羊肚菌属群体遗传学和基因组进化的研究进展

羊肚菌Morchella esculenta是子囊菌亚门的一种大型药食两用真菌,具有重要的经济价值和药用价值。然而近年来全球气候变化,导致羊肚菌属物种的栖息地破碎和片段化,加上消费者对羊肚菌美食的喜爱,过渡采挖造成羊肚菌属野生资源急剧减少,因此,急需对羊肚菌属物种资源进行保护。遗传多样性的时空分布是保护生物学的重要内容,遗传多样性关系到一个物种或类群的进化潜力和未来命运。生物基因组和进化的研究能够辅助挖掘物种深层次的优异基因资源,有利于从本质上对物种进行科学保护。从羊肚菌属的遗传多样性、遗传结构和家系关系以及基因组进化等的研究进展进行综述,以期为羊肚菌属资源的科学保护提供重要依据。     

生物信息学在基因组和蛋白质研究中的应用

目的：人类基因组计划在世界范围内的开展促进了生命科学的进步，在此过程中产生了大量的基因组与蛋白质结构和序列数据库资源，促进了生物信息学的发展；同时生物信息学在基因组和蛋白质研究中也起着重要的作用。 资料来源：应用计算机检索Medline1990—01／2006—01文章，检索词“bioinfonnatics”，并限定语言种类为English；同时手工检索2000—01／2006—01的相关文章，限定语言为中文，检索词为“生物信息学；基因组；蛋白质结构”以及基因组相关方面的书籍。 资料选择：对资料进行初审，纳入标准：生物信息学的发展及其在基因组和蛋白质研究中的应用：排除标准：重复性研究。 资料提炼：从检索资料选取34篇（含2篇中文文献或书籍）关于生物信息学及其应用的文章，进行综述：其中与基因组研究相关的文献4篇，与蛋白质研究相关的文献20篇，其他文献10篇。 资料综合：随着人们对基因组和蛋白质研究的深入，对基因表达模式、蛋白质结构、蛋白质-蛋白质相互作用等分析得到的数据越来越多．为生物信息学提供了丰富的资源，促进了生物信息学的发展；同时生物信息学在基因序列比对、大规模基因功能表达谱的分析、新基因的发现与鉴定等方面以及蛋白质序列比较分析、蛋白质空间结构和功能预测等研究中也起着重要的作用，促进了DNA和蛋白质的研究。 结论：基因组和蛋白质组研究与生物信息学技术互相推动，并行发展；生物信息学在基因组和蛋白质研究中发挥着重要的作用。     

全基因组外显子测序捕获黏多糖贮积症Ⅶ型的致病基因GUSB

目的鉴定黏多糖贮积症Ⅶ型患者的致病基因,为产前诊断提供新的方法。方法应用全基因外显子组技术捕获该患者致病基因,结合现代生物信息学方法,采用Sanger测序验证基因突变位点是否存在该患者家系成员和健康人基因组内。结果发现该患者基因β-葡萄糖醛酸酶(GUSB)(g.65444706GA)突变,健康人未见该突变,该碱基的突变导致苏氨酸变成丝氨酸,从而导致GUSB活性缺乏或GUSB量的不足。结论基因GUSB(g.65444706GA)突变是该患者的致病基因,全基因组外显子测序能解决传统定位克隆技术常常面临该病家系患者太少、病例散发、基因位点的异质性、外显不全及候选基因太多等难题,为该病产前诊断提供了新的途径。     

浙江省柯萨奇病毒A16 VP1基因特征分析及B细胞抗原表位预测

目的了解浙江省柯萨奇病毒A16(CA16)VP1基因特征及其变迁规律并预测VP1蛋白上B细胞抗原表位。方法在Gen Bank检索并下载35个浙江省CA16流行株及69个已知基因型CA16参考株的VP1基因序列,使用MEGA 6.0软件进行比对分析和构建种系进化树,确定浙江省CA16流行株的基因型,并分析VP1核苷酸和氨基酸同源性及氨基酸变异;运用DNA Star中的Protean模块预测VP1上可能的线性B淋巴细胞抗原表位。结果浙江省CA16病毒基因型为B1基因型(34株)和A基因型(1株)。B1型中以B1b亚型(24株)占绝对优势,其次为B1a亚型(10株)。浙江省CA16流行株VP1核苷酸和氨基酸同源性分别为75.5%~100%和89.5%~100%;VP1区氨基酸序列高度保守,但也存在部分变异。VP1中可能的B细胞抗原表位(氨基酸肽段)有13个,分别为10-20、30-38、57-62、73-79、98-106、118-123、159-168、173-177、184-189、240-246、265-273、274-284和289-295。结论浙江省CA16流行株存在A、B1 2个基因型,B1b和B1a为主要基因型,其VP1区氨基酸变异程度较低,VP1中13个预测的B细胞抗原表位可为CA16疫苗的研制提供科学依据。     

旋转离心柱提取全血DNA在HLA基因分型中的应用

目的采用旋转离心柱提取人类基因组DNA，能更好的适用于临床肾移植特别是尸肾移植的HLA基因分型。方法18份EDTA-K。抗凝的2ml全血标本分别采用标准酚一氯仿法、快速盐析法和旋转离心柱法提取DNA，做HLA-DR基因分型。然后就所获DNA浓度和纯度、操作时间、分型结果3个方面进行统计学分析。结果3种方法提取的DNA平均含量差异无统计学意义；采用旋转离心柱法和标准酚氯仿法提取的DNA纯度高于快速盐析法差异有统计学意义；整个操作时间旋转离心柱快于标准酚氯仿法和快速盐析法，差异有统计学意义；5份全血标本采用这3种方法获得的模板DNA基因分型结果完全相同，差异无统计学意义。结论采用旋转离心柱提取人类白细胞DNA，操作简单、快速，总耗时60～70min，分型方法稳定、可靠，无一例失败，能更好的适用于临床肾移植特别是尸肾移植的HLA基因分型。     

