编码基因,以及4个完整的rRNA基因编码的操纵子。E.fecalis Deng1基因组共有443个毒力因子。E.fecalis Deng1基因组致病岛(PAI)约170kb,含有编码溶细胞毒素、肠球菌表面蛋白Esp和Gls-24-样蛋白等的毒力因子,E.fecalis Deng1含有对链霉素高水平耐药的氨基糖苷类6-腺苷酰转移酶基因(aadK),以及与抗生素耐药相关的emea,lsa和tetM基因。结论完成了一株粪肠球菌完整基因组的测序分析,加深了对LZD耐药流行菌株的认识。     

双歧杆菌肠道内调控表达肠道病毒71型VP1蛋白的实验研究

目的构建重组肠道病毒71VP1基因双歧杆菌,制成口服疫苗,用于EV71感染预防。方法扩增EV71病毒VP1基因并将其插入到大肠埃希菌-双歧杆菌穿梭表达载体pBBAD/Xs中,构建VP1表达载体(pBBADs-VP1),通过Western blot检测VP1蛋白在pBBADs-VP1转化菌中的表达。选取BALB/c小鼠,分为B-VP1组、VP1组、GFP组和生理盐水组,B-VP1组口服pBBADs-VP1-转化双岐杆菌,VP1组腹腔注射大肠埃希菌表达纯化的重组VP1蛋白,GFP组口服pBBADs-GFP转化双岐杆菌,生理盐水组口服生理盐水,观察pBBADs-VP1-转化双岐杆菌口服免疫对EV71感染的免疫反应:包括病毒的中和抗体滴度、抗EV71-VP1抗体以及诱导脾脏和淋巴集结中Th1免疫反应。结果与GFP组及生理盐水组比较,B-VP1组及VP1组中和抗体滴度及抗EV71-VP1抗体水平,均显著增加;口服表达VP1蛋白长双歧杆菌和注射VP1蛋白都会诱导Th1细胞因子免疫反应(P<0.05),表达VP1蛋白长双歧杆菌较易诱导局部肠道的Th1模式,而注射VP1蛋白较易诱导全身性免疫。攻毒试验显示,VPI和B-VP1组新生鼠攻击后第15d(剂量1 000LD50)存活率分别为20.00%和16.67%,对照组无小鼠存活。结论利用长双歧杆菌表达VP1蛋白的口服疫苗可能成功激发针对EV71病毒感染的特异性免疫应答。用表达VP1的重组双歧杆菌免疫母鼠,可以赋予新生小鼠以保护。     

慢性HBV感染者抗病毒治疗前HBV基本核心启动子及前C区突变的检测及意义

目的研究慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染者抗病毒治疗前HBV基本核心启动子（BCP）突变和前C区（PreC）突变与HBeAg、HBV DNA水平和慢性肝病进展的关系。方法收集283例慢性HBV感染者抗病毒治疗前的血清标本,其中慢性乙型肝炎（CHB）185例,肝硬化（LC）98例。采用PCR后直接测序法检测HBV BCP和PreC区突变,同时确定基因型。结果在HBeAg阴性和HBeAg阳性CHB患者中,前C区A1896变异率分别为44.6%（37/83）和21.6%（22/102）（χ2=11.154,P=0.001）,LC患者分别为43.4%（23/53）和17.0%（8/47）（χ2=8.101,P=0.004）。在HBeAg阳性患者中,BCP T1762/A1764双突变率LC组和CHB组分别为89.4%（42/47）和70.6%（72/102）（χ2=6.310,P=0.012）。在单变量分析中,只有年龄（≥45岁）（χ2=27.861,P〈0.001）、BCP T1762/A1764双突变（χ2=8.675,P=0.003）和HBV DNA（≥105拷贝/ml）（χ2=20.499,P〈0.001）与LC进展有关。多因素Logistic回归分析（匹配年龄和性别）发现,BCP T1762/A1764双突变（OR=3.260,95%CI：1.401～7.586;wald=7.517,P=0.006）和HBV DNA（≥105拷贝/ml）（OR=4.640,95%CI：2.331～9.237;wald=19.089,P〈0.001）是LC进展的危险因素。结论前C区A1896突变与HBeAg的消失有关;年龄（≥45岁）、BCP T1762/A1764双突变和HBV DNA高载量（≥105拷贝/ml）与肝硬化进展有关。     

