应用全基因组测序与生物信息学技术分析重症监护病房感染性疾病病原菌分布及耐药性

目的 分析重症监护病房(ICU)感染性疾病病原菌分布及耐药性。方法 选择2019年6月—2021年1月某院ICU收治的出现感染性疾病的89例患者作为研究对象,采用全基因组测序与生物信息学方法对病原菌进行鉴定和耐药性分析。结果 ICU感染性疾病中革兰阴性菌占比最高,为64.05%。肺炎链球菌对青霉素和克林霉素的耐药率均为100%;鲍曼不动杆菌对依替米星和头孢西丁耐药率均为92.31%。感染性病原菌的攻击性毒力基因中Adherence占比最高,防御性毒力基因中Antiphagocytosis占比较高;耐药基因中β-内酰胺酶和Aminoglycosides占比较高。结论 基于全基因组测序与生物信息学分析可有效评估ICU感染性疾病病原菌分布及耐药性。     

刺果甘草全基因组Survey及叶绿体基因组特征分析＊

目的 基于基因组Survey分析对刺果甘草Glycyrrhiza pallidiflora Maxim.基因组大小和杂合率进行估计，并通过叶绿体基因组序列特征对其在甘草属Glycyrrhiza L.中的系统发育位置进行研究。方法 使用二代测序技术对刺果甘草进行测序，采用K-mer方法对测序reads进行分析，估算刺果甘草基因组大小和杂合率，使用生物信息学方法进行叶绿体基因组组装、注释和系统发育分析。结果 Survey分析结果显示其基因组大小约为577.82 Mb，杂合度约为0.31%，重复序列比例约为53.72%。叶绿体基因组长度为127，267 bp，不具有典型的四分体结构，总GC含量为34.32%，包含110个基因，其中76个蛋白质编码基因，30个tRNA基因和4个rRNA基因。系统发育分析表明，刺果甘草与圆果甘草G. squamulosa Franch.亲缘较接近。结论 刺果甘草存在低杂合和重复序列较多的特点，为了更好地对全基因组进行序列拼接和组装，可尝试采用三代测序结合二代测序的分析策略进行基因组组装；刺果甘草叶绿体全基因组比对和系统发育分析，为后续开展甘草属遗传多样性研究和分子鉴定标记筛选提供了重要依据。     

血清鸢尾素、血小板因子4及低氧诱导因子-1α水平在膀胱癌中的作用

目的 探讨血清鸢尾素、血小板因子4（PF4）及低氧诱导因子-1α（HIF-1α）水平在膀胱癌中的诊断及预后作用。方法 选择2018年10月至2020年6月于本院确诊并行膀胱癌根治术治疗的膀胱癌患者75例（疾病组），并随机选择同时期健康体检者72例（健康组）。收集受试者的一般资料、手术相关情况及血清鸢尾素、PF4、HIF-1α水平，对血清鸢尾素、PF4及HIF-1α水平与膀胱癌发生及预后的相关性进行分析。结果 疾病组患者的血清鸢尾素、PF4及HIF-1α水平均高于健康组（均P<0.05）。血清鸢尾素、PF4及HIF-1α在膀胱癌诊断方面具有较高的灵敏度（63.25%、78.30%、84.96%）和特异度（88.52%、87.45%、91.02%）（均P<0.05）。75例膀胱癌患者中39例患者预后良好、36例患者预后不良。单因素结果显示，两组年龄、肿瘤直径、病理分级、临床分期、肿瘤转移、血清鸢尾素、PF4、HIF-1α水平比较，差异具有统计学意义（P<0.05）；肿瘤转移、血清鸢尾素、PF4、HIF-1α水平是膀胱癌预后的独立影响因素（P<0.05）；多元线性逐步回归分析结果显示，血清鸢尾素、HIF-1α水平是影响膀胱癌患者预后的影响因子（P<0.05）。血清鸢尾素、PF4及HIF-1α在膀胱癌预后评估中具有较高灵敏度（70.12%、89.11%、86.52%）和特异度（78.96%、82.23%、91.07%）（均P<0.05）。结论 血清鸢尾素、HIF-1α、PF4水平在膀胱癌患者中上调，高水平的血清鸢尾素、HIF-1α及PF4与膀胱癌术后的预后不良相关，可作为患者预后的预测因子。     

癌痛规范化治疗示范医院创建中的药学服务与药事管理

目的 探讨癌痛规范化治疗示范医院创建中的药学服务和药事管理经验,为医院建设提供借鉴。方法 从癌痛治疗药品供应、处方信息化管理、麻醉药品智能化管理、癌痛临床药师工作模式等方面进行药学服务和药事管理探索与实践。结果 完善了癌痛治疗药品供应目录,实现麻醉药品电子处方及信息化管理,并建立了癌痛临床药师工作模式。结论 药师可以在癌痛多学科治疗团队及其管理中发挥重要作用。     

海洋青铜小单孢菌FIM 02-523全基因组测序及分析

青铜小单孢菌(Micromonospora chalcea, M. chalcea)FIM 02-523能够合成对乏氧肿瘤细胞、艰难梭菌等具有活性的环脂肽类化合物rakicidins。利用Illumina HiSeq高通量测序平台,本研究首次对M. chalcea FIM 02-523进行全基因组测序,得到总长约6.74Mb的序列信息。分析表明基因组GC含量为72.89%,包含了6167个蛋白编码序列。利用AntiSMASH预测基因组中存在19个生物合成基因簇。结合PKS/NRPS生物合成特征和rakicidins化学结构特点,定位到了rakicidins的生物合成基因簇,并初步推测其生物合成途径。研究为M. chalcea FIM 02-523的功能基因组学研究和代谢调控提供了理论基础。     