风疹病毒的研究进展

风疹病毒是风疹的病原体，因孕妇在早期感染后可引起胎儿感染，导致先天性风疹感染而受重视。近几年对病毒的研究在基因结构、复制和调节方面取得了较大的进展。该文就风疹病毒的基因组结构功能、复制调节等方面作简要的综述。     

用分子细胞遗传学技术检测白血病染色体易位

本文概述了荧光素原位杂交(FISH),染色体涂抹(CP)和比较基因组杂交(CGH)等FISH相关技术,并讨论了这些技术应用于多种染色体易位的白血病的检测,其中包括对急性早幼粒细胞白血病(APL),儿童B系急性淋巴细胞白血病(B-ALL)及慢性粒细胞白血病急性变(CML-BT)病人的染色体易位的检测。这些技术的应用为白血病发病的分子机制的阐明奠定了基础,同时为临床诊断和残余白血病细胞监测提供了直观、快速、敏感和特异的方法。     

腺病毒介导的PTEN和p16基因对前列腺癌细胞系的作用

[目的]探讨腺病毒介导的PTEN和p16基因蛋白对抑制前列腺癌细胞增殖和调控其凋亡的作用.[方法]构建携带人PTEN和p16基因的腺病毒载体,转染体外培养的前列腺癌细胞系PC-3,采用RTPCR、Westem b1ot检测目的基因的表达.通过细胞生长试验、流式细胞仪检测PC-3转染前后细胞增殖和凋亡的变化.[结果]病毒滴度 Ad-PTEN为1.8×107 pfu/ml、Ad-p16为1.2×1010 pfu/ml,RT-PCR检测可见PTEN-mRNA(462bp)和p16-mRNA(520bp)表达,Western blot检测有PTEN蛋白(60KD)和p16蛋白(16KD)特异表达,并可明显抑制PC-3细胞的增殖,诱导其凋亡,联合基因治疗组与单基因组相比差异显著.[结论]PTEN和p16可明显的抑制前列腺癌细胞株PC 3的增殖,增加细胞的凋亡,转染携带PTEN和p16的重组腺病毒载体有望成为治疗前列腺癌的有效方法.     

药用植物DNA标记辅助育种(一):三七抗病品种选育研究

药用植物DNA标记辅助育种以DNA多态性为基础,依据分子杂交、聚合酶链式反应、高通量测序等技术,筛选与高产、优质、抗逆等表型关联的DNA片段作为标记,辅助新品种的选育。该研究采用DNA标记辅助育种结合系统选育的技术,选育首个三七抗病新品种"苗乡抗七1号"。结果表明,基于RAD-Seq技术检测出抗病品种包含12个特异SNP位点,经验证record_519688位点与三七抗根腐病相关,包含此位点的基因片段可作为抗病品种的遗传标记辅助三七系统选育;与常规栽培种相比,抗病品种种苗根腐病及锈腐病的发病率分别下降83.6%,71.8%;二年生及三年生三七根腐病的发病率分别下降43.6%,62.9%。此外,依据与抗病关联的SNP筛选三七潜在的抗病群体,该模式扩大目标群体并提高选育效率。药用植物DNA标记辅助育种将加快药用植物新品种选育及推广的进程,保障中药材产业健康发展。     

宏基因组测序技术在发热患者咽部微生物菌群研究中的应用

目的 通过宏基因组高通量测序分析,研究不同发热患者咽部微生物菌群多样性。方法 采用随机法选取2020年1—4月石家庄市五所医院发热门诊就诊21例发热患者作为实验组,选取同期10例健康人作为对照组,采集咽拭子样本并提取核酸,应用Illumina测序平台进行宏基因组测序并进行微生物菌群分析。结果 实验组共获得 1 716 802 816条优质序列,鉴定出4 079个物种,归属于97个门,951个属。实验组和对照组咽部微生物菌群分析显示,在门水平上,梭杆菌门和厚壁菌门在对照组中升高,拟杆菌门在实验组中升高;在纲水平上,梭杆菌纲和梭菌纲在对照组中升高,拟杆菌纲在实验组中升高;在目水平上,拟杆菌目在实验组中升高;在科水平上,瘤胃菌科在对照组中升高,拟杆菌科、理研菌科、阿克曼氏菌科、红细菌科和火色杆菌科在实验组中升高;在属水平上,拟普雷沃菌属、拟杆菌属、理研菌属、副拟杆菌属等在实验组中升高,瘤胃球菌属在对照组中升高;在种水平上,紫单胞菌科细菌（Porphyromonadaceae bacterium KA00676）、两个拟杆菌属（Bcteroidales bacterium Barb7, Bcteroidales SP. CAG:702）、五个普雷沃氏菌（CAG:617、CAG:755、CAG:732、CAG:924、CAG:1031）、卟啉单胞菌KLE1280、甲烷囊菌属的PtaU1.Bin060等在实验组中升高。实验组差异物种有消化链球菌、拟杆菌、科马加泰杆菌、明串珠菌、支原体、假棒状杆菌等。耐药基因主要为β-内酰胺酶类。结论 发热患者咽部有复杂的微生物菌群结构,本研究表明咽部菌群结构会对机体发热有显著影响。