基于生物信息学筛选早发性乳腺癌差异表达基因

目的筛选并分析与早发性乳腺癌发生、发展相关的靶基因。 方法(1)在美国国立生物技术信息中心的公共基因芯片数据库(GEO)中检索早发性乳腺癌样本及非早发性乳腺癌样本相关基因芯片数据。对上述数据使用GEO2R、R4.1.2及Venn软件筛选出相关差异表达基因(DEGs)，并运用在线分析工具(Web Gestalt)对DEGs，进行相关功能和信号通路富集分析。(2)同时，通过String在线数据库构建DEGs编码的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络，并利用Cytohubba插件对该网络中的基因进行评分，筛选出枢纽基因。将枢纽基因导入Kaplan-Meier生存分析工具(Kaplan-Meier Plotter)，评估枢纽基因在早发性乳腺癌的预后价值。(3)将肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中的肿瘤组织以年龄为标准进行分组，分析枢纽基因在各年龄组中的表达，并与正常组织中的表达进行比较，对得到的枢纽基因进行验证。DEGs表达量的多组间比较使用Kruskal-Wallis H检验，使用Bonferroni法进行两两比较。 结果(1)筛选出编号为GSE89116、GSE109169、GSE36295的基因芯片数据集，共得到80个差异表达基因，其中上调差异表达基因17个，下调差异表达基因63个。富集分析显示：DEGs主要富集在脂质代谢和氧化还原过程以及PPAR信号通路、AMPK信号通路上。(2)在PPI中发现主要的关键基因为PPARG、ADIPOQ、LIPE、PCK1、PDK4、ACACB、PLIN1、CAV1、CD36、ANGPTL4。ACACB、ADIPOQ、CAV1、LIPE、PLIN1、PPARG基因的低表达与乳腺癌患者的不良OS相关(HR＝0.69、0.84、0.76、0.88、0.78、0.82；95%CI：0.59~0.80、0.76~0.93、0.67~0.83、0.79~0.97、0.70~0.86、0.73~0.90；P均<0.050)。(3)ACACB、ADIPOQ、LIPE、PLIN1、CAV1及PPARG这6个与预后相关的基因在正常组织中的表达量均远高于各年龄组肿瘤组织中的表达量(χ²＝104.03、179.57、161.85、189.87、118.56、103.62，P均<0.001)，早发性乳腺癌组(21~40岁)的LIPE、PLIN1表达量低于41~60岁、61~80岁年龄组，差异具有统计学意义(LIPE: Z＝21.07、23.12, P均<0.050; PLIN1：Z＝16.89、18.76, P均<0.050)。 结论早发性乳腺癌与非早发性乳腺癌存在差异基因表达谱，LIPE、PLIN1可能是早发性乳腺癌发生、发展的关键基因。     

苦寒药与生物钟基因的关系研究进展＊

苦寒类中药善于清热燥湿以改善机体内环境稳态，目前在临床上被广泛应用于糖尿病、肥胖、炎症、菌群失调等慢性或代谢性疾病，而这些疾病往往都伴随着机体生物钟系统的失衡。改善生物钟失衡可能是苦寒药治疗这些疾病的作用机制之一，同时，在生物钟的调控下，机体新陈代谢及内分泌等行为的节律性波动也可能影响苦寒药的药效。既往对苦寒药在临床应用上的研究大部分集中于胃肠动力及激素等基础研究上，从生物钟基因的角度鲜有见到深入的研究与阐述。因此，本文从临床常用苦寒药对生物钟基因的影响及生物钟基因对苦寒药作用的影响两个方面探讨苦寒药的应用，同时分析二者之间的关系和归纳苦寒药影响生物钟基因共同的物质基础，以期为苦寒药作用多靶点以及指导临床合理用药和中药药性物质基础研究提供参考。     

