包头地区某医院就诊女性患者HPV感染现状及基因分型分析*

目的:探索包头地区HPV感染人群的分布情况及主要基因分型,为防治提出对策措施。方法:采用描述性研究方法,选取2020年7月—12月检测HPV的就诊女性作为研究对象,调查研究对象的一般情况、疾病状况,同时采集其宫颈上皮脱落细胞,采用PCR-反向点杂交法进行HPV分型检测。结果:调查的1 138例患者中检测出HPV感染者254例,感染率22.32 %;其中低危型感染率为13.59 %,高危型感染率为86.41 %;多重感染76例,占29.92 %。感染前5位分别为HPV16:19.69 %;HPV52:17.32 %;HPV53、HPV58、HPV42:11.02 %。年龄分组中,60～70岁组检测感染率最高,为32.69 %。就诊分布中,妇科门诊为226人(88.98 %)。就诊原因中,仅12人(4.72 %)主动进行HPV感染检测。结论:HPV感染主要以单一型感染为主,高危型感染占比高;应加强健康教育,提高主动检测意识,利于HPV感染的早发现、早诊断、早治疗。     

肿瘤微环境中免疫与基质细胞相关基因在肺腺癌中的预后价值

目的:鉴别与肺腺癌预后相关的免疫与基质细胞基因。方法:501例肺腺癌基因表达数据来自癌症基因组图谱（TCGA）数据库。肺腺癌样本的免疫和基质评分从ESTIMATE数据库中获取。χ2检验分析基质、免疫评分与患者临床病理特征的相关性。采用t检验以及Cytoscape中的Mcode模块筛选差异表达基因（DEGs）。采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线。结果:基质细胞评分与M分期显著相关（χ2=6.391,P=0.011）。免疫评分与M分期（χ2=4.769,P=0.029）、T分期（χ2=11.672,P=0.009）和总生存期（χ2=6.334,P=0.009）显著相关。基于免疫评分的DEGs有262个,基于基质评分的DEGs有391个。基因功能富集分析和蛋白-蛋白相互作用网络分析差异表达基因,富集分析表明,DEGs参与调节免疫应答、抗原结合、免疫应答和受体结合。生存分析表明POSTN（P=0.0181）、PLEK（P=0.0434）、LY86（P=0.0136）、HCK（P=0.0487）对肺腺癌患者具有预后价值。结论:基质细胞相关基因POSTN高表达与患者不良预后相关,免疫细胞相关基因PLEK、LY86、HCK高表达预示患者预后较好。     

儿童极长链酰基辅酶A脱氢酶缺乏症诊疗新进展

极长链酰基辅酶A脱氢酶缺乏症 （VLCADD）是线粒体脂肪酸β氧化初始阶段酶的缺陷所致脂肪酸代谢障碍疾病。发生在从出生到青春期的任意阶段, 临床表型存在异质性, 其严重程度和时间具有显著特征。常见的确诊方法是血浆酰基肉碱谱和ACADVL基因分子检测,亦可通过酶学检测、脂肪酸氧化流量分析、二代测序（NGS）、体外探针测定、免疫印迹法等辅助诊断。治疗应避免长时间禁食,补充中链三酰甘油 (MCT) 、低长链脂肪酸、高碳水化合物饮食,应用提高残余酶活性药物、补充三羧酸循环中间代谢产物等方式改善代谢异常。因此通过早期积极筛查及诊断,指导临床医生对疾病认识并早期干预治疗,可极大地降低患儿的病死率。     

鼠原始生殖细胞报告基因系统的建立及验证

目的:构建小鼠原始生殖细胞（PGCs）报告基因系统。方法:根据CRISPR基因编辑技术结合同源重组原理,针对鼠Prdm1和Dppa3基因的翻译起始位点ATG附近位置分别设计一对sgRNA,并根据Cas9切割位点以及拟插入目的片段构建相应的用于同源重组的供体质粒,将sgRNA与Donor质粒同时转染入小鼠胚胎干细胞（ESCs）中,并利用质粒携带的抗性基因筛选出目标单克隆细胞,并进行基因型鉴定。结果:通过提取单克隆细胞的基因组DNA进行基因型鉴定,PCR和Sanger测序结果显示,单克隆细胞的基因组中,Prdm1和Dppa3基因翻译起始位点后分别成功插入eGFP和mCherry荧光蛋白编码序列。利用细胞因子诱导eGFP-Prdm1/mCherry-Dppa3mESCs（mouse ESCs）定向分化为mPGCs（mouse PGCs）,流式细胞仪检测显示诱导分化的mPGCs特异表达eGFP和mCherry荧光信号。结论:成功构建mPGCs报告基因系统,可用于后续研究mPGCs命运决定的分子机制,对于研究小鼠早期胚胎发育过程具有重要意义。     

基于生物信息学方法分析影响胆管癌发生发展的差异基因

目的：通过生物信息学的方法挖掘基因综合表达数据库(GEO)中影响胆管癌(cholangiocarcinoma,CCA)发生发展的核心基因,并分析其生物学功能,为CCA的诊断、治疗和评估预后提供理论依据。方法：分析来自GEO数据库中的3个微阵列数据集(GSE32879、GSE45001和GSE76297)。使用GEO2R进行在线差异基因的分析,DAVID进行差异基因的GO 和KEGG 通路分析。使用STRING和Cytoscape进行蛋白互作网络分析(PPI)和枢纽基因(HUB)的筛选。结果：共筛选出151个上调基因,通过PPI筛选出连接度最高的10个基因,分析发现APOA1、AGXT、F13B、FETUB、FERPINC1、SLC2A2这些枢纽基因过度表达与胆管癌的不良预后相关。结论：通过生物信息学探索的枢纽基因可能在胆管癌的发生发展中起着重要作用,并为进一步研究胆管癌的分子机制提供了一定的理论依据。     