肠致病性大肠埃希菌EPEC Deng致病岛基因进化特点

目的分析肠致病性大肠埃希菌（EPEC）致病岛（PAIs）基因进化特点。方法EPEC Deng分离自我国婴幼儿腹泻患者粪便标本,鉴定该菌株血清型并进行药敏试验;采用Illumina 2000仪器对菌株进行全基因序列测序,PHAST软件定位菌株原噬菌体(prophages,PPs)在染色体中的位置,MUMmer软件进行共线性分析,构建系统发育树,了解同源基因进化规律。应用PAI_finder软件对基因组进行PAIs预测,了解PAIs核心区域（LEE）和核心基因同源进化规律,并进行遗传多态性分析。结果EPEC Deng菌株归属O119∶H6,药敏结果显示该菌株对环丙沙星、左氧氟沙星及氨苄西林耐药,对其余的抗菌药物均敏感。基因组（染色体）序列大小为5 025 482 bp（GC含量为50.52%）,质粒序列大小为207 564 bp（GC含量为49.50%）。共找到17个PPs,系统发育树分析发现,EPEC Deng株基因组与O26∶H11、O111∶H同源性较高;EPEC Deng株PAIs和核心基因均与RDEC 1和O26∶H413/89 1株具有高同源性;遗传多样性分析结果显示,紧密素（eae）及其受体（tir）多态性丰富,π值均＞0.10,Ⅲ型分泌系统（TTSS）分泌蛋白相对稳定。结论此研究明确了EPEC Deng株基因组及PAIs的进化特点,有助于了解了本土分离的EPEC基因特点。     

肠球菌属血流感染的临床特征和预后分析

目的 分析肠球菌属血流感染的临床特征和入院后30 d死亡相关的危险因素。方法 回顾分析本院2008—2015年由肠球菌属细菌所致血流感染患者的临床和微生物学资料。结果 共59例肠球菌属血流感染患者,其中粪肠球菌33例,屎肠球菌24例,铅黄肠球菌和鹑鸡肠球菌各1例。屎肠球菌组Charlson合并症评分≥5、接受糖皮质激素治疗和静脉导管来源感染的患者多于粪肠球菌组,分别为(62.5%vs 30.3%、33.3%vs 9.1%、83.3%vs 45.5%,P0.05)。未发现耐万古霉素肠球菌(VRE),屎肠球菌血流感染对氨苄西林、环丙沙星和高浓度庆大霉素的耐药率明显高于粪肠球菌血流感染患者,分别为(79.2%vs 3.0%、75.0%vs 42.4%、54.2%vs 21.2%,P0.05)。通过单因素和多因素回归分析示仅糖皮质激素治疗(OR=7.644,P0.05),静脉导管感染(OR=9.727,P0.05)和环丙沙星耐药(OR=15.060,P0.05)是患者入院后30 d死亡的独立危险因素。结论 粪肠球菌和屎肠球菌是两种差别较大的病原体,所导致的血流感染有其不同特征,应更加积极的进行经验性抗感染治疗以改善预后。     

179例试管婴儿孕妇发生先兆流产的病例对照研究

目的：分析试管婴儿的孕妇发生先兆流产的相关影响因素,为预防试管婴儿孕妇发生先兆流产提供科学依据。方法病例组选取因患先兆流产而住院的孕妇87例;对照组均来自于同期做试管婴儿且无先兆流产的孕妇,共92例,调查试管婴儿孕妇先兆流产的影响因素。应用 EpiData3．1数据库及 SPSS 17．0软件进行数据录入及统计分析,分析方法主要包括秩和检验、χ2检验、单因素和多因素条件 Logistic回归分析;并计算各影响因素与先兆流产的关联强度（OR值）及其95％CI。结果单因素分析结果表明：两组研究对象的职业、文化程度、身高、体重、体质指数差异无统计学意义（P ＞0．05）。但年龄差异有统计学意义（P ＜0．05）,两组研究对象在不良妊娠史、既往疾病史、不孕类型、不孕年限方面差异无统计学意义（P ＞0．05）;而两组在移植时子宫内膜厚度、移植的胚胎数目、移植胚胎的周期类型、孕妇的焦虑评分显示有统计学意义。多因素条件 Logistic 回归分析结果显示,胚胎移植时子宫内膜的厚度、移植胚胎的周期类型、妊娠期心理压力是先兆流产发生的独立危险因素（OR ＝1．169、0．304、0．898,95％CI 分别为1．005～1．361、0．135～0．683、0854～0．944）。结论移植时子宫内膜厚度、移植胚胎的周期类型、妊娠期心理压力可能是先兆流产发生的独立危险因素。