基因组导向的丝状真菌沉默生物合成基因簇激活策略D

真菌是药物先导结构的重要来源,得益于基因组测序技术的飞速发展,生物信息学分析发现真菌中存在大量次级代谢产物基因簇。而这些基因簇在常规实验室培养条件下往往不表达代谢产物,被称之为“沉默”基因。同时,随着天然产物分离技术在日益进步,结构新颖的天然产物发现的几率却在减少。因此如何借助基因组数据分析并激活沉默的基因簇,“解密”天然产物的宝藏,挖掘真菌潜在的代谢潜能成为研究热点。本文主要介绍了基因组导向的丝状真菌沉默生物合成基因簇的激活策略。     

农村寄宿制学校宋内志贺菌菌痢暴发及全基因组溯源分析

对陕西省3起寄宿制学校感染性腹泻暴发事件进行流行病学调查、病原分离鉴定及分子溯源分析,为科学指导临床诊断治疗及流行病学调查工作提供参考.方法 对陕西省3起寄宿制学校感染性腹泻事件开展现场调查,描述疫情三间分布,分析流行特征.采集病例肛拭子标本、剩余食物、环境及水源标本,进行病原分离鉴定.选择代表菌株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型,全基因组多位点序列分型(MLST),单核苷酸多态(SNP)分析,预测毒力基因谱及耐药基因谱.结果 2017年8-9月报告的3起疫情共发病282例,以发热、腹泻为主,里急后重及粘液脓血便症状不明显,均为学生群体,性别间差异无统计学意义.病例肛拭宋内志贺菌检出率为62.22% (56/90),肛拭ipaH基因检测阳性率为69.70% (46/66),环境样本阳性率为12.31% (8/65);PFGE,全基因组MLST,SNP分析表明,3起疫情代表菌株不同源.毒力基因预测共有12种毒力基因.耐药基因预测有氨基糖苷类、甲氧苄啶类、磺胺类、β-内酰胺类、四环素类、大环内酯类的耐药基因.结论 陕西省3起寄宿制学校宋内志贺菌引起的细菌性痢疾暴发之间无直接关联,病原菌毒力基因谱与国内常见宋内志贺菌特征一致,存在多重耐药基因.     

基于网络药理学的生脉散作用机制分析

目的:探讨生脉散的作用机制。方法:本研究选取生脉散中3味中药人参、麦冬、五味子含有的33个活性成分,通过Pharm Mapper服务器预测其活性成分的潜在靶点,进而构建化合物-靶点网络、构建蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络、进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析、进行基于京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)的生物通路富集分析,研究生脉散作用机制。结果:化合物-靶点网络包含249个节点,关键靶点涉及转甲状腺素蛋白(TTR)等。PPI网络包含155个节点,关键靶点涉及酪氨酸蛋白激酶Src(SRC),蛋白激酶Bα(Akt1)等。GO条目95个,其中生物过程相关的条目67个,分子功能相关的条目22个,细胞组成相关的条目6个。KEGG通路8条,涉及肿瘤信号通路(pathways in cancer),前列腺癌(prostate cancer),胰岛素信号通路(insulin signaling pathway)等。结论:本研究结果初步验证了生脉散的基本药理作用及其机制,并为进一步深入揭示其作用机制奠定了良好基础。     

蛋白质组学及其在口腔医学中的应用

蛋白质组学是对一个基因组、一种生物、一种细胞／组织所表达的全部蛋白质及其相互作用的研究，蛋白质组的研究为口腔疾病病原学、口颌系统发育、口腔肿瘤转移和早期诊断等研究提供了新的技术平台。本文综述了蛋白质组学在口腔医学领域应用的研究进展。     

c血清型变形链球菌致龋相关基因/DNA片段的批量克隆与高通量筛选

目的筛选含致龋相关基因／DNA片段的阳性克隆，为探究变形链球茵致龋的分子机制奠定基础。方法将抑制消减杂交方法获得的高毒力株特异的消减PCR产物与T／A栽体pCR2．1连接，将连接产物转化E．coli TOP0F’感受态细胞，进行蓝白筛选。对96个转化子进行Colony PCR，将PCR产物点样于同一尼龙膜上，分别与地高辛标记的变形链球茵高、低毒力株基因组DNA／AluI酶切产物杂交，高通量筛选阳性克隆。结果随机挑取了96个白色或白色中央有蓝色的茵落，经过Colony PCR，其中有1个转化子的扩增产物为双带，其余均为0．2～2kb之间的单一条带。经过杂交，以与高毒力株基因组有杂交信号，而与低毒力株基因组无杂交信号或信号明显弱的转化子为阳性克隆。筛选的阳性率为50％左右，阳性克隆中含有c血清型变形链球茵致龋相关的基因／片段。结论对抑制消减杂交方法获得的变形链球茵高毒力株特异的消减PCR产物进行批量克隆和高通量筛选，获得了致龋相关的基因／DNA片段。