基于生物信息学分析人微小RNA-142-5p的靶基因及其与心血管疾病的关联

目的 利用生物信息学技术预测人微小RNA-142-5p(hsa-miR-142-5p)的靶基因,并通过分析靶基因涉及的生物学过程和信号通路初步探讨hsa-miR-142-5p在心血管疾病中的作用。方法 使用miRGator v3.0数据库检索hsa-miR-142-5p在各个组织器官中的表达情况。使用PubMed数据库检索hsa-miR-142-5p的相关文献,结合miRBase 22.1和UCSC Genome Browser的检索结果,获得hsa-miR-142-5p定位、碱基序列和物种保守性等基本信息。通过数据库TargetScan、DIANA TOOLS、miRDB、 miRWalk进行靶基因预测后取交集,再与miRTarBase数据库中被实验验证的靶基因合并作为基因集。取基因集进行基因本体论功能富集分析和京都基因与基因组百科全书信号通路富集分析。结果 hsa-miR-142-5p在心脏中存在基础表达量,在包括人类在内的26个不同物种中高度保守。共获得包含51个候选基因的靶基因集,靶基因功能富集于心内膜垫融合、胚胎心管形态发生、心脏心室形态发生和心肌肥厚的调节、心脏上皮向间质转...     

非小细胞肺癌非常见突变靶向治疗研究进展

非小细胞肺癌(NSCLC)约占全部肺癌患者的80%～85%。针对NSCLC发生、发展过程中最常见的驱动基因表皮生长因子受体(EGFR)基因突变及间变性淋巴瘤激酶(ALK)融合基因阳性人群靶向药物的研发显著提高了这部分患者的生存期。近些年研究者们发现了NSCLC中除EGFR及ALK外越来越多的非常见基因突变, 如c-ros原癌基因1(ROS1)、BRAF V600E、神经营养因子受体络氨酸激酶1(NTRK1)、人类表皮生长因子受体2(HER2)、间充质上皮转移因子(MET)、原癌基因(RET)、EGFR 20外显子插入以及鼠类肉瘤病毒癌基因(Kras)G12C突变等。针对这些非常见突变的多种靶向药物得以研发并投入临床应用, 其中很多药物已取得了显著的疗效。建议在初诊时对局部晚期或转移性NSCLC患者, 尤其是非鳞NSCLC患者进行可以涵盖非常见突变的基因检测, 对于非常见突变患者采取个体化治疗策略。     

CALB2介导的肿瘤微环境免疫细胞浸润在肝癌复发中的作用机制分析

[摘要] 目的 利用生物信息学技术分析筛选出与肝癌复发相关的核心基因及信号通路,为探索肝癌复发的分子机制提供理论依据。方法 从TCGA和GEO数据库下载肝癌相关数据集,利用edgeR算法筛选差异表达基因。选择关键基因后,应用LASSO-Logistic回归分析构建复发预测模型。 ssGSEA、CIBERSORT和MCP算法用于评估免疫浸润细胞。结果 共筛选出343个复发相关差异表达基因。富集分析表明,大多数基因富集于细胞分化、跨膜转运蛋白、转运乙酰胆碱复合物。蛋白质-蛋白质相互作用网络分析确定了 12 个关键基因。然后,通过 Lasso-logistic 回归分析确定了一个独立的风险评分模型,其中包括3个基因 SST、CALB2 和 DRD2。该风险评分显示出较好的预测能力,并且还构建了基于风险评分的临床列线图。此外,证明了CALB2在肿瘤组织中低表达,与肿瘤微环境中的免疫浸润细胞呈正相关。结论 复发相关基因模型可以提供较好的预测患者复发的能力,其中的核心基因CALB2 可以在肝癌复发中发挥关键作用。     

口腔鳞状细胞癌m6A相关差异表达基因的生物信息学分析

目的:筛选口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)m~6A相关的差异表达基因,探寻相关信号通路,为OSCC提供候选的诊断标记物和分子治疗靶点。方法:下载TCGA数据库中OSCC数据,提取m~6A相关基因的表达。R软件筛选正常组织和肿瘤组织间的差异表达基因,对m~6A相关基因进行聚类分析与相关性分析。基因富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)研究差异基因的信号通路。结果:本研究筛选出8个差异表达基因(P<0.05),包括HNRNPC、KIAA1429、METTL3、METTL14、RBM15、WTAP、YTHDF1和YTHDF2,差异基因在癌组织的表达量均高于正常组织(P<0.05)。m~6A相关基因之间存在复杂的相关性。GSEA富集分析显示,差异表达基因主要参与细胞周期、碱基切除修复、同源重组和剪接体等相关信号通路。结论:HNRNPC、KIAA1429、METTL3、METTL14、RBM15、WTAP、YTHDF1与YTHDF2可作为OSCC的候选诊断标记物和分子治疗靶点。     

纤毛通路基因罕见危害性基因变异对人腰骶部神经管畸形的致病性

目的 探索纤毛通路基因的罕见危害性基因变异对人腰骶部神经管畸形(NTDs)的致病性。方法 AmpliSeq技术扩增49个纤毛通路基因的编码区序列,PGM测序平台筛查罕见危害性变异,以无NTD表型父母为对照筛选NTD相关致病性变异。结果 1例患者存在GLI3基因的罕见新生突变(c.C580T, p.H194Y);1例患者存在CRB2基因的罕见复杂杂合突变(c.G1392C, p.R464S; c.T3448C, p.C1150R)。结论 纤毛通路基因的罕见危害性变异可能与人类NTDs发生相关。