蛋白质组学与神经科学

随着新工具平台蛋白质组学的出现 ,同时结合其它已有的有力工具 ,神经科学面临一个崭新的发展机遇 ,大规模研究通道蛋白特性、活动水平 ,神经递质及其受体结构和作用机制 ,以及神经网络的运作方式都成为可能。     

新生儿人双埃柯病毒的检测及遗传特性分析

目的: 了解人双埃柯病毒（human parechovirus,HPeV）在新生儿中的流行情况。方法：采集新生儿血液、粪便及鼻咽分泌物样本各95份,共计285份样本。将其中45份新生儿粪便样本分为5组,利用病毒宏基因组学方法进行文库构建,再经高通量测序检测HPeV。通过Geneious软件拼接获取HPeV全基因组,并对该毒株进行遗传特性解析。依据HPeV衣壳蛋白序列设计巢氏PCR引物,利用巢氏PCR对285份样本进行流行病学调查。结果：5个文库分别检测出248 534、277 432、398 756、475 408、130 634条病毒序列,将原始数据上传至NCBI 序列读长档案（sequence read archive,SRA）数据库;在文库newbornfeces41获得一株HPeV全基因组,经鉴定属于HPeV-1,重组分析显示该毒株由HPeV-1和HPeV-5重组产生,命名为newborn_zjlh;HPeV流行病学调查显示6份粪便样本阳性,血液及鼻咽分泌物样本检测均为阴性。结论：本研究显示HPeV可在新生儿中流行,主要是肠道感染。     

无需测序的两步法鉴定遗传变异肽的工具开发

 目的 构建包含遗传变异肽（genetically variant peptide,GVP）的参考蛋白质序列数据库,开发用于鉴定蛋白质组学数据中GVP信息的工具。方法 采集某个体毛干蛋白质组学数据,以dbSNP数据库中的遗传变异信息和SwissProt数据库中的参考蛋白质数据库,先构建包含全部蛋白质的GVP序列的数据库ComVarDB,再构建仅包含SwissProt数据库搜库结果中部分蛋白质GVP序列的数据库,对鉴定出的GVP结果进行分析和比较。结果 开发出基于Python的工具包2Steps_GVPtool,用于识别鸟枪蛋白质组学数据中的变异位点。在ComVarDB数据库中鉴定出14个GVP。在构建数据库时仅加入500个高表达蛋白质的GVP时,鉴定出的GVP最多,为18个。结论 通过迭代的搜索步骤,即基于第一步的常规蛋白质组学分析结果来优化所构建的数据库,只在数据库中包含一些高表达蛋白的GVP序列有助于识别更多的GVP。     

OBE理念下基因组学与生物信息学分析技术教学改革探索

基因组学与生物信息学分析技术是一门多学科交叉的工具类课程,致力于培养学生获取、分析和利用生物信息数据的能力。文章将成果导向型教学(OBE)理念应用在基础医学专业基因组学与生物信息学分析技术课程教学改革中,在OBE理念指导下进行了课程的重新设计和实施,并对教学改革的实施效果进行了调研。     

基于TCGA数据库免疫基因表达谱构建253例宫颈鳞状细胞癌免疫亚组

目的采用美国肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库免疫基因表达谱构建宫颈鳞状细胞癌免疫亚型,并分析各免疫亚组特征,为宫颈鳞状细胞癌预后分析及治疗提供新指标。方法 TCGA数据库共下载253例宫颈鳞状细胞癌及3例癌旁正常组织的mRNA表达谱及临床数据。根据单样本基因集富集分析(ssGSEA)得分情况,将宫颈鳞状细胞癌分为高免疫组、中等免疫组及低免疫组3个免疫亚组。采用Kolmogorov-Smirnov检验分析各免疫亚组肿瘤微环境和免疫细胞亚群比例,运用单因素方差分析比较各组人类白细胞抗原(HLA)相关基因及程序性死亡配体1(PD-L1)基因表达情况,采用Log-rank检验及多因素Cox回归分析进行生存分析。对免疫亚组做基因富集分析,确定基因本体论(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集区域。结果 3个免疫亚组免疫评分(χ²=144.87)、基质评分(χ²=116.127)、总评分(χ²=37.941)及肿瘤纯净度(χ²=116.127)比较差异均有统计学意义,均P<0.001。高免疫组19个HLA相关基因表达高于中等免疫组及低免疫组,均P<0.001。PD-L1基因表达及CD8+T细胞比例在3个免疫亚组之间差异有统计学意义(F=39.048,P<0.001;χ²=46.654,P<0.001)。3个免疫亚组5年生存率差异有统计学意义,χ²=6.400,P=0.029。免疫分组是影响宫颈鳞状细胞癌患者预后的主要因素,P<0.05。高免疫组GO生物学过程富集区域及KEGG通路主要集中于免疫相关信号通路。低免疫组GO生物学过程富集区域和KEGG通路主要集中于癌症相关信号通路。结论基于TCGA数据库免疫基因表达谱将宫颈鳞状细胞癌分为3种免疫亚组,不同亚组具有不同的分子特征和临床预后,对分析宫颈鳞状细胞癌预后、指导宫颈鳞状细胞癌治疗具有临床意义。     

生物芯片在功能基因组学研究中的应用进展

目前，结构基因组学研究方兴未艾，功能基因组学研究又成为生命科学的研究热点，作为世纪之交发展起来的一个项集分子生物学、电子学、信息学为一身的生物高技术－生物芯片技术已日益成熟和完善，且其应用领域不断拓展，已成为后基因组时代功能基因组学研究中最重要的技术之一，本文就生物芯片在突变及多态性检测，基因表态及调控研究，比较基因组学以及蛋白质组学各功能基因组学研究方面的进展作一介绍。     

肠道微生物组与银屑病关节炎的发生和发展

微生物组被认知为人类的"第二基因", 肠道是人体最大的微生物储存池。肠道微生物与人体免疫系统维持着微妙的平衡, 这种平衡被打破可能诱发自身免疫病的发生和发展。已有研究报道肠道菌群的变化与PsA的发病相关, 肠道微生物组与PsA的发病机制、临床表现均存在广泛的联系, 进一步揭示两者间的关联有望开发出新的治疗方法。本文将肠道微生物组与PsA的发生和发展作一综述。     

肺癌证候研究方法现状及展望

<正>运用中医理论对肺癌进行辨证论治在改善患者生活质量、延长生存期等方面有独特的优势。然而,回顾以往肺癌中医证候规范化研究,所制定的标准中主观因素和经验性较多,缺乏数理统计学的支持,实用性较差。因此,如何将证候诊断指标客     

基因体检，预知易发生疾病

人类的科学技术水平总是在以我们难以想象的速度前进。人类基因组序列图的完成．标志着生命科学真正进入了“基因组时代”。基因组学在面世以来短短几年里，已从根本上改变了我们对生命、包括人类自己的认识，改变了生命科学的观念以及研究策略、规模与方法，已成为生命科学源头创新的基础和生物技术创新的共享手段。