p53基因突变与骨髓增殖性肿瘤临床特征及预后关系

探究p53 基因突变与骨髓增殖性肿瘤（MPN）临床特征及预后的关系。方法 选取2017年1月～2020年1月本院收治的MPN患者126例，二代测序法检测患者p53 基因突变情况。对患者进行随访，统计患者总生存（OS）时间和累计生存率；分析p53 基因突变对患者临床特征、预后的影响。结果 126例MPN患者中12例（9.52%）检出p53基因突变，突变主要位于4~8号外显子上，不同类型患者的p53 基因突变检出率比较差异无统计学意义（P＞0.05）。p53突变组患者年龄大于p53 非突变组，WBC水平低于p53 非突变组（P＜0.05），两组患者的染色体核型、IPSS预后分层比较差异无统计学意义（P＞0.05）；p53 非突变组患者的OS时间、累计生存率均明显高于p53突变组患者（P＜0.05）。结论 MPN患者p53 基因突变发生率较高，与患者年龄、WBC水平、异常核型及IPSS预后分层相关，p53 基因突变会影响患者的预后，可作为临床筛查预后不良高风险人群的客观指标。     

外周血TLR5基因C1174T位点多态性与剖宫产后导管相关尿路感染的关联

目的 探讨外周血Toll样受体5(TLR5)基因C1174T位点多态性对剖宫产后导管相关尿路感染(CAUTI)的影响。方法 选择江阴市中医院妇产科2018年8月-2021年3月在剖宫产术后发生CAUTI产妇78例为CAUTI组，选择同期78例剖宫产术后留置导尿管但未发生CAUTI产妇为非CAUTI组。产妇均在产后留取尿液接种于培养皿进行培养，对病原菌种进行分析鉴定。入院时抽取所有产妇外周肘静脉血，采用聚合酶链式扩增反应(PCR)对目的片段进行扩增，采用酶联免疫吸附法检测血清中TLR5水平。结果 CAUTI组留置导尿管时间长于非CAUTI组，瘢痕子宫、妊娠期糖尿病、尿插管次数≥2次者多于非CAUTI组(P<0.05);78例CAUTI患者共检出病原菌78株，其中革兰阴性菌52株占66.67%,革兰阳性菌26株占33.33%,大肠埃希菌检出率最高，共33株占42.31%;CAUTI组TLR5基因C1174T位点AA基因型、A等位基因频率高于非CAUTI组(P<0.05);多元Logistic回归分析结果显示，导尿管留置时间、妊娠期糖尿病、尿管插管次数和TLR5基因C1174T位点多态性均为剖宫产术后发生CAUTI的影响因素(P<0.05);CAUTI组TLR5基因C1174T位点携带AA型、GA型和GG型患者血清TLR5水平整体比较差异具有统计学意义(P<0.05),其中AA型高于GA型和GG型(P<0.05)。结论 TLR5基因C1174T位点基因型突变可能是导致剖宫产术后CAUTI的影响因素，其机制还需进一步研究。     

一种基于N基因的麻疹病毒实时荧光RT-PCR检测技术

目的引进一种以检测麻疹病毒N基因为目标的荧光RT-PCR技术并运用到新余市麻疹常规监测工作。方法新荧光RT-PCR与国产的荧光RT-PCR试剂盒、IgM抗体ELISA检测试剂盒分别对新余市2014年所采集麻疹疑似病例咽拭子、血清样本进行检测和结果分析。结果新荧光RT-PCR、国产的荧光RT-PCR试剂盒、ELISA试剂盒的检测阳性率分别为25.53%、23.4%、17.02%。与ELISA相比,RT-PCR具有更好的检测灵敏度,且两种荧光RT-PCR之间的总符合率达到97.87%。结论新引进的方法很敏感,适用于麻疹实验室监测以及疑似病例的快速诊断。     

小鼠NLRP3基因腺病毒干扰载体的构建及功能鉴定

目的构建针对小鼠NLRP3基因的腺病毒干扰载体(Ad-NLRP3-shRNA),并在Min6和RAW264.7细胞中验证其基因沉默效率。方法针对小鼠NLRP3基因设计、合成3对NLRP3 shRNA 1-3干扰序列,重组至pHBAd-U6-CMV质粒载体。在HEK293T细胞内包装Ad-NLRP3-shRNA。感染Min6和RAW264.7细胞后,采用实时定量-聚合酶链式反应(RTQ-PCR)检测NLRP3基因表达。结果 Ad-NLRP3-shRNA 1-3在Min6和RAW264.7细胞的干扰效率分别达到44.38%、46.61%和82.83%以及47.23%、49.59%和78.64%。结论成功构建出Ad-NLRP3-shRNA载体,为研究NLRP3基因的功能提供有效工具。